Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0168
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0168, 326 aa
1>>>pF1KSDA0168 326 - 326 aa - 326 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1127+/-0.000814; mu= 13.2484+/- 0.049
mean_var=94.9282+/-18.584, 0's: 0 Z-trim(109.5): 19 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.131637
statistics sampled from 10946 (10961) to 10946 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.712), E-opt: 0.2 (0.337), width: 16
Scan time: 2.660
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS13083.1 RASSF2 gene_id:9770|Hs108|chr20 ( 326) 2148 417.8 5.9e-117
CCDS7208.1 RASSF4 gene_id:83937|Hs108|chr10 ( 321) 1163 230.7 1.2e-60
CCDS3559.1 RASSF6 gene_id:166824|Hs108|chr4 ( 337) 742 150.8 1.4e-36
CCDS3558.1 RASSF6 gene_id:166824|Hs108|chr4 ( 369) 742 150.8 1.6e-36
CCDS58905.1 RASSF6 gene_id:166824|Hs108|chr4 ( 325) 682 139.4 3.8e-33
CCDS58904.1 RASSF6 gene_id:166824|Hs108|chr4 ( 303) 337 73.8 1.9e-13
>>CCDS13083.1 RASSF2 gene_id:9770|Hs108|chr20 (326 aa)
initn: 2148 init1: 2148 opt: 2148 Z-score: 2213.2 bits: 417.8 E(32554): 5.9e-117
Smith-Waterman score: 2148; 100.0% identity (100.0% similar) in 326 aa overlap (1-326:1-326)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MDYSHQTSLVPCGQDKYISKNELLLHLKTYNLYYEGQNLQLRHREEEDEFIVEGLLNISW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MDYSHQTSLVPCGQDKYISKNELLLHLKTYNLYYEGQNLQLRHREEEDEFIVEGLLNISW
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD GLRRPIRLQMQDDNERIRPPPSSSSWHSGCNLGAQGTTLKPLTVPKVQISEVDAPPEGDQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 GLRRPIRLQMQDDNERIRPPPSSSSWHSGCNLGAQGTTLKPLTVPKVQISEVDAPPEGDQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD MPSSTDSRGLKPLQEDTPQLMRTRSDVGVRRRGNVRTPSDQRRIRRHRFSINGHFYNHKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MPSSTDSRGLKPLQEDTPQLMRTRSDVGVRRRGNVRTPSDQRRIRRHRFSINGHFYNHKT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD SVFTPAYGSVTNVRINSTMTTPQVLKLLLNKFKIENSAEEFALYVVHTSGEKQKLKATDY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SVFTPAYGSVTNVRINSTMTTPQVLKLLLNKFKIENSAEEFALYVVHTSGEKQKLKATDY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD PLIARILQGPCEQISKVFLMEKDQVEEVTYDVAQYIKFEMPVLKSFIQKLQEEEDREVKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 PLIARILQGPCEQISKVFLMEKDQVEEVTYDVAQYIKFEMPVLKSFIQKLQEEEDREVKK
250 260 270 280 290 300
310 320
pF1KSD LMRKYTVLRLMIRQRLEEIAETPATI
::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LMRKYTVLRLMIRQRLEEIAETPATI
310 320
>>CCDS7208.1 RASSF4 gene_id:83937|Hs108|chr10 (321 aa)
initn: 1166 init1: 780 opt: 1163 Z-score: 1202.3 bits: 230.7 E(32554): 1.2e-60
Smith-Waterman score: 1163; 58.6% identity (77.9% similar) in 326 aa overlap (7-321:8-319)
10 20 30 40 50
pF1KSD MDYSHQTSLVPCGQDKYISKNELLLHLKTYNLYYEGQNLQLRHREEEDEFIVEGLLNIS
.: :: ...: :.:.::: ::::: :.::...:::::::: .:.::::::.
