FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KSDA0832, 458 aa 1>>>pF1KSDA0832 458 - 458 aa - 458 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5675+/-0.000836; mu= 12.7015+/- 0.051 mean_var=104.1716+/-20.633, 0's: 0 Z-trim(109.7): 124 B-trim: 66 in 1/53 Lambda= 0.125661 statistics sampled from 10933 (11060) to 10933 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.705), E-opt: 0.2 (0.34), width: 16 Scan time: 3.330 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS41468.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1 ( 458) 3059 565.0 5.5e-161 CCDS1517.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1 ( 435) 2900 536.2 2.5e-152 CCDS58061.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1 ( 470) 2900 536.2 2.7e-152 CCDS9850.2 ESRRB gene_id:2103|Hs108|chr14 ( 508) 2325 432.0 6.8e-121 CCDS58060.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1 ( 396) 1709 320.3 2.3e-87 CCDS60830.1 ESRRA gene_id:2101|Hs108|chr11 ( 422) 1588 298.3 9.8e-81 CCDS41667.1 ESRRA gene_id:2101|Hs108|chr11 ( 423) 981 188.3 1.3e-47 CCDS35172.1 RXRA gene_id:6256|Hs108|chr9 ( 462) 743 145.2 1.4e-34 CCDS8850.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12 ( 454) 712 139.5 6.6e-33 CCDS4768.1 RXRB gene_id:6257|Hs108|chr6 ( 533) 713 139.8 6.7e-33 CCDS59007.1 RXRB gene_id:6257|Hs108|chr6 ( 537) 710 139.2 9.8e-33 CCDS2201.1 NR4A2 gene_id:4929|Hs108|chr2 ( 598) 685 134.7 2.5e-31 CCDS41790.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12 ( 443) 682 134.1 2.8e-31 CCDS58236.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12 ( 382) 674 132.6 6.8e-31 CCDS4068.1 NR2F1 gene_id:7025|Hs108|chr5 ( 423) 672 132.3 9.6e-31 CCDS10375.1 NR2F2 gene_id:7026|Hs108|chr15 ( 414) 669 131.7 1.4e-30 CCDS42317.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17 ( 457) 648 127.9 2.1e-29 CCDS11366.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17 ( 462) 645 127.4 3.1e-29 CCDS8818.1 NR4A1 gene_id:3164|Hs108|chr12 ( 598) 635 125.7 1.3e-28 CCDS55828.1 NR4A1 gene_id:3164|Hs108|chr12 ( 611) 635 125.7 1.4e-28 CCDS6743.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9 ( 626) 635 125.7 1.4e-28 CCDS6742.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9 ( 637) 635 125.7 1.4e-28 CCDS47298.1 NR3C1 gene_id:2908|Hs108|chr5 ( 742) 636 125.9 1.4e-28 CCDS73471.1 NR4A1 gene_id:3164|Hs108|chr12 ( 652) 635 125.7 1.4e-28 CCDS4278.1 NR3C1 gene_id:2908|Hs108|chr5 ( 777) 636 125.9 1.5e-28 CCDS34258.1 NR3C1 gene_id:2908|Hs108|chr5 ( 778) 630 124.8 3.1e-28 CCDS2642.1 RARB gene_id:5915|Hs108|chr3 ( 448) 626 124.0 3.2e-28 CCDS12352.1 NR2F6 gene_id:2063|Hs108|chr19 ( 404) 624 123.6 3.8e-28 CCDS58237.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12 ( 432) 557 111.4 1.8e-24 CCDS14387.1 AR gene_id:367|Hs108|chrX ( 920) 525 105.8 1.9e-22 CCDS43965.1 AR gene_id:367|Hs108|chrX ( 388) 515 103.8 3.3e-22 CCDS46775.1 RARB gene_id:5915|Hs108|chr3 ( 336) 449 91.8 1.2e-18 CCDS5234.1 ESR1 gene_id:2099|Hs108|chr6 ( 595) 443 90.8 4e-18 CCDS6744.