FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0738, 921 aa
1>>>pF1KSDA0738 921 - 921 aa - 921 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6332+/-0.000961; mu= 18.8287+/- 0.057
mean_var=65.7490+/-13.339, 0's: 0 Z-trim(104.5): 19 B-trim: 3 in 1/49
Lambda= 0.158172
statistics sampled from 7942 (7948) to 7942 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.606), E-opt: 0.2 (0.244), width: 16
Scan time: 4.450
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS5886.1 TCAF1 gene_id:9747|Hs108|chr7 ( 921) 6284 1443.5 0
CCDS56514.1 TCAF1 gene_id:9747|Hs108|chr7 ( 919) 6264 1438.9 0
CCDS34769.1 TCAF2 gene_id:285966|Hs108|chr7 ( 845) 3700 853.8 0
CCDS47735.2 TCAF2 gene_id:285966|Hs108|chr7 ( 815) 1934 450.8 4.8e-126
>>CCDS5886.1 TCAF1 gene_id:9747|Hs108|chr7 (921 aa)
initn: 6284 init1: 6284 opt: 6284 Z-score: 7740.2 bits: 1443.5 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6284; 99.9% identity (100.0% similar) in 921 aa overlap (1-921:1-921)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MATPSAAFEALMNGVTSWDVPEDAVPCELLLIGEASFPVMVNDMGQVLIAASSYGRGRLV
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CCDS58 MATPSAAFEALMNGVTSWDVPEDAVPCELLLIGEASFPVMVNDMGQVLIAASSYGRGRLV
10 20 30 40 50 60
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pF1KSD VVSHEDYLVEAQLTPFLLNAVGWLCSSPGAPIGVHPSLAPLAKILEGSGVDAKVEPEVKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 VVSHEDYLVEAQLTPFLLNAVGWLCSSPGAPIGVHPSLAPLAKILEGSGVDAKVEPEVKD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD SLGVYCIDAYNETMTEKLVKFMKCGGGLLIGGQAWDWANQGEDERVLFTFPGNLVTSVAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 SLGVYCIDAYNETMTEKLVKFMKCGGGLLIGGQAWDWANQGEDERVLFTFPGNLVTSVAG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD IYFTDNKGDTSFFKVSKKMPKIPVLVSCEDDLSDDREELLHGISELDISNSDCFPSQLLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 IYFTDNKGDTSFFKVSKKMPKIPVLVSCEDDLSDDREELLHGISELDISNSDCFPSQLLV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 HGALAFPLGLDSYHGCVIAAARYGRGRVVVTGHKVLFTVGKLGPFLLNAVRWLDGGRRGK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
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.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 VVVQTELRTLSGLLAVGGIDTSIEPNLTSDASVYCFEPVSEVGVKELQEFVAEGGGLFVG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 AQAWWWAFKNPGVSPLARFPGNLLLNPFGISITSQSLNPGPFRTPKAGIRTYHFRSTLAE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 FQVIMGRKRGNVEKGWLAKLGPDGAAFLQIPAEEIPAYMSVHRLLRKLLSRYRLPVATRE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 NPVINDCCRGAMLSLATGLAHSGSDLSLLVPEIEDMYSSPYLRPSESPITVEVNCTNPGT
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 RYCWMSTGLYIPGRQIIEVSLPEAAASADLKIQIGCHTDDLTRASKLFRGPLVINRCCLD
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD KPTKSITCLWGGLLYIIVPQNSKLGSVPVTVKGAVHAPYYKLGETTLEEWKRRIQENPGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 KPTKSITCLWGGLLYIIVPQNSKLGSVPVTVKGAVHAPYYKLGETTLEEWKRRIQENPGP
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD WGELATDNIILTVPTANLRTLENPEPLLRLWDEVMQAVARLGAEPFPLRLPQRIVADVQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 WGELATDNIILTVPTANLRTLENPEPLLRLWDEVMQAVARLGAEPFPLRLPQRIVADVQI
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD SVGWMHAGYPIMCHLESVQELINEKLIRTKGLWGPVHELGRNQQRQEWEFPPHTTEATCN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 SVGWMHAGYPIMCHLESVQELINEKLIRTKGLWGPVHELGRNQQRQEWEFPPHTTEATCN
