Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0316
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0316, 1322 aa
1>>>pF1KSDA0316 1322 - 1322 aa - 1322 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.9706+/-0.00101; mu= 9.9934+/- 0.061
mean_var=134.7974+/-27.229, 0's: 0 Z-trim(108.3): 52 B-trim: 106 in 1/51
Lambda= 0.110467
statistics sampled from 10095 (10130) to 10095 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.66), E-opt: 0.2 (0.311), width: 16
Scan time: 4.010
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS35201.1 FRMPD4 gene_id:9758|Hs108|chrX (1322) 8685 1396.7 0
CCDS76006.1 FRMPD3 gene_id:84443|Hs108|chrX (1810) 1710 285.1 1.2e-75
CCDS6612.1 FRMPD1 gene_id:22844|Hs108|chr9 (1578) 1516 254.2 2.1e-66
>>CCDS35201.1 FRMPD4 gene_id:9758|Hs108|chrX (1322 aa)
initn: 8685 init1: 8685 opt: 8685 Z-score: 7481.6 bits: 1396.7 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 8685; 99.9% identity (100.0% similar) in 1322 aa overlap (1-1322:1-1322)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MDVFSFVKIAKLSSHRTKSSGWPPPSGTWGLSQVPPYGWEMTANRDGRDYFINHMTQAIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 MDVFSFVKIAKLSSHRTKSSGWPPPSGTWGLSQVPPYGWEMTANRDGRDYFINHMTQAIP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD FDDPRLESCQIIPPAPRKVEMRRDPVLGFGFVAGSEKPVVVRSVTPGGPSEGKLIPGDQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 FDDPRLESCQIIPPAPRKVEMRRDPVLGFGFVAGSEKPVVVRSVTPGGPSEGKLIPGDQI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD VMINDEPVSTAPRERVIDLVRSCKESILLTVIQPYPSPKSAFISAAKKARLKSNPVKVRF
:::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 VMINDEPVSAAPRERVIDLVRSCKESILLTVIQPYPSPKSAFISAAKKARLKSNPVKVRF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD SEEVIINGQVSETVKDNSLLFMPNVLKVYLENGQTKSFRFDCSTSIKDVILTLQEKLSIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 SEEVIINGQVSETVKDNSLLFMPNVLKVYLENGQTKSFRFDCSTSIKDVILTLQEKLSIK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD GIEHFSLMLEQRTEGAGTKLLLLHEQETLTQVTQRPSSHKMRCLFRISFVPKDPIDLLRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 GIEHFSLMLEQRTEGAGTKLLLLHEQETLTQVTQRPSSHKMRCLFRISFVPKDPIDLLRR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD DPVAFEYLYVQSCNDVVQERFGPELKYDIALRLAALQMYIATVTTKQTQKISLKYIEKEW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 DPVAFEYLYVQSCNDVVQERFGPELKYDIALRLAALQMYIATVTTKQTQKISLKYIEKEW
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD GLETFLPSAVLQSMKEKNIKKALSHLVKANQNLVPPGKKLSALQAKVHYLKFLSDLRLYG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 GLETFLPSAVLQSMKEKNIKKALSHLVKANQNLVPPGKKLSALQAKVHYLKFLSDLRLYG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD GRVFKATLVQAEKRSEVTLLVGPRYGISHVINTKTNLVALLADFSHVNRIEMFSEEESLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 GRVFKATLVQAEKRSEVTLLVGPRYGISHVINTKTNLVALLADFSHVNRIEMFSEEESLV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD RVELHVLDVKPITLLMESSDAMNLACLTAGYYRLLVDSRRSIFNMANKKNTATQETGPEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 RVELHVLDVKPITLLMESSDAMNLACLTAGYYRLLVDSRRSIFNMANKKNTATQETGPEN
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD KGKHNLLGPDWNCIPQMTTFIGEGEQEAQITYIDSKQKTVEITDSTMCPKEHRHLYIDNA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 KGKHNLLGPDWNCIPQMTTFIGEGEQEAQITYIDSKQKTVEITDSTMCPKEHRHLYIDNA
