Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0615
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0615, 896 aa
1>>>pF1KSDA0615 896 - 896 aa - 896 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.6560+/-0.00105; mu= 10.7099+/- 0.064
mean_var=131.1710+/-25.469, 0's: 0 Z-trim(108.2): 19 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.111984
statistics sampled from 10081 (10090) to 10081 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.661), E-opt: 0.2 (0.31), width: 16
Scan time: 3.370
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS45479.1 N4BP1 gene_id:9683|Hs108|chr16 ( 896) 5927 969.6 0
CCDS32058.1 KHNYN gene_id:23351|Hs108|chr14 ( 678) 799 141.0 7e-33
CCDS45090.1 NYNRIN gene_id:57523|Hs108|chr14 (1898) 684 122.7 6.6e-27
CCDS44727.1 ZC3H12C gene_id:85463|Hs108|chr11 ( 883) 593 107.8 9.1e-23
CCDS48131.2 ZC3H12B gene_id:340554|Hs108|chrX ( 836) 581 105.9 3.3e-22
CCDS417.1 ZC3H12A gene_id:80149|Hs108|chr1 ( 599) 577 105.1 3.9e-22
CCDS47500.2 ZC3H12D gene_id:340152|Hs108|chr6 ( 527) 545 99.9 1.3e-20
>>CCDS45479.1 N4BP1 gene_id:9683|Hs108|chr16 (896 aa)
initn: 5927 init1: 5927 opt: 5927 Z-score: 5179.4 bits: 969.6 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5927; 99.9% identity (99.9% similar) in 896 aa overlap (1-896:1-896)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MAARAVLDEFTAPAEKAELLEQSRGRIEGLFGVSLAVLGALGAEEPLPARIWLQLCGAQE
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CCDS45 MAARAVLDEFTAPAEKAELLEQSRGRIEGLFGVSLAVLGALGAEEPLPARIWLQLCGAQE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD AEHSAKEYIKGICEPELEERECYPKDMHCIFVGAESLFLKSLIQDTCADLCILDIGLLGI
: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 AVHSAKEYIKGICEPELEERECYPKDMHCIFVGAESLFLKSLIQDTCADLCILDIGLLGI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD RGSAEAVVMARSHIQQFVKLFENKENLPSSQKESEVKREFKQFVEAHADNYTMDLLILPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 RGSAEAVVMARSHIQQFVKLFENKENLPSSQKESEVKREFKQFVEAHADNYTMDLLILPT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD SLKKELLTLTQGEENLFETGDDEVIEMRDSQQTEFTQNAATGLNISRDETVLQEEARNKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 SLKKELLTLTQGEENLFETGDDEVIEMRDSQQTEFTQNAATGLNISRDETVLQEEARNKA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD GTPVSELTKQMDTVLSSSPDVLFDPINGLTPDEEALSNERICQKRRFSDSEERHTKKQFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 GTPVSELTKQMDTVLSSSPDVLFDPINGLTPDEEALSNERICQKRRFSDSEERHTKKQFS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD LENVQEGEILHDAKTLAGNVIADLSDSSADSENLSPDIKETTEEMEYNILVNFFKTMGYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 LENVQEGEILHDAKTLAGNVIADLSDSSADSENLSPDIKETTEEMEYNILVNFFKTMGYS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD QEIVEKVIKVYGPSTEPLLLLEEIEKENKRFQEDREFSAGTVYPETNKTKNKGVYSSTNE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 QEIVEKVIKVYGPSTEPLLLLEEIEKENKRFQEDREFSAGTVYPETNKTKNKGVYSSTNE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD LTTDSTPKKTQAHTQQNMVEKFSQLPFKVEAKPCTSNCRINTFRTVPIEQKHEVWGSNQN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 LTTDSTPKKTQAHTQQNMVEKFSQLPFKVEAKPCTSNCRINTFRTVPIEQKHEVWGSNQN
