Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA0723
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0723, 847 aa
1>>>pF1KSDA0723 847 - 847 aa - 847 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.1349+/-0.000403; mu= 9.2905+/- 0.025
mean_var=191.5859+/-38.858, 0's: 0 Z-trim(119.4): 69 B-trim: 1155 in 1/56
Lambda= 0.092660
statistics sampled from 33214 (33287) to 33214 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.722), E-opt: 0.2 (0.39), width: 16
Scan time: 12.540
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_061322 (OMIM: 164015,606070) matrin-3 isoform a ( 847) 5688 773.4 0
NP_001181884 (OMIM: 164015,606070) matrin-3 isofor ( 847) 5688 773.4 0
NP_954659 (OMIM: 164015,606070) matrin-3 isoform a ( 847) 5688 773.4 0
NP_001181883 (OMIM: 164015,606070) matrin-3 isofor ( 847) 5688 773.4 0
NP_001181885 (OMIM: 164015,606070) matrin-3 isofor ( 559) 3630 498.2 4.4e-140
NP_001269207 (OMIM: 164015,606070) matrin-3 isofor ( 509) 3366 462.9 1.7e-129
XP_016871593 (OMIM: 613171,613172) PREDICTED: RNA- (1099) 262 48.2 0.00025
XP_011537999 (OMIM: 613171,613172) PREDICTED: RNA- (1099) 262 48.2 0.00025
XP_016871592 (OMIM: 613171,613172) PREDICTED: RNA- (1172) 262 48.2 0.00026
NP_001127835 (OMIM: 613171,613172) RNA-binding pro (1227) 262 48.2 0.00027
>>NP_061322 (OMIM: 164015,606070) matrin-3 isoform a [Ho (847 aa)
initn: 5688 init1: 5688 opt: 5688 Z-score: 4120.4 bits: 773.4 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5688; 100.0% identity (100.0% similar) in 847 aa overlap (1-847:1-847)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSKSFQQSSLSRDSQGHGRDLSAAGIGLLAAATQSLSMPASLGRMNQGTARLASLMNLGM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 MSKSFQQSSLSRDSQGHGRDLSAAGIGLLAAATQSLSMPASLGRMNQGTARLASLMNLGM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD SSSLNQQGAHSALSSASTSSHNLQSIFNIGSRGPLPLSSQHRGDADQASNILASFGLSAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SSSLNQQGAHSALSSASTSSHNLQSIFNIGSRGPLPLSSQHRGDADQASNILASFGLSAR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD DLDELSRYPEDKITPENLPQILLQLKRRRTEEGPTLSYGRDGRSATREPPYRVPRDDWEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 DLDELSRYPEDKITPENLPQILLQLKRRRTEEGPTLSYGRDGRSATREPPYRVPRDDWEE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD KRHFRRDSFDDRGPSLNPVLDYDHGSRSQESGYYDRMDYEDDRLRDGERCRDDSFFGETS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 KRHFRRDSFDDRGPSLNPVLDYDHGSRSQESGYYDRMDYEDDRLRDGERCRDDSFFGETS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD HNYHKFDSEYERMGRGPGPLQERSLFEKKRGAPPSSNIEDFHGLLPKGYPHLCSICDLPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 HNYHKFDSEYERMGRGPGPLQERSLFEKKRGAPPSSNIEDFHGLLPKGYPHLCSICDLPV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD HSNKEWSQHINGASHSRRCQLLLEIYPEWNPDNDTGHTMGDPFMLQQSTNPAPGILGPPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 HSNKEWSQHINGASHSRRCQLLLEIYPEWNPDNDTGHTMGDPFMLQQSTNPAPGILGPPP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD PSFHLGGPAVGPRGNLGAGNGNLQGPRHMQKGRVETSRVVHIMDFQRGKNLRYQLLQLVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 PSFHLGGPAVGPRGNLGAGNGNLQGPRHMQKGRVETSRVVHIMDFQRGKNLRYQLLQLVE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD PFGVISNHLILNKINEAFIEMATTEDAQAAVDYYTTTPALVFGKPVRVHLSQKYKRIKKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 PFGVISNHLILNKINEAFIEMATTEDAQAAVDYYTTTPALVFGKPVRVHLSQKYKRIKKP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD EGKPDQKFDQKQELGRVIHLSNLPHSGYSDSAVLKLAEPYGKIKNYILMRMKSQAFIEME
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 EGKPDQKFDQKQELGRVIHLSNLPHSGYSDSAVLKLAEPYGKIKNYILMRMKSQAFIEME
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD TREDAMAMVDHCLKKALWFQGRCVKVDLSEKYKKLVLRIPNRGIDLLKKDKSRKRSYSPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 TREDAMAMVDHCLKKALWFQGRCVKVDLSEKYKKLVLRIPNRGIDLLKKDKSRKRSYSPD