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9 ( 443) 403 83.5 4.8e-16 CCDS60383.1 NR5A2 gene_id:2494|Hs108|chr1 ( 469) 396 82.3 1.2e-15 CCDS1400.1 NR5A2 gene_id:2494|Hs108|chr1 ( 495) 396 82.3 1.3e-15 CCDS61469.1 ESR2 gene_id:2100|Hs108|chr14 ( 439) 395 82.1 1.3e-15 CCDS6856.1 NR5A1 gene_id:2516|Hs108|chr9 ( 461) 395 82.1 1.3e-15 CCDS1401.1 NR5A2 gene_id:2494|Hs108|chr1 ( 541) 396 82.3 1.4e-15 CCDS61470.1 ESR2 gene_id:2100|Hs108|chr14 ( 474) 395 82.1 1.4e-15 CCDS55920.1 ESR2 gene_id:2100|Hs108|chr14 ( 481) 395 82.1 1.4e-15 CCDS32096.1 ESR2 gene_id:2100|Hs108|chr14 ( 495) 395 82.1 1.4e-15 CCDS9762.1 ESR2 gene_id:2100|Hs108|chr14 ( 530) 395 82.1 1.5e-15 CCDS45359.1 NR2F2 gene_id:7026|Hs108|chr15 ( 261) 388 80.7 2e-15 CCDS45358.1 NR2F2 gene_id:7026|Hs108|chr15 ( 281) 388 80.7 2.2e-15 CCDS3772.1 NR3C2 gene_id:4306|Hs108|chr4 ( 984) 355 75.0 3.8e-13 CCDS8310.1 PGR gene_id:5241|Hs108|chr11 ( 933) 347 73.6 1e-12 CCDS55340.1 NR6A1 gene_id:2649|Hs108|chr9 ( 475) 342 72.5 1.1e-12 CCDS65127.1 NR6A1 gene_id:2649|Hs108|chr9 ( 476) 342 72.5 1.1e-12 CCDS35137.1 NR6A1 gene_id:2649|Hs108|chr9 ( 480) 342 72.5 1.1e-12 >>CCDS41468.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1 (458 aa) initn: 3059 init1: 3059 opt: 3059 Z-score: 3003.7 bits: 565.0 E(32554): 5.5e-161 Smith-Waterman score: 3059; 100.0% identity (100.0% similar) in 458 aa overlap (1-458:1-458) 10 20 30 40 50 60 pF1KSD MDSVELCLPESFSLHYEEELLCRMSNKDRHIDSSCSSFIKTEPSSPASLTDSVNHHSPGG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS41 MDSVELCLPESFSLHYEEELLCRMSNKDRHIDSSCSSFIKTEPSSPASLTDSVNHHSPGG 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KSD SSDASGSYSSTMNGHQNGLDSPPLYPSAPILGGSGPVRKLYDDCSSTIVEDPQTKCEYML :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS41 SSDASGSYSSTMNGHQNGLDSPPLYPSAPILGGSGPVRKLYDDCSSTIVEDPQTKCEYML 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KSD NSMPKRLCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKRRRKSC :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS41 NSMPKRLCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKRRRKSC 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KSD QACRFMKCLKVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRIDAENSPYLNPQLVQPAKKPYNKIVSH :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS41 QACRFMKCLKVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRIDAENSPYLNPQLVQPAKKPYNKIVSH 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KSD LLVAEPEKIYAMPDPTVPDSDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSTLSLADQMSL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS41 LLVAEPEKIYAMPDPTVPDSDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSTLSLADQMSL 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KSD LQSAWMEILILGVVYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLAGLLDLNNAILQLVKKYKSMK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS41 LQSAWMEILILGVVYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLAGLLDLNNAILQLVKKYKSMK 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KSD LEKEEFVTLKAIALANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEALQDYEAGQHMEDPRRAGKMLMT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS41 LEKEEFVTLKAIALANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEALQDYEAGQHMEDPRRAGKMLMT 370 380 390 400 410 420 430 440 450 pF1KSD LPLLRQTSTKAVQHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS41 LPLLRQTSTKAVQHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV 430 440 450 >>CCDS1517.