Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0832
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0832, 458 aa
1>>>pF1KSDA0832 458 - 458 aa - 458 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5675+/-0.000836; mu= 12.7015+/- 0.051
mean_var=104.1716+/-20.633, 0's: 0 Z-trim(109.7): 124 B-trim: 66 in 1/53
Lambda= 0.125661
statistics sampled from 10933 (11060) to 10933 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.705), E-opt: 0.2 (0.34), width: 16
Scan time: 3.330
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS41468.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1 ( 458) 3059 565.0 5.5e-161
CCDS1517.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1 ( 435) 2900 536.2 2.5e-152
CCDS58061.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1 ( 470) 2900 536.2 2.7e-152
CCDS9850.2 ESRRB gene_id:2103|Hs108|chr14 ( 508) 2325 432.0 6.8e-121
CCDS58060.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1 ( 396) 1709 320.3 2.3e-87
CCDS60830.1 ESRRA gene_id:2101|Hs108|chr11 ( 422) 1588 298.3 9.8e-81
CCDS41667.1 ESRRA gene_id:2101|Hs108|chr11 ( 423) 981 188.3 1.3e-47
CCDS35172.1 RXRA gene_id:6256|Hs108|chr9 ( 462) 743 145.2 1.4e-34
CCDS8850.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12 ( 454) 712 139.5 6.6e-33
CCDS4768.1 RXRB gene_id:6257|Hs108|chr6 ( 533) 713 139.8 6.7e-33
CCDS59007.1 RXRB gene_id:6257|Hs108|chr6 ( 537) 710 139.2 9.8e-33
CCDS2201.1 NR4A2 gene_id:4929|Hs108|chr2 ( 598) 685 134.7 2.5e-31
CCDS41790.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12 ( 443) 682 134.1 2.8e-31
CCDS58236.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12 ( 382) 674 132.6 6.8e-31
CCDS4068.1 NR2F1 gene_id:7025|Hs108|chr5 ( 423) 672 132.3 9.6e-31
CCDS10375.1 NR2F2 gene_id:7026|Hs108|chr15 ( 414) 669 131.7 1.4e-30
CCDS42317.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17 ( 457) 648 127.9 2.1e-29
CCDS11366.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17 ( 462) 645 127.4 3.1e-29
CCDS8818.1 NR4A1 gene_id:3164|Hs108|chr12 ( 598) 635 125.7 1.3e-28
CCDS55828.1 NR4A1 gene_id:3164|Hs108|chr12 ( 611) 635 125.7 1.4e-28
CCDS6743.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9 ( 626) 635 125.7 1.4e-28
CCDS6742.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9 ( 637) 635 125.7 1.4e-28
CCDS47298.1 NR3C1 gene_id:2908|Hs108|chr5 ( 742) 636 125.9 1.4e-28
CCDS73471.1 NR4A1 gene_id:3164|Hs108|chr12 ( 652) 635 125.7 1.4e-28
CCDS4278.1 NR3C1 gene_id:2908|Hs108|chr5 ( 777) 636 125.9 1.5e-28
CCDS34258.1 NR3C1 gene_id:2908|Hs108|chr5 ( 778) 630 124.8 3.1e-28
CCDS2642.1 RARB gene_id:5915|Hs108|chr3 ( 448) 626 124.0 3.2e-28
CCDS12352.1 NR2F6 gene_id:2063|Hs108|chr19 ( 404) 624 123.6 3.8e-28
CCDS58237.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12 ( 432) 557 111.4 1.8e-24
CCDS14387.1 AR gene_id:367|Hs108|chrX ( 920) 525 105.8 1.9e-22
CCDS43965.1 AR gene_id:367|Hs108|chrX ( 388) 515 103.8 3.3e-22
CCDS46775.1 RARB gene_id:5915|Hs108|chr3 ( 336) 449 91.8 1.2e-18
CCDS5234.1 ESR1 gene_id:2099|Hs108|chr6 ( 595) 443 90.8 4e-18
CCDS6744.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9 ( 443) 403 83.5 4.8e-16
CCDS60383.1 NR5A2 gene_id:2494|Hs108|chr1 ( 469) 396 82.3 1.2e-15
CCDS1400.1 NR5A2 gene_id:2494|Hs108|chr1 ( 495) 396 82.3 1.3e-15
CCDS61469.1 ESR2 gene_id:2100|Hs108|chr14 ( 439) 395 82.1 1.3e-15
CCDS6856.1 NR5A1 gene_id:2516|Hs108|chr9 ( 461) 395 82.1 1.3e-15
CCDS1401.1 NR5A2 gene_id:2494|Hs108|chr1 ( 541) 396 82.3 1.4e-15
CCDS61470.1 ESR2 gene_id:2100|Hs108|chr14 ( 474) 395 82.1 1.4e-15
CCDS55920.1 ESR2 gene_id:2100|Hs108|chr14 ( 481) 395 82.1 1.4e-15
CCDS32096.1 ESR2 gene_id:2100|Hs108|chr14 ( 495) 395 82.1 1.4e-15
CCDS9762.1 ESR2 gene_id:2100|Hs108|chr14 ( 530) 395 82.1 1.5e-15
CCDS45359.1 NR2F2 gene_id:7026|Hs108|chr15 ( 261) 388 80.7 2e-15
CCDS45358.1 NR2F2 gene_id:7026|Hs108|chr15 ( 281) 388 80.7 2.2e-15
CCDS3772.1 NR3C2 gene_id:4306|Hs108|chr4 ( 984) 355 75.0 3.8e-13
CCDS8310.1 PGR gene_id:5241|Hs108|chr11 ( 933) 347 73.6 1e-12
CCDS55340.1 NR6A1 gene_id:2649|Hs108|chr9 ( 475) 342 72.5 1.1e-12
