Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0736
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0736, 742 aa
1>>>pF1KSDA0736 742 - 742 aa - 742 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8471+/-0.00112; mu= 13.5943+/- 0.067
mean_var=127.8465+/-25.683, 0's: 0 Z-trim(106.9): 55 B-trim: 464 in 1/52
Lambda= 0.113430
statistics sampled from 9217 (9267) to 9217 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.629), E-opt: 0.2 (0.285), width: 16
Scan time: 2.610
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS940.1 SV2A gene_id:9900|Hs108|chr1 ( 742) 5019 833.4 0
CCDS10370.1 SV2B gene_id:9899|Hs108|chr15 ( 683) 2849 478.3 1.7e-134
CCDS43331.1 SV2C gene_id:22987|Hs108|chr5 ( 727) 2822 473.9 3.9e-133
CCDS75261.1 SV2C gene_id:22987|Hs108|chr5 ( 676) 2608 438.8 1.3e-122
CCDS53972.1 SV2B gene_id:9899|Hs108|chr15 ( 532) 2466 415.5 1.1e-115
CCDS73520.1 SVOP gene_id:55530|Hs108|chr12 ( 548) 359 70.7 6.7e-12
>>CCDS940.1 SV2A gene_id:9900|Hs108|chr1 (742 aa)
initn: 5019 init1: 5019 opt: 5019 Z-score: 4446.6 bits: 833.4 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5019; 100.0% identity (100.0% similar) in 742 aa overlap (1-742:1-742)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MEEGFRDRAAFIRGAKDIAKEVKKHAAKKVVKGLDRVQDEYSRRSYSRFEEEDDDDDFPA
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CCDS94 MEEGFRDRAAFIRGAKDIAKEVKKHAAKKVVKGLDRVQDEYSRRSYSRFEEEDDDDDFPA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD PSDGYYRGEGTQDEEEGGASSDATEGHDEDDEIYEGEYQGIPRAESGGKGERMADGAPLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 PSDGYYRGEGTQDEEEGGASSDATEGHDEDDEIYEGEYQGIPRAESGGKGERMADGAPLA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD GVRGGLSDGEGPPGGRGEAQRRKEREELAQQYEAILRECGHGRFQWTLYFVLGLALMADG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 GVRGGLSDGEGPPGGRGEAQRRKEREELAQQYEAILRECGHGRFQWTLYFVLGLALMADG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD VEVFVVGFVLPSAEKDMCLSDSNKGMLGLIVYLGMMVGAFLWGGLADRLGRRQCLLISLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 VEVFVVGFVLPSAEKDMCLSDSNKGMLGLIVYLGMMVGAFLWGGLADRLGRRQCLLISLS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD VNSVFAFFSSFVQGYGTFLFCRLLSGVGIGGSIPIVFSYFSEFLAQEKRGEHLSWLCMFW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 VNSVFAFFSSFVQGYGTFLFCRLLSGVGIGGSIPIVFSYFSEFLAQEKRGEHLSWLCMFW
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD MIGGVYAAAMAWAIIPHYGWSFQMGSAYQFHSWRVFVLVCAFPSVFAIGALTTQPESPRF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 MIGGVYAAAMAWAIIPHYGWSFQMGSAYQFHSWRVFVLVCAFPSVFAIGALTTQPESPRF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD FLENGKHDEAWMVLKQVHDTNMRAKGHPERVFSVTHIKTIHQEDELIEIQSDTGTWYQRW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 FLENGKHDEAWMVLKQVHDTNMRAKGHPERVFSVTHIKTIHQEDELIEIQSDTGTWYQRW
