Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA0588
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0588, 932 aa
1>>>pF1KSDA0588 932 - 932 aa - 932 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0300+/-0.000451; mu= 17.4949+/- 0.028
mean_var=87.8642+/-18.084, 0's: 0 Z-trim(111.2): 415 B-trim: 22 in 2/50
Lambda= 0.136826
statistics sampled from 19293 (19723) to 19293 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.589), E-opt: 0.2 (0.231), width: 16
Scan time: 13.610
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_003726 (OMIM: 603059) protocadherin gamma-A12 i ( 932) 6061 1207.5 0
NP_115265 (OMIM: 603059) protocadherin gamma-A12 i ( 820) 5219 1041.3 0
NP_061736 (OMIM: 606297) protocadherin gamma-A10 i ( 936) 4691 937.1 0
NP_061737 (OMIM: 606298) protocadherin gamma-A11 i ( 935) 4624 923.9 0
NP_061739 (OMIM: 606290) protocadherin gamma-A3 is ( 932) 4551 909.4 0
NP_061742 (OMIM: 606293) protocadherin gamma-A6 is ( 932) 4526 904.5 0
NP_061743 (OMIM: 606294) protocadherin gamma-A7 is ( 932) 4523 903.9 0
NP_061740 (OMIM: 606291) protocadherin gamma-A4 is ( 962) 4509 901.2 0
NP_061741 (OMIM: 606292) protocadherin gamma-A5 is ( 931) 4497 898.8 0
NP_114477 (OMIM: 606295) protocadherin gamma-A8 is ( 932) 4496 898.6 0
NP_061735 (OMIM: 606288) protocadherin gamma-A1 is ( 931) 4474 894.2 0
NP_061744 (OMIM: 606296) protocadherin gamma-A9 is ( 932) 4471 893.6 0
NP_061738 (OMIM: 606289) protocadherin gamma-A2 is ( 932) 4401 879.8 0
NP_114479 (OMIM: 606297) protocadherin gamma-A10 i ( 850) 3850 771.0 0
NP_114480 (OMIM: 606298) protocadherin gamma-A11 i ( 837) 3797 760.6 0
NP_114400 (OMIM: 606290) protocadherin gamma-A3 is ( 829) 3709 743.2 1.2e-213
NP_114476 (OMIM: 606294) protocadherin gamma-A7 is ( 817) 3689 739.2 1.9e-212
NP_114475 (OMIM: 606293) protocadherin gamma-A6 is ( 818) 3689 739.3 1.9e-212
NP_114442 (OMIM: 606291) protocadherin gamma-A4 is ( 851) 3677 736.9 1e-211
NP_054723 (OMIM: 606295) protocadherin gamma-A8 is ( 820) 3668 735.1 3.4e-211
NP_114443 (OMIM: 606292) protocadherin gamma-A5 is ( 813) 3661 733.7 8.7e-211
NP_114382 (OMIM: 606288) protocadherin gamma-A1 is ( 823) 3641 729.8 1.4e-209
NP_114478 (OMIM: 606296) protocadherin gamma-A9 is ( 828) 3630 727.6 6.1e-209
NP_114398 (OMIM: 606289) protocadherin gamma-A2 is ( 823) 3576 716.9 9.9e-206
NP_061750 (OMIM: 606304) protocadherin gamma-B7 is ( 929) 3189 640.6 1.1e-182
NP_061746 (OMIM: 606300) protocadherin gamma-B2 is ( 931) 3135 629.9 1.8e-179
NP_061747 (OMIM: 606301) protocadherin gamma-B3 is ( 929) 3095 622.0 4.2e-177
NP_061749 (OMIM: 606303) protocadherin gamma-B6 is ( 930) 3091 621.2 7.2e-177
NP_061748 (OMIM: 606302) protocadherin gamma-B5 is ( 923) 3088 620.6 1.1e-176
NP_003727 (OMIM: 603058) protocadherin gamma-B4 is ( 923) 3086 620.2 1.4e-176
NP_061745 (OMIM: 606299) protocadherin gamma-B1 is ( 927) 3086 620.3 1.4e-176
NP_002579 (OMIM: 603627) protocadherin gamma-C3 is ( 934) 2859 575.4 4.4e-163
NP_114481 (OMIM: 606298) protocadherin gamma-A11 i ( 750) 2848 573.2 1.7e-162
NP_061751 (OMIM: 606305) protocadherin gamma-C4 is ( 938) 2690 542.1 4.9e-153
NP_115272 (OMIM: 606304) protocadherin gamma-B7 is ( 808) 2374 479.7 2.6e-134
NP_115267 (OMIM: 606300) protocadherin gamma-B2 is ( 811) 2303 465.7 4.3e-130
NP_115269 (OMIM: 603058) protocadherin gamma-B4 is ( 803) 2294 463.9 1.5e-129
NP_115270 (OMIM: 606302) protocadherin gamma-B5 is ( 818) 2283 461.7 6.7e-129
NP_115271 (OMIM: 606303) protocadherin gamma-B6 is ( 820) 2281 461.3 8.8e-129
NP_115268 (OMIM: 606301) protocadherin gamma-B3 is ( 814) 2273 459.7 2.6e-128
NP_115266 (OMIM: 606299) protocadherin gamma-B1 is ( 810) 2265 458.2 7.8e-128
NP_061992 (OMIM: 606335) protocadherin beta-9 prec ( 797) 2174 440.2 2e-122
NP_061758 (OMIM: 606341) protocadherin beta-15 pre ( 787) 2168 439.0 4.4e-122
NP_056484 (OMIM: 606331) protocadherin beta-5 prec ( 795) 2161 437.6 1.2e-121
NP_061753 (OMIM: 606336) protocadherin beta-10 pre ( 800) 2156 436.6 2.3e-121
NP_114089 (OMIM: 606321) protocadherin alpha-C2 is ( 884) 2140 433.5 2.2e-120
NP_061722 (OMIM: 606321) protocadherin alpha-C2 is (1007) 2140 433.5 2.5e-120
NP_061993 (OMIM: 606334) protocadherin beta-8 prec ( 801) 2119 429.3 3.7e-119
NP_066008 (OMIM: 606345) protocadherin beta-16 pre ( 776) 2097 425.0 7.2e-118
NP_061760 (OMIM: 606329) protocadherin beta-3 prec ( 796) 2095 424.6 9.7e-118
>>NP_003726 (OMIM: 603059) protocadherin gamma-A12 isofo (932 aa)
initn: 6061 init1: 6061 opt: 6061 Z-score: 6464.8 bits: 1207.5 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6061; 100.0% identity (100.0% similar) in 932 aa overlap (1-932:1-932)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MIPARLHRDYKGLVLLGILLGTLWETGCTQIRYSVPEELEKGSRVGDISRDLGLEPRELA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MIPARLHRDYKGLVLLGILLGTLWETGCTQIRYSVPEELEKGSRVGDISRDLGLEPRELA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD ERGVRIIPRGRTQLFALNPRSGSLVTAGRIDREELCMGAIKCQLNLDILMEDKVKIYGVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 ERGVRIIPRGRTQLFALNPRSGSLVTAGRIDREELCMGAIKCQLNLDILMEDKVKIYGVE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD VEVRDINDNAPYFRESELEIKISENAATEMRFPLPHAWDPDIGKNSLQSYELSPNTHFSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 VEVRDINDNAPYFRESELEIKISENAATEMRFPLPHAWDPDIGKNSLQSYELSPNTHFSL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD IVQNGADGSKYPELVLKRALDREEKAAHHLVLTASDGGDPVRTGTARIRVMVLDANDNAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 IVQNGADGSKYPELVLKRALDREEKAAHHLVLTASDGGDPVRTGTARIRVMVLDANDNAP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD AFAQPEYRASVPENLALGTQLLVVNATDPDEGVNAEVRYSFRYVDDKAAQVFKLDCNSGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 AFAQPEYRASVPENLALGTQLLVVNATDPDEGVNAEVRYSFRYVDDKAAQVFKLDCNSGT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD ISTIGELDHEESGFYQMEVQAMDNAGYSARAKVLITVLDVNDNAPEVVLTSLASSVPENS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 ISTIGELDHEESGFYQMEVQAMDNAGYSARAKVLITVLDVNDNAPEVVLTSLASSVPENS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD PRGTLIALLNVNDQDSEENGQVICFIQGNLPFKLEKSYGNYYSLVTDIVLDREQVPSYNI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 PRGTLIALLNVNDQDSEENGQVICFIQGNLPFKLEKSYGNYYSLVTDIVLDREQVPSYNI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD TVTATDRGTPPLSTETHISLNVADTNDNPPVFPQASYSAYIPENNPRGVSLVSVTAHDPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 TVTATDRGTPPLSTETHISLNVADTNDNPPVFPQASYSAYIPENNPRGVSLVSVTAHDPD
