Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA0655
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0655, 1068 aa
1>>>pF1KSDA0655 1068 - 1068 aa - 1068 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.1246+/-0.000617; mu= -16.8664+/- 0.038
mean_var=555.0165+/-115.205, 0's: 0 Z-trim(115.9): 95 B-trim: 188 in 1/55
Lambda= 0.054440
statistics sampled from 26627 (26696) to 26627 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.644), E-opt: 0.2 (0.313), width: 16
Scan time: 15.430
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_003950 (OMIM: 605613) huntingtin-interacting pr (1068) 6825 552.8 3.8e-156
XP_011537265 (OMIM: 605613) PREDICTED: huntingtin- (1056) 6623 536.9 2.2e-151
NP_001290026 (OMIM: 605613) huntingtin-interacting ( 615) 3904 323.2 2.9e-87
NP_001290028 (OMIM: 605613) huntingtin-interacting ( 603) 3702 307.3 1.7e-82
NP_001230127 (OMIM: 176807,601767) huntingtin-inte ( 986) 1584 141.1 2.9e-32
XP_005250362 (OMIM: 176807,601767) PREDICTED: hunt (1003) 1546 138.2 2.3e-31
XP_005250361 (OMIM: 176807,601767) PREDICTED: hunt (1008) 1546 138.2 2.3e-31
XP_016867588 (OMIM: 176807,601767) PREDICTED: hunt (1023) 1546 138.2 2.4e-31
NP_005329 (OMIM: 176807,601767) huntingtin-interac (1037) 1546 138.2 2.4e-31
XP_011514418 (OMIM: 176807,601767) PREDICTED: hunt (1037) 1546 138.2 2.4e-31
NP_006280 (OMIM: 186745) talin-1 [Homo sapiens] (2541) 372 46.3 0.0026
XP_016878157 (OMIM: 607349) PREDICTED: talin-2 iso (2542) 360 45.4 0.005
NP_055874 (OMIM: 607349) talin-2 [Homo sapiens] (2542) 360 45.4 0.005
>>NP_003950 (OMIM: 605613) huntingtin-interacting protei (1068 aa)
initn: 6825 init1: 6825 opt: 6825 Z-score: 2924.4 bits: 552.8 E(85289): 3.8e-156
Smith-Waterman score: 6825; 100.0% identity (100.0% similar) in 1068 aa overlap (1-1068:1-1068)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MNSIKNVPARVLSRRPGHSLEAEREQFDKTQAISISKAINTQEAPVKEKHARRIILGTHH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MNSIKNVPARVLSRRPGHSLEAEREQFDKTQAISISKAINTQEAPVKEKHARRIILGTHH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD EKGAFTFWSYAIGLPLPSSSILSWKFCHVLHKVLRDGHPNVLHDCQRYRSNIREIGDLWG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 EKGAFTFWSYAIGLPLPSSSILSWKFCHVLHKVLRDGHPNVLHDCQRYRSNIREIGDLWG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD HLHDRYGQLVNVYTKLLLTKISFHLKHPQFPAGLEVTDEVLEKAAGTDVNNIFQLTVEMF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 HLHDRYGQLVNVYTKLLLTKISFHLKHPQFPAGLEVTDEVLEKAAGTDVNNIFQLTVEMF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD DYMDCELKLSESVFRQLNTAIAVSQMSSGQCRLAPLIQVIQDCSHLYHYTVKLLFKLHSC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 DYMDCELKLSESVFRQLNTAIAVSQMSSGQCRLAPLIQVIQDCSHLYHYTVKLLFKLHSC
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD LPADTLQGHRDRFHEQFHSLRNFFRRASDMLYFKRLIQIPRLPEGPPNFLRASALAEHIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LPADTLQGHRDRFHEQFHSLRNFFRRASDMLYFKRLIQIPRLPEGPPNFLRASALAEHIK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD PVVVIPEEAPEDEEPENLIEISTGPPAGEPVVVADLFDQTFGPPNGSVKDDRDLQIESLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 PVVVIPEEAPEDEEPENLIEISTGPPAGEPVVVADLFDQTFGPPNGSVKDDRDLQIESLK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD REVEMLRSELEKIKLEAQRYIAQLKSQVNALEGELEEQRKQKQKALVDNEQLRHELAQLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 REVEMLRSELEKIKLEAQRYIAQLKSQVNALEGELEEQRKQKQKALVDNEQLRHELAQLR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD AAQLEGERSQGLREEAERKASATEARYNKLKEKHSELVHVHAELLRKNADTAKQLTVTQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 AAQLEGERSQGLREEAERKASATEARYNKLKEKHSELVHVHAELLRKNADTAKQLTVTQQ
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD SQEEVARVKEQLAFQVEQVKRESELKLEEKSDQLEKLKRELEAKAGELARAQEALSHTEQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 SQEEVARVKEQLAFQVEQVKRESELKLEEKSDQLEKLKRELEAKAGELARAQEALSHTEQ
