Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0655
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0655, 1068 aa
1>>>pF1KSDA0655 1068 - 1068 aa - 1068 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.3531+/-0.00146; mu= -6.4527+/- 0.086
mean_var=383.8173+/-80.890, 0's: 0 Z-trim(107.8): 115 B-trim: 81 in 1/52
Lambda= 0.065465
statistics sampled from 9744 (9815) to 9744 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.646), E-opt: 0.2 (0.301), width: 16
Scan time: 3.530
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS31922.1 HIP1R gene_id:9026|Hs108|chr12 (1068) 6825 660.4 5.8e-189
CCDS59060.1 HIP1 gene_id:3092|Hs108|chr7 ( 986) 1584 165.4 5.6e-40
CCDS34669.1 HIP1 gene_id:3092|Hs108|chr7 (1037) 1546 161.8 7e-39
>>CCDS31922.1 HIP1R gene_id:9026|Hs108|chr12 (1068 aa)
initn: 6825 init1: 6825 opt: 6825 Z-score: 3505.9 bits: 660.4 E(32554): 5.8e-189
Smith-Waterman score: 6825; 100.0% identity (100.0% similar) in 1068 aa overlap (1-1068:1-1068)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MNSIKNVPARVLSRRPGHSLEAEREQFDKTQAISISKAINTQEAPVKEKHARRIILGTHH
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CCDS31 MNSIKNVPARVLSRRPGHSLEAEREQFDKTQAISISKAINTQEAPVKEKHARRIILGTHH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD EKGAFTFWSYAIGLPLPSSSILSWKFCHVLHKVLRDGHPNVLHDCQRYRSNIREIGDLWG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 EKGAFTFWSYAIGLPLPSSSILSWKFCHVLHKVLRDGHPNVLHDCQRYRSNIREIGDLWG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD HLHDRYGQLVNVYTKLLLTKISFHLKHPQFPAGLEVTDEVLEKAAGTDVNNIFQLTVEMF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 HLHDRYGQLVNVYTKLLLTKISFHLKHPQFPAGLEVTDEVLEKAAGTDVNNIFQLTVEMF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD DYMDCELKLSESVFRQLNTAIAVSQMSSGQCRLAPLIQVIQDCSHLYHYTVKLLFKLHSC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 DYMDCELKLSESVFRQLNTAIAVSQMSSGQCRLAPLIQVIQDCSHLYHYTVKLLFKLHSC
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD LPADTLQGHRDRFHEQFHSLRNFFRRASDMLYFKRLIQIPRLPEGPPNFLRASALAEHIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 LPADTLQGHRDRFHEQFHSLRNFFRRASDMLYFKRLIQIPRLPEGPPNFLRASALAEHIK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD PVVVIPEEAPEDEEPENLIEISTGPPAGEPVVVADLFDQTFGPPNGSVKDDRDLQIESLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 PVVVIPEEAPEDEEPENLIEISTGPPAGEPVVVADLFDQTFGPPNGSVKDDRDLQIESLK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD REVEMLRSELEKIKLEAQRYIAQLKSQVNALEGELEEQRKQKQKALVDNEQLRHELAQLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 REVEMLRSELEKIKLEAQRYIAQLKSQVNALEGELEEQRKQKQKALVDNEQLRHELAQLR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD AAQLEGERSQGLREEAERKASATEARYNKLKEKHSELVHVHAELLRKNADTAKQLTVTQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 AAQLEGERSQGLREEAERKASATEARYNKLKEKHSELVHVHAELLRKNADTAKQLTVTQQ
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD SQEEVARVKEQLAFQVEQVKRESELKLEEKSDQLEKLKRELEAKAGELARAQEALSHTEQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 SQEEVARVKEQLAFQVEQVKRESELKLEEKSDQLEKLKRELEAKAGELARAQEALSHTEQ
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD SKSELSSRLDTLSAEKDALSGAVRQREADLLAAQSLVRETEAALSREQQRSSQEQGELQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 SKSELSSRLDTLSAEKDALSGAVRQREADLLAAQSLVRETEAALSREQQRSSQEQGELQG
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD RLAERESQEQGLRQRLLDEQFAVLRGAAAEAAGILQDAVSKLDDPLHLRCTSSPDYLVSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 RLAERESQEQGLRQRLLDEQFAVLRGAAAEAAGILQDAVSKLDDPLHLRCTSSPDYLVSR
