Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0375
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0375, 1516 aa
1>>>pF1KSDA0375 1516 - 1516 aa - 1516 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.8552+/-0.000952; mu= -0.6006+/- 0.057
mean_var=313.4671+/-62.047, 0's: 0 Z-trim(116.0): 21 B-trim: 0 in 0/53
Lambda= 0.072440
statistics sampled from 16523 (16540) to 16523 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.789), E-opt: 0.2 (0.508), width: 16
Scan time: 6.470
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS35008.1 RUSC2 gene_id:9853|Hs108|chr9 (1516) 10511 1113.2 0
CCDS1112.1 RUSC1 gene_id:23623|Hs108|chr1 ( 433) 655 82.8 2.6e-15
CCDS41412.1 RUSC1 gene_id:23623|Hs108|chr1 ( 492) 655 82.8 2.9e-15
CCDS41410.1 RUSC1 gene_id:23623|Hs108|chr1 ( 902) 655 83.0 4.6e-15
>>CCDS35008.1 RUSC2 gene_id:9853|Hs108|chr9 (1516 aa)
initn: 10511 init1: 10511 opt: 10511 Z-score: 5947.5 bits: 1113.2 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 10511; 99.9% identity (100.0% similar) in 1516 aa overlap (1-1516:1-1516)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MDSPPKLTGETLIVHHIPLVHCQVPDRQCCGGAGGGGGSTRPNPFCPPELGITQPDQDLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 MDSPPKLTGETLIVHHIPLVHCQVPDRQCCGGAGGGGGSTRPNPFCPPELGITQPDQDLG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD QADSLLFSSLHSAPGGTARSIDSTKSRSRDGRGPGAPKRHNPFLLQEGVGEPGLGDLYDD
::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 QADSLLFSSLHSTPGGTARSIDSTKSRSRDGRGPGAPKRHNPFLLQEGVGEPGLGDLYDD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD SIGDSATQQSFHLHGTGQPNFHLSSFQLPPSGPRVGRPWGTTRSRAGVVEGQEQEPVMTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 SIGDSATQQSFHLHGTGQPNFHLSSFQLPPSGPRVGRPWGTTRSRAGVVEGQEQEPVMTL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD DTQQCGTSHCCRPELEAETMELDECGGPGGSGSGGGASDTSGFSFDQEWKLSSDESPRNP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 DTQQCGTSHCCRPELEAETMELDECGGPGGSGSGGGASDTSGFSFDQEWKLSSDESPRNP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD GCSGSGDQHCRCSSTSSQSEAADQSMGYVSDSSCNSSDGVLVTFSTLYNKMHGTPRANLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 GCSGSGDQHCRCSSTSSQSEAADQSMGYVSDSSCNSSDGVLVTFSTLYNKMHGTPRANLN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD SAPQSCSDSSFCSHSDPGAFYLDLQPSPFESKMSYESHHPESGGREGGYGCPHASSPELD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 SAPQSCSDSSFCSHSDPGAFYLDLQPSPFESKMSYESHHPESGGREGGYGCPHASSPELD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD ANCNSYRPHCEPCPAVADLTACFQSQARLVVATQNYYKLVTCDLSSQSSPSPAGSSITSC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 ANCNSYRPHCEPCPAVADLTACFQSQARLVVATQNYYKLVTCDLSSQSSPSPAGSSITSC
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD SEEHTKISPPPGPGPDPGPSQPSEYYLFQKPEVQPEEQEAVSSSTQAAAAVGPTVLEGQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 SEEHTKISPPPGPGPDPGPSQPSEYYLFQKPEVQPEEQEAVSSSTQAAAAVGPTVLEGQV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD YTNTSPPNLSTGRQRSRSYDRSLQRSPPVRLGSLERMLSCPVRLSEGPAAMAGPGSPPRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 YTNTSPPNLSTGRQRSRSYDRSLQRSPPVRLGSLERMLSCPVRLSEGPAAMAGPGSPPRR