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD CEENAQITYSLAENTIQGASLSSYVSINSDTGVLYALSSFDYEQFRDLQVKVMARDNGHP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 CEENAQITYSLAENTIQGASLSSYVSINSDTGVLYALSSFDYEQFRDLQVKVMARDNGHP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD PLSSNVSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDRDSGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 PLSSNVSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDRDSGQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD NAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 NAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD TVAVADSIPQVLADLGSLESPANSETSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVILLLALRLRRWH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 TVAVADSIPQVLADLGSLESPANSETSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVILLLALRLRRWH
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD KSRLLQASGGGLTGAPASHFVGVDGVQAFLQTYSHEVSLTTDSRKSHLIFPQPNYADMLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 KSRLLQASGGGLTGAPASHFVGVDGVQAFLQTYSHEVSLTTDSRKSHLIFPQPNYADMLV
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD SQESFEKSEPLLLSGDSVFSKDSHGLIEQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 SQESFEKSEPLLLSGDSVFSKDSHGLIEQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPN
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD NQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 NQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGS
850 860 870 880 890 900
910 920 930
pF1KSD NATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 NATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
910 920 930
>>NP_115265 (OMIM: 603059) protocadherin gamma-A12 isofo (820 aa)
initn: 5219 init1: 5219 opt: 5219 Z-score: 5567.4 bits: 1041.3 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5219; 100.0% identity (100.0% similar) in 808 aa overlap (1-808:1-808)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MIPARLHRDYKGLVLLGILLGTLWETGCTQIRYSVPEELEKGSRVGDISRDLGLEPRELA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 MIPARLHRDYKGLVLLGILLGTLWETGCTQIRYSVPEELEKGSRVGDISRDLGLEPRELA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD ERGVRIIPRGRTQLFALNPRSGSLVTAGRIDREELCMGAIKCQLNLDILMEDKVKIYGVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 ERGVRIIPRGRTQLFALNPRSGSLVTAGRIDREELCMGAIKCQLNLDILMEDKVKIYGVE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD VEVRDINDNAPYFRESELEIKISENAATEMRFPLPHAWDPDIGKNSLQSYELSPNTHFSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 VEVRDINDNAPYFRESELEIKISENAATEMRFPLPHAWDPDIGKNSLQSYELSPNTHFSL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD IVQNGADGSKYPELVLKRALDREEKAAHHLVLTASDGGDPVRTGTARIRVMVLDANDNAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 IVQNGADGSKYPELVLKRALDREEKAAHHLVLTASDGGDPVRTGTARIRVMVLDANDNAP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD AFAQPEYRASVPENLALGTQLLVVNATDPDEGVNAEVRYSFRYVDDKAAQVFKLDCNSGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 AFAQPEYRASVPENLALGTQLLVVNATDPDEGVNAEVRYSFRYVDDKAAQVFKLDCNSGT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD ISTIGELDHEESGFYQMEVQAMDNAGYSARAKVLITVLDVNDNAPEVVLTSLASSVPENS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 ISTIGELDHEESGFYQMEVQAMDNAGYSARAKVLITVLDVNDNAPEVVLTSLASSVPENS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD PRGTLIALLNVNDQDSEENGQVICFIQGNLPFKLEKSYGNYYSLVTDIVLDREQVPSYNI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 PRGTLIALLNVNDQDSEENGQVICFIQGNLPFKLEKSYGNYYSLVTDIVLDREQVPSYNI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD TVTATDRGTPPLSTETHISLNVADTNDNPPVFPQASYSAYIPENNPRGVSLVSVTAHDPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 TVTATDRGTPPLSTETHISLNVADTNDNPPVFPQASYSAYIPENNPRGVSLVSVTAHDPD
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD CEENAQITYSLAENTIQGASLSSYVSINSDTGVLYALSSFDYEQFRDLQVKVMARDNGHP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 CEENAQITYSLAENTIQGASLSSYVSINSDTGVLYALSSFDYEQFRDLQVKVMARDNGHP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD PLSSNVSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDRDSGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 PLSSNVSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDRDSGQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD NAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 NAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD TVAVADSIPQVLADLGSLESPANSETSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVILLLALRLRRWH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 TVAVADSIPQVLADLGSLESPANSETSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVILLLALRLRRWH
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD KSRLLQASGGGLTGAPASHFVGVDGVQAFLQTYSHEVSLTTDSRKSHLIFPQPNYADMLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 KSRLLQASGGGLTGAPASHFVGVDGVQAFLQTYSHEVSLTTDSRKSHLIFPQPNYADMLV
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD SQESFEKSEPLLLSGDSVFSKDSHGLIEQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPN
::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 SQESFEKSEPLLLSGDSVFSKDSHGLIEVSLYQIFFLFFF
790 800 810 820
>>NP_061736 (OMIM: 606297) protocadherin gamma-A10 isofo (936 aa)
initn: 4691 init1: 4691 opt: 4691 Z-score: 5003.2 bits: 937.1 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4691; 77.8% identity (89.7% similar) in 925 aa overlap (8-932:12-936)
10 20 30 40 50
pF1KSD MIPARLHRDYKGLVLLGILLGTLWETGCTQIRYSVPEELEKGSRVGDISRDLGLEP
.: .::::: ...: ::.: :: ::.:::::::: ::.::.:::: :
NP_061 MAAQRNRSKESKDCSGLVLLCLFFGIPWEAGARQISYSIPEELEKGSFVGNISKDLGLAP
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD RELAERGVRIIPRGRTQLFALNPRSGSLVTAGRIDREELCMGAIKCQLNLDILMEDKVKI
::::::::::. :::::::.::::::::.::::::::::: . .: ....::.::.::.
