FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KSDA0193, 414 aa 1>>>pF1KSDA0193 414 - 414 aa - 414 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6578+/-0.000386; mu= 15.3599+/- 0.024 mean_var=76.6238+/-15.344, 0's: 0 Z-trim(113.5): 20 B-trim: 1299 in 1/53 Lambda= 0.146518 statistics sampled from 22831 (22851) to 22831 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.644), E-opt: 0.2 (0.268), width: 16 Scan time: 5.790 The best scores are: opt bits E(85289) NP_055581 (OMIM: 614965) secernin-1 isoform a [Hom ( 414) 2809 603.4 3.3e-172 NP_001138985 (OMIM: 614965) secernin-1 isoform a [ ( 414) 2809 603.4 3.3e-172 NP_001138986 (OMIM: 614965) secernin-1 isoform b [ ( 434) 2809 603.4 3.4e-172 NP_001138987 (OMIM: 614965) secernin-1 isoform c [ ( 346) 2347 505.7 7e-143 NP_612364 (OMIM: 614966) secernin-2 isoform 1 [Hom ( 425) 1463 318.9 1.5e-86 XP_005257833 (OMIM: 614966) PREDICTED: secernin-2 ( 425) 1463 318.9 1.5e-86 XP_016860398 (OMIM: 614967) PREDICTED: secernin-3 ( 424) 1417 309.2 1.2e-83 XP_005246913 (OMIM: 614967) PREDICTED: secernin-3 ( 424) 1417 309.2 1.2e-83 XP_005246912 (OMIM: 614967) PREDICTED: secernin-3 ( 424) 1417 309.2 1.2e-83 XP_005246914 (OMIM: 614967) PREDICTED: secernin-3 ( 424) 1417 309.2 1.2e-83 XP_005246911 (OMIM: 614967) PREDICTED: secernin-3 ( 424) 1417 309.2 1.2e-83 XP_016860399 (OMIM: 614967) PREDICTED: secernin-3 ( 424) 1417 309.2 1.2e-83 NP_078859 (OMIM: 614967) secernin-3 isoform 1 [Hom ( 424) 1417 309.2 1.2e-83 XP_005246910 (OMIM: 614967) PREDICTED: secernin-3 ( 444) 1417 309.2 1.3e-83 NP_001138495 (OMIM: 614966) secernin-2 isoform 2 [ ( 378) 1387 302.8 9.2e-82 NP_001180457 (OMIM: 614967) secernin-3 isoform 2 [ ( 417) 1356 296.3 9.4e-80 XP_016880775 (OMIM: 614966) PREDICTED: secernin-2 ( 403) 1316 287.8 3.2e-77 XP_011510141 (OMIM: 614967) PREDICTED: secernin-3 ( 344) 1103 242.8 1e-63 >>NP_055581 (OMIM: 614965) secernin-1 isoform a [Homo sa (414 aa) initn: 2809 init1: 2809 opt: 2809 Z-score: 3212.8 bits: 603.4 E(85289): 3.3e-172 Smith-Waterman score: 2809; 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100.0% identity (100.0% similar) in 414 aa overlap (1-414:1-414) 10 20 30 40 50 60 pF1KSD MAAAPPSYCFVAFPPRAKDGLVVFGKNSARPRDEVQEVVYFSAADHEPESKVECTYISID :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 MAAAPPSYCFVAFPPRAKDGLVVFGKNSARPRDEVQEVVYFSAADHEPESKVECTYISID 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KSD QVPRTYAIMISRPAWLWGAEMGANEHGVCIANEAINTREPAAEIEALLGMDLVRLGLERG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 