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD VTSFAELAKGRKKTGGSGSPPLRVSVGDSSQEFSPIQEAQQDRGAPLDEGTCCSHSLPPM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 VTSFAELAKGRKKTGGSGSPPLRVSVGDSSQEFSPIQEAQQDRGAPLDEGTCCSHSLPPM
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD PLGPGMDLLGPDPSPPWSTQVCQGPHSSEMPPAGLRATGQGPLAQLMDPGPALPGSPANS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 PLGPGMDLLGPDPSPPWSTQVCQGPHSSEMPPAGLRATGQGPLAQLMDPGPALPGSPANS
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD HTQRDARARADGGGTESRPVLRYSKEQRPTTLPIQPFVFQHHFPKQLAKARALHSLSQLY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 HTQRDARARADGGGTESRPVLRYSKEQRPTTLPIQPFVFQHHFPKQLAKARALHSLSQLY
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD SLSGCSRTQQPAPLAAPAAQVSVPAPSGEPQASTPRATGRGARKAGSEPETSRPSPLGSY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 SLSGCSRTQQPAPLAAPAAQVSVPAPSGEPQASTPRATGRGARKAGSEPETSRPSPLGSY
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD SPIRSVGPFGPSTDSSASTSCSPPPEQPTATESLPPWSHSCPSAVRPATSQQPQKEDQKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 SPIRSVGPFGPSTDSSASTSCSPPPEQPTATESLPPWSHSCPSAVRPATSQQPQKEDQKI
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD LTLTEYRLHGTGSLPPLGSWRSGLSRAESLARGGGEGSMATRPSNANHLSPQALKWREYR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 LTLTEYRLHGTGSLPPLGSWRSGLSRAESLARGGGEGSMATRPSNANHLSPQALKWREYR
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KSD RKNPLGPPGLSGSLDRRSQEARLARRNPIFEFPGSLSAASHLNCRLNGQAVKPLPLTCPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 RKNPLGPPGLSGSLDRRSQEARLARRNPIFEFPGSLSAASHLNCRLNGQAVKPLPLTCPD
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD FQDPFSLTEKPPAEFCLSPDGSSEAISIDLLQKKGLVKAVNIAVDLIVAHFGTSRDPGVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 FQDPFSLTEKPPAEFCLSPDGSSEAISIDLLQKKGLVKAVNIAVDLIVAHFGTSRDPGVK
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KSD AKLGNSSVSPNVGHLVLKYLCPAVRAVLEDGLKAFVLDVIIGQRKNMPWSVVEASTQLGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 AKLGNSSVSPNVGHLVLKYLCPAVRAVLEDGLKAFVLDVIIGQRKNMPWSVVEASTQLGP
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KSD STKVLHGLYNKVSQFPELTSHTMRFNAFILGLLNIRSLEFWFNHLYNHEDIIQTHYQPWG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 STKVLHGLYNKVSQFPELTSHTMRFNAFILGLLNIRSLEFWFNHLYNHEDIIQTHYQPWG
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KSD FLSAAHTVCPGLFEELLLLLQPLALLPFSLDLLFQHRLLQSGQQQRQHKELLRVSQDLLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 FLSAAHTVCPGLFEELLLLLQPLALLPFSLDLLFQHRLLQSGQQQRQHKELLRVSQDLLL
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KSD SAHSTLQLARARGQEGPGDVDRAAQGERVKGVGASEGGEEEEEEEETEEVAEAAGGSGRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 SAHSTLQLARARGQEGPGDVDRAAQGERVKGVGASEGGEEEEEEEETEEVAEAAGGSGRA
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KSD RWARGGQAGWWYQLMQSSQVYIDGSIEGSRFPRGSSNSSSEKKKGAGGGGPPQAPPPREG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 RWARGGQAGWWYQLMQSSQVYIDGSIEGSRFPRGSSNSSSEKKKGAGGGGPPQAPPPREG
