FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0865, 1858 aa
1>>>pF1KSDA0865 1858 - 1858 aa - 1858 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 15.4046+/-0.000609; mu= -19.0444+/- 0.038
mean_var=889.9831+/-181.560, 0's: 0 Z-trim(121.7): 273 B-trim: 39 in 1/59
Lambda= 0.042992
statistics sampled from 38287 (38599) to 38287 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.727), E-opt: 0.2 (0.453), width: 16
Scan time: 23.950
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_055826 (OMIM: 615479) unconventional myosin-XVI (1858) 12436 789.0 0
XP_011519364 (OMIM: 615479) PREDICTED: unconventio (1858) 12436 789.0 0
NP_001185879 (OMIM: 615479) unconventional myosin- (1880) 12436 789.0 0
XP_011517813 (OMIM: 606808,607101) PREDICTED: myos (1009) 1040 81.9 3.6e-14
XP_011517812 (OMIM: 606808,607101) PREDICTED: myos (1135) 1040 81.9 3.9e-14
XP_011517810 (OMIM: 606808,607101) PREDICTED: myos (1435) 1042 82.2 4.1e-14
NP_001077084 (OMIM: 610040) myosin-IIIb isoform 1 (1314) 1040 82.0 4.2e-14
XP_011508957 (OMIM: 610040) PREDICTED: myosin-IIIb (1323) 1040 82.0 4.3e-14
XP_011517808 (OMIM: 606808,607101) PREDICTED: myos (1523) 1042 82.2 4.3e-14
NP_620482 (OMIM: 610040) myosin-IIIb isoform 2 [Ho (1341) 1040 82.0 4.3e-14
XP_011517807 (OMIM: 606808,607101) PREDICTED: myos (1532) 1042 82.2 4.3e-14
XP_006712362 (OMIM: 610040) PREDICTED: myosin-IIIb (1350) 1040 82.0 4.3e-14
XP_011508960 (OMIM: 610040) PREDICTED: myosin-IIIb (1050) 1036 81.7 4.3e-14
XP_011508959 (OMIM: 610040) PREDICTED: myosin-IIIb (1050) 1036 81.7 4.3e-14
XP_011517806 (OMIM: 606808,607101) PREDICTED: myos (1565) 1042 82.2 4.4e-14
XP_011517805 (OMIM: 606808,607101) PREDICTED: myos (1568) 1042 82.2 4.4e-14
XP_011508956 (OMIM: 610040) PREDICTED: myosin-IIIb (1386) 1040 82.0 4.4e-14
XP_011517804 (OMIM: 606808,607101) PREDICTED: myos (1612) 1042 82.2 4.5e-14
XP_011517800 (OMIM: 606808,607101) PREDICTED: myos (1616) 1042 82.2 4.5e-14
NP_059129 (OMIM: 606808,607101) myosin-IIIa [Homo (1616) 1042 82.2 4.5e-14
XP_011517801 (OMIM: 606808,607101) PREDICTED: myos (1616) 1042 82.2 4.5e-14
XP_011517802 (OMIM: 606808,607101) PREDICTED: myos (1616) 1042 82.2 4.5e-14
XP_011508958 (OMIM: 610040) PREDICTED: myosin-IIIb (1155) 1036 81.7 4.6e-14
NP_065915 (OMIM: 615478) neuronal tyrosine-phospho ( 653) 1013 80.0 8.5e-14
XP_005246765 (OMIM: 615478) PREDICTED: neuronal ty ( 653) 1013 80.0 8.5e-14
XP_011509826 (OMIM: 615478) PREDICTED: neuronal ty ( 719) 1013 80.1 9.1e-14
XP_016860053 (OMIM: 615478) PREDICTED: neuronal ty ( 719) 1013 80.1 9.1e-14
XP_016880174 (OMIM: 606539) PREDICTED: unconventio ( 955) 984 78.4 3.8e-13
NP_001290208 (OMIM: 606539) unconventional myosin- ( 961) 984 78.4 3.8e-13
NP_056009 (OMIM: 606539) unconventional myosin-Id (1006) 984 78.4 3.9e-13
XP_016877719 (OMIM: 604875) PREDICTED: unconventio (2547) 953 76.9 2.8e-12
XP_011519922 (OMIM: 604875) PREDICTED: unconventio (2618) 953 77.0 2.8e-12
XP_016877717 (OMIM: 604875) PREDICTED: unconventio (2619) 953 77.0 2.8e-12
XP_011519921 (OMIM: 604875) PREDICTED: unconventio (2619) 953 77.0 2.8e-12