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD YSSDGLNQQLSQPGEAPCEADYRSLAQRSLLTLSGPETLKKAQESPRGAKVSFIFGDFAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 YSSDGLNQQLSQPGEAPCEADYRSLAQRSLLTLSGPETLKKAQESPRGAKVSFIFGDFAL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD DDGISPPTLGYETLLDEGPEMLEKQRNLYIGSANDMKGLDLTPEAEGIQFVENSVYANIG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 DDGISPPTLGYETLLDEGPEMLEKQRNLYIGSANDMKGLDLTPEAEGIQFVENSVYANIG
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD DVKSFQAAEGIEEPLLHDICYAENTDDAEDEDEVSCEEDLVVGEMNQPAILNLSGSSDDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 DVKSFQAAEGIEEPLLHDICYAENTDDAEDEDEVSCEEDLVVGEMNQPAILNLSGSSDDI
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD IDLTSLPPPEGDDNEDDFLLRSLNMAIAAPPPGFRDSSDEEDSQSQAASFPEDKEKGSSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 IDLTSLPPPEGDDNEDDFLLRSLNMAIAAPPPGFRDSSDEEDSQSQAASFPEDKEKGSSL
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD QNDEIPVSLIDAVPTSAEGKCEKGLDNAVVSTLGALEALSVSEEQQTSDNSGVAILRAYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 QNDEIPVSLIDAVPTSAEGKCEKGLDNAVVSTLGALEALSVSEEQQTSDNSGVAILRAYS
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KSD PESSSDSGNETNSSEMTESSELATAQKQSENLSRMFLATHEGYHPLAEEQTEFPASKTPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 PESSSDSGNETNSSEMTESSELATAQKQSENLSRMFLATHEGYHPLAEEQTEFPASKTPA
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD GGLPPKSSHALAARPATDLPPKVVPSKQLLHSDHMEMEPETMETKSVTDYFSKLHMGSVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 GGLPPKSSHALAARPATDLPPKVVPSKQLLHSDHMEMEPETMETKSVTDYFSKLHMGSVA
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KSD YSCTSKRKSKLADGEGKAPPNGNTTGKKQQGTKTAEMEEEASGKFGTVSSRDSQHLSTFN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 YSCTSKRKSKLADGEGKAPPNGNTTGKKQQGTKTAEMEEEASGKFGTVSSRDSQHLSTFN
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KSD LERTAFRKDSQRWYVATEGGMAEKSGLEAATGKTFPRASGLGAREAEGKEEGAPDGETSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 LERTAFRKDSQRWYVATEGGMAEKSGLEAATGKTFPRASGLGAREAEGKEEGAPDGETSD
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KSD GSGLGQGDRFLTDVTCASSAKDLDNPEDADSSTCDHPSKLPEADESVARLCDYHLAKRMS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 GSGLGQGDRFLTDVTCASSAKDLDNPEDADSSTCDHPSKLPEADESVARLCDYHLAKRMS
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KSD SLQSEGHFSLQSSQGSSVDAGCGTGSSGSACATPVESPLCPSLGKHLIPDASGKGVNYIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 SLQSEGHFSLQSSQGSSVDAGCGTGSSGSACATPVESPLCPSLGKHLIPDASGKGVNYIP
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KSD SEERAPGLPNHGATFKELHPQTEGMCPRMTVPALHTAINTEPLFGTLRDGCHRLPKIKET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 SEERAPGLPNHGATFKELHPQTEGMCPRMTVPALHTAINTEPLFGTLRDGCHRLPKIKET
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KSD TV
::
CCDS35 TV
>>CCDS76006.1 FRMPD3 gene_id:84443|Hs108|chrX (1810 aa)
initn: 2185 init1: 1356 opt: 1710 Z-score: 1471.8 bits: 285.1 E(32554): 1.2e-75
Smith-Waterman score: 2059; 36.4% identity (60.3% similar) in 1317 aa overlap (48-1312:26-1231)
20 30 40 50 60 70
pF1KSD KSSGWPPPSGTWGLSQVPPYGWEMTANRDGRDYFINHMTQAIPFDDPRLESCQIIPPAP-
.. : .:. : .: .: :. .:
CCDS76 METLDSQRVQDRLLAAPGCSSPSGQQELFSSHVMQEESAND--ME-CEQLPAEIL
10 20 30 40 50
80 90 100 110 120 130
pF1KSD RKVEMRRDPVLGFGFVAGSEKPVVVRSVTPGGPSEGKLIPGDQIVMINDEPVSTAPRERV
:.: ..:::. :::::::::.::::::: ::::::.::. ::::: ::.: :: :::::.
