Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0862
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0862, 582 aa
1>>>pF1KSDA0862 582 - 582 aa - 582 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.9964+/-0.00123; mu= 11.5791+/- 0.073
mean_var=143.5537+/-28.863, 0's: 0 Z-trim(106.2): 198 B-trim: 3 in 1/48
Lambda= 0.107045
statistics sampled from 8631 (8847) to 8631 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.632), E-opt: 0.2 (0.272), width: 16
Scan time: 3.760
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS7568.1 SHOC2 gene_id:8036|Hs108|chr10 ( 582) 3700 583.8 2e-166
CCDS58095.1 SHOC2 gene_id:8036|Hs108|chr10 ( 536) 2190 350.6 2.9e-96
CCDS55124.1 LRRD1 gene_id:401387|Hs108|chr7 ( 860) 666 115.4 3e-25
CCDS46951.1 LRRIQ4 gene_id:344657|Hs108|chr3 ( 560) 609 106.5 9.6e-23
CCDS4953.2 LRRC1 gene_id:55227|Hs108|chr6 ( 524) 520 92.7 1.2e-18
CCDS6411.1 SCRIB gene_id:23513|Hs108|chr8 (1630) 516 92.5 4.5e-18
CCDS6412.1 SCRIB gene_id:23513|Hs108|chr8 (1655) 516 92.5 4.5e-18
CCDS34172.1 ERBIN gene_id:55914|Hs108|chr5 (1302) 502 90.2 1.7e-17
CCDS58954.1 ERBIN gene_id:55914|Hs108|chr5 (1346) 502 90.2 1.7e-17
CCDS58951.1 ERBIN gene_id:55914|Hs108|chr5 (1367) 502 90.2 1.8e-17
CCDS3990.1 ERBIN gene_id:55914|Hs108|chr5 (1371) 502 90.3 1.8e-17
CCDS58953.1 ERBIN gene_id:55914|Hs108|chr5 (1412) 502 90.3 1.8e-17
CCDS58952.1 ERBIN gene_id:55914|Hs108|chr5 (1419) 502 90.3 1.8e-17
CCDS646.1 LRRC40 gene_id:55631|Hs108|chr1 ( 602) 491 88.3 3.1e-17
CCDS58521.1 FLII gene_id:2314|Hs108|chr17 (1258) 489 88.2 6.6e-17
CCDS11192.1 FLII gene_id:2314|Hs108|chr17 (1269) 489 88.2 6.7e-17
CCDS73910.1 PHLPP2 gene_id:23035|Hs108|chr16 (1256) 467 84.8 7e-16
CCDS9000.1 LGR5 gene_id:8549|Hs108|chr12 ( 907) 449 81.9 3.8e-15
CCDS81341.1 LRRC7 gene_id:57554|Hs108|chr1 (1495) 450 82.3 4.9e-15
CCDS645.1 LRRC7 gene_id:57554|Hs108|chr1 (1537) 450 82.3 5e-15
CCDS32479.1 PHLPP2 gene_id:23035|Hs108|chr16 (1323) 425 78.3 6.5e-14
CCDS45881.2 PHLPP1 gene_id:23239|Hs108|chr18 (1717) 422 78.0 1.1e-13
CCDS724.1 LRRC8B gene_id:23507|Hs108|chr1 ( 803) 414 76.5 1.5e-13
CCDS34844.1 MFHAS1 gene_id:9258|Hs108|chr8 (1052) 412 76.3 2.2e-13
CCDS12189.1 LRRC8E gene_id:80131|Hs108|chr19 ( 796) 399 74.1 7.2e-13
CCDS33920.1 CPN2 gene_id:1370|Hs108|chr3 ( 545) 394 73.2 9.3e-13
CCDS726.1 LRRC8D gene_id:55144|Hs108|chr1 ( 858) 396 73.7 1.1e-12
CCDS8960.1 LRIG3 gene_id:121227|Hs108|chr12 (1119) 380 71.3 7.1e-12
CCDS30808.1 LRIG2 gene_id:9860|Hs108|chr1 (1065) 378 71.0 8.5e-12
CCDS3307.1 GP5 gene_id:2814|Hs108|chr3 ( 560) 367 69.1 1.7e-11
CCDS3306.1 LRRC15 gene_id:131578|Hs108|chr3 ( 581) 355 67.2 6.3e-11
CCDS46984.1 LRRC15 gene_id:131578|Hs108|chr3 ( 587) 355 67.2 6.4e-11
CCDS34706.1 LRCH4 gene_id:4034|Hs108|chr7 ( 683) 352 66.8 9.8e-11
>>CCDS7568.1 SHOC2 gene_id:8036|Hs108|chr10 (582 aa)
initn: 3700 init1: 3700 opt: 3700 Z-score: 3101.4 bits: 583.8 E(32554): 2e-166