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD GKESPSDKKSKTDGSQKTESSTEGKEQEEKSGEDGEKDTKDDQTEQEPNMLLESEDELLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 GKESPSDKKSKTDGSQKTESSTEGKEQEEKSGEDGEKDTKDDQTEQEPNMLLESEDELLV
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD DEEEAAALLESGSSVGDETDLANLGDVASDGKKEPSDKAVKKDGSASAAAKKKLKKVDKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 DEEEAAALLESGSSVGDETDLANLGDVASDGKKEPSDKAVKKDGSASAAAKKKLKKVDKI
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD EELDQENEAALENGIKNEENTEPGAESSENADDPNKDTSENADGQSDENKDDYTIPDEYR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 EELDQENEAALENGIKNEENTEPGAESSENADDPNKDTSENADGQSDENKDDYTIPDEYR
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD IGPYQPNVPVGIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKNTHCSSLPHYQKLKKFLNKLAEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 IGPYQPNVPVGIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKNTHCSSLPHYQKLKKFLNKLAEE
790 800 810 820 830 840
pF1KSD RRQKKET
:::::::
NP_061 RRQKKET
>>NP_001181884 (OMIM: 164015,606070) matrin-3 isoform a (847 aa)
initn: 5688 init1: 5688 opt: 5688 Z-score: 4120.4 bits: 773.4 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5688; 100.0% identity (100.0% similar) in 847 aa overlap (1-847:1-847)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSKSFQQSSLSRDSQGHGRDLSAAGIGLLAAATQSLSMPASLGRMNQGTARLASLMNLGM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MSKSFQQSSLSRDSQGHGRDLSAAGIGLLAAATQSLSMPASLGRMNQGTARLASLMNLGM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD SSSLNQQGAHSALSSASTSSHNLQSIFNIGSRGPLPLSSQHRGDADQASNILASFGLSAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SSSLNQQGAHSALSSASTSSHNLQSIFNIGSRGPLPLSSQHRGDADQASNILASFGLSAR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD DLDELSRYPEDKITPENLPQILLQLKRRRTEEGPTLSYGRDGRSATREPPYRVPRDDWEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DLDELSRYPEDKITPENLPQILLQLKRRRTEEGPTLSYGRDGRSATREPPYRVPRDDWEE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD KRHFRRDSFDDRGPSLNPVLDYDHGSRSQESGYYDRMDYEDDRLRDGERCRDDSFFGETS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KRHFRRDSFDDRGPSLNPVLDYDHGSRSQESGYYDRMDYEDDRLRDGERCRDDSFFGETS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD HNYHKFDSEYERMGRGPGPLQERSLFEKKRGAPPSSNIEDFHGLLPKGYPHLCSICDLPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HNYHKFDSEYERMGRGPGPLQERSLFEKKRGAPPSSNIEDFHGLLPKGYPHLCSICDLPV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD HSNKEWSQHINGASHSRRCQLLLEIYPEWNPDNDTGHTMGDPFMLQQSTNPAPGILGPPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HSNKEWSQHINGASHSRRCQLLLEIYPEWNPDNDTGHTMGDPFMLQQSTNPAPGILGPPP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD PSFHLGGPAVGPRGNLGAGNGNLQGPRHMQKGRVETSRVVHIMDFQRGKNLRYQLLQLVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PSFHLGGPAVGPRGNLGAGNGNLQGPRHMQKGRVETSRVVHIMDFQRGKNLRYQLLQLVE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD PFGVISNHLILNKINEAFIEMATTEDAQAAVDYYTTTPALVFGKPVRVHLSQKYKRIKKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PFGVISNHLILNKINEAFIEMATTEDAQAAVDYYTTTPALVFGKPVRVHLSQKYKRIKKP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD EGKPDQKFDQKQELGRVIHLSNLPHSGYSDSAVLKLAEPYGKIKNYILMRMKSQAFIEME
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EGKPDQKFDQKQELGRVIHLSNLPHSGYSDSAVLKLAEPYGKIKNYILMRMKSQAFIEME
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD TREDAMAMVDHCLKKALWFQGRCVKVDLSEKYKKLVLRIPNRGIDLLKKDKSRKRSYSPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TREDAMAMVDHCLKKALWFQGRCVKVDLSEKYKKLVLRIPNRGIDLLKKDKSRKRSYSPD
