Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA0283
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0283, 1441 aa
1>>>pF1KSDA0283 1441 - 1441 aa - 1441 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3552+/-0.000447; mu= 18.2582+/- 0.028
mean_var=134.1025+/-26.709, 0's: 0 Z-trim(114.1): 600 B-trim: 11 in 3/57
Lambda= 0.110753
statistics sampled from 23114 (23821) to 23114 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.624), E-opt: 0.2 (0.279), width: 16
Scan time: 13.740
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_008981 (OMIM: 608712) receptor-type tyrosine-pr (1441) 9756 1572.2 0
NP_002835 (OMIM: 602545) receptor-type tyrosine-pr (1440) 5928 960.5 0
NP_001278913 (OMIM: 602545) receptor-type tyrosine (1439) 5922 959.6 0
NP_001129120 (OMIM: 602545) receptor-type tyrosine (1446) 5906 957.0 0
XP_006715600 (OMIM: 602545) PREDICTED: receptor-ty (1445) 5900 956.1 0
XP_016866637 (OMIM: 602545) PREDICTED: receptor-ty (1368) 5812 942.0 0
XP_016866635 (OMIM: 602545) PREDICTED: receptor-ty (1375) 5796 939.4 0
XP_016866634 (OMIM: 602545) PREDICTED: receptor-ty (1375) 5796 939.4 0
XP_016866636 (OMIM: 602545) PREDICTED: receptor-ty (1374) 5790 938.5 0
NP_005695 (OMIM: 602454) receptor-type tyrosine-pr (1446) 5253 852.7 0
XP_016855483 (OMIM: 602454) PREDICTED: receptor-ty (1443) 5217 846.9 0
XP_006710332 (OMIM: 602454) PREDICTED: receptor-ty (1442) 5173 839.9 0
NP_573438 (OMIM: 602454) receptor-type tyrosine-pr (1440) 5156 837.2 0
XP_016883102 (OMIM: 608712) PREDICTED: receptor-ty (1436) 5032 817.4 0
XP_016883100 (OMIM: 608712) PREDICTED: receptor-ty (1456) 5032 817.4 0
NP_573400 (OMIM: 608712) receptor-type tyrosine-pr (1460) 4886 794.1 0
XP_016883101 (OMIM: 608712) PREDICTED: receptor-ty (1455) 4732 769.5 0
XP_016855482 (OMIM: 602454) PREDICTED: receptor-ty (1449) 4641 754.9 1e-216
NP_573439 (OMIM: 602454) receptor-type tyrosine-pr (1436) 4009 653.9 2.5e-186
XP_016855484 (OMIM: 602454) PREDICTED: receptor-ty (1187) 3733 609.7 4.1e-173
XP_016855481 (OMIM: 602454) PREDICTED: receptor-ty (1452) 3733 609.8 4.7e-173
NP_001181930 (OMIM: 602454) receptor-type tyrosine (1433) 3657 597.7 2.1e-169
XP_011524018 (OMIM: 176888) PREDICTED: receptor-ty (1239) 3236 530.3 3.4e-149
XP_016881397 (OMIM: 176888) PREDICTED: receptor-ty (1264) 3236 530.4 3.5e-149
XP_016881393 (OMIM: 176888) PREDICTED: receptor-ty (1447) 3236 530.4 3.8e-149
NP_002836 (OMIM: 176888) receptor-type tyrosine-pr (1452) 3236 530.4 3.8e-149
XP_016881389 (OMIM: 176888) PREDICTED: receptor-ty (1472) 3236 530.4 3.8e-149
XP_016881398 (OMIM: 176888) PREDICTED: receptor-ty (1248) 3230 529.4 6.6e-149
XP_011524024 (OMIM: 176888) PREDICTED: receptor-ty (1252) 3230 529.4 6.7e-149
XP_016881395 (OMIM: 176888) PREDICTED: receptor-ty (1277) 3230 529.4 6.8e-149
XP_016881394 (OMIM: 176888) PREDICTED: receptor-ty (1428) 3230 529.5 7.3e-149
XP_016881392 (OMIM: 176888) PREDICTED: receptor-ty (1456) 3230 529.5 7.4e-149