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD AQEALDAVSTLEEGHAQYLTSLADASALVAALTRFSHLAADTIINGGATSHLAPTDPADR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 AQEALDAVSTLEEGHAQYLTSLADASALVAALTRFSHLAADTIINGGATSHLAPTDPADR
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD LIDTCRECGARALELMGQLQDQQALRHMQASLVRTPLQGILQLGQELKPKSLDVRQEELG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 LIDTCRECGARALELMGQLQDQQALRHMQASLVRTPLQGILQLGQELKPKSLDVRQEELG
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD AVVDKEMAATSAAIEDAVRRIEDMMNQARHASSGVKLEVNERILNSCTDLMKAIRLLVTT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 AVVDKEMAATSAAIEDAVRRIEDMMNQARHASSGVKLEVNERILNSCTDLMKAIRLLVTT
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD STSLQKEIVESGRGAATQQEFYAKNSRWTEGLISASKAVGWGATQLVEAADKVVLHTGKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 STSLQKEIVESGRGAATQQEFYAKNSRWTEGLISASKAVGWGATQLVEAADKVVLHTGKY
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KSD EELIVCSHEIAASTAQLVAASKVKANKHSPHLSRLQECSRTVNERAANVVASTKSGQEQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 EELIVCSHEIAASTAQLVAASKVKANKHSPHLSRLQECSRTVNERAANVVASTKSGQEQI
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD EDRDTMDFSGLSLIKLKKQEMETQVRVLELEKTLEAERMRLGELRKQHYVLAGASGSPGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 EDRDTMDFSGLSLIKLKKQEMETQVRVLELEKTLEAERMRLGELRKQHYVLAGASGSPGE
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060
pF1KSD EVAIRPSTAPRSVTTKKPPLAQKPSVAPRQDHQLDKKDGIYPAQLVNY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 EVAIRPSTAPRSVTTKKPPLAQKPSVAPRQDHQLDKKDGIYPAQLVNY
1030 1040 1050 1060
>>CCDS59060.1 HIP1 gene_id:3092|Hs108|chr7 (986 aa)
initn: 2598 init1: 1349 opt: 1584 Z-score: 831.2 bits: 165.4 E(32554): 5.6e-40
Smith-Waterman score: 2956; 47.9% identity (72.8% similar) in 1053 aa overlap (2-1037:6-986)
10 20 30 40 50
pF1KSD MNSIKNVPA---RVLSRRP-GHSLEA-EREQFDKTQAISISKAINTQEAPVKEKHA
.:.:.:: .::::: : .::: :::.:..::..::.:::::::. ::::::
CCDS59 MDRMASSMKQVPNPLPKVLSRRGVGAGLEAAERESFERTQTVSINKAINTQEVAVKEKHA
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD RRIILGTHHEKGAFTFWSYAIGLPLPSSSILSWKFCHVLHKVLRDGHPNVLHDCQRYRSN
: :::::::::: :::: . ::: :...: ::::::.::.:::::::::.: :::..
CCDS59 RTCILGTHHEKGAQTFWSVVNRLPLSSNAVLCWKFCHVFHKLLRDGHPNVLKDSLRYRNE
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KSD IREIGDLWGHLHDRYGQLVNVYTKLLLTKISFHLKHPQFPAGLEVTDEVLEKAAGTDVNN
. ... .:::: . :::: ..: ::: ::. .: :.:.::..:...:. :..:. .::::
CCDS59 LSDMSRMWGHLSEGYGQLCSIYLKLLRTKMEYHTKNPRFPGNLQMSDRQLDEAGESDVNN
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KSD IFQLTVEMFDYMDCELKLSESVFRQLNTAIAVSQMSSGQCRLAPLIQVIQDCSHLYHYTV
.::::::::::..:::.: ..:: .:. . .:: ..:::::::::::: :::::: :::
CCDS59 FFQLTVEMFDYLECELNLFQTVFNSLDMSRSVSVTAAGQCRLAPLIQVILDCSHLYDYTV
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KSD KLLFKLHSCLPADTLQGHRDRFHEQFHSLRNFFRRASDMLYFKRLIQIPRLPEGPPNFLR
:::::::::::::::::::::: ::: .:...: :.:.. :::::::::.:::.::::::
CCDS59 KLLFKLHSCLPADTLQGHRDRFMEQFTKLKDLFYRSSNLQYFKRLIQIPQLPENPPNFLR
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340
pF1KSD ASALAEHIKPVVVIPEEA--PEDE---EPENLIEISTGPPAGEPVVVADLFDQTFGP-P-
::::.:::.:::::: :: :..: : ..:...... :.: ..:. :
CCDS59 ASALSEHISPVVVIPAEASSPDSEPVLEKDDLMDMDASQQNLFDNKFDDIFGSSFSSDPF
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390
pF1KSD -----NGSVKDDRDLQIESLKREVEMLRSELEKIKLEAQRYIAQLKSQVNALEGELEEQR
:: ::..: :: : ::. :...::..: :.:: . :::..:. ::..: ::.