CCDS65127.1 NR6A1 gene_id:2649|Hs108|chr9 ( 476) 342 72.5 1.1e-12
CCDS35137.1 NR6A1 gene_id:2649|Hs108|chr9 ( 480) 342 72.5 1.1e-12
>>CCDS41468.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1 (458 aa)
initn: 3059 init1: 3059 opt: 3059 Z-score: 3003.7 bits: 565.0 E(32554): 5.5e-161
Smith-Waterman score: 3059; 100.0% identity (100.0% similar) in 458 aa overlap (1-458:1-458)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MDSVELCLPESFSLHYEEELLCRMSNKDRHIDSSCSSFIKTEPSSPASLTDSVNHHSPGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 MDSVELCLPESFSLHYEEELLCRMSNKDRHIDSSCSSFIKTEPSSPASLTDSVNHHSPGG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD SSDASGSYSSTMNGHQNGLDSPPLYPSAPILGGSGPVRKLYDDCSSTIVEDPQTKCEYML
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 SSDASGSYSSTMNGHQNGLDSPPLYPSAPILGGSGPVRKLYDDCSSTIVEDPQTKCEYML
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD NSMPKRLCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKRRRKSC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 NSMPKRLCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKRRRKSC
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD QACRFMKCLKVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRIDAENSPYLNPQLVQPAKKPYNKIVSH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 QACRFMKCLKVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRIDAENSPYLNPQLVQPAKKPYNKIVSH
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD LLVAEPEKIYAMPDPTVPDSDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSTLSLADQMSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LLVAEPEKIYAMPDPTVPDSDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSTLSLADQMSL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD LQSAWMEILILGVVYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLAGLLDLNNAILQLVKKYKSMK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LQSAWMEILILGVVYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLAGLLDLNNAILQLVKKYKSMK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD LEKEEFVTLKAIALANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEALQDYEAGQHMEDPRRAGKMLMT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LEKEEFVTLKAIALANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEALQDYEAGQHMEDPRRAGKMLMT
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KSD LPLLRQTSTKAVQHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LPLLRQTSTKAVQHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV
430 440 450
>>CCDS1517.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1 (435 aa)
initn: 2900 init1: 2900 opt: 2900 Z-score: 2848.2 bits: 536.2 E(32554): 2.5e-152
Smith-Waterman score: 2900; 100.0% identity (100.0% similar) in 435 aa overlap (24-458:1-435)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MDSVELCLPESFSLHYEEELLCRMSNKDRHIDSSCSSFIKTEPSSPASLTDSVNHHSPGG
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 MSNKDRHIDSSCSSFIKTEPSSPASLTDSVNHHSPGG
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KSD SSDASGSYSSTMNGHQNGLDSPPLYPSAPILGGSGPVRKLYDDCSSTIVEDPQTKCEYML
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 SSDASGSYSSTMNGHQNGLDSPPLYPSAPILGGSGPVRKLYDDCSSTIVEDPQTKCEYML
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KSD NSMPKRLCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKRRRKSC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 NSMPKRLCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKRRRKSC
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KSD QACRFMKCLKVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRIDAENSPYLNPQLVQPAKKPYNKIVSH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 QACRFMKCLKVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRIDAENSPYLNPQLVQPAKKPYNKIVSH
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KSD LLVAEPEKIYAMPDPTVPDSDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSTLSLADQMSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 LLVAEPEKIYAMPDPTVPDSDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSTLSLADQMSL
