Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0526
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0526, 562 aa
1>>>pF1KSDA0526 562 - 562 aa - 562 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3117+/-0.000911; mu= 18.1418+/- 0.055
mean_var=60.0311+/-12.282, 0's: 0 Z-trim(104.1): 14 B-trim: 2 in 1/50
Lambda= 0.165534
statistics sampled from 7720 (7731) to 7720 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.602), E-opt: 0.2 (0.237), width: 16
Scan time: 3.270
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9865.1 SPTLC2 gene_id:9517|Hs108|chr14 ( 562) 3744 902.9 0
CCDS13115.2 SPTLC3 gene_id:55304|Hs108|chr20 ( 552) 2580 624.9 7.5e-179
CCDS6692.1 SPTLC1 gene_id:10558|Hs108|chr9 ( 473) 573 145.6 1.3e-34
CCDS13957.1 GCAT gene_id:23464|Hs108|chr22 ( 419) 430 111.5 2.2e-24
CCDS54527.1 GCAT gene_id:23464|Hs108|chr22 ( 445) 430 111.5 2.3e-24
CCDS2847.1 ALAS1 gene_id:211|Hs108|chr3 ( 640) 382 100.1 8.9e-21
CCDS35303.1 ALAS2 gene_id:212|Hs108|chrX ( 550) 360 94.8 3e-19
CCDS43960.1 ALAS2 gene_id:212|Hs108|chrX ( 574) 360 94.8 3.1e-19
CCDS14366.1 ALAS2 gene_id:212|Hs108|chrX ( 587) 360 94.8 3.1e-19
>>CCDS9865.1 SPTLC2 gene_id:9517|Hs108|chr14 (562 aa)
initn: 3744 init1: 3744 opt: 3744 Z-score: 4826.6 bits: 902.9 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3744; 100.0% identity (100.0% similar) in 562 aa overlap (1-562:1-562)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MRPEPGGCCCRRTVRANGCVANGEVRNGYVRSSAAAAAAAAAGQIHHVTQNGGLYKRPFN
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CCDS98 MRPEPGGCCCRRTVRANGCVANGEVRNGYVRSSAAAAAAAAAGQIHHVTQNGGLYKRPFN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD EAFEETPMLVAVLTYVGYGVLTLFGYLRDFLRYWRIEKCHHATEREEQKDFVSLYQDFEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 EAFEETPMLVAVLTYVGYGVLTLFGYLRDFLRYWRIEKCHHATEREEQKDFVSLYQDFEN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD FYTRNLYMRIRDNWNRPICSVPGARVDIMERQSHDYNWSFKYTGNIIKGVINMGSYNYLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 FYTRNLYMRIRDNWNRPICSVPGARVDIMERQSHDYNWSFKYTGNIIKGVINMGSYNYLG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD FARNTGSCQEAAAKVLEEYGAGVCSTRQEIGNLDKHEELEELVARFLGVEAAMAYGMGFA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 FARNTGSCQEAAAKVLEEYGAGVCSTRQEIGNLDKHEELEELVARFLGVEAAMAYGMGFA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD TNSMNIPALVGKGCLILSDELNHASLVLGARLSGATIRIFKHNNMQSLEKLLKDAIVYGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 TNSMNIPALVGKGCLILSDELNHASLVLGARLSGATIRIFKHNNMQSLEKLLKDAIVYGQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD PRTRRPWKKILILVEGIYSMEGSIVRLPEVIALKKKYKAYLYLDEAHSIGALGPTGRGVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 PRTRRPWKKILILVEGIYSMEGSIVRLPEVIALKKKYKAYLYLDEAHSIGALGPTGRGVV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD EYFGLDPEDVDVMMGTFTKSFGASGGYIGGKKELIDYLRTHSHSAVYATSLSPPVVEQII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 EYFGLDPEDVDVMMGTFTKSFGASGGYIGGKKELIDYLRTHSHSAVYATSLSPPVVEQII
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD TSMKCIMGQDGTSLGKECVQQLAENTRYFRRRLKEMGFIIYGNEDSPVVPLMLYMPAKIG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 TSMKCIMGQDGTSLGKECVQQLAENTRYFRRRLKEMGFIIYGNEDSPVVPLMLYMPAKIG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD AFGREMLKRNIGVVVVGFPATPIIESRARFCLSAAHTKEILDTALKEIDEVGDLLQLKYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 AFGREMLKRNIGVVVVGFPATPIIESRARFCLSAAHTKEILDTALKEIDEVGDLLQLKYS
490 500 510 520 530 540
550 560
pF1KSD RHRLVPLLDRPFDETTYEETED
::::::::::::::::::::::
CCDS98 RHRLVPLLDRPFDETTYEETED
550 560
>>CCDS13115.2 SPTLC3 gene_id:55304|Hs108|chr20 (552 aa)
initn: 2518 init1: 2518 opt: 2580 Z-score: 3324.4 bits: 624.9 E(32554): 7.5e-179
Smith-Waterman score: 2580; 70.0% identity (88.4% similar) in 550 aa overlap (18-562:7-552)
10 20 30 40 50
pF1KSD MRPEPGGCCCRRTVRANGCVANGEVRNGYVRSSAAAA-AAAAAGQIHHVTQNGG--LYKR
: : ::...: .:... . . : .... ::: .: .
