Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA0636
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0636, 537 aa
1>>>pF1KSDA0636 537 - 537 aa - 537 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9795+/-0.000439; mu= 14.5175+/- 0.027
mean_var=85.0210+/-18.013, 0's: 0 Z-trim(110.8): 156 B-trim: 227 in 1/52
Lambda= 0.139095
statistics sampled from 19068 (19249) to 19068 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.593), E-opt: 0.2 (0.226), width: 16
Scan time: 8.620
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_003900 (OMIM: 604207) copine-3 [Homo sapiens] ( 537) 3621 737.3 2.8e-212
XP_016869434 (OMIM: 604207) PREDICTED: copine-3 is ( 537) 3621 737.3 2.8e-212
XP_005251150 (OMIM: 604207) PREDICTED: copine-3 is ( 537) 3621 737.3 2.8e-212
NP_690902 (OMIM: 604205) copine-1 isoform a [Homo ( 537) 2510 514.3 3.6e-145
NP_690905 (OMIM: 604205) copine-1 isoform a [Homo ( 537) 2510 514.3 3.6e-145
NP_690904 (OMIM: 604205) copine-1 isoform a [Homo ( 537) 2510 514.3 3.6e-145
NP_690903 (OMIM: 604205) copine-1 isoform a [Homo ( 537) 2510 514.3 3.6e-145
NP_003906 (OMIM: 604205) copine-1 isoform b [Homo ( 542) 2510 514.3 3.6e-145
NP_001185792 (OMIM: 604205) copine-1 isoform c [Ho ( 536) 2491 510.5 5.1e-144
NP_689940 (OMIM: 604206) copine-2 [Homo sapiens] ( 548) 2446 501.5 2.7e-141
NP_570720 (OMIM: 604208) copine-4 isoform 2 [Homo ( 557) 2035 419.0 1.8e-116
NP_001276041 (OMIM: 604208) copine-4 isoform 1 [Ho ( 575) 2035 419.0 1.9e-116
NP_702907 (OMIM: 604208) copine-4 isoform 1 [Homo ( 575) 2035 419.0 1.9e-116
XP_016861182 (OMIM: 604208) PREDICTED: copine-4 is ( 575) 2035 419.0 1.9e-116
NP_705900 (OMIM: 605689) copine-7 isoform a [Homo ( 558) 2027 417.4 5.6e-116
NP_006023 (OMIM: 605688) copine-6 isoform 2 [Homo ( 557) 1935 399.0 2e-110
XP_005268273 (OMIM: 605688) PREDICTED: copine-6 is ( 557) 1935 399.0 2e-110
NP_001267487 (OMIM: 605688) copine-6 isoform 1 [Ho ( 612) 1935 399.0 2.2e-110
XP_011521302 (OMIM: 605689) PREDICTED: copine-7 is ( 595) 1912 394.4 5.2e-109
XP_016878629 (OMIM: 605689) PREDICTED: copine-7 is ( 599) 1897 391.4 4.2e-108
XP_011510710 (OMIM: 604208) PREDICTED: copine-4 is ( 444) 1722 356.2 1.2e-97
XP_011510709 (OMIM: 604208) PREDICTED: copine-4 is ( 444) 1722 356.2 1.2e-97
XP_011510708 (OMIM: 604208) PREDICTED: copine-4 is ( 444) 1722 356.2 1.2e-97
NP_055242 (OMIM: 605689) copine-7 isoform b [Homo ( 633) 1696 351.0 6.1e-96
XP_016878628 (OMIM: 605689) PREDICTED: copine-7 is ( 637) 1696 351.0 6.2e-96
XP_011521303 (OMIM: 605689) PREDICTED: copine-7 is ( 527) 1581 327.9 4.7e-89
XP_016878627 (OMIM: 605689) PREDICTED: copine-7 is ( 670) 1581 328.0 5.7e-89
XP_016861183 (OMIM: 604208) PREDICTED: copine-4 is ( 434) 1560 323.7 7.4e-88