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD GKESPSDKKSKTDGSQKTESSTEGKEQEEKSGEDGEKDTKDDQTEQEPNMLLESEDELLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GKESPSDKKSKTDGSQKTESSTEGKEQEEKSGEDGEKDTKDDQTEQEPNMLLESEDELLV
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD DEEEAAALLESGSSVGDETDLANLGDVASDGKKEPSDKAVKKDGSASAAAKKKLKKVDKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DEEEAAALLESGSSVGDETDLANLGDVASDGKKEPSDKAVKKDGSASAAAKKKLKKVDKI
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD EELDQENEAALENGIKNEENTEPGAESSENADDPNKDTSENADGQSDENKDDYTIPDEYR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EELDQENEAALENGIKNEENTEPGAESSENADDPNKDTSENADGQSDENKDDYTIPDEYR
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD IGPYQPNVPVGIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKNTHCSSLPHYQKLKKFLNKLAEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IGPYQPNVPVGIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKNTHCSSLPHYQKLKKFLNKLAEE
790 800 810 820 830 840
pF1KSD RRQKKET
:::::::
NP_001 RRQKKET
>>NP_954659 (OMIM: 164015,606070) matrin-3 isoform a [Ho (847 aa)
initn: 5688 init1: 5688 opt: 5688 Z-score: 4120.4 bits: 773.4 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5688; 100.0% identity (100.0% similar) in 847 aa overlap (1-847:1-847)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSKSFQQSSLSRDSQGHGRDLSAAGIGLLAAATQSLSMPASLGRMNQGTARLASLMNLGM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_954 MSKSFQQSSLSRDSQGHGRDLSAAGIGLLAAATQSLSMPASLGRMNQGTARLASLMNLGM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD SSSLNQQGAHSALSSASTSSHNLQSIFNIGSRGPLPLSSQHRGDADQASNILASFGLSAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_954 SSSLNQQGAHSALSSASTSSHNLQSIFNIGSRGPLPLSSQHRGDADQASNILASFGLSAR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD DLDELSRYPEDKITPENLPQILLQLKRRRTEEGPTLSYGRDGRSATREPPYRVPRDDWEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_954 DLDELSRYPEDKITPENLPQILLQLKRRRTEEGPTLSYGRDGRSATREPPYRVPRDDWEE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD KRHFRRDSFDDRGPSLNPVLDYDHGSRSQESGYYDRMDYEDDRLRDGERCRDDSFFGETS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_954 KRHFRRDSFDDRGPSLNPVLDYDHGSRSQESGYYDRMDYEDDRLRDGERCRDDSFFGETS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD HNYHKFDSEYERMGRGPGPLQERSLFEKKRGAPPSSNIEDFHGLLPKGYPHLCSICDLPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_954 HNYHKFDSEYERMGRGPGPLQERSLFEKKRGAPPSSNIEDFHGLLPKGYPHLCSICDLPV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD HSNKEWSQHINGASHSRRCQLLLEIYPEWNPDNDTGHTMGDPFMLQQSTNPAPGILGPPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_954 HSNKEWSQHINGASHSRRCQLLLEIYPEWNPDNDTGHTMGDPFMLQQSTNPAPGILGPPP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD PSFHLGGPAVGPRGNLGAGNGNLQGPRHMQKGRVETSRVVHIMDFQRGKNLRYQLLQLVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_954 PSFHLGGPAVGPRGNLGAGNGNLQGPRHMQKGRVETSRVVHIMDFQRGKNLRYQLLQLVE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD PFGVISNHLILNKINEAFIEMATTEDAQAAVDYYTTTPALVFGKPVRVHLSQKYKRIKKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_954 PFGVISNHLILNKINEAFIEMATTEDAQAAVDYYTTTPALVFGKPVRVHLSQKYKRIKKP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD EGKPDQKFDQKQELGRVIHLSNLPHSGYSDSAVLKLAEPYGKIKNYILMRMKSQAFIEME
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_954 EGKPDQKFDQKQELGRVIHLSNLPHSGYSDSAVLKLAEPYGKIKNYILMRMKSQAFIEME
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD TREDAMAMVDHCLKKALWFQGRCVKVDLSEKYKKLVLRIPNRGIDLLKKDKSRKRSYSPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_954 TREDAMAMVDHCLKKALWFQGRCVKVDLSEKYKKLVLRIPNRGIDLLKKDKSRKRSYSPD
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD GKESPSDKKSKTDGSQKTESSTEGKEQEEKSGEDGEKDTKDDQTEQEPNMLLESEDELLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_954 GKESPSDKKSKTDGSQKTESSTEGKEQEEKSGEDGEKDTKDDQTEQEPNMLLESEDELLV
