Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0122
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0122, 929 aa
1>>>pF1KSDA0122 929 - 929 aa - 929 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.8363+/-0.000936; mu= 7.5270+/- 0.056
mean_var=221.3227+/-45.967, 0's: 0 Z-trim(113.2): 24 B-trim: 661 in 1/53
Lambda= 0.086211
statistics sampled from 13852 (13872) to 13852 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.739), E-opt: 0.2 (0.426), width: 16
Scan time: 3.390
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS14274.1 RBM10 gene_id:8241|Hs108|chrX ( 930) 6188 783.0 0
CCDS75969.1 RBM10 gene_id:8241|Hs108|chrX ( 995) 6188 783.0 0
CCDS78478.1 RBM10 gene_id:8241|Hs108|chrX ( 852) 5211 661.4 2e-189
CCDS56600.1 RBM10 gene_id:8241|Hs108|chrX ( 853) 5199 659.9 5.6e-189
CCDS2810.1 RBM5 gene_id:10181|Hs108|chr3 ( 815) 1770 233.4 1.3e-60
CCDS54586.1 RBM6 gene_id:10180|Hs108|chr3 ( 601) 592 86.8 1.3e-16
CCDS2809.1 RBM6 gene_id:10180|Hs108|chr3 (1123) 592 87.0 2.1e-16
>>CCDS14274.1 RBM10 gene_id:8241|Hs108|chrX (930 aa)
initn: 3809 init1: 3809 opt: 6188 Z-score: 4170.5 bits: 783.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6188; 99.8% identity (99.8% similar) in 930 aa overlap (1-929:1-930)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MEYERRGGRGDRTGRYGATDRSQDDGGENRSRDHDYRDMDYRSYPREYGSQEGKHDYDDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MEYERRGGRGDRTGRYGATDRSQDDGGENRSRDHDYRDMDYRSYPREYGSQEGKHDYDDS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD SEEQSAEDSYEASPGSETQRRRRRRHRHSPTGPPGFPRDGDYRDQDYRTEQGEEEEEEED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 SEEQSAEDSYEASPGSETQRRRRRRHRHSPTGPPGFPRDGDYRDQDYRTEQGEEEEEEED
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD EEEEEKASNIVMLRMLPQAATEDDIRGQLQSHGVQAREVRLMRNKSSGQSRGFAFVEFSH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 EEEEEKASNIVMLRMLPQAATEDDIRGQLQSHGVQAREVRLMRNKSSGQSRGFAFVEFSH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD LQDATRWMEANQHSLNILGQKVSMHYSDPKPKINEDWLCNKCGVQNFKRREKCFKCGVPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LQDATRWMEANQHSLNILGQKVSMHYSDPKPKINEDWLCNKCGVQNFKRREKCFKCGVPK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD SEAEQKLPLGTRLDQQTLPLGGRELSQGLLPLPQPYQAQGVLASQALSQGSEPSSENAND
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 SEAEQKLPLGTRLDQQTLPLGGRELSQGLLPLPQPYQAQGVLASQALSQGSEPSSENAND
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KSD TIILRNLNPHSTMDSILGALAPYAVLSSSNVRVIKDKQTQLNRGFAFIQLSTI-EAAQLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::
CCDS14 TIILRNLNPHSTMDSILGALAPYAVLSSSNVRVIKDKQTQLNRGFAFIQLSTIVEAAQLL
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KSD QILQALHPPLTIDGKTINVEFAKGSKRDMASNEGSRISAASVASTAIAAAQWAISQASQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 QILQALHPPLTIDGKTINVEFAKGSKRDMASNEGSRISAASVASTAIAAAQWAISQASQG
