Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA0372
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0372, 1564 aa
1>>>pF1KSDA0372 1564 - 1564 aa - 1564 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4621+/-0.000566; mu= 23.6300+/- 0.035
mean_var=87.5997+/-18.292, 0's: 0 Z-trim(106.7): 244 B-trim: 526 in 1/52
Lambda= 0.137032
statistics sampled from 14505 (14778) to 14505 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.493), E-opt: 0.2 (0.173), width: 16
Scan time: 15.060
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_055454 (OMIM: 222470,614589) tetratricopeptide (1564) 10225 2033.4 0
XP_016875496 (OMIM: 615855) PREDICTED: transmembra ( 618) 193 49.8 8.5e-05
NP_787057 (OMIM: 615855) transmembrane and TPR rep ( 774) 193 49.9 0.0001
XP_016875494 (OMIM: 615855) PREDICTED: transmembra ( 813) 193 49.9 0.0001
XP_016875493 (OMIM: 615855) PREDICTED: transmembra ( 875) 193 49.9 0.00011
NP_001180380 (OMIM: 615855) transmembrane and TPR ( 882) 193 49.9 0.00011
XP_016875492 (OMIM: 615855) PREDICTED: transmembra ( 888) 193 49.9 0.00011
XP_005253556 (OMIM: 615855) PREDICTED: transmembra ( 944) 193 49.9 0.00012
XP_016880977 (OMIM: 116946) PREDICTED: cell divisi ( 427) 178 46.7 0.0005
NP_001275712 (OMIM: 608132,613464,615985) tetratri ( 276) 154 41.8 0.0097
XP_011534737 (OMIM: 608132,613464,615985) PREDICTE ( 276) 154 41.8 0.0097
>>NP_055454 (OMIM: 222470,614589) tetratricopeptide repe (1564 aa)
initn: 10225 init1: 10225 opt: 10225 Z-score: 10920.3 bits: 2033.4 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 10225; 100.0% identity (100.0% similar) in 1564 aa overlap (1-1564:1-1564)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSSKEVKTALKSARDAIRNKEYKEALKHCKTVLKQEKNNYNAWVFIGVAAAELEQPDQAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 MSSKEVKTALKSARDAIRNKEYKEALKHCKTVLKQEKNNYNAWVFIGVAAAELEQPDQAQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD SAYKKAAELEPDQLLAWQGLANLYEKYNHINAKDDLPGVYQKLLDLYESVDKQKWCDVCK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 SAYKKAAELEPDQLLAWQGLANLYEKYNHINAKDDLPGVYQKLLDLYESVDKQKWCDVCK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD KLVDLYYQEKKHLEVARTWHKLIKTRQEQGAENEELHQLWRKLTQFLAESTEDQNNETQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 KLVDLYYQEKKHLEVARTWHKLIKTRQEQGAENEELHQLWRKLTQFLAESTEDQNNETQQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD LLFTAFENALGLSDKIPSEDHQVLYRHFIQSLSKFPHESARLKKACEGMINIYPTVQYPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 LLFTAFENALGLSDKIPSEDHQVLYRHFIQSLSKFPHESARLKKACEGMINIYPTVQYPL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD EVLCLHLIESGNLTDEGQQYCCRLVEMDSKSGPGLIGLGIKALQDKKYEDAVRNLTEGLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 EVLCLHLIESGNLTDEGQQYCCRLVEMDSKSGPGLIGLGIKALQDKKYEDAVRNLTEGLK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD ESPVCTSGWYHLAEAQVKMHRPKEAVLSCSQALKIVDNLGASGNSLYQRNLCLHLKAEAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 ESPVCTSGWYHLAEAQVKMHRPKEAVLSCSQALKIVDNLGASGNSLYQRNLCLHLKAEAL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD IKLSDYDSSEEAIRTLDQISDADNIPGLLVLKSLAYRNKGSFDEAAKIMEDLLSSYPDLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 IKLSDYDSSEEAIRTLDQISDADNIPGLLVLKSLAYRNKGSFDEAAKIMEDLLSSYPDLA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD EVHALEALIHFTKKDYLQAEKCFQRALEKDTEVAEYHYQLGLTYWFMGEETRKDKTKALT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 EVHALEALIHFTKKDYLQAEKCFQRALEKDTEVAEYHYQLGLTYWFMGEETRKDKTKALT