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KSD LQSAWMEILILGVVYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLAGLLDLNNAILQLVKKYKSMK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 LQSAWMEILILGVVYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLAGLLDLNNAILQLVKKYKSMK
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KSD LEKEEFVTLKAIALANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEALQDYEAGQHMEDPRRAGKMLMT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 LEKEEFVTLKAIALANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEALQDYEAGQHMEDPRRAGKMLMT
340 350 360 370 380 390
430 440 450
pF1KSD LPLLRQTSTKAVQHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 LPLLRQTSTKAVQHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV
400 410 420 430
>>CCDS58061.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1 (470 aa)
initn: 2909 init1: 1494 opt: 2900 Z-score: 2847.7 bits: 536.2 E(32554): 2.7e-152
Smith-Waterman score: 2900; 95.9% identity (96.7% similar) in 459 aa overlap (7-458:18-470)
10 20 30 40
pF1KSD MDSVELCLPESFSLHYEEELLCRMSNKDRHIDSSCSSFIKTEPSSPASL
:.: . ..::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MWRECDWGLGAVKSDLACVPSA------KRLLCRMSNKDRHIDSSCSSFIKTEPSSPASL
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KSD TDSVNHHSPGGSSDASGSYSSTMNGHQNGLDSPPLYPSAPILGGSGPVRKLYDDCSSTIV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 TDSVNHHSPGGSSDASGSYSSTMNGHQNGLDSPPLYPSAPILGGSGPVRKLYDDCSSTIV
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KSD EDPQTKCEYMLNSMPKRLCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 EDPQTKCEYMLNSMPKRLCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNE
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KSD CEITKRRRKSCQACRFMKCLKVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRIDAENSPYLNPQLVQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 CEITKRRRKSCQACRFMKCLKVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRIDAENSPYLNPQLVQP
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KSD AKKPY-------NKIVSHLLVAEPEKIYAMPDPTVPDSDIKALTTLCDLADRELVVIIGW
:::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 AKKPLLWSDPADNKIVSHLLVAEPEKIYAMPDPTVPDSDIKALTTLCDLADRELVVIIGW
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KSD AKHIPGFSTLSLADQMSLLQSAWMEILILGVVYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLAGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 AKHIPGFSTLSLADQMSLLQSAWMEILILGVVYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLAGL
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KSD LDLNNAILQLVKKYKSMKLEKEEFVTLKAIALANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEALQDY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LDLNNAILQLVKKYKSMKLEKEEFVTLKAIALANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEALQDY
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450
pF1KSD EAGQHMEDPRRAGKMLMTLPLLRQTSTKAVQHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 EAGQHMEDPRRAGKMLMTLPLLRQTSTKAVQHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV
420 430 440 450 460 470
>>CCDS9850.2 ESRRB gene_id:2103|Hs108|chr14 (508 aa)
initn: 2042 init1: 2042 opt: 2325 Z-score: 2283.9 bits: 432.0 E(32554): 6.8e-121
Smith-Waterman score: 2325; 78.2% identity (93.3% similar) in 435 aa overlap (24-458:1-433)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MDSVELCLPESFSLHYEEELLCRMSNKDRHIDSSCSSFIKTEPSSPASLTDSVNHHSPGG
::. :::. :::.::::::::::.: :...::::.:
CCDS98 MSSDDRHLGSSCGSFIKTEPSSPSSGIDALSHHSPSG
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KSD SSDASGSYSSTMNGHQNGLDSPPLYPSAPILGGSGPVRKLYDDCSSTIVEDPQTKCEYML
::::::... ... : :::::::.. .: :::. : :: :.::.: :.:: ::::::
CCDS98 SSDASGGFGLALGTHANGLDSPPMFAGAG-LGGT-PCRKSYEDCASGIMEDSAIKCEYML
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KSD NSMPKRLCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKRRRKSC
:..:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 NAIPKRLCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKRRRKSC
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KSD QACRFMKCLKVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRIDAENSPYLNPQLVQPAKKPYNKIVSH
:::::::::::::::::::::::::::::::::.:.:.::::. :. ::::: .::::.
