Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0353
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0353, 1565 aa
1>>>pF1KSDA0353 1565 - 1565 aa - 1565 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.3762+/-0.00119; mu= 5.3184+/- 0.071
mean_var=238.3268+/-49.728, 0's: 0 Z-trim(108.9): 105 B-trim: 64 in 1/51
Lambda= 0.083078
statistics sampled from 10429 (10524) to 10429 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.654), E-opt: 0.2 (0.323), width: 16
Scan time: 5.040
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS73787.1 SYNM gene_id:23336|Hs108|chr15 (1565) 10099 1225.2 0
CCDS73786.1 SYNM gene_id:23336|Hs108|chr15 (1253) 7384 899.7 0
CCDS7120.1 VIM gene_id:7431|Hs108|chr10 ( 466) 488 72.9 2.7e-12
CCDS45708.1 GFAP gene_id:2670|Hs108|chr17 ( 431) 460 69.5 2.6e-11
CCDS11491.1 GFAP gene_id:2670|Hs108|chr17 ( 432) 460 69.5 2.6e-11
CCDS59296.1 GFAP gene_id:2670|Hs108|chr17 ( 438) 460 69.5 2.7e-11
CCDS8783.1 PRPH gene_id:5630|Hs108|chr12 ( 470) 457 69.2 3.6e-11
>>CCDS73787.1 SYNM gene_id:23336|Hs108|chr15 (1565 aa)
initn: 10099 init1: 10099 opt: 10099 Z-score: 6552.4 bits: 1225.2 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 10099; 99.7% identity (99.9% similar) in 1565 aa overlap (1-1565:1-1565)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MLSWRLQTGPEKAELQELNARLYDYVCRVRELERENLLLEEELRGRRGREGLWAEGQARC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 MLSWRLQTGPEKAELQELNARLYDYVCRVRELERENLLLEEELRGRRGREGLWAEGQARC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD AEEARSLRQQLDELSWATALAEGERDALRRELRELQRLDAEERAARGRLDAELGAQQREL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 AEEARSLRQQLDELSWATALAEGERDALRRELRELQRLDAEERAARGRLDAELGAQQREL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD QEALGARAALEALLGRLQAERRGLDAAHERDVRELRARAASLTMHFRARATGPAAPPPRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 QEALGARAALEALLGRLQAERRGLDAAHERDVRELRARAASLTMHFRARATGPAAPPPRL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD REVHDSYALLVAESWRETVQLYEDEVRELEEALRRGQESRLQAEEETRLCAQEAEALRRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 REVHDSYALLVAESWRETVQLYEDEVRELEEALRRGQESRLQAEEETRLCAQEAEALRRE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD ALGLEQLRARLEDALLRMREEYGIQAEERQRAIDCLEDEKATLTLAMADWLRDYQDLLQV
:::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 ALGLEQLRARLEDALLRMREEYGIQAEERQRVIDCLEDEKATLTLAMADWLRDYQDLLQV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD KTGLSLEVATYRALLEGESNPEIVIWAEHVENMPSEFRNKSYHYTDSLLQRENEWNLFSR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::
CCDS73 KTGLSLEVATYRALLEGESNPEIVIWAEHVENMPSEFRNKSYHYTDSLLQRENERNLFSR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD QKAPLASFNHSSALYSNLSGHRGSQTGTSIGGDARRGFLGSGYSSSATTQQENSYGKAVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 QKAPLASFNHSSALYSNLSGHRGSQTGTSIGGDARRGFLGSGYSSSATTQQENSYGKAVS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD SQTNVRTFSPTYGLLRNTEAQVKTFPDRPKAGDTREVPVYISEDSTIARESYRDRRDKVA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::