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD SKSELSSRLDTLSAEKDALSGAVRQREADLLAAQSLVRETEAALSREQQRSSQEQGELQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 SKSELSSRLDTLSAEKDALSGAVRQREADLLAAQSLVRETEAALSREQQRSSQEQGELQG
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD RLAERESQEQGLRQRLLDEQFAVLRGAAAEAAGILQDAVSKLDDPLHLRCTSSPDYLVSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 RLAERESQEQGLRQRLLDEQFAVLRGAAAEAAGILQDAVSKLDDPLHLRCTSSPDYLVSR
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD AQEALDAVSTLEEGHAQYLTSLADASALVAALTRFSHLAADTIINGGATSHLAPTDPADR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 AQEALDAVSTLEEGHAQYLTSLADASALVAALTRFSHLAADTIINGGATSHLAPTDPADR
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD LIDTCRECGARALELMGQLQDQQALRHMQASLVRTPLQGILQLGQELKPKSLDVRQEELG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LIDTCRECGARALELMGQLQDQQALRHMQASLVRTPLQGILQLGQELKPKSLDVRQEELG
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD AVVDKEMAATSAAIEDAVRRIEDMMNQARHASSGVKLEVNERILNSCTDLMKAIRLLVTT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 AVVDKEMAATSAAIEDAVRRIEDMMNQARHASSGVKLEVNERILNSCTDLMKAIRLLVTT
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD STSLQKEIVESGRGAATQQEFYAKNSRWTEGLISASKAVGWGATQLVEAADKVVLHTGKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 STSLQKEIVESGRGAATQQEFYAKNSRWTEGLISASKAVGWGATQLVEAADKVVLHTGKY
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KSD EELIVCSHEIAASTAQLVAASKVKANKHSPHLSRLQECSRTVNERAANVVASTKSGQEQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 EELIVCSHEIAASTAQLVAASKVKANKHSPHLSRLQECSRTVNERAANVVASTKSGQEQI
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD EDRDTMDFSGLSLIKLKKQEMETQVRVLELEKTLEAERMRLGELRKQHYVLAGASGSPGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 EDRDTMDFSGLSLIKLKKQEMETQVRVLELEKTLEAERMRLGELRKQHYVLAGASGSPGE
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060
pF1KSD EVAIRPSTAPRSVTTKKPPLAQKPSVAPRQDHQLDKKDGIYPAQLVNY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 EVAIRPSTAPRSVTTKKPPLAQKPSVAPRQDHQLDKKDGIYPAQLVNY
1030 1040 1050 1060
>>XP_011537265 (OMIM: 605613) PREDICTED: huntingtin-inte (1056 aa)
initn: 6623 init1: 6623 opt: 6623 Z-score: 2838.7 bits: 536.9 E(85289): 2.2e-151
Smith-Waterman score: 6623; 100.0% identity (100.0% similar) in 1037 aa overlap (32-1068:20-1056)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD NSIKNVPARVLSRRPGHSLEAEREQFDKTQAISISKAINTQEAPVKEKHARRIILGTHHE
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MEARFSPINQILPWCRQDLAISISKAINTQEAPVKEKHARRIILGTHHE
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KSD KGAFTFWSYAIGLPLPSSSILSWKFCHVLHKVLRDGHPNVLHDCQRYRSNIREIGDLWGH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KGAFTFWSYAIGLPLPSSSILSWKFCHVLHKVLRDGHPNVLHDCQRYRSNIREIGDLWGH
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KSD LHDRYGQLVNVYTKLLLTKISFHLKHPQFPAGLEVTDEVLEKAAGTDVNNIFQLTVEMFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LHDRYGQLVNVYTKLLLTKISFHLKHPQFPAGLEVTDEVLEKAAGTDVNNIFQLTVEMFD
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KSD YMDCELKLSESVFRQLNTAIAVSQMSSGQCRLAPLIQVIQDCSHLYHYTVKLLFKLHSCL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 YMDCELKLSESVFRQLNTAIAVSQMSSGQCRLAPLIQVIQDCSHLYHYTVKLLFKLHSCL
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KSD PADTLQGHRDRFHEQFHSLRNFFRRASDMLYFKRLIQIPRLPEGPPNFLRASALAEHIKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PADTLQGHRDRFHEQFHSLRNFFRRASDMLYFKRLIQIPRLPEGPPNFLRASALAEHIKP
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KSD VVVIPEEAPEDEEPENLIEISTGPPAGEPVVVADLFDQTFGPPNGSVKDDRDLQIESLKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VVVIPEEAPEDEEPENLIEISTGPPAGEPVVVADLFDQTFGPPNGSVKDDRDLQIESLKR
290 300 310 320 330 340
370 380 390 400 410 420
pF1KSD EVEMLRSELEKIKLEAQRYIAQLKSQVNALEGELEEQRKQKQKALVDNEQLRHELAQLRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EVEMLRSELEKIKLEAQRYIAQLKSQVNALEGELEEQRKQKQKALVDNEQLRHELAQLRA