NP_061 RELAERGVRIVSRGRTQLFSLNPRSGSLITAGRIDREELCAQSARCVVSFNILVEDRVKL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KSD YGVEVEVRDINDNAPYFRESELEIKISENAATEMRFPLPHAWDPDIGKNSLQSYELSPNT
.:.:.:: ::::::: :. .:..::.::.:. ::::::.: :::.: ::::::.::::
NP_061 FGIEIEVTDINDNAPKFQAENLDVKINENVAAGMRFPLPEAIDPDVGVNSLQSYQLSPNK
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KSD HFSLIVQNGADGSKYPELVLKRALDREEKAAHHLVLTASDGGDPVRTGTARIRVMVLDAN
:::: ::. :.: :::::::...:::::.: :::::::::::::.:.::. . : :.:::
NP_061 HFSLRVQSRANGVKYPELVLEHSLDREEEAIHHLVLTASDGGDPLRSGTVLVSVTVFDAN
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KSD DNAPAFAQPEYRASVPENLALGTQLLVVNATDPDEGVNAEVRYSFRYVDDKAAQVFKLDC
::::.:. ::::.:::::: .:::::.:.::: :::.:.:: :::: . : :.:.
NP_061 DNAPVFTLPEYRVSVPENLPVGTQLLTVTATDRDEGANGEVTYSFRKLPDTQLLKFQLNK
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KSD NSGTISTIGELDHEESGFYQMEVQAMDNAGYSARAKVLITVLDVNDNAPEVVLTSLASSV
.: :. .::.::.:::..:.:: :...: : ::::::: :::::.::...::: : :
NP_061 YTGEIKISENLDYEETGFYEIEIQAEDGGAYLATAKVLITVEDVNDNSPELTITSLFSPV
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KSD PENSPRGTLIALLNVNDQDSEENGQVICFIQGNLPFKLEKSYGNYYSLVTDIVLDREQVP
:.:: ::..:::::.: :::.:::: : : . :::::::: .:: :: .::::::
NP_061 TEDSPLGTVVALLNVHDLDSEQNGQVTCSILAYLPFKLEKSIDSYYRLVIHRALDREQVS
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KSD SYNITVTATDRGTPPLSTETHISLNVADTNDNPPVFPQASYSAYIPENNPRGVSLVSVTA
:::::::::: :.::::::.:. :.::: :::::.: :.:: .:::::: ::.:. ::::
NP_061 SYNITVTATDGGSPPLSTEAHFMLQVADINDNPPTFSQVSYFTYIPENNARGASIFSVTA
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KSD HDPDCEENAQITYSLAENTIQGASLSSYVSINSDTGVLYALSSFDYEQFRDLQVKVMARD
::: .::::: :::::.::::. ::::.:::::::::::: :::::::..::..: : :
NP_061 LDPDSKENAQIIYSLAEDTIQGVPLSSYISINSDTGVLYALRSFDYEQFHELQMQVTASD
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KSD NGHPPLSSNVSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDR
.: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SGDPPLSSNVSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDR
550 560 570 580 590 600
600 610 620 630 640 650
pF1KSD DSGQNAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSA
:::::::::::::::::::::.:: :::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 DSGQNAWLSYRLLKASEPGLFAVGEHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSA
610 620 630 640 650 660
660 670 680 690 700 710
pF1KSD TVTLTVAVADSIPQVLADLGSLESPANSETSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVILLLALRL
:::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::.::: ::
NP_061 TVTLTVAVADSIPQVLADLGSFESPANSETSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVIVLLAHRL
670 680 690 700 710 720
720 730 740 750 760 770
pF1KSD RRWHKSRLLQASGGGLTGAPASHFVGVDGVQAFLQTYSHEVSLTTDSRKSHLIFPQPNYA
::::::::::::::::::. .:::::::::.:::::::::::::.:::::::::::::::
NP_061 RRWHKSRLLQASGGGLTGVSGSHFVGVDGVRAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFPQPNYA
730 740 750 760 770 780
780 790 800 810 820 830
pF1KSD DMLVSQESFEKSEPLLLSGDSVFSKDSHGLIEQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTG
: :.:::: ::..:: : :: : .. :. ::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 DTLISQESCEKNDPLSLLDDSKFPIEDTPLVPQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTG
790 800 810 820 830 840
840 850 860 870 880 890
pF1KSD TWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 TWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVY
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900 910 920 930
pF1KSD IPGSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 IPGSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
910 920 930
>>NP_061737 (OMIM: 606298) protocadherin gamma-A11 isofo (935 aa)
initn: 4622 init1: 3792 opt: 4624 Z-score: 4931.8 bits: 923.9 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4624; 76.1% identity (90.6% similar) in 932 aa overlap (5-932:4-935)
10 20 30 40 50
pF1KSD MIPARLHRDYKG--LVLLGILLGTLWETGCTQIRYSVPEELEKGSRVGDISRDLGLEPRE
::.: .. :.:: :.:::: ::::::::: :::: ::.::.::::::::
NP_061 MANRLQRGDRSRLLLLLCIFLGTLRGFRARQIRYSVPEETEKGSFVGNISKDLGLEPRE
10 20 30 40 50
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pF1KSD LAERGVRIIPRGRTQLFALNPRSGSLVTAGRIDREELCMGAIKCQLNLDILMEDKVKIYG
::.:::::. ::.:::::.:::::::.::::::::::: . .: ::...:.:: .::::
NP_061 LAKRGVRIVSRGKTQLFAVNPRSGSLITAGRIDREELCETVSSCFLNMELLVEDTLKIYG
60 70 80 90 100 110
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pF1KSD VEVEVRDINDNAPYFRESELEIKISENAATEMRFPLPHAWDPDIGKNSLQSYELSPNTHF
::::. ::::::: :.:.:.:::.::.: :: ::.: :::.: ::::::.::::..:
NP_061 VEVEIIDINDNAPSFQEDEVEIKVSEHAIPGARFALPNARDPDVGVNSLQSYQLSPNNYF
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD SLIVQNGADGSKYPELVLKRALDREEKAAHHLVLTASDGGDPVRTGTARIRVMVLDANDN
:: ... .::.: :::::. .::::..::: :.::: :::::.: :.. :::.:::.::.