NP_065990 (OMIM: 604209) copine-5 isoform a [Homo ( 593) 1453 302.3 2.8e-81
XP_005249304 (OMIM: 604209) PREDICTED: copine-5 is ( 610) 1441 299.9 1.5e-80
XP_005268274 (OMIM: 605688) PREDICTED: copine-6 is ( 382) 1430 297.5 4.7e-80
XP_011513071 (OMIM: 604209) PREDICTED: copine-5 is ( 653) 1368 285.2 4.1e-76
XP_016866628 (OMIM: 604209) PREDICTED: copine-5 is ( 522) 1356 282.8 1.8e-75
XP_011513073 (OMIM: 604209) PREDICTED: copine-5 is ( 632) 1356 282.8 2.1e-75
XP_011513072 (OMIM: 604209) PREDICTED: copine-5 is ( 632) 1356 282.8 2.1e-75
XP_011513070 (OMIM: 604209) PREDICTED: copine-5 is ( 670) 1356 282.8 2.2e-75
XP_016861184 (OMIM: 604208) PREDICTED: copine-4 is ( 417) 1317 274.9 3.4e-73
XP_011513075 (OMIM: 604209) PREDICTED: copine-5 is ( 473) 1310 273.5 1e-72
XP_016861185 (OMIM: 604208) PREDICTED: copine-4 is ( 306) 1241 259.6 1e-68
XP_011513074 (OMIM: 604209) PREDICTED: copine-5 is ( 543) 1202 251.9 3.8e-66
XP_016878630 (OMIM: 605689) PREDICTED: copine-7 is ( 344) 1116 234.5 4e-61
NP_001300947 (OMIM: 604209) copine-5 isoform c [Ho ( 301) 995 210.2 7.3e-54
XP_011513077 (OMIM: 604209) PREDICTED: copine-5 is ( 361) 910 193.2 1.2e-48
NP_001300949 (OMIM: 604209) copine-5 isoform d [Ho ( 243) 763 163.6 6.4e-40
NP_001300948 (OMIM: 604209) copine-5 isoform d [Ho ( 243) 763 163.6 6.4e-40
NP_001300946 (OMIM: 604209) copine-5 isoform b [Ho ( 140) 406 91.8 1.5e-18
NP_001284703 (OMIM: 600782) synaptotagmin-5 isofor ( 382) 226 55.9 2.5e-07
XP_006723403 (OMIM: 600782) PREDICTED: synaptotagm ( 385) 226 55.9 2.6e-07
NP_001129976 (OMIM: 600104,616040) synaptotagmin-2 ( 419) 222 55.2 4.8e-07
NP_796376 (OMIM: 600104,616040) synaptotagmin-2 [H ( 419) 222 55.2 4.8e-07
>>NP_003900 (OMIM: 604207) copine-3 [Homo sapiens] (537 aa)
initn: 3621 init1: 3621 opt: 3621 Z-score: 3932.1 bits: 737.3 E(85289): 2.8e-212
Smith-Waterman score: 3621; 100.0% identity (100.0% similar) in 537 aa overlap (1-537:1-537)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MAAQCVTKVALNVSCANLLDKDIGSKSDPLCVLFLNTSGQQWYEVERTERIKNCLNPQFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MAAQCVTKVALNVSCANLLDKDIGSKSDPLCVLFLNTSGQQWYEVERTERIKNCLNPQFS
10 20 30 40 50 60
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pF1KSD KTFIIDYYFEVVQKLKFGVYDIDNKTIELSDDDFLGECECTLGQIVSSKKLTRPLVMKTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 KTFIIDYYFEVVQKLKFGVYDIDNKTIELSDDDFLGECECTLGQIVSSKKLTRPLVMKTG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 RPAGKGSITISAEEIKDNRVVLFEMEARKLDNKDLFGKSDPYLEFHKQTSDGNWLMVHRT
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190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 EVVKNNLNPVWRPFKISLNSLCYGDMDKTIKVECYDYDNDGSHDLIGTFQTTMTKLKEAS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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NP_003 SNGDPRSPDSLHYISPNGVNEYLTALWSVGLVIQDYDADKMFPAFGFGAQIPPQWQVSHE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 FPMNFNPSNPYCNGIQGIVEAYRSCLPQIKLYGPTNFSPIINHVARFAAAATQQQTASQY