350 360 370 380 390 400
430 440 450 460 470 480
pF1KSD AQLEGERSQGLREEAERKASATEARYNKLKEKHSELVHVHAELLRKNADTAKQLTVTQQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AQLEGERSQGLREEAERKASATEARYNKLKEKHSELVHVHAELLRKNADTAKQLTVTQQS
410 420 430 440 450 460
490 500 510 520 530 540
pF1KSD QEEVARVKEQLAFQVEQVKRESELKLEEKSDQLEKLKRELEAKAGELARAQEALSHTEQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QEEVARVKEQLAFQVEQVKRESELKLEEKSDQLEKLKRELEAKAGELARAQEALSHTEQS
470 480 490 500 510 520
550 560 570 580 590 600
pF1KSD KSELSSRLDTLSAEKDALSGAVRQREADLLAAQSLVRETEAALSREQQRSSQEQGELQGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KSELSSRLDTLSAEKDALSGAVRQREADLLAAQSLVRETEAALSREQQRSSQEQGELQGR
530 540 550 560 570 580
610 620 630 640 650 660
pF1KSD LAERESQEQGLRQRLLDEQFAVLRGAAAEAAGILQDAVSKLDDPLHLRCTSSPDYLVSRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LAERESQEQGLRQRLLDEQFAVLRGAAAEAAGILQDAVSKLDDPLHLRCTSSPDYLVSRA
590 600 610 620 630 640
670 680 690 700 710 720
pF1KSD QEALDAVSTLEEGHAQYLTSLADASALVAALTRFSHLAADTIINGGATSHLAPTDPADRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QEALDAVSTLEEGHAQYLTSLADASALVAALTRFSHLAADTIINGGATSHLAPTDPADRL
650 660 670 680 690 700
730 740 750 760 770 780
pF1KSD IDTCRECGARALELMGQLQDQQALRHMQASLVRTPLQGILQLGQELKPKSLDVRQEELGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 IDTCRECGARALELMGQLQDQQALRHMQASLVRTPLQGILQLGQELKPKSLDVRQEELGA
710 720 730 740 750 760
790 800 810 820 830 840
pF1KSD VVDKEMAATSAAIEDAVRRIEDMMNQARHASSGVKLEVNERILNSCTDLMKAIRLLVTTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VVDKEMAATSAAIEDAVRRIEDMMNQARHASSGVKLEVNERILNSCTDLMKAIRLLVTTS
770 780 790 800 810 820
850 860 870 880 890 900
pF1KSD TSLQKEIVESGRGAATQQEFYAKNSRWTEGLISASKAVGWGATQLVEAADKVVLHTGKYE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TSLQKEIVESGRGAATQQEFYAKNSRWTEGLISASKAVGWGATQLVEAADKVVLHTGKYE
830 840 850 860 870 880
910 920 930 940 950 960
pF1KSD ELIVCSHEIAASTAQLVAASKVKANKHSPHLSRLQECSRTVNERAANVVASTKSGQEQIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ELIVCSHEIAASTAQLVAASKVKANKHSPHLSRLQECSRTVNERAANVVASTKSGQEQIE
890 900 910 920 930 940
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD DRDTMDFSGLSLIKLKKQEMETQVRVLELEKTLEAERMRLGELRKQHYVLAGASGSPGEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DRDTMDFSGLSLIKLKKQEMETQVRVLELEKTLEAERMRLGELRKQHYVLAGASGSPGEE
950 960 970 980 990 1000
1030 1040 1050 1060
pF1KSD VAIRPSTAPRSVTTKKPPLAQKPSVAPRQDHQLDKKDGIYPAQLVNY
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VAIRPSTAPRSVTTKKPPLAQKPSVAPRQDHQLDKKDGIYPAQLVNY
1010 1020 1030 1040 1050
>>NP_001290026 (OMIM: 605613) huntingtin-interacting pro (615 aa)
initn: 3904 init1: 3904 opt: 3904 Z-score: 1687.6 bits: 323.2 E(85289): 2.9e-87
Smith-Waterman score: 3904; 100.0% identity (100.0% similar) in 605 aa overlap (1-605:1-605)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MNSIKNVPARVLSRRPGHSLEAEREQFDKTQAISISKAINTQEAPVKEKHARRIILGTHH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MNSIKNVPARVLSRRPGHSLEAEREQFDKTQAISISKAINTQEAPVKEKHARRIILGTHH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD EKGAFTFWSYAIGLPLPSSSILSWKFCHVLHKVLRDGHPNVLHDCQRYRSNIREIGDLWG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EKGAFTFWSYAIGLPLPSSSILSWKFCHVLHKVLRDGHPNVLHDCQRYRSNIREIGDLWG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD HLHDRYGQLVNVYTKLLLTKISFHLKHPQFPAGLEVTDEVLEKAAGTDVNNIFQLTVEMF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HLHDRYGQLVNVYTKLLLTKISFHLKHPQFPAGLEVTDEVLEKAAGTDVNNIFQLTVEMF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD DYMDCELKLSESVFRQLNTAIAVSQMSSGQCRLAPLIQVIQDCSHLYHYTVKLLFKLHSC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DYMDCELKLSESVFRQLNTAIAVSQMSSGQCRLAPLIQVIQDCSHLYHYTVKLLFKLHSC