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KSD GEGTWATSEEPPVDYSYYQQDEGYGNSQGTESSLYAHGYLKGTKGPGITGTKGDPTGAGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 GEGTWATSEEPPVDYSYYQQDEGYGNSQGTESSLYAHGYLKGTKGPGITGTKGDPTGAGP
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KSD EASLEPGADSVSMQAFSRPQPGAAPGIYQQSAEASSSQGTAANSQSYTIMSPAVLKSELQ
:::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 EASLEPGADSVSMQAFSRAQPGAAPGIYQQSAEASSSQGTAANSQSYTIMSPAVLKSELQ
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KSD SPTHPSSALPPATSPTAQESYSQYPVPDVSTYQYDETSGYYYDPQTGLYYDPNSQYYYNA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 SPTHPSSALPPATSPTAQESYSQYPVPDVSTYQYDETSGYYYDPQTGLYYDPNSQYYYNA
550 560 570 580 590 600
600 610 620 630 640 650
pF1KSD QSQQYLYWDGERRTYVPALEQSADGHKETGAPSKEGKEKKEKHKTKTAQQIAKDMERWAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 QSQQYLYWDGERRTYVPALEQSADGHKETGAPSKEGKEKKEKHKTKTAQQIAKDMERWAR
610 620 630 640 650 660
660 670 680 690 700 710
pF1KSD SLNKQKENFKNSFQPISSLRDDERRESATADAGYAILEKKGALAERQHTSMDLPKLASDD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 SLNKQKENFKNSFQPISSLRDDERRESATADAGYAILEKKGALAERQHTSMDLPKLASDD
670 680 690 700 710 720
720 730 740 750 760 770
pF1KSD RPSPPRGLVAAYSGESDSEEEQERGGPEREEKLTDWQKLACLLCRRQFPSKEALIRHQQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 RPSPPRGLVAAYSGESDSEEEQERGGPEREEKLTDWQKLACLLCRRQFPSKEALIRHQQL
730 740 750 760 770 780
780 790 800 810 820 830
pF1KSD SGLHKQNLEIHRRAHLSENELEALEKNDMEQMKYRDRAAERREKYGIPEPPEPKRRKYGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 SGLHKQNLEIHRRAHLSENELEALEKNDMEQMKYRDRAAERREKYGIPEPPEPKRRKYGG
790 800 810 820 830 840
840 850 860 870 880 890
pF1KSD ISTASVDFEQPTRDGLGSDNIGSRMLQAMGWKEGSGLGRKKQGIVTPIEAQTRVRGSGLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 ISTASVDFEQPTRDGLGSDNIGSRMLQAMGWKEGSGLGRKKQGIVTPIEAQTRVRGSGLG
850 860 870 880 890 900
900 910 920
pF1KSD ARGSSYGVTSTESYKETLHKTMVTRFNEAQ
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 ARGSSYGVTSTESYKETLHKTMVTRFNEAQ
910 920 930
>>CCDS75969.1 RBM10 gene_id:8241|Hs108|chrX (995 aa)
initn: 3809 init1: 3809 opt: 6188 Z-score: 4170.1 bits: 783.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6188; 99.8% identity (99.8% similar) in 930 aa overlap (1-929:66-995)
10 20 30
pF1KSD MEYERRGGRGDRTGRYGATDRSQDDGGENR
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 HGSSSGGGWEVKRSQRLRRGPSSPRRPYQDMEYERRGGRGDRTGRYGATDRSQDDGGENR
40 50 60 70 80 90
40 50 60 70 80 90
pF1KSD SRDHDYRDMDYRSYPREYGSQEGKHDYDDSSEEQSAEDSYEASPGSETQRRRRRRHRHSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 SRDHDYRDMDYRSYPREYGSQEGKHDYDDSSEEQSAEDSYEASPGSETQRRRRRRHRHSP
100 110 120 130 140 150
100 110 120 130 140 150