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD GVRALSLGGQVWGNFLSCFGPEYRRITLMMMGVWFTMSFSYYGLTVWFPDMIRHLQAVDY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 GVRALSLGGQVWGNFLSCFGPEYRRITLMMMGVWFTMSFSYYGLTVWFPDMIRHLQAVDY
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD ASRTKVFPGERVEHVTFNFTLENQIHRGGQYFNDKFIGLRLKSVSFEDSLFEECYFEDVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 ASRTKVFPGERVEHVTFNFTLENQIHRGGQYFNDKFIGLRLKSVSFEDSLFEECYFEDVT
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD SSNTFFRNCTFINTVFYNTDLFEYKFVNSRLINSTFLHNKEGCPLDVTGTGEGAYMVYFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 SSNTFFRNCTFINTVFYNTDLFEYKFVNSRLINSTFLHNKEGCPLDVTGTGEGAYMVYFV
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD SFLGTLAVLPGNIVSALLMDKIGRLRMLAGSSVMSCVSCFFLSFGNSESAMIALLCLFGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 SFLGTLAVLPGNIVSALLMDKIGRLRMLAGSSVMSCVSCFFLSFGNSESAMIALLCLFGG
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD VSIASWNALDVLTVELYPSDKRTTAFGFLNALCKLAAVLGISIFTSFVGITKAAPILFAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 VSIASWNALDVLTVELYPSDKRTTAFGFLNALCKLAAVLGISIFTSFVGITKAAPILFAS
670 680 690 700 710 720
730 740
pF1KSD AALALGSSLALKLPETRGQVLQ
::::::::::::::::::::::
CCDS94 AALALGSSLALKLPETRGQVLQ
730 740
>>CCDS10370.1 SV2B gene_id:9899|Hs108|chr15 (683 aa)
initn: 2988 init1: 2187 opt: 2849 Z-score: 2527.9 bits: 478.3 E(32554): 1.7e-134
Smith-Waterman score: 3027; 64.0% identity (85.9% similar) in 695 aa overlap (49-741:4-682)
20 30 40 50 60 70
pF1KSD AKEVKKHAAKKVVKGLDRVQDEYSRRSYSRFEEEDDDDDFPAPSDGYYRGEGTQDEEEGG
.. .:. . :::::::::. .. ::.
CCDS10 MDDYKYQDNYGGY-APSDGYYRGNESNPEED--
10 20 30
80 90 100 110 120 130
pF1KSD ASSDATEGHDEDDEIYEGEYQGIPRAES-GGKGERMADGAPLAGVRGGLSDGEGPPGGRG
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CCDS10 AQSDVTEGHDEEDEIYEGEYQGIPHPDDVKAKQAKMAP-SRMDSLRGQ-TDLM-------
40 50 60 70 80
140 150 160 170 180 190
pF1KSD EAQRRKEREELAQQYEAILRECGHGRFQWTLYFVLGLALMADGVEVFVVGFVLPSAEKDM
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CCDS10 -AERLEDEEQLAHQYETIMDECGHGRFQWILFFVLGLALMADGVEVFVVSFALPSAEKDM
90 100 110 120 130 140
200 210 220 230 240 250
pF1KSD CLSDSNKGMLGLIVYLGMMVGAFLWGGLADRLGRRQCLLISLSVNSVFAFFSSFVQGYGT
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CCDS10 CLSSSKKGMLGMIVYLGMMAGAFILGGLADKLGRKRVLSMSLAVNASFASLSSFVQGYGA
150 160 170 180 190 200
260 270 280 290 300 310
pF1KSD FLFCRLLSGVGIGGSIPIVFSYFSEFLAQEKRGEHLSWLCMFWMIGGVYAAAMAWAIIPH
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CCDS10 FLFCRLISGIGIGGALPIVFAYFSEFLSREKRGEHLSWLGIFWMTGGLYASAMAWSIIPH
