Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0745
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0745, 905 aa
1>>>pF1KSDA0745 905 - 905 aa - 905 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7164+/-0.00127; mu= 18.3915+/- 0.076
mean_var=60.9363+/-11.718, 0's: 0 Z-trim(99.3): 41 B-trim: 5 in 1/47
Lambda= 0.164299
statistics sampled from 5669 (5676) to 5669 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.504), E-opt: 0.2 (0.174), width: 16
Scan time: 3.130
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS47818.1 XPO7 gene_id:23039|Hs108|chr8 (1087) 4183 1000.9 0
CCDS34287.1 RANBP17 gene_id:64901|Hs108|chr5 (1088) 2913 699.9 6.5e-201
>>CCDS47818.1 XPO7 gene_id:23039|Hs108|chr8 (1087 aa)
initn: 4183 init1: 4183 opt: 4183 Z-score: 5347.4 bits: 1000.9 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4534; 80.6% identity (80.6% similar) in 937 aa overlap (151-905:151-1087)
130 140 150 160 170 180
pF1KSD FDCQKDDYVFRNAITDVTRFLQDSVEYCIIGVTILSQLTNEINQADTTHPLTKHRKIASS
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 FDCQKDDYVFRNAITDVTRFLQDSVEYCIIGVTILSQLTNEINQADTTHPLTKHRKIASS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD FRDSSLFDIFTLSCNLLKQASGKNLNLNDESQHGLLMQLLKLTHNCLNFDFIGTSTDESS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 FRDSSLFDIFTLSCNLLKQASGKNLNLNDESQHGLLMQLLKLTHNCLNFDFIGTSTDESS
190 200 210 220 230 240
250 260
pF1KSD DDLCTVQIPTSWRSAFLDSSTLQL------------------------------------
::::::::::::::::::::::::
CCDS47 DDLCTVQIPTSWRSAFLDSSTLQLFFDLYHSIPPSFSPLVLSCLVQIASVRRSLFNNAER
250 260 270 280 290 300
pF1KSD ------------------------------------------------------------
CCDS47 AKFLSHLVDGVKRILENPQSLSDPNNYHEFCRLLARLKSNYQLGELVKVENYPEVIRLIA
310 320 330 340 350 360
pF1KSD ------------------------------------------------------------
CCDS47 NFTVTSLQHWEFAPNSVHYLLSLWQRLAASVPYVKATEPHMLETYTPEVTKAYITSRLES
370 380 390 400 410 420
270 280 290
pF1KSD --------------------------STIGRCEYEKTCALLVQLFDQSAQSYQELLQSAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 VHIILRDGLEDPLEDTGLVQQQLDQLSTIGRCEYEKTCALLVQLFDQSAQSYQELLQSAS
430 440 450 460 470 480
300 310 320 330 340 350
pF1KSD ASPMDIAVQEGRLTWLVYIIGAVIGGRVSFASTDEQDAMDGELVCRVLQLMNLTDSRLAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 ASPMDIAVQEGRLTWLVYIIGAVIGGRVSFASTDEQDAMDGELVCRVLQLMNLTDSRLAQ
490 500 510 520 530 540
360 370 380 390 400 410
pF1KSD AGNEKLELAMLSFFEQFRKIYIGDQVQKSSKLYRRLSEVLGLNDETMVLSVFIGKIITNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 AGNEKLELAMLSFFEQFRKIYIGDQVQKSSKLYRRLSEVLGLNDETMVLSVFIGKIITNL
550 560 570 580 590 600
420 430 440 450 460 470
pF1KSD KYWGRCEPITSKTLQLLNDLSIGYSSVRKLVKLSAVQFMLNNHTSEHFSFLGINNQSNLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 KYWGRCEPITSKTLQLLNDLSIGYSSVRKLVKLSAVQFMLNNHTSEHFSFLGINNQSNLT
610 620 630 640 650 660
480 490 500 510 520 530
pF1KSD DMRCRTTFYTALGRLLMVDLGEDEDQYEQFMLPLTAAFEAVAQMFSTNSFNEQEAKRTLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 DMRCRTTFYTALGRLLMVDLGEDEDQYEQFMLPLTAAFEAVAQMFSTNSFNEQEAKRTLV
