Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0535
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0535, 1047 aa
1>>>pF1KSDA0535 1047 - 1047 aa - 1047 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.7501+/-0.000975; mu= 10.6335+/- 0.058
mean_var=130.1954+/-26.081, 0's: 0 Z-trim(108.0): 17 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.112403
statistics sampled from 9896 (9907) to 9896 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.651), E-opt: 0.2 (0.304), width: 16
Scan time: 4.380
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS6149.1 ST18 gene_id:9705|Hs108|chr8 (1047) 7032 1152.5 0
CCDS13558.1 MYT1 gene_id:4661|Hs108|chr20 (1121) 2484 415.0 4.6e-115
CCDS46222.1 MYT1L gene_id:23040|Hs108|chr2 (1184) 2249 376.9 1.4e-103
CCDS77378.1 MYT1L gene_id:23040|Hs108|chr2 (1186) 2220 372.2 3.7e-102
>>CCDS6149.1 ST18 gene_id:9705|Hs108|chr8 (1047 aa)
initn: 7032 init1: 7032 opt: 7032 Z-score: 6165.6 bits: 1152.5 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 7032; 100.0% identity (100.0% similar) in 1047 aa overlap (1-1047:1-1047)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MDAEAEDKTLRTRSKGTEVPMDSLIQELSVAYDCSMAKKRTAEDQALGVPVNKRKSLLMK
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CCDS61 MDAEAEDKTLRTRSKGTEVPMDSLIQELSVAYDCSMAKKRTAEDQALGVPVNKRKSLLMK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD PRHYSPKADCQEDRSDRTEDDGPLETHGHSTAEEIMIKPMDESLLSTAQENSSRKEDRYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 PRHYSPKADCQEDRSDRTEDDGPLETHGHSTAEEIMIKPMDESLLSTAQENSSRKEDRYS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD CYQELMVKSLMHLGKFEKNVSVQTVSENLNDSGIQSLKAESDEADECFLIHSDDGRDKID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 CYQELMVKSLMHLGKFEKNVSVQTVSENLNDSGIQSLKAESDEADECFLIHSDDGRDKID
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD DSQPPFCSSDDNESNSESAENGWDSGSNFSEETKPPRVPKYVLTDHKKDLLEVPEIKTEG
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CCDS61 DSQPPFCSSDDNESNSESAENGWDSGSNFSEETKPPRVPKYVLTDHKKDLLEVPEIKTEG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD DKFIPCENRCDSETERKDPQNALAEPLDGNAQPSFPDVEEEDSESLAVMTEEGSDLEKAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 DKFIPCENRCDSETERKDPQNALAEPLDGNAQPSFPDVEEEDSESLAVMTEEGSDLEKAK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD GNLSLLEQAIALQAERGCVFHNTYKELDRFLLEHLAGERRQTKVIDMGGRQIFNNKHSPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 GNLSLLEQAIALQAERGCVFHNTYKELDRFLLEHLAGERRQTKVIDMGGRQIFNNKHSPR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD PEKRETKCPIPGCDGTGHVTGLYPHHRSLSGCPHKVRVPLEILAMHENVLKCPTPGCTGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 PEKRETKCPIPGCDGTGHVTGLYPHHRSLSGCPHKVRVPLEILAMHENVLKCPTPGCTGR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD GHVNSNRNTHRSLSGCPIAAAEKLAMSQDKNQLDSPQTGQCPDQAHRTSLVKQIEFNFPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 GHVNSNRNTHRSLSGCPIAAAEKLAMSQDKNQLDSPQTGQCPDQAHRTSLVKQIEFNFPS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD QAITSPRATVSKEQEKFGKVPFDYASFDAQVFGKRPLIQTVQGRKTPPFPESKHFPNPVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 QAITSPRATVSKEQEKFGKVPFDYASFDAQVFGKRPLIQTVQGRKTPPFPESKHFPNPVK
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD FPNRLPSAGAHTQSPGRASSYSYGQCSEDTHIAAAAAILNLSTRCREATDILSNKPQSLH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 FPNRLPSAGAHTQSPGRASSYSYGQCSEDTHIAAAAAILNLSTRCREATDILSNKPQSLH