CCDS98 QACRFMKCLKVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRLDSESSPYLSLQISPPAKKPLTKIVSY
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KSD LLVAEPEKIYAMPDPTVPDSDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSTLSLADQMSL
::::::.:.:::: : .:..::::::::::::::::::::::::::::::.:::.:::::
CCDS98 LLVAEPDKLYAMPPPGMPEGDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSSLSLGDQMSL
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KSD LQSAWMEILILGVVYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLAGLLDLNNAILQLVKKYKSMK
::::::::::::.::::: ..:.::::.::::::..:.:::::.: ::::::..::..:
CCDS98 LQSAWMEILILGIVYRSLPYDDKLVYAEDYIMDEEHSRLAGLLELYRAILQLVRRYKKLK
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KSD LEKEEFVTLKAIALANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEALQDYEAGQHMEDPRRAGKMLMT
.::::::::::.::::::::.:::.::::::::.::::::::: .:. :.: :.::.:.:
CCDS98 VEKEEFVTLKALALANSDSMYIEDLEAVQKLQDLLHEALQDYELSQRHEEPWRTGKLLLT
340 350 360 370 380 390
430 440 450
pF1KSD LPLLRQTSTKAVQHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV
:::::::..:::::::..::.:::::::::::::::::
CCDS98 LPLLRQTAAKAVQHFYSVKLQGKVPMHKLFLEMLEAKVGQEQLRGSPKDERMSSHDGKCP
400 410 420 430 440 450
CCDS98 FQSAAFTSRDQSNSPGIPNPRPSSPTPLNERGRQISPSTRTPGGQGKHLWLTM
460 470 480 490 500
>>CCDS58060.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1 (396 aa)
initn: 1692 init1: 1692 opt: 1709 Z-score: 1681.9 bits: 320.3 E(32554): 2.3e-87
Smith-Waterman score: 2533; 91.0% identity (91.0% similar) in 435 aa overlap (24-458:1-396)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MDSVELCLPESFSLHYEEELLCRMSNKDRHIDSSCSSFIKTEPSSPASLTDSVNHHSPGG
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MSNKDRHIDSSCSSFIKTEPSSPASLTDSVNHHSPGG
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KSD SSDASGSYSSTMNGHQNGLDSPPLYPSAPILGGSGPVRKLYDDCSSTIVEDPQTKCEYML
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 SSDASGSYSSTMNGHQNGLDSPPLYPSAPILGGSGPVRKLYDDCSSTIVEDPQTKCEYML
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KSD NSMPKRLCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKRRRKSC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 NSMPKRLCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQG----------------------
100 110 120 130
190 200 210 220 230 240
pF1KSD QACRFMKCLKVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRIDAENSPYLNPQLVQPAKKPYNKIVSH
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 -----------------VRLDRVRGGRQKYKRRIDAENSPYLNPQLVQPAKKPYNKIVSH
140 150 160 170
250 260 270 280 290 300
pF1KSD LLVAEPEKIYAMPDPTVPDSDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSTLSLADQMSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LLVAEPEKIYAMPDPTVPDSDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSTLSLADQMSL
180 190 200 210 220 230
310 320 330 340 350 360
pF1KSD LQSAWMEILILGVVYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLAGLLDLNNAILQLVKKYKSMK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LQSAWMEILILGVVYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLAGLLDLNNAILQLVKKYKSMK
240 250 260 270 280 290
370 380 390 400 410 420
pF1KSD LEKEEFVTLKAIALANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEALQDYEAGQHMEDPRRAGKMLMT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LEKEEFVTLKAIALANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEALQDYEAGQHMEDPRRAGKMLMT