pF1KSD TGPPGFPRDGDYRDQDYRTEQGEEEEEEEDEEEEEKASNIVMLRMLPQAATEDDIRGQLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 TGPPGFPRDGDYRDQDYRTEQGEEEEEEEDEEEEEKASNIVMLRMLPQAATEDDIRGQLQ
160 170 180 190 200 210
160 170 180 190 200 210
pF1KSD SHGVQAREVRLMRNKSSGQSRGFAFVEFSHLQDATRWMEANQHSLNILGQKVSMHYSDPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 SHGVQAREVRLMRNKSSGQSRGFAFVEFSHLQDATRWMEANQHSLNILGQKVSMHYSDPK
220 230 240 250 260 270
220 230 240 250 260 270
pF1KSD PKINEDWLCNKCGVQNFKRREKCFKCGVPKSEAEQKLPLGTRLDQQTLPLGGRELSQGLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 PKINEDWLCNKCGVQNFKRREKCFKCGVPKSEAEQKLPLGTRLDQQTLPLGGRELSQGLL
280 290 300 310 320 330
280 290 300 310 320 330
pF1KSD PLPQPYQAQGVLASQALSQGSEPSSENANDTIILRNLNPHSTMDSILGALAPYAVLSSSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 PLPQPYQAQGVLASQALSQGSEPSSENANDTIILRNLNPHSTMDSILGALAPYAVLSSSN
340 350 360 370 380 390
340 350 360 370 380
pF1KSD VRVIKDKQTQLNRGFAFIQLSTI-EAAQLLQILQALHPPLTIDGKTINVEFAKGSKRDMA
::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 VRVIKDKQTQLNRGFAFIQLSTIVEAAQLLQILQALHPPLTIDGKTINVEFAKGSKRDMA
400 410 420 430 440 450
390 400 410 420 430 440
pF1KSD SNEGSRISAASVASTAIAAAQWAISQASQGGEGTWATSEEPPVDYSYYQQDEGYGNSQGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 SNEGSRISAASVASTAIAAAQWAISQASQGGEGTWATSEEPPVDYSYYQQDEGYGNSQGT
460 470 480 490 500 510
450 460 470 480 490 500
pF1KSD ESSLYAHGYLKGTKGPGITGTKGDPTGAGPEASLEPGADSVSMQAFSRPQPGAAPGIYQQ
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::
CCDS75 ESSLYAHGYLKGTKGPGITGTKGDPTGAGPEASLEPGADSVSMQAFSRAQPGAAPGIYQQ
520 530 540 550 560 570
510 520 530 540 550 560
pF1KSD SAEASSSQGTAANSQSYTIMSPAVLKSELQSPTHPSSALPPATSPTAQESYSQYPVPDVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 SAEASSSQGTAANSQSYTIMSPAVLKSELQSPTHPSSALPPATSPTAQESYSQYPVPDVS
580 590 600 610 620 630
570 580 590 600 610 620
pF1KSD TYQYDETSGYYYDPQTGLYYDPNSQYYYNAQSQQYLYWDGERRTYVPALEQSADGHKETG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 TYQYDETSGYYYDPQTGLYYDPNSQYYYNAQSQQYLYWDGERRTYVPALEQSADGHKETG
640 650 660 670 680 690
630 640 650 660 670 680
pF1KSD APSKEGKEKKEKHKTKTAQQIAKDMERWARSLNKQKENFKNSFQPISSLRDDERRESATA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 APSKEGKEKKEKHKTKTAQQIAKDMERWARSLNKQKENFKNSFQPISSLRDDERRESATA
700 710 720 730 740 750
690 700 710 720 730 740
pF1KSD DAGYAILEKKGALAERQHTSMDLPKLASDDRPSPPRGLVAAYSGESDSEEEQERGGPERE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 DAGYAILEKKGALAERQHTSMDLPKLASDDRPSPPRGLVAAYSGESDSEEEQERGGPERE
760 770 780 790 800 810
750 760 770 780 790 800
pF1KSD EKLTDWQKLACLLCRRQFPSKEALIRHQQLSGLHKQNLEIHRRAHLSENELEALEKNDME
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 EKLTDWQKLACLLCRRQFPSKEALIRHQQLSGLHKQNLEIHRRAHLSENELEALEKNDME
820 830 840 850 860 870
810 820 830 840 850 860
pF1KSD QMKYRDRAAERREKYGIPEPPEPKRRKYGGISTASVDFEQPTRDGLGSDNIGSRMLQAMG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 QMKYRDRAAERREKYGIPEPPEPKRRKYGGISTASVDFEQPTRDGLGSDNIGSRMLQAMG
