Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA0212
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0212, 657 aa
1>>>pF1KSDA0212 657 - 657 aa - 657 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.0930+/-0.000424; mu= 8.0410+/- 0.026
mean_var=193.1832+/-40.234, 0's: 0 Z-trim(118.3): 35 B-trim: 2081 in 2/51
Lambda= 0.092276
statistics sampled from 31085 (31120) to 31085 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.696), E-opt: 0.2 (0.365), width: 16
Scan time: 10.800
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_055489 (OMIM: 607673) ER degradation-enhancing ( 657) 4513 613.7 6.5e-175
XP_011532574 (OMIM: 607673) PREDICTED: ER degradat ( 497) 3254 446.0 1.5e-124
XP_011532573 (OMIM: 607673) PREDICTED: ER degradat ( 497) 3254 446.0 1.5e-124
XP_011508316 (OMIM: 610214) PREDICTED: ER degradat ( 854) 837 124.5 1.6e-27
XP_011508315 (OMIM: 610214) PREDICTED: ER degradat ( 855) 837 124.5 1.6e-27
NP_079467 (OMIM: 610214) ER degradation-enhancing ( 932) 837 124.5 1.7e-27
XP_005245556 (OMIM: 610214) PREDICTED: ER degradat ( 933) 837 124.5 1.7e-27
NP_001306889 (OMIM: 610214) ER degradation-enhanci ( 948) 837 124.5 1.8e-27
XP_016857887 (OMIM: 610214) PREDICTED: ER degradat ( 777) 753 113.3 3.5e-24
XP_016857886 (OMIM: 610214) PREDICTED: ER degradat ( 855) 753 113.3 3.8e-24
XP_011508314 (OMIM: 610214) PREDICTED: ER degradat ( 856) 753 113.3 3.8e-24
NP_001138497 (OMIM: 610302) ER degradation-enhanci ( 541) 489 78.0 1e-13
NP_060687 (OMIM: 610302) ER degradation-enhancing ( 578) 489 78.0 1.1e-13
NP_057303 (OMIM: 604346,614202) endoplasmic reticu ( 699) 352 59.8 3.8e-08
XP_011534135 (OMIM: 604344) PREDICTED: mannosyl-ol ( 464) 271 48.9 5e-05
NP_005898 (OMIM: 604344) mannosyl-oligosaccharide ( 653) 269 48.8 7.7e-05
XP_005267043 (OMIM: 604344) PREDICTED: mannosyl-ol ( 736) 269 48.8 8.4e-05
XP_006710365 (OMIM: 604345) PREDICTED: mannosyl-ol ( 637) 263 47.9 0.00013
NP_006690 (OMIM: 604345) mannosyl-oligosaccharide ( 641) 263 47.9 0.00013
NP_065112 (OMIM: 616772) mannosyl-oligosaccharide ( 630) 254 46.7 0.0003
XP_016857349 (OMIM: 616772) PREDICTED: mannosyl-ol ( 387) 249 45.9 0.00033
XP_016869728 (OMIM: 604346,614202) PREDICTED: endo ( 632) 216 41.7 0.01
>>NP_055489 (OMIM: 607673) ER degradation-enhancing alph (657 aa)
initn: 4513 init1: 4513 opt: 4513 Z-score: 3261.3 bits: 613.7 E(85289): 6.5e-175
Smith-Waterman score: 4513; 100.0% identity (100.0% similar) in 657 aa overlap (1-657:1-657)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MQWRALVLGLVLLRLGLHGVLWLVFGLGPSMGFYQRFPLSFGFQRLRSPDGPASPTSGPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 MQWRALVLGLVLLRLGLHGVLWLVFGLGPSMGFYQRFPLSFGFQRLRSPDGPASPTSGPV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD GRPGGVSGPSWLQPPGTGAAQSPRKAPRRPGPGMCGPANWGYVLGGRGRGPDEYEKRYSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 GRPGGVSGPSWLQPPGTGAAQSPRKAPRRPGPGMCGPANWGYVLGGRGRGPDEYEKRYSG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD