Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA0637
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0637, 1171 aa
1>>>pF1KSDA0637 1171 - 1171 aa - 1171 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6835+/-0.000376; mu= 16.9622+/- 0.024
mean_var=123.6504+/-24.908, 0's: 0 Z-trim(116.9): 31 B-trim: 303 in 2/56
Lambda= 0.115339
statistics sampled from 28346 (28377) to 28346 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.679), E-opt: 0.2 (0.333), width: 16
Scan time: 15.150
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_055653 (OMIM: 612552) zinc finger BED domain-co (1171) 7802 1310.4 0
NP_001167579 (OMIM: 613512) zinc finger BED domain ( 979) 641 118.7 1.8e-25
NP_004720 (OMIM: 300178) zinc finger BED domain-co ( 694) 503 95.7 1.1e-18
NP_001164607 (OMIM: 300178) zinc finger BED domain ( 694) 503 95.7 1.1e-18
NP_001164606 (OMIM: 300178) zinc finger BED domain ( 694) 503 95.7 1.1e-18
>>NP_055653 (OMIM: 612552) zinc finger BED domain-contai (1171 aa)
initn: 7802 init1: 7802 opt: 7802 Z-score: 7017.2 bits: 1310.4 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 7802; 99.9% identity (100.0% similar) in 1171 aa overlap (1-1171:1-1171)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MENNLKTCPKEDGDFVSDKIKFKIEEEDDDGIPPDSLERMDFKSEQEDMKQTDSGGERAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 MENNLKTCPKEDGDFVSDKIKFKIEEEDDDGIPPDSLERMDFKSEQEDMKQTDSGGERAG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD LGGTGCSCKPPGKYLSAESEDDYGALFSQYSSTLYDVAMEAVTQSLLSSRNMSSRKKSPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 LGGTGCSCKPPGKYLSAESEDDYGALFSQYSSTLYDVAMEAVTQSLLSSRNMSSRKKSPA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD WKHFFISPRDSTKAICMYCVKEFSRGKNEKDLSTSCLMRHVRRAHPTVLIQENGSVSAVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 WKHFFISPRDSTKAICMYCVKEFSRGKNEKDLSTSCLMRHVRRAHPTVLIQENGSVSAVS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD SFPSPSLLLPPQPADAGDLSTILSPIKLVQKVASKIPSPDRITEESVSVVSSEEISSDMS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 SFPSPSLLLPPQPADAGDLSTILSPIKLVQKVASKIPSPDRITEESVSVVSSEEISSDMS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD VSEKCGREEALVGSSPHLPALHYDEPAENLAEKSLPLPKSTSGSRRRSAVWKHFYLSPLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 VSEKCGREEALVGSSPHLPALHYDEPAENLAEKSLPLPKSTSGSRRRSAVWKHFYLSPLD
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD NSKAVCIHCMNEFSRGKNGKDLGTSCLIRHMWRAHRAIVLQENGGTGIPPLYSTPPTLLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 NSKAVCIHCMNEFSRGKNGKDLGTSCLIRHMWRAHRAIVLQENGGTGIPPLYSTPPTLLP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD SLLPPEGELSSVSSSPVKPVRESPSASSSPDRLTEDLQSHLNPGDGLMEDVAAFSSSDDV
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.