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD HFLKAARLDTYMGKVFCYLGHYYRDVVGDKNRARGCYRKAFELDDTDAESGAAAVDLSVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 HFLKAARLDTYMGKVFCYLGHYYRDVVGDKNRARGCYRKAFELDDTDAESGAAAVDLSVE
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD LEDMEMALAILTTVTQKASAGTAKWAWLRRGLYYLKAGQHSQAVADLQAALRADPKDFNC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 LEDMEMALAILTTVTQKASAGTAKWAWLRRGLYYLKAGQHSQAVADLQAALRADPKDFNC
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD WESLGEAYLSRGGYTTALKSFTKASELNPESIYSVFKVAAIQQILGKYKEAVAQYQMIIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 WESLGEAYLSRGGYTTALKSFTKASELNPESIYSVFKVAAIQQILGKYKEAVAQYQMIIK
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD KKEDYVPALKGLGECHLMMAKAALVDYLDGKAVDYIEKALEYFTCALQHRADVSCLWKLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 KKEDYVPALKGLGECHLMMAKAALVDYLDGKAVDYIEKALEYFTCALQHRADVSCLWKLA
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD GDACTCLYAVAPSKVNVHVLGVLLGQKEGKQVLKKNELLHLGGRCYGRALKLMSTSNTWC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 GDACTCLYAVAPSKVNVHVLGVLLGQKEGKQVLKKNELLHLGGRCYGRALKLMSTSNTWC
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD DLGINYYRQAQHLAETGSNMNDLKELLEKSLHCLKKAVRLDSNNHLYWNALGVVACYSGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 DLGINYYRQAQHLAETGSNMNDLKELLEKSLHCLKKAVRLDSNNHLYWNALGVVACYSGI
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD GNYALAQHCFIKSIQSEQINAVAWTNLGVLYLTNENIEQAHEAFKMAQSLDPSYLMCWIG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 GNYALAQHCFIKSIQSEQINAVAWTNLGVLYLTNENIEQAHEAFKMAQSLDPSYLMCWIG
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KSD QALIAEAVGSYDTMDLFRHTTELNMHTEGALGYAYWVCTTLQDKSNRETELYQYNILQMN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 QALIAEAVGSYDTMDLFRHTTELNMHTEGALGYAYWVCTTLQDKSNRETELYQYNILQMN
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD AIPAAQVILNKYVERIQNYAPAFTMLGYLNEHLQLKKEAANAYQRAILLLQTAEDQDTYN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 AIPAAQVILNKYVERIQNYAPAFTMLGYLNEHLQLKKEAANAYQRAILLLQTAEDQDTYN
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KSD VAIRNYGRLLCSTGEYDKAIQAFKSTPLEVLEDIIGFALALFMKGLYKESSKAYERALSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 VAIRNYGRLLCSTGEYDKAIQAFKSTPLEVLEDIIGFALALFMKGLYKESSKAYERALSI
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KSD VESEQDKAHILTALAITEYKQGKTDVAKTLLFKCSILKEPTTESLQALCALGLAMQDATL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 VESEQDKAHILTALAITEYKQGKTDVAKTLLFKCSILKEPTTESLQALCALGLAMQDATL
1090 1100 1110 1120 1130 1140
