Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0269
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0269, 559 aa
1>>>pF1KSDA0269 559 - 559 aa - 559 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 16.2270+/-0.00122; mu= -29.0589+/- 0.074
mean_var=761.4374+/-155.974, 0's: 0 Z-trim(117.4): 82 B-trim: 0 in 0/55
Lambda= 0.046479
statistics sampled from 18085 (18156) to 18085 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.8), E-opt: 0.2 (0.558), width: 16
Scan time: 4.420
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS5080.1 WASF1 gene_id:8936|Hs108|chr6 ( 559) 3878 275.0 1.6e-73
CCDS304.1 WASF2 gene_id:10163|Hs108|chr1 ( 498) 1240 98.1 2.7e-20
CCDS9318.1 WASF3 gene_id:10810|Hs108|chr13 ( 502) 1182 94.2 4e-19
CCDS76626.1 WASF3 gene_id:10810|Hs108|chr13 ( 499) 1151 92.1 1.7e-18
CCDS55582.1 WASF2 gene_id:10163|Hs108|chr1 ( 281) 1011 82.5 7.3e-16
>>CCDS5080.1 WASF1 gene_id:8936|Hs108|chr6 (559 aa)
initn: 3878 init1: 3878 opt: 3878 Z-score: 1433.3 bits: 275.0 E(32554): 1.6e-73
Smith-Waterman score: 3878; 100.0% identity (100.0% similar) in 559 aa overlap (1-559:1-559)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MPLVKRNIDPRHLCHTALPRGIKNELECVTNISLANIIRQLSSLSKYAEDIFGELFNEAH
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CCDS50 MPLVKRNIDPRHLCHTALPRGIKNELECVTNISLANIIRQLSSLSKYAEDIFGELFNEAH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD SFSFRVNSLQERVDRLSVSVTQLDPKEEELSLQDITMRKAFRSSTIQDQQLFDRKTLPIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 SFSFRVNSLQERVDRLSVSVTQLDPKEEELSLQDITMRKAFRSSTIQDQQLFDRKTLPIP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD LQETYDVCEQPPPLNILTPYRDDGKEGLKFYTNPSYFFDLWKEKMLQDTEDKRKEKRKQK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 LQETYDVCEQPPPLNILTPYRDDGKEGLKFYTNPSYFFDLWKEKMLQDTEDKRKEKRKQK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD QKNLDRPHEPEKVPRAPHDRRREWQKLAQGPELAEDDANLLHKHIEVANGPASHFETRPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 QKNLDRPHEPEKVPRAPHDRRREWQKLAQGPELAEDDANLLHKHIEVANGPASHFETRPQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD TYVDHMDGSYSLSALPFSQMSELLTRAEERVLVRPHEPPPPPPMHGAGDAKPIPTCISSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 TYVDHMDGSYSLSALPFSQMSELLTRAEERVLVRPHEPPPPPPMHGAGDAKPIPTCISSA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD TGLIENRPQSPATGRTPVFVSPTPPPPPPPLPSALSTSSLRASMTSTPPPPVPPPPPPPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 TGLIENRPQSPATGRTPVFVSPTPPPPPPPLPSALSTSSLRASMTSTPPPPVPPPPPPPA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD TALQAPAVPPPPAPLQIAPGVLHPAPPPIAPPLVQPSPPVARAAPVCETVPVHPLPQGEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 TALQAPAVPPPPAPLQIAPGVLHPAPPPIAPPLVQPSPPVARAAPVCETVPVHPLPQGEV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD QGLPPPPPPPPLPPPGIRPSSPVTVTALAHPPSGLHPTPSTAPGPHVPLMPPSPPSQVIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 QGLPPPPPPPPLPPPGIRPSSPVTVTALAHPPSGLHPTPSTAPGPHVPLMPPSPPSQVIP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD ASEPKRHPSTLPVISDARSVLLEAIRKGIQLRKVEEQREQEAKHERIENDVATILSRRIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 ASEPKRHPSTLPVISDARSVLLEAIRKGIQLRKVEEQREQEAKHERIENDVATILSRRIA
490 500 510 520 530 540
550
pF1KSD VEYSDSEDDSEFDEVDWLE
:::::::::::::::::::
CCDS50 VEYSDSEDDSEFDEVDWLE
550
>>CCDS304.1 WASF2 gene_id:10163|Hs108|chr1 (498 aa)
initn: 1140 init1: 954 opt: 1240 Z-score: 477.9 bits: 98.1 E(32554): 2.7e-20
Smith-Waterman score: 1638; 50.4% identity (67.3% similar) in 571 aa overlap (1-557:1-496)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MPLVKRNIDPRHLCHTALPRGIKNELECVTNISLANIIRQLSSLSKYAEDIFGELFNEAH
:::: :::.:::::. .:: ....::::::::.:::.::::.::::::::::::::..:.