NP_055 SLLPPEGELSSVSSSPVKPVRESPSASSSPDRLTEDLQSHLNPGDGLMEDVAAFSSSDDI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD GEASASSPEKQQADGLSPRLFESGAIFQQNKKVMKRLKSEVWHHFSLAPMDSLKAECRYC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 GEASASSPEKQQADGLSPRLFESGAIFQQNKKVMKRLKSEVWHHFSLAPMDSLKAECRYC
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD GCAISRGKKGDVGTSCLMRHLYRRHPEVVGSQKGFLGASLANSPYATLASAESSSSKLTD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 GCAISRGKKGDVGTSCLMRHLYRRHPEVVGSQKGFLGASLANSPYATLASAESSSSKLTD
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD LPTVVTKNNQVMFPVNSKKTSKLWNHFSICSADSTKVVCLHCGRTISRGKKPTNLGTSCL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 LPTVVTKNNQVMFPVNSKKTSKLWNHFSICSADSTKVVCLHCGRTISRGKKPTNLGTSCL
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD LRHLQRFHSNVLKTEVSETARPSSPDTRVPRGTELSGASSFDDTNEKFYDSHPVAKKITS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 LRHLQRFHSNVLKTEVSETARPSSPDTRVPRGTELSGASSFDDTNEKFYDSHPVAKKITS
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD LIAEMIALDLQPYSFVDNVGFNRLLEYLKPQYSLPAPSYFSRTAIPGMYDNVKQIIMSHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 LIAEMIALDLQPYSFVDNVGFNRLLEYLKPQYSLPAPSYFSRTAIPGMYDNVKQIIMSHL
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD KEAESGVIHFTSGIWMSNQTREYLTLTAHWVSFESPARPRCDDHHCSALLDVSQVDCDYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 KEAESGVIHFTSGIWMSNQTREYLTLTAHWVSFESPARPRCDDHHCSALLDVSQVDCDYS
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD GNSIQKQLECWWEAWVTSTGLQVGITVTDNASIGKTLNEGEHSSVQCFSHTVNLIVSEAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 GNSIQKQLECWWEAWVTSTGLQVGITVTDNASIGKTLNEGEHSSVQCFSHTVNLIVSEAI
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD KSQRMVQNLLSLARKICERVHRSPKAKEKLAELQREYALPQHHLIQDVPSKWSTSFHMLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 KSQRMVQNLLSLARKICERVHRSPKAKEKLAELQREYALPQHHLIQDVPSKWSTSFHMLE
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KSD RLIEQKRAINEMSVECNFRELISCDQWEVMQSVCRALKPFEAASREMSTQMSTLSQVIPM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 RLIEQKRAINEMSVECNFRELISCDQWEVMQSVCRALKPFEAASREMSTQMSTLSQVIPM
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD VHILNRKVEMLFEETMGIDTMLRSLKEAMVSRLSATLHDPRYVFATLLDPRYKASLFTEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 VHILNRKVEMLFEETMGIDTMLRSLKEAMVSRLSATLHDPRYVFATLLDPRYKASLFTEE
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KSD EAEQYKQDLIRELELMNSTSEDVAASHRCDAGSPSKDSAAEENLWSLVAKVKKKDPREKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 EAEQYKQDLIRELELMNSTSEDVAASHRCDAGSPSKDSAAEENLWSLVAKVKKKDPREKL
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KSD PEAMVLAYLEEEVLEHSCDPLTYWNLKKASWPGLSALAVRFLGCPPSIVPSEKLFNTPTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 PEAMVLAYLEEEVLEHSCDPLTYWNLKKASWPGLSALAVRFLGCPPSIVPSEKLFNTPTE
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170
pF1KSD NGSLGQSRLMMEHFEKLIFLKVNLPLIYFQY
:::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 NGSLGQSRLMMEHFEKLIFLKVNLPLIYFQY
1150 1160 1170
>>NP_001167579 (OMIM: 613512) zinc finger BED domain-con (979 aa)
initn: 763 init1: 279 opt: 641 Z-score: 578.4 bits: 118.7 E(85289): 1.8e-25
Smith-Waterman score: 1026; 28.0% identity (55.5% similar) in 958 aa overlap (336-1171:18-955)
310 320 330 340 350 360
pF1KSD CIHCMNEFSRGKNGKDLGTSCLIRHMWRAHRAIVLQENGGTGIPPLYSTPPT--LLPSLL
: .....: : :. :. .. .
NP_001 MSVCTLSVPVSSLSPGRRCNTFSDSGILGCVPINSNTDEEDVVEEKM
10 20 30 40
370 380 390 400 410
pF1KSD PPEGELSSVSSSPVKPVRESPSASSSPDR-----LTEDLQSHLNPGDGLMEDVAAFSSSD
:: ... ...:.: :.. .. : :.. ... :. : . :. :. .:.