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1 (435 aa) initn: 2900 init1: 2900 opt: 2900 Z-score: 2848.2 bits: 536.2 E(32554): 2.5e-152 Smith-Waterman score: 2900; 100.0% identity (100.0% similar) in 435 aa overlap (24-458:1-435) 10 20 30 40 50 60 pF1KSD MDSVELCLPESFSLHYEEELLCRMSNKDRHIDSSCSSFIKTEPSSPASLTDSVNHHSPGG ::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS15 MSNKDRHIDSSCSSFIKTEPSSPASLTDSVNHHSPGG 10 20 30 70 80 90 100 110 120 pF1KSD SSDASGSYSSTMNGHQNGLDSPPLYPSAPILGGSGPVRKLYDDCSSTIVEDPQTKCEYML :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS15 SSDASGSYSSTMNGHQNGLDSPPLYPSAPILGGSGPVRKLYDDCSSTIVEDPQTKCEYML 40 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 pF1KSD NSMPKRLCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKRRRKSC :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS15 NSMPKRLCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKRRRKSC 100 110 120 130 140 150 190 200 210 220 230 240 pF1KSD QACRFMKCLKVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRIDAENSPYLNPQLVQPAKKPYNKIVSH :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS15 QACRFMKCLKVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRIDAENSPYLNPQLVQPAKKPYNKIVSH 160 170 180 190 200 210 250 260 270 280 290 300 pF1KSD LLVAEPEKIYAMPDPTVPDSDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSTLSLADQMSL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS15 LLVAEPEKIYAMPDPTVPDSDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSTLSLADQMSL 220 230 240 250 260 270 310 320 330 340 350 360 pF1KSD LQSAWMEILILGVVYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLAGLLDLNNAILQLVKKYKSMK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS15 LQSAWMEILILGVVYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLAGLLDLNNAILQLVKKYKSMK 280 290 300 310 320 330 370 380 390 400 410 420 pF1KSD LEKEEFVTLKAIALANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEALQDYEAGQHMEDPRRAGKMLMT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS15 LEKEEFVTLKAIALANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEALQDYEAGQHMEDPRRAGKMLMT 340 350 360 370 380 390 430 440 450 pF1KSD LPLLRQTSTKAVQHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS15 LPLLRQTSTKAVQHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV 400 410 420 430 >>CCDS58061.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1 (470 aa) initn: 2909 init1: 1494 opt: 2900 Z-score: 2847.7 bits: 536.2 E(32554): 2.7e-152 Smith-Waterman score: 2900; 95.9% identity (96.7% similar) in 459 aa overlap (7-458:18-470) 10 20 30 40 pF1KSD MDSVELCLPESFSLHYEEELLCRMSNKDRHIDSSCSSFIKTEPSSPASL :.: . ..:::::::::::::::::::::::::::::: CCDS58 MWRECDWGLGAVKSDLACVPSA------KRLLCRMSNKDRHIDSSCSSFIKTEPSSPASL 10 20 30 40 50 50 60 70 80 90 100 pF1KSD TDSVNHHSPGGSSDASGSYSSTMNGHQNGLDSPPLYPSAPILGGSGPVRKLYDDCSSTIV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS58 TDSVNHHSPGGSSDASGSYSSTMNGHQNGLDSPPLYPSAPILGGSGPVRKLYDDCSSTIV 60 70 80 90 100 110 110 120 130 140 150 160 pF1KSD EDPQTKCEYMLNSMPKRLCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS58 EDPQTKCEYMLNSMPKRLCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNE 120 130 140 150 160 170 170 180 190 200 210 220 pF1KSD CEITKRRRKSCQACRFMKCLKVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRIDAENSPYLNPQLVQP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS58 CEITKRRRKSCQACRFMKCLKVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRIDAENSPYLNPQLVQP 180 190 200 210 220 230 230 240 250 260 270 280 pF1KSD AKKPY-------NKIVSHLLVAEPEKIYAMPDPTVPDSDIKALTTLCDLADRELVVIIGW :::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS58 