CCDS59 NFNSQNGVNKDEKDHLIERLYREISGLKAQLENMKTESQRVVLQLKGHVSELEADLAEQQ
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440 450
pF1KSD KQKQKALVDNEQLRHELAQLRAAQLEGERSQGLREEAERKASATEARYNKLKEKHSELVH
. .:.: : : :: :: .:: . . :..: : ::::.:.: ::.:::::.::::.
CCDS59 HLRQQAADDCEFLRAELDELRRQREDTEKAQRSLSEIERKAQANEQRYSKLKEKYSELVQ
430 440 450 460 470 480
460 470 480 490 500 510
pF1KSD VHAELLRKNADTAKQLTVTQQSQEEVARVKEQLAFQVEQVKRESELKLEEKSDQLEKLKR
::.::::::...::.....:.: .. : :..: ..:... ... : .:. . ::.::.
CCDS59 NHADLLRKNAEVTKQVSMARQAQVDLEREKKELEDSLERISDQGQRKTQEQLEVLESLKQ
490 500 510 520 530 540
520 530 540 550 560 570
pF1KSD ELEAKAGELARAQEALSHTEQSKSELSSRLDTLSAEKDALSGAVRQREADLLAAQSLVRE
:: .. :: : .: . ::... .... : :.:.: ... .:: .:
CCDS59 ELATSQRELQVLQGSLETSAQSEANWAAEFAELEKERDSLVSGAAHREEEL---------
550 560 570 580 590
580 590 600 610 620 630
pF1KSD TEAALSREQQRSSQEQGELQGRLAERESQEQGLRQRLLDEQFAVLRGAAAEAAGILQDAV
.:: .: : . : .:: : :... : :.. .: :. : ..:::.
CCDS59 --SALRKELQ-------DTQLKLA---STEESMCQLAKDQRKMLLVGSRKAAEQVIQDAL
600 610 620 630
640 650 660 670 680 690
pF1KSD SKLDDPLHLRCTSSPDYLVSRAQEALDAVSTLEEGHAQYLTSLADASALVAALTRFSHLA
..:..: . :..: :.:.: . . . ::.. .:::. : :.:. ..: ..::.
CCDS59 NQLEEPPLISCAGSADHLLSTVTSISSCIEQLEKSWSQYLACPEDISGLLHSITLLAHLT
640 650 660 670 680 690
700 710 720 730 740 750
pF1KSD ADTIINGGATSHLAPTDPADRLIDTCRECGARALELMGQLQDQQALRHMQASLVRTPLQG
.:.: .:..: :: .::: : ..:.. : ..: ...:... .:.. ... .:. :.