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD AKGAEIEVDENGTLDLSMKKNRILDKSAPLTSSNTSIPTPSSSPFKTSSILVNAAFYQAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 AKGAEIEVDENGTLDLSMKKNRILDKSAPLTSSNTSIPTPSSSPFKTSSILVNAAFYQAL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD CDQEGWDTPINYSKTHGKTEEEKEKDPVSSLENLEEKKFPGEASIPSPKPKLHARDLKKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 CDQEGWDTPINYSKTHGKTEEEKEKDPVSSLENLEEKKFPGEASIPSPKPKLHARDLKKE
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD LITCPTPGCDGSGHVTGNYASHRSVSGCPLADKTLKSLMAANSQELKCPTPGCDGSGHVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 LITCPTPGCDGSGHVTGNYASHRSVSGCPLADKTLKSLMAANSQELKCPTPGCDGSGHVT
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD GNYASHRSLSGCPRARKGGVKMTPTKEEKEDPELKCPVIGCDGQGHISGKYTSHRTASGC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 GNYASHRSLSGCPRARKGGVKMTPTKEEKEDPELKCPVIGCDGQGHISGKYTSHRTASGC
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD PLAAKRQKENPLNGASLSWKLNKQELPHCPLPGCNGLGHVNNVFVTHRSLSGCPLNAQVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 PLAAKRQKENPLNGASLSWKLNKQELPHCPLPGCNGLGHVNNVFVTHRSLSGCPLNAQVI
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KSD KKGKVSEELMTIKLKATGGIESDEEIRHLDEEIKELNESNLKIEADMMKLQTQITSMESN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 KKGKVSEELMTIKLKATGGIESDEEIRHLDEEIKELNESNLKIEADMMKLQTQITSMESN
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD LKTIEEENKLIEQNNESLLKELAGLSQALISSLADIQLPQMGPISEQNFEAYVNTLTDMY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 LKTIEEENKLIEQNNESLLKELAGLSQALISSLADIQLPQMGPISEQNFEAYVNTLTDMY
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040
pF1KSD SNLERDYSPECKALLESIKQAVKGIHV
:::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 SNLERDYSPECKALLESIKQAVKGIHV
1030 1040
>>CCDS13558.1 MYT1 gene_id:4661|Hs108|chr20 (1121 aa)
initn: 1953 init1: 699 opt: 2484 Z-score: 2179.2 bits: 415.0 E(32554): 4.6e-115
Smith-Waterman score: 2816; 46.7% identity (68.9% similar) in 1114 aa overlap (34-1047:54-1121)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD EAEDKTLRTRSKGTEVPMDSLIQELSVAYDCSMAKKRTAEDQALGVPVNKRKSLLMK---
: .:::: : :.:::: .:
CCDS13 TAADLSCPTPGCTGSGHVRGKYSRHRSLQSCPLAKKRKLEGAEAEHLVSKRKSHPLKLAL
30 40 50 60 70 80
70 80 90 100 110
pF1KSD PRHYSPKADCQEDR-----SDRTEDDGPLE-THGHSTAEEIMIKPMDESLLSTAQEN---
. :. .: .:: : :..: :: ......... . .: : .. .
CCDS13 DEGYGVDSDGSEDTEVKDASVSDESEGTLEGAEAETSGQDEIHRPETAEGRSPVKSHFGS
90 100 110 120 130 140
120 130 140 150 160
pF1KSD ------SSRKEDRYSCYQELMVKSLMHLGKFEKNVSVQTVSENLNDS-----GIQSLKAE
.. .. :: :: ... ::..::.. ... :. :.:... :: : :
CCDS13 NPIGSATASSKGSYSSYQGIIATSLLNLGQIAEETLVE---EDLGQAAKPGPGIVHLLQE
150 160 170 180 190 200
170 180 190 200
pF1KSD ------SDEADECFLIHSDDGRDKID---DSQPPFC--SSDDNESNSESAENGWDSGSNF
:.:... ..:. .:... .. . . .: : .: :. : ..: : .
CCDS13 AAEGAASEEGEKGLFIQPEDAEEVVEVTTERSQDLCPQSLEDAASEESSKQKGILSHEEE
210 220 230 240 250 260
210 220 230 240 250 260
pF1KSD SEETKPPRVPKYVLTDHKKDLLEVPEIKTEGDKFIPCENRCDSETE-------RKDPQNA
.:: . . . ..... : : . : .. :.. . : : ..: ...
CCDS13 DEEEEEEEEEEEEDEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEAAPDVIFQEDTSHT
270 280 290 300 310 320
270 280 290 300
pF1KSD LAE--P-LDGNAQPSFP-------------DVEEEDSESLAVMTEEGSDLEK--AKGNLS
:. : : : .:: : : ..::..: . . :... ..:::.
