Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0217
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0217, 738 aa
1>>>pF1KSDA0217 738 - 738 aa - 738 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.2391+/-0.000898; mu= 4.0001+/- 0.054
mean_var=221.3035+/-44.677, 0's: 0 Z-trim(113.9): 22 B-trim: 254 in 1/52
Lambda= 0.086214
statistics sampled from 14473 (14491) to 14473 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.754), E-opt: 0.2 (0.445), width: 16
Scan time: 3.690
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS31131.1 LARP4B gene_id:23185|Hs108|chr10 ( 738) 4931 626.3 5.2e-179
CCDS44879.2 LARP4 gene_id:113251|Hs108|chr12 ( 723) 1295 174.0 7.1e-43
CCDS41782.1 LARP4 gene_id:113251|Hs108|chr12 ( 724) 1295 174.0 7.1e-43
CCDS81690.1 LARP4 gene_id:113251|Hs108|chr12 ( 730) 1244 167.7 5.8e-41
CCDS53789.1 LARP4 gene_id:113251|Hs108|chr12 ( 445) 1147 155.5 1.7e-37
CCDS53790.1 LARP4 gene_id:113251|Hs108|chr12 ( 653) 1123 152.6 1.8e-36
CCDS44880.1 LARP4 gene_id:113251|Hs108|chr12 ( 653) 845 118.0 4.6e-26
>>CCDS31131.1 LARP4B gene_id:23185|Hs108|chr10 (738 aa)
initn: 4931 init1: 4931 opt: 4931 Z-score: 3327.3 bits: 626.3 E(32554): 5.2e-179
Smith-Waterman score: 4931; 100.0% identity (100.0% similar) in 738 aa overlap (1-738:1-738)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MTSDQDAKVVAEPQTQRVQEGKDSAHLMNGPISQTTSQTSSIPPLSQVPATKVSELNPNA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 MTSDQDAKVVAEPQTQRVQEGKDSAHLMNGPISQTTSQTSSIPPLSQVPATKVSELNPNA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD EVWGAPVLHLEASSAADGVSAAWEEVAGHHADRGPQGSDANGDGDQGHENAALPDPQESD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 EVWGAPVLHLEASSAADGVSAAWEEVAGHHADRGPQGSDANGDGDQGHENAALPDPQESD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD PADMNALALGPSEYDSLPENSETGGNESQPDSQEDPREVLKKTLEFCLSRENLASDMYLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 PADMNALALGPSEYDSLPENSETGGNESQPDSQEDPREVLKKTLEFCLSRENLASDMYLI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD SQMDSDQYVPITTVANLDHIKKLSTDVDLIVEVLRSLPLVQVDEKGEKVRPNQNRCIVIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 SQMDSDQYVPITTVANLDHIKKLSTDVDLIVEVLRSLPLVQVDEKGEKVRPNQNRCIVIL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD REISESTPVEEVEALFKGDNLPKFINCEFAYNDNWFITFETEADAQQAYKYLREEVKTFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 REISESTPVEEVEALFKGDNLPKFINCEFAYNDNWFITFETEADAQQAYKYLREEVKTFQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD GKPIKARIKAKAIAINTFLPKNGFRPLDVSLYAQQRYATSFYFPPMYSPQQQFPLYSLIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 GKPIKARIKAKAIAINTFLPKNGFRPLDVSLYAQQRYATSFYFPPMYSPQQQFPLYSLIT
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD PQTWSATHSYLDPPLVTPFPNTGFINGFTSPAFKPAASPLTSLRQYPPRSRNPSKSHLRH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 PQTWSATHSYLDPPLVTPFPNTGFINGFTSPAFKPAASPLTSLRQYPPRSRNPSKSHLRH
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD AIPSAERGPGLLESPSIFNFTADRLINGVRSPQTRQAGQTRTRIQNPSAYAKREAGPGRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 AIPSAERGPGLLESPSIFNFTADRLINGVRSPQTRQAGQTRTRIQNPSAYAKREAGPGRV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD EPGSLESSPGLGRGRKNSFGYRKKREEKFTSSQTQSPTPPKPPSPSFELGLSSFPPLPGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 EPGSLESSPGLGRGRKNSFGYRKKREEKFTSSQTQSPTPPKPPSPSFELGLSSFPPLPGA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD AGNLKTEDLFENRLSSLIIGPSKERTLSADASVNTLPVVVSREPSVPASCAVSATYERSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 AGNLKTEDLFENRLSSLIIGPSKERTLSADASVNTLPVVVSREPSVPASCAVSATYERSP
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD SPAHLPDDPKVAEKQRETHSVDRLPSALTATACKSVQVNGAATELRKPSYAEICQRTSKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 SPAHLPDDPKVAEKQRETHSVDRLPSALTATACKSVQVNGAATELRKPSYAEICQRTSKE
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD PPSSPLQPQKEQKPNTVGCGKEEKKLAEPAERYREPPALKSTPGAPRDQRRPAGGRPSPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 PPSSPLQPQKEQKPNTVGCGKEEKKLAEPAERYREPPALKSTPGAPRDQRRPAGGRPSPS
670 680 690 700 710 720
730
pF1KSD AMGKRLSREQSTPPKSPQ
::::::::::::::::::
CCDS31 AMGKRLSREQSTPPKSPQ
730
>>CCDS44879.2 LARP4 gene_id:113251|Hs108|chr12 (723 aa)
initn: 1259 init1: 855 opt: 1295 Z-score: 883.2 bits: 174.0 E(32554): 7.1e-43
Smith-Waterman score: 1489; 38.4% identity (64.1% similar) in 744 aa overlap (50-738:8-723)
20 30 40 50 60 70
pF1KSD EGKDSAHLMNGPISQTTSQTSSIPPLSQVPATKVSELNPNAEVWG--APVLHLEASSAAD
:.: . :::::.:: :: . .:. ..