AFPPQLRAQMRDLARGMFVFGYDNYMAHAFPQDELNPIHCRGRGPDRGDPSNLNINDVLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 AFPPQLRAQMRDLARGMFVFGYDNYMAHAFPQDELNPIHCRGRGPDRGDPSNLNINDVLG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD NYSLTLVDALDTLAIMGNSSEFQKAVKLVINTVSFDKDSTVQVFEATIRVLGSLLSAHRI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 NYSLTLVDALDTLAIMGNSSEFQKAVKLVINTVSFDKDSTVQVFEATIRVLGSLLSAHRI
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD ITDSKQPFGDMTIKDYDNELLYMAHDLAVRLLPAFENTKTGIPYPRVNLKTGVPPDTNNE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 ITDSKQPFGDMTIKDYDNELLYMAHDLAVRLLPAFENTKTGIPYPRVNLKTGVPPDTNNE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD TCTAGAGSLLVEFGILSRLLGDSTFEWVARRAVKALWNLRSNDTGLLGNVVNIQTGHWVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 TCTAGAGSLLVEFGILSRLLGDSTFEWVARRAVKALWNLRSNDTGLLGNVVNIQTGHWVG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD KQSGLGAGLDSFYEYLLKSYILFGEKEDLEMFNAAYQSIQNYLRRGREACNEGEGDPPLY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 KQSGLGAGLDSFYEYLLKSYILFGEKEDLEMFNAAYQSIQNYLRRGREACNEGEGDPPLY
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD VNVNMFSGQLMNTWIDSLQAFFPGLQVLIGDVEDAICLHAFYYAIWKRYGALPERYNWQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 VNVNMFSGQLMNTWIDSLQAFFPGLQVLIGDVEDAICLHAFYYAIWKRYGALPERYNWQL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD QAPDVLFYPLRPELVESTYLLYQATKNPFYLHVGMDILQSLEKYTKVKCGYATLHHVIDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 QAPDVLFYPLRPELVESTYLLYQATKNPFYLHVGMDILQSLEKYTKVKCGYATLHHVIDK
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD STEDRMESFFLSETCKYLYLLFDEDNPVHKSGTRYMFTTEGHIVSVDEHLRELPWKEFFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 STEDRMESFFLSETCKYLYLLFDEDNPVHKSGTRYMFTTEGHIVSVDEHLRELPWKEFFS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650
pF1KSD EEGGQDQGGKSVHRPKPHELKVINSSSNCNRVPDERRYSLPLKSIYMRQIDQMVGLI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 EEGGQDQGGKSVHRPKPHELKVINSSSNCNRVPDERRYSLPLKSIYMRQIDQMVGLI
610 620 630 640 650
>>XP_011532574 (OMIM: 607673) PREDICTED: ER degradation- (497 aa)
initn: 3254 init1: 3254 opt: 3254 Z-score: 2357.1 bits: 446.0 E(85289): 1.5e-124
Smith-Waterman score: 3254; 100.0% identity (100.0% similar) in 487 aa overlap (171-657:11-497)
150 160 170 180 190 200
pF1KSD GYDNYMAHAFPQDELNPIHCRGRGPDRGDPSNLNINDVLGNYSLTLVDALDTLAIMGNSS
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MLSLCLHHTSSNLNINDVLGNYSLTLVDALDTLAIMGNSS
10 20 30 40
210 220 230 240 250 260
pF1KSD EFQKAVKLVINTVSFDKDSTVQVFEATIRVLGSLLSAHRIITDSKQPFGDMTIKDYDNEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EFQKAVKLVINTVSFDKDSTVQVFEATIRVLGSLLSAHRIITDSKQPFGDMTIKDYDNEL
50 60 70 80 90 100
270 280 290 300 310 320
pF1KSD LYMAHDLAVRLLPAFENTKTGIPYPRVNLKTGVPPDTNNETCTAGAGSLLVEFGILSRLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LYMAHDLAVRLLPAFENTKTGIPYPRVNLKTGVPPDTNNETCTAGAGSLLVEFGILSRLL