NP_001123537 (OMIM: 602129,609753) unconventional (2022) 901 73.6 2.2e-11
NP_004136 (OMIM: 602129,609753) unconventional myo (2157) 901 73.6 2.3e-11
XP_016884293 (OMIM: 153640,153650,155100,160775,60 (1960) 894 73.2 2.9e-11
XP_016884295 (OMIM: 153640,153650,155100,160775,60 (1960) 894 73.2 2.9e-11
XP_016884294 (OMIM: 153640,153650,155100,160775,60 (1960) 894 73.2 2.9e-11
NP_002464 (OMIM: 153640,153650,155100,160775,60020 (1960) 894 73.2 2.9e-11
XP_016884292 (OMIM: 153640,153650,155100,160775,60 (1960) 894 73.2 2.9e-11
XP_011528499 (OMIM: 153640,153650,155100,160775,60 (1960) 894 73.2 2.9e-11
XP_016880171 (OMIM: 160776) PREDICTED: myosin-10 i (1976) 894 73.2 3e-11
NP_005955 (OMIM: 160776) myosin-10 isoform 2 [Homo (1976) 894 73.2 3e-11
XP_016880170 (OMIM: 160776) PREDICTED: myosin-10 i (1976) 894 73.2 3e-11
XP_011522182 (OMIM: 160776) PREDICTED: myosin-10 i (2006) 894 73.2 3e-11
XP_011536675 (OMIM: 601478,607841) PREDICTED: unco ( 866) 863 70.8 6.5e-11
NP_005370 (OMIM: 601478,607841) unconventional myo (1043) 863 70.9 7.3e-11
NP_001242970 (OMIM: 601478,607841) unconventional (1043) 863 70.9 7.3e-11
XP_011526330 (OMIM: 601480) PREDICTED: unconventio ( 573) 837 69.0 1.5e-10
>>NP_055826 (OMIM: 615479) unconventional myosin-XVI iso (1858 aa)
initn: 12436 init1: 12436 opt: 12436 Z-score: 4192.3 bits: 789.0 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 12436; 99.9% identity (99.9% similar) in 1858 aa overlap (1-1858:1-1858)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MEIDQCLLESLPLGQRQRLVKRMRCEQIKAYYEREKAFQKQEGFLKRLKHAKNPKVHFNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 MEIDQCLLESLPLGQRQRLVKRMRCEQIKAYYEREKAFQKQEGFLKRLKHAKNPKVHFNL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD TDMLQDAIIHHNDKEVLRLLKEGADPHTLVSSGGSLLHLCARYDNAFIAEILIDRGVNVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 TDMLQDAIIHHNDKEVLRLLKEGADPHTLVSSGGSLLHLCARYDNAFIAEILIDRGVNVN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD HQDEDFWTPMHIACACDNPDIVLLLVLAGANVLLQDVNGNIPLDYAVEGTESSSILLTYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 HQDEDFWTPMHIACACDNPDIVLLLVLAGANVLLQDVNGNIPLDYAVEGTESSSILLTYL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD DENGVDLTSLRQMKLQRPMSMLTDVKHFLSSGGNVNEKNDEGVTLLHMACASGYKEVVSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 DENGVDLTSLRQMKLQRPMSMLTDVKHFLSSGGNVNEKNDEGVTLLHMACASGYKEVVSL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD ILEHGGDLNIVDDQYWTPLHLAAKYGQTNLVKLLLMHQANPHLVNCNEEKASDIAASEFI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 ILEHGGDLNIVDDQYWTPLHLAAKYGQTNLVKLLLMHQANPHLVNCNEEKASDIAASEFI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD EEMLLKAEIAWEEKMKEPLSASTLAQEEPYEEIIHDLPVLSSKLSPLVLPIAKQDSLLEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 EEMLLKAEIAWEEKMKEPLSASTLAQEEPYEEIIHDLPVLSSKLSPLVLPIAKQDSLLEK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD DIMFKDATKGLCKQQSQDSIPENPMMSGSTKPEQVKLMPPAPNDDLATLSELNDGSLLYE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 DIMFKDATKGLCKQQSQDSIPENPMMSGSTKPEQVKLMPPAPNDDLATLSELNDGSLLYE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD IQKRFGNNQIYTFIGDILLLVNPYKELPIYSSMVSQLYFSSSGKLCSSLPPHLFSCVERA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 IQKRFGNNQIYTFIGDILLLVNPYKELPIYSSMVSQLYFSSSGKLCSSLPPHLFSCVERA