CCDS44 MLLFVEVASKGTGLNPNAKVWQEIAPG-NTDATPVTH
10 20 30
80 90 100 110 120 130
pF1KSD GVSAAWEEVA---GHHADRGPQGSDANGDGDQGHENAALPDPQESDPAD--MNALALGPS
:. ..:.:.: : : . . . :. . ... ... . ... :::
CCDS44 GTESSWHEIAATSGAHPEGNAELSEDICKEYEVMYSSSCETTRNTTGIEESTDGMILGPE
40 50 60 70 80 90
140 150 160 170 180 190
pF1KSD EYDSLPENSETGGNESQPDSQEDPREVLKKTLEFCLSRENLASDMYLISQMDSDQYVPIT
: . ...:. .. : :: .: ::: ::::.:::::..:.::::::::::..::
CCDS44 --DLSYQIYDVSGESNSAVSTEDLKECLKKQLEFCFSRENLSKDLYLISQMDSDQFIPIW
100 110 120 130 140 150
200 210 220 230 240 250
pF1KSD TVANLDHIKKLSTDVDLIVEVLRSLPLVQVDEKGEKVRPNQNRCIVILREISESTPVEEV
::::...::::.:: :::.::::: :.::::::::::::...::::::::: :.::.:::
CCDS44 TVANMEEIKKLTTDPDLILEVLRSSPMVQVDEKGEKVRPSHKRCIVILREIPETTPIEEV
160 170 180 190 200 210
260 270 280 290 300 310
pF1KSD EALFKGDNLPKFINCEFAYNDNWFITFETEADAQQAYKYLREEVKTFQGKPIKARIKAKA
..:::..: :: :.::::.:.::.:::....:::::.::::::::::::::: :::::
CCDS44 KGLFKSENCPKVISCEFAHNSNWYITFQSDTDAQQAFKYLREEVKTFQGKPIMARIKA--
220 230 240 250 260 270
320 330 340 350 360
pF1KSD IAINTFLPKNGFRPLDVSLYA-----QQRYATSFYFPPMYSPQQQFPLYSLITPQTWSAT
::::. :::.: .: :.:. : .::. .. :.:.:.::. .::.. ::.:: .
CCDS44 --INTFFAKNGYRLMDSSIYSHPIQTQAQYASPVFMQPVYNPHQQYSVYSIV-PQSWSPN
280 290 300 310 320
370 380 390 400 410 420
pF1KSD HS-YLDPPLVTPFPNTGFINGFTSP-AFKPAASPLTSLRQYPPRSRNP---SKSHLRHAI
. :.. ::. :::: .:.:::.:: ..: :. .. : . .: :.. .:.
CCDS44 PTPYFETPLA-PFPNGSFVNGFNSPGSYKTNAAAMNMGRPFQKNRVKPQFRSSGGSEHST
330 340 350 360 370 380
430 440 450 460 470 480
pF1KSD P-SAERGPGLLESPSIFNFTADRLINGVRSPQTRQAGQTRTRIQNPSAYAKREAGPGRVE
:. : : :. : :: :.: ..: : . : .: .:. .. .
CCDS44 EGSVSLGDGQLNRYSSRNFPAER-----HNP-TVTGHQEQTYLQKETSTLQ---------
390 400 410 420 430
490 500 510 520 530 540
pF1KSD PGSLESSPGLGRGRKNSFGYRKKREEKFTSSQTQSPTPPKPPSPSFELGLSSFPPLPGAA
.:.. ::::.. : :..::. : : . : :.:.:.: :.::::::..