AKKPLLWSDPADNKIVSHLLVAEPEKIYAMPDPTVPDSDIKALTTLCDLADRELVVIIGW 240 250 260 270 280 290 290 300 310 320 330 340 pF1KSD AKHIPGFSTLSLADQMSLLQSAWMEILILGVVYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLAGL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS58 AKHIPGFSTLSLADQMSLLQSAWMEILILGVVYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLAGL 300 310 320 330 340 350 350 360 370 380 390 400 pF1KSD LDLNNAILQLVKKYKSMKLEKEEFVTLKAIALANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEALQDY :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS58 LDLNNAILQLVKKYKSMKLEKEEFVTLKAIALANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEALQDY 360 370 380 390 400 410 410 420 430 440 450 pF1KSD EAGQHMEDPRRAGKMLMTLPLLRQTSTKAVQHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS58 EAGQHMEDPRRAGKMLMTLPLLRQTSTKAVQHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV 420 430 440 450 460 470 >>CCDS9850.2 ESRRB gene_id:2103|Hs108|chr14 (508 aa) initn: 2042 init1: 2042 opt: 2325 Z-score: 2283.9 bits: 432.0 E(32554): 6.8e-121 Smith-Waterman score: 2325; 78.2% identity (93.3% similar) in 435 aa overlap (24-458:1-433) 10 20 30 40 50 60 pF1KSD MDSVELCLPESFSLHYEEELLCRMSNKDRHIDSSCSSFIKTEPSSPASLTDSVNHHSPGG ::. :::. :::.::::::::::.: :...::::.: CCDS98 MSSDDRHLGSSCGSFIKTEPSSPSSGIDALSHHSPSG 10 20 30 70 80 90 100 110 120 pF1KSD SSDASGSYSSTMNGHQNGLDSPPLYPSAPILGGSGPVRKLYDDCSSTIVEDPQTKCEYML ::::::... ... : :::::::.. .: :::. : :: :.::.: :.:: :::::: CCDS98 SSDASGGFGLALGTHANGLDSPPMFAGAG-LGGT-PCRKSYEDCASGIMEDSAIKCEYML 40 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 pF1KSD NSMPKRLCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKRRRKSC :..::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS98 NAIPKRLCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKRRRKSC 100 110 120 130 140 150 190 200 210 220 230 240 pF1KSD QACRFMKCLKVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRIDAENSPYLNPQLVQPAKKPYNKIVSH :::::::::::::::::::::::::::::::::.:.:.::::. :. ::::: .::::. CCDS98 QACRFMKCLKVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRLDSESSPYLSLQISPPAKKPLTKIVSY 160 170 180 190 200 210 250 260 270 280 290 300 pF1KSD LLVAEPEKIYAMPDPTVPDSDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSTLSLADQMSL ::::::.:.:::: : .:..::::::::::::::::::::::::::::::.:::.::::: CCDS98 LLVAEPDKLYAMPPPGMPEGDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSSLSLGDQMSL 220 230 240 250 260 270 310 320 330 340 350 360 pF1KSD LQSAWMEILILGVVYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLAGLLDLNNAILQLVKKYKSMK ::::::::::::.::::: ..:.::::.::::::..:.:::::.: ::::::..::..: CCDS98 LQSAWMEILILGIVYRSLPYDDKLVYAEDYIMDEEHSRLAGLLELYRAILQLVRRYKKLK 280 290 300 310 320 330 370 380 390 400 410 420 pF1KSD LEKEEFVTLKAIALANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEALQDYEAGQHMEDPRRAGKMLMT .::::::::::.::::::::.:::.::::::::.::::::::: .:. :.: :.::.:.: CCDS98 VEKEEFVTLKALALANSDSMYIEDLEAVQKLQDLLHEALQDYELSQRHEEPWRTGKLLLT 340 350 360 370 380 390 430 440 450 pF1KSD LPLLRQTSTKAVQHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV :::::::..:::::::..::.::::::::::::::::: CCDS98 LPLLRQTAAKAVQHFYSVKLQGKVPMHKLFLEMLEAKVGQEQLRGSPKDERMSSHDGKCP 400 410 420 430 440 450 CCDS98 FQSAAFTSRDQSNSPGIPNPRPSSPTPLNERGRQISPSTRTPGGQGKHLWLTM 460 470 480 490 500 >>CCDS58060.