QVPRTYAIMISRPAWLWGAEMGANEHGVCIANEAINTREPAAEIEALLGMDLVRLGLERG 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KSD ETAKEALDVIVSLLEEHGQGGNYFEDANSCHSFQSAYLIVDRDEAWVLETIGKYWAAEKV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 ETAKEALDVIVSLLEEHGQGGNYFEDANSCHSFQSAYLIVDRDEAWVLETIGKYWAAEKV 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KSD TEGVRCICSQLSLTTKMDAEHPELRSYAQSQGWWTGEGEFNFSEVFSPVEDHLDCGAGKD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 TEGVRCICSQLSLTTKMDAEHPELRSYAQSQGWWTGEGEFNFSEVFSPVEDHLDCGAGKD 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KSD SLEKQEESITVQTMMNTLRDKASGVCIDSEFFLTTASGVSVLPQNRSSPCIHYFTGTPDP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 SLEKQEESITVQTMMNTLRDKASGVCIDSEFFLTTASGVSVLPQNRSSPCIHYFTGTPDP 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KSD SRSIFKPFIFVDDVKLVPKTQSPCFGDDDPAKKEPRFQEKPDRRHELYKAHEWARAIIES :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 SRSIFKPFIFVDDVKLVPKTQSPCFGDDDPAKKEPRFQEKPDRRHELYKAHEWARAIIES 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KSD DQEQGRKLRSTMLELEKQGLEAMEEILTSSEPLDPAEVGDLFYDCVDTEIKFFK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 DQEQGRKLRSTMLELEKQGLEAMEEILTSSEPLDPAEVGDLFYDCVDTEIKFFK 370 380 390 400 410 >>NP_001138986 (OMIM: 614965) secernin-1 isoform b [Homo (434 aa) initn: 2809 init1: 2809 opt: 2809 Z-score: 3212.5 bits: 603.4 E(85289): 3.4e-172 Smith-Waterman score: 2809; 100.0% identity (100.0% similar) in 414 aa overlap (1-414:21-434) 10 20 30 40 pF1KSD MAAAPPSYCFVAFPPRAKDGLVVFGKNSARPRDEVQEVVY :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 MVQDGTFKTRDSTWTCESTRMAAAPPSYCFVAFPPRAKDGLVVFGKNSARPRDEVQEVVY 10 20 30 40 50 60 50 60 70 80 90 100 pF1KSD FSAADHEPESKVECTYISIDQVPRTYAIMISRPAWLWGAEMGANEHGVCIANEAINTREP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 FSAADHEPESKVECTYISIDQVPRTYAIMISRPAWLWGAEMGANEHGVCIANEAINTREP 70 80 90 100 110 120 110 120 130 140 150 160 pF1KSD AAEIEALLGMDLVRLGLERGETAKEALDVIVSLLEEHGQGGNYFEDANSCHSFQSAYLIV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 AAEIEALLGMDLVRLGLERGETAKEALDVIVSLLEEHGQGGNYFEDANSCHSFQSAYLIV 130 140 150 160 170 180 170 180 190 200 210 220 pF1KSD DRDEAWVLETIGKYWAAEKVTEGVRCICSQLSLTTKMDAEHPELRSYAQSQGWWTGEGEF :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 DRDEAWVLETIGKYWAAEKVTEGVRCICSQLSLTTKMDAEHPELRSYAQSQGWWTGEGEF 190 200 210 220 230 240 230 240 250 260 270 280 pF1KSD