XP_016881391 (OMIM: 176888) PREDICTED: receptor-ty (1460) 3230 529.5 7.4e-149
NP_001098714 (OMIM: 176888) receptor-type tyrosine (1465) 3230 529.5 7.4e-149
XP_016881387 (OMIM: 176888) PREDICTED: receptor-ty (1481) 3230 529.5 7.5e-149
XP_016881386 (OMIM: 176888) PREDICTED: receptor-ty (1485) 3230 529.5 7.5e-149
XP_011524012 (OMIM: 176888) PREDICTED: receptor-ty (1490) 3230 529.5 7.5e-149
XP_016881401 (OMIM: 176888) PREDICTED: receptor-ty ( 793) 3151 516.6 3e-145
XP_016881399 (OMIM: 176888) PREDICTED: receptor-ty ( 835) 3151 516.6 3.2e-145
XP_016881400 (OMIM: 176888) PREDICTED: receptor-ty ( 840) 3146 515.8 5.5e-145
XP_011534318 (OMIM: 602545) PREDICTED: receptor-ty (1456) 3113 510.8 3.1e-143
NP_001278911 (OMIM: 602545) receptor-type tyrosine ( 876) 3022 496.0 5.2e-139
XP_011534317 (OMIM: 602545) PREDICTED: receptor-ty (1458) 3011 494.5 2.5e-138
XP_016866639 (OMIM: 602545) PREDICTED: receptor-ty ( 723) 3002 492.7 4.2e-138
XP_016866638 (OMIM: 602545) PREDICTED: receptor-ty ( 727) 3002 492.7 4.2e-138
XP_011534320 (OMIM: 602545) PREDICTED: receptor-ty (1391) 3005 493.5 4.8e-138
XP_011534319 (OMIM: 602545) PREDICTED: receptor-ty (1391) 3005 493.5 4.8e-138
XP_011534316 (OMIM: 602545) PREDICTED: receptor-ty (1461) 3005 493.5 4.9e-138
NP_001278910 (OMIM: 602545) receptor-type tyrosine (1462) 3005 493.5 4.9e-138
XP_011534322 (OMIM: 602545) PREDICTED: receptor-ty ( 747) 2776 456.6 3.2e-127
>>NP_008981 (OMIM: 608712) receptor-type tyrosine-protei (1441 aa)
initn: 9756 init1: 9756 opt: 9756 Z-score: 8428.9 bits: 1572.2 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 9756; 99.9% identity (99.9% similar) in 1441 aa overlap (1-1441:1-1441)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MASLAALALSLLLRLQLPPLPGARAQSAPGGCSFDEHYSNCGYSVALGTNGFTWEQINTW
:::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 MASLAALALSLLLRLQLPPLPGARAQSAAGGCSFDEHYSNCGYSVALGTNGFTWEQINTW
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD EKPMLDQAVPTGSFMMVNSSGRASGQKAHLLLPTLKENDTHCIDFHYYFSSRDRSSPGAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 EKPMLDQAVPTGSFMMVNSSGRASGQKAHLLLPTLKENDTHCIDFHYYFSSRDRSSPGAL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD NVYVKVNGGPQGNPVWNVSGVVTEGWVKAELAISTFWPHFYQVIFESVSLKGHPGYIAVD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 NVYVKVNGGPQGNPVWNVSGVVTEGWVKAELAISTFWPHFYQVIFESVSLKGHPGYIAVD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD EVRVLAHPCRKAPHFLRLQNVEVNVGQNATFQCIAGGKWSQHDKLWLQQWNGRDTALMVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 EVRVLAHPCRKAPHFLRLQNVEVNVGQNATFQCIAGGKWSQHDKLWLQQWNGRDTALMVT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD RVVNHRRFSATVSVADTAQRSVSKYRCVIRSDGGSGVSNYAELIVKEPPTPIAPPELLAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 RVVNHRRFSATVSVADTAQRSVSKYRCVIRSDGGSGVSNYAELIVKEPPTPIAPPELLAV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD GATYLWIKPNANSIIGDGPIILKEVEYRTTTGTWAETHIVDSPNYKLWHLDPDVEYEIRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 GATYLWIKPNANSIIGDGPIILKEVEYRTTTGTWAETHIVDSPNYKLWHLDPDVEYEIRV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD LLTRPGEGGTGPPGPPLTTRTKCADPVHGPQNVEIVDIRARQLTLQWEPFGYAVTRCHSY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 LLTRPGEGGTGPPGPPLTTRTKCADPVHGPQNVEIVDIRARQLTLQWEPFGYAVTRCHSY