CCDS30 MPLVTRNIEPRHLCRQTLP-SVRSELECVTNITLANVIRQLGSLSKYAEDIFGELFTQAN
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KSD SFSFRVNSLQERVDRLSVSVTQLDPKEEELSLQDITMRKAFRSSTIQDQQLFDRKTLPIP
.:. ::.:: ::::::.:.::::::::::.::: :. ::::::::::::.::::..::.:
CCDS30 TFASRVSSLAERVDRLQVKVTQLDPKEEEVSLQGINTRKAFRSSTIQDQKLFDRNSLPVP
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KSD LQETYDVCEQPPPLNILTPYRDDGKEGLKFYTNPSYFFDLWKEKMLQDTEDKRKEKRKQK
. :::..:. ::::: ::::::::::.:::::.::::::::::::::::.: :::::..
CCDS30 VLETYNTCDTPPPLNNLTPYRDDGKEALKFYTDPSYFFDLWKEKMLQDTKDIMKEKRKHR
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KSD QKNLDRPHEPEKVPRAPHDRRREWQKLAQGPELAEDDANLLHKHIEVANGPASHFETRPQ
... : :.. . :: . :..::.:. .: :..:. .: : ... :
CCDS30 KEKKDNPNRGNVNPRKIKTRKEEWEKMKMGQEFVESKEKL---------GTSGY----PP
180 190 200 210 220
250 260 270 280 290
pF1KSD TYVDHMDGSYSLSALPFSQMSELLTRAEERVLVRPHEPPP-------PPPMHGAGDAKPI
: : ...:: . : : . . ::: : : . . :
CCDS30 TLV-YQNGSIGCV---------------ENVDASSYPPPPQSDSASSPSPSFSEDNLPPP
230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KSD PTCISSATGLIENRPQSPATG--RTPVFVSPTPPPPPPPLPSALSTSSLRASMTSTPPPP
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CCDS30 PAEFSYP---VDNQRGSGLAGPKRSSV-VSPSHPPPAPPLGSPPGPKPGFAPPPAPPPPP
280 290 300 310 320
360 370 380 390 400
pF1KSD VPP----PPPPPATALQAPAVPPPPAPLQIAPGVLHPAPPPIAPPLVQPSPPVARAAPVC
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CCDS30 -PPMIGIPPPPPPVGFGSPGTPPPPSPPSFPPHPDFAAPPP--PP-----PPPAADYP--
330 340 350 360 370
410 420 430 440 450 460
pF1KSD ETVPVHPLPQGEVQGLPPPPPPPPLPPPGIRPSSPVTVTALAHPPSGLHPTPSTAPGPHV
:.: :: : . : :::::::: ::: :: : : :. .
CCDS30 -TLPPPPLSQ-PTGGAPPPPPPPP--PPG--------------PP----PPPFTGADGQ-
380 390 400 410
470 480 490 500 510 520
pF1KSD PLMPPSPPSQVIPASEPKRHPSTLPVISDARSVLLEAIRKGIQLRKVEEQREQEAKHERI
: .:: : :. . :.::..::::: :: :::.:.:::.:::::::: :.. .
CCDS30 PAIPP-------PLSDTTKPKSSLPAVSDARSDLLSAIRQGFQLRRVEEQREQE-KRDVV
420 430 440 450 460
530 540 550
pF1KSD ENDVATILSRRIAVEYSDSEDDS-EFDEVDWLE
:::::::::::::::::::::: :::: ::
CCDS30 GNDVATILSRRIAVEYSDSEDDSSEFDEDDWSD
470 480 490
>>CCDS9318.1 WASF3 gene_id:10810|Hs108|chr13 (502 aa)
initn: 1513 init1: 915 opt: 1182 Z-score: 456.9 bits: 94.2 E(32554): 4e-19
Smith-Waterman score: 1566; 49.9% identity (65.2% similar) in 561 aa overlap (1-557:1-500)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MPLVKRNIDPRHLCHTALPRGIKNELECVTNISLANIIRQLSSLSKYAEDIFGELFNEAH
::::::::.:::::. :::.:: .::::::: .:: ::::::::::.::::::::::::.
