Result of FASTA (ccds) for pF1KSDA0832
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA0832, 458 aa
  1>>>pF1KSDA0832 458 - 458 aa - 458 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5675+/-0.000836; mu= 12.7015+/- 0.051
 mean_var=104.1716+/-20.633, 0's: 0 Z-trim(109.7): 124  B-trim: 66 in 1/53
 Lambda= 0.125661
 statistics sampled from 10933 (11060) to 10933 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.705), E-opt: 0.2 (0.34), width:  16
 Scan time:  3.330

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS41468.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1          ( 458) 3059 565.0 5.5e-161
CCDS1517.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1           ( 435) 2900 536.2 2.5e-152
CCDS58061.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1          ( 470) 2900 536.2 2.7e-152
CCDS9850.2 ESRRB gene_id:2103|Hs108|chr14          ( 508) 2325 432.0 6.8e-121
CCDS58060.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1          ( 396) 1709 320.3 2.3e-87
CCDS60830.1 ESRRA gene_id:2101|Hs108|chr11         ( 422) 1588 298.3 9.8e-81
CCDS41667.1 ESRRA gene_id:2101|Hs108|chr11         ( 423)  981 188.3 1.3e-47
CCDS35172.1 RXRA gene_id:6256|Hs108|chr9           ( 462)  743 145.2 1.4e-34
CCDS8850.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12           ( 454)  712 139.5 6.6e-33
CCDS4768.1 RXRB gene_id:6257|Hs108|chr6            ( 533)  713 139.8 6.7e-33
CCDS59007.1 RXRB gene_id:6257|Hs108|chr6           ( 537)  710 139.2 9.8e-33
CCDS2201.1 NR4A2 gene_id:4929|Hs108|chr2           ( 598)  685 134.7 2.5e-31
CCDS41790.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12          ( 443)  682 134.1 2.8e-31
CCDS58236.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12          ( 382)  674 132.6 6.8e-31
CCDS4068.1 NR2F1 gene_id:7025|Hs108|chr5           ( 423)  672 132.3 9.6e-31
CCDS10375.1 NR2F2 gene_id:7026|Hs108|chr15         ( 414)  669 131.7 1.4e-30
CCDS42317.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17          ( 457)  648 127.9 2.1e-29
CCDS11366.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17          ( 462)  645 127.4 3.1e-29
CCDS8818.1 NR4A1 gene_id:3164|Hs108|chr12          ( 598)  635 125.7 1.3e-28
CCDS55828.1 NR4A1 gene_id:3164|Hs108|chr12         ( 611)  635 125.7 1.4e-28
CCDS6743.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9           ( 626)  635 125.7 1.4e-28
CCDS6742.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9           ( 637)  635 125.7 1.4e-28
CCDS47298.1 NR3C1 gene_id:2908|Hs108|chr5          ( 742)  636 125.9 1.4e-28
CCDS73471.1 NR4A1 gene_id:3164|Hs108|chr12         ( 652)  635 125.7 1.4e-28
CCDS4278.1 NR3C1 gene_id:2908|Hs108|chr5           ( 777)  636 125.9 1.5e-28
CCDS34258.1 NR3C1 gene_id:2908|Hs108|chr5          ( 778)  630 124.8 3.1e-28
CCDS2642.1 RARB gene_id:5915|Hs108|chr3            ( 448)  626 124.0 3.2e-28
CCDS12352.1 NR2F6 gene_id:2063|Hs108|chr19         ( 404)  624 123.6 3.8e-28
CCDS58237.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12          ( 432)  557 111.4 1.8e-24
CCDS14387.1 AR gene_id:367|Hs108|chrX              ( 920)  525 105.8 1.9e-22
CCDS43965.1 AR gene_id:367|Hs108|chrX              ( 388)  515 103.8 3.3e-22
CCDS46775.1 RARB gene_id:5915|Hs108|chr3           ( 336)  449 91.8 1.2e-18
CCDS5234.1 ESR1 gene_id:2099|Hs108|chr6            ( 595)  443 90.8   4e-18
CCDS6744.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9           ( 443)  403 83.5 4.8e-16
CCDS60383.1 NR5A2 gene_id:2494|Hs108|chr1          ( 469)  396 82.3 1.2e-15
CCDS1400.1 NR5A2 gene_id:2494|Hs108|chr1           ( 495)  396 82.3 1.3e-15
CCDS61469.1 ESR2 gene_id:2100|Hs108|chr14          ( 439)  395 82.1 1.3e-15
CCDS6856.1 NR5A1 gene_id:2516|Hs108|chr9           ( 461)  395 82.1 1.3e-15
CCDS1401.1 NR5A2 gene_id:2494|Hs108|chr1           ( 541)  396 82.3 1.4e-15
CCDS61470.1 ESR2 gene_id:2100|Hs108|chr14          ( 474)  395 82.1 1.4e-15
CCDS55920.1 ESR2 gene_id:2100|Hs108|chr14          ( 481)  395 82.1 1.4e-15
CCDS32096.1 ESR2 gene_id:2100|Hs108|chr14          ( 495)  395 82.1 1.4e-15
CCDS9762.1 ESR2 gene_id:2100|Hs108|chr14           ( 530)  395 82.1 1.5e-15
CCDS45359.1 NR2F2 gene_id:7026|Hs108|chr15         ( 261)  388 80.7   2e-15
CCDS45358.1 NR2F2 gene_id:7026|Hs108|chr15         ( 281)  388 80.7 2.2e-15
CCDS3772.1 NR3C2 gene_id:4306|Hs108|chr4           ( 984)  355 75.0 3.8e-13
CCDS8310.1 PGR gene_id:5241|Hs108|chr11            ( 933)  347 73.6   1e-12
CCDS55340.1 NR6A1 gene_id:2649|Hs108|chr9          ( 475)  342 72.5 1.1e-12
CCDS65127.1 NR6A1 gene_id:2649|Hs108|chr9          ( 476)  342 72.5 1.1e-12
CCDS35137.1 NR6A1 gene_id:2649|Hs108|chr9          ( 480)  342 72.5 1.1e-12