CCDS72 MKEDCLPSSHVPISDSKSIQKSELLGLLKTYNCYHEGKSFQLRHREEEGTLIIEGLLNIA
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD WGLRRPIRLQMQDDNERIRPPPSSSSW---HSGCNLGAQGTTLKPLTVPKVQISEVDAPP
:::::::::::::: :... : :.:: . .: :: :. : ... :
CCDS72 WGLRRPIRLQMQDDREQVHLP--STSWMPRRPSC----------PLKEPSPQNGNITAQG
70 80 90 100
120 130 140 150 160
pF1KSD EGDQ----MPSSTDSRGLKPLQE--DTPQLMRTRSDVGV--RRRGNVRTPSDQRRIRRHR
. : ::::: : ::.: ..::::::.::.. .:: . :.:.. .::::::
CCDS72 PSIQPVHKAESSTDSSG--PLEEAEEAPQLMRTKSDASCMSQRRPKCRAPGEAQRIRRHR
110 120 130 140 150 160
170 180 190 200 210 220
pF1KSD FSINGHFYNHKTSVFTPAYGSVTNVRINSTMTTPQVLKLLLNKFKIENSAEEFALYVVHT
::::::::::::::::::::::::::.:::::: ::: ::::::..:.. :::::.::
CCDS72 FSINGHFYNHKTSVFTPAYGSVTNVRVNSTMTTLQVLTLLLNKFRVEDGPSEFALYIVHE
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KSD SGEKQKLKATDYPLIARILQGPCEQISKVFLMEKDQVEEVTYDVAQYIKFEMPVLKSFIQ
:::. ::: .::::.:::.::::.:...:::: : :: ..:::::::::::: ::..
CCDS72 SGERTKLKDCEYPLISRILHGPCEKIARIFLMEADLGVEVPHEVAQYIKFEMPVLDSFVE
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320
pF1KSD KLQEEEDREVKKLMRKYTVLRLMIRQRLEEIAETPATI
::.:::.::. :: :. .::: . ::::...:
CCDS72 KLKEEEEREIIKLTMKFQALRLTMLQRLEQLVEAK
290 300 310 320
>>CCDS3559.1 RASSF6 gene_id:166824|Hs108|chr4 (337 aa)
initn: 692 init1: 413 opt: 742 Z-score: 769.9 bits: 150.8 E(32554): 1.4e-36
Smith-Waterman score: 776; 40.2% identity (71.9% similar) in 338 aa overlap (4-326:5-337)
10 20 30 40 50
pF1KSD MDYSHQ-TSLVPCGQDKYISKNELLLHLKTYNLYYEGQ-NLQLRHREEED-EFIVEGLL
.:: : . .. .:....: :::::..::.: ::.. . : :: ..::::.:
CCDS35 MTMMAHQYPSWIFINEKTFITREQLNSLLKTYNIFYENQKNLHILYGETEDGKLIVEGML
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD NISWGLRRPIRLQMQDDNERIRPPPSSSSWHSGCNLGAQGTTLKPLTVPKVQISEVDAP-
.: ::..:::.:..::. .: : .: .:. ....: : .:::.:
CCDS35 DIFWGVKRPIQLKIQDE----KPFSSFTSMKSSDVFSSKGMTRWGEFDDLYRISELDRTQ
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160
pF1KSD -PEGDQMPSSTD-----SRGLKPL---QEDTPQLMRTRSDVGVRRRGNVRTPSDQRRIRR
: ... :. : : ::: . :.: :.:: :.... :. :... ..
CCDS35 IPMSEKRNSQEDYLSYHSNTLKPHAKDEPDSPVLYRTMSEAALVRKRMKPLMMDRKERQK
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KSD HRFSINGHFYNHKTSVFTPAYGSVTNVRINSTMTTPQVLKLLLNKFKIENSAEEFALYVV
.: :::::::::.::.: ::. : :.::.::.: : .:.: ::.::::::: ..:::...
CCDS35 NRASINGHFYNHETSIFIPAFESETKVRVNSNMRTEEVIKQLLQKFKIENSPQDFALHII
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KSD HTSGEKQKLKATDYPLIARILQGPCEQISKVFLMEKDQVEEVTYDVAQYIKFEMPVLKSF
..::...:: :: ::. :.:::: :. ...:::.:: .::.. ::::::.:.. .:.:.
CCDS35 FATGEQRRLKKTDIPLLQRLLQGPSEKNARIFLMDKD-AEEISSDVAQYINFHFSLLESI
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320
pF1KSD IQKLQEEEDREVKKLMRKYTVLRLMIRQRLEE--IAETPATI
.:.:.::: ::..... :.. . .: . :.. . .: .:.