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KSD VVEGAEACPASEEALGRERGWPFWMGSPPDSVLAELRRSREREGPAASPAENEEGASEPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 VVEGAEACPASEEALGRERGWPFWMGSPPDSVLAELRRSREREGPAASPAENEEGASEPS
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KSD PGGIKWGHLFGSRKAQREARPTNRLPSDWLSLDKSMFQLVAQTVGSRREPEPKESLQEPH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 PGGIKWGHLFGSRKAQREARPTNRLPSDWLSLDKSMFQLVAQTVGSRREPEPKESLQEPH
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1450 1460 1470 1480 1490 1500
pF1KSD SPALPSSPPCEVQALCHHLATGPGQLSFHKGDILRVLGRAGGDWLRCSRGPDSGLVPLAY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 SPALPSSPPCEVQALCHHLATGPGQLSFHKGDILRVLGRAGGDWLRCSRGPDSGLVPLAY
1450 1460 1470 1480 1490 1500
1510
pF1KSD VTLTPTPSPTPGSSQN
::::::::::::::::
CCDS35 VTLTPTPSPTPGSSQN
1510
>>CCDS1112.1 RUSC1 gene_id:23623|Hs108|chr1 (433 aa)
initn: 943 init1: 655 opt: 655 Z-score: 388.4 bits: 82.8 E(32554): 2.6e-15
Smith-Waterman score: 858; 36.7% identity (55.7% similar) in 515 aa overlap (992-1503:14-431)
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD QDPFSLTEKPPAEFCLSPDGSSEAISIDLLQKKGLVKAVNIAVDLIVAHFGTSRDPGVKA
:::::. ::...:: :..:::..:. ::
CCDS11 MAEAQSGTGQLQEQKKGLLIAVSVSVDKIISHFGAARNLVQKA
10 20 30 40
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KSD KLGNSSVSPNVGHLVLKYLCPAVRAVLEDGLKAFVLDVIIGQRKNMPWSVVEASTQLGPS
.::.: .::.:::::: ::::..:.. :::: : :.: :::.. ::::::::.. : :
CCDS11 QLGDSRLSPDVGHLVLTTLCPALHALVADGLKPFRKDLITGQRRSSPWSVVEASVKPGSS
50 60 70 80 90 100
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KSD TKVLHGLYNKVSQFPELTSHTMRFNAFILGLLNIRSLEFWFNHLYNHEDIIQTHYQPWGF
:. : ::..::.. :.: ::.:::::::: ..::.::. : . ... : : ::
CCDS11 TRSLGTLYSQVSRLAPLSSSRSRFHAFILGLLNTKQLELWFSSLQEDAGLLSLLYLPTGF
110 120 130 140 150 160
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KSD LSAAHTVCPGLFEELLLLLQPLALLPFSLDLLFQHRLLQSGQQQRQHKELLRVSQDLLLS
.: :. ::.: :::::::::..: : :::::.:
CCDS11 FSLARGGCPSLSTELLLLLQPLSVLTFHLDLLFEH-------------------------
170 180 190
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KSD AHSTLQLARARGQEGPGDVDRAAQGERVKGVGASEGGEEEEEEEETEEVAEAAGGSGRAR
: : :. .. :: : .. ::. . . : . : :. :
CCDS11 -HHHLPLGPPQAPAPPGPPPALQQTMQAM---LHFGGRLAQSLRGTSKEA-ASDPSDSPN
200 210 220 230 240 250
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KSD WARGGQAGWWYQLMQSSQVYIDGSIEGSRFPRGSSNSSSEKKKGAGGGGPPQAPPPREGV
: .:: :: :.:.:: .:. :: :: . . : :.:.
CCDS11 LPTPG--SWWEQLTQASRVYASGGTEG--FPLS------------------RWAPGRHGT
260 270 280 290
1330 1340 1350 1360 1370
pF1KSD V--EGAEACPASEEALGRERGWPFWMGSPPDSVLAELRRSREREGPAASPAENEEGASEP
. :::. : . .. :: .:.: . : ..:::::.::
CCDS11 AAEEGAQERPLPTDEMAPGRG--LWLG--------------RLFGVPGGPAENENGA---
300 310 320 330
1380 1390 1400 1410 1420 1430
pF1KSD SPGGIKWGHLFGSRKAQREARPTNRLPSDWLSLDKSMFQLVAQTVGSRRE-PEPKESLQE
. ::. ::.:: :.. :: . :. : : :.: :
CCDS11 ----------LKSRR-----------PSSWLPPTVSVLALVKR--GAPPEMPSPQE--LE
340 350 360
1440 1450 1460 1470 1480 1490
pF1KSD PHSPALPSSPPCEVQALCHHLATGPGQLSFHKGDILRVLGRAGGDWLRCSRGPDSGLVPL
.: . .. :.::: : :. : ::::..:..:::. . :::::.: ::::.