>>CCDS41468.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1               (458 aa)
 initn: 3059 init1: 3059 opt: 3059  Z-score: 3003.7  bits: 565.0 E(32554): 5.5e-161
Smith-Waterman score: 3059; 100.0% identity (100.0% similar) in 458 aa overlap (1-458:1-458)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MDSVELCLPESFSLHYEEELLCRMSNKDRHIDSSCSSFIKTEPSSPASLTDSVNHHSPGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 MDSVELCLPESFSLHYEEELLCRMSNKDRHIDSSCSSFIKTEPSSPASLTDSVNHHSPGG
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD SSDASGSYSSTMNGHQNGLDSPPLYPSAPILGGSGPVRKLYDDCSSTIVEDPQTKCEYML
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 SSDASGSYSSTMNGHQNGLDSPPLYPSAPILGGSGPVRKLYDDCSSTIVEDPQTKCEYML
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD NSMPKRLCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKRRRKSC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 NSMPKRLCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKRRRKSC
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD QACRFMKCLKVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRIDAENSPYLNPQLVQPAKKPYNKIVSH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 QACRFMKCLKVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRIDAENSPYLNPQLVQPAKKPYNKIVSH
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD LLVAEPEKIYAMPDPTVPDSDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSTLSLADQMSL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LLVAEPEKIYAMPDPTVPDSDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSTLSLADQMSL
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD LQSAWMEILILGVVYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLAGLLDLNNAILQLVKKYKSMK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LQSAWMEILILGVVYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLAGLLDLNNAILQLVKKYKSMK
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD LEKEEFVTLKAIALANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEALQDYEAGQHMEDPRRAGKMLMT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LEKEEFVTLKAIALANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEALQDYEAGQHMEDPRRAGKMLMT
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450        
pF1KSD LPLLRQTSTKAVQHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LPLLRQTSTKAVQHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV
              430       440       450        

>>CCDS1517.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1                (435 aa)
 initn: 2900 init1: 2900 opt: 2900  Z-score: 2848.2  bits: 536.2 E(32554): 2.5e-152
Smith-Waterman score: 2900; 100.0% identity (100.0% similar) in 435 aa overlap (24-458:1-435)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MDSVELCLPESFSLHYEEELLCRMSNKDRHIDSSCSSFIKTEPSSPASLTDSVNHHSPGG
                              :::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15                        MSNKDRHIDSSCSSFIKTEPSSPASLTDSVNHHSPGG
                                      10        20        30       

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD SSDASGSYSSTMNGHQNGLDSPPLYPSAPILGGSGPVRKLYDDCSSTIVEDPQTKCEYML
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 SSDASGSYSSTMNGHQNGLDSPPLYPSAPILGGSGPVRKLYDDCSSTIVEDPQTKCEYML
        40        50        60        70        80        90       