CCDS35 LQRLNEEEKREIQRIVTKFNKEKAIILKCLQNKLVIKTETTV
300 310 320 330
>>CCDS3558.1 RASSF6 gene_id:166824|Hs108|chr4 (369 aa)
initn: 692 init1: 413 opt: 742 Z-score: 769.4 bits: 150.8 E(32554): 1.6e-36
Smith-Waterman score: 776; 40.2% identity (71.9% similar) in 338 aa overlap (4-326:37-369)
10 20 30
pF1KSD MDYSHQ-TSLVPCGQDKYISKNELLLHLKTYNL
.:: : . .. .:....: :::::.
CCDS35 GAAPAPARASDLPYRISSDHLKKEEKMTMMAHQYPSWIFINEKTFITREQLNSLLKTYNI
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KSD YYEGQ-NLQLRHREEED-EFIVEGLLNISWGLRRPIRLQMQDDNERIRPPPSSSSWHSGC
.::.: ::.. . : :: ..::::.:.: ::..:::.:..::. .: : .: .:.
CCDS35 FYENQKNLHILYGETEDGKLIVEGMLDIFWGVKRPIQLKIQDE----KPFSSFTSMKSSD
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140
pF1KSD NLGAQGTTLKPLTVPKVQISEVDAP--PEGDQMPSSTD-----SRGLKPL---QEDTPQL
....: : .:::.: : ... :. : : ::: . :.: :
CCDS35 VFSSKGMTRWGEFDDLYRISELDRTQIPMSEKRNSQEDYLSYHSNTLKPHAKDEPDSPVL
130 140 150 160 170 180
150 160 170 180 190 200
pF1KSD MRTRSDVGVRRRGNVRTPSDQRRIRRHRFSINGHFYNHKTSVFTPAYGSVTNVRINSTMT
.:: :.... :. :... ...: :::::::::.::.: ::. : :.::.::.:
CCDS35 YRTMSEAALVRKRMKPLMMDRKERQKNRASINGHFYNHETSIFIPAFESETKVRVNSNMR
190 200 210 220 230 240
210 220 230 240 250 260
pF1KSD TPQVLKLLLNKFKIENSAEEFALYVVHTSGEKQKLKATDYPLIARILQGPCEQISKVFLM
: .:.: ::.::::::: ..:::... ..::...:: :: ::. :.:::: :. ...:::
CCDS35 TEEVIKQLLQKFKIENSPQDFALHIIFATGEQRRLKKTDIPLLQRLLQGPSEKNARIFLM
250 260 270 280 290 300
270 280 290 300 310
pF1KSD EKDQVEEVTYDVAQYIKFEMPVLKSFIQKLQEEEDREVKKLMRKYTVLRLMIRQRLEE--
.:: .::.. ::::::.:.. .:.:..:.:.::: ::..... :.. . .: . :..
CCDS35 DKD-AEEISSDVAQYINFHFSLLESILQRLNEEEKREIQRIVTKFNKEKAIILKCLQNKL
310 320 330 340 350 360
320
pF1KSD IAETPATI
. .: .:.
CCDS35 VIKTETTV
>>CCDS58905.1 RASSF6 gene_id:166824|Hs108|chr4 (325 aa)
initn: 652 init1: 413 opt: 682 Z-score: 708.6 bits: 139.4 E(32554): 3.8e-33
Smith-Waterman score: 711; 39.5% identity (71.7% similar) in 311 aa overlap (30-326:20-325)
10 20 30 40 50
pF1KSD MDYSHQTSLVPCGQDKYISKNELLLHLKTYNLYYEGQNLQLRHRE--EEDEFIVEGLLNI
: ... ...: : :. :. ..::::.:.:
CCDS58 MLWEETGAAPAPARASDLPYRIHFLSSGLILVTRQLTEDGKLIVEGMLDI
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KSD SWGLRRPIRLQMQDDNERIRPPPSSSSWHSGCNLGAQGTTLKPLTVPKVQISEVDAP--P
::..:::.:..::. .: : .: .:. ....: : .:::.: :
CCDS58 FWGVKRPIQLKIQDE----KPFSSFTSMKSSDVFSSKGMTRWGEFDDLYRISELDRTQIP
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160
pF1KSD EGDQMPSSTD-----SRGLKPL---QEDTPQLMRTRSDVGVRRRGNVRTPSDQRRIRRHR
... :. : : ::: . :.: :.:: :.... :. :... ...:
CCDS58 MSEKRNSQEDYLSYHSNTLKPHAKDEPDSPVLYRTMSEAALVRKRMKPLMMDRKERQKNR
110 120 130 140 150 160
170 180 190 200 210 220
pF1KSD FSINGHFYNHKTSVFTPAYGSVTNVRINSTMTTPQVLKLLLNKFKIENSAEEFALYVVHT
:::::::::.::.: ::. : :.::.::.: : .:.: ::.::::::: ..:::... .