670 680 690 700 710 720
540 550 560 570 580 590
pF1KSD GLVRDLRGIAFAFNAKTSFMMLFEWIYPSYMPILQRAIELWYHDPACTTPVLKLMAELVH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 GLVRDLRGIAFAFNAKTSFMMLFEWIYPSYMPILQRAIELWYHDPACTTPVLKLMAELVH
730 740 750 760 770 780
600 610 620 630 640 650
pF1KSD NRSQRLQFDVSSPNGILLFRETSKMITMYGNRILTLGEVPKDQVYALKLKGISICFSMLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 NRSQRLQFDVSSPNGILLFRETSKMITMYGNRILTLGEVPKDQVYALKLKGISICFSMLK
790 800 810 820 830 840
660 670 680 690 700 710
pF1KSD AALSGSYVNFGVFRLYGDDALDNALQTFIKLLLSIPHSDLLDYPKLSQSYYSLLEVLTQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 AALSGSYVNFGVFRLYGDDALDNALQTFIKLLLSIPHSDLLDYPKLSQSYYSLLEVLTQD
850 860 870 880 890 900
720 730 740 750 760 770
pF1KSD HMNFIASLEPHVIMYILSSISEGLTALDTMVCTGCCSCLDHIVTYLFKQLSRSTKKRTTP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 HMNFIASLEPHVIMYILSSISEGLTALDTMVCTGCCSCLDHIVTYLFKQLSRSTKKRTTP
910 920 930 940 950 960
780 790 800 810 820 830
pF1KSD LNQESDRFLHIMQQHPEMIQQMLSTVLNIIIFEDCRNQWSMSRPLLGLILLNEKYFSDLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 LNQESDRFLHIMQQHPEMIQQMLSTVLNIIIFEDCRNQWSMSRPLLGLILLNEKYFSDLR
970 980 990 1000 1010 1020
840 850 860 870 880 890
pF1KSD NSIVNSQPPEKQQAMHLCFENLMEGIERNLLTKNRDRFTQNLSAFRREVNDSMKNSTYGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 NSIVNSQPPEKQQAMHLCFENLMEGIERNLLTKNRDRFTQNLSAFRREVNDSMKNSTYGV
1030 1040 1050 1060 1070 1080
900
pF1KSD NSNDMMS
:::::::
CCDS47 NSNDMMS
>--
initn: 972 init1: 972 opt: 972 Z-score: 1234.0 bits: 239.8 E(32554): 2e-62
Smith-Waterman score: 972; 100.0% identity (100.0% similar) in 150 aa overlap (1-150:1-150)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MADHVQSLAQLENLCKQLYETTDTTTRLQAEKALVEFTNSPDCLSKCQLLLERGSSSYSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 MADHVQSLAQLENLCKQLYETTDTTTRLQAEKALVEFTNSPDCLSKCQLLLERGSSSYSQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD LLAATCLTKLVSRTNNPLPLEQRIDIRNYVLNYLATRPKLATFVTQALIQLYARITKLGW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 LLAATCLTKLVSRTNNPLPLEQRIDIRNYVLNYLATRPKLATFVTQALIQLYARITKLGW
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD FDCQKDDYVFRNAITDVTRFLQDSVEYCIIGVTILSQLTNEINQADTTHPLTKHRKIASS
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 FDCQKDDYVFRNAITDVTRFLQDSVEYCIIGVTILSQLTNEINQADTTHPLTKHRKIASS
130 140 150 160 170 180
>>CCDS34287.1 RANBP17 gene_id:64901|Hs108|chr5 (1088 aa)
initn: 2535 init1: 1209 opt: 2913 Z-score: 3720.5 bits: 699.9 E(32554): 6.5e-201
Smith-Waterman score: 3018; 52.0% identity (71.9% similar) in 940 aa overlap (151-905:150-1088)
130 140 150 160 170 180
pF1KSD FDCQKDDYVFRNAITDVTRFLQDSVEYCIIGVTILSQLTNEINQADTTHPLTKHRKIASS
:: :::.::.:.: .: ..: .::::::.:
CCDS34 FEVQKDQFVFREIIADVKKFLQGTVEHCIIGVIILSELTQEMNLVDYSRPSAKHRKIATS
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KSD FRDSSLFDIFTLSCNLLKQASGKNLNLNDESQHGLLMQLLKLTHNCLNFDFIGTSTDESS
:::.:: :...:.:.:::.. .: :::.:. :..:.::.:::. :::::::::.:.:::.