300 310 320 330 340 350
430 440 450
pF1KSD LPLLRQTSTKAVQHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LPLLRQTSTKAVQHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV
360 370 380 390
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10 20 30 40 50 60
pF1KSD LPESFSLHYEEELLCRMSNKDRHIDSSCSSFIKTEPSSPASLTDSVNHHSPGGSSDASG-
.::.::.:: : : . .. . : :
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10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KSD SYSSTMNGHQNGLDSPPLYPSAPILGGSGPVRKLYDDCSSTIVEDPQTKCEYMLNSMPKR
. . . ::.. :. :.:: : . .:.:.:::
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pF1KSD LCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKRRRKSCQACRFM
:::::::.::::::::::::::::::::::::.:::::::.:::::::::::.::::::
CCDS60 LCLVCGDVASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGSIEYSCPASNECEITKRRRKACQACRFT
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pF1KSD KCLKVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRIDAENSPYLNPQLVQP------AKK--PYNKIV
:::.::::::::::::::::::::::: ... :. .: . : .: : : .:
CCDS60 KCLRVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRPEVDPLPFPGPFPAGPLAVAGGPRKTAPVNALV
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pF1KSD SHLLVAEPEKIYAMPDPTVPDSDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSTLSLADQM
:::::.::::.::::::. ::. . :..::::: :::.:: :.::: :::::.:::.:::
CCDS60 SHLLVVEPEKLYAMPDPAGPDGHLPAVATLCDLFDREIVVTISWAKSIPGFSSLSLSDQM
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300 310 320 330 340 350
pF1KSD SLLQSAWMEILILGVVYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLAGLLDLNNAILQLVKKYKS
:.:::.:::.:.:::. ::: ..:::..:.: ..::. .. ::: .:. :.::::.. ..
CCDS60 SVLQSVWMEVLVLGVAQRSLPLQDELAFAEDLVLDEEGARAAGLGELGAALLQLVRRLQA
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pF1KSD MKLEKEEFVTLKAIALANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEALQDYEAGQHME----DPRRA
..::.::.: :::.:::::::.::::.:::..:...::::: .::::. . :::
CCDS60 LRLEREEYVLLKALALANSDSVHIEDAEAVEQLREALHEALLEYEAGRAGPGGGAERRRA
320 330 340 350 360 370
420 430 440 450
pF1KSD GKMLMTLPLLRQTSTKAVQHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV
:..:.::::::::. :.. :::..::::::::::::::::::
CCDS60 GRLLLTLPLLRQTAGKVLAHFYGVKLEGKVPMHKLFLEMLEAMMD
380 390 400 410 420
>>CCDS41667.1 ESRRA gene_id:2101|Hs108|chr11 (423 aa)
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Smith-Waterman score: 1600; 57.7% identity (77.8% similar) in 433 aa overlap (38-456:12-420)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD LPESFSLHYEEELLCRMSNKDRHIDSSCSSFIKTEPSSPASLTDSVNHHSPGGSSDASG-
.::.::.:: : : . .. . : :
CCDS41 MSSQVVGIEPLYIKAEPASPDSPKGSSETETEPPVALAPGP
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KSD SYSSTMNGHQNGLDSPPLYPSAPILGGSGPVRKLYDDCSSTIVEDPQTKCEYMLNSMPKR
. . . ::.. :. :.:: : . .:.:.:::
CCDS41 APTRCLPGHKEEEDGE----------GAGP--------------GEQGGGKLVLSSLPKR
50 60 70
130 140 150 160 170 180
pF1KSD LCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKRRRKSCQACRFM
:::::::.::::::::::::::::::::::::.:::::::.:::::::::::.::::::
CCDS41 LCLVCGDVASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGSIEYSCPASNECEITKRRRKACQACRFT
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pF1KSD KCLKVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRIDAENSPYLNPQLVQP------AKK---PYNKI
:::.::::::::::::::::::::::: ... :. .: . : .: : : .