Smith-Waterman score: 3700; 99.8% identity (100.0% similar) in 582 aa overlap (1-582:1-582)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSSSLGKEKDSKEKDPKVPSAKEREKEAKASGGFGKESKEKEPKTKGKDAKDGKKDSSAA
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CCDS75 MSSSLGKEKDSKEKDPKVPSAKEREKEAKASGGFGKESKEKEPKTKGKDAKDGKKDSSAA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD QPGVAFSVDNTIKRPNPAPGTRKKSSNAEVIKELNKCREENSMRLDLSKRSIHILPSSIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 QPGVAFSVDNTIKRPNPAPGTRKKSSNAEVIKELNKCREENSMRLDLSKRSIHILPSSIK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD ELTQLTELYLYSNKLQSLPAEVGCLVNLMTLALSENSLTSLPDSLDNLKKLRMLDLRHNK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 ELTQLTELYLYSNKLQSLPAEVGCLVNLMTLALSENSLTSLPDSLDNLKKLRMLDLRHNK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD LREIPSVVYRLDSLTTLYLRFNRITTVEKDIKNLSKLSMLSIRENKIKQLPAEIGELCNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 LREIPSVVYRLDSLTTLYLRFNRITTVEKDIKNLSKLSMLSIRENKIKQLPAEIGELCNL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD ITLDVAHNQLEHLPKEIGNCTQITNLDLQHNELLDLPDTIGNLSSLSRLGLRYNRLSAIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 ITLDVAHNQLEHLPKEIGNCTQITNLDLQHNELLDLPDTIGNLSSLSRLGLRYNRLSAIP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD RSLAKCSALEELNLENNNISTLPESLLSSLVKLNSLTLARNCFQLYPVGGPSQFSTIYSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 RSLAKCSALEELNLENNNISTLPESLLSSLVKLNSLTLARNCFQLYPVGGPSQFSTIYSL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD NMEHNRINKIPFGIFSRAKVLSKLNMKDNQLTSLPLDFGTWTSMVELNLATNQLTKIPED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 NMEHNRINKIPFGIFSRAKVLSKLNMKDNQLTSLPLDFGTWTSMVELNLATNQLTKIPED
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD VSGLVSLEVLILSNNLLKKLPHGLGNLRKLRELDLEENKLESLPNEIAYLKDLQKLVLTN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 VSGLVSLEVLILSNNLLKKLPHGLGNLRKLRELDLEENKLESLPNEIAYLKDLQKLVLTN
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD NQLTTLPRGIGHLTNLTHLGLGENLLTHLPEEIGTLENLEELYLNDNPNLHSLPLELALC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::
CCDS75 NQLTTLPRGIGHLTNLTHLGLGENLLTHLPEEIGTLENLEELYLNDNPNLHSLPFELALC
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580
pF1KSD SKLSIMSIENCPLSHLPPQIVAGGPSFIIQFLKMQGPYRAMV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 SKLSIMSIENCPLSHLPPQIVAGGPSFIIQFLKMQGPYRAMV
550 560 570 580
>>CCDS58095.1 SHOC2 gene_id:8036|Hs108|chr10 (536 aa)
initn: 2188 init1: 2188 opt: 2190 Z-score: 1841.6 bits: 350.6 E(32554): 2.9e-96