CCDS73 SQTNVRTFSPTYGLLRNTEAQVKTFPDRPKAGDTREVPVYIGEDSTIARESYRDRRDKVA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD AGASESTRSNERTVILGKKTEVKATREQERNRPETIRTKPEEKMFDSKEKASEERNLRWE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 AGASESTRSNERTVILGKKTEVKATREQERNRPETIRTKPEEKMFDSKEKASEERNLRWE
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD ELTKLDKEARQRESQQMKEKAKEKDSPKEKSVREREVPISLEVSQDRRAEVSPKGLQTPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 ELTKLDKEARQRESQQMKEKAKEKDSPKEKSVREREVPISLEVSQDRRAEVSPKGLQTPV
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD KDAGGGTGREAEARELRFRLGTSDATGSLQGDSMTETVAENIVTSILKQFTQSPETEASA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 KDAGGGTGREAEARELRFRLGTSDATGSLQGDSMTETVAENIVTSILKQFTQSPETEASA
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD DSFPDTKVTYVDRKELPGERKTKTEIVVESKLTEDVDVSDEAGLDYLLSKDIKEVGLKGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 DSFPDTKVTYVDRKELPGERKTKTEIVVESKLTEDVDVSDEAGLDYLLSKDIKEVGLKGK
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD SAEQMIGDIINLGLKGREGRAKVVNVEIVEEPVSYVSGEKPEEFSVPFKVEEVEDVSPGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 SAEQMIGDIINLGLKGREGRAKVVNVEIVEEPVSYVSGEKPEEFSVPFKVEEVEDVSPGP
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD WGLVKEEEGYGESDVTFSVNQHRRTKQPQENTTHVEEVTEAGDSEGEQSYFVSTPDEHPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 WGLVKEEEGYGESDVTFSVNQHRRTKQPQENTTHVEEVTEAGDSEGEQSYFVSTPDEHPG
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD GHDRDDGSVYGQIHIEEESTIRYSWQDEIVQGTRRRTQKDGAVGEKVVKPLDVPAPSLEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 GHDRDDGSVYGQIHIEEESTIRYSWQDEIVQGTRRRTQKDGAVGEKVVKPLDVPAPSLEG
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KSD DLGSTHWKEQARSGEFHAEPTVIEKEIKIPHEFHTSMKGISSKEPRQQLVEVIGQLEETL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 DLGSTHWKEQARSGEFHAEPTVIEKEIKIPHEFHTSMKGISSKEPRQQLVEVIGQLEETL
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD PERMREELSALTREGQGGPGSVSVDVKKVQGAGGSSVTLVAEVNVSQTVDADRLDLEELS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 PERMREELSALTREGQGGPGSVSVDVKKVQGAGGSSVTLVAEVNVSQTVDADRLDLEELS
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KSD KDEASEMEKAVESVVRESLSRQRSPAPGSPDEEGGAEAPAAGIRFRRWATRELYIPSGES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 KDEASEMEKAVESVVRESLSRQRSPAPGSPDEEGGAEAPAAGIRFRRWATRELYIPSGES
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KSD EVAGGASHSSGQRTPQGPVSATVEVSSPTGFAQSQVLEDVSQAARHIKLGPSEVWRTERM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 EVAGGASHSSGQRTPQGPVSATVEVSSPTGFAQSQVLEDVSQAARHIKLGPSEVWRTERM
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KSD SYEGPTAEVVEVSAGGDLSQAASPTGASRSVRHVTLGPGQSPLSREVIFLGPAPACPEAW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 SYEGPTAEVVEVSAGGDLSQAASPTGASRSVRHVTLGPGQSPLSREVIFLGPAPACPEAW
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KSD GSPEPGPAESSADMDGSGRHSTFGCRQFHAEKEIIFQGPISAAGKVGDYFATEESVGTQT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 GSPEPGPAESSADMDGSGRHSTFGCRQFHAEKEIIFQGPISAAGKVGDYFATEESVGTQT