NP_061 SLQLRGRTDGAKNPELVLEGSLDREKEAAHLLLLTALDGGDPIRKGAVPIRVVVLDVNDH
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD APAFAQPEYRASVPENLALGTQLLVVNATDPDEGVNAEVRYSFRYVDDKAAQVFKLDCNS
: :.: ::.:::::.. ::..:.:::::::::.:.:: :::: ...::...:.:: ..
NP_061 IPMFTQSVYRVSVPENISSGTRVLMVNATDPDEGINGEVMYSFRNMESKASEIFQLDSQT
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD GTISTIGELDHEESGFYQMEVQAMDNAGYSARAKVLITVLDVNDNAPEVVLTSLASSVPE
: ... : :: :. ::.::.:..:..: . . .::::.::::::::...:: .:. :
NP_061 GEVQVRGSLDFEKYRFYEMEIQGQDGGGLFTTTTMLITVVDVNDNAPEITITSSINSILE
300 310 320 330 340 350
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pF1KSD NSPRGTLIALLNVNDQDSEENGQVICFIQGNLPFKLEKSYGNYYSLVTDIVLDREQVPSY
::: ::.::::::.:::: ::::: ::: ..:::::::.:::::.:.:. ::::: : ::
NP_061 NSPPGTVIALLNVQDQDSGENGQVSCFIPNHLPFKLEKTYGNYYKLITSRVLDRELVQSY
360 370 380 390 400 410
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pF1KSD NITVTATDRGTPPLSTETHISLNVADTNDNPPVFPQASYSAYIPENNPRGVSLVSVTAHD
:::.::::.:.::::.:::. ::::: ::::::::..:::::::::::::.:. :::: :
NP_061 NITLTATDQGSPPLSAETHVWLNVADDNDNPPVFPHSSYSAYIPENNPRGASIFSVTALD
420 430 440 450 460 470
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pF1KSD PDCEENAQITYSLAENTIQGASLSSYVSINSDTGVLYALSSFDYEQFRDLQVKVMARDNG
:: ..:: .::::...:.::. :::::::::.:::::::.::::::::::...:.:::.:
NP_061 PDSKQNALVTYSLTDDTVQGVPLSSYVSINSNTGVLYALQSFDYEQFRDLELRVIARDSG
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pF1KSD HPPLSSNVSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDRDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::
NP_061 DPPLSSNVSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDKDS
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pF1KSD GQNAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATV
:::::::::::::::::::.:: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 GQNAWLSYRLLKASEPGLFAVGEHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATV
600 610 620 630 640 650
660 670 680 690 700 710
pF1KSD TLTVAVADSIPQVLADLGSLESPANSETSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVILLLALRLRR
:::::::::::.:::::::::: ::::::::.::::::::::::.::.:::.:::::: :
NP_061 TLTVAVADSIPEVLADLGSLESLANSETSDLSLYLVVAVAAVSCIFLVFVIVLLALRLWR
660 670 680 690 700 710
720 730 740 750 760 770
pF1KSD WHKSRLLQASGGGLTGAPASHFVGVDGVQAFLQTYSHEVSLTTDSRKSHLIFPQPNYADM
:::::::::: :::.: :.:::::::::::::::::::::: .::.:::::::::::.:
NP_061 WHKSRLLQASEGGLAGMPTSHFVGVDGVQAFLQTYSHEVSLIADSQKSHLIFPQPNYGDT
720 730 740 750 760 770
780 790 800 810 820 830
pF1KSD LVSQESFEKSEPLLLSGDS--VFSKDSHGLIEQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTG
:.:::: :::::::.. :: ...: . .::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 LISQESCEKSEPLLIAEDSAIILGKCDPTSNQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTG
780 790 800 810 820 830
840 850 860 870 880 890
pF1KSD TWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 TWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVY
840 850 860 870 880 890
900 910 920 930
pF1KSD IPGSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 IPGSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
900 910 920 930
>>NP_061739 (OMIM: 606290) protocadherin gamma-A3 isofor (932 aa)
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Smith-Waterman score: 4551; 75.4% identity (89.4% similar) in 925 aa overlap (8-932:8-932)
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pF1KSD MIPARLHRDYKGLVLLGILLGTLWETGCTQIRYSVPEELEKGSRVGDISRDLGLEPRELA
:. .::.:: ::::: ::: :::::: :::.::: ::.:. ::::::::::
NP_061 MTNCLSFRNGRGLALLCALLGTLCETGSGQIRYSVSEELDKGSFVGNIANDLGLEPRELA
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pF1KSD ERGVRIIPRGRTQLFALNPRSGSLVTAGRIDREELCMGAIKCQLNLDILMEDKVKIYGVE
::::::. :::::::.:::.::::::: :::::::: : ....::.:::.::. ::
NP_061 ERGVRIVSRGRTQLFSLNPQSGSLVTAERIDREELCAQIPLCLVKINILVEDKLKIFEVE
70 80 90 100 110 120
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pF1KSD VEVRDINDNAPYFRESELEIKISENAATEMRFPLPHAWDPDIGKNSLQSYELSPNTHFSL
.:..::::::: : ::::::.: .. :::. :.:::.: ::::.:.:::: .:::
NP_061 IEIKDINDNAPNFPTEELEIKIGELTVPGTRFPIKTAFDPDVGINSLQNYKLSPNDYFSL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD IVQNGADGSKYPELVLKRALDREEKAAHHLVLTASDGGDPVRTGTARIRVMVLDANDNAP
:.. ..:.:::::::.::::::.: :.:::.::::::::..:. .:.:.::::::: :
NP_061 AVNSVSEGAKYPELVLERALDREKKEIHQLVLVASDGGDPVHSGNLHIQVIVLDANDNPP
190 200 210 220 230 240
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pF1KSD AFAQPEYRASVPENLALGTQLLVVNATDPDEGVNAEVRYSFRYVDDKAAQVFKLDCNSGT
:.:::::.:: ::. .::.::.::::::::: ::.: : . . : :..:.:. ::
NP_061 MFTQPEYRVSVWENVPVGTRLLTVNATDPDEGFNAQVSYILDKMPGKIAEIFHLNSVSGE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD ISTIGELDHEESGFYQMEVQAMDNAGYSARAKVLITVLDVNDNAPEVVLTSLASSVPENS
.: . ::.:.. ::.....:.:. : .:::.:.:::::::::::...:::.:::::..