Smith-Waterman score: 3288; 91.9% identity (92.1% similar) in 582 aa overlap (1-582:1-536)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSSSLGKEKDSKEKDPKVPSAKEREKEAKASGGFGKESKEKEPKTKGKDAKDGKKDSSAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MSSSLGKEKDSKEKDPKVPSAKEREKEAKASGGFGKESKEKEPKTKGKDAKDGKKDSSAA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD QPGVAFSVDNTIKRPNPAPGTRKKSSNAEVIKELNKCREENSMRLDLSKRSIHILPSSIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 QPGVAFSVDNTIKRPNPAPGTRKKSSNAEVIKELNKCREENSMRLDLSKRSIHILPSSIK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD ELTQLTELYLYSNKLQSLPAEVGCLVNLMTLALSENSLTSLPDSLDNLKKLRMLDLRHNK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 ELTQLTELYLYSNKLQSLPAEVGCLVNLMTLALSENSLTSLPDSLDNLKKLRMLDLRHNK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD LREIPSVVYRLDSLTTLYLRFNRITTVEKDIKNLSKLSMLSIRENKIKQLPAEIGELCNL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LREIPSVVYRLDSLTTLYLRFNRITTVEKDIKNLSKLSMLSIRENKIKQLPAEIG-----
190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KSD ITLDVAHNQLEHLPKEIGNCTQITNLDLQHNELLDLPDTIGNLSSLSRLGLRYNRLSAIP
:::::::::::::::::::
CCDS58 -----------------------------------------NLSSLSRLGLRYNRLSAIP
240 250
310 320 330 340 350 360
pF1KSD RSLAKCSALEELNLENNNISTLPESLLSSLVKLNSLTLARNCFQLYPVGGPSQFSTIYSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 RSLAKCSALEELNLENNNISTLPESLLSSLVKLNSLTLARNCFQLYPVGGPSQFSTIYSL
260 270 280 290 300 310
370 380 390 400 410 420
pF1KSD NMEHNRINKIPFGIFSRAKVLSKLNMKDNQLTSLPLDFGTWTSMVELNLATNQLTKIPED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 NMEHNRINKIPFGIFSRAKVLSKLNMKDNQLTSLPLDFGTWTSMVELNLATNQLTKIPED
320 330 340 350 360 370
430 440 450 460 470 480
pF1KSD VSGLVSLEVLILSNNLLKKLPHGLGNLRKLRELDLEENKLESLPNEIAYLKDLQKLVLTN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 VSGLVSLEVLILSNNLLKKLPHGLGNLRKLRELDLEENKLESLPNEIAYLKDLQKLVLTN
380 390 400 410 420 430
490 500 510 520 530 540
pF1KSD NQLTTLPRGIGHLTNLTHLGLGENLLTHLPEEIGTLENLEELYLNDNPNLHSLPLELALC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::
CCDS58 NQLTTLPRGIGHLTNLTHLGLGENLLTHLPEEIGTLENLEELYLNDNPNLHSLPFELALC
440 450 460 470 480 490
550 560 570 580
pF1KSD SKLSIMSIENCPLSHLPPQIVAGGPSFIIQFLKMQGPYRAMV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 SKLSIMSIENCPLSHLPPQIVAGGPSFIIQFLKMQGPYRAMV
500 510 520 530
>>CCDS55124.1 LRRD1 gene_id:401387|Hs108|chr7 (860 aa)
initn: 1033 init1: 354 opt: 666 Z-score: 566.9 bits: 115.4 E(32554): 3e-25
Smith-Waterman score: 730; 30.2% identity (66.1% similar) in 484 aa overlap (105-562:216-695)
80 90 100 110 120 130
pF1KSD PNPAPGTRKKSSNAEVIKELNKCREENSMRLDLSKRSIHILPSSIKELTQLTELYLYSNK
:..:. : .:. :..: .. .:..:.:
CCDS55 DLLGLEILSLQENGLSSLPSEIQLLHNLRILNVSHNHISHIPKEISQLGNIRQLFFYNNY
190 200 210 220 230 240
140 150 160 170 180 190
pF1KSD LQSLPAEVGCLVNLMTLALSENSLTSLPDSLDNLKKLRMLDLRHNKLREIPSVVYRLDSL
....:... :: :: :.:..:.: .::.: .:: ::.:.:..:.: .:... : .:
CCDS55 IENFPSDLECLGNLEILSLGKNKLRHIPDTLPSLKTLRVLNLEYNQLTTFPKALCFLPKL
250 260 270 280 290 300
200 210 220 230 240 250
pF1KSD TTLYLRFNRITTVEKDIKNLSKLSMLSIRENKIKQLPAEIGELCNLITLDVAHNQLEHLP
.: : : :... :.:..:..: : . .::. : .:: .: .. :..: :.:: .