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD LWCVYVHETVLGIPRSRANIALWPPVREKRVRIYLSKGPNVKNWNAWTALETYLQLQEAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LWCVYVHETVLGIPRSRANIALWPPVREKRVRIYLSKGPNVKNWNAWTALETYLQLQEAF
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD GWEPFIRLFTEYRNQTNLPTENVDKMNLWVKMFSHQVQKNLAPFFEAWAWPIQKEVATSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 GWEPFIRLFTEYRNQTNLPTENVDKMNLWVKMFSHQVQKNLAPFFEAWAWPIQKEVATSL
850 860 870 880 890 900
910 920
pF1KSD AYLPEWKENIMKLYLLTQMPH
:::::::::::::::::::::
CCDS58 AYLPEWKENIMKLYLLTQMPH
910 920
>>CCDS56514.1 TCAF1 gene_id:9747|Hs108|chr7 (919 aa)
initn: 6264 init1: 6264 opt: 6264 Z-score: 7715.5 bits: 1438.9 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6264; 99.9% identity (100.0% similar) in 919 aa overlap (1-919:1-919)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MATPSAAFEALMNGVTSWDVPEDAVPCELLLIGEASFPVMVNDMGQVLIAASSYGRGRLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 MATPSAAFEALMNGVTSWDVPEDAVPCELLLIGEASFPVMVNDMGQVLIAASSYGRGRLV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD VVSHEDYLVEAQLTPFLLNAVGWLCSSPGAPIGVHPSLAPLAKILEGSGVDAKVEPEVKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 VVSHEDYLVEAQLTPFLLNAVGWLCSSPGAPIGVHPSLAPLAKILEGSGVDAKVEPEVKD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD SLGVYCIDAYNETMTEKLVKFMKCGGGLLIGGQAWDWANQGEDERVLFTFPGNLVTSVAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 SLGVYCIDAYNETMTEKLVKFMKCGGGLLIGGQAWDWANQGEDERVLFTFPGNLVTSVAG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD IYFTDNKGDTSFFKVSKKMPKIPVLVSCEDDLSDDREELLHGISELDISNSDCFPSQLLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 IYFTDNKGDTSFFKVSKKMPKIPVLVSCEDDLSDDREELLHGISELDISNSDCFPSQLLV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD HGALAFPLGLDSYHGCVIAAARYGRGRVVVTGHKVLFTVGKLGPFLLNAVRWLDGGRRGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 HGALAFPLGLDSYHGCVIAAARYGRGRVVVTGHKVLFTVGKLGPFLLNAVRWLDGGRRGK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD IVVQTELRTLSGLLAVGGIDTSIEPNLTSDASVYCFEPVSEVGVKELQEFVAEGGGLFVG
.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 VVVQTELRTLSGLLAVGGIDTSIEPNLTSDASVYCFEPVSEVGVKELQEFVAEGGGLFVG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD AQAWWWAFKNPGVSPLARFPGNLLLNPFGISITSQSLNPGPFRTPKAGIRTYHFRSTLAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 AQAWWWAFKNPGVSPLARFPGNLLLNPFGISITSQSLNPGPFRTPKAGIRTYHFRSTLAE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD FQVIMGRKRGNVEKGWLAKLGPDGAAFLQIPAEEIPAYMSVHRLLRKLLSRYRLPVATRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 FQVIMGRKRGNVEKGWLAKLGPDGAAFLQIPAEEIPAYMSVHRLLRKLLSRYRLPVATRE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD NPVINDCCRGAMLSLATGLAHSGSDLSLLVPEIEDMYSSPYLRPSESPITVEVNCTNPGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 NPVINDCCRGAMLSLATGLAHSGSDLSLLVPEIEDMYSSPYLRPSESPITVEVNCTNPGT
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD RYCWMSTGLYIPGRQIIEVSLPEAAASADLKIQIGCHTDDLTRASKLFRGPLVINRCCLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 RYCWMSTGLYIPGRQIIEVSLPEAAASADLKIQIGCHTDDLTRASKLFRGPLVINRCCLD
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD KPTKSITCLWGGLLYIIVPQNSKLGSVPVTVKGAVHAPYYKLGETTLEEWKRRIQENPGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 KPTKSITCLWGGLLYIIVPQNSKLGSVPVTVKGAVHAPYYKLGETTLEEWKRRIQENPGP
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD WGELATDNIILTVPTANLRTLENPEPLLRLWDEVMQAVARLGAEPFPLRLPQRIVADVQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 WGELATDNIILTVPTANLRTLENPEPLLRLWDEVMQAVARLGAEPFPLRLPQRIVADVQI