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD DEEEAAALLESGSSVGDETDLANLGDVASDGKKEPSDKAVKKDGSASAAAKKKLKKVDKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_954 DEEEAAALLESGSSVGDETDLANLGDVASDGKKEPSDKAVKKDGSASAAAKKKLKKVDKI
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD EELDQENEAALENGIKNEENTEPGAESSENADDPNKDTSENADGQSDENKDDYTIPDEYR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_954 EELDQENEAALENGIKNEENTEPGAESSENADDPNKDTSENADGQSDENKDDYTIPDEYR
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD IGPYQPNVPVGIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKNTHCSSLPHYQKLKKFLNKLAEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_954 IGPYQPNVPVGIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKNTHCSSLPHYQKLKKFLNKLAEE
790 800 810 820 830 840
pF1KSD RRQKKET
:::::::
NP_954 RRQKKET
>>NP_001181883 (OMIM: 164015,606070) matrin-3 isoform a (847 aa)
initn: 5688 init1: 5688 opt: 5688 Z-score: 4120.4 bits: 773.4 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5688; 100.0% identity (100.0% similar) in 847 aa overlap (1-847:1-847)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSKSFQQSSLSRDSQGHGRDLSAAGIGLLAAATQSLSMPASLGRMNQGTARLASLMNLGM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MSKSFQQSSLSRDSQGHGRDLSAAGIGLLAAATQSLSMPASLGRMNQGTARLASLMNLGM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD SSSLNQQGAHSALSSASTSSHNLQSIFNIGSRGPLPLSSQHRGDADQASNILASFGLSAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SSSLNQQGAHSALSSASTSSHNLQSIFNIGSRGPLPLSSQHRGDADQASNILASFGLSAR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD DLDELSRYPEDKITPENLPQILLQLKRRRTEEGPTLSYGRDGRSATREPPYRVPRDDWEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DLDELSRYPEDKITPENLPQILLQLKRRRTEEGPTLSYGRDGRSATREPPYRVPRDDWEE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD KRHFRRDSFDDRGPSLNPVLDYDHGSRSQESGYYDRMDYEDDRLRDGERCRDDSFFGETS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KRHFRRDSFDDRGPSLNPVLDYDHGSRSQESGYYDRMDYEDDRLRDGERCRDDSFFGETS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD HNYHKFDSEYERMGRGPGPLQERSLFEKKRGAPPSSNIEDFHGLLPKGYPHLCSICDLPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HNYHKFDSEYERMGRGPGPLQERSLFEKKRGAPPSSNIEDFHGLLPKGYPHLCSICDLPV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD HSNKEWSQHINGASHSRRCQLLLEIYPEWNPDNDTGHTMGDPFMLQQSTNPAPGILGPPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HSNKEWSQHINGASHSRRCQLLLEIYPEWNPDNDTGHTMGDPFMLQQSTNPAPGILGPPP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD PSFHLGGPAVGPRGNLGAGNGNLQGPRHMQKGRVETSRVVHIMDFQRGKNLRYQLLQLVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PSFHLGGPAVGPRGNLGAGNGNLQGPRHMQKGRVETSRVVHIMDFQRGKNLRYQLLQLVE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD PFGVISNHLILNKINEAFIEMATTEDAQAAVDYYTTTPALVFGKPVRVHLSQKYKRIKKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PFGVISNHLILNKINEAFIEMATTEDAQAAVDYYTTTPALVFGKPVRVHLSQKYKRIKKP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD EGKPDQKFDQKQELGRVIHLSNLPHSGYSDSAVLKLAEPYGKIKNYILMRMKSQAFIEME
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EGKPDQKFDQKQELGRVIHLSNLPHSGYSDSAVLKLAEPYGKIKNYILMRMKSQAFIEME
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD TREDAMAMVDHCLKKALWFQGRCVKVDLSEKYKKLVLRIPNRGIDLLKKDKSRKRSYSPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TREDAMAMVDHCLKKALWFQGRCVKVDLSEKYKKLVLRIPNRGIDLLKKDKSRKRSYSPD
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD GKESPSDKKSKTDGSQKTESSTEGKEQEEKSGEDGEKDTKDDQTEQEPNMLLESEDELLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GKESPSDKKSKTDGSQKTESSTEGKEQEEKSGEDGEKDTKDDQTEQEPNMLLESEDELLV