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1 (396 aa) initn: 1692 init1: 1692 opt: 1709 Z-score: 1681.9 bits: 320.3 E(32554): 2.3e-87 Smith-Waterman score: 2533; 91.0% identity (91.0% similar) in 435 aa overlap (24-458:1-396) 10 20 30 40 50 60 pF1KSD MDSVELCLPESFSLHYEEELLCRMSNKDRHIDSSCSSFIKTEPSSPASLTDSVNHHSPGG ::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS58 MSNKDRHIDSSCSSFIKTEPSSPASLTDSVNHHSPGG 10 20 30 70 80 90 100 110 120 pF1KSD SSDASGSYSSTMNGHQNGLDSPPLYPSAPILGGSGPVRKLYDDCSSTIVEDPQTKCEYML :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS58 SSDASGSYSSTMNGHQNGLDSPPLYPSAPILGGSGPVRKLYDDCSSTIVEDPQTKCEYML 40 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 pF1KSD NSMPKRLCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKRRRKSC :::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS58 NSMPKRLCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQG---------------------- 100 110 120 130 190 200 210 220 230 240 pF1KSD QACRFMKCLKVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRIDAENSPYLNPQLVQPAKKPYNKIVSH ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS58 -----------------VRLDRVRGGRQKYKRRIDAENSPYLNPQLVQPAKKPYNKIVSH 140 150 160 170 250 260 270 280 290 300 pF1KSD LLVAEPEKIYAMPDPTVPDSDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSTLSLADQMSL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS58 LLVAEPEKIYAMPDPTVPDSDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSTLSLADQMSL 180 190 200 210 220 230 310 320 330 340 350 360 pF1KSD LQSAWMEILILGVVYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLAGLLDLNNAILQLVKKYKSMK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS58 LQSAWMEILILGVVYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLAGLLDLNNAILQLVKKYKSMK 240 250 260 270 280 290 370 380 390 400 410 420 pF1KSD LEKEEFVTLKAIALANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEALQDYEAGQHMEDPRRAGKMLMT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS58 LEKEEFVTLKAIALANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEALQDYEAGQHMEDPRRAGKMLMT 300 310 320 330 340 350 430 440 450 pF1KSD LPLLRQTSTKAVQHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS58 LPLLRQTSTKAVQHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV 360 370 380 390 >>CCDS60830.1 ESRRA gene_id:2101|Hs108|chr11 (422 aa) initn: 1632 init1: 736 opt: 1588 Z-score: 1563.0 bits: 298.3 E(32554): 9.8e-81 Smith-Waterman score: 1602; 57.9% identity (78.0% similar) in 432 aa overlap (38-456:12-419) 10 20 30 40 50 60 pF1KSD LPESFSLHYEEELLCRMSNKDRHIDSSCSSFIKTEPSSPASLTDSVNHHSPGGSSDASG- .::.::.:: : : . .. . : : CCDS60 MSSQVVGIEPLYIKAEPASPDSPKGSSETETEPPVALAPGP 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KSD SYSSTMNGHQNGLDSPPLYPSAPILGGSGPVRKLYDDCSSTIVEDPQTKCEYMLNSMPKR . . . ::.. :. :.:: : . .:.:.::: CCDS60 APTRCLPGHKEEEDGE----------GAGP--------------GEQGGGKLVLSSLPKR 50 60 70 130 140 150 160 170 180 pF1KSD LCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKRRRKSCQACRFM :::::::.::::::::::::::::::::::::.:::::::.:::::::::::.:::::: CCDS60 LCLVCGDVASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGSIEYSCPASNECEITKRRRKACQACRFT 80 90 100 110 120 130 190 200 210 220 230 pF1KSD KCLKVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRIDAENSPYLNPQLVQP------AKK--PYNKIV :::.::::::::::::::::::::::: ... :. .: . : .: : : .: CCDS60 KCLRVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRPEVDPLPFPGPFPAGPLAVAGGPRKTAPVNALV 140 150 160 170 180 190 240 250 260 270 280 290 pF1KSD SHLLVAEPEKIYAMPDPTVPDSDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSTLSLADQM :::::.::::.::::::. ::. . :..::::: :::.:: :.::: :::::.:::.::: CCDS60 SHLLVVEPEKLYAMPDPAGPDGHLPAVATLCDLFDREIVVTISWAKSIPGFSSLSLSDQM 200 210 220 230 240 250 300 310 320 330 340 350 pF1KSD SLLQSAWMEILILGVVYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLAGLLDLNNAILQLVKKYKS :.:::.:::.:.:::. ::: ..:::..:.: ..::. .. ::: .:. :.::::.. .. CCDS60 SVLQSVWMEVLVLGVAQRSLPLQDELAFAEDLVLDEEGARAAGLGELGAALLQLVRRLQA 260 270 280 290 300 310 360 370 380 390 400 410 pF1KSD MKLEKEEFVTLKAIALANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEALQDYEAGQHME----DPRRA ..::.::.: :::.:::::::.::::.:::..:...::::: .::::. . ::: CCDS60 LRLEREEYVLLKALALANSDSVHIEDAEAVEQLREALHEALLEYEAGRAGPGGGAERRRA 320 330 340 350 360 370 420 430 440 450 pF1KSD GKMLMTLPLLRQTSTKAVQHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV :..:.::::::::. :.. :::..:::::::::::::::::: CCDS60 GRLLLTLPLLRQTAGKVLAHFYGVKLEGKVPMHKLFLEMLEAMMD 380 390 400 410 420 >>CCDS41667.1 ESRRA gene_id:2101|Hs108|chr11 (423 aa) initn: 1632 init1: 736 opt: 981 Z-score: 968.2 bits: 188.3 E(32554): 1.3e-47 Smith-Waterman score: 1600; 57.7% identity (77.8% similar) in 433 aa overlap (38-456:12-420) 10 20 30 40 50 60 pF1KSD LPESFSLHYEEELLCRMSNKDRHIDSSCSSFIKTEPSSPASLTDSVNHHSPGGSSDASG- .::.::.:: : : . .. . : : CCDS41 MSSQVVGIEPLYIKAEPASPDSPKGSSETETEPPVALAPGP 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KSD SYSSTMNGHQNGLDSPPLYPSAPILGGSGPVRKLYDDCSSTIVEDPQTKCEYMLNSMPKR . . . ::.. :. :.:: : . .:.:.::: CCDS41 APTRCLPGHKEEEDGE----------GAGP--------------GEQGGGKLVLSSLPKR 50 60 70 130 140 150 160 170 180 pF1KSD LCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKRRRKSCQACRFM :::::::.::::::::::::::::::::::::.:::::::.:::::::::::.:::::: CCDS41 LCLVCGDVASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGSIEYSCPASNECEITKRRRKACQACRFT 80 90 100 110 120 130 190 200 210 220 230 pF1KSD KCLKVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRIDAENSPYLNPQLVQP------AKK---PYNKI :::.::::::::::::::::::::::: ... :. .: . : .: : : . CCDS41 KCLRVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRPEVDPLPFPGPFPAGPLAVAGGPRKTAAPVNAL 140 150 160 170 180 190 240 250 260 270 280 290 pF1KSD VSHLLVAEPEKIYAMPDPTVPDSDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSTLSLADQ ::::::.::::.::::::. ::. . :..::::: :::.:: :.::: :::::.:::.:: CCDS41 VSHLLVVEPEKLYAMPDPAGPDGHLPAVATLCDLFDREIVVTISWAKSIPGFSSLSLSDQ 200 210 220 230 240 250 300 310 320 330 340 350 pF1KSD MSLLQSAWMEILILGVVYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLAGLLDLNNAILQLVKKYK ::.:::.:::.:.:::. ::: ..:::..:.: ..::. .. ::: .:. :.::::.. . CCDS41 MSVLQSVWMEVLVLGVAQRSLPLQDELAFAEDLVLDEEGARAAGLGELGAALLQLVRRLQ 260 270 280 290 300 310 360 370 380 390 400 410 pF1KSD SMKLEKEEFVTLKAIALANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEALQDYEAGQHME----DPRR ...::.::.: :::.:::::::.::::.:::..:...::::: .::::. . :: CCDS41 ALRLEREEYVLLKALALANSDSVHIEDAEAVEQLREALHEALLEYEAGRAGPGGGAERRR 320 330 340 350 360 370 420 430 440 450 pF1KSD AGKMLMTLPLLRQTSTKAVQHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV ::..:.::::::::. :.. :::..:::::::::::::::::: CCDS41 AGRLLLTLPLLRQTAGKVLAHFYGVKLEGKVPMHKLFLEMLEAMMD 380 390 400 410 420 >>CCDS35172.1 