CCDS11 ASAPRMVQTHRA-VRALCDHTAARPDQLSFRRGEVLRVITTVDEDWLRCGRDGMEGLVPV
370 380 390 400 410 420
1500 1510
pF1KSD AYVTLTPTPSPTPGSSQN
.:..:
CCDS11 GYTSLVL
430
>>CCDS41412.1 RUSC1 gene_id:23623|Hs108|chr1 (492 aa)
initn: 943 init1: 655 opt: 655 Z-score: 387.6 bits: 82.8 E(32554): 2.9e-15
Smith-Waterman score: 858; 36.7% identity (55.7% similar) in 515 aa overlap (992-1503:73-490)
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD QDPFSLTEKPPAEFCLSPDGSSEAISIDLLQKKGLVKAVNIAVDLIVAHFGTSRDPGVKA
:::::. ::...:: :..:::..:. ::
CCDS41 VRSSWSFAGVPGAQRLWMAEAQSGTGQLQEQKKGLLIAVSVSVDKIISHFGAARNLVQKA
50 60 70 80 90 100
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KSD KLGNSSVSPNVGHLVLKYLCPAVRAVLEDGLKAFVLDVIIGQRKNMPWSVVEASTQLGPS
.::.: .::.:::::: ::::..:.. :::: : :.: :::.. ::::::::.. : :
CCDS41 QLGDSRLSPDVGHLVLTTLCPALHALVADGLKPFRKDLITGQRRSSPWSVVEASVKPGSS
110 120 130 140 150 160
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KSD TKVLHGLYNKVSQFPELTSHTMRFNAFILGLLNIRSLEFWFNHLYNHEDIIQTHYQPWGF
:. : ::..::.. :.: ::.:::::::: ..::.::. : . ... : : ::
CCDS41 TRSLGTLYSQVSRLAPLSSSRSRFHAFILGLLNTKQLELWFSSLQEDAGLLSLLYLPTGF
170 180 190 200 210 220
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KSD LSAAHTVCPGLFEELLLLLQPLALLPFSLDLLFQHRLLQSGQQQRQHKELLRVSQDLLLS
.: :. ::.: :::::::::..: : :::::.:
CCDS41 FSLARGGCPSLSTELLLLLQPLSVLTFHLDLLFEH-------------------------
230 240 250
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KSD AHSTLQLARARGQEGPGDVDRAAQGERVKGVGASEGGEEEEEEEETEEVAEAAGGSGRAR
: : :. .. :: : .. ::. . . : . : :. :
CCDS41 -HHHLPLGPPQAPAPPGPPPALQQTMQAM---LHFGGRLAQSLRGTSKEA-ASDPSDSPN
260 270 280 290 300 310
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KSD WARGGQAGWWYQLMQSSQVYIDGSIEGSRFPRGSSNSSSEKKKGAGGGGPPQAPPPREGV
: .:: :: :.:.:: .:. :: :: . . : :.:.
CCDS41 LPTPG--SWWEQLTQASRVYASGGTEG--FPLS------------------RWAPGRHGT
320 330 340 350
1330 1340 1350 1360 1370
pF1KSD V--EGAEACPASEEALGRERGWPFWMGSPPDSVLAELRRSREREGPAASPAENEEGASEP
. :::. : . .. :: .:.: . : ..:::::.::
CCDS41 AAEEGAQERPLPTDEMAPGRG--LWLG--------------RLFGVPGGPAENENGA---
360 370 380 390
1380 1390 1400 1410 1420 1430
pF1KSD SPGGIKWGHLFGSRKAQREARPTNRLPSDWLSLDKSMFQLVAQTVGSRRE-PEPKESLQE
. ::. ::.:: :.. :: . :. : : :.: :
CCDS41 ----------LKSRR-----------PSSWLPPTVSVLALVKR--GAPPEMPSPQE--LE
400 410 420
1440 1450 1460 1470 1480 1490
pF1KSD PHSPALPSSPPCEVQALCHHLATGPGQLSFHKGDILRVLGRAGGDWLRCSRGPDSGLVPL
.: . .. :.::: : :. : ::::..:..:::. . :::::.: ::::.