CCDS44 ---VEQNGDYGRGRRTLFRGRRRREDDRISRPHPSTAESKAPTPKFDLLASNFPPLPGSS
440 450 460 470 480 490
550 560 570 580 590
pF1KSD GNLKTEDLFENRLSSLIIGPSKER-----TLSADASVNTLPVVVSREP---SVPASCAVS
. . : ..:::.:... : ::. :.: . .. .: . :. . ::.
CCDS44 SRMPGELVLENRMSDVVKGVYKEKDNEELTISCPVPADEQTECTSAQQLNMSTSSPCAAE
500 510 520 530 540 550
600 610 620 630 640
pF1KSD AT-YERSPSPAHLPDDPKVAEKQRETHSVDRLPS-------ALTATACKSVQVNGA-ATE
: . . : .: .: . . .. : : ::. :.. ..:.: :.
CCDS44 LTALSTTQQEKDLIEDSSVQKDGLNQTTIPVSPPSTTKPSRASTASPCNN-NINAATAVA
560 570 580 590 600
650 660 670 680 690
pF1KSD LRKP---SYAEICQRTSKEPPSSPLQPQKEQKPNTVGCGKEEKKLA--EPAERYREPPAL
:..: ::::.::. ::: : .:: .: . :.:. :.: . : . .:. .: :
CCDS44 LQEPRKLSYAEVCQKPPKEPSSVLVQPLRELRSNVVSPTKNEDNGAPENSVEKPHEKPEA
610 620 630 640 650 660
700 710 720 730
pF1KSD KST-----------P----GAPRDQRRPAGGRPSPSAMGKRLSREQSTPPKSPQ
... : : :.::: . : :... .: ..:: .::.::.
CCDS44 RASKDYSGFRGNIIPRGAAGKIREQRRQFSHRAIPQGVTRRNGKEQYVPPRSPK
670 680 690 700 710 720
>>CCDS41782.1 LARP4 gene_id:113251|Hs108|chr12 (724 aa)
initn: 1259 init1: 855 opt: 1295 Z-score: 883.2 bits: 174.0 E(32554): 7.1e-43
Smith-Waterman score: 1489; 38.4% identity (64.1% similar) in 744 aa overlap (50-738:9-724)
20 30 40 50 60 70
pF1KSD EGKDSAHLMNGPISQTTSQTSSIPPLSQVPATKVSELNPNAEVWG--APVLHLEASSAAD
:.: . :::::.:: :: . .:. ..
CCDS41 MLLFVEQVASKGTGLNPNAKVWQEIAPG-NTDATPVTH
10 20 30
80 90 100 110 120 130
pF1KSD GVSAAWEEVA---GHHADRGPQGSDANGDGDQGHENAALPDPQESDPAD--MNALALGPS
:. ..:.:.: : : . . . :. . ... ... . ... :::
CCDS41 GTESSWHEIAATSGAHPEGNAELSEDICKEYEVMYSSSCETTRNTTGIEESTDGMILGPE
40 50 60 70 80 90
140 150 160 170 180 190
pF1KSD EYDSLPENSETGGNESQPDSQEDPREVLKKTLEFCLSRENLASDMYLISQMDSDQYVPIT
: . ...:. .. : :: .: ::: ::::.:::::..:.::::::::::..::
CCDS41 --DLSYQIYDVSGESNSAVSTEDLKECLKKQLEFCFSRENLSKDLYLISQMDSDQFIPIW
100 110 120 130 140 150
200 210 220 230 240 250
pF1KSD TVANLDHIKKLSTDVDLIVEVLRSLPLVQVDEKGEKVRPNQNRCIVILREISESTPVEEV
::::...::::.:: :::.::::: :.::::::::::::...::::::::: :.::.:::
CCDS41 TVANMEEIKKLTTDPDLILEVLRSSPMVQVDEKGEKVRPSHKRCIVILREIPETTPIEEV
160 170 180 190 200 210
260 270 280 290 300 310
pF1KSD EALFKGDNLPKFINCEFAYNDNWFITFETEADAQQAYKYLREEVKTFQGKPIKARIKAKA
..:::..: :: :.::::.:.::.:::....:::::.::::::::::::::: :::::
CCDS41 KGLFKSENCPKVISCEFAHNSNWYITFQSDTDAQQAFKYLREEVKTFQGKPIMARIKA--
220 230 240 250 260 270
320 330 340 350 360
pF1KSD IAINTFLPKNGFRPLDVSLYA-----QQRYATSFYFPPMYSPQQQFPLYSLITPQTWSAT
::::. :::.: .: :.:. : .::. .. :.:.:.::. .::.. ::.:: .
CCDS41 --INTFFAKNGYRLMDSSIYSHPIQTQAQYASPVFMQPVYNPHQQYSVYSIV-PQSWSPN
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KSD HS-YLDPPLVTPFPNTGFINGFTSP-AFKPAASPLTSLRQYPPRSRNP---SKSHLRHAI
. :.. ::. :::: .:.:::.:: ..: :. .. : . .: :.. .:.