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD LPADTLQGHRDRFHEQFHSLRNFFRRASDMLYFKRLIQIPRLPEGPPNFLRASALAEHIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LPADTLQGHRDRFHEQFHSLRNFFRRASDMLYFKRLIQIPRLPEGPPNFLRASALAEHIK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD PVVVIPEEAPEDEEPENLIEISTGPPAGEPVVVADLFDQTFGPPNGSVKDDRDLQIESLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PVVVIPEEAPEDEEPENLIEISTGPPAGEPVVVADLFDQTFGPPNGSVKDDRDLQIESLK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD REVEMLRSELEKIKLEAQRYIAQLKSQVNALEGELEEQRKQKQKALVDNEQLRHELAQLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 REVEMLRSELEKIKLEAQRYIAQLKSQVNALEGELEEQRKQKQKALVDNEQLRHELAQLR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD AAQLEGERSQGLREEAERKASATEARYNKLKEKHSELVHVHAELLRKNADTAKQLTVTQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AAQLEGERSQGLREEAERKASATEARYNKLKEKHSELVHVHAELLRKNADTAKQLTVTQQ
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD SQEEVARVKEQLAFQVEQVKRESELKLEEKSDQLEKLKRELEAKAGELARAQEALSHTEQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SQEEVARVKEQLAFQVEQVKRESELKLEEKSDQLEKLKRELEAKAGELARAQEALSHTEQ
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD SKSELSSRLDTLSAEKDALSGAVRQREADLLAAQSLVRETEAALSREQQRSSQEQGELQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SKSELSSRLDTLSAEKDALSGAVRQREADLLAAQSLVRETEAALSREQQRSSQEQGELQG
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD RLAERESQEQGLRQRLLDEQFAVLRGAAAEAAGILQDAVSKLDDPLHLRCTSSPDYLVSR
:::::
NP_001 RLAERVWPPQMQQHH
610
>>NP_001290028 (OMIM: 605613) huntingtin-interacting pro (603 aa)
initn: 3702 init1: 3702 opt: 3702 Z-score: 1601.9 bits: 307.3 E(85289): 1.7e-82
Smith-Waterman score: 3702; 100.0% identity (100.0% similar) in 574 aa overlap (32-605:20-593)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD NSIKNVPARVLSRRPGHSLEAEREQFDKTQAISISKAINTQEAPVKEKHARRIILGTHHE
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MEARFSPINQILPWCRQDLAISISKAINTQEAPVKEKHARRIILGTHHE
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KSD KGAFTFWSYAIGLPLPSSSILSWKFCHVLHKVLRDGHPNVLHDCQRYRSNIREIGDLWGH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KGAFTFWSYAIGLPLPSSSILSWKFCHVLHKVLRDGHPNVLHDCQRYRSNIREIGDLWGH
50 60 70 80 90 100
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LHDRYGQLVNVYTKLLLTKISFHLKHPQFPAGLEVTDEVLEKAAGTDVNNIFQLTVEMFD
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pF1KSD YMDCELKLSESVFRQLNTAIAVSQMSSGQCRLAPLIQVIQDCSHLYHYTVKLLFKLHSCL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YMDCELKLSESVFRQLNTAIAVSQMSSGQCRLAPLIQVIQDCSHLYHYTVKLLFKLHSCL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PADTLQGHRDRFHEQFHSLRNFFRRASDMLYFKRLIQIPRLPEGPPNFLRASALAEHIKP
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VVVIPEEAPEDEEPENLIEISTGPPAGEPVVVADLFDQTFGPPNGSVKDDRDLQIESLKR
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EVEMLRSELEKIKLEAQRYIAQLKSQVNALEGELEEQRKQKQKALVDNEQLRHELAQLRA
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AQLEGERSQGLREEAERKASATEARYNKLKEKHSELVHVHAELLRKNADTAKQLTVTQQS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QEEVARVKEQLAFQVEQVKRESELKLEEKSDQLEKLKRELEAKAGELARAQEALSHTEQS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KSELSSRLDTLSAEKDALSGAVRQREADLLAAQSLVRETEAALSREQQRSSQEQGELQGR
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NP_001 LAERVWPPQMQQHH
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.:.:.:: .::::: : .::: :::.:..::..::.:::::::. ::::::
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: :::::::::: :::: . ::: :...: ::::::.::.:::::::::.: :::..
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. ... .:::: . :::: ..: ::: ::. .: :.:.::..:...:. :..:. .::::
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.::::::::::..:::.: ..:: .:. . .:: ..:::::::::::: :::::: :::
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:::::::::::::::::::::: ::: .:...: :.:.. :::::::::.:::.::::::
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::::.:::.:::::: :: :..: : ..:...... :.: ..:. :
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:: ::..: :: : ::. :...::..: :.:: . :::..:. ::..: ::.