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490 500 510 520 530 540
pF1KSD FHQLFREQRPQCFILSGERGSGKSEASKQIIRHLTCRAGASRATLDSRFKHVVCILEAFG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 FHQLFREQRPQCFILSGERGSGKSEASKQIIRHLTCRAGASRATLDSRFKHVVCILEAFG
490 500 510 520 530 540
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pF1KSD HAKTTLNDLSSCFIKYFELQFCERKQQLTGARIYTYLLEKSRLVSQPLGQSNFLIFYLLM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 HAKTTLNDLSSCFIKYFELQFCERKQQLTGARIYTYLLEKSRLVSQPLGQSNFLIFYLLM
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610 620 630 640 650 660
pF1KSD DGLSAEEKYGLHLNNLCAHRYLNQTIQDDASTGERSLNREKLAVLKRALNVVGFSSLEVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 DGLSAEEKYGLHLNNLCAHRYLNQTIQDDASTGERSLNREKLAVLKRALNVVGFSSLEVE
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pF1KSD NLFVILAAILHLGDIRFTALNEGNSAFVSDLQLLEQVAGMLQVSTDELASALTTDIQYFK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 NLFVILAAILHLGDIRFTALNEGNSAFVSDLQLLEQVAGMLQVSTDELASALTTDIQYFK
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pF1KSD GDMIIRRHTIQIAEFFRDLLAKSLYSRLFSFLVNTMNSCLHSQDEQKSMQTLDIGILDIF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 GDMIIRRHTIQIAEFFRDLLAKSLYSRLFSFLVNTMNSCLHSQDEQKSMQTLDIGILDIF
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pF1KSD GFEEFQKNEFEQLCVNMTNEKMHHYINEVLFLHEQVECVQEGVTMETAYSAGNQNGVLDF
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::
NP_055 GFEEFQKNEFEQLCVNMTNEKMHHYINEVLFLHEQVECVQEGVTMETAYSPGNQNGVLDF
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 FFQKPSGFLTLLDEESQMIWSVESNFPKKLQSLLESSNTNAVYSPMKDGNGNVALKDHGT
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 AFTIMHYAGRVMYDVVGAIEKNKDSLSQNLLFVMKTSENVVINHLFQSKLSQTGSLVSAY
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 PSFKFRGHKSALLSKKMTASSIIGENKNYLELSKLLKKKGTSTFLQRLERGDPVTIASQL
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pF1KSD RKSLMDIIGKLQKCTPHFIHCIRPNNSKLPDTFDNFYVSAQLQYIGVLEMVKIFRYGYPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 RKSLMDIIGKLQKCTPHFIHCIRPNNSKLPDTFDNFYVSAQLQYIGVLEMVKIFRYGYPV
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 IQNASDIARENDRLRSEMNAPYHKEKLEVRNMQEEGSKRTDDKSGPRHFHPSSMSVCAAV
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 DGLGQCLVGPSIWSPSLHSVFSMDDSSSLPSPRKQPPPKPKRDPNTRLSASYEAVSACLS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 AAREAANEALARPRPHSDDYSTMKKIPPRKPKRSPNTKLSGSYEEISGSRPGDARPAGAP
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NP_055 GAAARVLTPGTPQCALPPAAPPGDEDDSEPVYIEMLGHAARPDSPDPGESVYEEMKCCLP
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pF1KSD DDGGPGAGSFLLHGASPPLLHRAPEDEAAGPPGDACDIPPPFPNLLPHRPPLLVFPPTPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 DDGGPGAGSFLLHGASPPLLHRAPEDEAAGPPGDACDIPPPFPNLLPHRPPLLVFPPTPV