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD NSMPKRLCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKRRRKSC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 NSMPKRLCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKRRRKSC
       100       110       120       130       140       150       

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD QACRFMKCLKVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRIDAENSPYLNPQLVQPAKKPYNKIVSH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 QACRFMKCLKVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRIDAENSPYLNPQLVQPAKKPYNKIVSH
       160       170       180       190       200       210       

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD LLVAEPEKIYAMPDPTVPDSDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSTLSLADQMSL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 LLVAEPEKIYAMPDPTVPDSDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSTLSLADQMSL
       220       230       240       250       260       270       

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD LQSAWMEILILGVVYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLAGLLDLNNAILQLVKKYKSMK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 LQSAWMEILILGVVYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLAGLLDLNNAILQLVKKYKSMK
       280       290       300       310       320       330       

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD LEKEEFVTLKAIALANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEALQDYEAGQHMEDPRRAGKMLMT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 LEKEEFVTLKAIALANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEALQDYEAGQHMEDPRRAGKMLMT
       340       350       360       370       380       390       

              430       440       450        
pF1KSD LPLLRQTSTKAVQHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 LPLLRQTSTKAVQHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV
       400       410       420       430     

>>CCDS58061.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1               (470 aa)
 initn: 2909 init1: 1494 opt: 2900  Z-score: 2847.7  bits: 536.2 E(32554): 2.7e-152
Smith-Waterman score: 2900; 95.9% identity (96.7% similar) in 459 aa overlap (7-458:18-470)

                          10        20        30        40         
pF1KSD            MDSVELCLPESFSLHYEEELLCRMSNKDRHIDSSCSSFIKTEPSSPASL
                        :.: .      ..::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MWRECDWGLGAVKSDLACVPSA------KRLLCRMSNKDRHIDSSCSSFIKTEPSSPASL
               10        20              30        40        50    

      50        60        70        80        90       100         
pF1KSD TDSVNHHSPGGSSDASGSYSSTMNGHQNGLDSPPLYPSAPILGGSGPVRKLYDDCSSTIV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 TDSVNHHSPGGSSDASGSYSSTMNGHQNGLDSPPLYPSAPILGGSGPVRKLYDDCSSTIV
           60        70        80        90       100       110    

     110       120       130       140       150       160         
pF1KSD EDPQTKCEYMLNSMPKRLCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 EDPQTKCEYMLNSMPKRLCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNE
          120       130       140       150       160       170    

     170       180       190       200       210       220         
pF1KSD CEITKRRRKSCQACRFMKCLKVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRIDAENSPYLNPQLVQP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 CEITKRRRKSCQACRFMKCLKVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRIDAENSPYLNPQLVQP
          180       190       200       210       220       230    

     230              240       250       260       270       280  
pF1KSD AKKPY-------NKIVSHLLVAEPEKIYAMPDPTVPDSDIKALTTLCDLADRELVVIIGW
       ::::        ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 AKKPLLWSDPADNKIVSHLLVAEPEKIYAMPDPTVPDSDIKALTTLCDLADRELVVIIGW
          240       250       260       270       280       290    

            290       300       310       320       330       340  
pF1KSD AKHIPGFSTLSLADQMSLLQSAWMEILILGVVYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLAGL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 AKHIPGFSTLSLADQMSLLQSAWMEILILGVVYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLAGL
          300       310       320       330       340       350    

            350       360       370       380       390       400  
pF1KSD LDLNNAILQLVKKYKSMKLEKEEFVTLKAIALANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEALQDY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LDLNNAILQLVKKYKSMKLEKEEFVTLKAIALANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEALQDY
          360       370       380       390       400       410    

            410       420       430       440       450        
pF1KSD EAGQHMEDPRRAGKMLMTLPLLRQTSTKAVQHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 EAGQHMEDPRRAGKMLMTLPLLRQTSTKAVQHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV
          420       430       440       450       460       470

>>CCDS9850.2 ESRRB gene_id:2103|Hs108|chr14               (508 aa)
 initn: 2042 init1: 2042 opt: 2325  Z-score: 2283.9  bits: 432.0 E(32554): 6.8e-121
Smith-Waterman score: 2325; 78.2% identity (93.3% similar) in 435 aa overlap (24-458:1-433)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MDSVELCLPESFSLHYEEELLCRMSNKDRHIDSSCSSFIKTEPSSPASLTDSVNHHSPGG
                              ::. :::. :::.::::::::::.:  :...::::.:
CCDS98                        MSSDDRHLGSSCGSFIKTEPSSPSSGIDALSHHSPSG
                                      10        20        30       