NP_001 NFNSQNGVNKDEKDHLIERLYREISGLKAQLENMKTESQRVVLQLKGHVSELEADLAEQQ
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pF1KSD KQKQKALVDNEQLRHELAQLRAAQLEGERSQGLREEAERKASATEARYNKLKEKHSELVH
. .:.: : : :: :: .:: . . :..: : ::::.:.: ::.:::::.::::.
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::.::::::...::.....:.: .. : :..: ..:... ... : .:. . ::.::.
NP_001 NHADLLRKNAEVTKQVSMARQAQVDLEREKKELEDSLERISDQGQRKTQEQLEVLESLKQ
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pF1KSD ELEAKAGELARAQEALSHTEQSKSELSSRLDTLSAEKDALSGAVRQREADLLAAQSLVRE
:: .. :: : .: . ::... .... : :.:.: ... .:: .:
NP_001 ELATSQRELQVLQGSLETSAQSEANWAAEFAELEKERDSLVSGAAHREEEL---------
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pF1KSD TEAALSREQQRSSQEQGELQGRLAERESQEQGLRQRLLDEQFAVLRGAAAEAAGILQDAV
.:: .: : . : .:: : :... : :.. .: :. : ..:::.
NP_001 --SALRKELQ-------DTQLKLA---STEESMCQLAKDQRKMLLVGSRKAAEQVIQDAL
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pF1KSD SKLDDPLHLRCTSSPDYLVSRAQEALDAVSTLEEGHAQYLTSLADASALVAALTRFSHLA
..:..: . :..: :.:.: . . . ::.. .:::. : :.:. ..: ..::.
NP_001 NQLEEPPLISCAGSADHLLSTVTSISSCIEQLEKSWSQYLACPEDISGLLHSITLLAHLT
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pF1KSD ADTIINGGATSHLAPTDPADRLIDTCRECGARALELMGQLQDQQALRHMQASLVRTPLQG
.:.: .:..: :: .::: : ..:.. : ..: ...:... .:.. ... .:. :.
NP_001 SDAIAHGATTCLRAPPEPADSLTEACKQYGRETLAYLASLEEEGSLENADSTAMRNCLSK
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pF1KSD ILQLGQELKPKSLDVRQEELGAVVDKEMAATSAAIEDAVRRIEDMMNQARHASSGVKLEV
: .:.:: :..::..::::: .::::::::::::: :. :::
NP_001 IKAIGEELLPRGLDIKQEELGDLVDKEMAATSAAIETATARIE-----------------
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pF1KSD NERILNSCTDLMKAIRLLVTTSTSLQKEIVESGRGAATQQEFYAKNSRWTEGLISASKAV
:.:. .::::::::::::::::::::
NP_001 ----------------------------------GTASPKEFYAKNSRWTEGLISASKAV
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pF1KSD GWGATQLVEAADKVVLHTGKYEELIVCSHEIAASTAQLVAASKVKANKHSPHLSRLQECS
::::: .:.::: :: ::.:::.:::::::::::::::::::::.: ::.:..::. :
NP_001 GWGATVMVDAADLVVQGRGKFEELMVCSHEIAASTAQLVAASKVKADKDSPNLAQLQQAS
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pF1KSD RTVNERAANVVASTKSGQEQIEDRDTMDFSGLSLIKLKKQEMETQVRVLELEKTLEAERM
: ::. .:.::::: ::. :::. :.::::...: ..:.:::..::::::::. :. ::.
NP_001 RGVNQATAGVVASTISGKSQIEETDNMDFSSMTLTQIKRQEMDSQVRVLELENELQKERQ
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pF1KSD RLGELRKQHYVLAGASGSPGEEVAIRPSTAPRSVTTKKPPLAQKPSVAPRQDHQLDKKDG
.::::::.:: :::.. . : . : : . :: :.
NP_001 KLGELRKKHYELAGVAEGWEEGTEASPPTLQEVVTEKE
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pF1KSD IYPAQLVNY
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pF1KSD GAFTFWSYAIGLPLPSSSILSWKFCHVLHKVLRDGHPNVLHDCQRYRSNIREIGDLWGHL
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pF1KSD HDRYGQLVNVYTKLLLTKISFHLKHPQFPAGLEVTDEVLEKAAGTDVNNIFQLTVEMFDY
. :::: ..: ::: ::. .: :.:.::..:...:. :..:. .::::.::::::::::
XP_005 SEGYGQLCSIYLKLLRTKMEYHTKNPRFPGNLQMSDRQLDEAGESDVNNFFQLTVEMFDY
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..:::.: ..:: .:. . .:: ..:::::::::::: :::::: ::::::::::::::
XP_005 LECELNLFQTVFNSLDMSRSVSVTAAGQCRLAPLIQVILDCSHLYDYTVKLLFKLHSCLP
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::::::::::: ::: .:...: :.:.. :::::::::.:::.::::::::::.:::.::
XP_005 ADTLQGHRDRFMEQFTKLKDLFYRSSNLQYFKRLIQIPQLPENPPNFLRASALSEHISPV
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:::: :: :..: : ..:...... :.: ..:. : :: ::
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..: :: : ::. :...::..: :.:: . :::..:. ::..: ::.. .:.: : :
XP_005 EKDHLIERLYREISGLKAQLENMKTESQRVVLQLKGHVSELEADLAEQQHLRQQAADDCE
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pF1KSD QLRHELAQLRAAQLEGERSQGLREEAERKASATEARYNKLKEKHSELVHVHAELLRKNAD
:: :: .:: . . :..: : ::::.:.: ::.:::::.::::. ::.::::::.
