Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA0416
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0416, 516 aa
1>>>pF1KSDA0416 516 - 516 aa - 516 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3314+/-0.000521; mu= 18.4886+/- 0.032
mean_var=111.7132+/-22.924, 0's: 0 Z-trim(111.1): 500 B-trim: 833 in 2/52
Lambda= 0.121345
statistics sampled from 19012 (19622) to 19012 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.596), E-opt: 0.2 (0.23), width: 16
Scan time: 8.330
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_056379 (OMIM: 610868) leucine-rich repeat trans ( 516) 3504 625.3 1.3e-178
XP_016859475 (OMIM: 610867) PREDICTED: leucine-ric ( 522) 1667 303.7 8.4e-82
NP_849161 (OMIM: 610867) leucine-rich repeat trans ( 522) 1667 303.7 8.4e-82
XP_016859476 (OMIM: 610867) PREDICTED: leucine-ric ( 522) 1667 303.7 8.4e-82
NP_821079 (OMIM: 610869) leucine-rich repeat trans ( 581) 1509 276.1 1.9e-73
NP_079269 (OMIM: 610870) leucine-rich repeat trans ( 518) 1472 269.6 1.6e-71
NP_001128217 (OMIM: 610870) leucine-rich repeat tr ( 590) 1468 269.0 2.8e-71
NP_001269853 (OMIM: 610870) leucine-rich repeat tr ( 590) 1468 269.0 2.8e-71
NP_001269857 (OMIM: 610870) leucine-rich repeat tr ( 519) 1467 268.7 2.9e-71
NP_001317299 (OMIM: 610870) leucine-rich repeat tr ( 591) 1463 268.1 5.1e-71
NP_001073982 (OMIM: 603104) carboxypeptidase N sub ( 545) 478 95.6 3.9e-19
XP_005269337 (OMIM: 603104) PREDICTED: carboxypept ( 545) 478 95.6 3.9e-19
NP_001278917 (OMIM: 603104) carboxypeptidase N sub ( 545) 478 95.6 3.9e-19
NP_055632 (OMIM: 613356) TLR4 interactor with leuc ( 811) 442 89.5 4e-17
NP_001017403 (OMIM: 606653) leucine-rich repeat-co ( 967) 441 89.4 5.1e-17
NP_612490 (OMIM: 616236) chondroadherin-like prote ( 762) 420 85.6 5.6e-16
XP_005261427 (OMIM: 616236) PREDICTED: chondroadhe ( 771) 420 85.6 5.6e-16
NP_001264155 (OMIM: 606667) leucine-rich repeat-co ( 883) 414 84.7 1.3e-15
NP_001288123 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 412 84.1 1.3e-15
NP_001288126 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 412 84.1 1.3e-15
NP_001288124 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 412 84.1 1.3e-15
NP_001288116 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 412 84.1 1.3e-15
NP_001288120 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 412 84.1 1.3e-15
NP_001288118 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 412 84.1 1.3e-15
NP_001288115 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 412 84.1 1.3e-15
NP_001288128 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 412 84.1 1.3e-15
NP_001288121 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 412 84.1 1.3e-15
NP_001288127 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 412 84.1 1.3e-15
XP_011520420 (OMIM: 609791) PREDICTED: leucine-ric ( 614) 412 84.1 1.3e-15
XP_016878171 (OMIM: 609791) PREDICTED: leucine-ric ( 614) 412 84.1 1.3e-15
NP_001288129 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 412 84.1 1.3e-15
NP_116197 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat and i ( 620) 412 84.1 1.3e-15
NP_003658 (OMIM: 606667) leucine-rich repeat-conta ( 907) 412 84.3 1.7e-15