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD DEEEAAALLESGSSVGDETDLANLGDVASDGKKEPSDKAVKKDGSASAAAKKKLKKVDKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DEEEAAALLESGSSVGDETDLANLGDVASDGKKEPSDKAVKKDGSASAAAKKKLKKVDKI
670 680 690 700 710 720
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pF1KSD EELDQENEAALENGIKNEENTEPGAESSENADDPNKDTSENADGQSDENKDDYTIPDEYR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EELDQENEAALENGIKNEENTEPGAESSENADDPNKDTSENADGQSDENKDDYTIPDEYR
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pF1KSD IGPYQPNVPVGIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKNTHCSSLPHYQKLKKFLNKLAEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IGPYQPNVPVGIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKNTHCSSLPHYQKLKKFLNKLAEE
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pF1KSD RRQKKET
:::::::
NP_001 RRQKKET
>>NP_001181885 (OMIM: 164015,606070) matrin-3 isoform b (559 aa)
initn: 3630 init1: 3630 opt: 3630 Z-score: 2636.0 bits: 498.2 E(85289): 4.4e-140
Smith-Waterman score: 3630; 99.1% identity (99.6% similar) in 549 aa overlap (299-847:11-559)
270 280 290 300 310 320
pF1KSD KRGAPPSSNIEDFHGLLPKGYPHLCSICDLPVHSNKEWSQHINGASHSRRCQLLLEIYPE
: .. .::::::::::::::::::::::::
NP_001 MLGAQWRRNQPSRAAEEWSQHINGASHSRRCQLLLEIYPE
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330 340 350 360 370 380
pF1KSD WNPDNDTGHTMGDPFMLQQSTNPAPGILGPPPPSFHLGGPAVGPRGNLGAGNGNLQGPRH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 WNPDNDTGHTMGDPFMLQQSTNPAPGILGPPPPSFHLGGPAVGPRGNLGAGNGNLQGPRH
50 60 70 80 90 100
390 400 410 420 430 440
pF1KSD MQKGRVETSRVVHIMDFQRGKNLRYQLLQLVEPFGVISNHLILNKINEAFIEMATTEDAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MQKGRVETSRVVHIMDFQRGKNLRYQLLQLVEPFGVISNHLILNKINEAFIEMATTEDAQ
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pF1KSD AAVDYYTTTPALVFGKPVRVHLSQKYKRIKKPEGKPDQKFDQKQELGRVIHLSNLPHSGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AAVDYYTTTPALVFGKPVRVHLSQKYKRIKKPEGKPDQKFDQKQELGRVIHLSNLPHSGY
170 180 190 200 210 220
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pF1KSD SDSAVLKLAEPYGKIKNYILMRMKSQAFIEMETREDAMAMVDHCLKKALWFQGRCVKVDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SDSAVLKLAEPYGKIKNYILMRMKSQAFIEMETREDAMAMVDHCLKKALWFQGRCVKVDL
230 240 250 260 270 280
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pF1KSD SEKYKKLVLRIPNRGIDLLKKDKSRKRSYSPDGKESPSDKKSKTDGSQKTESSTEGKEQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SEKYKKLVLRIPNRGIDLLKKDKSRKRSYSPDGKESPSDKKSKTDGSQKTESSTEGKEQE
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pF1KSD EKSGEDGEKDTKDDQTEQEPNMLLESEDELLVDEEEAAALLESGSSVGDETDLANLGDVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EKSGEDGEKDTKDDQTEQEPNMLLESEDELLVDEEEAAALLESGSSVGDETDLANLGDVA
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pF1KSD SDGKKEPSDKAVKKDGSASAAAKKKLKKVDKIEELDQENEAALENGIKNEENTEPGAESS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SDGKKEPSDKAVKKDGSASAAAKKKLKKVDKIEELDQENEAALENGIKNEENTEPGAESS
410 420 430 440 450 460
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pF1KSD ENADDPNKDTSENADGQSDENKDDYTIPDEYRIGPYQPNVPVGIDYVIPKTGFYCKLCSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ENADDPNKDTSENADGQSDENKDDYTIPDEYRIGPYQPNVPVGIDYVIPKTGFYCKLCSL
470 480 490 500 510 520
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pF1KSD FYTNEEVAKNTHCSSLPHYQKLKKFLNKLAEERRQKKET
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FYTNEEVAKNTHCSSLPHYQKLKKFLNKLAEERRQKKET
530 540 550
>>NP_001269207 (OMIM: 164015,606070) matrin-3 isoform c (509 aa)
initn: 3366 init1: 3366 opt: 3366 Z-score: 2445.8 bits: 462.9 E(85289): 1.7e-129
Smith-Waterman score: 3366; 100.0% identity (100.0% similar) in 509 aa overlap (339-847:1-509)
310 320 330 340 350 360
pF1KSD HINGASHSRRCQLLLEIYPEWNPDNDTGHTMGDPFMLQQSTNPAPGILGPPPPSFHLGGP