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD YICNTDPETDGLSPSVASPSPKEVNFVSRGASSHQPRVPLFPENGLHQQPEPLLPNNMKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 YICNTDPETDGLSPSVASPSPKEVNFVSRGASSHQPRVPLFPENGLHQQPEPLLPNNMKS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD ACEKRLGCCSSPHSKPNCSTLSPPMPLPQLLPSVTDARSAGPSDHIDSSVTGVQRFRDTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 ACEKRLGCCSSPHSKPNCSTLSPPMPLPQLLPSVTDARSAGPSDHIDSSVTGVQRFRDTL
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD KIPYKLELKNEPGRTDLKHIVIDGSNVAITHGLKKFFSCRGIAIAVEYFWKLGNRNITVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 KIPYKLELKNEPGRTDLKHIVIDGSNVAITHGLKKFFSCRGIAIAVEYFWKLGNRNITVF
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD VPQWRTRRDPNVTEQHFLTQLQELGILSLTPARMVFGERIASHDDRFLLHLADKTGGIIV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 VPQWRTRRDPNVTEQHFLTQLQELGILSLTPARMVFGERIASHDDRFLLHLADKTGGIIV
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD TNDNFREFVNESVSWREIITKRLLQYTFVGDIFMVPDDPLGRSGPRLEEFLQKEVCLRDM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 TNDNFREFVNESVSWREIITKRLLQYTFVGDIFMVPDDPLGRSGPRLEEFLQKEVCLRDM
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD QPLLSALPNVGMFDPSFRVPGTQAASTSHQPPTRIQGAPSSHWLPQQPHFPLLPALPSLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 QPLLSALPNVGMFDPSFRVPGTQAASTSHQPPTRIQGAPSSHWLPQQPHFPLLPALPSLQ
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890
pF1KSD QNLPMPAQRSSAETNELREALLKIFPDSEQRLKIDQILVAHPYMKDLNALSAMVLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 QNLPMPAQRSSAETNELREALLKIFPDSEQRLKIDQILVAHPYMKDLNALSAMVLD
850 860 870 880 890
>>CCDS32058.1 KHNYN gene_id:23351|Hs108|chr14 (678 aa)
initn: 1130 init1: 798 opt: 799 Z-score: 703.8 bits: 141.0 E(32554): 7e-33
Smith-Waterman score: 920; 30.2% identity (53.1% similar) in 895 aa overlap (8-895:12-674)
10 20 30 40 50
pF1KSD MAARAVLDEFTAPAEKAELLEQSRGRIEGLFGVSLAVLGALGAEEPLPARIWLQLC
:.:.. :: . ..... ..: .:.:...:: ..: .:::::
CCDS32 MPTWGARPASPDRFAVSAEAENKVREQQPHVERIFSVGVSVLPKDCPDNP---HIWLQLE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KSD GAQEAEHSAKEYIKGICEPELEERECYPKDMHCIFVGAESLFLKSLIQDTCADLCILDIG
: .: ::::.::.: :::... :: .::::.::...:: : .: : : :
CCDS32 GPKENASRAKEYLKGLCSPELQDEIHYPPKLHCIFLGAQGFFLDCLAWSTSAHLVPRAPG
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD LLGIRGSAEAVVMARSHIQQFV-KLFENKENLPSS--QKESEVKREFKQFVEAHADNYTM
: : : .:: :::.:...... .: . ::: .. . : :.:. .... .: .
CCDS32 SLMISGLTEAFVMAQSRVEELAERLSWDFTPGPSSGASQCTGVLRDFSALLQSPGDAHRE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD DLLILPTSLKKELLTLTQGEENLFETGDDEVIEMRDSQQTEFTQNAATGLNISRDETVLQ
:: :: ....:::.:.: : ... . : .. .
CCDS32 ALLQLPLAVQEELLSLVQ----------------------EASSGQGPG-------ALAS
180 190 200
240 250 260 270 280 290
pF1KSD EEARNKAGTPVSELTKQMDTVLSSSPDVLFDPINGLTPDEEALSNERICQKRRFSDSEER
:.:..: .:... :: : :. :
CCDS32 WEGRSSA-------------LLGAQ-----------------------CQGVRAPPSDGR
210 220 230
300 310 320 330 340 350
pF1KSD HTKKQFSLENVQEGEILHDAKTLAGNVIADLSDSSADSENLSPDIKETTEEMEYNILVNF
. ::.. . : : . :.. : .... .. .: .::..
CCDS32 E-----SLDTGSMGP--GDCRGARGDTYAVEKEGGKQG---GP------REMDW------
240 250 260 270
360 370 380 390 400 410
pF1KSD FKTMGYSQEIVEKVIKVYGPSTEPLLLLEEIEKENKRFQEDREFSAGTVYPETNKTKNKG
:. .:. :. : .:: . . :.