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pF1KSD TCSPASDESPLTPLEVKKLPVLETNLKYPVQPEGSSPLSPQYSKSQKGDGDRPASPGLAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 TCSPASDESPLTPLEVKKLPVLETNLKYPVQPEGSSPLSPQYSKSQKGDGDRPASPGLAL
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pF1KSD FNGSGRASPPSTPPPPPPPPGPPPAPYRPCAHLAFPPEPAPVNAGKAGPSAEAPKVHPKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 FNGSGRASPPSTPPPPPPPPGPPPAPYRPCAHLAFPPEPAPVNAGKAGPSAEAPKVHPKP
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 NSAPVAGPCSSFPKIPYSPVKATRADARKAGSSASPPAPYSPPSSRPLSSPLDELASLFN
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pF1KSD SGRSVLRKSAAGRKIREAEGFETNMNISSRDDPSTSEITSETQDRNANNHGIQLSNSLSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 SGRSVLRKSAAGRKIREAEGFETNMNISSRDDPSTSEITSETQDRNANNHGIQLSNSLSS
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pF1KSD AITAENGNSISNGLPEEDGYSRLSISGTGTSTFQRHRDSHTTQVIHQLRLSENESVALQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 AITAENGNSISNGLPEEDGYSRLSISGTGTSTFQRHRDSHTTQVIHQLRLSENESVALQE
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pF1KSD LLDWRRKLCEEGQDWQQILHHAEPRVPPPPPCKKPSLLKKPEGASCNRLPSELWDTTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 LLDWRRKLCEEGQDWQQILHHAEPRVPPPPPCKKPSLLKKPEGASCNRLPSELWDTTI
1810 1820 1830 1840 1850
>>XP_011519364 (OMIM: 615479) PREDICTED: unconventional (1858 aa)
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Smith-Waterman score: 12436; 99.9% identity (99.9% similar) in 1858 aa overlap (1-1858:1-1858)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MEIDQCLLESLPLGQRQRLVKRMRCEQIKAYYEREKAFQKQEGFLKRLKHAKNPKVHFNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MEIDQCLLESLPLGQRQRLVKRMRCEQIKAYYEREKAFQKQEGFLKRLKHAKNPKVHFNL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD TDMLQDAIIHHNDKEVLRLLKEGADPHTLVSSGGSLLHLCARYDNAFIAEILIDRGVNVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TDMLQDAIIHHNDKEVLRLLKEGADPHTLVSSGGSLLHLCARYDNAFIAEILIDRGVNVN
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XP_011 HQDEDFWTPMHIACACDNPDIVLLLVLAGANVLLQDVNGNIPLDYAVEGTESSSILLTYL
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pF1KSD DENGVDLTSLRQMKLQRPMSMLTDVKHFLSSGGNVNEKNDEGVTLLHMACASGYKEVVSL
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XP_011 DENGVDLTSLRQMKLQRPMSMLTDVKHFLSSGGNVNEKNDEGVTLLHMACASGYKEVVSL
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XP_011 ILEHGGDLNIVDDQYWTPLHLAAKYGQTNLVKLLLMHQANPHLVNCNEEKASDIAASEFI
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XP_011 EEMLLKAEIAWEEKMKEPLSASTLAQEEPYEEIIHDLPVLSSKLSPLVLPIAKQDSLLEK
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XP_011 DIMFKDATKGLCKQQSQDSIPENPMMSGSTKPEQVKLMPPAPNDDLATLSELNDGSLLYE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 HAKTTLNDLSSCFIKYFELQFCERKQQLTGARIYTYLLEKSRLVSQPLGQSNFLIFYLLM
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XP_011 DGLGQCLVGPSIWSPSLHSVFSMDDSSSLPSPRKQPPPKPKRDPNTRLSASYEAVSACLS
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XP_011 TCSPASDESPLTPLEVKKLPVLETNLKYPVQPEGSSPLSPQYSKSQKGDGDRPASPGLAL
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XP_011 FNGSGRASPPSTPPPPPPPPGPPPAPYRPCAHLAFPPEPAPVNAGKAGPSAEAPKVHPKP