CCDS59 SDAIAHGATTCLRAPPEPADSLTEACKQYGRETLAYLASLEEEGSLENADSTAMRNCLSK
700 710 720 730 740 750
760 770 780 790 800 810
pF1KSD ILQLGQELKPKSLDVRQEELGAVVDKEMAATSAAIEDAVRRIEDMMNQARHASSGVKLEV
: .:.:: :..::..::::: .::::::::::::: :. :::
CCDS59 IKAIGEELLPRGLDIKQEELGDLVDKEMAATSAAIETATARIE-----------------
760 770 780 790 800
820 830 840 850 860 870
pF1KSD NERILNSCTDLMKAIRLLVTTSTSLQKEIVESGRGAATQQEFYAKNSRWTEGLISASKAV
:.:. .::::::::::::::::::::
CCDS59 ----------------------------------GTASPKEFYAKNSRWTEGLISASKAV
810 820
880 890 900 910 920 930
pF1KSD GWGATQLVEAADKVVLHTGKYEELIVCSHEIAASTAQLVAASKVKANKHSPHLSRLQECS
::::: .:.::: :: ::.:::.:::::::::::::::::::::.: ::.:..::. :
CCDS59 GWGATVMVDAADLVVQGRGKFEELMVCSHEIAASTAQLVAASKVKADKDSPNLAQLQQAS
830 840 850 860 870 880
940 950 960 970 980 990
pF1KSD RTVNERAANVVASTKSGQEQIEDRDTMDFSGLSLIKLKKQEMETQVRVLELEKTLEAERM
: ::. .:.::::: ::. :::. :.::::...: ..:.:::..::::::::. :. ::.
CCDS59 RGVNQATAGVVASTISGKSQIEETDNMDFSSMTLTQIKRQEMDSQVRVLELENELQKERQ
890 900 910 920 930 940
1000 1010 1020 1030 1040 1050
pF1KSD RLGELRKQHYVLAGASGSPGEEVAIRPSTAPRSVTTKKPPLAQKPSVAPRQDHQLDKKDG
.::::::.:: :::.. . : . : : . :: :.
CCDS59 KLGELRKKHYELAGVAEGWEEGTEASPPTLQEVVTEKE
950 960 970 980
1060
pF1KSD IYPAQLVNY
>>CCDS34669.1 HIP1 gene_id:3092|Hs108|chr7 (1037 aa)
initn: 3279 init1: 1398 opt: 1546 Z-score: 811.5 bits: 161.8 E(32554): 7e-39
Smith-Waterman score: 3269; 50.7% identity (77.4% similar) in 1053 aa overlap (2-1037:6-1037)
10 20 30 40 50
pF1KSD MNSIKNVPA---RVLSRRP-GHSLEA-EREQFDKTQAISISKAINTQEAPVKEKHA
.:.:.:: .::::: : .::: :::.:..::..::.:::::::. ::::::
CCDS34 MDRMASSMKQVPNPLPKVLSRRGVGAGLEAAERESFERTQTVSINKAINTQEVAVKEKHA
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD RRIILGTHHEKGAFTFWSYAIGLPLPSSSILSWKFCHVLHKVLRDGHPNVLHDCQRYRSN
: :::::::::: :::: . ::: :...: ::::::.::.:::::::::.: :::..
CCDS34 RTCILGTHHEKGAQTFWSVVNRLPLSSNAVLCWKFCHVFHKLLRDGHPNVLKDSLRYRNE
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KSD IREIGDLWGHLHDRYGQLVNVYTKLLLTKISFHLKHPQFPAGLEVTDEVLEKAAGTDVNN
. ... .:::: . :::: ..: ::: ::. .: :.:.::..:...:. :..:. .::::
CCDS34 LSDMSRMWGHLSEGYGQLCSIYLKLLRTKMEYHTKNPRFPGNLQMSDRQLDEAGESDVNN
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KSD IFQLTVEMFDYMDCELKLSESVFRQLNTAIAVSQMSSGQCRLAPLIQVIQDCSHLYHYTV
.::::::::::..:::.: ..:: .:. . .:: ..:::::::::::: :::::: :::
CCDS34 FFQLTVEMFDYLECELNLFQTVFNSLDMSRSVSVTAAGQCRLAPLIQVILDCSHLYDYTV
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KSD KLLFKLHSCLPADTLQGHRDRFHEQFHSLRNFFRRASDMLYFKRLIQIPRLPEGPPNFLR
:::::::::::::::::::::: ::: .:...: :.:.. :::::::::.:::.::::::
CCDS34 KLLFKLHSCLPADTLQGHRDRFMEQFTKLKDLFYRSSNLQYFKRLIQIPQLPENPPNFLR
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340
pF1KSD ASALAEHIKPVVVIPEEA--PEDE---EPENLIEISTGPPAGEPVVVADLFDQTFGP-P-
::::.:::.:::::: :: :..: : ..:...... :.: ..:. :
CCDS34 ASALSEHISPVVVIPAEASSPDSEPVLEKDDLMDMDASQQNLFDNKFDDIFGSSFSSDPF
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390
pF1KSD -----NGSVKDDRDLQIESLKREVEMLRSELEKIKLEAQRYIAQLKSQVNALEGELEEQR
:: ::..: :: : ::. :...::..: :.:: . :::..:. ::..: ::.