110 120 130 140 150 160
330 340 350 360 370 380
pF1KSD GDSTFEWVARRAVKALWNLRSNDTGLLGNVVNIQTGHWVGKQSGLGAGLDSFYEYLLKSY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GDSTFEWVARRAVKALWNLRSNDTGLLGNVVNIQTGHWVGKQSGLGAGLDSFYEYLLKSY
170 180 190 200 210 220
390 400 410 420 430 440
pF1KSD ILFGEKEDLEMFNAAYQSIQNYLRRGREACNEGEGDPPLYVNVNMFSGQLMNTWIDSLQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ILFGEKEDLEMFNAAYQSIQNYLRRGREACNEGEGDPPLYVNVNMFSGQLMNTWIDSLQA
230 240 250 260 270 280
450 460 470 480 490 500
pF1KSD FFPGLQVLIGDVEDAICLHAFYYAIWKRYGALPERYNWQLQAPDVLFYPLRPELVESTYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FFPGLQVLIGDVEDAICLHAFYYAIWKRYGALPERYNWQLQAPDVLFYPLRPELVESTYL
290 300 310 320 330 340
510 520 530 540 550 560
pF1KSD LYQATKNPFYLHVGMDILQSLEKYTKVKCGYATLHHVIDKSTEDRMESFFLSETCKYLYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LYQATKNPFYLHVGMDILQSLEKYTKVKCGYATLHHVIDKSTEDRMESFFLSETCKYLYL
350 360 370 380 390 400
570 580 590 600 610 620
pF1KSD LFDEDNPVHKSGTRYMFTTEGHIVSVDEHLRELPWKEFFSEEGGQDQGGKSVHRPKPHEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LFDEDNPVHKSGTRYMFTTEGHIVSVDEHLRELPWKEFFSEEGGQDQGGKSVHRPKPHEL
410 420 430 440 450 460
630 640 650
pF1KSD KVINSSSNCNRVPDERRYSLPLKSIYMRQIDQMVGLI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KVINSSSNCNRVPDERRYSLPLKSIYMRQIDQMVGLI
470 480 490
>>XP_011532573 (OMIM: 607673) PREDICTED: ER degradation- (497 aa)
initn: 3254 init1: 3254 opt: 3254 Z-score: 2357.1 bits: 446.0 E(85289): 1.5e-124
Smith-Waterman score: 3254; 100.0% identity (100.0% similar) in 487 aa overlap (171-657:11-497)
150 160 170 180 190 200
pF1KSD GYDNYMAHAFPQDELNPIHCRGRGPDRGDPSNLNINDVLGNYSLTLVDALDTLAIMGNSS
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MLSLCLHHTSSNLNINDVLGNYSLTLVDALDTLAIMGNSS
10 20 30 40
210 220 230 240 250 260
pF1KSD EFQKAVKLVINTVSFDKDSTVQVFEATIRVLGSLLSAHRIITDSKQPFGDMTIKDYDNEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EFQKAVKLVINTVSFDKDSTVQVFEATIRVLGSLLSAHRIITDSKQPFGDMTIKDYDNEL
50 60 70 80 90 100
270 280 290 300 310 320
pF1KSD LYMAHDLAVRLLPAFENTKTGIPYPRVNLKTGVPPDTNNETCTAGAGSLLVEFGILSRLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LYMAHDLAVRLLPAFENTKTGIPYPRVNLKTGVPPDTNNETCTAGAGSLLVEFGILSRLL
110 120 130 140 150 160
330 340 350 360 370 380
pF1KSD GDSTFEWVARRAVKALWNLRSNDTGLLGNVVNIQTGHWVGKQSGLGAGLDSFYEYLLKSY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GDSTFEWVARRAVKALWNLRSNDTGLLGNVVNIQTGHWVGKQSGLGAGLDSFYEYLLKSY
170 180 190 200 210 220
390 400 410 420 430 440
pF1KSD ILFGEKEDLEMFNAAYQSIQNYLRRGREACNEGEGDPPLYVNVNMFSGQLMNTWIDSLQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ILFGEKEDLEMFNAAYQSIQNYLRRGREACNEGEGDPPLYVNVNMFSGQLMNTWIDSLQA
230 240 250 260 270 280
450 460 470 480 490 500
pF1KSD FFPGLQVLIGDVEDAICLHAFYYAIWKRYGALPERYNWQLQAPDVLFYPLRPELVESTYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FFPGLQVLIGDVEDAICLHAFYYAIWKRYGALPERYNWQLQAPDVLFYPLRPELVESTYL