CCDS93 MPLVKRNIEPRHLCRGALPEGITSELECVTNSTLAAIIRQLSSLSKHAEDIFGELFNEAN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD SFSFRVNSLQERVDRLSVSVTQLDPKEEELSLQDITMRKAFRSSTIQDQQLFDRKTLPIP
.: .:.::::.:.:::.:.::::: ::.:::::.:.:::.:::.::::. .....: :
CCDS93 NFYIRANSLQDRIDRLAVKVTQLDSTVEEVSLQDINMKKAFKSSTVQDQQVVSKNSIPNP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD LQETYDVCEQPPPLNILTPYRDDGKEGLKFYTNPSYFFDLWKEKMLQDTEDKRKEKRKQK
. . :. ..::::::::::::: :.::::::.::::::::::::::::::::::::.::
CCDS93 VADIYNQSDKPPPLNILTPYRDDKKDGLKFYTDPSYFFDLWKEKMLQDTEDKRKEKRRQK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230
pF1KSD -QKNLDRPHEPEKVPRAPHDRRREWQKLAQGPELAEDDANLLHKHIEVANGPASHFETRP
:: .: . : : ..::.::. .: :: : : : . : .: .:. :
CCDS93 EQKRIDGTTREVKKVRKARNRRQEWNMMAYDKELRPD--NRLSQ--SVYHGASSEGSLSP
190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD QTYVDHMDGS-YSLSALPFSQMSELLTRAEERVLVRPHEPPPPPPMHGAGDAKPIPTCIS
.: : . :: : : .. : : : : ..:::. : .
CCDS93 DTRSHASDVTDYSYPATPNHSL---------------H-PQPVTPSYAAGDVPPHGPASQ
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KSD SATGLIENRPQSPATGRTPVFVSPTPPPPPPPLPSALSTSSLRASMTSTPPPPVPPPP-P
.: : :: : :..: .. : :::::: :.: ..:..:.: :. :
CCDS93 AAEH--EYRPPS-ASARHMALNRPQQPPPPPP-PQAP-----EGSQASAPMAPADYGMLP
290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KSD PPATALQAPAVPPPPAPLQIAPGVLHPAPPPIAPPLVQP-SPPVARAAPVCETVPVHPLP
:. :::: : : :. : .. :: .: .:: .: ...: ::
CCDS93 AQIIEYYNPSGPPPPPP----PPVIPSAQTAFVSPLQMPMQPPFPASASSTHAAPPHPPS
340 350 360 370 380
420 430 440 450 460 470
pF1KSD QGEVQGLPPPPPPPPLPPPGIRPSSPVTVTALAHPPSGLHPTPSTAPGPHVPLMPPSPPS
: . :::: ::: :::: ::. :: . : :
CCDS93 TGLLVTAPPPPGPPP-PPPG--------------PPG---------PGSSLSSSPMHGP-
390 400 410 420
480 490 500 510 520 530
pF1KSD QVIPASEPKRHPSTLPVISDARSVLLEAIRKGIQLRKVEEQREQEAKHERIENDVATILS
:..: ::. . : :::::: :: ::: ::::.::.::::::::.: . ::::::::
CCDS93 ---PVAEAKRQEPAQPPISDARSDLLAAIRMGIQLKKVQEQREQEAKREPVGNDVATILS
430 440 450 460 470
540 550
pF1KSD RRIAVEYSDSEDDSEFDEVDWLE
::::::::::.::::::: ::
CCDS93 RRIAVEYSDSDDDSEFDENDWSD
480 490 500
>>CCDS76626.1 WASF3 gene_id:10810|Hs108|chr13 (499 aa)
initn: 1511 init1: 913 opt: 1151 Z-score: 445.7 bits: 92.1 E(32554): 1.7e-18
Smith-Waterman score: 1531; 49.3% identity (65.5% similar) in 562 aa overlap (1-557:1-497)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MPLVKRNIDPRHLCHTALPRGIKNELECVTNISLANIIRQLSSLSKYAEDIFGELFNEAH
::::::::.:::::. :::.:: .::::::: .:: ::::::::::.::::::::::::.
CCDS76 MPLVKRNIEPRHLCRGALPEGITSELECVTNSTLAAIIRQLSSLSKHAEDIFGELFNEAN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD SFSFRVNSLQERVDRLSVSVTQLDPKEEELSLQDITMRKAFRSSTIQDQQLFDRKTLPIP
.: .:.::::.:.:::.:.::::: ::.:::::.:.:::.:::.::::. .....: :
CCDS76 NFYIRANSLQDRIDRLAVKVTQLDSTVEEVSLQDINMKKAFKSSTVQDQQVVSKNSIPNP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD LQETYDVCEQPPPLNILTPYRDDGKEGLKFYTNPSYFFDLWKEKMLQDTEDKRKEKRKQK
. . :. ..::::::::::::: :.::::::.::::::::::::::::::::::::.::
CCDS76 VADIYNQSDKPPPLNILTPYRDDKKDGLKFYTDPSYFFDLWKEKMLQDTEDKRKEKRRQK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230
pF1KSD -QKNLDRPHEPEKVP-RAPHDRRREWQKLAQGPELAEDDANLLHKHIEVANGPASHFETR
.:. :.. ..: : . :..::.. .: :. : :..: : : :. : :
CCDS76 REKHKLNPNRNQQVNVRKVRTRKEEWERRKMGIEFMSDA-----KKLEQA-GSAK--EDR
190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD PQTYVDHMDGS-YSLSALPFSQMSELLTRAEERVLVRPHEPPPPPPMHGAGDAKPIPTCI
. : . :: : : .. : : : : ..:::. :
CCDS76 VPSGSHASDVTDYSYPATPNHSL---------------H-PQPVTPSYAAGDVPPHGPAS
240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KSD SSATGLIENRPQSPATGRTPVFVSPTPPPPPPPLPSALSTSSLRASMTSTPPPPVPPPP-
..: : :: : :..: .. : :::::: :.: ..:..:.: :.