CCDS41 ASAPRMVQTHRA-VRALCDHTAARPDQLSFRRGEVLRVITTVDEDWLRCGRDGMEGLVPV
430 440 450 460 470 480
1500 1510
pF1KSD AYVTLTPTPSPTPGSSQN
.:..:
CCDS41 GYTSLVL
490
>>CCDS41410.1 RUSC1 gene_id:23623|Hs108|chr1 (902 aa)
initn: 946 init1: 655 opt: 655 Z-score: 383.9 bits: 83.0 E(32554): 4.6e-15
Smith-Waterman score: 909; 28.7% identity (48.9% similar) in 1045 aa overlap (473-1503:30-900)
450 460 470 480 490 500
pF1KSD SEYYLFQKPEVQPEEQEAVSSSTQAAAAVGPTVLEGQVYTNTSPPNLSTGRQRSRSYDRS
: . :: . .: :: .:: ..::.
CCDS41 MLSPQRALLCNLNHIHLQHVSLGLHLSRRPELQEGPL--STPPPPGDTGGKESRG----
10 20 30 40 50
510 520 530 540 550 560
pF1KSD LQRSPPVRLGSLERMLSCPVRLSEGPAAMAGPGSPPRRVTSFAELAKGRKKTGGSGSPPL
: :.: : . ::: :. : : .: . . :
CCDS41 -----PCS-GTLVDANSNSPAVPCRCCQEHGPGLENRQDPSQEE--EGAASPSDPGCSSS
60 70 80 90 100
570 580 590 600 610
pF1KSD RVSVGDSSQEFSPIQEAQQDRGAPLDEGTCCSHSLPPMPLGPGMDLLGPDPSPPWS----
: .: : . ::.. .: : :: . . :. :. : . :: : :
CCDS41 LSSCSDLSPDESPVSVYLRD--LPGDEDAHPQPSIIPLEQGSPLASAGPGTCSPDSFCCS
110 120 130 140 150 160
620 630 640 650 660 670
pF1KSD TQVCQGPHSSEMPPAGLRATGQGPLAQLMD-PGPALPGSPANSHTQRDARARADGGGTES
. :.: :: : :: .. . :. .: :.:.: ..: ::. : .:
CCDS41 PDSCSGASSS--PDPGLD-SNCNALTTCQDVPSPGLE--------EEDERAEQDLPTSEL
170 180 190 200 210
680 690 700 710 720 730
pF1KSD RPVL--RYSKEQRPTTLPIQPFVFQHHFPKQLAKARALHSLSQLYSLSG---CSRTQQPA
. . . . . :.: ... : :. .. .. . .. .: : ..:
CCDS41 LEADDGKIDAGKTEPSWKINP-IWKIDTEKTKAEWKTTENNNTGWKNNGNVNSSWKSEPE
220 230 240 250 260 270
740 750 760 770 780 790
pF1KSD PLAAPAAQVSVPAPSGEPQASTPRATGRGARKAGSEPETSRP-SPLGSYSPIRSVGPFGP
. . . . :: .... . : .. :: : . . . :. :: :
CCDS41 KFDSGWKTNTRITDSGS-KTDAGKIDGGWRSDVSEEPVPHRTITSFHELAQKRKRGPGLP
280 290 300 310 320 330
800 810 820 830 840 850
pF1KSD STDSSASTSCSPPPEQPTATESLPPWSHSCPSAVRPATSQQPQKEDQKILTLTEYRLHGT
. .. . . :: ::: : : :. :. : .: . :. : : ..
CCDS41 LVPQAKKDRSDWLIVFSPDTE-LPP-SGS------PGGSSAPPRE---VTTFKELRSRSR
340 350 360 370
860 870 880 890 900 910
pF1KSD GSLPPLGSWRSGLSRAESLARGGGEGSMATRPSNANHLSPQALKWREYRRKNPLGPPGLS
. ::. : . : . . :: : . : :.:: :::.