290 300 310 320 330 340
510 520 530 540 550 560
pF1KSD LYQATKNPFYLHVGMDILQSLEKYTKVKCGYATLHHVIDKSTEDRMESFFLSETCKYLYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LYQATKNPFYLHVGMDILQSLEKYTKVKCGYATLHHVIDKSTEDRMESFFLSETCKYLYL
350 360 370 380 390 400
570 580 590 600 610 620
pF1KSD LFDEDNPVHKSGTRYMFTTEGHIVSVDEHLRELPWKEFFSEEGGQDQGGKSVHRPKPHEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LFDEDNPVHKSGTRYMFTTEGHIVSVDEHLRELPWKEFFSEEGGQDQGGKSVHRPKPHEL
410 420 430 440 450 460
630 640 650
pF1KSD KVINSSSNCNRVPDERRYSLPLKSIYMRQIDQMVGLI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KVINSSSNCNRVPDERRYSLPLKSIYMRQIDQMVGLI
470 480 490
>>XP_011508316 (OMIM: 610214) PREDICTED: ER degradation- (854 aa)
initn: 1247 init1: 366 opt: 837 Z-score: 615.0 bits: 124.5 E(85289): 1.6e-27
Smith-Waterman score: 1303; 44.8% identity (74.5% similar) in 475 aa overlap (119-584:39-496)
90 100 110 120 130 140
pF1KSD RPGPGMCGPANWGYVLGGRGRGPDEYEKRYSGAFPP--QLRAQMRDLARGMFVFGYDNYM
.:: : . . .. . . :: .: :::
XP_011 CGSPVPQRARWRLVAATAAFCLVSATSVWTAGAEPMSREEKQKLGNQVLEMFDHAYGNYM
10 20 30 40 50 60
150 160 170 180 190 200
pF1KSD AHAFPQDELNPIHCRGRGPDRG-DPSNLNINDVLGNYSLTLVDALDTLAIMGNSSEFQKA
::.: ::: :. :::: :: .:: ...:.::..::::.:.::::.......::. :
XP_011 EHAYPADELMPLTCRGRV--RGQEPSRGDVDDALGKFSLTLIDSLDTLVVLNKTKEFEDA
70 80 90 100 110 120
210 220 230 240 250 260
pF1KSD VKLVINTVSFDKDSTVQVFEATIRVLGSLLSAHRIITDSKQPFGDMTIKDYDNELLYMAH
:. :. :..:.: .:.:::..:::::.::..: . :. :.. .. :..::: ::.
XP_011 VRKVLRDVNLDNDVVVSVFETNIRVLGGLLGGHSLAIMLKEK-GEY-MQWYNDELLQMAK
130 140 150 160 170 180
270 280 290 300 310 320
pF1KSD DLAVRLLPAFENTKTGIPYPRVNLKTGV-PPD----TNNETCTAGAGSLLVEFGILSRLL
.:. .::::: :: .:.::::.::: :. :. :...:::: ::.:..::. :::.
XP_011 QLGYKLLPAF-NTTSGLPYPRINLKFGIRKPEARTGTETDTCTACAGTLILEFAALSRFT
190 200 210 220 230 240
330 340 350 360 370 380
pF1KSD GDSTFEWVARRAVKALWNLRSNDTGLLGNVVNIQTGHWVGKQSGLGAGLDSFYEYLLKSY
: . :: ::.:. ::. :. ...:.: ..::.:: :: :.::.:::.::.::::::.:
XP_011 GATIFEEYARKALDFLWEKRQRSSNLVGVTINIHTGDWVRKDSGVGAGIDSYYEYLLKAY
250 260 270 280 290 300
390 400 410 420 430
pF1KSD ILFGEKEDLEMFNAAYQSIQNYLRRGREACNEGEGDPPLYVNVNMFSGQL-MNTWIDSLQ
.:.:. :: ::. :..:. :. . ::: ..:.. . .: ::.:.:
XP_011 VLLGDDSFLERFNTHYDAIMRYISQ-----------PPLLLDVHIHKPMLNARTWMDALL
310 320 330 340 350
440 450 460 470 480 490
pF1KSD AFFPGLQVLIGDVEDAICLHAFYYAIWKRYGALPERYNWQLQAPDVLFYPLRPELVESTY
::::::::: ::.. :: : . : . :... ::: .. .... . .:::::..::::
XP_011 AFFPGLQVLKGDIRPAIETHEMLYQVIKKHNFLPEAFTTDFRVHWAQ-HPLRPEFAESTY
360 370 380 390 400 410
500 510 520 530 540 550
pF1KSD LLYQATKNPFYLHVGMDILQSLEKYTKVKCGYATLHHVIDKSTEDRMESFFLSETCKYLY
.::.:: .:.::.:: ....:.::..: ::.:... : : ::::.::::.: ::::
XP_011 FLYKATGDPYYLEVGKTLIENLNKYARVPCGFAAMKDVRTGSHEDRMDSFFLAEMFKYLY
420 430 440 450 460 470
560 570 580 590 600 610
pF1KSD LLFDEDNPVHKSGTRYMFTTEGHIVSVDEHLRELPWKEFFSEEGGQDQGGKSVHRPKPHE
::: . . . . :.::::.:..