CCDS76 RQVTVHRDPIYGFGFVAGSERPVVVRSVRPGGPSENKLLAGDQIVAINEEDVSEAPRERL
60 70 80 90 100 110
140 150 160 170 180 190
pF1KSD IDLVRSCKESILLTVIQPYPSPKSAFISAAKKARLKSNPVKVRFSEEVIINGQVSETVKD
:.:.:: :: :.:::.. . :::::::::::::.:.::::::::::.: .. .. .:
CCDS76 IELIRSAKEFIVLTVLHTHQSPKSAFISAAKKAKLRSNPVKVRFSEQVAVGETDAKMMKK
120 130 140 150 160 170
200 210 220 230 240 250
pF1KSD NSLLFMPNVLKVYLENGQTKSFRFDCSTSIKDVILTLQEKLSIKGIEHFSLMLEQRTEGA
..::..::::::.::::: ::: :: :..:::.::::..::.. ::::.:.::
CCDS76 EALLLIPNVLKVFLENGQIKSFTFDGRTTVKDVMLTLQDRLSLRFIEHFALVLEYAGPEQ
180 190 200 210 220 230
260 270 280 290 300 310
pF1KSD GTKLLLLHEQETLTQVTQRPSSHKMRCLFRISFVPKDPIDLLRRDPVAFEYLYVQSCNDV
. :.:::.... :. :.:: : :.::::::: ::::..::::::.::::::.:: :::
CCDS76 NHKFLLLQDKQPLAYVVQRTHYHGMKCLFRISFFPKDPVELLRRDPAAFEYLYIQSRNDV
240 250 260 270 280 290
320 330 340 350 360 370
pF1KSD VQERFGPELKYDIALRLAALQMYIATVTTKQTQKISLKYIEKEWGLETFLPSAVLQSMKE
..:::: . : .. : ::::..::.. .:. .:::::: .::::::: ::: ..:: .::
CCDS76 IRERFGMDPKPEMLLGLAALHIYITVSATRPSQKISLKNVEKEWGLEPFLPPSLLQVIKE
300 310 320 330 340 350
380 390 400 410 420 430
pF1KSD KNIKKALSHLVKANQNLVPPGKKLSALQAKVHYLKFLSDLRLYGGRVFKATLVQAEKRSE
::..:.::. .::.:. : : ::.:::..::..:..: . : .:. :. ::.:
CCDS76 KNLRKSLSQQLKAHQTHPSCGTKGSAIQAKLQYLRILNELPTFTGVLFN-TVGLDEKQSA
360 370 380 390 400 410
440 450 460 470 480 490
pF1KSD VTLLVGPRYGISHVINTKTNLVALLADFSHVNRIEMFSEEESLVRVELHVLDVKPITLLM
.:::::::.::::::. ::::...:..::....:..: :.....::: ..:.::..:::
CCDS76 TTLLVGPRHGISHVIDLKTNLTTVLSEFSKISKIQLFRENQGVARVETSIMDAKPLVLLM
420 430 440 450 460 470
500 510 520 530 540 550
pF1KSD ESSDAMNLACLTAGYYRLLVDSRRSIFNMANKKNTATQETGPENKGKHNLLGPDWNCIPQ
: .: :.::: ::: :::.:::. .:. :.: : :.
CCDS76 EWPEATNFACLIAGYCRLLLDSRKMVFS-----RPASQPLPP----------------PM
480 490 500 510
560 570 580 590 600 610
pF1KSD MTTFIGEGEQEAQITYIDSKQKTVEITDSTMCPKEHRHLYIDNAYSSDGLNQQLSQPGEA
. . :. : .. : : . . :: :. .. .: ... . :
CCDS76 I-----------KADYMHSAHRPV--TGGHLGKKESS--YVGSVGTSPRKSSRCTPP---
520 530 540 550
620 630 640 650 660 670
pF1KSD PCEADYRSLAQRSLLTLSGPETLKKAQESPRGAKVSFIFGDFALDDGISPPT-----LGY
: ... :. . . .: ::: .. ..:: . . : :: ::
CCDS76 PADSELVSFCYLHM------REQRKEQESRTDVNENLIFFEETRPRTKSDPTSKSSGQGY
560 570 580 590 600
680 690 700 710 720 730
pF1KSD ETLLDEGPEMLEKQRNLYIGSANDMKGLDLTPEAEGIQFVENSVYANIGDVKSFQAAEGI
:.. :. : .:: : : . ..:. ...