CCDS41 PTPYFETPLA-PFPNGSFVNGFNSPGSYKTNAAAMNMGRPFQKNRVKPQFRSSGGSEHST
340 350 360 370 380
430 440 450 460 470 480
pF1KSD P-SAERGPGLLESPSIFNFTADRLINGVRSPQTRQAGQTRTRIQNPSAYAKREAGPGRVE
:. : : :. : :: :.: ..: : . : .: .:. .. .
CCDS41 EGSVSLGDGQLNRYSSRNFPAER-----HNP-TVTGHQEQTYLQKETSTLQ---------
390 400 410 420 430
490 500 510 520 530 540
pF1KSD PGSLESSPGLGRGRKNSFGYRKKREEKFTSSQTQSPTPPKPPSPSFELGLSSFPPLPGAA
.:.. ::::.. : :..::. : : . : :.:.:.: :.::::::..
CCDS41 ---VEQNGDYGRGRRTLFRGRRRREDDRISRPHPSTAESKAPTPKFDLLASNFPPLPGSS
440 450 460 470 480 490
550 560 570 580 590
pF1KSD GNLKTEDLFENRLSSLIIGPSKER-----TLSADASVNTLPVVVSREP---SVPASCAVS
. . : ..:::.:... : ::. :.: . .. .: . :. . ::.
CCDS41 SRMPGELVLENRMSDVVKGVYKEKDNEELTISCPVPADEQTECTSAQQLNMSTSSPCAAE
500 510 520 530 540 550
600 610 620 630 640
pF1KSD AT-YERSPSPAHLPDDPKVAEKQRETHSVDRLPS-------ALTATACKSVQVNGA-ATE
: . . : .: .: . . .. : : ::. :.. ..:.: :.
CCDS41 LTALSTTQQEKDLIEDSSVQKDGLNQTTIPVSPPSTTKPSRASTASPCNN-NINAATAVA
560 570 580 590 600 610
650 660 670 680 690
pF1KSD LRKP---SYAEICQRTSKEPPSSPLQPQKEQKPNTVGCGKEEKKLA--EPAERYREPPAL
:..: ::::.::. ::: : .:: .: . :.:. :.: . : . .:. .: :
CCDS41 LQEPRKLSYAEVCQKPPKEPSSVLVQPLRELRSNVVSPTKNEDNGAPENSVEKPHEKPEA
620 630 640 650 660 670
700 710 720 730
pF1KSD KST-----------P----GAPRDQRRPAGGRPSPSAMGKRLSREQSTPPKSPQ
... : : :.::: . : :... .: ..:: .::.::.
CCDS41 RASKDYSGFRGNIIPRGAAGKIREQRRQFSHRAIPQGVTRRNGKEQYVPPRSPK
680 690 700 710 720
>>CCDS81690.1 LARP4 gene_id:113251|Hs108|chr12 (730 aa)
initn: 1259 init1: 855 opt: 1244 Z-score: 848.9 bits: 167.7 E(32554): 5.8e-41
Smith-Waterman score: 1481; 38.6% identity (64.5% similar) in 749 aa overlap (50-738:9-730)
20 30 40 50 60 70
pF1KSD EGKDSAHLMNGPISQTTSQTSSIPPLSQVPATKVSELNPNAEVWG--APVLHLEASSAAD
:.: . :::::.:: :: . .:. ..
CCDS81 MLLFVEQVASKGTGLNPNAKVWQEIAPG-NTDATPVTH
10 20 30
80 90 100 110 120 130
pF1KSD GVSAAWEEVAGHHADRGPQGSDAN-GDGDQGHENAALPDPQESDPADMNALALGPSEY-D
:. ..:.:.:. . . :. : : :... ... . . :. . . . : : :
CCDS81 GTESSWHEIAATSGAH-PEVSVFNTGNAELSEDICKEYEVMYSSSCETTRNTTGIEESTD
40 50 60 70 80 90
140 150 160 170 180
pF1KSD SL---PEN-----SETGGNESQPDSQEDPREVLKKTLEFCLSRENLASDMYLISQMDSDQ
.. ::. ...:. .. : :: .: ::: ::::.:::::..:.::::::::::
CCDS81 GMILGPEDLSYQIYDVSGESNSAVSTEDLKECLKKQLEFCFSRENLSKDLYLISQMDSDQ
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KSD YVPITTVANLDHIKKLSTDVDLIVEVLRSLPLVQVDEKGEKVRPNQNRCIVILREISEST
..:: ::::...::::.:: :::.::::: :.::::::::::::...::::::::: :.:
CCDS81 FIPIWTVANMEEIKKLTTDPDLILEVLRSSPMVQVDEKGEKVRPSHKRCIVILREIPETT
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KSD PVEEVEALFKGDNLPKFINCEFAYNDNWFITFETEADAQQAYKYLREEVKTFQGKPIKAR
:.:::..:::..: :: :.::::.:.::.:::....:::::.::::::::::::::: ::
CCDS81 PIEEVKGLFKSENCPKVISCEFAHNSNWYITFQSDTDAQQAFKYLREEVKTFQGKPIMAR
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KSD IKAKAIAINTFLPKNGFRPLDVSLYA-----QQRYATSFYFPPMYSPQQQFPLYSLITPQ
::: ::::. :::.: .: :.:. : .::. .. :.:.:.::. .::.. ::
CCDS81 IKA----INTFFAKNGYRLMDSSIYSHPIQTQAQYASPVFMQPVYNPHQQYSVYSIV-PQ
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410
pF1KSD TWSATHS-YLDPPLVTPFPNTGFINGFTSP-AFKPAASPLTSLRQYPPRSRNP---SKSH
.:: . . :.. ::. :::: .:.:::.:: ..: :. .. : . .: :..