CCDS13 MANPGGGAVCNGKLHNHKKQSNGSQSRNCTKNGIVKEAQQNGKPHFYDK
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KSD PFNEAFEETPMLVAVLTYVGYGVLTLFGYLRDFLRYWRIEKCHHATEREEQKDFVSLYQD
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CCDS13 LIVESFEEAPLHVMVFTYMGYGIGTLFGYLRDFLRNWGIEKCNAAVERKEQKDFVPLYQD
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KSD FENFYTRNLYMRIRDNWNRPICSVPGARVDIMERQSHDYNWSFKYTGNIIKGVINMGSYN
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CCDS13 FENFYTRNLYMRIRDNWNRPICSAPGPLFDLMERVSDDYNWTFRFTGRVIKDVINMGSYN
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KSD YLGFARNTGSCQEAAAKVLEEYGAGVCSTRQEIGNLDKHEELEELVARFLGVEAAMAYGM
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CCDS13 FLGLAAKYDESMRTIKDVLEVYGTGVASTRHEMGTLDKHKELEDLVAKFLNVEAAMVFGM
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KSD GFATNSMNIPALVGKGCLILSDELNHASLVLGARLSGATIRIFKHNNMQSLEKLLKDAIV
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CCDS13 GFATNSMNIPALVGKGCLILSDELNHTSLVLGARLSGATIRIFKHNNTQSLEKLLRDAVI
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KSD YGQPRTRRPWKKILILVEGIYSMEGSIVRLPEVIALKKKYKAYLYLDEAHSIGALGPTGR
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CCDS13 YGQPRTRRAWKKILILVEGVYSMEGSIVHLPQIIALKKKYKAYLYIDEAHSIGAVGPTGR
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KSD GVVEYFGLDPEDVDVMMGTFTKSFGASGGYIGGKKELIDYLRTHSHSAVYATSLSPPVVE
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CCDS13 GVTEFFGLDPHEVDVLMGTFTKSFGASGGYIAGRKDLVDYLRVHSHSAVYASSMSPPIAE
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KSD QIITSMKCIMGQDGTSLGKECVQQLAENTRYFRRRLKEMGFIIYGNEDSPVVPLMLYMPA
::: :.: ::: :::. : . :::::.::::::.::.::::::::::.. ::::.::::.
CCDS13 QIIRSLKLIMGLDGTTQGLQRVQQLAKNTRYFRQRLQEMGFIIYGNENASVVPLLLYMPG
410 420 430 440 450 460
480 490 500 510 520 530
pF1KSD KIGAFGREMLKRNIGVVVVGFPATPIIESRARFCLSAAHTKEILDTALKEIDEVGDLLQL
:..::.:.::...::::::::::::. :.:::::.:::::.:.:::.:. .::.::::::
CCDS13 KVAAFARHMLEKKIGVVVVGFPATPLAEARARFCVSAAHTREMLDTVLEALDEMGDLLQL
470 480 490 500 510 520
540 550 560
pF1KSD KYSRHRLVPLLDRP--FDETTYEETED
:::::. :: .:::..: ::
CCDS13 KYSRHKKSA---RPELYDETSFE-LED
530 540 550
>>CCDS6692.1 SPTLC1 gene_id:10558|Hs108|chr9 (473 aa)
initn: 527 init1: 279 opt: 573 Z-score: 735.1 bits: 145.6 E(32554): 1.3e-34
Smith-Waterman score: 575; 31.0% identity (61.3% similar) in 390 aa overlap (168-537:98-473)
140 150 160 170 180 190
pF1KSD ICSVPGARVDIMERQSHDYNWSFKYTGNIIKGVINMGSYNYLGFARNTGSCQEAAAKVLE
: ::..:.:.::. : . :: :.