NFSEVFSPVEDHLDCGAGKDSLEKQEESITVQTMMNTLRDKASGVCIDSEFFLTTASGVS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 NFSEVFSPVEDHLDCGAGKDSLEKQEESITVQTMMNTLRDKASGVCIDSEFFLTTASGVS 250 260 270 280 290 300 290 300 310 320 330 340 pF1KSD VLPQNRSSPCIHYFTGTPDPSRSIFKPFIFVDDVKLVPKTQSPCFGDDDPAKKEPRFQEK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 VLPQNRSSPCIHYFTGTPDPSRSIFKPFIFVDDVKLVPKTQSPCFGDDDPAKKEPRFQEK 310 320 330 340 350 360 350 360 370 380 390 400 pF1KSD PDRRHELYKAHEWARAIIESDQEQGRKLRSTMLELEKQGLEAMEEILTSSEPLDPAEVGD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 PDRRHELYKAHEWARAIIESDQEQGRKLRSTMLELEKQGLEAMEEILTSSEPLDPAEVGD 370 380 390 400 410 420 410 pF1KSD LFYDCVDTEIKFFK :::::::::::::: NP_001 LFYDCVDTEIKFFK 430 >>NP_001138987 (OMIM: 614965) secernin-1 isoform c [Homo (346 aa) initn: 2347 init1: 2347 opt: 2347 Z-score: 2686.1 bits: 505.7 E(85289): 7e-143 Smith-Waterman score: 2347; 100.0% identity (100.0% similar) in 346 aa overlap (69-414:1-346) 40 50 60 70 80 90 pF1KSD VYFSAADHEPESKVECTYISIDQVPRTYAIMISRPAWLWGAEMGANEHGVCIANEAINTR :::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 MISRPAWLWGAEMGANEHGVCIANEAINTR 10 20 30 100 110 120 130 140 150 pF1KSD EPAAEIEALLGMDLVRLGLERGETAKEALDVIVSLLEEHGQGGNYFEDANSCHSFQSAYL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 EPAAEIEALLGMDLVRLGLERGETAKEALDVIVSLLEEHGQGGNYFEDANSCHSFQSAYL 40 50 60 70 80 90 160 170 180 190 200 210 pF1KSD IVDRDEAWVLETIGKYWAAEKVTEGVRCICSQLSLTTKMDAEHPELRSYAQSQGWWTGEG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 IVDRDEAWVLETIGKYWAAEKVTEGVRCICSQLSLTTKMDAEHPELRSYAQSQGWWTGEG 100 110 120 130 140 150 220 230 240 250 260 270 pF1KSD EFNFSEVFSPVEDHLDCGAGKDSLEKQEESITVQTMMNTLRDKASGVCIDSEFFLTTASG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 EFNFSEVFSPVEDHLDCGAGKDSLEKQEESITVQTMMNTLRDKASGVCIDSEFFLTTASG 160 170 180 190 200 210 280 290 300 310 320 330 pF1KSD VSVLPQNRSSPCIHYFTGTPDPSRSIFKPFIFVDDVKLVPKTQSPCFGDDDPAKKEPRFQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 VSVLPQNRSSPCIHYFTGTPDPSRSIFKPFIFVDDVKLVPKTQSPCFGDDDPAKKEPRFQ 220 230 240 250 260 270 340 350 360 370 380 390 pF1KSD EKPDRRHELYKAHEWARAIIESDQEQGRKLRSTMLELEKQGLEAMEEILTSSEPLDPAEV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 EKPDRRHELYKAHEWARAIIESDQEQGRKLRSTMLELEKQGLEAMEEILTSSEPLDPAEV 280 290 300 310 320 330 400 410 pF1KSD GDLFYDCVDTEIKFFK :::::::::::::::: NP_001 GDLFYDCVDTEIKFFK 340 >>NP_612364 (OMIM: 614966) secernin-2 isoform 1 [Homo sa (425 aa) initn: 1155 init1: 619 opt: 1463 Z-score: 1674.9 bits: 318.9 E(85289): 