CCDS41 APAPPVPP------RDPPV----GWALVPPRPP------PPPVPPR--RKKN---RPGLQ
380 390 400 410
920 930 940 950 960 970
pF1KSD GSLDRRSQEARLARRNPIFEFPGSLSAASHLNCRLNGQAVKPLPLTCPDFQDPFSLTEKP
. .:.:.: . : :. : .: . . .. .:.. :
CCDS41 PIAEGQSEEGRAVSPAAGEEAPA---------------AKEPGAQAGLEVRSSWSFAGVP
420 430 440 450 460
980 990 1000 1010 1020 1030
pF1KSD PAEFCLSPDGSSEAISIDLLQKKGLVKAVNIAVDLIVAHFGTSRDPGVKAKLGNSSVSPN
:. ...: . ... :::::. ::...:: :..:::..:. ::.::.: .::.
CCDS41 GAQRLWMAEAQSGTGQLQE-QKKGLLIAVSVSVDKIISHFGAARNLVQKAQLGDSRLSPD
470 480 490 500 510 520
1040 1050 1060 1070 1080 1090
pF1KSD VGHLVLKYLCPAVRAVLEDGLKAFVLDVIIGQRKNMPWSVVEASTQLGPSTKVLHGLYNK
:::::: ::::..:.. :::: : :.: :::.. ::::::::.. : ::. : ::..
CCDS41 VGHLVLTTLCPALHALVADGLKPFRKDLITGQRRSSPWSVVEASVKPGSSTRSLGTLYSQ
530 540 550 560 570 580
1100 1110 1120 1130 1140 1150
pF1KSD VSQFPELTSHTMRFNAFILGLLNIRSLEFWFNHLYNHEDIIQTHYQPWGFLSAAHTVCPG
::.. :.: ::.:::::::: ..::.::. : . ... : : ::.: :. ::.
CCDS41 VSRLAPLSSSRSRFHAFILGLLNTKQLELWFSSLQEDAGLLSLLYLPTGFFSLARGGCPS
590 600 610 620 630 640
1160 1170 1180 1190 1200 1210
pF1KSD LFEELLLLLQPLALLPFSLDLLFQHRLLQSGQQQRQHKELLRVSQDLLLSAHSTLQLARA
: :::::::::..: : :::::.: : : :.
CCDS41 LSTELLLLLQPLSVLTFHLDLLFEH--------------------------HHHLPLGPP
650 660 670
1220 1230 1240 1250 1260 1270
pF1KSD RGQEGPGDVDRAAQGERVKGVGASEGGEEEEEEEETEEVAEAAGGSGRARWARGGQAGWW
.. :: : .. ::. . . : . : :. : : .::
CCDS41 QAPAPPGPPPALQQTMQAM---LHFGGRLAQSLRGTSKEA-ASDPSDSPNLPTPG--SWW
680 690 700 710 720 730
1280 1290 1300 1310 1320
pF1KSD YQLMQSSQVYIDGSIEGSRFPRGSSNSSSEKKKGAGGGGPPQAPPPREGVV--EGAEACP
:: :.:.:: .:. :: :: . . : :.:.. :::. :
CCDS41 EQLTQASRVYASGGTEG--FPLS------------------RWAPGRHGTAAEEGAQERP
740 750 760 770
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KSD ASEEALGRERGWPFWMGSPPDSVLAELRRSREREGPAASPAENEEGASEPSPGGIKWGHL
. .. :: .:.: . : ..:::::.::
CCDS41 LPTDEMAPGRG--LWLG--------------RLFGVPGGPAENENGA-------------
780 790 800
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KSD FGSRKAQREARPTNRLPSDWLSLDKSMFQLVAQTVGSRRE-PEPKESLQEPHSPALPSSP
. ::. ::.:: :.. :: . :. : : :.: : .: . ..
CCDS41 LKSRR-----------PSSWLPPTVSVLALVKR--GAPPEMPSPQE--LEASAPRMVQTH
810 820 830 840
1450 1460 1470 1480 1490 1500
pF1KSD PCEVQALCHHLATGPGQLSFHKGDILRVLGRAGGDWLRCSRGPDSGLVPLAYVTLTPTPS
:.::: : :. : ::::..:..:::. . :::::.: ::::..:..:
CCDS41 RA-VRALCDHTAARPDQLSFRRGEVLRVITTVDEDWLRCGRDGMEGLVPVGYTSLVL
850 860 870 880 890 900
1510
pF1KSD PTPGSSQN
1516 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 01:27:59 2016 done: Thu Nov 3 01:28:00 2016
Total Scan time: 6.470 Total Display time: 0.120
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]