880 890 900 910 920 930
870 880 890 900 910 920
pF1KSD WKEGSGLGRKKQGIVTPIEAQTRVRGSGLGARGSSYGVTSTESYKETLHKTMVTRFNEAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 WKEGSGLGRKKQGIVTPIEAQTRVRGSGLGARGSSYGVTSTESYKETLHKTMVTRFNEAQ
940 950 960 970 980 990
>>CCDS78478.1 RBM10 gene_id:8241|Hs108|chrX (852 aa)
initn: 5199 init1: 5199 opt: 5211 Z-score: 3514.3 bits: 661.4 E(32554): 2e-189
Smith-Waterman score: 5507; 91.6% identity (91.6% similar) in 929 aa overlap (1-929:1-852)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MEYERRGGRGDRTGRYGATDRSQDDGGENRSRDHDYRDMDYRSYPREYGSQEGKHDYDDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 MEYERRGGRGDRTGRYGATDRSQDDGGENRSRDHDYRDMDYRSYPREYGSQEGKHDYDDS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD SEEQSAEDSYEASPGSETQRRRRRRHRHSPTGPPGFPRDGDYRDQDYRTEQGEEEEEEED
:::::::
CCDS78 SEEQSAE-----------------------------------------------------
130 140 150 160 170 180
pF1KSD EEEEEKASNIVMLRMLPQAATEDDIRGQLQSHGVQAREVRLMRNKSSGQSRGFAFVEFSH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 ------------------------IRGQLQSHGVQAREVRLMRNKSSGQSRGFAFVEFSH
70 80 90 100
190 200 210 220 230 240
pF1KSD LQDATRWMEANQHSLNILGQKVSMHYSDPKPKINEDWLCNKCGVQNFKRREKCFKCGVPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 LQDATRWMEANQHSLNILGQKVSMHYSDPKPKINEDWLCNKCGVQNFKRREKCFKCGVPK
110 120 130 140 150 160
250 260 270 280 290 300
pF1KSD SEAEQKLPLGTRLDQQTLPLGGRELSQGLLPLPQPYQAQGVLASQALSQGSEPSSENAND
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 SEAEQKLPLGTRLDQQTLPLGGRELSQGLLPLPQPYQAQGVLASQALSQGSEPSSENAND
170 180 190 200 210 220
310 320 330 340 350 360
pF1KSD TIILRNLNPHSTMDSILGALAPYAVLSSSNVRVIKDKQTQLNRGFAFIQLSTIEAAQLLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 TIILRNLNPHSTMDSILGALAPYAVLSSSNVRVIKDKQTQLNRGFAFIQLSTIEAAQLLQ
230 240 250 260 270 280
370 380 390 400 410 420
pF1KSD ILQALHPPLTIDGKTINVEFAKGSKRDMASNEGSRISAASVASTAIAAAQWAISQASQGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 ILQALHPPLTIDGKTINVEFAKGSKRDMASNEGSRISAASVASTAIAAAQWAISQASQGG
290 300 310 320 330 340
430 440 450 460 470 480
pF1KSD EGTWATSEEPPVDYSYYQQDEGYGNSQGTESSLYAHGYLKGTKGPGITGTKGDPTGAGPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 EGTWATSEEPPVDYSYYQQDEGYGNSQGTESSLYAHGYLKGTKGPGITGTKGDPTGAGPE
350 360 370 380 390 400
490 500 510 520 530 540
pF1KSD ASLEPGADSVSMQAFSRPQPGAAPGIYQQSAEASSSQGTAANSQSYTIMSPAVLKSELQS
::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 ASLEPGADSVSMQAFSRAQPGAAPGIYQQSAEASSSQGTAANSQSYTIMSPAVLKSELQS
410 420 430 440 450 460
550 560 570 580 590 600
pF1KSD PTHPSSALPPATSPTAQESYSQYPVPDVSTYQYDETSGYYYDPQTGLYYDPNSQYYYNAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 PTHPSSALPPATSPTAQESYSQYPVPDVSTYQYDETSGYYYDPQTGLYYDPNSQYYYNAQ
470 480 490 500 510 520