1.5e-86 Smith-Waterman score: 1463; 51.7% identity (78.2% similar) in 422 aa overlap (1-409:1-420) 10 20 30 40 50 pF1KSD MAAAPPSY-----CFVAFPPRAKDGLVVFGKNSARPRDEVQEVVYFSAADHEPESKVECT ::.. :. :::. :: . :.:.::: ::::::::::. :. : : :...:: NP_612 MASSSPDSPCSCDCFVSVPPASAIPAVIFAKNSDRPRDEVQEVVFVPAGTHTPGSRLQCT 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KSD YISIDQVPRTYAIMISRPAWLWGAEMGANEHGVCIANEAINTREPAAEIEALLGMDLVRL :: ..:: .:.:...:::.::::::::::::::::.:::. :.::..: ::::::::.:: NP_612 YIEVEQVSKTHAVILSRPSWLWGAEMGANEHGVCIGNEAVWTKEPVGEGEALLGMDLLRL 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KSD GLERGETAKEALDVIVSLLEEHGQGGNYFEDANSCHSFQSAYLIVDRDEAWVLETIGKYW .:::. .:.::: ::..:::..::::: .::: :..:..:..:: ::::::: :. : NP_612 ALERSSSAQEALHVITGLLEHYGQGGNCLEDAAP-FSYHSTFLLADRTEAWVLETAGRLW 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KSD AAEKVTEGVRCICSQLSLTTKMDAEHPELRSYAQSQGWWTGEGEFNFSEVFS----PVE- ::... ::.: : .:::. : ..:.:::::..::..::: :.: :.:...:: ::. NP_612 AAQRIQEGARNISNQLSIGTDISAQHPELRTHAQAKGWWDGQGAFDFAQIFSLTQQPVRM 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 pF1KSD --DHLDCGAGKDSLEKQEESITVQTMMNTLRDKASGVCIDSEFFLTTASGVSVLPQNRSS . ::.. :.... .::...::. :::: ::.:.:: : :::: ::::::. .. NP_612 EAAKARFQAGRELLRQRQGGITAEVMMGILRDKESGICMDSGGFRTTASMVSVLPQDPTQ 240 250 260 270 280 290 290 300 310 320 330 340 pF1KSD PCIHYFTGTPDPSRSIFKPFIFVDDVKLVPKTQSPCFGDDDPAKKEPRFQEKPDRRHELY ::.:..:.:::::::.:::::: : .:.. :: :: .::.. :::: . :::: :: NP_612 PCVHFLTATPDPSRSVFKPFIFGMGVAQAPQVLSPTFGAQDPVRTLPRFQTQVDRRHTLY 300 310 320 330 340 350 350 360 370 380 390 400 pF1KSD KAHEWARAIIESDQEQGRKLRSTMLELEKQGLEAMEEILTSSEPLDPA-EVGDLFYDCVD ..:. : ...: ::..:..:.. . .::..:::: . .: ..: : :.:.:: : NP_612 RGHQAALGLMERDQDRGQQLQQKQQDLEQEGLEATQGLL-AGEWAPPLWELGSLFQAFVK 360 370 380 390 400 410 410 pF1KSD TEIKFFK : NP_612 RESQAYA 420 >>XP_005257833 (OMIM: 614966) PREDICTED: secernin-2 isof (425 aa) initn: 1155 init1: 619 opt: 1463 Z-score: 1674.9 bits: 318.9 E(85289): 1.5e-86 Smith-Waterman score: 1463; 51.7% identity (78.2% similar) in 422 aa overlap (1-409:1-420) 10 20 30 40 50 pF1KSD MAAAPPSY-----CFVAFPPRAKDGLVVFGKNSARPRDEVQEVVYFSAADHEPESKVECT ::.. :. :::. :: . :.:.::: ::::::::::. :. : : :...:: XP_005 MASSSPDSPCSCDCFVSVPPASAIPAVIFAKNSDRPRDEVQEVVFVPAGTHTPGSRLQCT 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KSD YISIDQVPRTYAIMISRPAWLWGAEMGANEHGVCIANEAINTREPAAEIEALLGMDLVRL :: ..:: .:.:...:::.::::::::::::::::.:::. :.::..: ::::::::.:: XP_005 