CCDS55 ISLDLTGNLISSLPKEIRELKNLETLLMDHNKLTFLAVEIFQLLKIKELQLADNKLEVIS
310 320 330 340 350 360
260 270 280 290 300 310
pF1KSD KEIGNCTQITNLDLQHNELLDLPDTIGNLSSLSRLGLRYNRLSAIPRSLAKCSALEELNL
..: : .. : :..: : ..:. :. . : :.: :.:. .:. . : . :..:..
CCDS55 HKIENFRELRILILDKNLLKNIPEKISCCAMLECLSLSDNKLTELPKYIHKLNNLRKLHV
370 380 390 400 410 420
320 330 340 350
pF1KSD ENNNISTLPESLLSSLVKLNSLTLA-----------RNCFQL------------YPVGGP
. ::. . . . : : .. :: .. .:: .. .:.:
CCDS55 NRNNMVKITDCI-SHLNNICSLEFSGNIITDVPIEIKNCQKIIKIELSYNKIMYFPLGL-
430 440 450 460 470 480
360 370 380 390 400 410
pF1KSD SQFSTIYSLNMEHNRINKIPFGIFSRAKVLSKLNMKDNQLTSLPLDFGTWTSMVELNLAT
....: :... : :..:: : : .: : .:....:.: . : . .. :.:.
CCDS55 CALDSLYYLSVNGNYISEIPVDI-SFSKQLLHLELSENKLLIFSEHFCSLINLKYLDLGK
490 500 510 520 530 540
420 430 440 450 460 470
pF1KSD NQLTKIPEDVSGLVSLEVLILSNNLLKKLPHGLGNLRKLRELDLEENKLESLPNEIAYLK
::. ::: ..:...::.:::: : .. .:. : .:..:. ::: ::.:... ..: ::
CCDS55 NQIKKIPASISNMISLHVLILCCNKFETFPRELCTLENLQVLDLSENQLQKISSDICNLK
550 560 570 580 590 600
480 490 500 510 520
pF1KSD DLQKLVLTNNQLTTLPRGIGHLTNLTHLGLGE---NLLTHLPEEIGTLENLEELYLNDNP
.::: ...::. .: . .: .: .:.... ::.:: :.... .:.:: ...:
CCDS55 GIQKLNFSSNQFIHFPIELCQLQSLEQLNISQIKGRKLTRLPGELSNMTQLKELDISNNA
610 620 630 640 650 660
530 540 550 560 570 580
pF1KSD NLHSLPLELALCSKLSIMSIENCPLSHLPPQIVAGGPSFIIQFLKMQGPYRAMV
.. .: ... .: . : .:.:::....
CCDS55 -IREIPRNIGELRNLVSLHAYNNQISYLPPSLLSLNDLQQLNLSGNNLTALPSAIYNIFS
670 680 690 700 710 720
CCDS55 LKEINFDDNPLLRPPVEICKGKQLYTIARYLQRADERDEKILEKIFKIVANNITETNFEF
730 740 750 760 770 780
>>CCDS46951.1 LRRIQ4 gene_id:344657|Hs108|chr3 (560 aa)
initn: 602 init1: 364 opt: 609 Z-score: 521.8 bits: 106.5 E(32554): 9.6e-23
Smith-Waterman score: 644; 29.3% identity (62.7% similar) in 474 aa overlap (105-573:30-499)
80 90 100 110 120 130
pF1KSD PNPAPGTRKKSSNAEVIKELNKCREENSMRLDLSKRSIHILPSSIKELTQLTELYLYSNK
.: :..:. .: : .:.: :..: .:.
CCDS46 MSKDIKSVEHSPKIHQRNDPQHVNDRTFFIDASNQSLTAIPLEIFTFTELEEVHLENNQ
10 20 30 40 50
140 150 160 170 180 190
pF1KSD LQSLPAEVGCLVNLMTLALSENSLTSLPDSLDNLKKLRMLDLRHNKLREIPSVVYR-LDS
.. .: :. : :. .: :..:.: :: .: :..:. ::: .: . :: : .