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KSD SVRQLQLGPKEGFSGQIQFTAPLSDKVELGVIGDSVHMEGLPGSSTSIRHISIGPQRHQT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 SVRQLQLGPKEGFSGQIQFTAPLSDKVELGVIGDSVHMEGLPGSSTSIRHISIGPQRHQT
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KSD TQQIVYHGLVPQLGESGDSESTVHGEGSADVHQATHSHTSGRQTVMTEKSTFQSVVSESP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 TQQIVYHGLVPQLGESGDSESTVHGEGSADVHQATHSHTSGRQTVMTEKSTFQSVVSESP
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KSD QEDSAGDTSGAEMTSGVSRSFRHIRLGPTETETSEHIAIRGPVSRTFVLAGSADSPELGK
::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 QEDSAEDTSGAEMTSGVSRSFRHIRLGPTETETSEHIAIRGPVSRTFVLAGSADSPELGK
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1450 1460 1470 1480 1490 1500
pF1KSD LADSSRTLRHIAPGPKETSFTFQMDVSNVEAIRSRTQEAGALGVSDRGSWRDADSRNDQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 LADSSRTLRHIAPGPKETSFTFQMDVSNVEAIRSRTQEAGALGVSDRGSWRDADSRNDQA
1450 1460 1470 1480 1490 1500
1510 1520 1530 1540 1550 1560
pF1KSD VGVSFKASAGEGDQAHREQGKEQAMFDKKVQLQRMVDQRSVISDEKKVALLYLDNEEEEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 VGVSFKASAGEGDQAHREQGKEQAMFDKKVQLQRMVDQRSVISDEKKVALLYLDNEEEEN
1510 1520 1530 1540 1550 1560
pF1KSD DGHWF
:::::
CCDS73 DGHWF
>>CCDS73786.1 SYNM gene_id:23336|Hs108|chr15 (1253 aa)
initn: 7456 init1: 7382 opt: 7384 Z-score: 4795.1 bits: 899.7 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 7418; 79.9% identity (80.0% similar) in 1565 aa overlap (1-1565:1-1253)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MLSWRLQTGPEKAELQELNARLYDYVCRVRELERENLLLEEELRGRRGREGLWAEGQARC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 MLSWRLQTGPEKAELQELNARLYDYVCRVRELERENLLLEEELRGRRGREGLWAEGQARC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD AEEARSLRQQLDELSWATALAEGERDALRRELRELQRLDAEERAARGRLDAELGAQQREL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 AEEARSLRQQLDELSWATALAEGERDALRRELRELQRLDAEERAARGRLDAELGAQQREL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD QEALGARAALEALLGRLQAERRGLDAAHERDVRELRARAASLTMHFRARATGPAAPPPRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 QEALGARAALEALLGRLQAERRGLDAAHERDVRELRARAASLTMHFRARATGPAAPPPRL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD REVHDSYALLVAESWRETVQLYEDEVRELEEALRRGQESRLQAEEETRLCAQEAEALRRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 REVHDSYALLVAESWRETVQLYEDEVRELEEALRRGQESRLQAEEETRLCAQEAEALRRE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD ALGLEQLRARLEDALLRMREEYGIQAEERQRAIDCLEDEKATLTLAMADWLRDYQDLLQV
:::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 ALGLEQLRARLEDALLRMREEYGIQAEERQRVIDCLEDEKATLTLAMADWLRDYQDLLQV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD KTGLSLEVATYRALLEGESNPEIVIWAEHVENMPSEFRNKSYHYTDSLLQRENEWNLFSR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::
CCDS73 KTGLSLEVATYRALLEGESNPEIVIWAEHVENMPSEFRNKSYHYTDSLLQRENERNLFSR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD QKAPLASFNHSSALYSNLSGHRGSQTGTSIGGDARRGFLGSGYSSSATTQQENSYGKAVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 QKAPLASFNHSSALYSNLSGHRGSQTGTSIGGDARRGFLGSGYSSSATTQQENSYGKAVS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD SQTNVRTFSPTYGLLRNTEAQVKTFPDRPKAGDTREVPVYISEDSTIARESYRDRRDKVA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::