CCDS81 SWSPNPTPYFETPLA-PFPNGSFVNGFNSPGSYKTNAAAMNMGRPFQKNRVKPQFRSSGG
340 350 360 370 380 390
420 430 440 450 460 470
pF1KSD LRHAIP-SAERGPGLLESPSIFNFTADRLINGVRSPQTRQAGQTRTRIQNPSAYAKREAG
.:. :. : : :. : :: :.: ..: : . : .: .:. .. .
CCDS81 SEHSTEGSVSLGDGQLNRYSSRNFPAER-----HNP-TVTGHQEQTYLQKETSTLQ----
400 410 420 430 440
480 490 500 510 520 530
pF1KSD PGRVEPGSLESSPGLGRGRKNSFGYRKKREEKFTSSQTQSPTPPKPPSPSFELGLSSFPP
.:.. ::::.. : :..::. : : . : :.:.:.: :.:::
CCDS81 --------VEQNGDYGRGRRTLFRGRRRREDDRISRPHPSTAESKAPTPKFDLLASNFPP
450 460 470 480 490
540 550 560 570 580
pF1KSD LPGAAGNLKTEDLFENRLSSLIIGPSKER-----TLSADASVNTLPVVVSREP---SVPA
:::... . : ..:::.:... : ::. :.: . .. .: . :. .
CCDS81 LPGSSSRMPGELVLENRMSDVVKGVYKEKDNEELTISCPVPADEQTECTSAQQLNMSTSS
500 510 520 530 540 550
590 600 610 620 630 640
pF1KSD SCAVSAT-YERSPSPAHLPDDPKVAEKQRETHSVDRLPS-------ALTATACKSVQVNG
::. : . . : .: .: . . .. : : ::. :.. ..:.
CCDS81 PCAAELTALSTTQQEKDLIEDSSVQKDGLNQTTIPVSPPSTTKPSRASTASPCNN-NINA
560 570 580 590 600 610
650 660 670 680 690
pF1KSD A-ATELRKP---SYAEICQRTSKEPPSSPLQPQKEQKPNTVGCGKEEKKLA--EPAERYR
: :. :..: ::::.::. ::: : .:: .: . :.:. :.: . : . .:. .
CCDS81 ATAVALQEPRKLSYAEVCQKPPKEPSSVLVQPLRELRSNVVSPTKNEDNGAPENSVEKPH
620 630 640 650 660 670
700 710 720 730
pF1KSD EPPALKST-----------P----GAPRDQRRPAGGRPSPSAMGKRLSREQSTPPKSPQ
: : ... : : :.::: . : :... .: ..:: .::.::.
CCDS81 EKPEARASKDYSGFRGNIIPRGAAGKIREQRRQFSHRAIPQGVTRRNGKEQYVPPRSPK
680 690 700 710 720 730
>>CCDS53789.1 LARP4 gene_id:113251|Hs108|chr12 (445 aa)
initn: 896 init1: 855 opt: 1147 Z-score: 786.8 bits: 155.5 E(32554): 1.7e-37
Smith-Waterman score: 1147; 45.9% identity (71.0% similar) in 431 aa overlap (50-462:9-430)
20 30 40 50 60 70
pF1KSD EGKDSAHLMNGPISQTTSQTSSIPPLSQVPATKVSELNPNAEVWG--APVLHLEASSAAD
:.: . :::::.:: :: . .:. ..