XP_016874279 (OMIM: 608870) PREDICTED: leucine-ric ( 623) 401 82.2 4.9e-15
XP_011536195 (OMIM: 608870) PREDICTED: leucine-ric (1041) 401 82.5 6.9e-15
NP_001129523 (OMIM: 608870) leucine-rich repeats a (1059) 401 82.5 6.9e-15
NP_700356 (OMIM: 608870) leucine-rich repeats and (1119) 401 82.5 7.2e-15
NP_060960 (OMIM: 606666,615311) leucine-rich repea ( 951) 399 82.1 8.2e-15
NP_612449 (OMIM: 608843) vasorin precursor [Homo s ( 673) 394 81.0 1.2e-14
NP_004961 (OMIM: 601489,615961) insulin-like growt ( 605) 393 80.8 1.3e-14
NP_001139478 (OMIM: 601489,615961) insulin-like gr ( 643) 393 80.8 1.3e-14
XP_011531880 (OMIM: 608868) PREDICTED: leucine-ric (1045) 393 81.1 1.8e-14
XP_005271426 (OMIM: 608869,615112) PREDICTED: leuc ( 958) 389 80.3 2.8e-14
NP_001299615 (OMIM: 608869,615112) leucine-rich re ( 962) 384 79.5 5.1e-14
NP_055628 (OMIM: 608869,615112) leucine-rich repea (1065) 384 79.5 5.5e-14
NP_003053 (OMIM: 603745) slit homolog 3 protein is (1523) 384 79.7 6.9e-14
NP_001258875 (OMIM: 603745) slit homolog 3 protein (1530) 384 79.7 6.9e-14
NP_570718 (OMIM: 219050,606655) relaxin receptor 2 ( 754) 378 78.3 9.1e-14
XP_016857485 (OMIM: 606653) PREDICTED: leucine-ric ( 876) 371 77.1 2.3e-13
XP_011508141 (OMIM: 606653) PREDICTED: leucine-ric ( 900) 371 77.1 2.4e-13
>>NP_056379 (OMIM: 610868) leucine-rich repeat transmemb (516 aa)
initn: 3504 init1: 3504 opt: 3504 Z-score: 3327.7 bits: 625.3 E(85289): 1.3e-178
Smith-Waterman score: 3504; 100.0% identity (100.0% similar) in 516 aa overlap (1-516:1-516)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MGLHFKWPLGAPMLAAIYAMSMVLKMLPALGMACPPKCRCEKLLFYCDSQGFHSVPNATD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 MGLHFKWPLGAPMLAAIYAMSMVLKMLPALGMACPPKCRCEKLLFYCDSQGFHSVPNATD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD KGSLGLSLRHNHITELERDQFASFSQLTWLHLDHNQISTVKEDAFQGLYKLKELILSSNK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 KGSLGLSLRHNHITELERDQFASFSQLTWLHLDHNQISTVKEDAFQGLYKLKELILSSNK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD IFYLPNTTFTQLINLQNLDLSFNQLSSLHPELFYGLRKLQTLHLRSNSLRTIPVRLFWDC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 IFYLPNTTFTQLINLQNLDLSFNQLSSLHPELFYGLRKLQTLHLRSNSLRTIPVRLFWDC
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD RSLEFLDLSTNRLRSLARNGFAGLIKLRELHLEHNQLTKINFAHFLRLSSLHTLFLQWNK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 RSLEFLDLSTNRLRSLARNGFAGLIKLRELHLEHNQLTKINFAHFLRLSSLHTLFLQWNK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD ISNLTCGMEWTWGTLEKLDLTGNEIKAIDLTVFETMPNLKILLMDNNKLNSLDSKILNSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 ISNLTCGMEWTWGTLEKLDLTGNEIKAIDLTVFETMPNLKILLMDNNKLNSLDSKILNSL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD RSLTTVGLSGNLWECSARICALASWLGSFQGRWEHSILCHSPDHTQGEDILDAVHGFQLC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 RSLTTVGLSGNLWECSARICALASWLGSFQGRWEHSILCHSPDHTQGEDILDAVHGFQLC