CCDS76 QAAEH--EYRPPS-ASARHMALNRPQQPPPPPP-PQAP-----EGSQASAPMAPADYGML
280 290 300 310 320
360 370 380 390 400 410
pF1KSD PPPATALQAPAVPPPPAPLQIAPGVLHPAPPPIAPPLVQP-SPPVARAAPVCETVPVHPL
: :. :::: : : :. : .. :: .: .:: .: ...: ::
CCDS76 PAQIIEYYNPSGPPPPPP----PPVIPSAQTAFVSPLQMPMQPPFPASASSTHAAPPHPP
330 340 350 360 370 380
420 430 440 450 460 470
pF1KSD PQGEVQGLPPPPPPPPLPPPGIRPSSPVTVTALAHPPSGLHPTPSTAPGPHVPLMPPSPP
: . :::: ::: :::: ::. :: . : :
CCDS76 STGLLVTAPPPPGPPP-PPPG--------------PPG---------PGSSLSSSPMHGP
390 400 410
480 490 500 510 520 530
pF1KSD SQVIPASEPKRHPSTLPVISDARSVLLEAIRKGIQLRKVEEQREQEAKHERIENDVATIL
:..: ::. . : :::::: :: ::: ::::.::.::::::::.: . :::::::
CCDS76 ----PVAEAKRQEPAQPPISDARSDLLAAIRMGIQLKKVQEQREQEAKREPVGNDVATIL
420 430 440 450 460 470
540 550
pF1KSD SRRIAVEYSDSEDDSEFDEVDWLE
:::::::::::.::::::: ::
CCDS76 SRRIAVEYSDSDDDSEFDENDWSD
480 490
>>CCDS55582.1 WASF2 gene_id:10163|Hs108|chr1 (281 aa)
initn: 1147 init1: 909 opt: 1011 Z-score: 398.3 bits: 82.5 E(32554): 7.3e-16
Smith-Waterman score: 1011; 66.8% identity (89.1% similar) in 220 aa overlap (1-220:1-219)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MPLVKRNIDPRHLCHTALPRGIKNELECVTNISLANIIRQLSSLSKYAEDIFGELFNEAH
:::: :::.:::::. .:: ....::::::::.:::.::::.::::::::::::::..:.
CCDS55 MPLVTRNIEPRHLCRQTLP-SVRSELECVTNITLANVIRQLGSLSKYAEDIFGELFTQAN
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KSD SFSFRVNSLQERVDRLSVSVTQLDPKEEELSLQDITMRKAFRSSTIQDQQLFDRKTLPIP
.:. ::.:: ::::::.:.::::::::::.::: :. ::::::::::::.::::..::.:
CCDS55 TFASRVSSLAERVDRLQVKVTQLDPKEEEVSLQGINTRKAFRSSTIQDQKLFDRNSLPVP
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KSD LQETYDVCEQPPPLNILTPYRDDGKEGLKFYTNPSYFFDLWKEKMLQDTEDKRKEKRKQK
. :::..:. ::::: ::::::::::.:::::.::::::::::::::::.: :::::..
CCDS55 VLETYNTCDTPPPLNNLTPYRDDGKEALKFYTDPSYFFDLWKEKMLQDTKDIMKEKRKHR
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KSD QKNLDRPHEPEKVPRAPHDRRREWQKLAQGPELAEDDANLLHKHIEVANGPASHFETRPQ
... : :.. . :: . :..::.:. .: :..:. .:
CCDS55 KEKKDNPNRGNVNPRKIKTRKEEWEKMKMGQEFVESKEKLGTSGYPPTLVYQNGSIGCVE
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KSD TYVDHMDGSYSLSALPFSQMSELLTRAEERVLVRPHEPPPPPPMHGAGDAKPIPTCISSA
CCDS55 NVDASSYPPPPQSDSASSPSPSFSEDNLPPPPAEFRFSAAQG
240 250 260 270 280
559 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 01:00:01 2016 done: Thu Nov 3 01:00:02 2016
Total Scan time: 4.420 Total Display time: 0.050
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]