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pF1KSD SKAALNELLKHIKHKDSNYQRCLLTSAIYALQGRSVAVQKQISKAVHSNPGDPALWSLLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 SKAALNELLKHIKHKDSNYQRCLLTSAIYALQGRSVAVQKQISKAVHSNPGDPALWSLLS
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KSD RVVAQYAQRNAKGGVVAGNVAHILDSNHGKKALLYTAVNQLAMGSSSAEDEKNTALKTIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 RVVAQYAQRNAKGGVVAGNVAHILDSNHGKKALLYTAVNQLAMGSSSAEDEKNTALKTIQ
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KSD KAALLSPGDPAIWAGLMAACHADDKLALVNNTQPKRIDLYLALLSAVSASIKDEKFFENY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 KAALLSPGDPAIWAGLMAACHADDKLALVNNTQPKRIDLYLALLSAVSASIKDEKFFENY
1270 1280 1290 1300 1310 1320
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pF1KSD NQSLEKWSLSQAVTGLIDTGRISEAETLCTKNLKSNPDQPAVILLLRQVQCKPLLESQKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 NQSLEKWSLSQAVTGLIDTGRISEAETLCTKNLKSNPDQPAVILLLRQVQCKPLLESQKP
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KSD LPDAVLEELQKTVMSNSTSVPAWQWLAHVYQSQGMMRAAEMCYRKSLQLASQRGSWSGKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 LPDAVLEELQKTVMSNSTSVPAWQWLAHVYQSQGMMRAAEMCYRKSLQLASQRGSWSGKL
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1450 1460 1470 1480 1490 1500
pF1KSD SSLLRLALLALKVCMANISNDHWPSLVQEATTEALKLCFCPLAVLLQALLQFKRKMGARE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 SSLLRLALLALKVCMANISNDHWPSLVQEATTEALKLCFCPLAVLLQALLQFKRKMGARE
1450 1460 1470 1480 1490 1500
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pF1KSD TRRLLERVVYQPGYPKSIASTARWYLLRHLYAKDDYELIDVLVNNAKTHGDTRALELNQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 TRRLLERVVYQPGYPKSIASTARWYLLRHLYAKDDYELIDVLVNNAKTHGDTRALELNQR
1510 1520 1530 1540 1550 1560
pF1KSD LSSQ
::::
NP_055 LSSQ
>>XP_016875496 (OMIM: 615855) PREDICTED: transmembrane a (618 aa)
initn: 141 init1: 71 opt: 193 Z-score: 207.1 bits: 49.8 E(85289): 8.5e-05
Smith-Waterman score: 208; 23.8% identity (52.3% similar) in 407 aa overlap (298-674:211-597)
270 280 290 300 310 320
pF1KSD DSKSGPGLIGLGIKALQDKKYEDAVRNLTEGLKESPVCTSGWYHLAEAQVKMHRPKEAVL
:.. : .. :. :. . : :::.
XP_016 VSTVLLLLLFSWKTVKQNEIWLSRESLFRSGVQTLPHNAKVHYNYANFLKDQGRNKEAIY
190 200 210 220 230 240
330 340 350 360
pF1KSD SCSQALKI-------VDNLG------ASGNSLYQRNLCLHLK-AEALIKLSDY----DSS
:::. ..::: : .. ::: : :: . .::..:.. ...
XP_016 HYRTALKLYPRHASALNNLGTLTRDTAEAKMYYQRALQLHPQHNRALFNLGNLLKSQEKK
250 260 270 280 290 300
370 380 390 400 410 420
pF1KSD EEAIRTL-DQISD----ADNIPGLLVLKSLAYRNKGSFDEAAKIMEDLLSSYPDLAEVHA
:::: : :.:. :: .: : :: ... : :: .:.. ... :: ...:
XP_016 EEAITLLKDSIKYGPEFADAYSSLASL--LAEQER--FKEAEEIYQTGIKNCPDSSDLHN
310 320 330 340 350
430 440 450 460 470 480
pF1KSD LEALIHFTKKDYLQAEKCFQRALEKDTEVAEYHYQLGLTYWFMGEETRKDKTKALTHFLK
... .: .:.:.. . .:: : .::.. .. . :
XP_016 NYGVFLVDTGLPEKAVAHYQQAIKLSPSHHVAMVNLGRLYRSLGENSMAEE------WYK
360 370 380 390 400 410
490 500 510 520 530 540
pF1KSD AARLDTYMGKVFCYLGHYYRDVVGDKNRARGCYRKAFELDDTDAESGAAAVDLSVELEDM
: .. .... :: : .. : ..: :..: :. .. : : ... . . .