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD NLTVQYQYVFNQQQYEAEEVIQTSSHYTLRGLRPFMTIRLRLLLSNPEGRMESEELVVQT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 NLTVQYQYVFNQQQYEAEEVIQTSSHYTLRGLRPFMTIRLRLLLSNPEGRMESEELVVQT
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD EEDVPGAVPLESIQGGPFEEKIYIQWKPPNETNGVITLYEINYKAVGSLDPSADLSSQRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 EEDVPGAVPLESIQGGPFEEKIYIQWKPPNETNGVITLYEINYKAVGSLDPSADLSSQRG
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD KVFKLRNETHHLFVGLYPGTTYSFTIKASTAKGFGPPVTTRIATKISAPSMPEYDTDTPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 KVFKLRNETHHLFVGLYPGTTYSFTIKASTAKGFGPPVTTRIATKISAPSMPEYDTDTPL
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD NETDTTITVMLKPAQSRGAPVSVYQLVVKEERLQKSRRAADIIECFSVPVSYRNASSLDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 NETDTTITVMLKPAQSRGAPVSVYQLVVKEERLQKSRRAADIIECFSVPVSYRNASSLDS
610 620 630 640 650 660
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pF1KSD LHYFAAELKPANLPVTQPFTVGDNKTYNGYWNPPLSPLKSYSIYFQALSKANGETKINCV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 LHYFAAELKPANLPVTQPFTVGDNKTYNGYWNPPLSPLKSYSIYFQALSKANGETKINCV
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD RLATKGASTQNSNTVEPEKQVDNTVKMAGVIAGLLMFIIILLGVMLTIKRRRNAYSYSYY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 RLATKGASTQNSNTVEPEKQVDNTVKMAGVIAGLLMFIIILLGVMLTIKRRRNAYSYSYY
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pF1KSD LKLAKKQKETQSGAQREMGPVASADKPTTKLSASRNDEGFSSSSQDVNGFTDGSRGELSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 LKLAKKQKETQSGAQREMGPVASADKPTTKLSASRNDEGFSSSSQDVNGFTDGSRGELSQ
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pF1KSD PTLTIQTHPYRTCDPVEMSYPRDQFQPAIRVADLLQHITQMKRGQGYGFKEEYEALPEGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 PTLTIQTHPYRTCDPVEMSYPRDQFQPAIRVADLLQHITQMKRGQGYGFKEEYEALPEGQ
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pF1KSD TASWDTAKEDENRNKNRYGNIISYDHSRVRLLVLDGDPHSDYINANYIDGYHRPRHYIAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 TASWDTAKEDENRNKNRYGNIISYDHSRVRLLVLDGDPHSDYINANYIDGYHRPRHYIAT
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pF1KSD QGPMQETVKDFWRMIWQENSASIVMVTNLVEVGRVKCVRYWPDDTEVYGDIKVTLIETEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 QGPMQETVKDFWRMIWQENSASIVMVTNLVEVGRVKCVRYWPDDTEVYGDIKVTLIETEP
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1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KSD LAEYVIRTFTVQKKGYHEIRELRLFHFTSWPDHGVPCYATGLLGFVRQVKFLNPPEAGPI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 LAEYVIRTFTVQKKGYHEIRELRLFHFTSWPDHGVPCYATGLLGFVRQVKFLNPPEAGPI