210 220 230 240 250 260
320 330 340 350 360 370
pF1KSD YGWSFQMGSAYQFHSWRVFVLVCAFPSVFAIGALTTQPESPRFFLENGKHDEAWMVLKQV
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CCDS10 YGWGFSMGTNYHFHSWRVFVIVCALPCTVSMVALKFMPESPRFLLEMGKHDEAWMILKQV
270 280 290 300 310 320
380 390 400 410 420 430
pF1KSD HDTNMRAKGHPERVFSVTHIKTIHQEDELIEIQSDTGTWYQRWGVRALSLGGQVWGNFLS
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CCDS10 HDTNMRAKGTPEKVFTVSNIKTPKQMDEFIEIQSSTGTWYQRWLVRFKTIFKQVWDNALY
330 340 350 360 370 380
440 450 460 470 480 490
pF1KSD C-FGPEYRRITLMMMGVWFTMSFSYYGLTVWFPDMIRHLQAVDYASRTKVFPGERVEHVT
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CCDS10 CVMGP-YRMNTLILAVVWFAMAFSYYGLTVWFPDMIRYFQDEEYKSKMKVFFGEHVYGAT
390 400 410 420 430
500 510 520 530 540 550
pF1KSD FNFTLENQIHRGGQYFNDKFIGLRLKSVSFEDSLFEECYFEDVTSSNTFFRNCTFINTVF
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CCDS10 INFTMENQIHQHGKLVNDKFTRMYFKHVLFEDTFFDECYFEDVTSTDTYFKNCTIESTIF
440 450 460 470 480 490
560 570 580 590 600 610
pF1KSD YNTDLFEYKFVNSRLINSTFLHNKEGCPLDVTGTGEGAYMVYFVSFLGTLAVLPGNIVSA
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CCDS10 YNTDLYEHKFINCRFINSTFLEQKEGCHMDLEQDND--FLIYLVSFLGSLSVLPGNIISA
500 510 520 530 540 550
620 630 640 650 660 670
pF1KSD LLMDKIGRLRMLAGSSVMSCVSCFFLSFGNSESAMIALLCLFGGVSIASWNALDVLTVEL
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CCDS10 LLMDRIGRLKMIGGSMLISAVCCFFLFFGNSESAMIGWQCLFCGTSIAAWNALDVITVEL
560 570 580 590 600 610
680 690 700 710 720 730
pF1KSD YPSDKRTTAFGFLNALCKLAAVLGISIFTSFVGITKAAPILFASAALALGSSLALKLPET
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CCDS10 YPTNQRATAFGILNGLCKFGAILGNTIFASFVGITKVVPILLAAASLVGGGLIALRLPET
620 630 640 650 660 670
740
pF1KSD RGQVLQ
: :::
CCDS10 REQVLM
680
>>CCDS43331.1 SV2C gene_id:22987|Hs108|chr5 (727 aa)
initn: 3204 init1: 2138 opt: 2822 Z-score: 2503.7 bits: 473.9 E(32554): 3.9e-133
Smith-Waterman score: 3174; 63.2% identity (83.8% similar) in 741 aa overlap (1-741:1-726)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MEEGFRDRAAFIRGAKDIAKEVKKHAAKKVVKGLDRVQDEYSRRSYSRFEEEDDDDDFPA
::....::.....::::::.::::...::: ...::.::::..::::::..:.::::.
CCDS43 MEDSYKDRTSLMKGAKDIAREVKKQTVKKVNQAVDRAQDEYTQRSYSRFQDEEDDDDY-Y
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KSD PSDGYYRGEGTQDEEEGGASSDATEGHDEDDEIYEGEYQGIPRAESGGKGERMADGAPLA
:. : ::...:: .::.:::::::::::::::::::: . . .: .. : :
CCDS43 PAGETYNGEANDDE----GSSEATEGHDEDDEIYEGEYQGIP-SMNQAKDSIVSVGQP--
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KSD GVRGGLSDGEGPPGGRGEAQRRKEREELAQQYEAILRECGHGRFQWTLYFVLGLALMADG
.: : . :..:: ..:::::::: :..:::::::::.:.::::.::::::
CCDS43 --KGD----EYKDRRELESERRADEEELAQQYELIIQECGHGRFQWALFFVLGMALMADG