CCDS34 FRDTSLKDVLVLACSLLKEVFAKPLNLQDQCQQNLVMQVLKLVLNCLNFDFIGSSADESA
180 190 200 210 220 230
250 260
pF1KSD DDLCTVQIPTSWRSAFLDSSTL--------------------------------------
::::::::::.::. ::. ::
CCDS34 DDLCTVQIPTTWRTIFLEPETLDLFFNLYHSLPPLLSQLALSCLVQFASTRRSLFNSPER
240 250 260 270 280 290
pF1KSD ------------------------------------------------------------
CCDS34 AKYLGNLIKGVKRILENPQGLSDPGNYHEFCRFLARLKTNYQLGELVMVKEYPEVIRLIA
300 310 320 330 340 350
pF1KSD ------------------------------------------------------------
CCDS34 NFTITSLQHWEFAPNSVHYLLTLWQRMVASVPFVKSTEPHLLDTYAPEITKAFITSRLDS
360 370 380 390 400 410
270 280 290
pF1KSD ------------------------QLSTIGRCEYEKTCALLVQLFDQSAQSYQELLQSAS
:: :..:::::::::::::::::.::.::.::. :
CCDS34 VAIVVRDHLDDPLDDTATVFQQLEQLCTVSRCEYEKTCALLVQLFDQNAQNYQKLLHPYS
420 430 440 450 460 470
300 310 320 330 340 350
pF1KSD ASPMDIAVQEGRLTWLVYIIGAVIGGRVSFASTDEQDAMDGELVCRVLQLMNLTDSRLAQ
. .::..:::::.::::..:.:.:::....::::.::::::: :::.::..: :. : .
CCDS34 GVTVDITIQEGRLAWLVYLVGTVVGGRLTYTSTDEHDAMDGELSCRVFQLISLMDTGLPR
480 490 500 510 520 530
360 370 380 390 400 410
pF1KSD AGNEKLELAMLSFFEQFRKIYIGDQVQKSSKLYRRLSEVLGLNDETMVLSVFIGKIITNL
:::.:::.: :..:::: :.:::.:..::.: :.:::::..:.. :: .:. ::.:::
CCDS34 CCNEKIELAILWFLDQFRKTYVGDQLQRTSKVYARMSEVLGITDDNHVLETFMTKIVTNL
540 550 560 570 580 590
420 430 440 450 460 470
pF1KSD KYWGRCEPITSKTLQLLNDLSIGYSSVRKLVKLSAVQFMLNNHTSEHFSFLGINNQSNLT
::::: ::. :.:::.:::::.:: ..::::..::.:::.::::::: ::::... .:.
CCDS34 KYWGRYEPVISRTLQFLNDLSVGYILLKKLVKIDAVKFMLKNHTSEHFPFLGISDNHSLS
600 610 620 630 640 650
480 490 500 510 520 530
pF1KSD DMRCRTTFYTALGRLLMVDLGEDEDQYEQFMLPLTAAFEAVAQMFSTNSFNEQEAKRTLV
:.:::::::::: ::::::::::::..:.::::::.:::.: :.:. :.:.....:: :.
CCDS34 DFRCRTTFYTALTRLLMVDLGEDEDEFENFMLPLTVAFETVLQIFN-NNFKQEDVKRMLI
660 670 680 690 700 710
540 550 560 570 580 590
pF1KSD GLVRDLRGIAFAFNAKTSFMMLFEWIYPSYMPILQRAIELWYHDPACTTPVLKLMAELVH
::.:::::::::.:.:::. :::.:.::.:.:.:: :.: :: .:.::::.:::::::..