XP_005 FLRAELDELRRQREDTEKAQRSLSEIERKAQANEQRYSKLKEKYSELVQNHADLLRKNAE
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pF1KSD TAKQLTVTQQSQEEVARVKEQLAFQVEQVKRESELKLEEKSDQLEKLKRELEAKAGELAR
..::.....:.: .. : :..: ..:... ... : .:. . ::.::.:: .. ::
XP_005 VTKQVSMARQAQVDLEREKKELEDSLERISDQGQRKTQEQLEVLESLKQELATSQRELQV
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pF1KSD AQEALSHTEQSKSELSSRLDTLSAEKDALSGAVRQREADLLAAQSLVRETEAALSREQQR
: .: . ::... .... : :.:.: ... .:: .: .:: .: :
XP_005 LQGSLETSAQSEANWAAEFAELEKERDSLVSGAAHREEEL-----------SALRKELQ-
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pF1KSD SSQEQGELQGRLAERESQEQGLRQRLLDEQFAVLRGAAAEAAGILQDAVSKLDDPLHLRC
. : .:: : :... : :.. .: :. : ..:::...:..: . :
XP_005 ------DTQLKLA---STEESMCQLAKDQRKMLLVGSRKAAEQVIQDALNQLEEPPLISC
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pF1KSD TSSPDYLVSRAQEALDAVSTLEEGHAQYLTSLADASALVAALTRFSHLAADTIINGGATS
..: :.:.: . . . ::.. .:::. : :.:. ..: ..::..:.: .:..:
XP_005 AGSADHLLSTVTSISSCIEQLEKSWSQYLACPEDISGLLHSITLLAHLTSDAIAHGATTC
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pF1KSD HLAPTDPADRLIDTCRECGARALELMGQLQDQQALRHMQASLVRTPLQGILQLGQELKPK
:: .::: : ..:.. : ..: ...:... .:.. ... .:. :. : .:.:: :.
XP_005 LRAPPEPADSLTEACKQYGRETLAYLASLEEEGSLENADSTAMRNCLSKIKAIGEELLPR
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pF1KSD SLDVRQEELGAVVDKEMAATSAAIEDAVRRIEDMMNQARHASSGVKLEVNERILNSCTDL
.::..::::: .::::::::::::: :. :::.:....: ...:::::::::::. ::.:
XP_005 GLDIKQEELGDLVDKEMAATSAAIETATARIEEMLSKSRAGDTGVKLEVNERILGCCTSL
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pF1KSD MKAIRLLVTTSTSLQKEIVESGRGAATQQEFYAKNSRWTEGLISASKAVGWGATQLVEAA
:.::..:...: .::.::::::::.:. .::::::::::::::::::::::::: .:.::
XP_005 MQAIQVLIVASKDLQREIVESGRGTASPKEFYAKNSRWTEGLISASKAVGWGATVMVDAA
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pF1KSD DKVVLHTGKYEELIVCSHEIAASTAQLVAASKVKANKHSPHLSRLQECSRTVNERAANVV
: :: ::.:::.:::::::::::::::::::::.: ::.:..::. :: ::. .:.::
XP_005 DLVVQGRGKFEELMVCSHEIAASTAQLVAASKVKADKDSPNLAQLQQASRGVNQATAGVV
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pF1KSD ASTKSGQEQIEDRDTMDFSGLSLIKLKKQEMETQVRVLELEKTLEAERMRLGELRKQHYV
::: ::. :::. :.::::...: ..:.:::..::::::::. :. ::..::::::.::
XP_005 ASTISGKSQIEETDNMDFSSMTLTQIKRQEMDSQVRVLELENELQKERQKLGELRKKHYE
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pF1KSD LAGASGSPGEEVAIRPSTAPRSVTTKKPPLAQKPSVAPRQDHQLDKKDGIYPAQLVNY
:::.. . : . : : . :: :.