CCDS13 SAQKAPELRGPESPS-PKPEYSVIVEVRSDDDKDEDTHSRKSTVTDESEMQDMMTRGNLG
330 340 350 360 370
310 320 330 340 350 360
pF1KSD LLEQAIALQAERG---CVFHNTYKELDRFLLEHLAGER-RQTKVIDMGGRQIFNNKHSPR
::::::::.::. : : ... : :: . .: .: :. . .: :
CCDS13 LLEQAIALKAEQVRTVCEPGCPPAEQSQLGL----GEPGKAAKPLDTV-RKSYYSKDPSR
380 390 400 410 420 430
370 380 390 400 410 420
pF1KSD PEKRETKCPIPGCDGTGHVTGLYPHHRSLSGCPHKVRVPLEILAMHENVLKCPTPGCTGR
:::: ::: ::::::::::::::::::::::::: :.: :::::::::::::::::::.
CCDS13 AEKREIKCPTPGCDGTGHVTGLYPHHRSLSGCPHKDRIPPEILAMHENVLKCPTPGCTGQ
440 450 460 470 480 490
430 440 450 460 470
pF1KSD GHVNSNRNTHRSLSGCPIAAAEKLAMSQDKNQLDSPQTGQCPDQAHRTS--------LVK
::::::::::::::::::::::::: :..:.: ::::. :... .: .::
CCDS13 GHVNSNRNTHRSLSGCPIAAAEKLAKSHEKQQ---PQTGD-PSKSSSNSDRILRPMCFVK
500 510 520 530 540 550
480 490 500 510 520
pF1KSD QIEFN-----FPSQAITSPRATVSKEQEKFGKVPFDYASFDAQVFGKRPLIQTVQGRKTP
:.: :. : ..:::...:: :::.:: :::::::::::::: : .: .:
CCDS13 QLEVPPYGSYRPNVAPATPRANLAKELEKFSKVTFDYASFDAQVFGKRMLAPKIQTSETS
560 570 580 590 600 610
530 540 550 560 570 580
pF1KSD PFPESKHFPNPVKFPNRLPSAGAHTQSPGRASSYSYGQCSEDTHIAAAAAILNLSTRCRE
: : : . ..:.: .: .:.::.: :::::::: :
CCDS13 P----KAF-----------------------QCFDYSQDAEAAHMAATA-ILNLSTRCWE
620 630 640
590 600 610 620 630 640
pF1KSD ATDILSNKPQSLHAKGAEIEVDENGTLDLSMKKNRILDKSAPLTSSNTSIP---TPSSSP
. ::.:::.: .:...:::::::::::::.:.: ... : .:: .: : .:..:
CCDS13 MPENLSTKPQDLPSKSVDIEVDENGTLDLSMHKHRKRENAFPSSSSCSSSPGVKSPDASQ
650 660 670 680 690 700
650 660 670 680
pF1KSD FKTS-----SILVNAAFYQALCDQEGWDTPINYSK-THGKTEEEKEKDPVS---------
..: : ... :: :. :: :..:.: .. . :: .:..:..
CCDS13 RHSSTSAPSSSMTSPQSSQA-SRQDEWDRPLDYTKPSRLREEEPEESEPAAHSFASSEAD
710 720 730 740 750 760
690 700 710 720 730 740
pF1KSD ----SLENLEEKKFPGEASIPSPKPKLHARDLKKELITCPTPGCDGSGHVTGNYASHRSV
: ::.::.:.:::... . : :. ..:.::::.::::::::::::.:::::::::.
CCDS13 DQEVSEENFEERKYPGEVTLTNFKLKFLSKDIKKELLTCPTPGCDGSGHITGNYASHRSL
770 780 790 800 810 820
750 760 770 780 790 800
pF1KSD SGCPLADKTLKSLMAANSQELKCPTPGCDGSGHVTGNYASHRSLSGCPRARKGGVKMTPT
::::::::.:..::::.: .:::::::::::::.::::::::::::::::.:.:::..::
CCDS13 SGCPLADKSLRNLMAAHSADLKCPTPGCDGSGHITGNYASHRSLSGCPRAKKSGVKVAPT
830 840 850 860 870 880
810 820 830 840 850 860
pF1KSD KEEKEDPEL-KCPVIGCDGQGHISGKYTSHRTASGCPLAAKRQKENPLNGASLSWKLNKQ
:..:::::: :::: :: : :::::::.:::.::::::::.::::. :::.:.::: :.