NP_001 VAEG-VNKEAKQPAKKKRKKGLRIKGKRRRKKLILAKKFSKDLGSGRPVA-DAPALLASN
50 60 70 80 90 100
420 430 440 450 460 470
pF1KSD DVGEASASSPEKQQADGLSPRLFESGAIFQQNKKVMKRLKSE-VWHHFSLAPMDSLKAEC
: ::... . ::::. : .: : :. ::: : . :. . .: :
NP_001 D--------PEQDEES-----LFESN-IEKQIYLPSTRAKTSIVWHFFHVDPQYTWRAIC
110 120 130 140 150
480 490 500 510 520
pF1KSD RYCGCAISRGKKGD-VGTSCLMRHLYRRH-PE--------VVGSQKGF-LGASLANS---
: ..:::: :. .::: :.::: :: :. :..... : : .::. :
NP_001 NLCEKSVSRGKPGSHLGTSTLQRHLQARHSPHWTRANKFGVASGEEDFTLDVSLSPSSGS
160 170 180 190 200 210
530 540 550 560
pF1KSD -------PYATLASA-------ESSSSKL-TDLPTVVTKNNQV---MFPVNSKKTSKLWN
: : . .:.:. : .. . :.: : ..: . ::: .::
NP_001 NGSFEYIPTDPLDDNRMGKKHDKSASDALRAERGRFLIKSNIVKHALIPGTRAKTSAVWN
220 230 240 250 260 270
570 580 590 600 610
pF1KSD HFSICSADSTKVVCLHCGRTISRGKKPTNLGTSCLLRHLQRFH--------------SNV
: ...:: : :..:::. ..:::: : :::: : .:
NP_001 FFYTDPQHISRAVCNICKRSVSRGRPGSHLGTSTLQRHLQATHPIHWAVANKDSGAVANG
280 290 300 310 320 330
620 630 640 650
pF1KSD L---KTEVSETARPSSPDTRVPRGTELSGASSFD-DTNEKFYD-----------------
: .:: :. . . . .:.. . : :..: . .
NP_001 LDEAETERSDLLSDTLHGEKSTGSQDLTAEDLSDSDSDEPMLEVENRSESPIPVAEQGTL
340 350 360 370 380 390
660 670 680 690
pF1KSD -----------SHPVAKKITSLIAEMIALDLQPYSFVDNVGFNRLLEYLKPQYSLPAPSY
..::...:.. : .::. :..::.. .. .:.:... . :.: ::. .:
NP_001 MRAQERETTCCGNPVSSHISQAIIQMIVEDMHPYNYFSTPAFQRFMQIVAPDYRLPSETY
400 410 420 430 440 450
700 710 720 730 740 750
pF1KSD FSRTAIPGMYDNVKQIIMSHLKEAESGVIHFTSGIWMSNQTREYLTLTAHWVSFESPA--
: :.: .:: :.. :. :....: ::.: :: . . .:. .:.::::.:. .
NP_001 FFTKAVPQLYDCVREKIFLTLENVQSQKIHLTVDIWTHDPSTDYFIVTVHWVSLETASFL
460 470 480 490 500 510
760 770 780 790 800 810
pF1KSD -RPRCDDHHCSALLDVSQVDCDYSGNSIQKQLECWWEAWVTSTGLQVGITVTDNAS-IGK
: : . :.: :. . : ..: ..:. :.. . : .. :.::.: . .
NP_001 NNGRIPDFRKWAVLCVTGLAKDCLITNILQELNDQIGLWLSPNFLIPSFIVSDNSSNVVH
520 530 540 550 560 570
820 830 840 850 860 870
pF1KSD TLNEGEHSSVQCFSHTVNLIVSEAIKSQRMVQNLLSLARKICERVHRSPKAKEKLAELQR
....: . : :: : .:..... . .. ..:.: ::: :.. .: ::.. : :.:
NP_001 AIKDGGFTHVPCFLHCLNMVIQDFFCEHKSIENMLVAARKTCHHFSHSVKARQILQEFQN
580 590 600 610 620 630
880 890 900 910 920 930
pF1KSD EYALPQHHLIQDVPSKWSTSFHMLERLIEQKRAINEMSVECNFRELISCDQWEVMQSVCR
.. :: ..: :: ..: ..:.::. :.:. .... :. ... :: .: ::
NP_001 DHQLPWKNLKQDETGHWISTFYMLKWLLEHCYSVHH-SLGRASGVVLTSLQWTLMTYVCD
640 650 660 670 680 690
940 950 960 970 980
pF1KSD ALKPFEAASREMSTQMSTLSQVIPMVHILNRKVEMLFEETM--GIDTMLR-----SLKEA
::::: :....:.. . :.::.:..: : ... : :. . :: : :::
NP_001 ILKPFEEATQKVSVKTAGLNQVLPLIHHLLLSLQKLREDFQVRGITQALNLVDSLSLKLE
700 710 720 730 740 750
990 1000 1010 1020 1030 1040
pF1KSD MVSRLSATLHDPRYVFATLLDPRYKASL--FTEEEA--EQYKQDLIRELELMNSTSEDVA
. ::: :.. ..:::::: .: :: : . : : ::: : .:. . .: ..