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pF1KSD VVHCSAGAGRTGCFIAIDTMLDMAENEGVVDIFNCVRELRAQRVNLVQTEEQYVFVHDAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 VVHCSAGAGRTGCFIAIDTMLDMAENEGVVDIFNCVRELRAQRVNLVQTEEQYVFVHDAI
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pF1KSD LEACLCGNTAIPVCEFRSLYYNISRLDPQTNSSQIKDEFQTLNIVTPRVRPEDCSIGLLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 LEACLCGNTAIPVCEFRSLYYNISRLDPQTNSSQIKDEFQTLNIVTPRVRPEDCSIGLLP
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pF1KSD RNHDKNRSMDVLPLDRCLPFLISVDGESSNYINAALMDSHKQPAAFVVTQHPLPNTVADF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 RNHDKNRSMDVLPLDRCLPFLISVDGESSNYINAALMDSHKQPAAFVVTQHPLPNTVADF
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KSD WRLVFDYNCSSVVMLNEMDTAQFCMQYWPEKTSGCYGPIQVEFVSADIDEDIIHRIFRIC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 WRLVFDYNCSSVVMLNEMDTAQFCMQYWPEKTSGCYGPIQVEFVSADIDEDIIHRIFRIC
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KSD NMARPQDGYRIVQHLQYIGWPAYRDTPPSKRSLLKVVRRLEKWQEQYDGREGRTVVHCLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 NMARPQDGYRIVQHLQYIGWPAYRDTPPSKRSLLKVVRRLEKWQEQYDGREGRTVVHCLN
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KSD GGGRSGTFCAICSVCEMIQQQNIIDVFHIVKTLRNNKSNMVETLEQYKFVYEVALEYLSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 GGGRSGTFCAICSVCEMIQQQNIIDVFHIVKTLRNNKSNMVETLEQYKFVYEVALEYLSS
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KSD F
:
NP_008 F
>>NP_002835 (OMIM: 602545) receptor-type tyrosine-protei (1440 aa)
initn: 6089 init1: 2987 opt: 5928 Z-score: 5123.3 bits: 960.5 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5928; 58.3% identity (82.6% similar) in 1450 aa overlap (1-1440:1-1439)
10 20 30 40 50
pF1KSD MASLAALAL----SLLLRLQLPPLPGARAQSAPGGCSFDEHYSNCGYSVALGTNGFTWEQ
: . :: :: .::: : : .:..: . :::.::. . : : : . : : .
NP_002 MDTTAAAALPAFVALLLLSPWPLLGSAQGQFSAGGCTFDDGPGACDYHQDL-YDDFEWVH
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KSD INTWEKPMLDQAVPTGSFMMVNSSGRASGQKAHLLLPTLKENDTHCIDFHYYFSSRDRSS
... : .: .: ::.:.:.:: . :.::.: :::.:::::::::: : . :. .
NP_002 VSAQEPHYLPPEMPQGSYMIVDSSDHDPGEKARLQLPTMKENDTHCIDFSYLLYSQKGLN
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD PGALNVYVKVNGGPQGNPVWNVSGVVTEGWVKAELAISTFWPHFYQVIFESVSLKGHPGY
::.::. :.:: :: .::.:::.: . . :..::::.:::::. ::::::. :. ::
NP_002 PGTLNILVRVNKGPLANPIWNVTGFTGRDWLRAELAVSTFWPNEYQVIFEAEVSGGRSGY
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD IAVDEVRVLAHPCRKAPHFLRLQNVEVNVGQNATFQCIAGGKWSQHDKLWLQQWNGRDTA
::.:...::..:: :.:::::: .::::.:::::::::: :. . :.:::::. ::.:
NP_002 IAIDDIQVLSYPCDKSPHFLRLGDVEVNAGQNATFQCIATGRDAVHNKLWLQRRNGEDIP
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD LMVTRVVNHRRFSATVSVADTAQRSVSKYRCVIRSDGGSGVSNYAELIVKEPPTPIAPPE
. :. .:::::.:. . .... . . :::: .:. ::::::.:.:::.::: :::::.