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD SSDASGSYSSTMNGHQNGLDSPPLYPSAPILGGSGPVRKLYDDCSSTIVEDPQTKCEYML
       ::::::... ... : :::::::.. .:  :::. : :: :.::.: :.::   ::::::
CCDS98 SSDASGGFGLALGTHANGLDSPPMFAGAG-LGGT-PCRKSYEDCASGIMEDSAIKCEYML
        40        50        60         70         80        90     

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD NSMPKRLCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKRRRKSC
       :..:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 NAIPKRLCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKRRRKSC
         100       110       120       130       140       150     

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD QACRFMKCLKVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRIDAENSPYLNPQLVQPAKKPYNKIVSH
       :::::::::::::::::::::::::::::::::.:.:.::::. :.  ::::: .::::.
CCDS98 QACRFMKCLKVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRLDSESSPYLSLQISPPAKKPLTKIVSY
         160       170       180       190       200       210     

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD LLVAEPEKIYAMPDPTVPDSDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSTLSLADQMSL
       ::::::.:.:::: : .:..::::::::::::::::::::::::::::::.:::.:::::
CCDS98 LLVAEPDKLYAMPPPGMPEGDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSSLSLGDQMSL
         220       230       240       250       260       270     

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD LQSAWMEILILGVVYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLAGLLDLNNAILQLVKKYKSMK
       ::::::::::::.::::: ..:.::::.::::::..:.:::::.:  ::::::..::..:
CCDS98 LQSAWMEILILGIVYRSLPYDDKLVYAEDYIMDEEHSRLAGLLELYRAILQLVRRYKKLK
         280       290       300       310       320       330     

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD LEKEEFVTLKAIALANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEALQDYEAGQHMEDPRRAGKMLMT
       .::::::::::.::::::::.:::.::::::::.::::::::: .:. :.: :.::.:.:
CCDS98 VEKEEFVTLKALALANSDSMYIEDLEAVQKLQDLLHEALQDYELSQRHEEPWRTGKLLLT
         340       350       360       370       380       390     

              430       440       450                              
pF1KSD LPLLRQTSTKAVQHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV                      
       :::::::..:::::::..::.:::::::::::::::::                      
CCDS98 LPLLRQTAAKAVQHFYSVKLQGKVPMHKLFLEMLEAKVGQEQLRGSPKDERMSSHDGKCP
         400       410       420       430       440       450     

CCDS98 FQSAAFTSRDQSNSPGIPNPRPSSPTPLNERGRQISPSTRTPGGQGKHLWLTM
         460       470       480       490       500        

>>CCDS58060.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1               (396 aa)
 initn: 1692 init1: 1692 opt: 1709  Z-score: 1681.9  bits: 320.3 E(32554): 2.3e-87
Smith-Waterman score: 2533; 91.0% identity (91.0% similar) in 435 aa overlap (24-458:1-396)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MDSVELCLPESFSLHYEEELLCRMSNKDRHIDSSCSSFIKTEPSSPASLTDSVNHHSPGG
                              :::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58                        MSNKDRHIDSSCSSFIKTEPSSPASLTDSVNHHSPGG
                                      10        20        30       

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD SSDASGSYSSTMNGHQNGLDSPPLYPSAPILGGSGPVRKLYDDCSSTIVEDPQTKCEYML
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 SSDASGSYSSTMNGHQNGLDSPPLYPSAPILGGSGPVRKLYDDCSSTIVEDPQTKCEYML
        40        50        60        70        80        90       

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD NSMPKRLCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKRRRKSC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::                      
CCDS58 NSMPKRLCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQG----------------------
       100       110       120       130                           

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD QACRFMKCLKVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRIDAENSPYLNPQLVQPAKKPYNKIVSH
                        :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 -----------------VRLDRVRGGRQKYKRRIDAENSPYLNPQLVQPAKKPYNKIVSH
                          140       150       160       170        

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD LLVAEPEKIYAMPDPTVPDSDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSTLSLADQMSL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LLVAEPEKIYAMPDPTVPDSDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSTLSLADQMSL
      180       190       200       210       220       230        

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD LQSAWMEILILGVVYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLAGLLDLNNAILQLVKKYKSMK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LQSAWMEILILGVVYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLAGLLDLNNAILQLVKKYKSMK
      240       250       260       270       280       290        

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD LEKEEFVTLKAIALANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEALQDYEAGQHMEDPRRAGKMLMT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LEKEEFVTLKAIALANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEALQDYEAGQHMEDPRRAGKMLMT
      300       310       320       330       340       350        