CCDS53 MLLFVEQVASKGTGLNPNAKVWQEIAPG-NTDATPVTH
10 20 30
80 90 100 110 120 130
pF1KSD GVSAAWEEVA---GHHADRGPQGSDANGDGDQGHENAALPDPQESDPAD--MNALALGPS
:. ..:.:.: : : . . . :. . ... ... . ... :::
CCDS53 GTESSWHEIAATSGAHPEGNAELSEDICKEYEVMYSSSCETTRNTTGIEESTDGMILGPE
40 50 60 70 80 90
140 150 160 170 180 190
pF1KSD EYDSLPENSETGGNESQPDSQEDPREVLKKTLEFCLSRENLASDMYLISQMDSDQYVPIT
: . ...:. .. : :: .: ::: ::::.:::::..:.::::::::::..::
CCDS53 --DLSYQIYDVSGESNSAVSTEDLKECLKKQLEFCFSRENLSKDLYLISQMDSDQFIPIW
100 110 120 130 140 150
200 210 220 230 240 250
pF1KSD TVANLDHIKKLSTDVDLIVEVLRSLPLVQVDEKGEKVRPNQNRCIVILREISESTPVEEV
::::...::::.:: :::.::::: :.::::::::::::...::::::::: :.::.:::
CCDS53 TVANMEEIKKLTTDPDLILEVLRSSPMVQVDEKGEKVRPSHKRCIVILREIPETTPIEEV
160 170 180 190 200 210
260 270 280 290 300 310
pF1KSD EALFKGDNLPKFINCEFAYNDNWFITFETEADAQQAYKYLREEVKTFQGKPIKARIKAKA
..:::..: :: :.::::.:.::.:::....:::::.::::::::::::::: :::::
CCDS53 KGLFKSENCPKVISCEFAHNSNWYITFQSDTDAQQAFKYLREEVKTFQGKPIMARIKA--
220 230 240 250 260 270
320 330 340 350 360
pF1KSD IAINTFLPKNGFRPLDVSLYA-----QQRYATSFYFPPMYSPQQQFPLYSLITPQTWSAT
::::. :::.: .: :.:. : .::. .. :.:.:.::. .::.. ::.:: .
CCDS53 --INTFFAKNGYRLMDSSIYSHPIQTQAQYASPVFMQPVYNPHQQYSVYSIV-PQSWSPN
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KSD HS-YLDPPLVTPFPNTGFINGFTSP-AFKPAASPLTSLRQYPPRSRNP---SKSHLRHAI
. :.. ::. :::: .:.:::.:: ..: :. .. : . .: :.. .:.
CCDS53 PTPYFETPLA-PFPNGSFVNGFNSPGSYKTNAAAMNMGRPFQKNRVKPQFRSSGGSEHST
340 350 360 370 380
430 440 450 460 470 480
pF1KSD P-SAERGPGLLESPSIFNFTADRLINGVRSPQTRQAGQTRTRIQNPSAYAKREAGPGRVE
:. : : :. : :: :.: : . : . : .:
CCDS53 EGSVSLGDGQLNRYSSRNFPAERHNPTVTGHQEQTYLQKETSTLQVEQNGDYGRGR
390 400 410 420 430 440
490 500 510 520 530 540
pF1KSD PGSLESSPGLGRGRKNSFGYRKKREEKFTSSQTQSPTPPKPPSPSFELGLSSFPPLPGAA
>>CCDS53790.1 LARP4 gene_id:113251|Hs108|chr12 (653 aa)
initn: 1160 init1: 855 opt: 1123 Z-score: 768.3 bits: 152.6 E(32554): 1.8e-36
Smith-Waterman score: 1296; 36.1% identity (59.3% similar) in 740 aa overlap (50-738:9-653)
20 30 40 50 60 70
pF1KSD EGKDSAHLMNGPISQTTSQTSSIPPLSQVPATKVSELNPNAEVWG--APVLHLEASSAAD
:.: . :::::.:: :: . .:. ..
CCDS53 MLLFVEQVASKGTGLNPNAKVWQEIAPG-NTDATPVTH
10 20 30
80 90 100 110 120 130
pF1KSD GVSAAWEEVA---GHHADRGPQGSDANGDGDQGHENAALPDPQESDPAD--MNALALGPS
:. ..:.:.: : : . . . :. . ... ... . ... :::
CCDS53 GTESSWHEIAATSGAHPEGNAELSEDICKEYEVMYSSSCETTRNTTGIEESTDGMILGPE
40 50 60 70 80 90
140 150 160 170 180 190
pF1KSD EYDSLPENSETGGNESQPDSQEDPREVLKKTLEFCLSRENLASDMYLISQMDSDQYVPIT
: . ...:. .. : :: .: ::: ::::.:::::..:.::::::::::..::
CCDS53 --DLSYQIYDVSGESNSAVSTEDLKECLKKQLEFCFSRENLSKDLYLISQMDSDQFIPIW
100 110 120 130 140 150
200 210 220 230 240 250
pF1KSD TVANLDHIKKLSTDVDLIVEVLRSLPLVQVDEKGEKVRPNQNRCIVILREISESTPVEEV
::::...::::.:: :::.::::: :.::::::::::::...::::::::: :.::.:::
CCDS53 TVANMEEIKKLTTDPDLILEVLRSSPMVQVDEKGEKVRPSHKRCIVILREIPETTPIEEV
160 170 180 190 200 210
260 270 280 290 300 310
pF1KSD EALFKGDNLPKFINCEFAYNDNWFITFETEADAQQAYKYLREEVKTFQGKPIKARIKAKA
..:::..: :: :.::::.:.::.:::....:::::.::::::::::::::: :::::
CCDS53 KGLFKSENCPKVISCEFAHNSNWYITFQSDTDAQQAFKYLREEVKTFQGKPIMARIKA--
220 230 240 250 260 270
320 330 340 350 360
pF1KSD IAINTFLPKNGFRPLDVSLYA-----QQRYATSFYFPPMYSPQQQFPLYSLITPQTWSAT
::::. :::.: .: :.:. : .::. .. :.:.:.::. .::.. ::.:: .