CCDS76 EVVPDDF----------------DAASLDHEPCA--------------SRARSYTLDNSL
610 620 630
740 750 760 770 780
pF1KSD EEPLLHDICYAENTDDAEDEDEVSCEEDLVVGEMNQPAILNLSGSS-DDIIDLTSLPPP-
:. : : ::. : :. : . ::: :.:.:: :::::
CCDS76 GAEALNFYC---------D----SCKAKL--QEQLGPRKGGKPGSSRDNIVDLMSLPPPG
640 650 660 670 680
790 800 810 820 830 840
pF1KSD -EGDDNEDDFLLRSLNMAIAAPPPGFRD-SSDEEDSQSQAASFPEDKEKGSSLQNDEIPV
: ...:.: :: ::::::::::: ::::.: . .:.. :. .. .: :::::
CCDS76 SEEEEEEEDETT-SLLPAIAAPPPGFRDNSSDEDDPKRRAVQSQEQGRHLRGLLYDEIPV
690 700 710 720 730 740
850 860 870 880 890 900
pF1KSD SLIDAVPTSAEGKCEKGLDNAVVSTLGALEALSVSEE---QQTSDNSGVAILRAYSPESS
.:::.: : . . ::.:.:::: :::::..::. ...:. .: . .::::
CCDS76 TLIDSVQTRTVRDHAQELDDALVSTLQALEALAASEDGPHPPPPQTAGLIVLATITPESS
750 760 770 780 790 800
910 920 930 940 950 960
pF1KSD SDSGNETNSSEMTESSELATAQKQSENLSRMFLATHEGYHPL-AEEQTEFPASKTPAGGL
:::.::::::.:. ::. .:.:: .: . .::: : . : :... : .. : ..
CCDS76 LDSGHETNSSELTDMSEMMSAMKQHQNTT-YFLAQHLNKDSLLARKDLPFRIQSCAAQAV
810 820 830 840 850
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD PPKSSHALAARPATDLPPKVVPSKQLLHSDHMEMEPETMETKSVTDYFSKLHMGSVAYSC
: .: : .. .. . . .. .... : .: .
CCDS76 LTAPYSLGRPDPNPSLQPIATGQSPGPPGARRKLPQSEGQVQGERTYSLAVHPALSPQLS
860 870 880 890 900 910
1030 1040 1050 1060 1070
pF1KSD TSKRKSKLAD-GEGKAPPNGNTTGKKQQGTKTAEM---EEEAS------GKFGTVSSR--
.: : :. : :.: :.: . ... ..: ::..: : .: .
CCDS76 EQKNLSLLSPVPEDKGP--GHTRAGLEMSLRAATSSLSEEQVSELRDNLPKEVRLSPKLI
920 930 940 950 960 970
1080 1090 1100 1110 1120
pF1KSD -DSQHLSTFNLERTAFRKDSQRWYVATEGGM---AEKSG---LEAATGKTFPRASGLGAR
: . : . .:... . ..: :: . : :::. :. :..: ...
CCDS76 LDPKSSVTPAIISAALQQVVHNKSLVTAGGALGNPPSRGERRLEASMGR--PEVSMMSSS
980 990 1000 1010 1020 1030
1130 1140 1150 1160 1170
pF1KSD EAEG-KEEGAPDG-ETSDGSGLGQGDRFLTD--VTCASSAKDLDNPEDADS-STCDHPSK
... : . .:.. ::: .: : . .. . .: : .: .. :: . . : :
CCDS76 ASKNLKFKISPSAPETSWNSQHQLGAEVSSSPRAPTGSRADSLHLSQQEDSLPVQNFPPK
1040 1050 1060 1070 1080 1090
1180 1190 1200 1210 1220 1230
pF1KSD ---LPEADESVARLCDYHLAKRMSSLQSEGHFSLQSSQGSSVDAGCGTGSSGSACATPVE
: . :::.. ..: . . . :. .::. ::. . : ... .:: .