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MGDPFMLQQSTNPAPGILGPPPPSFHLGGP
10 20 30
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pF1KSD AVGPRGNLGAGNGNLQGPRHMQKGRVETSRVVHIMDFQRGKNLRYQLLQLVEPFGVISNH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AVGPRGNLGAGNGNLQGPRHMQKGRVETSRVVHIMDFQRGKNLRYQLLQLVEPFGVISNH
40 50 60 70 80 90
430 440 450 460 470 480
pF1KSD LILNKINEAFIEMATTEDAQAAVDYYTTTPALVFGKPVRVHLSQKYKRIKKPEGKPDQKF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LILNKINEAFIEMATTEDAQAAVDYYTTTPALVFGKPVRVHLSQKYKRIKKPEGKPDQKF
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pF1KSD DQKQELGRVIHLSNLPHSGYSDSAVLKLAEPYGKIKNYILMRMKSQAFIEMETREDAMAM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DQKQELGRVIHLSNLPHSGYSDSAVLKLAEPYGKIKNYILMRMKSQAFIEMETREDAMAM
160 170 180 190 200 210
550 560 570 580 590 600
pF1KSD VDHCLKKALWFQGRCVKVDLSEKYKKLVLRIPNRGIDLLKKDKSRKRSYSPDGKESPSDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VDHCLKKALWFQGRCVKVDLSEKYKKLVLRIPNRGIDLLKKDKSRKRSYSPDGKESPSDK
220 230 240 250 260 270
610 620 630 640 650 660
pF1KSD KSKTDGSQKTESSTEGKEQEEKSGEDGEKDTKDDQTEQEPNMLLESEDELLVDEEEAAAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KSKTDGSQKTESSTEGKEQEEKSGEDGEKDTKDDQTEQEPNMLLESEDELLVDEEEAAAL
280 290 300 310 320 330
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pF1KSD LESGSSVGDETDLANLGDVASDGKKEPSDKAVKKDGSASAAAKKKLKKVDKIEELDQENE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LESGSSVGDETDLANLGDVASDGKKEPSDKAVKKDGSASAAAKKKLKKVDKIEELDQENE
340 350 360 370 380 390
730 740 750 760 770 780
pF1KSD AALENGIKNEENTEPGAESSENADDPNKDTSENADGQSDENKDDYTIPDEYRIGPYQPNV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AALENGIKNEENTEPGAESSENADDPNKDTSENADGQSDENKDDYTIPDEYRIGPYQPNV
400 410 420 430 440 450
790 800 810 820 830 840
pF1KSD PVGIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKNTHCSSLPHYQKLKKFLNKLAEERRQKKET
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PVGIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKNTHCSSLPHYQKLKKFLNKLAEERRQKKET
460 470 480 490 500
>>XP_016871593 (OMIM: 613171,613172) PREDICTED: RNA-bind (1099 aa)
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Smith-Waterman score: 385; 23.8% identity (53.3% similar) in 584 aa overlap (224-772:221-758)
200 210 220 230 240
pF1KSD PSLNPVLDYDHGSRSQESGYYDRMDYEDDRLRDGERCRDD----SFFGETSHNYHKFDSE
: : :. .: :: :. ... . :
XP_016 WESPHGFSGQSKPDLTAGPMWPPPHNQPYELYDPEEPTSDRTPPSFGGRLNNSKQGF---
200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD YERMGRGPGPLQERSLFEKKRGAP-PSSNIEDFHGLLPKGYPHLCSICDLPVHSNKEWSQ
.: : ....:. . : . ...::::. : ::.::::: : . :.:
XP_016 ---IGAGRRAKEDQALLSVR---PLQAHELNDFHGVAPLHLPHICSICDKKVFDLKDWEL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KSD HINGASHSRRCQLLLEIYPEWNPDNDTGHTMGDPFMLQQST---NPA-----PGILGP--
:..: :...: .. : . . : . : .:: ::: . ::
XP_016 HVKGKLHAQKCLVFSE---NAGIRCILGSAEGTLCASPNSTAVYNPAGNEDYASNLGTSY
310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KSD -PPP--SFHLGGPAVGPRGNLGAGNGNLQGPRHMQKGRVETSRVVHIMDFQRGKNLRYQL
: : :: ..:. : ...:. .. .: ..::::: .. .:. . ..
XP_016 VPIPARSFTQSSPTF-PLASVGTTFAQRKG----------AGRVVHICNLPEGSCTENDV
360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KSD LQLVEPFGVISNHLILNKINEAFIEMATTEDAQAAVDYYTTTPALVFGKPVRVHLSQKYK
..: ::: ..:...... :.::.::: :: ::: :.:: :.. :. . ...:..::
XP_016 INLGLPFGKVTNYILMKSTNQAFLEMAYTEAAQAMVQYYQEKSAVINGEKLLIRMSKRYK
410 420 430 440 450 460
480 490 500 510 520 530
pF1KSD --RIKKPEGKPDQKFDQKQELGRVIHLSNLPHSGYSDSAVLKLAEPYGK--IKNYILMRM
..::: :: . : :: :. .. . .. .: .. .. . :
XP_016 ELQLKKP-GKAVAAIIQD------IH-SQRERDMFREADRYGPERPRSRSPVSRSLSPRS
470 480 490 500 510
540 550 560 570 580 590
pF1KSD KSQAFIEMETREDAMAMVDHCLKKALWFQGRCVKVDLSEKYKKLVLRIPNRGIDLLKKDK
.. .: . .. . ..: : .:: . . : .. : : : .