RXRA gene_id:6256|Hs108|chr9 (462 aa) initn: 594 init1: 343 opt: 743 Z-score: 734.5 bits: 145.2 E(32554): 1.4e-34 Smith-Waterman score: 774; 32.7% identity (62.4% similar) in 447 aa overlap (41-456:20-457) 20 30 40 50 60 pF1KSD SFSLHYEEELLCRMSNKDRHIDSSCSSFIKTEPSSPASLTDSVNHHS--PG-GSSDASGS : :.. .:.. : : :: :: : CCDS35 MDTKHFLPLDFSTQVNSSLTSPTGRGSMAAPSLHPSLGPGIGSPGQLHS 10 20 30 40 70 80 90 100 110 pF1KSD YSSTMNGHQNGLDSP------PL------YPSAPILG---GSGPVRKLYDDCSSTIVEDP ::... ::. : :. :..: :: :: . . .. ::. : CCDS35 PISTLSSPINGMGPPFSVISSPMGPHSMSVPTTPTLGFSTGSPQLSSPMNPVSSSEDIKP 50 60 70 80 90 100 120 130 140 150 160 pF1KSD QTKCEYMLN----------SMPKRLCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEY . .:. :. :..: .::: .:: :::: :::.::.:::::.. .. : CCDS35 PLGLNGVLKVPAHPSGNMASFTKHICAICGDRSSGKHYGVYSCEGCKGFFKRTVRKDLTY 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 pF1KSD SCPATNECEITKRRRKSCQACRFMKCLKVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRIDAENSPYL .: ...: : ::.:. :: ::..::: .:: .:.:. .: :: : . . ..:.. CCDS35 TCRDNKDCLIDKRQRNRCQYCRYQKCLAMGMKREAVQEERQRG---KDRNENEVESTSSA 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 pF1KSD NPQLVQPAKKPYNKIVSHLLVAEPE-KIYAMPDPTV-PDSDIKALTTLCDLADRELVVII : .. : ..:. :..::. . :. . . :.: .:..:. ::..: ... CCDS35 NEDM------PVERILEAELAVEPKTETYVEANMGLNPSSPNDPVTNICQAADKQLFTLV 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 pF1KSD GWAKHIPGFSTLSLADQMSLLQSAWMEILILGVVYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLA :::.:: :: : : ::. ::...: :.:: . .::.. .: .. : . ..... : CCDS35 EWAKRIPHFSELPLDDQVILLRAGWNELLIASFSHRSIAVKDGILLATGLHVHRNSAHSA 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 pF1KSD GLLDLNNAIL-QLVKKYKSMKLEKEEFVTLKAIALANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEAL :. . . .: .::.:...:...: :. :.::.: : :: . . :. :.. .. .: CCDS35 GVGAIFDRVLTELVSKMRDMQMDKTELGCLRAIVLFNPDSKGLSNPAEVEALREKVYASL 350 360 370 380 390 400 400 410 420 430 440 450 pF1KSD QDYEAGQHMEDPRRAGKMLMTLPLLRQTSTKAVQHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV . : .. :.: : .:.:. :: ::. . : ..:.. .:: : .:. ...::::: CCDS35 EAYCKHKYPEQPGRFAKLLLRLPALRSIGLKCLEHLFFFKLIGDTPIDTFLMEMLEAPHQ 410 420 430 440 450 460 CCDS35 MT >>CCDS8850.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12 (454 aa) initn: 602 init1: 602 opt: 712 Z-score: 704.2 bits: 139.5 E(32554): 6.6e-33 Smith-Waterman score: 712; 34.1% identity (61.0% similar) in 413 aa overlap (58-455:16-417) 30 40 50 60 70 80 pF1KSD DRHIDSSCSSFIKTEPSSPASLTDSVNHHSPGGSSDASGSYSSTMNGHQNGLDSPPLYPS ::.. ..: . .. : : :::. CCDS88 MATNKERLFAAGALGPGSGYPGAG-FPFAFPGALRG--SPPFEML 10 20 30 40 90 100 110 120 130 pF1KSD APILGGSG-PVRKLYDDCSSTIVEDPQTKCEYMLNSMPK--------RLCLVCGDIASGY .: . : : : : . .: :: .:. : :. : :. . :.::.: .::: CCDS88 SPSFRGLGQP--DLPKEMASLSVETQSTSSEEMVPSSPSPPPPPRVYKPCFVCNDKSSGY 50 60 70 80 90 100 140 150 160 170 180 190 pF1KSD HYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKRRRKSCQACRFMKCLKVGMLKEGV ::::.:::.::.::.:.:: :. :.: ..: :.: :. :: ::..::..::: ::.: CCDS88 HYGVSSCEGCKGFFRRSIQKNMVYTCHRDKNCIINKVTRNRCQYCRLQKCFEVGMSKEAV 110 120 130 140 150 160 200 210 220 230 240 250 pF1KSD RLDRVRGGRQKYKRRIDAENSP--Y-LNPQL---VQPAKKPYNKIVSHLLVAEPEKIYAM : : :.: :... :.:: : :.::: . ..: ... : . CCDS88 RND-----RNKKKKEVKEEGSPDSYELSPQLEELITKVSKAHQETFPSLCQLGKYTTNSS 170 180 190 200 210 260 270 280 290 