CCDS13 KDDKEDPELMKCPVPGCVGLGHISGKYASHRSASGCPLAARRQKEGSLNGSSFSWKSLKN
890 900 910 920 930 940
870 880 890 900 910 920
pF1KSD ELPHCPLPGCNGLGHVNNVFVTHRSLSGCPLNAQVIKKGKVS-EELMTIKLKATGGIESD
: : :: :::.: ::.:. :.::::::::: . . ::::.: .:... :.:.. .:.:
CCDS13 EGPTCPTPGCDGSGHANGSFLTHRSLSGCPRATFAGKKGKLSGDEVLSPKFKTSDVLEND
950 960 970 980 990 1000
930 940 950 960 970 980
pF1KSD EEIRHLDEEIKELNESNLKIEADMMKLQTQITSMESNLKTIEEENKLIEQNNESLLKELA
:::..:..::..::::: ..:: :..::.::.:::.:::.:::::::::..::.:. ::.
CCDS13 EEIKQLNQEIRDLNESNSEMEAAMVQLQSQISSMEKNLKNIEEENKLIEEQNEALFLELS
1010 1020 1030 1040 1050 1060
990 1000 1010 1020 1030 1040
pF1KSD GLSQALISSLADIQLPQMGPISEQNFEAYVNTLTDMYSNLERDYSPECKALLESIKQAVK
:::::::.:::.:.::.: :: ::::.:::.:::::::: . :: : :::::::::.
CCDS13 GLSQALIQSLANIRLPHMEPICEQNFDAYVSTLTDMYSNQD----PENKDLLESIKQAVR
1070 1080 1090 1100 1110
pF1KSD GIHV
::.:
CCDS13 GIQV
1120
>>CCDS46222.1 MYT1L gene_id:23040|Hs108|chr2 (1184 aa)
initn: 1731 init1: 722 opt: 2249 Z-score: 1972.9 bits: 376.9 E(32554): 1.4e-103
Smith-Waterman score: 2628; 44.2% identity (68.3% similar) in 1078 aa overlap (72-1047:147-1184)
50 60 70 80 90 100
pF1KSD AEDQALGVPVNKRKSLLMKPRHYSPKADCQEDRSDRTEDDGPLETHGHSTAEEIMIKPMD
:: :. :.. : . . .:
CCDS46 PGDEDEEDEEGDREEEEEIEEEDEDDDEDGEDVEDEEEEEEEEEEEEEEEENEDHQMNCH
120 130 140 150 160 170
110 120 130 140 150 160
pF1KSD ESLLSTAQENSSRKEDRYSCYQELMVKSLMHLGKFEKNVSVQTVSEN-LNDSGIQSLKAE
.. . :... ..:.:. :.::..:::..:::. .... .. .:. .:.. .::. .
CCDS46 NTRIMQDTEKDDNNNDEYDNYDELVAKSLLNLGKIAEDAAYRARTESEMNSNTSNSLEDD
180 190 200 210 220 230
170 180 190 200 210
pF1KSD SDEAD------ECFL-IHSDDGRDKIDDSQPPFCSSDDNESNSESAENGWDSGSNFSEET
::. . : : . :: :. .:. . . :.. . .: :: :.
CCDS46 SDKNENLGRKSELSLDLDSDVVRETVDSLKLLAQGHGVVLSENMNDRNYADSMSQ-----
240 250 260 270 280 290
220 230 240 250
pF1KSD KPPRVPKYVLTDHKKDLLEVPEIKTEGDKFI-----PC-ENRC-D-----SET--ERKDP
. : .::. . . . .. :.:. . : .:.: : ::: ....:
CCDS46 QDSRNMNYVMLGKPMNNGLMEKMVEESDEEVCLSSLECLRNQCFDLARKLSETNPQERNP
300 310 320 330 340 350
260 270 280
pF1KSD QNALA--------EPLDGNAQP-SFPDV--------------------------EEEDSE
:. . : . : . .. :. .:.:..
CCDS46 QQNMNIRQHVRPEEDFPGRTPDRNYSDMLNLMRLEEQLSPRSRVFASCAKEDGCHERDDD
360 370 380 390 400 410
290 300 310 320 330
pF1KSD SLAVMTEEGSDL-EKAKGNLSLLEQAIALQAERGCVFH----------NTYKELDRFLLE
. .: .... .. . .::::.:::.::::..::. ... .... . .