XP_011 LLFADKEDIIFDIEDYIFTTEAHLLPLWLSTTNQSISKKNTTSEYTELDDSNFDWTCPNT
480 490 500 510 520 530
>>XP_011508315 (OMIM: 610214) PREDICTED: ER degradation- (855 aa)
initn: 1247 init1: 366 opt: 837 Z-score: 615.0 bits: 124.5 E(85289): 1.6e-27
Smith-Waterman score: 1303; 44.8% identity (74.5% similar) in 475 aa overlap (119-584:39-496)
90 100 110 120 130 140
pF1KSD RPGPGMCGPANWGYVLGGRGRGPDEYEKRYSGAFPP--QLRAQMRDLARGMFVFGYDNYM
.:: : . . .. . . :: .: :::
XP_011 CGSPVPQRARWRLVAATAAFCLVSATSVWTAGAEPMSREEKQKLGNQVLEMFDHAYGNYM
10 20 30 40 50 60
150 160 170 180 190 200
pF1KSD AHAFPQDELNPIHCRGRGPDRG-DPSNLNINDVLGNYSLTLVDALDTLAIMGNSSEFQKA
::.: ::: :. :::: :: .:: ...:.::..::::.:.::::.......::. :
XP_011 EHAYPADELMPLTCRGRV--RGQEPSRGDVDDALGKFSLTLIDSLDTLVVLNKTKEFEDA
70 80 90 100 110 120
210 220 230 240 250 260
pF1KSD VKLVINTVSFDKDSTVQVFEATIRVLGSLLSAHRIITDSKQPFGDMTIKDYDNELLYMAH
:. :. :..:.: .:.:::..:::::.::..: . :. :.. .. :..::: ::.
XP_011 VRKVLRDVNLDNDVVVSVFETNIRVLGGLLGGHSLAIMLKEK-GEY-MQWYNDELLQMAK
130 140 150 160 170 180
270 280 290 300 310 320
pF1KSD DLAVRLLPAFENTKTGIPYPRVNLKTGV-PPD----TNNETCTAGAGSLLVEFGILSRLL
.:. .::::: :: .:.::::.::: :. :. :...:::: ::.:..::. :::.
XP_011 QLGYKLLPAF-NTTSGLPYPRINLKFGIRKPEARTGTETDTCTACAGTLILEFAALSRFT
190 200 210 220 230 240
330 340 350 360 370 380
pF1KSD GDSTFEWVARRAVKALWNLRSNDTGLLGNVVNIQTGHWVGKQSGLGAGLDSFYEYLLKSY
: . :: ::.:. ::. :. ...:.: ..::.:: :: :.::.:::.::.::::::.:
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XP_011 VLLGDDSFLERFNTHYDAIMRYISQ-----------PPLLLDVHIHKPMLNARTWMDALL
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XP_011 AFFPGLQVLKGDIRPAIETHEMLYQVIKKHNFLPEAFTTDFRVHWAQ-HPLRPEFAESTY
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>>NP_079467 (OMIM: 610214) ER degradation-enhancing alph (932 aa)
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: . :: ::.:. ::. :. ...:.: ..::.:: :: :.::.:::.::.::::::.:
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NP_079 AFFPGLQVLKGDIRPAIETHEMLYQVIKKHNFLPEAFTTDFRVHWAQ-HPLRPEFAESTY
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pF1KSD LLYQATKNPFYLHVGMDILQSLEKYTKVKCGYATLHHVIDKSTEDRMESFFLSETCKYLY
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NP_079 FLYKATGDPYYLEVGKTLIENLNKYARVPCGFAAMKDVRTGSHEDRMDSFFLAEMFKYLY
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::: . . . . :.::::.:..