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD WNLSTTVTVMATTYRDPTTEYTKRISSSSYHVGDKEIPTTAGIAVTTEEHFPEPDNAIFT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 WNLSTTVTVMATTYRDPTTEYTKRISSSSYHVGDKEIPTTAGIAVTTEEHFPEPDNAIFT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD QRVITGTMALLFSFFFIIFIVFISRKCCPPTLRRIRQCSMVQNHRQLRSQTRLHMSNMSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 QRVITGTMALLFSFFFIIFIVFISRKCCPPTLRRIRQCSMVQNHRQLRSQTRLHMSNMSD
430 440 450 460 470 480
490 500 510
pF1KSD QGPYNEYEPTHEGPFIIINGYGQCKCQQLPYKECEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 QGPYNEYEPTHEGPFIIINGYGQCKCQQLPYKECEV
490 500 510
>>XP_016859475 (OMIM: 610867) PREDICTED: leucine-rich re (522 aa)
initn: 1795 init1: 776 opt: 1667 Z-score: 1589.6 bits: 303.7 E(85289): 8.4e-82
Smith-Waterman score: 1667; 47.6% identity (77.1% similar) in 525 aa overlap (1-516:6-522)
10 20 30 40 50
pF1KSD MGLHFKWPLGAPMLAAIYAMSMVLKMLPALGMACPPKCRCEKLLFYCDSQGFHSV
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XP_016 MDFLLLGLCLYWLLRRPSGVVLCLLGACFQMLPAAPSGCPQLCRCEGRLLYCEALNLTEA
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD PNATDKGSLGLSLRHNHITELERDQFASFSQLTWLHLDHNQISTVKEDAFQGLYKLKELI
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XP_016 PHNLS-GLLGLSLRYNSLSELRAGQFTGLMQLTWLYLDHNHICSVQGDAFQKLRRVKELT
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD LSSNKIFYLPNTTFTQLINLQNLDLSFNQLSSLHPELFYGLRKLQTLHLRSNSLRTIPVR
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XP_016 LSSNQITQLPNTTFRPMPNLRSVDLSYNKLQALAPDLFHGLRKLTTLHMRANAIQFVPVR
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD LFWDCRSLEFLDLSTNRLRSLARNGFAGLIKLRELHLEHNQLTKINFAHFLRLSSLHTLF
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XP_016 IFQDCRSLKFLDIGYNQLKSLARNSFAGLFKLTELHLEHNDLVKVNFAHFPRLISLHSLC
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD LQWNKISNLTCGMEWTWGTLEKLDLTGNEIKAIDLTVFETMPNLKILLMDNNKLNSLDSK
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XP_016 LRRNKVAIVVSSLDWVWN-LEKMDLSGNEIEYMEPHVFETVPHLQSLQLDSNRLTYIEPR
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD ILNSLRSLTTVGLSGNLWECSARICALASWLGSFQGRWEHSILCHSPDHTQGEDILDAVH
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XP_016 ILNSWKSLTSITLAGNLWDCGRNVCALASWLNNFQGRYDGNLQCASPEYAQGEDVLDAVY
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400
pF1KSD GFQLCWNLSTTVT---VMATTYRD----PTTEYTKRISSS-SYHVGDKEIPTTAGIAVTT
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XP_016 AFHLCEDGAEPTSGHLLSAVTNRSDLGPPASSATTLADGGEGQHDGTFE-PAT--VALPG
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KSD EEHFPEPDNAIFTQRVITGTMALLFSFFFIIFIVFISRKCCPPTLRRIRQCSMVQNHRQL
:: .::. ..:.::::::.:::.........: :: : .::..::: ..: ..:
XP_016 GEH---AENAVQIHKVVTGTMALIFSFLIVVLVLYVSWKCFPASLRQLRQCFVTQRRKQK
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510
pF1KSD RSQTRLHMSNMSDQGPYNEYEPTH-EGPFIIINGYGQCKCQQLPYKECEV
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XP_016 QKQTMHQMAAMSAQEYYVDYKPNHIEGALVIINEYGSCTCHQQPARECEV
480 490 500 510 520
>>NP_849161 (OMIM: 610867) leucine-rich repeat transmemb (522 aa)
initn: 1795 init1: 776 opt: 1667 Z-score: 1589.6 bits: 303.7 E(85289): 8.4e-82
Smith-Waterman score: 1667; 47.6% identity (77.1% similar) in 525 aa overlap (1-516:6-522)
10 20 30 40 50
pF1KSD MGLHFKWPLGAPMLAAIYAMSMVLKMLPALGMACPPKCRCEKLLFYCDSQGFHSV
.:: . : : : ... .. ..:::: .:: :::: :.::.. .. .