NP_061 VSILKSLDYEDAMFYEIKIEAQDGPGLLSRAKILVTVLDVNDNAPEITITSLTSSVPEEG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD PRGTLIALLNVNDQDSEENGQVICFIQGNLPFKLEKSYGNYYSLVTDIVLDREQVPSYNI
: :::..:.:.:: .:::: :. :::::::::: .:: ::: :::::. :::
NP_061 TVGREIALIDVHDRDSGQNGQVEVFVLGNLPFKLEKSIDQYYRLVTATSLDREQISEYNI
370 380 390 400 410 420
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pF1KSD TVTATDRGTPPLSTETHISLNVADTNDNPPVFPQASYSAYIPENNPRGVSLVSVTAHDPD
.. :.: :.:::::::::.:.: : :::::.::. :::::::::::::.:. ::::.:::
NP_061 SLRASDGGSPPLSTETHITLHVIDINDNPPTFPHLSYSAYIPENNPRGASIFSVTAQDPD
430 440 450 460 470 480
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pF1KSD CEENAQITYSLAENTIQGASLSSYVSINSDTGVLYALSSFDYEQFRDLQVKVMARDNGHP
..::.:::.:.:.:.::: :::.:::::.::::::: ::::::::::.. : : :.:.:
NP_061 SNNNARITYALTEDTLQGAPLSSFVSINSNTGVLYALRSFDYEQFRDLKLLVTASDSGNP
490 500 510 520 530 540
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pF1KSD PLSSNVSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDRDSGQ
::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 PLSSNVSLNLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDRDSGQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD NAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 NAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
610 620 630 640 650 660
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pF1KSD TVAVADSIPQVLADLGSLESPANSETSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVILLLALRLRRWH
:::::: ::..:::::::: :. . :::::::::::::::::::::::.::::::::::
NP_061 TVAVADRIPDILADLGSLEPSAKPNDSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVIVLLALRLRRWH
670 680 690 700 710 720
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pF1KSD KSRLLQASGGGLTGAPASHFVGVDGVQAFLQTYSHEVSLTTDSRKSHLIFPQPNYADMLV
::::::::::::...:.:::::.:::.:::::::::::::.:::::::::::::::: :.
NP_061 KSRLLQASGGGLASTPGSHFVGADGVRAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADTLI
730 740 750 760 770 780
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pF1KSD SQESFEKSEPLLLSGDSVFSKDSHGLIEQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPN
:::: :::::::.. : . : . .:..::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SQESCEKSEPLLITQDLLEMKGDSNLLQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPN
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD NQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 NQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGS
850 860 870 880 890 900
910 920 930
pF1KSD NATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 NATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
910 920 930
>>NP_061742 (OMIM: 606293) protocadherin gamma-A6 isofor (932 aa)
initn: 4512 init1: 4512 opt: 4526 Z-score: 4827.2 bits: 904.5 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4526; 74.9% identity (88.8% similar) in 932 aa overlap (1-932:1-932)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MIPARLHRDYKGLVLLGILLGTLWETGCTQIRYSVPEELEKGSRVGDISRDLGLEPRELA
: : . : . . ::: :::::: .. .:::::.:::::::: ::.: .::::::.:::
NP_061 MAPPQRHPQRSEQVLLLTLLGTLWGAAAAQIRYSIPEELEKGSFVGNIVKDLGLEPQELA
10 20 30 40 50 60
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pF1KSD ERGVRIIPRGRTQLFALNPRSGSLVTAGRIDREELCMGAIKCQLNLDILMEDKVKIYGVE
:.::::. ::: :::.::::.::::::::::::::: . .: ....::.:::...: ::
NP_061 EHGVRIVSRGRMQLFSLNPRNGSLVTAGRIDREELCAQSPRCLVSFNILVEDKLNLYPVE
70 80 90 100 110 120
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pF1KSD VEVRDINDNAPYFRESELEIKISENAATEMRFPLPHAWDPDIGKNSLQSYELSPNTHFSL
::. :::::.: : . :::.:: :::: :::: ...:::.: ::::...:: :.:::.
NP_061 VEIVDINDNTPRFLKEELEVKILENAAPSSRFPLMEVYDPDVGMNSLQGFKLSGNSHFSV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD IVQNGADGSKYPELVLKRALDREEKAAHHLVLTASDGGDPVRTGTARIRVMVLDANDNAP
::. : : :::::::. .:::: .:...::::: :::::::...:.: : :::.:::.:
NP_061 DVQSEAHGPKYPELVLEGTLDREGEAVYRLVLTAMDGGDPVRSSVAQILVTVLDVNDNTP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD AFAQPEYRASVPENLALGTQLLVVNATDPDEGVNAEVRYSFRYVDDKAAQVFKLDCNSGT
:.:: ::.:::::: .:: .:.:.::: ::::..:: ::: . .: .:.: :. .:
NP_061 MFTQPVYRVSVPENLPVGTPVLAVTATDQDEGVHGEVTYSFVKITEKISQIFCLNVLTGE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD ISTIGELDHEESGFYQMEVQAMDNAGYSARAKVLITVLDVNDNAPEVVLTSLASSVPENS
::: ..::.:.:.::.. :.: :. : :::::::.::::::.::::.:: . .. :..