CCDS53 --INTFFAKNGYRLMDSSIYSHPIQTQAQYASPVFMQPVYNPHQQYSVYSIV-PQSWSPN
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KSD HS-YLDPPLVTPFPNTGFINGFTSP-AFKPAASPLTSLRQYPPRSRNPSKSHLRHAIPSA
. :.. ::. :::: .:.:::.:: ..: :. .. : : ..:
CCDS53 PTPYFETPLA-PFPNGSFVNGFNSPGSYKTNAAAMNMGR---PFQKN-------------
340 350 360 370
430 440 450 460 470 480
pF1KSD ERGPGLLESPSIFNFTADRLINGVRSPQTRQAGQTRTRIQNPSAYAKREAGPGRVEPGSL
CCDS53 ------------------------------------------------------------
490 500 510 520 530 540
pF1KSD ESSPGLGRGRKNSFGYRKKREEKFTSSQTQSPTPPKPPSPSFELGLSSFPPLPGAAGNLK
:.. : :..::. : : . : :.:.:.: :.::::::... .
CCDS53 ---------RRTLFRGRRRREDDRISRPHPSTAESKAPTPKFDLLASNFPPLPGSSSRMP
380 390 400 410 420
550 560 570 580 590
pF1KSD TEDLFENRLSSLIIGPSKER-----TLSADASVNTLPVVVSREP---SVPASCAVSAT-Y
: ..:::.:... : ::. :.: . .. .: . :. . ::. :
CCDS53 GELVLENRMSDVVKGVYKEKDNEELTISCPVPADEQTECTSAQQLNMSTSSPCAAELTAL
430 440 450 460 470 480
600 610 620 630 640
pF1KSD ERSPSPAHLPDDPKVAEKQRETHSVDRLPS-------ALTATACKSVQVNGA-ATELRKP
. . : .: .: . . .. : : ::. :.. ..:.: :. :..:
CCDS53 STTQQEKDLIEDSSVQKDGLNQTTIPVSPPSTTKPSRASTASPCNN-NINAATAVALQEP
490 500 510 520 530 540
650 660 670 680 690 700
pF1KSD ---SYAEICQRTSKEPPSSPLQPQKEQKPNTVGCGKEEKKLA--EPAERYREPPALKST-
::::.::. ::: : .:: .: . :.:. :.: . : . .:. .: : ...
CCDS53 RKLSYAEVCQKPPKEPSSVLVQPLRELRSNVVSPTKNEDNGAPENSVEKPHEKPEARASK
550 560 570 580 590 600
710 720 730
pF1KSD ----------P----GAPRDQRRPAGGRPSPSAMGKRLSREQSTPPKSPQ
: : :.::: . : :... .: ..:: .::.::.
CCDS53 DYSGFRGNIIPRGAAGKIREQRRQFSHRAIPQGVTRRNGKEQYVPPRSPK
610 620 630 640 650
>>CCDS44880.1 LARP4 gene_id:113251|Hs108|chr12 (653 aa)
initn: 1178 init1: 774 opt: 845 Z-score: 581.4 bits: 118.0 E(32554): 4.6e-26
Smith-Waterman score: 1156; 34.4% identity (57.3% similar) in 738 aa overlap (50-738:9-653)
20 30 40 50 60 70
pF1KSD EGKDSAHLMNGPISQTTSQTSSIPPLSQVPATKVSELNPNAEVWG--APVLHLEASSAAD
:.: . :::::.:: :: . .:. ..