NP_849 MDFLLLGLCLYWLLRRPSGVVLCLLGACFQMLPAAPSGCPQLCRCEGRLLYCEALNLTEA
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD PNATDKGSLGLSLRHNHITELERDQFASFSQLTWLHLDHNQISTVKEDAFQGLYKLKELI
:. . : ::::::.: ..::. ::... :::::.::::.: .:. :::: : ..:::
NP_849 PHNLS-GLLGLSLRYNSLSELRAGQFTGLMQLTWLYLDHNHICSVQGDAFQKLRRVKELT
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD LSSNKIFYLPNTTFTQLINLQNLDLSFNQLSSLHPELFYGLRKLQTLHLRSNSLRTIPVR
::::.: :::::: . ::...:::.:.:..: :.::.::::: :::.:.:... .:::
NP_849 LSSNQITQLPNTTFRPMPNLRSVDLSYNKLQALAPDLFHGLRKLTTLHMRANAIQFVPVR
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD LFWDCRSLEFLDLSTNRLRSLARNGFAGLIKLRELHLEHNQLTKINFAHFLRLSSLHTLF
.: :::::.:::.. :.:.:::::.::::.:: :::::::.:.:.::::: :: :::.:
NP_849 IFQDCRSLKFLDIGYNQLKSLARNSFAGLFKLTELHLEHNDLVKVNFAHFPRLISLHSLC
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD LQWNKISNLTCGMEWTWGTLEKLDLTGNEIKAIDLTVFETMPNLKILLMDNNKLNSLDSK
:. ::.. .. ...:.:. :::.::.::::. .. ::::.:.:. : .:.:.:. .. .
NP_849 LRRNKVAIVVSSLDWVWN-LEKMDLSGNEIEYMEPHVFETVPHLQSLQLDSNRLTYIEPR
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD ILNSLRSLTTVGLSGNLWECSARICALASWLGSFQGRWEHSILCHSPDHTQGEDILDAVH
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NP_849 ILNSWKSLTSITLAGNLWDCGRNVCALASWLNNFQGRYDGNLQCASPEYAQGEDVLDAVY
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400
pF1KSD GFQLCWNLSTTVT---VMATTYRD----PTTEYTKRISSS-SYHVGDKEIPTTAGIAVTT
.:.:: . . .. . :.: :. :.. : ... . : : : :.: .:.
NP_849 AFHLCEDGAEPTSGHLLSAVTNRSDLGPPASSATTLADGGEGQHDGTFE-PAT--VALPG
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KSD EEHFPEPDNAIFTQRVITGTMALLFSFFFIIFIVFISRKCCPPTLRRIRQCSMVQNHRQL
:: .::. ..:.::::::.:::.........: :: : .::..::: ..: ..:
NP_849 GEH---AENAVQIHKVVTGTMALIFSFLIVVLVLYVSWKCFPASLRQLRQCFVTQRRKQK
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510
pF1KSD RSQTRLHMSNMSDQGPYNEYEPTH-EGPFIIINGYGQCKCQQLPYKECEV
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NP_849 QKQTMHQMAAMSAQEYYVDYKPNHIEGALVIINEYGSCTCHQQPARECEV
480 490 500 510 520
>>XP_016859476 (OMIM: 610867) PREDICTED: leucine-rich re (522 aa)
initn: 1795 init1: 776 opt: 1667 Z-score: 1589.6 bits: 303.7 E(85289): 8.4e-82
Smith-Waterman score: 1667; 47.6% identity (77.1% similar) in 525 aa overlap (1-516:6-522)
10 20 30 40 50
pF1KSD MGLHFKWPLGAPMLAAIYAMSMVLKMLPALGMACPPKCRCEKLLFYCDSQGFHSV
.:: . : : : ... .. ..:::: .:: :::: :.::.. .. .