CCDS41 KCLRVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRPEVDPLPFPGPFPAGPLAVAGGPRKTAAPVNAL
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pF1KSD VSHLLVAEPEKIYAMPDPTVPDSDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSTLSLADQ
::::::.::::.::::::. ::. . :..::::: :::.:: :.::: :::::.:::.::
CCDS41 VSHLLVVEPEKLYAMPDPAGPDGHLPAVATLCDLFDREIVVTISWAKSIPGFSSLSLSDQ
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pF1KSD MSLLQSAWMEILILGVVYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLAGLLDLNNAILQLVKKYK
::.:::.:::.:.:::. ::: ..:::..:.: ..::. .. ::: .:. :.::::.. .
CCDS41 MSVLQSVWMEVLVLGVAQRSLPLQDELAFAEDLVLDEEGARAAGLGELGAALLQLVRRLQ
260 270 280 290 300 310
360 370 380 390 400 410
pF1KSD SMKLEKEEFVTLKAIALANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEALQDYEAGQHME----DPRR
...::.::.: :::.:::::::.::::.:::..:...::::: .::::. . ::
CCDS41 ALRLEREEYVLLKALALANSDSVHIEDAEAVEQLREALHEALLEYEAGRAGPGGGAERRR
320 330 340 350 360 370
420 430 440 450
pF1KSD AGKMLMTLPLLRQTSTKAVQHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV
::..:.::::::::. :.. :::..::::::::::::::::::
CCDS41 AGRLLLTLPLLRQTAGKVLAHFYGVKLEGKVPMHKLFLEMLEAMMD
380 390 400 410 420
>>CCDS35172.1 RXRA gene_id:6256|Hs108|chr9 (462 aa)
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pF1KSD SFSLHYEEELLCRMSNKDRHIDSSCSSFIKTEPSSPASLTDSVNHHS--PG-GSSDASGS
: :.. .:.. : : :: :: :
CCDS35 MDTKHFLPLDFSTQVNSSLTSPTGRGSMAAPSLHPSLGPGIGSPGQLHS
10 20 30 40
70 80 90 100 110
pF1KSD YSSTMNGHQNGLDSP------PL------YPSAPILG---GSGPVRKLYDDCSSTIVEDP
::... ::. : :. :..: :: :: . . .. ::. :
CCDS35 PISTLSSPINGMGPPFSVISSPMGPHSMSVPTTPTLGFSTGSPQLSSPMNPVSSSEDIKP
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pF1KSD QTKCEYMLN----------SMPKRLCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEY
. .:. :. :..: .::: .:: :::: :::.::.:::::.. .. :
CCDS35 PLGLNGVLKVPAHPSGNMASFTKHICAICGDRSSGKHYGVYSCEGCKGFFKRTVRKDLTY
110 120 130 140 150 160
170 180 190 200 210 220
pF1KSD SCPATNECEITKRRRKSCQACRFMKCLKVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRIDAENSPYL
.: ...: : ::.:. :: ::..::: .:: .:.:. .: :: : . . ..:..
CCDS35 TCRDNKDCLIDKRQRNRCQYCRYQKCLAMGMKREAVQEERQRG---KDRNENEVESTSSA
170 180 190 200 210 220
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pF1KSD NPQLVQPAKKPYNKIVSHLLVAEPE-KIYAMPDPTV-PDSDIKALTTLCDLADRELVVII
: .. : ..:. :..::. . :. . . :.: .:..:. ::..: ...