CCDS46 TTSVNSDRSEEVFDMTKGNLTLLEKAIALETERAKAMREKMAMEAGRRDNMRSYEDQSPR
420 430 440 450 460 470
340 350 360 370 380 390
pF1KSD HLAGERRQTKVIDMGGRQIFNNKHSPRPEKRETKCPIPGCDGTGHVTGLYPHHRSLSGCP
.: :: :. : : .. . . : ::.:.::: :::::::::::::::::::::::
CCDS46 QLPGEDRKPKSSDSHVKKPYYDP--SRTEKKESKCPTPGCDGTGHVTGLYPHHRSLSGCP
480 490 500 510 520
400 410 420 430 440 450
pF1KSD HKVRVPLEILAMHENVLKCPTPGCTGRGHVNSNRNTHRSLSGCPIAAAEKLAMSQDKNQ-
:: ::: :::::::.::::::::::::::::::::.:::::::::::::::: .:.:.:
CCDS46 HKDRVPPEILAMHESVLKCPTPGCTGRGHVNSNRNSHRSLSGCPIAAAEKLAKAQEKHQS
530 540 550 560 570 580
460 470 480 490 500
pF1KSD LDSPQTGQCPDQAHRT-SLVKQIEF-------NFPSQAITSPRATVSKEQEKFGKVPFDY
: ...: :.. : .:::.:. : :. :.::....:: ::..:. :.:
CCDS46 CDVSKSSQASDRVLRPMCFVKQLEIPQYGYRNNVPT---TTPRSNLAKELEKYSKTSFEY
590 600 610 620 630 640
510 520 530 540
pF1KSD ASFDAQVFGKRPLIQTVQGRKTPP--FPESKHF---PNPVK--FPNRLPSA--------G
:.: ...::: . :: : : . ..:.. :.: . . ::. :
CCDS46 NSYDNHTYGKRAIAPKVQTRDISPKGYDDAKRYCKDPSPSSSSTSSYAPSSSSNLSCGGG
650 660 670 680 690 700
550 560 570 580 590 600
pF1KSD AHTQSPGRASSYSYGQCSEDTHIAAAAAILNLSTRCREATDILSNKPQSLHA-KGAEIEV
. ..: ::..: . : .:.::.: :::::::::: . ::.:::.: : .. ..::
CCDS46 SSASSTCSKSSFDYTHDMEAAHMAATA-ILNLSTRCREMPQNLSTKPQDLCATRNPDMEV
710 720 730 740 750 760
610 620 630 640 650 660
pF1KSD DENGTLDLSMKKNRILDKSAPLTSSNTSIPTPSSSPFKTSSILVNAAFYQALCDQEGWDT
::::::::::.:.: :. :. . : :: . .... : : : . . ::
CCDS46 DENGTLDLSMNKQRPRDSCCPILT-----PLEPMSP-QQQAVMNNRCFQ--LGEGDCWDL
770 780 790 800 810
670 680 690 700 710 720
pF1KSD PINYSKTHGKTEEEKEKDPVSS------LENLEEKKFPGEASIPSPKPKL-HARDLKKEL
:..:.: . . .: :. .. : :::...:::..::::::: . .. ::.:
CCDS46 PVDYTKMKPRRIDEDESKDITPEDLDPFQEALEERRYPGEVTIPSPKPKYPQCKESKKDL
820 830 840 850 860 870
730 740 750 760 770 780
pF1KSD ITCPTPGCDGSGHVTGNYASHRSVSGCPLADKTLKSLMAANSQELKCPTPGCDGSGHVTG
:: .::::::::...:..:..::::::::::::::::.::
CCDS46 IT---------------------LSGCPLADKSIRSMLATSSQELKCPTPGCDGSGHITG
880 890 900 910
790 800 810 820 830 840
pF1KSD NYASHRSLSGCPRARKGGVKMTPTKEEKEDPE-LKCPVIGCDGQGHISGKYTSHRTASGC
::::::::::::::.:.:.... .::.::: : ..::: ::::::::.:::.:::.::::
CCDS46 NYASHRSLSGCPRAKKSGIRIAQSKEDKEDQEPIRCPVPGCDGQGHITGKYASHRSASGC
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