NP_002 VAQTKNINHRRFAASFRLQEVTKTDQDLYRCVTQSERGSGVSNFAQLIVREPPRPIAPPQ
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD LLAVGATYLWIKPNANSIIGDGPIILKEVEYRTTTGTWAETHIVDSPNYKLWHLDPDVEY
::.:: ::: :. ::::::::::::::::::: :.:.:.::: :..:.:::::::::.::
NP_002 LLGVGPTYLLIQLNANSIIGDGPIILKEVEYRMTSGSWTETHAVNAPTYKLWHLDPDTEY
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KSD EIRVLLTRPGEGGTGPPGPPLTTRTKCADPVHGPQNVEIVDIRARQLTLQWEPFGYAVTR
::::::::::::::: ::::: ::::::.:.. :....:..:.::.....:: .:: .::
NP_002 EIRVLLTRPGEGGTGLPGPPLITRTKCAEPMRTPKTLKIAEIQARRIAVDWESLGYNITR
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KSD CHSYNLTVQYQYVFNQQQYEAE--EVIQTSSHYTLRGLRPFMTIRLRLLLSNPEGRMESE
::..:.:. :.: .... .:. .. . .... : :. .. :...:.::::: :::
NP_002 CHTFNVTICYHYFRGHNESKADCLDMDPKAPQHVVNHLPPYTNVSLKMILTNPEGRKESE
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KSD ELVVQTEEDVPGAVPLESIQGGPFEEKIYIQWKPPNETNGVITLYEINYKAVGSLDPSAD
: ..::.::::: ::..:.:: ::.::...:: : . ::.:: :::.:... :.::..
NP_002 ETIIQTDEDVPGPVPVKSLQGTSFENKIFLNWKEPLDPNGIITQYEISYSSIRSFDPAVP
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KSD LSSQRGKVFKLRNETHHLFVGLYPGTTYSFTIKASTAKGFGPPVTTRIATKISAPSMPEY
... : .: : :::.:. :.:::::.: :.:::.::::: .. ..:.::::..:.:
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:: : . .:::::: :.::: :::::::.::.:.:::::.: :.:.:::::.:...
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::: .:::.:::.:.:.. ... .: ::.: .::.::. ::.:.::..:: :.: .:.
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:::::.:........:: ...: :. . :. . .. .: . .: ..:.
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pF1KSD EVALEYLSSF
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NP_001 ETIIQTDEDVPGPVPVKSLQGTSFENKIFLNWKEPLDPNGIITQYEISYSSIRSFDPAVP
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pF1KSD D-TDTPLNETDTTITVMLKPAQSRGAPVSVYQLVVKEERLQKSRRAADIIECFSVPVSYR
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::: .:::.:::.:.:.. ... .: ::.: .::.::. ::.:.::..:: :.: .:.
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:::::.:........:: ...: :. . :. . .. .: . .: ..:.
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... . . . : :. .: : :..::::::::::::. :: ...::::
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pF1KSD QYKFVYEVALEYLSSF
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::::::.:::. ::..:.:.:::::::.:.:::::::::::.::::::::.. :... :.
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: ::::.::.. ..:::::. . ::::..:::::::::: :::: : ::...::..::
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: .::.:...::::.:.:::.::::.::::..:.::: .. :: .:: ::....
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