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD SVGWMHAGYPIMCHLESVQELINEKLIRTKGLWGPVHELGRNQQRQEWEFPPHTTEATCN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 SVGWMHAGYPIMCHLESVQELINEKLIRTKGLWGPVHELGRNQQRQEWEFPPHTTEATCN
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD LWCVYVHETVLGIPRSRANIALWPPVREKRVRIYLSKGPNVKNWNAWTALETYLQLQEAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 LWCVYVHETVLGIPRSRANIALWPPVREKRVRIYLSKGPNVKNWNAWTALETYLQLQEAF
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD GWEPFIRLFTEYRNQTNLPTENVDKMNLWVKMFSHQVQKNLAPFFEAWAWPIQKEVATSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 GWEPFIRLFTEYRNQTNLPTENVDKMNLWVKMFSHQVQKNLAPFFEAWAWPIQKEVATSL
850 860 870 880 890 900
910 920
pF1KSD AYLPEWKENIMKLYLLTQMPH
:::::::::::::::::::
CCDS56 AYLPEWKENIMKLYLLTQM
910
>>CCDS34769.1 TCAF2 gene_id:285966|Hs108|chr7 (845 aa)
initn: 3697 init1: 2682 opt: 3700 Z-score: 4554.0 bits: 853.8 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3700; 64.5% identity (84.3% similar) in 837 aa overlap (1-836:1-836)
10 20 30 40 50
pF1KSD MAT-PSAAFEALMNGVTSWDVPEDAVPCELLLIGEASFPVMVNDMGQVLIAASSYGRGRL
::: .:::::::.::: ::::. .: ::::::::.::::::: :::::::::::::::
CCDS34 MATIAAAAFEALMDGVTCWDVPRGPIPSELLLIGEAAFPVMVNDKGQVLIAASSYGRGRL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD VVVSHEDYLVEAQLTPFLLNAVGWLCSSPGAPIGVHPSLAPLAKILEGSGVDAKVEPEVK
:::::: :: .. :.:::::::.::: ::::.:::::::::..::. .:..:.:.::
CCDS34 VVVSHEGYLSHTGLAPFLLNAVSWLCPCPGAPVGVHPSLAPLVNILQDAGLEAQVKPEPG
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KSD DSLGVYCIDAYNETMTEKLVKFMKCGGGLLIGGQAWDWANQGEDERVLFTFPGNLVTSVA
. ::::::.:::.:.: :..:.: ::::::::::: ::.: ..:: :::: :::::
CCDS34 EPLGVYCINAYNDTLTATLIQFVKHGGGLLIGGQAWYWASQHGPDKVLSRFPGNKVTSVA
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KSD GIYFTDNKGDTSFFKVSKKMPKIPVLVSCEDDLSDDREELLHGISELDISNSDCFPSQLL
:.::::. :: . ::::::.::::. : .:. .:...::.::::::: .. :::::
CCDS34 GVYFTDTYGDRDRFKVSKKVPKIPLHVRYGEDVRQDQQQLLEGISELDIRTGGV-PSQLL
190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD VHGALAFPLGLDSYHGCVIAAARYGRGRVVVTGHKVLFTVGKLGPFLLNAVRWLDGGRRG
::::::::::::. .: .:::.:::::::...:. :. . :.::::::::::: :. :
CCDS34 VHGALAFPLGLDASLNCFLAAAHYGRGRVVLAAHECLLCAPKMGPFLLNAVRWLARGQTG
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD KIVVQTELRTLSGLLAVGGIDTSIEPNLTSDASVYCFEPVSEVGVKELQEFVAEGGGLFV
:. :.:.:. : ::. :.. :.::.:.:: ::: . :. .:.:::::::::::..
CCDS34 KVGVNTNLKDLCPLLSEHGLQCSLEPHLNSDLCVYCCKAYSDKEAKQLQEFVAEGGGLLI
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KSD GAQAWWWAFKNPGVSPLARFPGNLLLNPFGISITSQSLNPGPFRTPKAGIRTYHFRSTLA
:.:::::: .::: ::: ::::..:: ::.:: :.:. : : .: .:.::::..:.
CCDS34 GGQAWWWASQNPGHCPLAGFPGNIILNCFGLSILPQTLKAGCFPVPTPEMRSYHFRKALS
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KSD EFQVIMGRKRGNVEKGWLAKLGPDGAAFLQIPAEEIPAYMSVHRLLRKLLSRYRLPVATR
.::.:.... ::.::. :::: ::::::::::: .:::.:.::::::.: ::...:
CCDS34 QFQAILNHENGNLEKSCLAKLRVDGAAFLQIPAEGVPAYISLHRLLRKMLRGSGLPAVSR
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KSD ENPVINDCCRGAMLSLATGLAHSGSDLSLLVPEIEDMYSSPYLRPSESPITVEVNCTNPG
:::: .: ..:.:::::::::::.: : :. . : : ::. :::::.: :::
CCDS34 ENPVASDSYEAAVLSLATGLAHSGTDCSQLAQGLGTWTCSSSLYPSKHPITVEINGINPG
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KSD TRYCWMSTGLYIPGRQIIEVSLPEAAASADLKIQIGCHTDDLTRASKLFRGPLVINRCCL
. ::.:::::. : :::: :::::: :..::::::::::.: :: :.:.: ..: .