NP_001 TDTLLSAMLKSKPCILATLLDPCFKNSLEDFFPQGADLETYKQFLAEEVCNYMESSPEIC
760 770 780 790 800 810
1050 1060 1070 1080
pF1KSD ASHRCDAGSPSKDSAAEENLWSL--------------VAKVKKKDPREKLPEAMVLA--Y
.:. :: .:. :: : .: . .: :.... :
NP_001 QIPTSEASCPSVTVGADSFTSSLKEGTSSSGSVDSSAVDNVALGSKSFMFPSAVAVVDEY
820 830 840 850 860 870
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KSD LEEEVLEHSC--DPLTYWNLKKASWPGLSALAVRFLGCPPSIVPSEKLFNTPTENGSLGQ
..:. : : ::: ::. : . ::.:. .:...:.:: :: .: :.:. .
NP_001 FKEKYSEFSGGDDPLIYWQRKISIWPALTQVAIQYLSCPMCSWQSECIF---TKNSHFHP
880 890 900 910 920
1150 1160 1170
pF1KSD SRLM---MEHFEKLIFLKVNLPLIYFQY
...: ....:.:.:::.:: . ..:
NP_001 KQIMSLDFDNIEQLMFLKMNLKNVNYDYSTLVLSWDPEQNEVVQSSEKEILP
930 940 950 960 970
>>NP_004720 (OMIM: 300178) zinc finger BED domain-contai (694 aa)
initn: 402 init1: 136 opt: 503 Z-score: 456.3 bits: 95.7 E(85289): 1.1e-18
Smith-Waterman score: 556; 25.5% identity (56.8% similar) in 648 aa overlap (558-1163:20-650)
530 540 550 560 570 580
pF1KSD LASAESSSSKLTDLPTVVTKNNQVMFPVNSKKTSKLWNHFSI------CSADSTKVVCLH
. ::.:..:.. : . :. :
NP_004 MENKSLESSQTDLKLVAHPRAKSKVWKYFGFDTNAEGCILQWKKIYCRI
10 20 30 40
590 600 610 620 630 640
pF1KSD CGRTISRGKKPTNLGTSCLLRHLQRFHSNVLK-TEVSETARPSSPDTRVPRGTELSGASS
: :. . . .::. : ..: : . :: . : .. . :.... : ..
NP_004 CMAQIAYSGNTSNLSYHLEKNHPEEFCEFVKSNTEQMREAFATAFSKLKPESSQQPGQDA
50 60 70 80 90 100
650 660 670 680 690 700
pF1KSD FDDTNEKFYDSHPVAKKITSLIAEMIALDLQPYSFVDNVGFNRLLEYLKPQYSLPAPSYF
. . :::. ...:. . .: : : :.::. :. ::. :.: ::. .:.
NP_004 LAVKAGHGYDSKK-QQELTAAVLGLICEGLYPASIVDEPTFKVLLKTADPRYELPSRKYI
110 120 130 140 150 160
710 720 730 740 750
pF1KSD SRTAIPGMYDNVKQIIMSHLKEAE-SGVIHFTSGIWMS-NQTREYLTLTAHWVSFESPAR
: ::: : :...:...: :: :. .. .: : ::.: :.::.::.... .:
NP_004 STKAIPEKYGAVREVILKELAEATWCGI---STDMWRSENQNRAYVTLAAHFLGLGAPN-
170 180 190 200 210 220
760 770 780 790 800 810
pF1KSD PRCDDHHCSALLDVSQVDCDYSGNSIQKQLECWWEAWVTSTGLQVGITVTDNASIGKT--
: . : : . .: . ....: . : . : :. . : :.. . .: :.