YIEVEQVSKTHAVILSRPSWLWGAEMGANEHGVCIGNEAVWTKEPVGEGEALLGMDLLRL 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KSD GLERGETAKEALDVIVSLLEEHGQGGNYFEDANSCHSFQSAYLIVDRDEAWVLETIGKYW .:::. .:.::: ::..:::..::::: .::: :..:..:..:: ::::::: :. : XP_005 ALERSSSAQEALHVITGLLEHYGQGGNCLEDAAP-FSYHSTFLLADRTEAWVLETAGRLW 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KSD AAEKVTEGVRCICSQLSLTTKMDAEHPELRSYAQSQGWWTGEGEFNFSEVFS----PVE- ::... ::.: : .:::. : ..:.:::::..::..::: :.: :.:...:: ::. XP_005 AAQRIQEGARNISNQLSIGTDISAQHPELRTHAQAKGWWDGQGAFDFAQIFSLTQQPVRM 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 pF1KSD --DHLDCGAGKDSLEKQEESITVQTMMNTLRDKASGVCIDSEFFLTTASGVSVLPQNRSS . ::.. :.... .::...::. :::: ::.:.:: : :::: ::::::. .. XP_005 EAAKARFQAGRELLRQRQGGITAEVMMGILRDKESGICMDSGGFRTTASMVSVLPQDPTQ 240 250 260 270 280 290 290 300 310 320 330 340 pF1KSD PCIHYFTGTPDPSRSIFKPFIFVDDVKLVPKTQSPCFGDDDPAKKEPRFQEKPDRRHELY ::.:..:.:::::::.:::::: : .:.. :: :: .::.. :::: . :::: :: XP_005 PCVHFLTATPDPSRSVFKPFIFGMGVAQAPQVLSPTFGAQDPVRTLPRFQTQVDRRHTLY 300 310 320 330 340 350 350 360 370 380 390 400 pF1KSD KAHEWARAIIESDQEQGRKLRSTMLELEKQGLEAMEEILTSSEPLDPA-EVGDLFYDCVD ..:. : ...: ::..:..:.. . .::..:::: . .: ..: : :.:.:: : XP_005 RGHQAALGLMERDQDRGQQLQQKQQDLEQEGLEATQGLL-AGEWAPPLWELGSLFQAFVK 360 370 380 390 400 410 410 pF1KSD TEIKFFK : XP_005 RESQAYA 420 >>XP_016860398 (OMIM: 614967) PREDICTED: secernin-3 isof (424 aa) initn: 1122 init1: 465 opt: 1417 Z-score: 1622.4 bits: 309.2 E(85289): 1.2e-83 Smith-Waterman score: 1417; 52.4% identity (78.2% similar) in 418 aa overlap (6-414:3-415) 10 20 30 40 50 pF1KSD MAAAPPSYC--FVAFPPRAKDGLVVFGKNSARPRDEVQEVVYFSAADHEPES-KVECTYI : : :::.:: . :. ..::::: : ::::::::: :. :. . ...:::: XP_016 MEPFSCDTFVALPPATVDNRIIFGKNSDRLYDEVQEVVYFPAVVHDNLGERLKCTYI 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KSD SIDQVPRTYAIMISRPAWLWGAEMGANEHGVCIANEAINTREPAAEIEALLGMDLVRLGL :::::.:::...::::::::::::::::::::.:::. :: . . ::::::::::::: XP_016 EIDQVPETYAVVLSRPAWLWGAEMGANEHGVCIGNEAVWGREEVCDEEALLGMDLVRLGL 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KSD ERGETAKEALDVIVSLLEEHGQGGNYFEDANSCHSFQSAYLIVDRDEAWVLETIGKYWAA ::..::..::.:::.:::..::::: : . :.....::.::.:::.::: :::::: XP_016 ERADTAEKALNVIVDLLEKYGQGGNCTE-GRMVFSYHNSFLIADRNEAWILETAGKYWAA 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KSD EKVTEGVRCICSQLSLTTKMDAEHPELRSYAQSQGWWTGEGEFNFSEVFSPVED-HLDCG ::: :::: : .:::.:::. :::..:.::. .::: :. ::.:. ..: .. .. . 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