XP_016 HTPSFTSCSSSHSPPGP-----SRADWGNGRD-SWEHSPYARREEERDPAPWRDNGDDKR
520 530 540 550 560 570
600 610 620 630 640
pF1KSD SRKRSYSPDGKESPSDKKSKTDGSQKTESSTEGKEQEEKSGE-------DGEKDTKDDQT
.: .. : :. : . .:.. ... :.. .:. .:: .. :. .:
XP_016 DRMDPWAHDRKHHPR-QLDKAELDERPEGGRPHREKYPRSGSPNLPHSVSSYKSREDGYY
580 590 600 610 620 630
650 660 670 680 690
pF1KSD EQEPNMLLESEDELLVDEEEAAALLESGSSVGDETDLANLGDVASD--GKKE---PSDKA
..::. . :. : ....: . : ::. : . : ::.. :.
XP_016 RKEPKA---KSDKYLKQQQDAPGR----SRRKDEARLRESRHPHPDDSGKEDGLGPKVTR
640 650 660 670 680
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pF1KSD VKKDGSASAAAKKKLKKVDKIEE-LDQENEAALENGIKNEENTEPGAESSENADDPNKDT
. . ..:. :.: :..:. .: :...: .. .. ..:. : :: ... .:.
XP_016 APEGAKAKQNEKNKTKRTDRDQEGADDRKENTMAENEAGKEEQEGMEESPQSVGRQEKE-
690 700 710 720 730 740
760 770 780 790 800 810
pF1KSD SENADGQSDENKDDYTIPDEYRIGPYQPNVPVGIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKN
.: .: .. ..: .
XP_016 AEFSDPENTRTKKEQDWESESEAEGESWYPTNMEELVTVDEVGEEEDFIVEPDIPELEEI
750 760 770 780 790 800
>--
initn: 326 init1: 260 opt: 288 Z-score: 217.5 bits: 51.7 E(85289): 2.2e-05
Smith-Waterman score: 288; 31.6% identity (58.3% similar) in 206 aa overlap (658-846:874-1078)
630 640 650 660 670 680
pF1KSD EEKSGEDGEKDTKDDQTEQEPNMLLESEDELLVDEEEAAALLESGSSVGDET--DLANLG
: .: :. : :.: :. : . :
XP_016 GAAEISLKSPRELPSASTSCPSDMDVEMPGLNLDAERKPAESETGLSLEDSDCYEKEAKG
850 860 870 880 890 900
690 700 710 720 730 740
pF1KSD DVASDGKKEPSDKAVKKDGSASAAAKKKLKKVDKIEELDQENEAALENGIKNEENTEPGA
.:: . :. . ... : :.. :: . ...: : : ::.. :
XP_016 VESSDVHPAPTVQQMSSPKPAEERARQPSPFVDDCKTRGTPEDGACE-GSPLEEKASPPI
910 920 930 940 950 960
750 760 770 780 790
pF1KSD ESS-ENADDPNKDTSENA---DGQSDENKD-DYT---IPDEYRIGPYQP-------NVPV
:.. .: . : ::. . .: : .. .:: . . . ..: ..:.
XP_016 ETDLQNQACQEVLTPENSRYVEMKSLEVRSPEYTEVELKQPLSLPSWEPEDVFSELSIPL
970 980 990 1000 1010 1020
800 810 820 830 840
pF1KSD GIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKNTHCSSLPHYQKLKKFLNKLAEERRQKKET
:...:.:.::::::::.::::.::.:: .:: : ::..:.:.:..:::: .. :
XP_016 GVEFVVPRTGFYCKLCGLFYTSEETAKMSHCRSAVHYRNLQKYLSQLAEEGLKETEGADS
1030 1040 1050 1060 1070 1080
XP_016 PRPEDSGIVPRFERKKL
1090
>>XP_011537999 (OMIM: 613171,613172) PREDICTED: RNA-bind (1099 aa)
initn: 729 init1: 260 opt: 262 Z-score: 198.8 bits: 48.2 E(85289): 0.00025
Smith-Waterman score: 385; 23.8% identity (53.3% similar) in 584 aa overlap (224-772:221-758)
200 210 220 230 240
pF1KSD PSLNPVLDYDHGSRSQESGYYDRMDYEDDRLRDGERCRDD----SFFGETSHNYHKFDSE
: : :. .: :: :. ... . :
XP_011 WESPHGFSGQSKPDLTAGPMWPPPHNQPYELYDPEEPTSDRTPPSFGGRLNNSKQGF---
200 210 220 230 240
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pF1KSD YERMGRGPGPLQERSLFEKKRGAP-PSSNIEDFHGLLPKGYPHLCSICDLPVHSNKEWSQ
.: : ....:. . : . ...::::. : ::.::::: : . :.:
XP_011 ---IGAGRRAKEDQALLSVR---PLQAHELNDFHGVAPLHLPHICSICDKKVFDLKDWEL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KSD HINGASHSRRCQLLLEIYPEWNPDNDTGHTMGDPFMLQQST---NPA-----PGILGP--
:..: :...: .. : . . : . : .:: ::: . ::
XP_011 HVKGKLHAQKCLVFSE---NAGIRCILGSAEGTLCASPNSTAVYNPAGNEDYASNLGTSY
310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KSD -PPP--SFHLGGPAVGPRGNLGAGNGNLQGPRHMQKGRVETSRVVHIMDFQRGKNLRYQL
: : :: ..:. : ...:. .. .: ..::::: .. .:. . ..