CCDS66 PLVPPVPKDHPALNYNIVSGPPSHKTVVNGKECINFASFNFLGLLDNP-RVKAAALASLK
70 80 90 100 110 120
200 210 220 230 240 250
pF1KSD EYGAGVCSTRQEIGNLDKHEELEELVARFLGVEAAMAYGMGFATNSMNIPALVGKGCLIL
.::.:.:. : :..: : .::. .:.:. .: :. :..:::: . ::: .: ...
CCDS66 KYGVGTCGPRGFYGTFDVHLDLEDRLAKFMKTEEAIIYSYGFATIASAIPAYSKRGDIVF
130 140 150 160 170 180
260 270 280 290 300 310
pF1KSD SDELNHASLVLGARLSGATIRIFKHNNMQSLEKLLKDAIVYGQ--PRTRRPWKKILILVE
:. .. : . : . :..::::.: .::.:::. . : :: : .. .:.::
CCDS66 VDRAACFAIQKGLQASRSDIKLFKHNDMADLERLLKEQEIEDQKNPRKARVTRR-FIVVE
190 200 210 220 230 240
320 330 340 350 360 370
pF1KSD GIYSMEGSIVRLPEVIALKKKYKAYLYLDEAHSIGALGPTGRGVVEYFGLDPEDVDVMMG
:.: :.: :::.. :: :::: ..:.:. :.:.:: ::::.:..:.. .:.:.. .
CCDS66 GLYMNTGTICPLPELVKLKYKYKARIFLEESLSFGVLGEHGRGVTEHYGINIDDIDLISA
250 260 270 280 290 300
380 390 400 410 420 430
pF1KSD TFTKSFGASGGYIGGKKELIDYLRTHSHSAVYATSLSPPVVEQIITSMKCIMGQDG--TS
.. ..... ::. :.. .::. : ... ...:: : .. : ... . . : .
CCDS66 NMENALASIGGFCCGRSFVIDHQRLSGQGYCFSASLPPLLAAAAIEALNIMEENPGIFAV
310 320 330 340 350 360
440 450 460 470 480 490
pF1KSD LGKECVQQLAENTRYFRRRLKEM-GFIIYGNEDSPVVPLMLYMPAKIGAFGREMLKRNIG
: ..: : ... :. . :. . :. ::. :.: . :. ::. : .
CCDS66 LKEKCGQ--------IHKALQGISGLKVVGESLSPAFHLQL--EESTGS--REQDVRLLQ
370 380 390 400 410
500 510 520 530
pF1KSD VVVVGFPATPIIESRARF------CL---------SAAHTKEILDTALKEIDEVGDLLQL
.: : ..::. :: .. .:.: :. : . : ::.. . :
CCDS66 EIVDQCMNRSIALTQARYLEKEEKCLPPPSIRVVVTVEQTEEELERAASTIKEVAQAVLL
420 430 440 450 460 470
540 550 560
pF1KSD KYSRHRLVPLLDRPFDETTYEETED
>>CCDS13957.1 GCAT gene_id:23464|Hs108|chr22 (419 aa)
initn: 634 init1: 246 opt: 430 Z-score: 551.4 bits: 111.5 E(32554): 2.2e-24
Smith-Waterman score: 649; 34.6% identity (62.7% similar) in 367 aa overlap (169-534:66-414)
140 150 160 170 180 190
pF1KSD CSVPGARVDIMERQSHDYNWSFKYTGNIIKGVINMGSYNYLGFARNTGSCQEAAAKVLEE
:..:. . ::::.. . : :. ..:::
CCDS13 EGIRGAGTWKSERVITSRQGPHIRVDGVSGGILNFCANNYLGLSSHPEVIQ-AGLQALEE
40 50 60 70 80 90
200 210 220 230 240 250
pF1KSD YGAGVCSTRQEIGNLDKHEELEELVARFLGVEAAMAYGMGFATNSMNIPALVGKGCLILS
.:::. :.: :. . :..:: .::: : :. : . .:. . ::. .::
CCDS13 FGAGLSSVRFICGTQSIHKNLEAKIARFHQREDAILYPSCYDANAGLFEALLTPEDAVLS
100 110 120 130 140 150
260 270 280 290 300 310
pF1KSD DELNHASLVLGARLSGATIRIFKHNNMQSLEKLLKDAIVYGQPRTRRPWKKILILVEGIY
:::::::.. : :: : ..: .: .:: :..: . : : :. ..: .