CCDS32 ----GW-KEL---------PGEEAW---------------EREVA---LRPQ--------
280 290
420 430 440 450 460 470
pF1KSD VYSSTNELTTDSTPKKTQAHTQQNMVEKFSQLPFKVEAKPCTSNCRINTFRTVPIEQKHE
:.. . .:.: : .: ..... .. : :. .: : :
CCDS32 ---SVGGGARESAPLKGKALGKEEIA--LGGGGFCVHREP-------------P--GAH-
300 310 320
480 490 500 510 520 530
pF1KSD VWGSNQNYICNTDPETDGLSPSVASPSPKEVNFVSRGASSHQPRVPLFPENGLHQQPEPL
:: :. .. : : .. . : .: :::: : :::
CCDS32 --GS-----CHRAAQSRGAS---------LLQRLHNGNAS-PPRVPSPP-----PAPEP-
330 340 350 360
540 550 560 570 580
pF1KSD LPNNMKSACEKRLGCCSSPHSKPNCSTLSPPMPLPQLLPSVTDARSAGPS----DHIDSS
: . : : : :.. . . . . : ::. ::. . .
CCDS32 -PWH----CGDR-GDCGDRGDVGDRGDKQQGM-----------ARGRGPQWKRGARGGNL
370 380 390 400
590 600 610 620 630 640
pF1KSD VTGVQRFRDTLKIPYKLELKNEPGRTDLKHIVIDGSNVAITHGLKKFFSCRGIAIAVEYF
:::.:::...:. :. : : : ::. ::.::::::::::..:::...:: :::::::.::
CCDS32 VTGTQRFKEALQDPFTLCLANVPGQPDLRHIVIDGSNVAMVHGLQHYFSSRGIAIAVQYF
410 420 430 440 450 460
650 660 670 680 690 700
pF1KSD WKLGNRNITVFVPQWRTRRDPNVTEQHFLTQLQELGILSLTPARMVFGERIASHDDRFLL
: :.:.::::::::: .: .: :.::: .: :..:::::.:.. :.::.:.::::..
CCDS32 WDRGHRDITVFVPQWRFSKDAKVRESHFLQKLYSLSLLSLTPSRVMDGKRISSYDDRFMV
470 480 490 500 510 520
710 720 730 740 750 760
pF1KSD HLADKTGGIIVTNDNFREFVNESVSWREIITKRLLQYTFVGDIFMVPDDPLGRSGPRLEE
.::..: ::::.::.::....:: .: :: .::: .::::..::::::::::.:: :.:
CCDS32 KLAEETDGIIVSNDQFRDLAEESEKWMAIIRERLLPFTFVGNLFMVPDDPLGRNGPTLDE
530 540 550 560 570 580
770 780 790 800 810 820
pF1KSD FLQKEVCLRDMQPLLSALPNVGMFDPSFRVPGTQAASTSHQPPTRIQGAPSSHWLPQQPH
::.: :. .:.. : :.: . . : :: .
CCDS32 FLKK--------------------------PARTQGSSKAQHPSR---GFAEHGKQQQGR
590 600 610 620
830 840 850 860 870 880
pF1KSD FPLLPALPSLQQNLPMPAQRSSAETNELREALLKIFPDSEQRLKIDQILVAHPYMKDLNA
... . :.. ::..::. ::..: ... :.: :: .:: .:.:
CCDS32 ----------EEEKGSGGIRKTRETERLRRQLLEVFWGQDH--KVDFILQREPYCRDINQ
630 640 650 660
890
pF1KSD LSAMVLD
:: .:
CCDS32 LSEALLSLNF
670
>>CCDS45090.1 NYNRIN gene_id:57523|Hs108|chr14 (1898 aa)
initn: 944 init1: 511 opt: 684 Z-score: 596.5 bits: 122.7 E(32554): 6.6e-27
Smith-Waterman score: 684; 49.5% identity (84.0% similar) in 194 aa overlap (582-773:755-946)
560 570 580 590 600
pF1KSD PHSKPNCSTLSPPMPLPQLLPSVTDARSAGPSDHI--DSSVTGVQRFRDTLKIPYKLELK
: :. .:.::. ::....:. :..:.:.