XP_016 MDFLLLGLCLYWLLRRPSGVVLCLLGACFQMLPAAPSGCPQLCRCEGRLLYCEALNLTEA
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD PNATDKGSLGLSLRHNHITELERDQFASFSQLTWLHLDHNQISTVKEDAFQGLYKLKELI
:. . : ::::::.: ..::. ::... :::::.::::.: .:. :::: : ..:::
XP_016 PHNLS-GLLGLSLRYNSLSELRAGQFTGLMQLTWLYLDHNHICSVQGDAFQKLRRVKELT
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD LSSNKIFYLPNTTFTQLINLQNLDLSFNQLSSLHPELFYGLRKLQTLHLRSNSLRTIPVR
::::.: :::::: . ::...:::.:.:..: :.::.::::: :::.:.:... .:::
XP_016 LSSNQITQLPNTTFRPMPNLRSVDLSYNKLQALAPDLFHGLRKLTTLHMRANAIQFVPVR
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD LFWDCRSLEFLDLSTNRLRSLARNGFAGLIKLRELHLEHNQLTKINFAHFLRLSSLHTLF
.: :::::.:::.. :.:.:::::.::::.:: :::::::.:.:.::::: :: :::.:
XP_016 IFQDCRSLKFLDIGYNQLKSLARNSFAGLFKLTELHLEHNDLVKVNFAHFPRLISLHSLC
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD LQWNKISNLTCGMEWTWGTLEKLDLTGNEIKAIDLTVFETMPNLKILLMDNNKLNSLDSK
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XP_016 LRRNKVAIVVSSLDWVWN-LEKMDLSGNEIEYMEPHVFETVPHLQSLQLDSNRLTYIEPR
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD ILNSLRSLTTVGLSGNLWECSARICALASWLGSFQGRWEHSILCHSPDHTQGEDILDAVH
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XP_016 ILNSWKSLTSITLAGNLWDCGRNVCALASWLNNFQGRYDGNLQCASPEYAQGEDVLDAVY
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400
pF1KSD GFQLCWNLSTTVT---VMATTYRD----PTTEYTKRISSS-SYHVGDKEIPTTAGIAVTT
.:.:: . . .. . :.: :. :.. : ... . : : : :.: .:.
XP_016 AFHLCEDGAEPTSGHLLSAVTNRSDLGPPASSATTLADGGEGQHDGTFE-PAT--VALPG
360 370 380 390 400 410
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pF1KSD EEHFPEPDNAIFTQRVITGTMALLFSFFFIIFIVFISRKCCPPTLRRIRQCSMVQNHRQL
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XP_016 GEH---AENAVQIHKVVTGTMALIFSFLIVVLVLYVSWKCFPASLRQLRQCFVTQRRKQK
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470 480 490 500 510
pF1KSD RSQTRLHMSNMSDQGPYNEYEPTH-EGPFIIINGYGQCKCQQLPYKECEV
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XP_016 QKQTMHQMAAMSAQEYYVDYKPNHIEGALVIINEYGSCTCHQQPARECEV
480 490 500 510 520
>>NP_821079 (OMIM: 610869) leucine-rich repeat transmemb (581 aa)
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10 20 30 40 50 60
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::.. :.. .: . : ...: :: . .:: :::: . ::.:: .. .:.. .