              430       440       450        
pF1KSD LPLLRQTSTKAVQHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LPLLRQTSTKAVQHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV
      360       370       380       390      

>>CCDS60830.1 ESRRA gene_id:2101|Hs108|chr11              (422 aa)
 initn: 1632 init1: 736 opt: 1588  Z-score: 1563.0  bits: 298.3 E(32554): 9.8e-81
Smith-Waterman score: 1602; 57.9% identity (78.0% similar) in 432 aa overlap (38-456:12-419)

        10        20        30        40        50        60       
pF1KSD LPESFSLHYEEELLCRMSNKDRHIDSSCSSFIKTEPSSPASLTDSVNHHSPGGSSDASG-
                                     .::.::.:: :   : . ..    . : : 
CCDS60                    MSSQVVGIEPLYIKAEPASPDSPKGSSETETEPPVALAPGP
                                  10        20        30        40 

         70        80        90       100       110       120      
pF1KSD SYSSTMNGHQNGLDSPPLYPSAPILGGSGPVRKLYDDCSSTIVEDPQTKCEYMLNSMPKR
       . .  . ::..  :.           :.::                :   . .:.:.:::
CCDS60 APTRCLPGHKEEEDGE----------GAGP--------------GEQGGGKLVLSSLPKR
              50                  60                      70       

        130       140       150       160       170       180      
pF1KSD LCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKRRRKSCQACRFM
       :::::::.::::::::::::::::::::::::.:::::::.:::::::::::.:::::: 
CCDS60 LCLVCGDVASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGSIEYSCPASNECEITKRRRKACQACRFT
        80        90       100       110       120       130       

        190       200       210       220             230          
pF1KSD KCLKVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRIDAENSPYLNPQLVQP------AKK--PYNKIV
       :::.::::::::::::::::::::::: ...  :. .:  . :       .:  : : .:
CCDS60 KCLRVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRPEVDPLPFPGPFPAGPLAVAGGPRKTAPVNALV
       140       150       160       170       180       190       

      240       250       260       270       280       290        
pF1KSD SHLLVAEPEKIYAMPDPTVPDSDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSTLSLADQM
       :::::.::::.::::::. ::. . :..::::: :::.:: :.::: :::::.:::.:::
CCDS60 SHLLVVEPEKLYAMPDPAGPDGHLPAVATLCDLFDREIVVTISWAKSIPGFSSLSLSDQM
       200       210       220       230       240       250       

      300       310       320       330       340       350        
pF1KSD SLLQSAWMEILILGVVYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLAGLLDLNNAILQLVKKYKS
       :.:::.:::.:.:::. ::: ..:::..:.: ..::. .. ::: .:. :.::::.. ..
CCDS60 SVLQSVWMEVLVLGVAQRSLPLQDELAFAEDLVLDEEGARAAGLGELGAALLQLVRRLQA
       260       270       280       290       300       310       

      360       370       380       390       400           410    
pF1KSD MKLEKEEFVTLKAIALANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEALQDYEAGQHME----DPRRA
       ..::.::.: :::.:::::::.::::.:::..:...::::: .::::.       . :::
CCDS60 LRLEREEYVLLKALALANSDSVHIEDAEAVEQLREALHEALLEYEAGRAGPGGGAERRRA
       320       330       340       350       360       370       

          420       430       440       450         
pF1KSD GKMLMTLPLLRQTSTKAVQHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV 
       :..:.::::::::. :.. :::..::::::::::::::::::   
CCDS60 GRLLLTLPLLRQTAGKVLAHFYGVKLEGKVPMHKLFLEMLEAMMD
       380       390       400       410       420  

>>CCDS41667.1 ESRRA gene_id:2101|Hs108|chr11              (423 aa)
 initn: 1632 init1: 736 opt: 981  Z-score: 968.2  bits: 188.3 E(32554): 1.3e-47
Smith-Waterman score: 1600; 57.7% identity (77.8% similar) in 433 aa overlap (38-456:12-420)

        10        20        30        40        50        60       
pF1KSD LPESFSLHYEEELLCRMSNKDRHIDSSCSSFIKTEPSSPASLTDSVNHHSPGGSSDASG-
                                     .::.::.:: :   : . ..    . : : 
CCDS41                    MSSQVVGIEPLYIKAEPASPDSPKGSSETETEPPVALAPGP
                                  10        20        30        40 