300 310 pF1KSD PDPTVPDSDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSTLSLADQMSLLQSAWMEILILG : : . :. . .:: . .. :. .::..:::. ::.:::..::..: ..::.: CCDS88 ADHRV-QLDLGLWDKFSELATKCIIKIVEFAKRLPGFTGLSIADQITLLKAACLDILMLR 220 230 240 250 260 270 320 330 340 350 360 370 pF1KSD VVYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLAGLLDLNNAILQLVKKYKSMKLEKEEFVTLKAI . : .: ....: ... : . ::. :.. .. .. . .... : :.:: CCDS88 ICTRYTPEQDTMTFSDGLTLNRTQMHNAGFGPLTDLVFAFAGQLLPLEMDDTETGLLSAI 280 290 300 310 320 330 380 390 400 410 420 430 pF1KSD ALANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEALQDYEAGQHMEDPRRAGKMLMTLPLLRQTSTKAV : .: : .:. : :.:::. : :::. : .. .: .::: . :: :::.. CCDS88 CLICGDRMDLEEPEKVDKLQEPLLEALRLYARRRRPSQPYMFPRMLMKITDLRGISTKGA 340 350 360 370 380 390 440 450 pF1KSD QHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV .. ..:.: :: :. :::: CCDS88 ERAITLKMEIPGPMPPLIREMLENPEMFEDDSSQPGPHPNASSEDEVPGGQGKGGLKSPA 400 410 420 430 440 450 >>CCDS4768.1 RXRB gene_id:6257|Hs108|chr6 (533 aa) initn: 677 init1: 351 opt: 713 Z-score: 704.2 bits: 139.8 E(32554): 6.7e-33 Smith-Waterman score: 736; 32.6% identity (60.1% similar) in 436 aa overlap (43-456:107-528) 20 30 40 50 60 70 pF1KSD SLHYEEELLCRMSNKDRHIDSSCSSFIKTEPSSPASLTDSVNHHSPGGSSDASGSYSSTM ::. :: : : :: .. CCDS47 GRDSRSPDSSSPNPLPQGVPPPSPPGPPLPPSTAPSLGGSGAPPPPPMPPPPLGSPFPVI 80 90 100 110 120 130 80 90 100 110 120 pF1KSD NGHQNGLDSPPLYPSAPILGGSGPVRKLYDDCSSTIV-------ED--PQTKCEYMLNSM . ... :: : : :: : :::: . . . .. :: : . :. CCDS47 S---SSMGSPGLPPPAPP-GFSGPVSSPQINSTVSLPGGGSGPPEDVKPPVLGVRGLHCP 140 150 160 170 180 190 130 140 150 160 170 pF1KSD P--------KRLCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKR : :::: .::: .:: :::: :::.::.::::::. .. ::: ...: . :: CCDS47 PPPGGPGAGKRLCAICGDRSSGKHYGVYSCEGCKGFFKRTIRKDLTYSCRDNKDCTVDKR 200 210 220 230 240 250 180 190 200 210 220 230 pF1KSD RRKSCQACRFMKCLKVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRIDAENSPYLNPQLVQPAKKPYN .:. :: ::..::: .:: .:.:. .: :: . :.:.. : . : . CCDS47 QRNRCQYCRYQKCLATGMKREAVQEERQRG----KDKDGDGEGAGG------APEEMPVD 260 270 280 290 300 240 250 260 270 280 290 pF1KSD KIVSHLLVAEPEKIYAMPDPT----VPDSDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFST .:. :..: .. .. : .: .:..:. ::..: ... :::.:: ::. CCDS47 RILEAELAVEQKSDQGVEGPGGTGGSGSSPNDPVTNICQAADKQLFTLVEWAKRIPHFSS 310 320 330 340 350 360 300 310 320 330 340 350 pF1KSD LSLADQMSLLQSAWMEILILGVVYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLAGLLDLNNAIL- : : ::. ::...: :.:: . .::.. .: .. : . ..... ::. . . .: CCDS47 LPLDDQVILLRAGWNELLIASFSHRSIDVRDGILLATGLHVHRNSAHSAGVGAIFDRVLT 370 380 390 400 410 420 360 370 380 390 400 410 pF1KSD QLVKKYKSMKLEKEEFVTLKAIALANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEALQDYEAGQHMED .::.:...:...: :. :.:: : : :. . . :. :.. .. .:. : .. :. CCDS47 ELVSKMRDMRMDKTELGCLRAIILFNPDAKGLSNPSEVEVLREKVYASLETYCKQKYPEQ 430 440 450 460 470 480 420 430 440 450 pF1KSD PRRAGKMLMTLPLLRQTSTKAVQHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV : .:.:. :: ::. . : ..:.. .:: : .:. ...::::: CCDS47 QGRFAKLLLRLPALRSIGLKCLEHLFFFKLIGDTPIDTFLMEMLEAPHQLA 490 500 510 520 530 458 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Thu Nov 3 03:37:59 2016 done: Thu Nov 3 03:37:59 2016 Total Scan time: 3.330 Total Display time: 0.080 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]