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10 20 30 40 50 60
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NP_821 ISYFLNNTFRPVTNLRNLDLSYNQLHSLGSEQFRGLRKLLSLHLRSNSLRTIPVRIFQDC
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NP_821 RNLELLDLGYNRIRSLARNVFAGMIRLKELHLEHNQFSKLNLALFPRLVSLQNLYLQWNK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290
pF1KSD ISNLTCGMEWTWGTLEKLDLTGNEIKAIDL-TVFETMPNLKILLMDNNKLNSLDSKILNS
:: . : :::..:..:::.::::.:.. .::. .:::. : .:.:::. . ..::.:
NP_821 ISVIGQTMSWTWSSLQRLDLSGNEIEAFSGPSVFQCVPNLQRLNLDSNKLTFIGQEILDS
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NP_821 CGKSTTERFDLARALPKPT--FKPKLPRPK-HESKPPLPPTVGATEPGPETDADAEHISF
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...:.:..::..: . :......: : : ......: :... ::. . :. .:. :
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pF1KSD DQGPYNEYEPTH-EGPFIIINGYGQCKCQQLPYKECEV
: : .:.::. : ...:: : : .. .:::.
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NP_821 HHELLSHKSFETNAQEDTMETHLETELDLSTITTAGRISDHKQQLA
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>>NP_079269 (OMIM: 610870) leucine-rich repeat transmemb (518 aa)
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10 20 30 40 50 60
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: :: : :: . ::.:::::.:.:..:. : : ::::: ::::::::.:.:.:.: ::
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pF1KSD ISNLTCGMEWTWGTLEKLDLTGNEIKAIDLTVFETMPNLKILLMDNNKLNSLDSKILNSL
: ... :. :::..:..:::.::.:..:. .:. .:::. : .:.:::...... .:.
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pF1KSD RSLTTVGLSGNLWECSARICALASWLGSFQGRWEHSILCHSPDHTQGEDILDAVHGFQLC
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..... : .. : . : : . . . : :. . :. . :. : .
NP_079 SEVQVVNTERSHLVPQTPQKPLIIPRPTIFKPDVTQSTFETPSPSPGFQIPGAEQ--EYE
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pF1KSD NAIFTQRVITGTMALLFSFFFIIFIVFISRKCCPPTLRRIRQCSMVQNHRQLRSQTRLHM
.. : ...:.:..::..: .:......: : : ......: :... .:. ... .:
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: : : .:.::. : : .:: : : .::::
NP_079 -NSPLQEYYVDYKPTNSETMDISVNGSGPCTYTISGSRECEV
480 490 500 510
>>NP_001128217 (OMIM: 610870) leucine-rich repeat transm (590 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KSD MGLHFKWPLGAPMLAAIYAMSMVLKMLPALGMACPPKCRCEKLLFYCDSQGFHSVPNATD
::.:. : . .. . ...: :: . ::: .:::. . ::.:..: ..:. .
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:: ::::: : : .:. .:::...:: ::.:::: ::.: ::::::. .::::::::::
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: :: : :: . ::.:::::.:.:..:. : : ::::: ::::::::.:.:.:.: ::
NP_001 ITYLHNKTFHPVPNLRNLDLSYNKLQTLQSEQFKGLRKLIILHLRSNSLKTVPIRVFQDC
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pF1KSD RSLEFLDLSTNRLRSLARNGFAGLIKLRELHLEHNQLTKINFAHFLRLSSLHTLFLQWNK
:.:.::::. ::::::.::.::::.::.::::::::..::::::: :: .:....::::.
NP_001 RNLDFLDLGYNRLRSLSRNAFAGLLKLKELHLEHNQFSKINFAHFPRLFNLRSIYLQWNR
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pF1KSD ISNLTCGMEWTWGTLEKLDLTGNEIKAIDLTVFETMPNLKILLMDNNKLNSLDSKILNSL
: ... :. :::..:..:::.::.:..:. .:. .:::. : .:.:::...... .:.
NP_001 IRSISQGLTWTWSSLHNLDLSGNDIQGIEPGTFKCLPNLQKLNLDSNKLTNISQETVNAW
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pF1KSD RSLTTVGLSGNLWECSARICALASWLGSFQGRWEHSILCHSPDHTQGEDILDAVHGFQLC
:: .. ::::.:::: :: : :: .:.: : ...: .: : ::: . :::. ...:
NP_001 ISLISITLSGNMWECSRSICPLFYWLKNFKGNKESTMICAGPKHIQGEKVSDAVETYNIC
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pF1KSD WNLSTTVT----VMATTYRDPTTEYTKRISSSSYHVGDKEIPT-TAGIAVTTEEHFPEPD
..... : .. : . : : . . . : :. . :. . :. : .