CCDS44 MLLFVEQVASKGTGLNPNAKVWQEIAPG-NTDATPVTH
10 20 30
80 90 100 110 120 130
pF1KSD GVSAAWEEVA---GHHADRGPQGSDANGDGDQGHENAALPDPQESDPAD--MNALALGPS
:. ..:.:.: : : . . . :. . ... ... . ... :::
CCDS44 GTESSWHEIAATSGAHPEGNAELSEDICKEYEVMYSSSCETTRNTTGIEESTDGMILGPE
40 50 60 70 80 90
140 150 160 170 180 190
pF1KSD EYDSLPENSETGGNESQPDSQEDPREVLKKTLEFCLSRENLASDMYLISQMDSDQYVPIT
: . ...:. .. : :: .: ::: ::::.:::::..:.::::::::::..::
CCDS44 --DLSYQIYDVSGESNSAVSTEDLKECLKKQLEFCFSRENLSKDLYLISQMDSDQFIPIW
100 110 120 130 140 150
200 210 220 230 240 250
pF1KSD TVANLDHIKKLSTDVDLIVEVLRSLPLVQVDEKGEKVRPNQNRCIVILREISESTPVEEV
::::...::::.:: :::.::::: :.::::::::::::...::::::::: :.::.:::
CCDS44 TVANMEEIKKLTTDPDLILEVLRSSPMVQVDEKGEKVRPSHKRCIVILREIPETTPIEEV
160 170 180 190 200 210
260 270 280 290 300 310
pF1KSD EALFKGDNLPKFINCEFAYNDNWFITFETEADAQQAYKYLREEVKTFQGKPIKARIKAKA
..:::..: :: :.::::.:.::.:::....:::::.::::::::::::::: :
CCDS44 KGLFKSENCPKVISCEFAHNSNWYITFQSDTDAQQAFKYLREEVKTFQGKPIMA------
220 230 240 250 260
320 330 340 350 360 370
pF1KSD IAINTFLPKNGFRPLDVSLYAQQRYATSFYFPPMYSPQQQFPLYSLITPQTWSATHSYLD
CCDS44 ------------------------------------------------------------
380 390 400 410 420
pF1KSD PPLVTPFPNTGFINGFTSP-AFKPAASPLTSLRQYPPRSRNP---SKSHLRHAIP-SAER
:::: .:.:::.:: ..: :. .. : . .: :.. .:. :.
CCDS44 -----PFPNGSFVNGFNSPGSYKTNAAAMNMGRPFQKNRVKPQFRSSGGSEHSTEGSVSL
270 280 290 300 310 320
430 440 450 460 470 480
pF1KSD GPGLLESPSIFNFTADRLINGVRSPQTRQAGQTRTRIQNPSAYAKREAGPGRVEPGSLES
: : :. : :: :.: ..: : . : .: .:. .. . .:.
CCDS44 GDGQLNRYSSRNFPAER-----HNP-TVTGHQEQTYLQKETSTLQ------------VEQ
330 340 350 360
490 500 510 520 530 540
pF1KSD SPGLGRGRKNSFGYRKKREEKFTSSQTQSPTPPKPPSPSFELGLSSFPPLPGAAGNLKTE
. ::::.. : :..::. : : . : :.:.:.: :.::::::... . :
CCDS44 NGDYGRGRRTLFRGRRRREDDRISRPHPSTAESKAPTPKFDLLASNFPPLPGSSSRMPGE
370 380 390 400 410 420
550 560 570 580 590
pF1KSD DLFENRLSSLIIGPSKER-----TLSADASVNTLPVVVSREP---SVPASCAVSAT-YER
..:::.:... : ::. :.: . .. .: . :. . ::. :
CCDS44 LVLENRMSDVVKGVYKEKDNEELTISCPVPADEQTECTSAQQLNMSTSSPCAAELTALST
430 440 450 460 470 480
600 610 620 630 640
pF1KSD SPSPAHLPDDPKVAEKQRETHSVDRLPS-------ALTATACKSVQVNGA-ATELRKP--
. . : .: .: . . .. : : ::. :.. ..:.: :. :..:
CCDS44 TQQEKDLIEDSSVQKDGLNQTTIPVSPPSTTKPSRASTASPCNN-NINAATAVALQEPRK
490 500 510 520 530 540
650 660 670 680 690 700
pF1KSD -SYAEICQRTSKEPPSSPLQPQKEQKPNTVGCGKEEKKLA--EPAERYREPPALKST---
::::.::. ::: : .:: .: . :.:. :.: . : . .:. .: : ...
CCDS44 LSYAEVCQKPPKEPSSVLVQPLRELRSNVVSPTKNEDNGAPENSVEKPHEKPEARASKDY
550 560 570 580 590 600
710 720 730
pF1KSD --------P----GAPRDQRRPAGGRPSPSAMGKRLSREQSTPPKSPQ
: : :.::: . : :... .: ..:: .::.::.
CCDS44 SGFRGNIIPRGAAGKIREQRRQFSHRAIPQGVTRRNGKEQYVPPRSPK
610 620 630 640 650
738 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 00:44:25 2016 done: Thu Nov 3 00:44:26 2016
Total Scan time: 3.690 Total Display time: 0.130
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]