CCDS45 PQSSGTLALSSKHQFQMEGLLGAWEGAPRQPPRHLQANSTVTSFQRYHEALNTPFELNLS
730 740 750 760 770 780
610 620 630 640 650 660
pF1KSD NEPGRTDLKHIVIDGSNVAITHGLKKFFSCRGIAIAVEYFWKLGNRNITVFVPQWRTRRD
.::: :...:::::.::..:::..::::::::.::..::. :.:..::::: :. ...
CCDS45 GEPGNQGLRRVVIDGSSVAMVHGLQHFFSCRGIAMAVQFFWNRGHREVTVFVPTWQLKKN
790 800 810 820 830 840
670 680 690 700 710 720
pF1KSD PNVTEQHFLTQLQELGILSLTPARMVFGERIASHDDRFLLHLADKTGGIIVTNDNFREFV
: :.::::.:. : .::.::... :..:...: ::...::..: ::::::.... ..
CCDS45 RRVRESHFLTKLHSLKMLSITPSQLENGKKITTYDYRFMVKLAEETDGIIVTNEQIHILM
850 860 870 880 890 900
730 740 750 760 770 780
pF1KSD NESVSWREIITKRLLQYTFVGDIFMVPDDPLGRSGPRLEEFLQKEVCLRDMQPLLSALPN
: : . .. ::: .::.:..::::::::::.:: :.:::.:
CCDS45 NSS--KKLMVKDRLLPFTFAGNLFMVPDDPLGRDGPTLDEFLKKPNRLDTDIGNFLKVWK
910 920 930 940 950 960
790 800 810 820 830 840
pF1KSD VGMFDPSFRVPGTQAASTSHQPPTRIQGAPSSHWLPQQPHFPLLPALPSLQQNLPMPAQR
CCDS45 TLPPSSASVTELSDDADSGPLESLPNMEEVREEKEERQDEEQRQGQGTQKAAEEDDLDSS
970 980 990 1000 1010 1020
>>CCDS44727.1 ZC3H12C gene_id:85463|Hs108|chr11 (883 aa)
initn: 552 init1: 343 opt: 593 Z-score: 522.2 bits: 107.8 E(32554): 9.1e-23
Smith-Waterman score: 593; 46.0% identity (77.5% similar) in 200 aa overlap (583-774:208-405)
560 570 580 590 600
pF1KSD HSKPNCSTLSPPMPLPQLLPSVTDARSAGPSDHIDSSVTGVQRFRDTLKI-----PYKLE
.:. :... . : ..:. :.. :
CCDS44 QVQLVLNKLGTDALINDILGELVKLGNKSEADQTVSTINTITRETSSLESQRSESPMQ-E
180 190 200 210 220 230
610 620 630 640 650 660
pF1KSD LKNEPGRTDLKHIVIDGSNVAITHGLKKFFSCRGIAIAVEYFWKLGNRNITVFVPQWR--
. .. :. .:. :::::::::..:: :. :::::: .::..: . :...:::::: ::
CCDS44 IVTDDGE-NLRPIVIDGSNVAMSHGNKEVFSCRGIKLAVDWFLERGHKDITVFVPAWRKE
240 250 260 270 280 290
670 680 690 700 710 720
pF1KSD -TRRDPNVTEQHFLTQLQELGILSLTPARMVFGERIASHDDRFLLHLADKTGGIIVTNDN
.: : .:.:..: .:.. :: .::.: : :.:.. .::::...:: .. ::::.:::
CCDS44 QSRPDALITDQEILRKLEKEKILVFTPSRRVQGRRVVCYDDRFIVKLAFESDGIIVSNDN
300 310 320 330 340 350
730 740 750 760 770 780
pF1KSD FREFVNESVSWREIITKRLLQYTFVGDIFMVPDDPLGRSGPRLEEFLQKEVCLRDMQPLL
.:...::. :...: .:::.:.::.: :: ::::::: :: :..::.:.