NP_061 ISTSANLDYEDSSFYELGVEARDGPGLRDRAKVLITILDVNDNVPEVVVTSGSRTIAESA
310 320 330 340 350 360
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pF1KSD PRGTLIALLNVNDQDSEENGQVICFIQGNLPFKLEKSYGNYYSLVTDIVLDREQVPSYNI
: ::.:::..: :.:: :: : : : .:::.:::: :::: :::. .::::.: :::
NP_061 PPGTVIALFQVFDRDSGLNGLVTCSIPRSLPFELEKSVGNYYRLVTNAALDREEVFLYNI
370 380 390 400 410 420
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pF1KSD TVTATDRGTPPLSTETHISLNVADTNDNPPVFPQASYSAYIPENNPRGVSLVSVTAHDPD
::::::.::::::::: :::::::::::::.::..:::.:. ::::::.:. ::.: :::
NP_061 TVTATDKGTPPLSTETIISLNVADTNDNPPTFPHSSYSVYVLENNPRGASIFSVNALDPD
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD CEENAQITYSLAENTIQGASLSSYVSINSDTGVLYALSSFDYEQFRDLQVKVMARDNGHP
..:::..:::::.:.::: ::::::::::::.:::: ::::::.::::. : : :.: :
NP_061 VDQNAQVSYSLAEDTLQGAPLSSYVSINSDTGILYALRSFDYEQLRDLQLWVTASDSGDP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD PLSSNVSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDRDSGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 PLSSNVSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDRDSGQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD NAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 NAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD TVAVADSIPQVLADLGSLESPANSETSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVILLLALRLRRWH
:::::: ::..:::::::: :. . :::::::::::::::::::::::.::::::.:::
NP_061 TVAVADRIPDILADLGSLEPSAKPNDSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVIVLLALRLQRWH
670 680 690 700 710 720
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pF1KSD KSRLLQASGGGLTGAPASHFVGVDGVQAFLQTYSHEVSLTTDSRKSHLIFPQPNYADMLV
::::::::::::.. :.::::::.::.:::::::::::::.:::::::::::::::: :.
NP_061 KSRLLQASGGGLASMPGSHFVGVEGVRAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADTLI
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD SQESFEKSEPLLLSGDSVFSKDSHGLIEQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPN
.:::.:::::::.. : . .: ..::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 NQESYEKSEPLLITQDLLETKGEPRQLQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPN
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pF1KSD NQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 NQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGS
850 860 870 880 890 900
910 920 930
pF1KSD NATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 NATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
910 920 930
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10 20 30 40 50 60
pF1KSD MIPARLHRDYKGLVLLGILLGTLWETGCTQIRYSVPEELEKGSRVGDISRDLGLEPRELA
::.:. ::.::::: ::. .: ::: :: .::: ::::..::::::::::
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pF1KSD ERGVRIIPRGRTQLFALNPRSGSLVTAGRIDREELCMGAIKCQLNLDILMEDKVKIYGVE
::::::: :::::::::: :::::::::::::::.: . .: .:..::::::...: ..
NP_061 ERGVRIISRGRTQLFALNQRSGSLVTAGRIDREEICAQSARCLVNFNILMEDKMNLYPID
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::. :::::.: : :...:: ::.: .:::: .: :::.: ::::::.:::: ::::
NP_061 VEIIDINDNVPRFLTEEINVKIMENTAPGVRFPLSEAGDPDVGTNSLQSYQLSPNRHFSL
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pF1KSD IVQNGADGSKYPELVLKRALDREEKAAHHLVLTASDGGDPVRTGTARIRVMVLDANDNAP
::.: : .:::::::.:.:::::. .::::::::::::: :..::.:.: :.:.::..:
NP_061 AVQSGDDETKYPELVLERVLDREEERVHHLVLTASDGGDPPRSSTAHIQVTVVDVNDHTP
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pF1KSD AFAQPEYRASVPENLALGTQLLVVNATDPDEGVNAEVRYSFRYVDDKAAQVFKLDCNSGT
.:. :.:...::::. .::.::.:.: : :::::.:: :::: . : ..:.:. .:
NP_061 VFSLPQYQVTVPENVPVGTRLLTVHAIDLDEGVNGEVTYSFRKITPKLPKMFHLNSLTGE
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pF1KSD ISTIGELDHEESGFYQMEVQAMDNAGYSARAKVLITVLDVNDNAPEVVLTSLASSVPENS
:::. ::.::..::.:::::.:. : ..:::::::::::::::::..:::.::.::..
NP_061 ISTLEGLDYEETAFYEMEVQAQDGPGSLTKAKVLITVLDVNDNAPEVTMTSLSSSIPEDT
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pF1KSD PRGTLIALLNVNDQDSEENGQVICFIQGNLPFKLEKSYGNYYSLVTDIVLDREQVPSYNI
: ::.:::. ..:.:: .::.: : : ::::::::: ::: ::: :::: . :::
NP_061 PLGTVIALFYLQDRDSGKNGEVTCTIPENLPFKLEKSIDNYYRLVTTKNLDRETLSLYNI
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pF1KSD TVTATDRGTPPLSTETHISLNVADTNDNPPVFPQASYSAYIPENNPRGVSLVSVTAHDPD
:. ::: :::::: :::: ..:::::::::.::..:::.:: ::::::.:. :::.: :
NP_061 TLKATDGGTPPLSRETHIFMQVADTNDNPPTFPHSSYSVYIAENNPRGASIFLVTAQDHD
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pF1KSD CEENAQITYSLAENTIQGASLSSYVSINSDTGVLYALSSFDYEQFRDLQVKVMARDNGHP
:.::::::::::.::::: .::::::::::::::::.::::::.:.::..: :.:.: :
NP_061 SEDNAQITYSLAEDTIQGAPVSSYVSINSDTGVLYALQSFDYEQLRELQLRVTAHDSGDP
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pF1KSD PLSSNVSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDRDSGQ
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NP_061 PLSSNMSLSLFVLDQNDNPPEILYPALPTDGSTGMELAPRSAEPGYLVTKVVAVDKDSGQ
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pF1KSD NAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
:::::: ::::::::::.:::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 NAWLSYLLLKASEPGLFAVGLYTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
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pF1KSD TVAVADSIPQVLADLGSLESPANSETSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVILLLALRLRRWH
:::::::::.::::::::: . . :::::::::::.:::::::::..::::::::::
NP_061 TVAVADSIPEVLADLGSLEPSDGPYNYDLTLYLVVAVATVSCVFLAFVLVLLALRLRRWH
670 680 690 700 710 720
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pF1KSD KSRLLQASGGGLTGAPASHFVGVDGVQAFLQTYSHEVSLTTDSRKSHLIFPQPNYADMLV
:::::::: :::...:.:::::.:::::::::::::::::.::::::::::::::.:::.