CCDS35 NEDM------PVERILEAELAVEPKTETYVEANMGLNPSSPNDPVTNICQAADKQLFTLV
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KSD GWAKHIPGFSTLSLADQMSLLQSAWMEILILGVVYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLA
:::.:: :: : : ::. ::...: :.:: . .::.. .: .. : . ..... :
CCDS35 EWAKRIPHFSELPLDDQVILLRAGWNELLIASFSHRSIAVKDGILLATGLHVHRNSAHSA
290 300 310 320 330 340
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pF1KSD GLLDLNNAIL-QLVKKYKSMKLEKEEFVTLKAIALANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEAL
:. . . .: .::.:...:...: :. :.::.: : :: . . :. :.. .. .:
CCDS35 GVGAIFDRVLTELVSKMRDMQMDKTELGCLRAIVLFNPDSKGLSNPAEVEALREKVYASL
350 360 370 380 390 400
400 410 420 430 440 450
pF1KSD QDYEAGQHMEDPRRAGKMLMTLPLLRQTSTKAVQHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV
. : .. :.: : .:.:. :: ::. . : ..:.. .:: : .:. ...:::::
CCDS35 EAYCKHKYPEQPGRFAKLLLRLPALRSIGLKCLEHLFFFKLIGDTPIDTFLMEMLEAPHQ
410 420 430 440 450 460
CCDS35 MT
>>CCDS8850.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12 (454 aa)
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pF1KSD DRHIDSSCSSFIKTEPSSPASLTDSVNHHSPGGSSDASGSYSSTMNGHQNGLDSPPLYPS
::.. ..: . .. : : :::.
CCDS88 MATNKERLFAAGALGPGSGYPGAG-FPFAFPGALRG--SPPFEML
10 20 30 40
90 100 110 120 130
pF1KSD APILGGSG-PVRKLYDDCSSTIVEDPQTKCEYMLNSMPK--------RLCLVCGDIASGY
.: . : : : : . .: :: .:. : :. : :. . :.::.: .:::
CCDS88 SPSFRGLGQP--DLPKEMASLSVETQSTSSEEMVPSSPSPPPPPRVYKPCFVCNDKSSGY
50 60 70 80 90 100
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pF1KSD HYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKRRRKSCQACRFMKCLKVGMLKEGV
::::.:::.::.::.:.:: :. :.: ..: :.: :. :: ::..::..::: ::.:
CCDS88 HYGVSSCEGCKGFFRRSIQKNMVYTCHRDKNCIINKVTRNRCQYCRLQKCFEVGMSKEAV
110 120 130 140 150 160
200 210 220 230 240 250
pF1KSD RLDRVRGGRQKYKRRIDAENSP--Y-LNPQL---VQPAKKPYNKIVSHLLVAEPEKIYAM
: : :.: :... :.:: : :.::: . ..: ... : .
CCDS88 RND-----RNKKKKEVKEEGSPDSYELSPQLEELITKVSKAHQETFPSLCQLGKYTTNSS
170 180 190 200 210
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pF1KSD PDPTVPDSDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSTLSLADQMSLLQSAWMEILILG
: : . :. . .:: . .. :. .::..:::. ::.:::..::..: ..::.:
CCDS88 ADHRV-QLDLGLWDKFSELATKCIIKIVEFAKRLPGFTGLSIADQITLLKAACLDILMLR
220 230 240 250 260 270
320 330 340 350 360 370
pF1KSD VVYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLAGLLDLNNAILQLVKKYKSMKLEKEEFVTLKAI
. : .: ....: ... : . ::. :.. .. .. . .... : :.::
CCDS88 ICTRYTPEQDTMTFSDGLTLNRTQMHNAGFGPLTDLVFAFAGQLLPLEMDDTETGLLSAI
280 290 300 310 320 330
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pF1KSD ALANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEALQDYEAGQHMEDPRRAGKMLMTLPLLRQTSTKAV
: .: : .:. : :.:::. : :::. : .. .: .::: . :: :::..