XP_005 LAGVAEGWEEGTEASPPTLQEVVTEKE
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pF1KSD MNSIKNVPARVLSRRPGHSLEAEREQFDKTQAISISKAINTQEAPVKEKHARRIILGTHH
...::.:::::::. ::::::: ::::::
XP_005 MMFPNPEPPPETVSINKAINTQEVAVKEKHARTCILGTHH
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pF1KSD EKGAFTFWSYAIGLPLPSSSILSWKFCHVLHKVLRDGHPNVLHDCQRYRSNIREIGDLWG
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XP_005 EKGAQTFWSVVNRLPLSSNAVLCWKFCHVFHKLLRDGHPNVLKDSLRYRNELSDMSRMWG
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pF1KSD HLHDRYGQLVNVYTKLLLTKISFHLKHPQFPAGLEVTDEVLEKAAGTDVNNIFQLTVEMF
:: . :::: ..: ::: ::. .: :.:.::..:...:. :..:. .::::.::::::::
XP_005 HLSEGYGQLCSIYLKLLRTKMEYHTKNPRFPGNLQMSDRQLDEAGESDVNNFFQLTVEMF
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pF1KSD DYMDCELKLSESVFRQLNTAIAVSQMSSGQCRLAPLIQVIQDCSHLYHYTVKLLFKLHSC
::..:::.: ..:: .:. . .:: ..:::::::::::: :::::: ::::::::::::
XP_005 DYLECELNLFQTVFNSLDMSRSVSVTAAGQCRLAPLIQVILDCSHLYDYTVKLLFKLHSC
170 180 190 200 210 220
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pF1KSD LPADTLQGHRDRFHEQFHSLRNFFRRASDMLYFKRLIQIPRLPEGPPNFLRASALAEHIK
::::::::::::: ::: .:...: :.:.. :::::::::.:::.::::::::::.:::.
XP_005 LPADTLQGHRDRFMEQFTKLKDLFYRSSNLQYFKRLIQIPQLPENPPNFLRASALSEHIS
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pF1KSD PVVVIPEEA--PEDE---EPENLIEISTGPPAGEPVVVADLFDQTFGP-P------NGSV
:::::: :: :..: : ..:...... :.: ..:. : ::
XP_005 PVVVIPAEASSPDSEPVLEKDDLMDMDASQQNLFDNKFDDIFGSSFSSDPFNFNSQNGVN
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pF1KSD KDDRDLQIESLKREVEMLRSELEKIKLEAQRYIAQLKSQVNALEGELEEQRKQKQKALVD
::..: :: : ::. :...::..: :.:: . :::..:. ::..: ::.. .:.: :
XP_005 KDEKDHLIERLYREISGLKAQLENMKTESQRVVLQLKGHVSELEADLAEQQHLRQQAADD
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pF1KSD NEQLRHELAQLRAAQLEGERSQGLREEAERKASATEARYNKLKEKHSELVHVHAELLRKN
: :: :: .:: . . :..: : ::::.:.: ::.:::::.::::. ::.:::::
XP_005 CEFLRAELDELRRQREDTEKAQRSLSEIERKAQANEQRYSKLKEKYSELVQNHADLLRKN
410 420 430 440 450 460
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pF1KSD ADTAKQLTVTQQSQEEVARVKEQLAFQVEQVKRESELKLEEKSDQLEKLKRELEAKAGEL
:...::.....:.: .. : :..: ..:... ... : .:. . ::.::.:: .. ::
XP_005 AEVTKQVSMARQAQVDLEREKKELEDSLERISDQGQRKTQEQLEVLESLKQELATSQREL
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: .: . ::... .... : :.:.: ... .:: .: .:: .:
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: . : .:: : :... : :.. .: :. : ..:::...:..: .
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:..: :.:.: . . . ::.. .:::. : :.:. ..: ..::..:.: .:..
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: :: .::: : ..:.. : ..: ...:... .:.. ... .:. :. : .:.::
XP_005 TCLRAPPEPADSLTEACKQYGRETLAYLASLEEEGSLENADSTAMRNCLSKIKAIGEELL
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:..::..::::: .::::::::::::: :. :::.:....: ...:::::::::::. ::
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.::.::..:...: .::.::::::::.:. .::::::::::::::::::::::::: .:.
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::: :: ::.:::.:::::::::::::::::::::.: ::.:..::. :: ::. .:.
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XP_005 YELAGVAEGWEEGTEASPPTLQEVVTEKE
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::..:::.: ..:: .:. . .:: ..:::::::::::: :::::: ::::::::::::
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:::::: :: :..: : ..:...... :.: ..:. : ::
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pF1KSD NEQLRHELAQLRAAQLEGERSQGLREEAERKASATEARYNKLKEKHSELVHVHAELLRKN
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:...::.....:.: .. : :..: ..:... ... : .:. . ::.::.:: .. ::
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XP_016 QVLQGSLETSAQSEANWAAEFAELEKERDSLVSGAAHREEEL-----------SALRKEL
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XP_016 Q-------DTQLKLA---STEESMCQLAKDQRKMLLVGSRKAAEQVIQDALNQLEEPPLI
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pF1KSD TSHLAPTDPADRLIDTCRECGARALELMGQLQDQQALRHMQASLVRTPLQGILQLGQELK
: :: .::: : ..:.. : ..: ...:... .:.. ... .:. :. : .:.::
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XP_016 PRGLDIKQEELGDLVDKEMAATSAAIETATARIEEMLSKSRAGDTGVKLEVNERILGCCT
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pF1KSD DLMKAIRLLVTTSTSLQKEIVESGRGAATQQEFYAKNSRWTEGLISASKAVGWGATQLVE
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XP_016 SLMQAIQVLIVASKDLQREIVESGRGTASPKEFYAKNSRWTEGLISASKAVGWGATVMVD
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pF1KSD AADKVVLHTGKYEELIVCSHEIAASTAQLVAASKVKANKHSPHLSRLQECSRTVNERAAN
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pF1KSD VVASTKSGQEQIEDRDTMDFSGLSLIKLKKQEMETQVRVLELEKTLEAERMRLGELRKQH
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XP_016 VVASTISGKSQIEETDNMDFSSMTLTQIKRQEMDSQVRVLELENELQKERQKLGELRKKH
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pF1KSD YVLAGASGSPGEEVAIRPSTAPRSVTTKKPPLAQKPSVAPRQDHQLDKKDGIYPAQLVNY
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XP_016 YELAGVAEGWEEGTEASPPTLQEVVTEKE
1000 1010 1020
>>NP_005329 (OMIM: 176807,601767) huntingtin-interacting (1037 aa)
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.::::::::::..:::.: ..:: .:. . .:: ..:::::::::::: :::::: :::
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pF1KSD VHAELLRKNADTAKQLTVTQQSQEEVARVKEQLAFQVEQVKRESELKLEEKSDQLEKLKR
::.::::::...::.....:.: .. : :..: ..:... ... : .:. . ::.::.