NP_061 KSRLLQASEGGLANVPTSHFVGMDGVQAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFPQPNYVDMLI
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pF1KSD SQESFEKSEPLLLSGDSVFSKDSHGLIEQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPN
:::: ::.. :: : : :.. :.::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SQESCEKNDSLLTSVDFQECKENLPSIQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPN
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pF1KSD NQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 NQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGS
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910 920 930
pF1KSD NATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 NATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
910 920 930
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pF1KSD MIPARLHRDYKGLVLLGILLGTLWETGCTQIR
::: :. :. . .:::.: : ::
NP_061 DPEDPGAPQASTEGKPKHRRLRGGVVMAAPPAR--PDHTRLLQICLLLGVLVEIRAEQIL
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40 50 60 70 80 90
pF1KSD YSVPEELEKGSRVGDISRDLGLEPRELAERGVRIIPRGRTQLFALNPRSGSLVTAGRIDR
::: :: :.:: ::.:..:::: :::::::::::. ::::::::::::::.:::::::::
NP_061 YSVFEEQEEGSVVGNIAKDLGLAPRELAERGVRIVSRGRTQLFALNPRSGTLVTAGRIDR
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pF1KSD EELCMGAIKCQLNLDILMEDKVKIYGVEVEVRDINDNAPYFRESELEIKISENAATEMRF
:::: . .: ::.::.:: ::: ::::. :.::: : : . :::..:: ::
NP_061 EELCDRSPNCVTNLEILLEDTVKILRVEVEIIDVNDNPPSFGTEQREIKVAENENPGARF
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160 170 180 190 200 210
pF1KSD PLPHAWDPDIGKNSLQSYELSPNTHFSLIVQNGADGSKYPELVLKRALDREEKAAHHLVL
:::.:.:::.: ::::.:.:. : .::: ::.:::: :::::::.:::::::.:.:::::
NP_061 PLPEAFDPDVGVNSLQGYQLNSNGYFSLDVQSGADGIKYPELVLERALDREEEAVHHLVL
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pF1KSD TASDGGDPVRTGTARIRVMVLDANDNAPAFAQPEYRASVPENLALGTQLLVVNATDPDEG
:: :::::::.::::: ....:.:::::.:.::::..:: ::. .::.::.:.:::::::
NP_061 TAFDGGDPVRSGTARILIILVDTNDNAPVFTQPEYHVSVRENVPVGTRLLTVKATDPDEG
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pF1KSD VNAEVRYSFRYVDDKAAQVFKLDCNSGTISTIGELDHEESGFYQMEVQAMDNAGYSARAK
.:..: :::: : :: .:.:.:. :: :. .: ::.:.::::...:.: :. : ::.:
NP_061 ANGDVTYSFRKVRDKISQLFQLNSLSGDITILGGLDYEDSGFYDIDVEAHDGPGLRARSK
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pF1KSD VLITVLDVNDNAPEVVLTSLASSVPENSPRGTLIALLNVNDQDSEENGQVICFIQGNLPF
::.:::: :::::::..:::.::: :.: ::.:::.::.:.:: :: : : : ::::
NP_061 VLVTVLDENDNAPEVTVTSLTSSVQESSSPGTVIALFNVHDSDSGGNGLVTCSIPDNLPF
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pF1KSD KLEKSYGNYYSLVTDIVLDREQVPSYNITVTATDRGTPPLSTETHISLNVADTNDNPPVF
:::.::::: :.: .::::.: :::::::::.:::::::::::::.: : :::::.:
NP_061 TLEKTYGNYYRLLTHRTLDREEVSEYNITVTATDQGTPPLSTETHISLQVMDINDNPPTF
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pF1KSD PQASYSAYIPENNPRGVSLVSVTAHDPDCEENAQITYSLAENTIQGASLSSYVSINSDTG
:.::::::::::::::.:..:.::.::: .::.:::::::.:.::: :::::::::.::
NP_061 PHASYSAYIPENNPRGASILSMTAQDPDSGDNARITYSLAEDTFQGAPLSSYVSINSNTG
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pF1KSD VLYALSSFDYEQFRDLQVKVMARDNGHPPLSSNVSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGS
.:::: :::::::::::. . : :.: :::::::::::::::::::.::::::..:::::
NP_061 ILYALCSFDYEQFRDLQLLMTASDSGDPPLSSNVSLSLFVLDQNDNVPEILYPTFPTDGS
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pF1KSD TGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDRDSGQNAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARAL
::::::::::. :::::::::::::::::::::: :::.::::::.::::::::::::::
NP_061 TGVELAPRSADSGYLVTKVVAVDRDSGQNAWLSYSLLKSSEPGLFAVGLHTGEVRTARAL
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pF1KSD LDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTLTVAVADSIPQVLADLGSLESPANSETSDLTLY
:::::::: :::.::::::::::::::::::::::::.::::::::. :. . : ::::
NP_061 LDRDALKQRLVVVVQDHGQPPLSATVTLTVAVADSIPDVLADLGSLKPSADPDDSGLTLY
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pF1KSD LVVAVAAVSCVFLAFVILLLALRLRRWHKSRLLQASGGGLTGAPASHFVGVDGVQAFLQT
:::::::::::::::: .::::.::::::::::.: :. :.:.:::::::::::.:::::
NP_061 LVVAVAAVSCVFLAFVTVLLALKLRRWHKSRLLHAEGSRLAGVPASHFVGVDGVRAFLQT
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pF1KSD YSHEVSLTTDSRKSHLIFPQPNYADMLVSQESFEKSEPLLLSGDSVFSKDSHGLIEQAPP
::::::::.::::::::: ::.::: :.:.:: :::::::.. : . .: . .: .::::
NP_061 YSHEVSLTADSRKSHLIFSQPSYADTLISRESCEKSEPLLITQDLLETKGDPNL-QQAPP
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pF1KSD NTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 NTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGT
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pF1KSD MGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 MGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
910 920 930 940 950 960