CCDS88 CLICGDRMDLEEPEKVDKLQEPLLEALRLYARRRRPSQPYMFPRMLMKITDLRGISTKGA
340 350 360 370 380 390
440 450
pF1KSD QHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV
.. ..:.: :: :. ::::
CCDS88 ERAITLKMEIPGPMPPLIREMLENPEMFEDDSSQPGPHPNASSEDEVPGGQGKGGLKSPA
400 410 420 430 440 450
>>CCDS4768.1 RXRB gene_id:6257|Hs108|chr6 (533 aa)
initn: 677 init1: 351 opt: 713 Z-score: 704.2 bits: 139.8 E(32554): 6.7e-33
Smith-Waterman score: 736; 32.6% identity (60.1% similar) in 436 aa overlap (43-456:107-528)
20 30 40 50 60 70
pF1KSD SLHYEEELLCRMSNKDRHIDSSCSSFIKTEPSSPASLTDSVNHHSPGGSSDASGSYSSTM
::. :: : : :: ..
CCDS47 GRDSRSPDSSSPNPLPQGVPPPSPPGPPLPPSTAPSLGGSGAPPPPPMPPPPLGSPFPVI
80 90 100 110 120 130
80 90 100 110 120
pF1KSD NGHQNGLDSPPLYPSAPILGGSGPVRKLYDDCSSTIV-------ED--PQTKCEYMLNSM
. ... :: : : :: : :::: . . . .. :: : . :.
CCDS47 S---SSMGSPGLPPPAPP-GFSGPVSSPQINSTVSLPGGGSGPPEDVKPPVLGVRGLHCP
140 150 160 170 180 190
130 140 150 160 170
pF1KSD P--------KRLCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKR
: :::: .::: .:: :::: :::.::.::::::. .. ::: ...: . ::
CCDS47 PPPGGPGAGKRLCAICGDRSSGKHYGVYSCEGCKGFFKRTIRKDLTYSCRDNKDCTVDKR
200 210 220 230 240 250
180 190 200 210 220 230
pF1KSD RRKSCQACRFMKCLKVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRIDAENSPYLNPQLVQPAKKPYN
.:. :: ::..::: .:: .:.:. .: :: . :.:.. : . : .
CCDS47 QRNRCQYCRYQKCLATGMKREAVQEERQRG----KDKDGDGEGAGG------APEEMPVD
260 270 280 290 300
240 250 260 270 280 290
pF1KSD KIVSHLLVAEPEKIYAMPDPT----VPDSDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFST
.:. :..: .. .. : .: .:..:. ::..: ... :::.:: ::.
CCDS47 RILEAELAVEQKSDQGVEGPGGTGGSGSSPNDPVTNICQAADKQLFTLVEWAKRIPHFSS
310 320 330 340 350 360
300 310 320 330 340 350
pF1KSD LSLADQMSLLQSAWMEILILGVVYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLAGLLDLNNAIL-
: : ::. ::...: :.:: . .::.. .: .. : . ..... ::. . . .:
CCDS47 LPLDDQVILLRAGWNELLIASFSHRSIDVRDGILLATGLHVHRNSAHSAGVGAIFDRVLT
370 380 390 400 410 420
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pF1KSD QLVKKYKSMKLEKEEFVTLKAIALANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEALQDYEAGQHMED
.::.:...:...: :. :.:: : : :. . . :. :.. .. .:. : .. :.
CCDS47 ELVSKMRDMRMDKTELGCLRAIILFNPDAKGLSNPSEVEVLREKVYASLETYCKQKYPEQ
430 440 450 460 470 480
420 430 440 450
pF1KSD PRRAGKMLMTLPLLRQTSTKAVQHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV
: .:.:. :: ::. . : ..:.. .:: : .:. ...:::::
CCDS47 QGRFAKLLLRLPALRSIGLKCLEHLFFFKLIGDTPIDTFLMEMLEAPHQLA
490 500 510 520 530
458 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 03:37:59 2016 done: Thu Nov 3 03:37:59 2016
Total Scan time: 3.330 Total Display time: 0.080
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]