370 380 390 400 410 420
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 FVLLIITDGVITDLDETRQAIVNASRLPMSIIIVGVGGADFSAMEFLDGDGGSLRSPLGE
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 VAIRDIVQFVPFRQFQNAPKEALAQCVLAEIPQQVVGYFNTYKLLPPKNPATKQQKQ
490 500 510 520 530
>>XP_016869434 (OMIM: 604207) PREDICTED: copine-3 isofor (537 aa)
initn: 3621 init1: 3621 opt: 3621 Z-score: 3932.1 bits: 737.3 E(85289): 2.8e-212
Smith-Waterman score: 3621; 100.0% identity (100.0% similar) in 537 aa overlap (1-537:1-537)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MAAQCVTKVALNVSCANLLDKDIGSKSDPLCVLFLNTSGQQWYEVERTERIKNCLNPQFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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XP_016 KTFIIDYYFEVVQKLKFGVYDIDNKTIELSDDDFLGECECTLGQIVSSKKLTRPLVMKTG
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XP_016 EVVKNNLNPVWRPFKISLNSLCYGDMDKTIKVECYDYDNDGSHDLIGTFQTTMTKLKEAS
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pF1KSD RSSPVEFECINEKKRQKKKSYKNSGVISVKQCEITVECTFLDYIMGGCQLNFTVGVDFTG
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XP_016 RSSPVEFECINEKKRQKKKSYKNSGVISVKQCEITVECTFLDYIMGGCQLNFTVGVDFTG
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XP_016 SNGDPRSPDSLHYISPNGVNEYLTALWSVGLVIQDYDADKMFPAFGFGAQIPPQWQVSHE
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pF1KSD FPMNFNPSNPYCNGIQGIVEAYRSCLPQIKLYGPTNFSPIINHVARFAAAATQQQTASQY
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XP_016 FPMNFNPSNPYCNGIQGIVEAYRSCLPQIKLYGPTNFSPIINHVARFAAAATQQQTASQY
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pF1KSD FVLLIITDGVITDLDETRQAIVNASRLPMSIIIVGVGGADFSAMEFLDGDGGSLRSPLGE
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XP_016 FVLLIITDGVITDLDETRQAIVNASRLPMSIIIVGVGGADFSAMEFLDGDGGSLRSPLGE
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pF1KSD VAIRDIVQFVPFRQFQNAPKEALAQCVLAEIPQQVVGYFNTYKLLPPKNPATKQQKQ
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VAIRDIVQFVPFRQFQNAPKEALAQCVLAEIPQQVVGYFNTYKLLPPKNPATKQQKQ
490 500 510 520 530
>>XP_005251150 (OMIM: 604207) PREDICTED: copine-3 isofor (537 aa)
initn: 3621 init1: 3621 opt: 3621 Z-score: 3932.1 bits: 737.3 E(85289): 2.8e-212
Smith-Waterman score: 3621; 100.0% identity (100.0% similar) in 537 aa overlap (1-537:1-537)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MAAQCVTKVALNVSCANLLDKDIGSKSDPLCVLFLNTSGQQWYEVERTERIKNCLNPQFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MAAQCVTKVALNVSCANLLDKDIGSKSDPLCVLFLNTSGQQWYEVERTERIKNCLNPQFS
10 20 30 40 50 60