CCDS34 GLARDLRGIAFALNTKTSYTMLFDWMYPTYLPLLQNAVERWYGEPTCTTPILKLMAELMQ
720 730 740 750 760 770
600 610 620 630 640 650
pF1KSD NRSQRLQFDVSSPNGILLFRETSKMITMYGNRILTLGEVPKDQVYALKLKGISICFSMLK
::::::.::::::::::::::.:::. :::.::.:: . :::.: .::::::::.: ::
CCDS34 NRSQRLNFDVSSPNGILLFREASKMVCTYGNQILSLGSLSKDQIYPMKLKGISICYSALK
780 790 800 810 820 830
660 670 680 690 700 710
pF1KSD AALSGSYVNFGVFRLYGDDALDNALQTFIKLLLSIPHSDLLDYPKLSQSYYSLLEVLTQD
.:: :.::.::::.::::. .::.::.:.:.:::. :::::.: ::::::: ::: ::::
CCDS34 SALCGNYVSFGVFKLYGDNHFDNVLQAFVKMLLSVSHSDLLQYRKLSQSYYPLLECLTQD
840 850 860 870 880 890
720 730 740 750 760 770
pF1KSD HMNFIASLEPHVIMYILSSISEGLTALDTMVCTGCCSCLDHIVTYLFKQLSRSTKK--RT
::.:: .::: :.::.:.:::::::.:::.: ..::. ::.:::::::.... :: :
CCDS34 HMSFIINLEPPVLMYVLTSISEGLTTLDTVVSSSCCTSLDYIVTYLFKHIAKEGKKPLRC
900 910 920 930 940 950
780 790 800 810 820 830
pF1KSD TPLNQESDRFLHIMQQHPEMIQQMLSTVLNIIIFEDCRNQWSMSRPLLGLILLNEKYFSD
.: ..:.::.:::.:...:::.:...: :.:::::::::.::::::::::::::::.
CCDS34 REATQAGQRLLHFMQQNPDVLQQMMSVLMNTIVFEDCRNQWSVSRPLLGLILLNEKYFSE
960 970 980 990 1000 1010
840 850 860 870 880 890
pF1KSD LRNSIVNSQPPEKQQAMHLCFENLMEGIERNLLTKNRDRFTQNLSAFRREVNDSMK-NST
:: :..:::: ::... ::.:::::.:.:: .:::::::::::.:::.: .... ...
CCDS34 LRASLINSQPLPKQEVLAQCFRNLMEGVEQNLSVKNRDRFTQNLSVFRRDVAEALRSDGN
1020 1030 1040 1050 1060 1070
900
pF1KSD YGVNSNDMMS
: ::::
CCDS34 TEPCSLDMMS
1080
>--
initn: 698 init1: 365 opt: 684 Z-score: 865.1 bits: 171.6 E(32554): 7.3e-42
Smith-Waterman score: 684; 68.0% identity (88.7% similar) in 150 aa overlap (1-150:1-149)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MADHVQSLAQLENLCKQLYETTDTTTRLQAEKALVEFTNSPDCLSKCQLLLERGSSSYSQ
:: : ::::.:: :: .:: :: : :..:::::.:. .::.::::::::::.:..::.:
CCDS34 MALHFQSLAELEVLCTHLYIGTDLTQRIEAEKALLELIDSPECLSKCQLLLEQGTTSYAQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD LLAATCLTKLVSRTNNPLPLEQRIDIRNYVLNYLATRPKLATFVTQALIQLYARITKLGW
:::::::.:::::.. :::.:::.:::::.:::.:..:::: :: :::::. :.::::::
CCDS34 LLAATCLSKLVSRVS-PLPVEQRMDIRNYILNYVASQPKLAPFVIQALIQVIAKITKLGW
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KSD FDCQKDDYVFRNAITDVTRFLQDSVEYCIIGVTILSQLTNEINQADTTHPLTKHRKIASS
:. :::..:::. :.:: .::: .::.:::
CCDS34 FEVQKDQFVFREIIADVKKFLQGTVEHCIIGVIILSELTQEMNLVDYSRPSAKHRKIATS
120 130 140 150 160 170
905 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 02:53:44 2016 done: Thu Nov 3 02:53:44 2016
Total Scan time: 3.130 Total Display time: 0.070
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]