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:: .. :: : .: . ::... .... : :.:.: ... .:: .:
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.:: .: : . : .:: : :... : :.. .: :. : ..:::.
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pF1KSD SKLDDPLHLRCTSSPDYLVSRAQEALDAVSTLEEGHAQYLTSLADASALVAALTRFSHLA
..:..: . :..: :.:.: . . . ::.. .:::. : :.:. ..: ..::.
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pF1KSD ADTIINGGATSHLAPTDPADRLIDTCRECGARALELMGQLQDQQALRHMQASLVRTPLQG
.:.: .:..: :: .::: : ..:.. : ..: ...:... .:.. ... .:. :.
NP_005 SDAIAHGATTCLRAPPEPADSLTEACKQYGRETLAYLASLEEEGSLENADSTAMRNCLSK
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: .:.:: :..::..::::: .::::::::::::: :. :::.:....: ...::::::
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:::::. ::.::.::..:...: .::.::::::::.:. .::::::::::::::::::::
NP_005 NERILGCCTSLMQAIQVLIVASKDLQREIVESGRGTASPKEFYAKNSRWTEGLISASKAV
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pF1KSD GWGATQLVEAADKVVLHTGKYEELIVCSHEIAASTAQLVAASKVKANKHSPHLSRLQECS
::::: .:.::: :: ::.:::.:::::::::::::::::::::.: ::.:..::. :
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pF1KSD RTVNERAANVVASTKSGQEQIEDRDTMDFSGLSLIKLKKQEMETQVRVLELEKTLEAERM
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NP_005 RGVNQATAGVVASTISGKSQIEETDNMDFSSMTLTQIKRQEMDSQVRVLELENELQKERQ
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pF1KSD IYPAQLVNY
>>XP_011514418 (OMIM: 176807,601767) PREDICTED: huntingt (1037 aa)
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pF1KSD MNSIKNVPA---RVLSRRP-GHSLEA-EREQFDKTQAISISKAINTQEAPVKEKHA
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XP_011 MDRMASSMKQVPNPLPKVLSRRGVGAGLEAAERESFERTQTVSINKAINTQEVAVKEKHA
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pF1KSD RRIILGTHHEKGAFTFWSYAIGLPLPSSSILSWKFCHVLHKVLRDGHPNVLHDCQRYRSN
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XP_011 RTCILGTHHEKGAQTFWSVVNRLPLSSNAVLCWKFCHVFHKLLRDGHPNVLKDSLRYRNE
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XP_011 LSDMSRMWGHLSEGYGQLCSIYLKLLRTKMEYHTKNPRFPGNLQMSDRQLDEAGESDVNN
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KSD IFQLTVEMFDYMDCELKLSESVFRQLNTAIAVSQMSSGQCRLAPLIQVIQDCSHLYHYTV
.::::::::::..:::.: ..:: .:. . .:: ..:::::::::::: :::::: :::
XP_011 FFQLTVEMFDYLECELNLFQTVFNSLDMSRSVSVTAAGQCRLAPLIQVILDCSHLYDYTV
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KSD KLLFKLHSCLPADTLQGHRDRFHEQFHSLRNFFRRASDMLYFKRLIQIPRLPEGPPNFLR
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XP_011 KLLFKLHSCLPADTLQGHRDRFMEQFTKLKDLFYRSSNLQYFKRLIQIPQLPENPPNFLR
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pF1KSD ASALAEHIKPVVVIPEEA--PEDE---EPENLIEISTGPPAGEPVVVADLFDQTFGP-P-
::::.:::.:::::: :: :..: : ..:...... :.: ..:. :
XP_011 ASALSEHISPVVVIPAEASSPDSEPVLEKDDLMDMDASQQNLFDNKFDDIFGSSFSSDPF
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