CCDS34 NFNSQNGVNKDEKDHLIERLYREISGLKAQLENMKTESQRVVLQLKGHVSELEADLAEQQ
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440 450
pF1KSD KQKQKALVDNEQLRHELAQLRAAQLEGERSQGLREEAERKASATEARYNKLKEKHSELVH
. .:.: : : :: :: .:: . . :..: : ::::.:.: ::.:::::.::::.
CCDS34 HLRQQAADDCEFLRAELDELRRQREDTEKAQRSLSEIERKAQANEQRYSKLKEKYSELVQ
430 440 450 460 470 480
460 470 480 490 500 510
pF1KSD VHAELLRKNADTAKQLTVTQQSQEEVARVKEQLAFQVEQVKRESELKLEEKSDQLEKLKR
::.::::::...::.....:.: .. : :..: ..:... ... : .:. . ::.::.
CCDS34 NHADLLRKNAEVTKQVSMARQAQVDLEREKKELEDSLERISDQGQRKTQEQLEVLESLKQ
490 500 510 520 530 540
520 530 540 550 560 570
pF1KSD ELEAKAGELARAQEALSHTEQSKSELSSRLDTLSAEKDALSGAVRQREADLLAAQSLVRE
:: .. :: : .: . ::... .... : :.:.: ... .:: .:
CCDS34 ELATSQRELQVLQGSLETSAQSEANWAAEFAELEKERDSLVSGAAHREEEL---------
550 560 570 580 590
580 590 600 610 620 630
pF1KSD TEAALSREQQRSSQEQGELQGRLAERESQEQGLRQRLLDEQFAVLRGAAAEAAGILQDAV
.:: .: : . : .:: : :... : :.. .: :. : ..:::.
CCDS34 --SALRKELQ-------DTQLKLA---STEESMCQLAKDQRKMLLVGSRKAAEQVIQDAL
600 610 620 630
640 650 660 670 680 690
pF1KSD SKLDDPLHLRCTSSPDYLVSRAQEALDAVSTLEEGHAQYLTSLADASALVAALTRFSHLA
..:..: . :..: :.:.: . . . ::.. .:::. : :.:. ..: ..::.
CCDS34 NQLEEPPLISCAGSADHLLSTVTSISSCIEQLEKSWSQYLACPEDISGLLHSITLLAHLT
640 650 660 670 680 690
700 710 720 730 740 750
pF1KSD ADTIINGGATSHLAPTDPADRLIDTCRECGARALELMGQLQDQQALRHMQASLVRTPLQG
.:.: .:..: :: .::: : ..:.. : ..: ...:... .:.. ... .:. :.
CCDS34 SDAIAHGATTCLRAPPEPADSLTEACKQYGRETLAYLASLEEEGSLENADSTAMRNCLSK
700 710 720 730 740 750
760 770 780 790 800 810
pF1KSD ILQLGQELKPKSLDVRQEELGAVVDKEMAATSAAIEDAVRRIEDMMNQARHASSGVKLEV
: .:.:: :..::..::::: .::::::::::::: :. :::.:....: ...::::::
CCDS34 IKAIGEELLPRGLDIKQEELGDLVDKEMAATSAAIETATARIEEMLSKSRAGDTGVKLEV
760 770 780 790 800 810
820 830 840 850 860 870
pF1KSD NERILNSCTDLMKAIRLLVTTSTSLQKEIVESGRGAATQQEFYAKNSRWTEGLISASKAV
:::::. ::.::.::..:...: .::.::::::::.:. .::::::::::::::::::::
CCDS34 NERILGCCTSLMQAIQVLIVASKDLQREIVESGRGTASPKEFYAKNSRWTEGLISASKAV
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880 890 900 910 920 930
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