NP_001 SEVQVVNTERSHLVPQTPQKPLIIPRPTIFKPDVTQSTFETPSPSPGFQIPGAEQ--EYE
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pF1KSD NAIFTQRVITGTMALLFSFFFIIFIVFISRKCCPPTLRRIRQCSMVQNHRQLRSQTRLHM
.. : ...:.:..::..: .:......: : : ......: :... .:. ... .:
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: : : .:.::. : : .:: : : .:::.
NP_001 -NSPLQEYYVDYKPTNSETMDISVNGSGPCTYTISGSRECEMPHHMKPLPYYSYDQPVIG
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>>NP_001269853 (OMIM: 610870) leucine-rich repeat transm (590 aa)
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Smith-Waterman score: 1468; 43.3% identity (72.4% similar) in 522 aa overlap (1-516:1-518)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MGLHFKWPLGAPMLAAIYAMSMVLKMLPALGMACPPKCRCEKLLFYCDSQGFHSVPNATD
::.:. : . .. . ...: :: . ::: .:::. . ::.:..: ..:. .
NP_001 MGFHLITQLKGMSVVLVLLPTLLLVMLTGAQRACPKNCRCDGKIVYCESHAFADIPENIS
10 20 30 40 50 60
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pF1KSD KGSLGLSLRHNHITELERDQFASFSQLTWLHLDHNQISTVKEDAFQGLYKLKELILSSNK
:: ::::: : : .:. .:::...:: ::.:::: ::.: ::::::. .::::::::::
NP_001 GGSQGLSLRFNSIQKLKSNQFAGLNQLIWLYLDHNYISSVDEDAFQGIRRLKELILSSNK
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pF1KSD IFYLPNTTFTQLINLQNLDLSFNQLSSLHPELFYGLRKLQTLHLRSNSLRTIPVRLFWDC
: :: : :: . ::.:::::.:.:..:. : : ::::: ::::::::.:.:.:.: ::
NP_001 ITYLHNKTFHPVPNLRNLDLSYNKLQTLQSEQFKGLRKLIILHLRSNSLKTVPIRVFQDC
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD RSLEFLDLSTNRLRSLARNGFAGLIKLRELHLEHNQLTKINFAHFLRLSSLHTLFLQWNK
:.:.::::. ::::::.::.::::.::.::::::::..::::::: :: .:....::::.
NP_001 RNLDFLDLGYNRLRSLSRNAFAGLLKLKELHLEHNQFSKINFAHFPRLFNLRSIYLQWNR
190 200 210 220 230 240
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pF1KSD ISNLTCGMEWTWGTLEKLDLTGNEIKAIDLTVFETMPNLKILLMDNNKLNSLDSKILNSL
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NP_001 IRSISQGLTWTWSSLHNLDLSGNDIQGIEPGTFKCLPNLQKLNLDSNKLTNISQETVNAW
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pF1KSD RSLTTVGLSGNLWECSARICALASWLGSFQGRWEHSILCHSPDHTQGEDILDAVHGFQLC
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NP_001 ISLISITLSGNMWECSRSICPLFYWLKNFKGNKESTMICAGPKHIQGEKVSDAVETYNIC
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..... : .. : . : : . . . : :. . :. . :. : .
NP_001 SEVQVVNTERSHLVPQTPQKPLIIPRPTIFKPDVTQSTFETPSPSPGFQIPGAEQ--EYE
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.. : ...:.:..::..: .:......: : : ......: :... .:. ... .:
NP_001 HVSF-HKIIAGSVALFLSVAMILLVIYVSWKRYPASMKQLQQHSLMKRRRKKARESERQM
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pF1KSD SNMSDQGPYNEYEPTH-EGPFIIINGYGQCKCQQLPYKECEV
: : : .:.::. : : .:: : : .:::.