XP_016 RALQVAHKAEILSPLGALYYNT-GRYEEALQIYQEAAALQPSQRELRLALAQVLAVMGQT
420 430 440 450 460
550 560 570 580 590 600
pF1KSD EMALAILTTVTQKASAGTAKWAWLRRGLYYLKAGQHSQAVADLQAALRADPKDFNCWESL
. : . . .... .. . : . : : .:..:. .. ::. ::: . .
XP_016 KEAEKMTNHIVSEETGCLECYRLL--SAIYSKQENHDKALDAIDKALQLKPKDP---KVI
470 480 490 500 510 520
610 620 630 640 650
pF1KSD GEAYLSRGGYTT-------ALKSFTKASELNPESIYSVFKVAAIQQILGKYKEAVAQYQM
.: ....:. :..:. : .:::.. . .....::.: ::: : : :.
XP_016 SELFFTKGNQLREQNLLDKAFESYRVAVQLNPDQAQAWMNMGGIQHIKGKYVSARAYYER
530 540 550 560 570 580
660 670 680 690 700 710
pF1KSD IIKKKEDYVPALKGLGECHLMMAKAALVDYLDGKAVDYIEKALEYFTCALQHRADVSCLW
.. :: : : :
XP_016 ALQ----LVPDSKLLKENLAKLDRLEKRLQEVREKDQT
590 600 610
>>NP_787057 (OMIM: 615855) transmembrane and TPR repeat- (774 aa)
initn: 141 init1: 71 opt: 193 Z-score: 205.8 bits: 49.9 E(85289): 0.0001
Smith-Waterman score: 208; 23.8% identity (52.3% similar) in 407 aa overlap (298-674:367-753)
270 280 290 300 310 320
pF1KSD DSKSGPGLIGLGIKALQDKKYEDAVRNLTEGLKESPVCTSGWYHLAEAQVKMHRPKEAVL
:.. : .. :. :. . : :::.
NP_787 VSTVLLLLLFSWKTVKQNEIWLSRESLFRSGVQTLPHNAKVHYNYANFLKDQGRNKEAIY
340 350 360 370 380 390
330 340 350 360
pF1KSD SCSQALKI-------VDNLG------ASGNSLYQRNLCLHLK-AEALIKLSDY----DSS
:::. ..::: : .. ::: : :: . .::..:.. ...
NP_787 HYRTALKLYPRHASALNNLGTLTRDTAEAKMYYQRALQLHPQHNRALFNLGNLLKSQEKK
400 410 420 430 440 450
370 380 390 400 410 420
pF1KSD EEAIRTL-DQISD----ADNIPGLLVLKSLAYRNKGSFDEAAKIMEDLLSSYPDLAEVHA
:::: : :.:. :: .: : :: ... : :: .:.. ... :: ...:
NP_787 EEAITLLKDSIKYGPEFADAYSSLASL--LAEQER--FKEAEEIYQTGIKNCPDSSDLHN
460 470 480 490 500 510
430 440 450 460 470 480
pF1KSD LEALIHFTKKDYLQAEKCFQRALEKDTEVAEYHYQLGLTYWFMGEETRKDKTKALTHFLK
... .: .:.:.. . .:: : .::.. .. . :
NP_787 NYGVFLVDTGLPEKAVAHYQQAIKLSPSHHVAMVNLGRLYRSLGENSMAEE------WYK
520 530 540 550 560
490 500 510 520 530 540
pF1KSD AARLDTYMGKVFCYLGHYYRDVVGDKNRARGCYRKAFELDDTDAESGAAAVDLSVELEDM
: .. .... :: : .. : ..: :..: :. .. : : ... . . .
NP_787 RALQVAHKAEILSPLGALYYNT-GRYEEALQIYQEAAALQPSQRELRLALAQVLAVMGQT
570 580 590 600 610 620
550 560 570 580 590 600
pF1KSD EMALAILTTVTQKASAGTAKWAWLRRGLYYLKAGQHSQAVADLQAALRADPKDFNCWESL
. : . . .... .. . : . : : .:..:. .. ::. ::: . .
NP_787 KEAEKMTNHIVSEETGCLECYRLL--SAIYSKQENHDKALDAIDKALQLKPKDP---KVI
630 640 650 660 670 680
610 620 630 640 650
pF1KSD GEAYLSRGGYTT-------ALKSFTKASELNPESIYSVFKVAAIQQILGKYKEAVAQYQM
.: ....:. :..:. : .:::.. . .....::.: ::: : : :.