120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KSD VEVFVVGFVLPSAEKDMCLSDSNKGMLGLIVYLGMMVGAFLWGGLADRLGRRQCLLISLS
:::::::::::::: :.:. .:..: :: :::::::::::.::::::..::.: ::: .:
CCDS43 VEVFVVGFVLPSAETDLCIPNSGSGWLGSIVYLGMMVGAFFWGGLADKVGRKQSLLICMS
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KSD VNSVFAFFSSFVQGYGTFLFCRLLSGVGIGGSIPIVFSYFSEFLAQEKRGEHLSWLCMFW
::. :::.:::::::: ::::::::: ::::.:: :::::.: ::.::::::::::::::
CCDS43 VNGFFAFLSSFVQGYGFFLFCRLLSGFGIGGAIPTVFSYFAEVLAREKRGEHLSWLCMFW
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KSD MIGGVYAAAMAWAIIPHYGWSFQMGSAYQFHSWRVFVLVCAFPSVFAIGALTTQPESPRF
::::.::.::::::::::::::.::::::::::::::.:::.: : .. ::: .::::::
CCDS43 MIGGIYASAMAWAIIPHYGWSFSMGSAYQFHSWRVFVIVCALPCVSSVVALTFMPESPRF
290 300 310 320 330 340
370 380 390 400 410 420
pF1KSD FLENGKHDEAWMVLKQVHDTNMRAKGHPERVFSVTHIKTIHQEDELIEIQSDTGTWYQRW
.:: ::::::::.:: .:::::::.:.::.::.:..::: .: ::::::.:::::::.:
CCDS43 LLEVGKHDEAWMILKLIHDTNMRARGQPEKVFTVNKIKTPKQIDELIEIESDTGTWYRRC
350 360 370 380 390 400
430 440 450 460 470 480
pF1KSD GVRALSLGGQVWGNFLSCFGPEYRRITLMMMGVWFTMSFSYYGLTVWFPDMIRHLQAVDY
:: . .: .:. ::. : :. . ::::.::.::::.:::::.:. ::. .:
CCDS43 FVRIRTELYGIWLTFMRCFNYPVRDNTIKLTIVWFTLSFGYYGLSVWFPDVIKPLQSDEY
410 420 430 440 450 460
490 500 510 520 530 540
pF1KSD ASRTKVFPGERVEHVTFNFTLENQIHRGGQYFNDKFIGLRLKSVSFEDSLFEECYFEDVT
: :. .. . :.:::.::::: : .: : .:::...:::.:.::.:. : :::::
CCDS43 ALLTRNVERDKYANFTINFTMENQIHTGMEYDNGRFIGVKFKSVTFKDSVFKSCTFEDVT
470 480 490 500 510 520
550 560 570 580 590 600
pF1KSD SSNTFFRNCTFINTVFYNTDLFEYKFVNSRLINSTFLHNKEGCPLDVTGTGEGAYMVYFV
: ::.:.:::::.::: :::. :::..:.. : .:.::: :: . .:: .:::
CCDS43 SVNTYFKNCTFIDTVFDNTDFEPYKFIDSEFKNCSFFHNKTGCQITFDDD-YSAYWIYFV
530 540 550 560 570 580
610 620 630 640 650 660
pF1KSD SFLGTLAVLPGNIVSALLMDKIGRLRMLAGSSVMSCVSCFFLSFGNSESAMIALLCLFGG
.:::::::::::::::::::.:::: ::.:: :.: .::::: ::.::: ::..:::..:
CCDS43 NFLGTLAVLPGNIVSALLMDRIGRLTMLGGSMVLSGISCFFLWFGTSESMMIGMLCLYNG
590 600 610 620 630 640
670 680 690 700 710 720
pF1KSD VSIASWNALDVLTVELYPSDKRTTAFGFLNALCKLAAVLGISIFTSFVGITKAAPILFAS
..:..::.:::.::::::.:.:.:.::::::::: ::::: :: :.:.:::. :::.::
CCDS43 LTISAWNSLDVVTVELYPTDRRATGFGFLNALCKAAAVLGNLIFGSLVSITKSIPILLAS
650 660 670 680 690 700
730 740
pF1KSD AALALGSSLALKLPETRGQVLQ
..:. :. ..: ::.:: :::
CCDS43 TVLVCGGLVGLCLPDTRTQVLM
710 720
>>CCDS75261.1 SV2C gene_id:22987|Hs108|chr5 (676 aa)
initn: 2990 init1: 2138 opt: 2608 Z-score: 2314.9 bits: 438.8 E(32554): 1.3e-122
Smith-Waterman score: 2960; 63.2% identity (83.7% similar) in 682 aa overlap (1-682:1-667)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MEEGFRDRAAFIRGAKDIAKEVKKHAAKKVVKGLDRVQDEYSRRSYSRFEEEDDDDDFPA
::....::.....::::::.::::...::: ...::.::::..::::::..:.::::.