NP_001 -NSPLQEYYVDYKPTNSETMDISVNGSGPCTYTISGSRECEMPHHMKPLPYYSYDQPVIG
480 490 500 510 520 530
NP_001 YCQAHQPLHVTKGYETVSPEQDESPGLELGRDHSFIATIARSAAPAIYLERIAN
540 550 560 570 580 590
>>NP_001269857 (OMIM: 610870) leucine-rich repeat transm (519 aa)
initn: 1558 init1: 1302 opt: 1467 Z-score: 1400.4 bits: 268.7 E(85289): 2.9e-71
Smith-Waterman score: 1467; 43.8% identity (72.6% similar) in 521 aa overlap (10-516:3-519)
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pF1KSD MGLHFKWPLGAPMLAAIYAMSMVLKMLPALGM--------ACPPKCRCEKLLFYCDSQGF
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NP_001 MPGFHLITQLKGMSVVLVLLPTLLLVMLTGAQRACPKNCRCDGKIVYCESHAF
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NP_001 ADIPENISGGSQGLSLRFNSIQKLKSNQFAGLNQLIWLYLDHNYISSVDEDAFQGIRRLK
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pF1KSD ELILSSNKIFYLPNTTFTQLINLQNLDLSFNQLSSLHPELFYGLRKLQTLHLRSNSLRTI
::::::::: :: : :: . ::.:::::.:.:..:. : : ::::: ::::::::.:.
NP_001 ELILSSNKITYLHNKTFHPVPNLRNLDLSYNKLQTLQSEQFKGLRKLIILHLRSNSLKTV
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pF1KSD PVRLFWDCRSLEFLDLSTNRLRSLARNGFAGLIKLRELHLEHNQLTKINFAHFLRLSSLH
:.:.: :::.:.::::. ::::::.::.::::.::.::::::::..::::::: :: .:.
NP_001 PIRVFQDCRNLDFLDLGYNRLRSLSRNAFAGLLKLKELHLEHNQFSKINFAHFPRLFNLR
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pF1KSD TLFLQWNKISNLTCGMEWTWGTLEKLDLTGNEIKAIDLTVFETMPNLKILLMDNNKLNSL
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NP_001 SIYLQWNRIRSISQGLTWTWSSLHNLDLSGNDIQGIEPGTFKCLPNLQKLNLDSNKLTNI
240 250 260 270 280 290
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pF1KSD DSKILNSLRSLTTVGLSGNLWECSARICALASWLGSFQGRWEHSILCHSPDHTQGEDILD
... .:. :: .. ::::.:::: :: : :: .:.: : ...: .: : ::: . :
NP_001 SQETVNAWISLISITLSGNMWECSRSICPLFYWLKNFKGNKESTMICAGPKHIQGEKVSD
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pF1KSD AVHGFQLCWNLSTTVT----VMATTYRDPTTEYTKRISSSSYHVGDKEIPT-TAGIAVTT
::. ...: ..... : .. : . : : . . . : :. . :. .
NP_001 AVETYNICSEVQVVNTERSHLVPQTPQKPLIIPRPTIFKPDVTQSTFETPSPSPGFQIPG
360 370 380 390 400 410
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pF1KSD EEHFPEPDNAIFTQRVITGTMALLFSFFFIIFIVFISRKCCPPTLRRIRQCSMVQNHRQL
:. : ... : ...:.:..::..: .:......: : : ......: :... .:.
NP_001 AEQ--EYEHVSF-HKIIAGSVALFLSVAMILLVIYVSWKRYPASMKQLQQHSLMKRRRKK
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pF1KSD RSQTRLHMSNMSDQGPYNEYEPTH-EGPFIIINGYGQCKCQQLPYKECEV
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NP_001 ARESERQM-NSPLQEYYVDYKPTNSETMDISVNGSGPCTYTISGSRECEV
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:.:.: :::.:.::::. ::::::.::.::::.::.::::::::..::::::: :: .:.
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