CCDS13 DELNHASIIDGIRLCKAHKYRYRHLDMADLEAKLQEA---QKHRLR------LVATDGAF
160 170 180 190 200
320 330 340 350 360 370
pF1KSD SMEGSIVRLPEVIALKKKYKAYLYLDEAHSIGALGPTGRGVVEYFGLDPEDVDVMMGTFT
::.:.:. : :. : ..: : ...:: :. : :::::::. : .:. ..: .. .:.
CCDS13 SMDGDIAPLQEICCLASRYGALVFMDECHATGFLGPTGRGTDELLGV-MDQVTIINSTLG
210 220 230 240 250 260
380 390 400 410 420 430
pF1KSD KSFG-ASGGYIGGKKELIDYLRTHSHSAVYATSLSPPVVEQIITSMKCIMGQDGTSLGKE
:..: ::::: : :.. :: ... ....:: : :: .. .::..
CCDS13 KALGGASGGYTTGPGPLVSLLRQRARPYLFSNSLPPAVVGCASKALDLLMGSN------T
270 280 290 300 310
440 450 460 470 480 490
pF1KSD CVQQLAENTRYFRRRLKEMGFIIYGNEDSPVVPLMLYMPAKIGAFGREMLKRNIGVVVVG
::..: .:. :: ... :: : : . :. :.:: . .. .::::.: :. .
CCDS13 IVQSMAAKTQRFRSKMEAAGFTISGA-SHPICPVMLGDARLASRMADDMLKRGIFVIGFS
320 330 340 350 360 370
500 510 520 530 540 550
pF1KSD FPATPIIESRARFCLSAAHTKEILDTALKEIDEVGDLLQLKYSRHRLVPLLDRPFDETTY
.:..: ..: : .::.:..: .: .. . ::: :
CCDS13 YPVVPKGKARIRVQISAVHSEEDIDRCVEAFVEVGRLHGALP
380 390 400 410
560
pF1KSD EETED
>>CCDS54527.1 GCAT gene_id:23464|Hs108|chr22 (445 aa)
initn: 601 init1: 246 opt: 430 Z-score: 551.0 bits: 111.5 E(32554): 2.3e-24
Smith-Waterman score: 649; 34.6% identity (62.7% similar) in 367 aa overlap (169-534:92-440)
140 150 160 170 180 190
pF1KSD CSVPGARVDIMERQSHDYNWSFKYTGNIIKGVINMGSYNYLGFARNTGSCQEAAAKVLEE
:..:. . ::::.. . : :. ..:::
CCDS54 GVSGGPGTVIFPGLPLPHLSCCIHLLSFTSGILNFCANNYLGLSSHPEVIQ-AGLQALEE
70 80 90 100 110 120
200 210 220 230 240 250
pF1KSD YGAGVCSTRQEIGNLDKHEELEELVARFLGVEAAMAYGMGFATNSMNIPALVGKGCLILS
.:::. :.: :. . :..:: .::: : :. : . .:. . ::. .::
CCDS54 FGAGLSSVRFICGTQSIHKNLEAKIARFHQREDAILYPSCYDANAGLFEALLTPEDAVLS
130 140 150 160 170 180
260 270 280 290 300 310
pF1KSD DELNHASLVLGARLSGATIRIFKHNNMQSLEKLLKDAIVYGQPRTRRPWKKILILVEGIY
:::::::.. : :: : ..: .: .:: :..: . : : :. ..: .