NP_079 LLFADKEDIIFDIEDYIFTTEAHLLPLWLSTTNQSISKKNTTSEYTELDDSNFDWTCPNT
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pF1KSD AHAFPQDELNPIHCRGRGPDRG-DPSNLNINDVLGNYSLTLVDALDTLAIMGNSSEFQKA
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XP_005 EHAYPADELMPLTCRGRV--RGQEPSRGDVDDALGKFSLTLIDSLDTLVVLNKTKEFEDA
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pF1KSD VKLVINTVSFDKDSTVQVFEATIRVLGSLLSAHRIITDSKQPFGDMTIKDYDNELLYMAH
:. :. :..:.: .:.:::..:::::.::..: . :. :.. .. :..::: ::.
XP_005 VRKVLRDVNLDNDVVVSVFETNIRVLGGLLGGHSLAIMLKEK-GEY-MQWYNDELLQMAK
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pF1KSD DLAVRLLPAFENTKTGIPYPRVNLKTGV-PPD----TNNETCTAGAGSLLVEFGILSRLL
.:. .::::: :: .:.::::.::: :. :. :...:::: ::.:..::. :::.
XP_005 QLGYKLLPAF-NTTSGLPYPRINLKFGIRKPEARTGTETDTCTACAGTLILEFAALSRFT
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pF1KSD GDSTFEWVARRAVKALWNLRSNDTGLLGNVVNIQTGHWVGKQSGLGAGLDSFYEYLLKSY
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XP_005 GATIFEEYARKALDFLWEKRQRSSNLVGVTINIHTGDWVRKDSGVGAGIDSYYEYLLKAY
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pF1KSD ILFGEKEDLEMFNAAYQSIQNYLRRGREACNEGEGDPPLYVNVNMFSGQL-MNTWIDSLQ
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XP_005 VLLGDDSFLERFNTHYDAIMRYISQ-----------PPLLLDVHIHKPMLNARTWMDALL
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pF1KSD AFFPGLQVLIGDVEDAICLHAFYYAIWKRYGALPERYNWQLQAPDVLFYPLRPELVESTY
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XP_005 AFFPGLQVLKGDIRPAIETHEMLYQVIKKHNFLPEAFTTDFRVHWAQ-HPLRPEFAESTY
360 370 380 390 400 410
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pF1KSD LLYQATKNPFYLHVGMDILQSLEKYTKVKCGYATLHHVIDKSTEDRMESFFLSETCKYLY
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XP_005 FLYKATGDPYYLEVGKTLIENLNKYARVPCGFAAMKDVRTGSHEDRMDSFFLAEMFKYLY
420 430 440 450 460 470
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pF1KSD LLFDEDNPVHKSGTRYMFTTEGHIVSVDEHLRELPWKEFFSEEGGQDQGGKSVHRPKPHE
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XP_005 LLFADKEDIIFDIEDYIFTTEAHLLPLWLSTTNQSISKKNTTSEYTELDDSNFDWTCPNT
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>>NP_001306889 (OMIM: 610214) ER degradation-enhancing a (948 aa)
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pF1KSD RPGPGMCGPANWGYVLGGRGRGPDEYEKRYSGAFPP--QLRAQMRDLARGMFVFGYDNYM
.:: : . . .. . . :: .: :::
NP_001 CGSPVPQRARWRLVAATAAFCLVSATSVWTAGAEPMSREEKQKLGNQVLEMFDHAYGNYM
10 20 30 40 50 60
150 160 170 180 190 200
pF1KSD AHAFPQDELNPIHCRGRGPDRG-DPSNLNINDVLGNYSLTLVDALDTLAIMGNSSEFQKA
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NP_001 EHAYPADELMPLTCRGRV--RGQEPSRGDVDDALGKFSLTLIDSLDTLVVLNKTKEFEDA
70 80 90 100 110 120
210 220 230 240 250 260
pF1KSD VKLVINTVSFDKDSTVQVFEATIRVLGSLLSAHRIITDSKQPFGDMTIKDYDNELLYMAH
:. :. :..:.: .:.:::..:::::.::..: . :. :.. .. :..::: ::.