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XP_011 NSAPVAGPCSSFPKIPYSPVKATRADARKAGSSASPPAPYSPPSSRPLSSPLDELASLFN
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XP_011 SGRSVLRKSAAGRKIREAEGFETNMNISSRDDPSTSEITSETQDRNANNHGIQLSNSLSS
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Smith-Waterman score: 12436; 99.9% identity (99.9% similar) in 1858 aa overlap (1-1858:23-1880)
10 20 30
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GASRATLDSRFKHVVCILEAFGHAKTTLNDLSSCFIKYFELQFCERKQQLTGARIYTYLL
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NP_001 REKLAVLKRALNVVGFSSLEVENLFVILAAILHLGDIRFTALNEGNSAFVSDLQLLEQVA
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NP_001 GMLQVSTDELASALTTDIQYFKGDMIIRRHTIQIAEFFRDLLAKSLYSRLFSFLVNTMNS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TNAVYSPMKDGNGNVALKDHGTAFTIMHYAGRVMYDVVGAIEKNKDSLSQNLLFVMKTSE
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NP_001 KGTSTFLQRLERGDPVTIASQLRKSLMDIIGKLQKCTPHFIHCIRPNNSKLPDTFDNFYV
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NP_001 SAQLQYIGVLEMVKIFRYGYPVRLSFSDFLSRYKPLADTFLREKKEQSAAERCRLVLQQC
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NP_001 KLQGWQMGVRKVFLKYWHADQLNDLCLQLQRKIITCQKVIRGFLARQHLLQRISIRQQEV
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TSINSFLQNTEDMGLKTYDALVIQNASDIARENDRLRSEMNAPYHKEKLEVRNMQEEGSK
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RTDDKSGPRHFHPSSMSVCAAVDGLGQCLVGPSIWSPSLHSVFSMDDSSSLPSPRKQPPP
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KPKRDPNTRLSASYEAVSACLSAAREAANEALARPRPHSDDYSTMKKIPPRKPKRSPNTK
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NP_001 LSGSYEEISGSRPGDARPAGAPGAAARVLTPGTPQCALPPAAPPGDEDDSEPVYIEMLGH
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pF1KSD AARPDSPDPGESVYEEMKCCLPDDGGPGAGSFLLHGASPPLLHRAPEDEAAGPPGDACDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AARPDSPDPGESVYEEMKCCLPDDGGPGAGSFLLHGASPPLLHRAPEDEAAGPPGDACDI
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pF1KSD PPPFPNLLPHRPPLLVFPPTPVTCSPASDESPLTPLEVKKLPVLETNLKYPVQPEGSSPL
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NP_001 PPPFPNLLPHRPPLLVFPPTPVTCSPASDESPLTPLEVKKLPVLETNLKYPVQPEGSSPL
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NP_001 SPQYSKSQKGDGDRPASPGLALFNGSGRASPPSTPPPPPPPPGPPPAPYRPCAHLAFPPE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PAPVNAGKAGPSAEAPKVHPKPNSAPVAGPCSSFPKIPYSPVKATRADARKAGSSASPPA
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TSETQDRNANNHGIQLSNSLSSAITAENGNSISNGLPEEDGYSRLSISGTGTSTFQRHRD
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1780 1790 1800 1810 1820 1830
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1840 1850
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NP_001 KKPEGASCNRLPSELWDTTI
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XP_011 NLRKVEKEEAMIQSYYQRYTEERNCEESKAAYLE--RKAISERPSYPVPWLAENETSFKK
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pF1KSD DEDDSEPVYIEMLGHAARPDSPDPGESVYEEMKCCLPDDGGPGAGSFLLHGASPPLLHRA
.:.:. :.:.
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