         70        80        90       100       110       120      
pF1KSD SYSSTMNGHQNGLDSPPLYPSAPILGGSGPVRKLYDDCSSTIVEDPQTKCEYMLNSMPKR
       . .  . ::..  :.           :.::                :   . .:.:.:::
CCDS41 APTRCLPGHKEEEDGE----------GAGP--------------GEQGGGKLVLSSLPKR
              50                  60                      70       

        130       140       150       160       170       180      
pF1KSD LCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKRRRKSCQACRFM
       :::::::.::::::::::::::::::::::::.:::::::.:::::::::::.:::::: 
CCDS41 LCLVCGDVASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGSIEYSCPASNECEITKRRRKACQACRFT
        80        90       100       110       120       130       

        190       200       210       220             230          
pF1KSD KCLKVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRIDAENSPYLNPQLVQP------AKK---PYNKI
       :::.::::::::::::::::::::::: ...  :. .:  . :       .:   : : .
CCDS41 KCLRVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRPEVDPLPFPGPFPAGPLAVAGGPRKTAAPVNAL
       140       150       160       170       180       190       

       240       250       260       270       280       290       
pF1KSD VSHLLVAEPEKIYAMPDPTVPDSDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSTLSLADQ
       ::::::.::::.::::::. ::. . :..::::: :::.:: :.::: :::::.:::.::
CCDS41 VSHLLVVEPEKLYAMPDPAGPDGHLPAVATLCDLFDREIVVTISWAKSIPGFSSLSLSDQ
       200       210       220       230       240       250       

       300       310       320       330       340       350       
pF1KSD MSLLQSAWMEILILGVVYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLAGLLDLNNAILQLVKKYK
       ::.:::.:::.:.:::. ::: ..:::..:.: ..::. .. ::: .:. :.::::.. .
CCDS41 MSVLQSVWMEVLVLGVAQRSLPLQDELAFAEDLVLDEEGARAAGLGELGAALLQLVRRLQ
       260       270       280       290       300       310       

       360       370       380       390       400           410   
pF1KSD SMKLEKEEFVTLKAIALANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEALQDYEAGQHME----DPRR
       ...::.::.: :::.:::::::.::::.:::..:...::::: .::::.       . ::
CCDS41 ALRLEREEYVLLKALALANSDSVHIEDAEAVEQLREALHEALLEYEAGRAGPGGGAERRR
       320       330       340       350       360       370       

           420       430       440       450         
pF1KSD AGKMLMTLPLLRQTSTKAVQHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV 
       ::..:.::::::::. :.. :::..::::::::::::::::::   
CCDS41 AGRLLLTLPLLRQTAGKVLAHFYGVKLEGKVPMHKLFLEMLEAMMD
       380       390       400       410       420   

>>CCDS35172.1 RXRA gene_id:6256|Hs108|chr9                (462 aa)
 initn: 594 init1: 343 opt: 743  Z-score: 734.5  bits: 145.2 E(32554): 1.4e-34
Smith-Waterman score: 774; 32.7% identity (62.4% similar) in 447 aa overlap (41-456:20-457)

               20        30        40        50           60       
pF1KSD SFSLHYEEELLCRMSNKDRHIDSSCSSFIKTEPSSPASLTDSVNHHS--PG-GSSDASGS
                                     : :.. .:..    : :  :: ::     :
CCDS35            MDTKHFLPLDFSTQVNSSLTSPTGRGSMAAPSLHPSLGPGIGSPGQLHS
                          10        20        30        40         

        70        80                    90          100       110  
pF1KSD YSSTMNGHQNGLDSP------PL------YPSAPILG---GSGPVRKLYDDCSSTIVEDP
         ::...  ::.  :      :.       :..: ::   ::  . . ..  ::.    :
CCDS35 PISTLSSPINGMGPPFSVISSPMGPHSMSVPTTPTLGFSTGSPQLSSPMNPVSSSEDIKP
      50        60        70        80        90       100         

            120                 130       140       150       160  
pF1KSD QTKCEYMLN----------SMPKRLCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEY
           . .:.          :. :..: .::: .:: :::: :::.::.:::::.. .. :
CCDS35 PLGLNGVLKVPAHPSGNMASFTKHICAICGDRSSGKHYGVYSCEGCKGFFKRTVRKDLTY
     110       120       130       140       150       160         