CCDS73 SQTNVRTFSPTYGLLRNTEAQVKTFPDRPKAGDTREVPVYIGEDSTIARESYRDRRDKVA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD AGASESTRSNERTVILGKKTEVKATREQERNRPETIRTKPEEKMFDSKEKASEERNLRWE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 AGASESTRSNERTVILGKKTEVKATREQERNRPETIRTKPEEKMFDSKEKASEERNLRWE
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD ELTKLDKEARQRESQQMKEKAKEKDSPKEKSVREREVPISLEVSQDRRAEVSPKGLQTPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 ELTKLDKEARQRESQQMKEKAKEKDSPKEKSVREREVPISLEVSQDRRAEVSPKGLQTPV
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD KDAGGGTGREAEARELRFRLGTSDATGSLQGDSMTETVAENIVTSILKQFTQSPETEASA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 KDAGGGTGREAEARELRFRLGTSDATGSLQGDSMTETVAENIVTSILKQFTQSPETEASA
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD DSFPDTKVTYVDRKELPGERKTKTEIVVESKLTEDVDVSDEAGLDYLLSKDIKEVGLKGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 DSFPDTKVTYVDRKELPGERKTKTEIVVESKLTEDVDVSDEAGLDYLLSKDIKEVGLKGK
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD SAEQMIGDIINLGLKGREGRAKVVNVEIVEEPVSYVSGEKPEEFSVPFKVEEVEDVSPGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 SAEQMIGDIINLGLKGREGRAKVVNVEIVEEPVSYVSGEKPEEFSVPFKVEEVEDVSPGP
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD WGLVKEEEGYGESDVTFSVNQHRRTKQPQENTTHVEEVTEAGDSEGEQSYFVSTPDEHPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 WGLVKEEEGYGESDVTFSVNQHRRTKQPQENTTHVEEVTEAGDSEGEQSYFVSTPDEHPG
790 800 810 820 830 840
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pF1KSD GHDRDDGSVYGQIHIEEESTIRYSWQDEIVQGTRRRTQKDGAVGEKVVKPLDVPAPSLEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 GHDRDDGSVYGQIHIEEESTIRYSWQDEIVQGTRRRTQKDGAVGEKVVKPLDVPAPSLEG
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KSD DLGSTHWKEQARSGEFHAEPTVIEKEIKIPHEFHTSMKGISSKEPRQQLVEVIGQLEETL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 DLGSTHWKEQARSGEFHAEPTVIEKEIKIPHEFHTSMKGISSKEPRQQLVEVIGQLEETL
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD PERMREELSALTREGQGGPGSVSVDVKKVQGAGGSSVTLVAEVNVSQTVDADRLDLEELS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 PERMREELSALTREGQGGPGSVSVDVKKVQGAGGSSVTLVAEVNVSQTVDADRLDLEELS
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KSD KDEASEMEKAVESVVRESLSRQRSPAPGSPDEEGGAEAPAAGIRFRRWATRELYIPSGES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 KDEASEMEKAVESVVRESLSRQRSPAPGSPDEEGGAEAPAAGIRFRRWATRELYIPSGES
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KSD EVAGGASHSSGQRTPQGPVSATVEVSSPTGFAQSQVLEDVSQAARHIKLGPSEVWRTERM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 EVAGGASHSSGQRTPQGPVSATVEVSSPTGFAQSQVLEDVSQAARHIKLGPSEVWRTERM
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KSD SYEGPTAEVVEVSAGGDLSQAASPTGASRSVRHVTLGPGQSPLSREVIFLGPAPACPEAW
:::::::::::
CCDS73 SYEGPTAEVVE-------------------------------------------------
1150
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KSD GSPEPGPAESSADMDGSGRHSTFGCRQFHAEKEIIFQGPISAAGKVGDYFATEESVGTQT