CCDS34 NNDCWVSTGLYLLEGQNAEVSLSEAAASAGLRVQIGCHTDDLTKARKLSRAPVVTHQCWM
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KSD DKPTKSITCLWGGLLYIIVPQNSKLGSVPVTVKGAVHAPYYKLGETTLEEWKRRIQENPG
:. .:..::::::::.:::..:.:: ::::..::: :::::::.:.::::::..::: .
CCDS34 DRTERSVSCLWGGLLYVIVPKGSQLGPVPVTIRGAVPAPYYKLGKTSLEEWKRQMQENLA
600 610 620 630 640 650
660 670 680 690 700 710
pF1KSD PWGELATDNIILTVPTANLRTLENPEPLLRLWDEVMQAVARLGAEPFPLRLPQRIVADVQ
::::::::::::::::.::..:..:::.::::::.:::::::.:::::.: :.:::::::
CCDS34 PWGELATDNIILTVPTTNLQALKDPEPVLRLWDEMMQAVARLAAEPFPFRRPERIVADVQ
660 670 680 690 700 710
720 730 740 750 760 770
pF1KSD ISVGWMHAGYPIMCHLESVQELINEKLIRTKGLWGPVHELGRNQQRQEWEFPPHTTEATC
::.::::.:::::::::::.:.::: .:..:.:::.::::.::::. ::::::::::::
CCDS34 ISAGWMHSGYPIMCHLESVKEIINEMDMRSRGVWGPIHELGHNQQRHGWEFPPHTTEATC
720 730 740 750 760 770
780 790 800 810 820 830
pF1KSD NLWCVYVHETVLGIPRSRANIALWPPVREKRVRIYLSKGPNVKNWNAWTALETYLQLQEA
::: ::::::::::::..:. :: :: ::.:.. .:.:: . .::.:::::::::.
CCDS34 NLWSVYVHETVLGIPRAQAHEALSPPERERRIKAHLGKGAPLCDWNVWTALETYLQVLSR
780 790 800 810 820 830
840 850 860 870 880 890
pF1KSD FGWEPFIRLFTEYRNQTNLPTENVDKMNLWVKMFSHQVQKNLAPFFEAWAWPIQKEVATS
CCDS34 NSGRRG
840
>>CCDS47735.2 TCAF2 gene_id:285966|Hs108|chr7 (815 aa)
initn: 2332 init1: 1934 opt: 1934 Z-score: 2376.3 bits: 450.8 E(32554): 4.8e-126
Smith-Waterman score: 3028; 59.1% identity (78.6% similar) in 766 aa overlap (210-915:47-811)
180 190 200 210 220 230
pF1KSD GIYFTDNKGDTSFFKVSKKMPKIPVLVSCEDDLSDDREELLHGISELDISNSDCFPSQLL
.:. .:...::.::::::: .. :::::
CCDS47 PIQKYREENGNSSSSPHHQLQSHASGPRYGEDVRQDQQQLLEGISELDIRTGGV-PSQLL
20 30 40 50 60 70
240 250 260 270 280 290
pF1KSD VHGALAFPLGLDSYHGCVIAAARYGRGRVVVTGHKVLFTVGKLGPFLLNAVRWLDGGRRG
::::::::::::. .: .:::.:::::::...:. :. . :.::::::::::: :. :
CCDS47 VHGALAFPLGLDASLNCFLAAAHYGRGRVVLAAHECLLCAPKMGPFLLNAVRWLARGQTG
80 90 100 110 120 130
300 310 320 330 340 350
pF1KSD KIVVQTELRTLSGLLAVGGIDTSIEPNLTSDASVYCFEPVSEVGVKELQEFVAEGGGLFV
:. :.:.:. : ::. :.. :.::.:.:: ::: . :. .:.:::::::::::..
CCDS47 KVGVNTNLKDLCPLLSEHGLQCSLEPHLNSDLCVYCCKAYSDKEAKQLQEFVAEGGGLLI
140 150 160 170 180 190
360 370 380 390 400 410
pF1KSD GAQAWWWAFKNPGVSPLARFPGNLLLNPFGISITSQSLNPGPFRTPKAGIRTYHFRSTLA
:.:::::: .::: ::: ::::..:: ::.:: :.:. : : .: .:.::::..:.
CCDS47 GGQAWWWASQNPGHCPLAGFPGNIILNCFGLSILPQTLKAGCFPVPTPEMRSYHFRKALS
200 210 220 230 240 250
420 430 440 450 460 470
pF1KSD EFQVIMGRKRGNVEKGWLAKLGPDGAAFLQIPAEEIPAYMSVHRLLRKLLSRYRLPVATR
.::.:.... ::.::. :::: ::::::::::: .:::.:.::::::.: ::...:
CCDS47 QFQAILNHENGNLEKSCLAKLRVDGAAFLQIPAEGVPAYISLHRLLRKMLRGSGLPAVSR
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]