NP_001 VRKVLRDVNLDNDVVVSVFETNIRVLGGLLGGHSLAIMLKEK-GEY-MQWYNDELLQMAK
130 140 150 160 170 180
270 280 290 300 310 320
pF1KSD DLAVRLLPAFENTKTGIPYPRVNLKTGV-PPD----TNNETCTAGAGSLLVEFGILSRLL
.:. .::::: :: .:.::::.::: :. :. :...:::: ::.:..::. :::.
NP_001 QLGYKLLPAF-NTTSGLPYPRINLKFGIRKPEARTGTETDTCTACAGTLILEFAALSRFT
190 200 210 220 230 240
330 340 350 360 370 380
pF1KSD GDSTFEWVARRAVKALWNLRSNDTGLLGNVVNIQTGHWVGKQSGLGAGLDSFYEYLLKSY
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NP_001 GATIFEEYARKALDFLWEKRQRSSNLVGVTINIHTGDWVRKDSGVGAGIDSYYEYLLKAY
250 260 270 280 290 300
390 400 410 420 430
pF1KSD ILFGEKEDLEMFNAAYQSIQNYLRRGREACNEGEGDPPLYVNVNMFSGQL-MNTWIDSLQ
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NP_001 VLLGDDSFLERFNTHYDAIMRYISQ-----------PPLLLDVHIHKPMLNARTWMDALL
310 320 330 340 350
440 450 460 470 480 490
pF1KSD AFFPGLQVLIGDVEDAICLHAFYYAIWKRYGALPERYNWQLQAPDVLFYPLRPELVESTY
::::::::: ::.. :: : . : . :... ::: .. .... . .:::::..::::
NP_001 AFFPGLQVLKGDIRPAIETHEMLYQVIKKHNFLPEAFTTDFRVHWAQ-HPLRPEFAESTY
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pF1KSD LLYQATKNPFYLHVGMDILQSLEKYTKVKCGYATLHHVIDKSTEDRMESFFLSETCKYLY
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NP_001 FLYKATGDPYYLEVGKTLIENLNKYARVPCGFAAMKDVRTGSHEDRMDSFFLAEMFKYLY
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NP_001 LLFADKEDIIFDIEDYIFTTEAHLLPLWLSTTNQSISKKNTTSEYTELDDSNFDWTCPNT
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>>XP_016857887 (OMIM: 610214) PREDICTED: ER degradation- (777 aa)
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XP_016 EK-GEY-MQWYNDELLQMAKQLGYKLLPAF-NTTSGLPYPRINLKFGIRKPEARTGTETD
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pF1KSD TCTAGAGSLLVEFGILSRLLGDSTFEWVARRAVKALWNLRSNDTGLLGNVVNIQTGHWVG
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pF1KSD SEEGGQDQGGKSVHRPKPHELKVINSSSNCNRVPDERRYSLPLKSIYMRQIDQMVGLI
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initn: 1133 init1: 366 opt: 753 Z-score: 554.5 bits: 113.3 E(85289): 3.8e-24
Smith-Waterman score: 1219; 45.5% identity (75.9% similar) in 435 aa overlap (157-584:2-419)
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pF1KSD LVDALDTLAIMGNSSEFQKAVKLVINTVSFDKDSTVQVFEATIRVLGSLLSAHRIITDSK
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XP_016 LIDSLDTLVVLNKTKEFEDAVRKVLRDVNLDNDVVVSVFETNIRVLGGLLGGHSLAIMLK
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. :.. .. :..::: ::..:. .::::: :: .:.::::.::: :. :. :...
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XP_016 FRVHWAQ-HPLRPEFAESTYFLYKATGDPYYLEVGKTLIENLNKYARVPCGFAAMKDVRT
320 330 340 350 360 370
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pF1KSD KSTEDRMESFFLSETCKYLYLLFDEDNPVHKSGTRYMFTTEGHIVSVDEHLRELPWKEFF
: ::::.::::.: ::::::: . . . . :.::::.:..
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pF1KSD SEEGGQDQGGKSVHRPKPHELKVINSSSNCNRVPDERRYSLPLKSIYMRQIDQMVGLI
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657 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 00:42:25 2016 done: Thu Nov 3 00:42:26 2016
Total Scan time: 10.800 Total Display time: 0.140
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]