CCDS46 IEEIPQEIQRLKNIRVLYLDKNNLRSLCPALGLLSSLESLDLSYNPIFSSSLVVVSFLHA
60 70 80 90 100 110
200 210 220 230 240 250
pF1KSD LTTLYLRFNRITTVEKDI-KNLSKLSMLSIRENKIKQLPAEIGELCNLITLDVAHNQLEH
: : : . . . : ::: .: .:.. :..: :: :: . .: . . .::.:
CCDS46 LRELRLYQTDLKEIPVVIFKNLHHLELLGLTGNHLKCLPKEIVNQTKLREIYLKRNQFEV
120 130 140 150 160 170
260 270 280 290 300 310
pF1KSD LPKEIGNCTQITNLDLQHNELLDLPDTIGNLSSLSRLGLRYNRLSAIPRSLAKCSALEEL
.:.:. . .::..:.. .:. ::.:..:... . : : ..: :: .:: : :
CCDS46 FPQELCVLYTLEIIDLDENKIGAIPEEIGHLTGLQKFYMASNNLPVLPASLCQCSQLSVL
180 190 200 210 220 230
320 330 340 350 360 370
pF1KSD NLENNNISTLPESLLSSLVKLNSLTLARNCFQLYPVGGPSQFSTIYSLNMEHNRINKIPF
.: .: . ..:.:. . : :.. . :. : .. : ...... : . .. ....
CCDS46 DLSHNLLHSIPKSF-AELRKMTEIGLSGNRLEKVPRL-ICRWTSLHLLYLGNTGLHRLR-
240 250 260 270 280 290
380 390 400 410 420 430
pF1KSD GIFSRAKVLSKLNMKDNQLTSLPLDFGTWTSMVELNLATNQLTKIPEDVSGLVSLEVLIL
: : : :....:.: ::.. . .. :.: :.. ..: ....: .:..: :
CCDS46 GSFRCLVNLRFLDLSQNHLHHCPLQICALKNLEVLGLDDNKIGQLPSELGSLSKLKILGL
300 310 320 330 340 350
440 450 460 470 480
pF1KSD SNNLLKKLPHGLGNLRKLRELDLEEN---KLESLPNEIAYLKDLQKLVLTNNQLTTLPRG
..: . ..:. . .: .:..: . .. :: .:..: :..:..: . ::.: :: .
CCDS46 TGNEFLSFPEEVLSLASLEKLYIGQDQGFKLTYVPEHIRKLQSLKELYIENNHLEYLPVS
360 370 380 390 400 410
490 500 510 520 530 540
pF1KSD IGHLTNLTHLGLGENLLTHLPEEIGTLENLEELYLNDNPNLHSLPLELALCSKLSIMSIE
.: . :: : .::: .::. : . :.:: :.:: : :: .: .:.....
CCDS46 LGSMPNLEVLDCRHNLLKQLPDAICQAQALKELRLEDNLLTH-LPENLDSLVNLKVLTLM
420 430 440 450 460 470
550 560 570 580
pF1KSD NCPLSHLPPQIVAGGPSFIIQFLKMQGPYRAMV
. :. . : .. : : : ..::
CCDS46 DNPMEEPPKEVCAEGNEAIWKYLKENRNRNIMATKIQAWWRGTMVQRGFGKFGELLKPQK
480 490 500 510 520 530
>>CCDS4953.2 LRRC1 gene_id:55227|Hs108|chr6 (524 aa)
initn: 470 init1: 470 opt: 520 Z-score: 447.9 bits: 92.7 E(32554): 1.2e-18
Smith-Waterman score: 652; 31.1% identity (65.6% similar) in 395 aa overlap (169-562:12-379)
140 150 160 170 180 190
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. : . :.. : : ::... .:..:. :.. :...:..... : :.:..:
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.. ::.:: .:. . :.. .:.: ..: .: .
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. :. : . :::. :: ..:. ... :... :.: ..::..:::.:: :..:.:::
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CCDS64 LLKSLPASL-SFLVKLEQLDLGGNDLEVLP-----------------DTLGALP------
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CCDS58 KNGIQEFP-----------------------ENIKNCKVLTIVEASVNPISKLPDGFSQL
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CCDS58 LNLTQLYLNDAFLEFLPANFGRLTKLQILELRENQLKMLPKTMNRLTQLERLDLGSNEFT
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]