CCDS44 YRDLANEKPEWKKFIDERLLMYSFVNDKFMPPDDPLGRHGPSLDNFLRKKPIVPEHKKQP
360 370 380 390 400 410
790 800 810 820 830 840
pF1KSD SALPNVGMFDPSFRVPGTQAASTSHQPPTRIQGAPSSHWLPQQPHFPLLPALPSLQQNLP
CCDS44 CPYGKKCTYGHKCKYYHPERGSQPQRSVADELRAMSRNTAAKTANEGGLVKSNSVPCSTK
420 430 440 450 460 470
>>CCDS48131.2 ZC3H12B gene_id:340554|Hs108|chrX (836 aa)
initn: 586 init1: 331 opt: 581 Z-score: 512.1 bits: 105.9 E(32554): 3.3e-22
Smith-Waterman score: 589; 36.9% identity (64.4% similar) in 320 aa overlap (473-773:37-349)
450 460 470 480 490 500
pF1KSD SQLPFKVEAKPCTSNCRINTFRTVPIEQKHEVWGSNQNYICNTDPETDGLSPSVASPS--
: : :.. .::: .:. : : :
CCDS48 VETPKMEKSASKEEKQQPKQDSTEQGNADSEEWMSSE-----SDPEQISLKSSDNSKSCQ
10 20 30 40 50 60
510 520 530 540
pF1KSD PKEVNFVSRGASSHQPRV---------PLFPENGLHQQPEPLLPNNMKSACE--KRLGCC
:.. .. .. :. : : : .... :. . : ..... : .::
CCDS48 PRDGQLKKKEMHSKPHRQLCRSPCLDRPSFSQSSILQDGKLDLEKEYQAKMEFALKLGY-
70 80 90 100 110 120
550 560 570 580 590 600
pF1KSD SSPHSKPNCSTLSPPMPLPQLLPSVTDARSAGPSD-HIDSSVTGVQRFRDTLKIPY-KLE
. . . . :.: . ..: .. . : :. .:. :. : : .. .: .:
CCDS48 AEEQIQSVLNKLGPESLINDVLAELVRLGNKGDSEGQINLSLL-VPRGPSSREIASPELS
130 140 150 160 170
610 620 630 640 650 660
pF1KSD LKNEPGRTD-LKHIVIDGSNVAITHGLKKFFSCRGIAIAVEYFWKLGNRNITVFVPQWR-
:..: .: :. .::::::::..:: :. :::::: .::..: :...:::::: ::
CCDS48 LEDEIDNSDNLRPVVIDGSNVAMSHGNKEEFSCRGIQLAVDWFLDKGHKDITVFVPAWRK
180 190 200 210 220 230
670 680 690 700 710 720
pF1KSD --TRRDPNVTEQHFLTQLQELGILSLTPARMVFGERIASHDDRFLLHLADKTGGIIVTND
.: : .:.: .: .:.. :: .::.: : :.:.. .::::...:: . ::::.::
CCDS48 EQSRPDAPITDQDILRKLEKEKILVFTPSRRVQGRRVVCYDDRFIVKLAFDSDGIIVSND
240 250 260 270 280 290
730 740 750 760 770 780
pF1KSD NFREFVNESVSWREIITKRLLQYTFVGDIFMVPDDPLGRSGPRLEEFLQKEVCLRDMQPL
:.:.. :. :...: .:::.:.::.: :: ::::::: :: ::.::.:
CCDS48 NYRDLQVEKPEWKKFIEERLLMYSFVNDKFMPPDDPLGRHGPSLENFLRKRPIVPEHKKQ
300 310 320 330 340 350
790 800 810 820 830 840
pF1KSD LSALPNVGMFDPSFRVPGTQAASTSHQPPTRIQGAPSSHWLPQQPHFPLLPALPSLQQNL
CCDS48 PCPYGKKCTYGHKCKYYHPERANQPQRSVADELRISAKLSTVKTMSEGTLAKCGTGMSSA
360 370 380 390 400 410
>>CCDS417.1 ZC3H12A gene_id:80149|Hs108|chr1 (599 aa)
initn: 618 init1: 363 opt: 577 Z-score: 510.8 bits: 105.1 E(32554): 3.9e-22
Smith-Waterman score: 577; 50.9% identity (80.4% similar) in 163 aa overlap (615-774:133-295)
590 600 610 620 630 640
pF1KSD HIDSSVTGVQRFRDTLKIPYKLELKNEPGRTDLKHIVIDGSNVAITHGLKKFFSCRGIAI
.::. .::::::::..:: :. :::::: .
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