            170       180       190       200       210       220  
pF1KSD SCPATNECEITKRRRKSCQACRFMKCLKVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRIDAENSPYL
       .:  ...: : ::.:. :: ::..::: .:: .:.:. .: ::   : . . ..:..   
CCDS35 TCRDNKDCLIDKRQRNRCQYCRYQKCLAMGMKREAVQEERQRG---KDRNENEVESTSSA
     170       180       190       200       210          220      

            230       240        250        260       270       280
pF1KSD NPQLVQPAKKPYNKIVSHLLVAEPE-KIYAMPDPTV-PDSDIKALTTLCDLADRELVVII
       : ..      : ..:.   :..::. . :.  .  . :.:    .:..:. ::..: ...
CCDS35 NEDM------PVERILEAELAVEPKTETYVEANMGLNPSSPNDPVTNICQAADKQLFTLV
        230             240       250       260       270       280

              290       300       310       320       330       340
pF1KSD GWAKHIPGFSTLSLADQMSLLQSAWMEILILGVVYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLA
        :::.:: :: : : ::. ::...: :.:: .  .::.. .: .. :    . ..... :
CCDS35 EWAKRIPHFSELPLDDQVILLRAGWNELLIASFSHRSIAVKDGILLATGLHVHRNSAHSA
              290       300       310       320       330       340

              350        360       370       380       390         
pF1KSD GLLDLNNAIL-QLVKKYKSMKLEKEEFVTLKAIALANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEAL
       :.  . . .: .::.:...:...: :.  :.::.: : ::  . .   :. :.. .. .:
CCDS35 GVGAIFDRVLTELVSKMRDMQMDKTELGCLRAIVLFNPDSKGLSNPAEVEALREKVYASL
              350       360       370       380       390       400

     400       410       420       430       440       450         
pF1KSD QDYEAGQHMEDPRRAGKMLMTLPLLRQTSTKAVQHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV 
       . :   .. :.: : .:.:. :: ::. . : ..:.. .:: : .:.  ...:::::   
CCDS35 EAYCKHKYPEQPGRFAKLLLRLPALRSIGLKCLEHLFFFKLIGDTPIDTFLMEMLEAPHQ
              410       420       430       440       450       460

CCDS35 MT
         

>>CCDS8850.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12                (454 aa)
 initn: 602 init1: 602 opt: 712  Z-score: 704.2  bits: 139.5 E(32554): 6.6e-33
Smith-Waterman score: 712; 34.1% identity (61.0% similar) in 413 aa overlap (58-455:16-417)

        30        40        50        60        70        80       
pF1KSD DRHIDSSCSSFIKTEPSSPASLTDSVNHHSPGGSSDASGSYSSTMNGHQNGLDSPPLYPS
                                     ::..  ..: .  .. :   :  :::.   
CCDS88                MATNKERLFAAGALGPGSGYPGAG-FPFAFPGALRG--SPPFEML
                              10        20         30          40  

        90        100       110       120               130        
pF1KSD APILGGSG-PVRKLYDDCSSTIVEDPQTKCEYMLNSMPK--------RLCLVCGDIASGY
       .: . : : :   :  . .:  ::  .:. : :. : :.        . :.::.: .:::
CCDS88 SPSFRGLGQP--DLPKEMASLSVETQSTSSEEMVPSSPSPPPPPRVYKPCFVCNDKSSGY
             50          60        70        80        90       100

      140       150       160       170       180       190        
pF1KSD HYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKRRRKSCQACRFMKCLKVGMLKEGV
       ::::.:::.::.::.:.:: :. :.:   ..: :.:  :. :: ::..::..::: ::.:
CCDS88 HYGVSSCEGCKGFFRRSIQKNMVYTCHRDKNCIINKVTRNRCQYCRLQKCFEVGMSKEAV
              110       120       130       140       150       160

      200       210       220             230       240       250  
pF1KSD RLDRVRGGRQKYKRRIDAENSP--Y-LNPQL---VQPAKKPYNKIVSHLLVAEPEKIYAM
       : :     :.: :...  :.::  : :.:::   .  ..: ...    :         . 
CCDS88 RND-----RNKKKKEVKEEGSPDSYELSPQLEELITKVSKAHQETFPSLCQLGKYTTNSS
                   170       180       190       200       210     

            260       270       280       290       300       310  
pF1KSD PDPTVPDSDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSTLSLADQMSLLQSAWMEILILG
        :  : . :.     . .:: . .. :. .::..:::. ::.:::..::..: ..::.: 
CCDS88 ADHRV-QLDLGLWDKFSELATKCIIKIVEFAKRLPGFTGLSIADQITLLKAACLDILMLR
         220        230       240       250       260       270    