CCDS73 ------------------------------------------------------------
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KSD SVRQLQLGPKEGFSGQIQFTAPLSDKVELGVIGDSVHMEGLPGSSTSIRHISIGPQRHQT
CCDS73 ------------------------------------------------------------
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KSD TQQIVYHGLVPQLGESGDSESTVHGEGSADVHQATHSHTSGRQTVMTEKSTFQSVVSESP
CCDS73 ------------------------------------------------------------
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KSD QEDSAGDTSGAEMTSGVSRSFRHIRLGPTETETSEHIAIRGPVSRTFVLAGSADSPELGK
CCDS73 ------------------------------------------------------------
1450 1460 1470 1480 1490 1500
pF1KSD LADSSRTLRHIAPGPKETSFTFQMDVSNVEAIRSRTQEAGALGVSDRGSWRDADSRNDQA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 -----------------------MDVSNVEAIRSRTQEAGALGVSDRGSWRDADSRNDQA
1160 1170 1180
1510 1520 1530 1540 1550 1560
pF1KSD VGVSFKASAGEGDQAHREQGKEQAMFDKKVQLQRMVDQRSVISDEKKVALLYLDNEEEEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 VGVSFKASAGEGDQAHREQGKEQAMFDKKVQLQRMVDQRSVISDEKKVALLYLDNEEEEN
1190 1200 1210 1220 1230 1240
pF1KSD DGHWF
:::::
CCDS73 DGHWF
1250
>>CCDS7120.1 VIM gene_id:7431|Hs108|chr10 (466 aa)
initn: 494 init1: 269 opt: 488 Z-score: 334.1 bits: 72.9 E(32554): 2.7e-12
Smith-Waterman score: 488; 33.3% identity (64.1% similar) in 312 aa overlap (11-318:103-407)
10 20 30 40
pF1KSD MLSWRLQTGPEKAELQELNARLYDYVCRVRELERENLLLE
::.:::::: :. .:. .:: ::..: .:
CCDS71 SVPGVRLLQDSVDFSLADAINTEFKNTRTNEKVELQELNDRFANYIDKVRFLEQQNKILL
80 90 100 110 120 130
50 60 70 80 90
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::. .: .:..: . :: : ::.:.:.:. : .: ::: : ... .:.
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. :: : . . : . ......: :: :: . :: : : ::....::.
CCDS71 EKLQEEMLQREEAENTLQSFRQDVDNASLARLDLERKVESLQEEIAFLKKLHEEEIQELQ
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160 170 180 190 200 210
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:. ... . .. : ::.:...: ..:.. .:. . :... .: :: :.
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... ::..:. .....: :. .:. :: . .:.:.....: . : .: :
CCDS71 NDALRQAKQESTEYRRQVQSLTCEVDALKGTNESLERQMREMEENFAVEAANYQDTIGRL
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.:: .. :: ::.:::::.:: .:..:.:::: :::::
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340 350 360 370 380 390
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CCDS11 LQDETNLRLEAENNLAAYRQEADEATLARLDLERKIESLEEEIRFLRKIHEEEVRELQEQ
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pF1KSD LEDEKATLTLAMADWLRDYQDLLQVKTGLSLEVATYRALLEGESNPEIVIWAEHVENMPS
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CCDS59 LEEEGQSLKDEMARHLQEYQDLLNVKLALDIEIATYRKLLEGEEN-RITIPVQTFSNLQI
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CCDS59 RGQYSRASWEGHWSPAPSSRACRLLQTGTEDQGKGIQLSLGAFVTLQRS
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CCDS87 AGALLRLPSERLDFSMAEALNQEFLATRSNEKQELQELNDRFANFIEKVRFLEQQNAALR
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CCDS87 EE---TRKREDAEHNLVLFRKDVDDATLSRLELERKIESLMDEIEFLKKLHEEELRDLQV
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]