NP_787 SELFFTKGNQLREQNLLDKAFESYRVAVQLNPDQAQAWMNMGGIQHIKGKYVSARAYYER
690 700 710 720 730 740
660 670 680 690 700 710
pF1KSD IIKKKEDYVPALKGLGECHLMMAKAALVDYLDGKAVDYIEKALEYFTCALQHRADVSCLW
.. :: : : :
NP_787 ALQ----LVPDSKLLKENLAKLDRLEKRLQEVREKDQT
750 760 770
>>XP_016875494 (OMIM: 615855) PREDICTED: transmembrane a (813 aa)
initn: 141 init1: 71 opt: 193 Z-score: 205.5 bits: 49.9 E(85289): 0.0001
Smith-Waterman score: 208; 23.8% identity (52.3% similar) in 407 aa overlap (298-674:406-792)
270 280 290 300 310 320
pF1KSD DSKSGPGLIGLGIKALQDKKYEDAVRNLTEGLKESPVCTSGWYHLAEAQVKMHRPKEAVL
:.. : .. :. :. . : :::.
XP_016 VSTVLLLLLFSWKTVKQNEIWLSRESLFRSGVQTLPHNAKVHYNYANFLKDQGRNKEAIY
380 390 400 410 420 430
330 340 350 360
pF1KSD SCSQALKI-------VDNLG------ASGNSLYQRNLCLHLK-AEALIKLSDY----DSS
:::. ..::: : .. ::: : :: . .::..:.. ...
XP_016 HYRTALKLYPRHASALNNLGTLTRDTAEAKMYYQRALQLHPQHNRALFNLGNLLKSQEKK
440 450 460 470 480 490
370 380 390 400 410 420
pF1KSD EEAIRTL-DQISD----ADNIPGLLVLKSLAYRNKGSFDEAAKIMEDLLSSYPDLAEVHA
:::: : :.:. :: .: : :: ... : :: .:.. ... :: ...:
XP_016 EEAITLLKDSIKYGPEFADAYSSLASL--LAEQER--FKEAEEIYQTGIKNCPDSSDLHN
500 510 520 530 540 550
430 440 450 460 470 480
pF1KSD LEALIHFTKKDYLQAEKCFQRALEKDTEVAEYHYQLGLTYWFMGEETRKDKTKALTHFLK
... .: .:.:.. . .:: : .::.. .. . :
XP_016 NYGVFLVDTGLPEKAVAHYQQAIKLSPSHHVAMVNLGRLYRSLGENSMAEE------WYK
560 570 580 590 600
490 500 510 520 530 540
pF1KSD AARLDTYMGKVFCYLGHYYRDVVGDKNRARGCYRKAFELDDTDAESGAAAVDLSVELEDM
: .. .... :: : .. : ..: :..: :. .. : : ... . . .
XP_016 RALQVAHKAEILSPLGALYYNT-GRYEEALQIYQEAAALQPSQRELRLALAQVLAVMGQT
610 620 630 640 650 660
550 560 570 580 590 600
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. : . . .... .. . : . : : .:..:. .. ::. ::: . .
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670 680 690 700 710
610 620 630 640 650
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.: ....:. :..:. : .:::.. . .....::.: ::: : : :.
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.. :: : : :
XP_016 ALQ----LVPDSKLLKENLAKLDRLEKRLQEVREKDQT
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:.. : .. :. :. . : :::.
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... .: .:.:.. . .:: : .::.. .. . :
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. : . . .... .. . : . : : .:..:. .. ::. ::: . .
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.. :: : : :
XP_016 ALQ----LVPDSKLLKENLAKLDRLEKRLQEVREKDQT
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:::: : :.:. :: .: : :: ... : :: .:.. ... :: ...:
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... .: .:.:.. . .:: : .::.. .. . :
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pF1KSD AARLDTYMGKVFCYLGHYYRDVVGDKNRARGCYRKAFELDDTDAESGAAAVDLSVELEDM
: .. .... :: : .. : ..: :..: :. .. : : ... . . .