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pF1KSD KTFIIDYYFEVVQKLKFGVYDIDNKTIELSDDDFLGECECTLGQIVSSKKLTRPLVMKTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 KTFIIDYYFEVVQKLKFGVYDIDNKTIELSDDDFLGECECTLGQIVSSKKLTRPLVMKTG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD RPAGKGSITISAEEIKDNRVVLFEMEARKLDNKDLFGKSDPYLEFHKQTSDGNWLMVHRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 RPAGKGSITISAEEIKDNRVVLFEMEARKLDNKDLFGKSDPYLEFHKQTSDGNWLMVHRT
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190 200 210 220 230 240
pF1KSD EVVKNNLNPVWRPFKISLNSLCYGDMDKTIKVECYDYDNDGSHDLIGTFQTTMTKLKEAS
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XP_005 EVVKNNLNPVWRPFKISLNSLCYGDMDKTIKVECYDYDNDGSHDLIGTFQTTMTKLKEAS
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pF1KSD RSSPVEFECINEKKRQKKKSYKNSGVISVKQCEITVECTFLDYIMGGCQLNFTVGVDFTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 RSSPVEFECINEKKRQKKKSYKNSGVISVKQCEITVECTFLDYIMGGCQLNFTVGVDFTG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD SNGDPRSPDSLHYISPNGVNEYLTALWSVGLVIQDYDADKMFPAFGFGAQIPPQWQVSHE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SNGDPRSPDSLHYISPNGVNEYLTALWSVGLVIQDYDADKMFPAFGFGAQIPPQWQVSHE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD FPMNFNPSNPYCNGIQGIVEAYRSCLPQIKLYGPTNFSPIINHVARFAAAATQQQTASQY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 FPMNFNPSNPYCNGIQGIVEAYRSCLPQIKLYGPTNFSPIINHVARFAAAATQQQTASQY
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD FVLLIITDGVITDLDETRQAIVNASRLPMSIIIVGVGGADFSAMEFLDGDGGSLRSPLGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 FVLLIITDGVITDLDETRQAIVNASRLPMSIIIVGVGGADFSAMEFLDGDGGSLRSPLGE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530
pF1KSD VAIRDIVQFVPFRQFQNAPKEALAQCVLAEIPQQVVGYFNTYKLLPPKNPATKQQKQ
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 VAIRDIVQFVPFRQFQNAPKEALAQCVLAEIPQQVVGYFNTYKLLPPKNPATKQQKQ
490 500 510 520 530
>>NP_690902 (OMIM: 604205) copine-1 isoform a [Homo sapi (537 aa)
initn: 2495 init1: 1470 opt: 2510 Z-score: 2727.2 bits: 514.3 E(85289): 3.6e-145
Smith-Waterman score: 2510; 65.9% identity (86.9% similar) in 540 aa overlap (3-535:2-536)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MAAQCVTKVALNVSCANLLDKDIGSKSDPLCVLFLNTSGQQWYEVERTERIKNCLNPQFS
:.::: : :..:: .:.::::::::::::::. ...: .: :. ::::..:: .:.::
NP_690 MAHCVTLVQLSISCDHLIDKDIGSKSDPLCVLLQDVGGGSWAELGRTERVRNCSSPEFS
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KSD KTFIIDYYFEVVQKLKFGVYDIDNKTIELSDDDFLGECECTLGQIVSSKKLTRPLVMKTG
::. ..: ::.::::.::.::::::: :: :::::: ::.:::::::. :: ::..: :
NP_690 KTLQLEYRFETVQKLRFGIYDIDNKTPELRDDDFLGGAECSLGQIVSSQVLTLPLMLKPG
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KSD RPAGKGSITISAEEIKDNRVVLFEMEARKLDNKDLFGKSDPYLEFHKQTSDGNWLMVHRT
.:::.:.::.::.:.:::::: .:.:::.::.::..:::::.::: .: .::.: .:.:.