610 620 630 640 650 660
pF1KSD SQQYLYWDGERRTYVPALEQSADGHKETGAPSKEGKEKKEKHKTKTAQQIAKDMERWARS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 SQQYLYWDGERRTYVPALEQSADGHKETGAPSKEGKEKKEKHKTKTAQQIAKDMERWARS
530 540 550 560 570 580
670 680 690 700 710 720
pF1KSD LNKQKENFKNSFQPISSLRDDERRESATADAGYAILEKKGALAERQHTSMDLPKLASDDR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 LNKQKENFKNSFQPISSLRDDERRESATADAGYAILEKKGALAERQHTSMDLPKLASDDR
590 600 610 620 630 640
730 740 750 760 770 780
pF1KSD PSPPRGLVAAYSGESDSEEEQERGGPEREEKLTDWQKLACLLCRRQFPSKEALIRHQQLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 PSPPRGLVAAYSGESDSEEEQERGGPEREEKLTDWQKLACLLCRRQFPSKEALIRHQQLS
650 660 670 680 690 700
790 800 810 820 830 840
pF1KSD GLHKQNLEIHRRAHLSENELEALEKNDMEQMKYRDRAAERREKYGIPEPPEPKRRKYGGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 GLHKQNLEIHRRAHLSENELEALEKNDMEQMKYRDRAAERREKYGIPEPPEPKRRKYGGI
710 720 730 740 750 760
850 860 870 880 890 900
pF1KSD STASVDFEQPTRDGLGSDNIGSRMLQAMGWKEGSGLGRKKQGIVTPIEAQTRVRGSGLGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 STASVDFEQPTRDGLGSDNIGSRMLQAMGWKEGSGLGRKKQGIVTPIEAQTRVRGSGLGA
770 780 790 800 810 820
910 920
pF1KSD RGSSYGVTSTESYKETLHKTMVTRFNEAQ
:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 RGSSYGVTSTESYKETLHKTMVTRFNEAQ
830 840 850
>>CCDS56600.1 RBM10 gene_id:8241|Hs108|chrX (853 aa)
initn: 4270 init1: 3809 opt: 5199 Z-score: 3506.2 bits: 659.9 E(32554): 5.6e-189
Smith-Waterman score: 5495; 91.5% identity (91.5% similar) in 930 aa overlap (1-929:1-853)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MEYERRGGRGDRTGRYGATDRSQDDGGENRSRDHDYRDMDYRSYPREYGSQEGKHDYDDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 MEYERRGGRGDRTGRYGATDRSQDDGGENRSRDHDYRDMDYRSYPREYGSQEGKHDYDDS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD SEEQSAEDSYEASPGSETQRRRRRRHRHSPTGPPGFPRDGDYRDQDYRTEQGEEEEEEED
:::::::
CCDS56 SEEQSAE-----------------------------------------------------
130 140 150 160 170 180
pF1KSD EEEEEKASNIVMLRMLPQAATEDDIRGQLQSHGVQAREVRLMRNKSSGQSRGFAFVEFSH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 ------------------------IRGQLQSHGVQAREVRLMRNKSSGQSRGFAFVEFSH
70 80 90 100
190 200 210 220 230 240
pF1KSD LQDATRWMEANQHSLNILGQKVSMHYSDPKPKINEDWLCNKCGVQNFKRREKCFKCGVPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 LQDATRWMEANQHSLNILGQKVSMHYSDPKPKINEDWLCNKCGVQNFKRREKCFKCGVPK
110 120 130 140 150 160
250 260 270 280 290 300
pF1KSD SEAEQKLPLGTRLDQQTLPLGGRELSQGLLPLPQPYQAQGVLASQALSQGSEPSSENAND
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 SEAEQKLPLGTRLDQQTLPLGGRELSQGLLPLPQPYQAQGVLASQALSQGSEPSSENAND
170 180 190 200 210 220
310 320 330 340 350
pF1KSD TIILRNLNPHSTMDSILGALAPYAVLSSSNVRVIKDKQTQLNRGFAFIQLSTI-EAAQLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::
CCDS56 TIILRNLNPHSTMDSILGALAPYAVLSSSNVRVIKDKQTQLNRGFAFIQLSTIVEAAQLL