CCDS76 SYLLRTSRESVGKQATGEVAGKGGPVG--GKPTLQK-QGTI----SSQGEKAQLESTPKR
1100 1110 1120 1130 1140
1240 1250 1260 1270 1280 1290
pF1KSD SPLCPSLGKHLIPDASGKGVNYIPSEE---RAPGLPNHGAT-FKELHPQTEGMCPRMTVP
: : . :.: :. . :: . ..:. :: . .. . :. . :: :
CCDS76 SKLEET---SLVPRATYPMALQSPSCQSRSHSPSCQPHGHSPSSQSRGQSPSCQPRGQSP
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1300 1310 1320
pF1KSD ----ALHTAINTEP---LFGTLRDGCHRLPKIKETTV
: ..: : : :: .: :
CCDS76 LRSQAASRQVSTMPSRKLETTL-NGAHSTSEGPAKPKSSRGPFRLRNLFSATFPTRQKKE
1210 1220 1230 1240 1250 1260
>>CCDS6612.1 FRMPD1 gene_id:22844|Hs108|chr9 (1578 aa)
initn: 928 init1: 557 opt: 1516 Z-score: 1305.7 bits: 254.2 E(32554): 2.1e-66
Smith-Waterman score: 1539; 30.1% identity (59.0% similar) in 1294 aa overlap (62-1292:41-1257)
40 50 60 70 80 90
pF1KSD SQVPPYGWEMTANRDGRDYFINHMTQAIPFDDPRLESCQIIPPAPRKVEMRRDPVL-GFG
: : . : . :. . :.. .: .: .:
CCDS66 TRKAHRIEQMVARWLRRSRDSSARAKVAAADGPARNPTQTLIPVRHTVKIDKDTLLQDYG
20 30 40 50 60 70
100 110 120 130 140 150
pF1KSD FVAGSEKPVVVRSVTPGGPSEGKLIPGDQIVMINDEPVSTAPRERVIDLVRSCKESILLT
: . :..: .:: :: ..:::.:::::...:.::. ::..:..: ..:. .:
CCDS66 FHISESLPLTVVAVTAGGSAHGKLFPGDQILQMNNEPAEDLSWERAVDILREAEDSLSIT
80 90 100 110 120 130
160 170 180 190 200
pF1KSD VIQPYPS-PKSAFISAAKKARLKSNPVKVRFSEEVIINGQVSETVKDNSLLFMPNVLKVY
:.. . :::.:.. :.::::.:::::.:.:::.:.:. . :::: ::::::.:
CCDS66 VVRCTSGVPKSSFLTEEKRARLKTNPVKVHFAEEVLISGHS----QGNSLLCMPNVLKLY
140 150 160 170 180
210 220 230 240 250 260
pF1KSD LENGQTKSFRFDCSTSIKDVILTLQEKLSIKGIEHFSLMLEQRTEGAGTKLLLLHEQETL
:::::::.:.:. .:..::.:::..:::::..::.:.: ::.. . ..: ::::.: .
CCDS66 LENGQTKAFKFEANTTVKDIILTVKEKLSIRSIEYFALALEEQY--SISRLHLLHEEELI
190 200 210 220 230 240
270 280 290 300 310 320
pF1KSD TQVTQRPSSHKMRCLFRISFVPKDPIDLLRRDPVAFEYLYVQSCNDVVQERFGPELKYDI
::..: :: .:::::. ::::::.:::..:::::::::.:::.::.::::. :.: .
CCDS66 QQVVEREESHDYRCLFRVCFVPKDPLDLLKEDPVAFEYLYLQSCSDVLQERFAVEMKCSS
250 260 270 280 290 300
330 340 350 360 370 380
pF1KSD ALRLAALQMYIATVTTKQTQKISLKYIEKEWGLETFLPSAVLQSMKEKNIKKALSHLVKA
:::::::.. . : ::::::::::.::.:.:. ..:..:: :.::::.: .:
CCDS66 ALRLAALHIQERIYACAQPQKISLKYIEKDWGIENFISPTLLRNMKGKDIKKAISFHMKR
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