NP_004 --CLSMG-SRCLKTFEVPEENTAETITRVLYEVFIEWGISAKV-FGATTNYGKDIVKACS
230 240 250 260 270 280
820 830 840 850 860 870
pF1KSD -LNEGEHSSVQCFSHTVNLIVSEAIKSQRMVQNLLSLARKICERVHRSPKAKEKLAELQR
:. . : . :..:: : ...:.. .. ::: ::. : ..: : : : :.
NP_004 LLDVAVH--MPCLGHTFNAGIQQAFQLPKL-GALLSRCRKLVEYFQQSAVAMYMLYEKQK
290 300 310 320 330
880 890 900 910 920 930
pF1KSD EYALPQHHLIQDVPSKWSTSFHMLERLIEQKRAINEMSVE--CNFRELISCDQWEVMQSV
. . . :... : :.... ::.:: ::. .: . :: : . .. ..: .....
NP_004 QQNVAHCMLVSNRVSWWGSTLAMLQRLKEQQFVIAGVLVEDSNNHHLMLEASEWATIEGL
340 350 360 370 380 390
940 950 960 970 980 990
pF1KSD CRALKPFEAASREMS-TQMSTLSQVIPMVHILNRKVEMLFEETMGIDTMLRSL-KEAMVS
. :.::. ... .: ... :.:.: :..:.: .. . ..:: :. :. ::....
NP_004 VELLQPFKQVAEMLSASRYPTISMVKPLLHML-LNTTLNIKET---DSKELSMAKEVIAK
400 410 420 430 440 450
1000 1010 1020 1030 1040
pF1KSD RLSATLHD-PRY-VF---ATLLDPRYKASLF-TEEEAEQYKQDLIRELE-LMNSTS----
.:: : .. :. .: ::.:::::: : . : .: .. ...: . :.....
NP_004 ELSKTYQETPEIDMFLNVATFLDPRYKRLPFLSAFERQQVENRVVEEAKGLLDKVKDGGY
460 470 480 490 500 510
1050 1060 1070 1080
pF1KSD -----------EDVAASHRCDAGSPSKDSAAEENLWSLVAKVKKKDPREKLPEAMVLAYL
:. ... ...: :. .. : . .. . .:. .:.:. :
NP_004 RPAEDKIFPVPEEPPVKKLMRTSTPPPASVINNMLAEIFCQTGGVEDQEEW-HAQVVEEL
520 530 540 550 560 570
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KSD E----EEVLEHSCDPLTYWNLKKASWPGLSALAVRFLGCPPSIVPSEKLFNTPTENGSLG
..:: . ::: .:. . : .: : . .. . : :.::.. .. :
NP_004 SNFKSQKVLGLNEDPLKWWSDRLALFPLLPKVLQKYWCVTATRVAPERLFGSAANVVSAK
580 590 600 610 620 630
1150 1160 1170
pF1KSD QSRLMMEHFEKLIFLKVNLPLIYFQY
..:: : .. .:: :
NP_004 RNRLAPAHVDEQVFLYENARSGAEAEPEDQDEGEWGLDQEQVFSLGDGVSGGFFGIRDSS
640 650 660 670 680 690
>>NP_001164607 (OMIM: 300178) zinc finger BED domain-con (694 aa)
initn: 402 init1: 136 opt: 503 Z-score: 456.3 bits: 95.7 E(85289): 1.1e-18
Smith-Waterman score: 556; 25.5% identity (56.8% similar) in 648 aa overlap (558-1163:20-650)
530 540 550 560 570 580
pF1KSD LASAESSSSKLTDLPTVVTKNNQVMFPVNSKKTSKLWNHFSI------CSADSTKVVCLH
. ::.:..:.. : . :. :
NP_001 MENKSLESSQTDLKLVAHPRAKSKVWKYFGFDTNAEGCILQWKKIYCRI
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]