CCDS54 DELNHASIIDGIRLCKAHKYRYRHLDMADLEAKLQEA---QKHRLR------LVATDGAF
190 200 210 220 230
320 330 340 350 360 370
pF1KSD SMEGSIVRLPEVIALKKKYKAYLYLDEAHSIGALGPTGRGVVEYFGLDPEDVDVMMGTFT
::.:.:. : :. : ..: : ...:: :. : :::::::. : .:. ..: .. .:.
CCDS54 SMDGDIAPLQEICCLASRYGALVFMDECHATGFLGPTGRGTDELLGV-MDQVTIINSTLG
240 250 260 270 280 290
380 390 400 410 420 430
pF1KSD KSFG-ASGGYIGGKKELIDYLRTHSHSAVYATSLSPPVVEQIITSMKCIMGQDGTSLGKE
:..: ::::: : :.. :: ... ....:: : :: .. .::..
CCDS54 KALGGASGGYTTGPGPLVSLLRQRARPYLFSNSLPPAVVGCASKALDLLMGSN------T
300 310 320 330 340
440 450 460 470 480 490
pF1KSD CVQQLAENTRYFRRRLKEMGFIIYGNEDSPVVPLMLYMPAKIGAFGREMLKRNIGVVVVG
::..: .:. :: ... :: : : . :. :.:: . .. .::::.: :. .
CCDS54 IVQSMAAKTQRFRSKMEAAGFTISGA-SHPICPVMLGDARLASRMADDMLKRGIFVIGFS
350 360 370 380 390 400
500 510 520 530 540 550
pF1KSD FPATPIIESRARFCLSAAHTKEILDTALKEIDEVGDLLQLKYSRHRLVPLLDRPFDETTY
.:..: ..: : .::.:..: .: .. . ::: :
CCDS54 YPVVPKGKARIRVQISAVHSEEDIDRCVEAFVEVGRLHGALP
410 420 430 440
560
pF1KSD EETED
>>CCDS2847.1 ALAS1 gene_id:211|Hs108|chr3 (640 aa)
initn: 302 init1: 144 opt: 382 Z-score: 486.5 bits: 100.1 E(32554): 8.9e-21
Smith-Waterman score: 570; 27.5% identity (57.5% similar) in 506 aa overlap (67-561:151-625)
40 50 60 70 80 90
pF1KSD AAAAAAGQIHHVTQNGGLYKRPFNEAFEETPMLVAVLTYVG--YGVLTLFGYLRDFLRYW
: .:.: : : :.: : .:...
CCDS28 SVFCKASLELQEDVQEMNAVRKEVAETSAGPSVVSVKTDGGDPSGLLKNF---QDIMQKQ
130 140 150 160 170
100 110 120 130 140 150
pF1KSD RIEKCHHATEREEQKDFVSLYQDFENFYTRNLYMRIRDNWNRPICSVPGARVDIMERQSH
: :. : . . :. :: .: .. :. ... . :. : . .: .:..:
CCDS28 RPERVSHLLQDNLPKS-VSTFQ-YDRFFEKKIDEKKNDHTYRVFKTV--------NRRAH
180 190 200 210 220
160 170 180 190 200 210
pF1KSD DYNWSFKYTGNII--KGVINMGSYNYLGFARNTGSCQEAAAKVLEEYGAGVCSTRQEIGN
. . :. ..: : : : .:::..:. : :. .:...:::. .::. :.
CCDS28 IFPMADDYSDSLITKKQVSVWCSNDYLGMSRHPRVCG-AVMDTLKQHGAGAGGTRNISGT
230 240 250 260 270 280
220 230 240 250 260 270
pF1KSD LDKHEELEELVARFLGVEAAMAYGMGFATNSMNIPALVG--KGCLILSDELNHASLVLGA
: .::. .: . : .::. .. :..:. .. .:. :: : :: ::::.. :
CCDS28 SKFHVDLERELADLHGKDAALLFSSCFVANDSTLFTLAKMMPGCEIYSDSGNHASMIQGI
290 300 310 320 330 340
280 290 300 310 320 330
pF1KSD RLSGATIRIFKHNNMQSLEKLLKDAIVYGQPRTRRPWKKILILVEGIYSMEGSIVRLPEV
: : . ::.::... :..::. :. ::. . : ..::.:.. : :.
CCDS28 RNSRVPKYIFRHNDVSHLRELLQ--------RSDPSVPKIVAF-ETVHSMDGAVCPLEEL
350 360 370 380 390
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