>>NP_061741 (OMIM: 606292) protocadherin gamma-A5 isofor (931 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KSD MIPARLHRDYKGLVLLGILLGTLWETGCTQIRYSVPEELEKGSRVGDISRDLGLEPRELA
:.: .::::: : : :::::.::::.::: ::.:..::::::.:::
NP_061 MASPPRGWGCGELLLPFMLLGTLCEPGSGQIRYSMPEELDKGSFVGNIAKDLGLEPQELA
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pF1KSD ERGVRIIPRGRTQLFALNPRSGSLVTAGRIDREELCMGAIKCQLNLDILMEDKVKIYGVE
::::::. :::::::::::::::::::::::::::: . : .:..::.:.:.::::::
NP_061 ERGVRIVSRGRTQLFALNPRSGSLVTAGRIDREELCAQSPLCVVNFNILVENKMKIYGVE
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pF1KSD VEVRDINDNAPYFRESELEIKISENAATEMRFPLPHAWDPDIGKNSLQSYELSPNTHFSL
::. ::::: : ::. ::..:..::::. :. :: : : :.: :::.::.:: : ::::
NP_061 VEIIDINDNFPRFRDEELKVKVNENAAAGTRLVLPFARDADVGVNSLRSYQLSSNLHFSL
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pF1KSD IVQNGADGSKYPELVLKRALDREEKAAHHLVLTASDGGDPVRTGTARIRVMVLDANDNAP
: .:.::.:::::::.. ::::....: :.::: :::::: .::..::: :::::::::
NP_061 DVVSGTDGQKYPELVLEQPLDREKETVHDLLLTALDGGDPVLSGTTHIRVTVLDANDNAP
190 200 210 220 230 240
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pF1KSD AFAQPEYRASVPENLALGTQLLVVNATDPDEGVNAEVRYSFRYVDDKAAQVFKLDCNSGT
:. :: .:::::. .::.::...:::::::.:... :::: ..: ...:.:: : :
NP_061 LFTPSEYSVSVPENIPVGTRLLMLTATDPDEGINGKLTYSFRNEEEKISETFQLDSNLGE
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pF1KSD ISTIGELDHEESGFYQMEVQAMDNAGYSARAKVLITVLDVNDNAPEVVLTSLASSVPENS
:::. ::.::: :: ::: :.:... : :::..:: :::::::::.::::.::. :.
NP_061 ISTLQSLDYEESRFYLMEVVAQDGGALVASAKVVVTVQDVNDNAPEVILTSLTSSISEDC
310 320 330 340 350 360
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pF1KSD PRGTLIALLNVNDQDSEENGQVICFIQGNLPFKLEKSYGNYYSLVTDIVLDREQVPSYNI
::.:::..:.: :: :::.. : : ::::::::: ::: :.: ::::.. .:::
NP_061 LPGTVIALFSVHDGDSGENGEIACSIPRNLPFKLEKSVDNYYHLLTTRDLDREETSDYNI
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pF1KSD TVTATDRGTPPLSTETHISLNVADTNDNPPVFPQASYSAYIPENNPRGVSLVSVTAHDPD
:.:. :.::::::::.:: :.:::.::::: :::::::. . ::::::::. ::::::::
NP_061 TLTVMDHGTPPLSTESHIPLKVADVNDNPPNFPQASYSTSVTENNPRGVSIFSVTAHDPD
430 440 450 460 470 480
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pF1KSD CEENAQITYSLAENTIQGASLSSYVSINSDTGVLYALSSFDYEQFRDLQVKVMARDNGHP
.::..::::::.:.::: ::::::::::::::::: ::::::.::::. : : :.:.:
NP_061 SGDNARVTYSLAEDTFQGAPLSSYVSINSDTGVLYALRSFDYEQLRDLQLWVTASDSGNP
490 500 510 520 530 540
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pF1KSD PLSSNVSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDRDSGQ
::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::
NP_061 PLSSNVSLSLFVLDQNDNTPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDKDSGQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD NAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
:::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::: :.
NP_061 NAWLSYRLLKASEPGLFAVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVEDHGQPPLSATFTV
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD TVAVADSIPQVLADLGSLESPANSETSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVILLLALRLRRWH
:::::: ::..::::::...: . : ::::::::::::::::::::::.::.:::::::
NP_061 TVAVADRIPDILADLGSIKTPIDPEDLDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVIVLLVLRLRRWH
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD KSRLLQASGGGLTGAPASHFVGVDGVQAFLQTYSHEVSLTTDSRKSHLIFPQPNYADMLV
::::::: :. :.:.:::::::::::.:::::::::::::.:::::::::::::::: :.
NP_061 KSRLLQAEGSRLAGVPASHFVGVDGVRAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADTLL
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD SQESFEKSEPLLLSGDSVFSKDSHGLIEQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPN
:.:: :::::::.: :.: .. . ..::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SEESCEKSEPLLMS-DKVDANKEERRVQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPN
790 800 810 820 830
850 860 870 880 890 900
pF1KSD NQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 NQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGS
840 850 860 870 880 890
910 920 930
pF1KSD NATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 NATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
900 910 920 930
>>NP_114477 (OMIM: 606295) protocadherin gamma-A8 isofor (932 aa)
initn: 4491 init1: 4491 opt: 4496 Z-score: 4795.2 bits: 898.6 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4496; 75.0% identity (88.6% similar) in 928 aa overlap (8-932:7-932)
10 20 30 40 50
pF1KSD MIPARLHRDYKG-LVLLGILLGTLWETGCTQIRYSVPEELEKGSRVGDISRDLGLEPREL
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NP_114 SLPGTVIAFLSVHDQDSGKNGQVVCYTRDNLPFKLEKSIGNYYRLVTRKYLDRENVSIYN
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NP_114 ISQEGCEKNDSLLTSVDFHEYKNEADHG--QQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGT
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932 residues in 1 query sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]