NP_001 RALQVAHKAEILSPLGALYYNT-GRYEEALQIYQEAAALQPSQRELRLALAQVLAVMGQT
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. : . . .... .. . : . : : .:..:. .. ::. ::: . .
NP_001 KEAEKMTNHIVSEETGCLECYRLL--SAIYSKQENHDKALDAIDKALQLKPKDP---KVI
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pF1KSD GEAYLSRGGYTT-------ALKSFTKASELNPESIYSVFKVAAIQQILGKYKEAVAQYQM
.: ....:. :..:. : .:::.. . .....::.: ::: : : :.
NP_001 SELFFTKGNQLREQNLLDKAFESYRVAVQLNPDQAQAWMNMGGIQHIKGKYVSARAYYER
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pF1KSD IIKKKEDYVPALKGLGECHLMMAKAALVDYLDGKAVDYIEKALEYFTCALQHRADVSCLW
.. :: : : :
NP_001 ALQ----LVPDSKLLKENLAKLDRLEKRLQEVREKDQT
850 860 870 880
>>XP_016875492 (OMIM: 615855) PREDICTED: transmembrane a (888 aa)
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pF1KSD EEAIRTL-DQISD----ADNIPGLLVLKSLAYRNKGSFDEAAKIMEDLLSSYPDLAEVHA
:::: : :.:. :: .: : :: ... : :: .:.. ... :: ...:
XP_016 EEAITLLKDSIKYGPEFADAYSSLASL--LAEQER--FKEAEEIYQTGIKNCPDSSDLHN
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... .: .:.:.. . .:: : .::.. .. . :
XP_016 NYGVFLVDTGLPEKAVAHYQQAIKLSPSHHVAMVNLGRLYRSLGENSMAEE------WYK
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: .. .... :: : .. : ..: :..: :. .. : : ... . . .
XP_016 RALQVAHKAEILSPLGALYYNT-GRYEEALQIYQEAAALQPSQRELRLALAQVLAVMGQT
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XP_016 KEAEKMTNHIVSEETGCLECYRLL--SAIYSKQENHDKALDAIDKALQLKPKDP---KVI
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pF1KSD GEAYLSRGGYTT-------ALKSFTKASELNPESIYSVFKVAAIQQILGKYKEAVAQYQM
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XP_016 SELFFTKGNQLREQNLLDKAFESYRVAVQLNPDQAQAWMNMGGIQHIKGKYVSARAYYER
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.. :: : : :
XP_016 ALQ----LVPDSKLLKENLAKLDRLEKRLQEVREKDQT
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>>XP_005253556 (OMIM: 615855) PREDICTED: transmembrane a (944 aa)
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Smith-Waterman score: 208; 23.8% identity (52.3% similar) in 407 aa overlap (298-674:537-923)
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:.. : .. :. :. . : :::.
XP_005 VSTVLLLLLFSWKTVKQNEIWLSRESLFRSGVQTLPHNAKVHYNYANFLKDQGRNKEAIY
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pF1KSD SCSQALKI-------VDNLG------ASGNSLYQRNLCLHLK-AEALIKLSDY----DSS
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XP_005 HYRTALKLYPRHASALNNLGTLTRDTAEAKMYYQRALQLHPQHNRALFNLGNLLKSQEKK
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:::: : :.:. :: .: : :: ... : :: .:.. ... :: ...:
XP_005 EEAITLLKDSIKYGPEFADAYSSLASL--LAEQER--FKEAEEIYQTGIKNCPDSSDLHN
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pF1KSD LEALIHFTKKDYLQAEKCFQRALEKDTEVAEYHYQLGLTYWFMGEETRKDKTKALTHFLK
... .: .:.:.. . .:: : .::.. .. . :
XP_005 NYGVFLVDTGLPEKAVAHYQQAIKLSPSHHVAMVNLGRLYRSLGENSMAEE------WYK
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pF1KSD AARLDTYMGKVFCYLGHYYRDVVGDKNRARGCYRKAFELDDTDAESGAAAVDLSVELEDM
: .. .... :: : .. : ..: :..: :. .. : : ... . . .