XP_011 VPIPARSFTQSSPTF-PLASVGTTFAQRKG----------AGRVVHICNLPEGSCTENDV
360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KSD LQLVEPFGVISNHLILNKINEAFIEMATTEDAQAAVDYYTTTPALVFGKPVRVHLSQKYK
..: ::: ..:...... :.::.::: :: ::: :.:: :.. :. . ...:..::
XP_011 INLGLPFGKVTNYILMKSTNQAFLEMAYTEAAQAMVQYYQEKSAVINGEKLLIRMSKRYK
410 420 430 440 450 460
480 490 500 510 520 530
pF1KSD --RIKKPEGKPDQKFDQKQELGRVIHLSNLPHSGYSDSAVLKLAEPYGK--IKNYILMRM
..::: :: . : :: :. .. . .. .: .. .. . :
XP_011 ELQLKKP-GKAVAAIIQD------IH-SQRERDMFREADRYGPERPRSRSPVSRSLSPRS
470 480 490 500 510
540 550 560 570 580 590
pF1KSD KSQAFIEMETREDAMAMVDHCLKKALWFQGRCVKVDLSEKYKKLVLRIPNRGIDLLKKDK
.. .: . .. . ..: : .:: . . : .. : : : .
XP_011 HTPSFTSCSSSHSPPGP-----SRADWGNGRD-SWEHSPYARREEERDPAPWRDNGDDKR
520 530 540 550 560 570
600 610 620 630 640
pF1KSD SRKRSYSPDGKESPSDKKSKTDGSQKTESSTEGKEQEEKSGE-------DGEKDTKDDQT
.: .. : :. : . .:.. ... :.. .:. .:: .. :. .:
XP_011 DRMDPWAHDRKHHPR-QLDKAELDERPEGGRPHREKYPRSGSPNLPHSVSSYKSREDGYY
580 590 600 610 620 630
650 660 670 680 690
pF1KSD EQEPNMLLESEDELLVDEEEAAALLESGSSVGDETDLANLGDVASD--GKKE---PSDKA
..::. . :. : ....: . : ::. : . : ::.. :.
XP_011 RKEPKA---KSDKYLKQQQDAPGR----SRRKDEARLRESRHPHPDDSGKEDGLGPKVTR
640 650 660 670 680
700 710 720 730 740 750
pF1KSD VKKDGSASAAAKKKLKKVDKIEE-LDQENEAALENGIKNEENTEPGAESSENADDPNKDT
. . ..:. :.: :..:. .: :...: .. .. ..:. : :: ... .:.
XP_011 APEGAKAKQNEKNKTKRTDRDQEGADDRKENTMAENEAGKEEQEGMEESPQSVGRQEKE-
690 700 710 720 730 740
760 770 780 790 800 810
pF1KSD SENADGQSDENKDDYTIPDEYRIGPYQPNVPVGIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKN
.: .: .. ..: .
XP_011 AEFSDPENTRTKKEQDWESESEAEGESWYPTNMEELVTVDEVGEEEDFIVEPDIPELEEI
750 760 770 780 790 800
>--
initn: 326 init1: 260 opt: 288 Z-score: 217.5 bits: 51.7 E(85289): 2.2e-05
Smith-Waterman score: 288; 31.6% identity (58.3% similar) in 206 aa overlap (658-846:874-1078)
630 640 650 660 670 680
pF1KSD EEKSGEDGEKDTKDDQTEQEPNMLLESEDELLVDEEEAAALLESGSSVGDET--DLANLG
: .: :. : :.: :. : . :
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NP_001 ETDLQNQACQEVLTPENSRYVEMKSLEVRSPEYTEVELKQPLSLPSWEPEDVFSELSIPL
1100 1110 1120 1130 1140 1150
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]