CCDS75 MEDSYKDRTSLMKGAKDIAREVKKQTVKKVNQAVDRAQDEYTQRSYSRFQDEEDDDDY-Y
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KSD PSDGYYRGEGTQDEEEGGASSDATEGHDEDDEIYEGEYQGIPRAESGGKGERMADGAPLA
:. : ::...:: .::.:::::::::::::::::::: . . .: .. : :
CCDS75 PAGETYNGEANDDE----GSSEATEGHDEDDEIYEGEYQGIP-SMNQAKDSIVSVGQP--
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KSD GVRGGLSDGEGPPGGRGEAQRRKEREELAQQYEAILRECGHGRFQWTLYFVLGLALMADG
.: : . :..:: ..:::::::: :..:::::::::.:.::::.::::::
CCDS75 --KGD----EYKDRRELESERRADEEELAQQYELIIQECGHGRFQWALFFVLGMALMADG
120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KSD VEVFVVGFVLPSAEKDMCLSDSNKGMLGLIVYLGMMVGAFLWGGLADRLGRRQCLLISLS
:::::::::::::: :.:. .:..: :: :::::::::::.::::::..::.: ::: .:
CCDS75 VEVFVVGFVLPSAETDLCIPNSGSGWLGSIVYLGMMVGAFFWGGLADKVGRKQSLLICMS
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KSD VNSVFAFFSSFVQGYGTFLFCRLLSGVGIGGSIPIVFSYFSEFLAQEKRGEHLSWLCMFW
::. :::.:::::::: ::::::::: ::::.:: :::::.: ::.::::::::::::::
CCDS75 VNGFFAFLSSFVQGYGFFLFCRLLSGFGIGGAIPTVFSYFAEVLAREKRGEHLSWLCMFW
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KSD MIGGVYAAAMAWAIIPHYGWSFQMGSAYQFHSWRVFVLVCAFPSVFAIGALTTQPESPRF
::::.::.::::::::::::::.::::::::::::::.:::.: : .. ::: .::::::
CCDS75 MIGGIYASAMAWAIIPHYGWSFSMGSAYQFHSWRVFVIVCALPCVSSVVALTFMPESPRF
290 300 310 320 330 340
370 380 390 400 410 420
pF1KSD FLENGKHDEAWMVLKQVHDTNMRAKGHPERVFSVTHIKTIHQEDELIEIQSDTGTWYQRW
.:: ::::::::.:: .:::::::.:.::.::.:..::: .: ::::::.:::::::.:
CCDS75 LLEVGKHDEAWMILKLIHDTNMRARGQPEKVFTVNKIKTPKQIDELIEIESDTGTWYRRC
350 360 370 380 390 400
430 440 450 460 470 480
pF1KSD GVRALSLGGQVWGNFLSCFGPEYRRITLMMMGVWFTMSFSYYGLTVWFPDMIRHLQAVDY
:: . .: .:. ::. : :. . ::::.::.::::.:::::.:. ::. .:
CCDS75 FVRIRTELYGIWLTFMRCFNYPVRDNTIKLTIVWFTLSFGYYGLSVWFPDVIKPLQSDEY
410 420 430 440 450 460
490 500 510 520 530 540
pF1KSD ASRTKVFPGERVEHVTFNFTLENQIHRGGQYFNDKFIGLRLKSVSFEDSLFEECYFEDVT
: :. .. . :.:::.::::: : .: : .:::...:::.:.::.:. : :::::
CCDS75 ALLTRNVERDKYANFTINFTMENQIHTGMEYDNGRFIGVKFKSVTFKDSVFKSCTFEDVT
470 480 490 500 510 520
550 560 570 580 590 600
pF1KSD SSNTFFRNCTFINTVFYNTDLFEYKFVNSRLINSTFLHNKEGCPLDVTGTGEGAYMVYFV
: ::.:.:::::.::: :::. :::..:.. : .:.::: :: . .:: .:::
CCDS75 SVNTYFKNCTFIDTVFDNTDFEPYKFIDSEFKNCSFFHNKTGCQITFDDD-YSAYWIYFV
530 540 550 560 570 580
610 620 630 640 650 660
pF1KSD SFLGTLAVLPGNIVSALLMDKIGRLRMLAGSSVMSCVSCFFLSFGNSESAMIALLCLFGG
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CCDS75 LTISAWNSLDVVTVELYPTDRRRRVLPCCPG
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CCDS53 DVTSTDTYFKNCTIESTIFYNTDLYEHKFINCRFINSTFLEQKEGCHMDLEQDND--FLI
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CCDS53 YLVSFLGSLSVLPGNIISALLMDRIGRLKMIGGSMLISAVCCFFLFFGNSESAMIGWQCL
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CCDS53 FCGTSIAAWNALDVITVELYPTNQRATAFGILNGLCKFGAILGNTIFASFVGITKVVPIL
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CCDS53 LAAASLVGGGLIALRLPETREQVLM
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..:. : . .:. .. :.:: . :
CCDS73 MEEDLFQLRQLPVVKFRRTGESARSEDDTASGEHEVQIEGVHVGLEAVELDDGAAVP--
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CCDS73 KEFANPTDDTFMVEDAVEAI----GFGKFQWKLSVLTGLAWMADAMEMMILSILAPQLHC
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CCDS73 EWRLPSWQVALLTSVVFVGMMSSSTLWGNISDQYGRKTGLKISVLWTLYYGILSAFAPVY
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CCDS73 SWILVLRGLVGFGIGG-VPQSVTLYAEFLPMKARAKCILLIEVFWAIGTVFEVVLAVFVM
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]