            320       330       340       350       360       370  
pF1KSD VVYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLAGLLDLNNAILQLVKKYKSMKLEKEEFVTLKAI
       .  :    .: ....:   ... : . ::.  :.. .. .. .   ....  :   :.::
CCDS88 ICTRYTPEQDTMTFSDGLTLNRTQMHNAGFGPLTDLVFAFAGQLLPLEMDDTETGLLSAI
          280       290       300       310       320       330    

            380       390       400       410       420       430  
pF1KSD ALANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEALQDYEAGQHMEDPRRAGKMLMTLPLLRQTSTKAV
        :  .: : .:. : :.:::. : :::. :   ..  .:    .::: .  ::  :::..
CCDS88 CLICGDRMDLEEPEKVDKLQEPLLEALRLYARRRRPSQPYMFPRMLMKITDLRGISTKGA
          340       350       360       370       380       390    

            440       450                                          
pF1KSD QHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV                                  
       ..  ..:.:   ::  :. ::::                                     
CCDS88 ERAITLKMEIPGPMPPLIREMLENPEMFEDDSSQPGPHPNASSEDEVPGGQGKGGLKSPA
          400       410       420       430       440       450    

>>CCDS4768.1 RXRB gene_id:6257|Hs108|chr6                 (533 aa)
 initn: 677 init1: 351 opt: 713  Z-score: 704.2  bits: 139.8 E(32554): 6.7e-33
Smith-Waterman score: 736; 32.6% identity (60.1% similar) in 436 aa overlap (43-456:107-528)

             20        30        40        50        60        70  
pF1KSD SLHYEEELLCRMSNKDRHIDSSCSSFIKTEPSSPASLTDSVNHHSPGGSSDASGSYSSTM
                                     ::.  ::  :     :       ::   ..
CCDS47 GRDSRSPDSSSPNPLPQGVPPPSPPGPPLPPSTAPSLGGSGAPPPPPMPPPPLGSPFPVI
         80        90       100       110       120       130      

             80        90       100              110         120   
pF1KSD NGHQNGLDSPPLYPSAPILGGSGPVRKLYDDCSSTIV-------ED--PQTKCEYMLNSM
       .   ... :: : : ::  : :::: .   . . ..        ::  : .     :.  
CCDS47 S---SSMGSPGLPPPAPP-GFSGPVSSPQINSTVSLPGGGSGPPEDVKPPVLGVRGLHCP
           140       150        160       170       180       190  

                   130       140       150       160       170     
pF1KSD P--------KRLCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKR
       :        :::: .::: .:: :::: :::.::.::::::. .. :::  ...: . ::
CCDS47 PPPGGPGAGKRLCAICGDRSSGKHYGVYSCEGCKGFFKRTIRKDLTYSCRDNKDCTVDKR
            200       210       220       230       240       250  

         180       190       200       210       220       230     
pF1KSD RRKSCQACRFMKCLKVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRIDAENSPYLNPQLVQPAKKPYN
       .:. :: ::..::: .:: .:.:. .: ::      .  :.:..         : . : .
CCDS47 QRNRCQYCRYQKCLATGMKREAVQEERQRG----KDKDGDGEGAGG------APEEMPVD
            260       270       280           290             300  

         240       250           260       270       280       290 
pF1KSD KIVSHLLVAEPEKIYAMPDPT----VPDSDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFST
       .:.   :..: ..  ..  :       .:    .:..:. ::..: ... :::.:: ::.
CCDS47 RILEAELAVEQKSDQGVEGPGGTGGSGSSPNDPVTNICQAADKQLFTLVEWAKRIPHFSS
            310       320       330       340       350       360  

             300       310       320       330       340       350 
pF1KSD LSLADQMSLLQSAWMEILILGVVYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLAGLLDLNNAIL-
       : : ::. ::...: :.:: .  .::.. .: .. :    . ..... ::.  . . .: 
CCDS47 LPLDDQVILLRAGWNELLIASFSHRSIDVRDGILLATGLHVHRNSAHSAGVGAIFDRVLT
            370       380       390       400       410       420  

              360       370       380       390       400       410
pF1KSD QLVKKYKSMKLEKEEFVTLKAIALANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEALQDYEAGQHMED
       .::.:...:...: :.  :.:: : : :.  . .   :. :.. .. .:. :   .. :.
CCDS47 ELVSKMRDMRMDKTELGCLRAIILFNPDAKGLSNPSEVEVLREKVYASLETYCKQKYPEQ
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