XP_005 RALQVAHKAEILSPLGALYYNT-GRYEEALQIYQEAAALQPSQRELRLALAQVLAVMGQT
740 750 760 770 780 790
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pF1KSD EMALAILTTVTQKASAGTAKWAWLRRGLYYLKAGQHSQAVADLQAALRADPKDFNCWESL
. : . . .... .. . : . : : .:..:. .. ::. ::: . .
XP_005 KEAEKMTNHIVSEETGCLECYRLL--SAIYSKQENHDKALDAIDKALQLKPKDP---KVI
800 810 820 830 840 850
610 620 630 640 650
pF1KSD GEAYLSRGGYTT-------ALKSFTKASELNPESIYSVFKVAAIQQILGKYKEAVAQYQM
.: ....:. :..:. : .:::.. . .....::.: ::: : : :.
XP_005 SELFFTKGNQLREQNLLDKAFESYRVAVQLNPDQAQAWMNMGGIQHIKGKYVSARAYYER
860 870 880 890 900 910
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pF1KSD IIKKKEDYVPALKGLGECHLMMAKAALVDYLDGKAVDYIEKALEYFTCALQHRADVSCLW
.. :: : : :
XP_005 ALQ----LVPDSKLLKENLAKLDRLEKRLQEVREKDQT
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>>XP_016880977 (OMIM: 116946) PREDICTED: cell division c (427 aa)
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: ...: .:.. : :: . .: ..:.
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pF1KSD EKDTEVAEYHYQLGLTYWFMGEETRKDKTKALTHFLKAARLDTYMGKVFCYL--G-HYYR
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pF1KSD DVVG--DKNRARGCYRKAF-ELDDTDAESGAAAVDLSVELEDMEMALAILTTVTQKASAG
.. .:. : . : . ..: .. :. :: . .. ..:. .. . : .. .
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pF1KSD TAKWAWLRRGLYYLKAGQHSQAVADLQAALRADPKDFNCWESLGEAYLSRGGYTTALKSF
: .:. : .. . . ..:.: .. :.:..:. .: : .:: : .. .. : :
XP_016 YA-YAYTLLGHEFVLTEELDKALACFRNAIRVNPRHYNAWYGLGMIYYKQEKFSLAEMHF
210 220 230 240 250 260
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pF1KSD TKASELNPESIYSVFKVAAIQQILGKYKEAVAQYQ--MIIKKK---------------ED
:: ..::.: . .....:. : : ..:. . ..: : :
XP_016 QKALDINPQSSVLLCHIGVVQHALKKSEKALDTLNKAIVIDPKNPLCKFHRASVLFANEK
270 280 290 300 310 320
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pF1KSD YVPALKGLGECHLMMAKAALVDYLDGKAVDYIEKALEYFTCALQHRADVSCLWKLAGDAC
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>>NP_001275712 (OMIM: 608132,613464,615985) tetratricope (276 aa)
initn: 160 init1: 118 opt: 154 Z-score: 170.2 bits: 41.8 E(85289): 0.0097
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pF1KSD AGDACTCLYAVAPSKVNVHVLGVLLGQKEGKQVLKKNELLHLGGRCYGRALKLMSTSNTW
:.:::... . : : ...: .
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pF1KSD CDLGINYYRQAQHLA-ETGSNMNDL------KELLEKSLHCLKKAVRLDSNNHL---YWN
.... .::. ... .:. .:.: . . .: ...:. : :.. :
NP_001 -EIALRFYRRLLQMGIYNGQLFNNLGLCCFYAQQYDMTLTSFERALSLAENEEEAADVWY
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:: :: :::. ::..:: .. ... .: :..::.:: . . ..:::. .. :.:
NP_001 NLGHVAV--GIGDTNLAHQCFRLALVNNNNHAEAYNNLAVLEMRKGHVEQARALLQTASS
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pF1KSD LDPSYLMCWIGQALIAEAVGSYDTMDLFRHTTELNMHTEGALGYAYWVCTTLQDKSNRET
: : . .. : :.. .:
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60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 18:31:04 2016 done: Thu Nov 3 18:31:06 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]