NP_690 KPAGRGTITVSAQELKDNRVVTMEVEARNLDKKDFLGKSDPFLEFFRQ-GDGKWHLVYRS
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KSD EVVKNNLNPVWRPFKISLNSLCYGDMDKTIKVECYDYDNDGSHDLIGTFQTTMTKLKEAS
::.::::::.:. :.. .. .: :. . :.:.: :::.::::::::::.:....:.
NP_690 EVIKNNLNPTWKRFSVPVQHFCGGNPSTPIQVQCSDYDSDGSHDLIGTFHTSLAQLQ---
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KSD RSSPVEFECINEKKRQKKKSYKNSGVISVKQCEITVECTFLDYIMGGCQLNFTVGVDFTG
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NP_690 PQA
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NP_690 PQA
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NP_690 -AVPAEFECIHPEKQQKKKSYKNSGTIRVKICRVETEYSFLDYVMGGCQINFTVGVDFTG
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pF1KSD SNGDPRSPDSLHYISPNGVNEYLTALWSVGLVIQDYDADKMFPAFGFGAQIPPQWQVSHE
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NP_690 SNGDPSSPDSLHYLSPTGVNEYLMALWSVGSVVQDYDSDKLFPAFGFGAQVPPDWQVSHE
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NP_690 PQA
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:: :
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pF1KSD MAAQCVTKVALNVSCANLLDKDIGSKSDPLCVLFLNTSGQQWYEVERTERIKNCLNPQFS
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NP_001 MAHCVTLVQLSISCDHLIDKDIGSKSDPLCVLLQDVGGGSWAELGRTERVRNCSSPEFS
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pF1KSD KTFIIDYYFEVVQKLKFGVYDIDNKTIELSDDDFLGECECTLGQIVSSKKLTRPLVMKTG
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NP_001 KTLQLEYRFETVQKLRFGIYDIDNKTPELRDDDFLGGAECSLGQIVSSQVLTLPLMLKPG
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pF1KSD RPAGKGSITISAEEIKDNRVVLFEMEARKLDNKDLFGKSDPYLEFHKQTSDGNWLMVHRT
.:::.:.::.::.:.:::::: .:.:::.::.::..:::::.::: .: .::.: .:.:.
NP_001 KPAGRGTITVSAQELKDNRVVTMEVEARNLDKKDFLGKSDPFLEFFRQ-GDGKWHLVYRS
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KSD EVVKNNLNPVWRPFKISLNSLCYGDMDKTIKVECYDYDNDGSHDLIGTFQTTMTKLKEAS
::.::::::.:. :.. .. .: :. . :.:.: :::.::::::::::.:....:.
NP_001 EVIKNNLNPTWKRFSVPVQHFCGGNPSTPIQVQCSDYDSDGSHDLIGTFHTSLAQLQ---
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NP_001 -AVPAEFECIHPEKQQKKKSYKNSGTIRVKICRVETEYSFLDYVMGGCQINFTVGVDFTG
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NP_001 SNGDPSSPDSLHYLSPTGVNEYLMALWSVGSVVQDYDSDKLFPAFGFGAQVPPDWQVSHE
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pF1KSD FPMNFNPSNPYCNGIQGIVEAYRSCLPQIKLYGPTNFSPIINHVARFAAAATQQQTASQY
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NP_001 FALNFNPSNPYCAGIQGIVDAYRQALPQVRLYGPTNFAPIINHVARFAAQAAHQGTAS-Y
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pF1KSD FVLLIITDGVITDLDETRQAIVNASRLPMSIIIVGVGGADFSAMEFLDGDGGSLRSPLGE
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NP_001 FMLLLLTDGAVTDVEATREAVVRASNLPMSVIIVGVGGADFEAMEQLDADGGPLHTRSGQ
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pF1KSD QQKQ
:
NP_001 PQA
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::::::.::::.. . .::::: :::.:.:..::::. . . .:.::.:::::::::.:
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NP_689 NLPPTNSEPA
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]