CCDS58 ASINGHFYNHETSIFIPAFESETKVRVNSNMRTEEVIKQLLQKFKIENSPQDFALHIIFA
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KSD SGEKQKLKATDYPLIARILQGPCEQISKVFLMEKDQVEEVTYDVAQYIKFEMPVLKSFIQ
.::...:: :: ::. :.:::: :. ...:::.:: .::.. ::::::.:.. .:.:..:
CCDS58 TGEQRRLKKTDIPLLQRLLQGPSEKNARIFLMDKD-AEEISSDVAQYINFHFSLLESILQ
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320
pF1KSD KLQEEEDREVKKLMRKYTVLRLMIRQRLEE--IAETPATI
.:.::: ::..... :.. . .: . :.. . .: .:.
CCDS58 RLNEEEKREIQRIVTKFNKEKAIILKCLQNKLVIKTETTV
290 300 310 320
>>CCDS58904.1 RASSF6 gene_id:166824|Hs108|chr4 (303 aa)
initn: 482 init1: 203 opt: 337 Z-score: 354.9 bits: 73.8 E(32554): 1.9e-13
Smith-Waterman score: 573; 34.3% identity (63.6% similar) in 338 aa overlap (4-326:5-303)
10 20 30 40 50
pF1KSD MDYSHQ-TSLVPCGQDKYISKNELLLHLKTYNLYYEGQ-NLQLRHREEED-EFIVEGLL
.:: : . .. .:....: :::::..::.: ::.. . : :: ..::::.:
CCDS58 MTMMAHQYPSWIFINEKTFITREQLNSLLKTYNIFYENQKNLHILYGETEDGKLIVEGML
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD NISWGLRRPIRLQMQDDNERIRPPPSSSSWHSGCNLGAQGTTLKPLTVPKVQISEVDAP-
.: ::..:::.:..::. .: : .: .:. ....: : .:::.:
CCDS58 DIFWGVKRPIQLKIQDE----KPFSSFTSMKSSDVFSSKGMTRWGEFDDLYRISELDRTQ
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160
pF1KSD -PEGDQMPSSTD-----SRGLKPL---QEDTPQLMRTRSDVGVRRRGNVRTPSDQRRIRR
: ... :. : : ::: . :.: :.:: :.... :. :... ..
CCDS58 IPMSEKRNSQEDYLSYHSNTLKPHAKDEPDSPVLYRTMSEAALVRKRMKPLMMDRKERQK
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KSD HRFSINGHFYNHKTSVFTPAYGSVTNVRINSTMTTPQVLKLLLNKFKIENSAEEFALYVV
.: :::::::::. :::: ..:::...
CCDS58 NRASINGHFYNHE----------------------------------IENSPQDFALHII
180 190 200
230 240 250 260 270 280
pF1KSD HTSGEKQKLKATDYPLIARILQGPCEQISKVFLMEKDQVEEVTYDVAQYIKFEMPVLKSF
..::...:: :: ::. :.:::: :. ...:::.:: .::.. ::::::.:.. .:.:.
CCDS58 FATGEQRRLKKTDIPLLQRLLQGPSEKNARIFLMDKD-AEEISSDVAQYINFHFSLLESI
210 220 230 240 250 260
290 300 310 320
pF1KSD IQKLQEEEDREVKKLMRKYTVLRLMIRQRLEE--IAETPATI
.:.:.::: ::..... :.. . .: . :.. . .: .:.
CCDS58 LQRLNEEEKREIQRIVTKFNKEKAIILKCLQNKLVIKTETTV
270 280 290 300
326 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 00:24:07 2016 done: Thu Nov 3 00:24:07 2016
Total Scan time: 2.660 Total Display time: 0.000
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]