230 240 250 260 270 280
360 370 380 390 400 410
pF1KSD QILQALHPPLTIDGKTINVEFAKGSKRDMASNEGSRISAASVASTAIAAAQWAISQASQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 QILQALHPPLTIDGKTINVEFAKGSKRDMASNEGSRISAASVASTAIAAAQWAISQASQG
290 300 310 320 330 340
420 430 440 450 460 470
pF1KSD GEGTWATSEEPPVDYSYYQQDEGYGNSQGTESSLYAHGYLKGTKGPGITGTKGDPTGAGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 GEGTWATSEEPPVDYSYYQQDEGYGNSQGTESSLYAHGYLKGTKGPGITGTKGDPTGAGP
350 360 370 380 390 400
480 490 500 510 520 530
pF1KSD EASLEPGADSVSMQAFSRPQPGAAPGIYQQSAEASSSQGTAANSQSYTIMSPAVLKSELQ
:::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 EASLEPGADSVSMQAFSRAQPGAAPGIYQQSAEASSSQGTAANSQSYTIMSPAVLKSELQ
410 420 430 440 450 460
540 550 560 570 580 590
pF1KSD SPTHPSSALPPATSPTAQESYSQYPVPDVSTYQYDETSGYYYDPQTGLYYDPNSQYYYNA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 SPTHPSSALPPATSPTAQESYSQYPVPDVSTYQYDETSGYYYDPQTGLYYDPNSQYYYNA
470 480 490 500 510 520
600 610 620 630 640 650
pF1KSD QSQQYLYWDGERRTYVPALEQSADGHKETGAPSKEGKEKKEKHKTKTAQQIAKDMERWAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 QSQQYLYWDGERRTYVPALEQSADGHKETGAPSKEGKEKKEKHKTKTAQQIAKDMERWAR
530 540 550 560 570 580
660 670 680 690 700 710
pF1KSD SLNKQKENFKNSFQPISSLRDDERRESATADAGYAILEKKGALAERQHTSMDLPKLASDD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 SLNKQKENFKNSFQPISSLRDDERRESATADAGYAILEKKGALAERQHTSMDLPKLASDD
590 600 610 620 630 640
720 730 740 750 760 770
pF1KSD RPSPPRGLVAAYSGESDSEEEQERGGPEREEKLTDWQKLACLLCRRQFPSKEALIRHQQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 RPSPPRGLVAAYSGESDSEEEQERGGPEREEKLTDWQKLACLLCRRQFPSKEALIRHQQL
650 660 670 680 690 700
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pF1KSD SGLHKQNLEIHRRAHLSENELEALEKNDMEQMKYRDRAAERREKYGIPEPPEPKRRKYGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 SGLHKQNLEIHRRAHLSENELEALEKNDMEQMKYRDRAAERREKYGIPEPPEPKRRKYGG
710 720 730 740 750 760
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pF1KSD ISTASVDFEQPTRDGLGSDNIGSRMLQAMGWKEGSGLGRKKQGIVTPIEAQTRVRGSGLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 ISTASVDFEQPTRDGLGSDNIGSRMLQAMGWKEGSGLGRKKQGIVTPIEAQTRVRGSGLG
770 780 790 800 810 820
900 910 920
pF1KSD ARGSSYGVTSTESYKETLHKTMVTRFNEAQ
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 ARGSSYGVTSTESYKETLHKTMVTRFNEAQ
830 840 850
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10 20 30 40 50
pF1KSD MEYERRGGRGDRTGRYGAT-DRSQDDGGENRSRDHDYRDMDYRSYPREYGSQEGKHDYDD
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CCDS28 MGSDKRVSRTERSGRYGSIIDRDDRDERESRSR---RRDSDYK---RSSDDRRGDR-YDD
10 20 30 40 50
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pF1KSD SSEEQSAEDSYEASPGSETQRRRRRRHRHSPTGPPGFPRDGDYRDQDYRTEQGEEEEEEE
. .: : :.:..:.: . :. :::: ..::: . ..:.:
CCDS28 YRDYDSPE--------------RERERRNSDRSEDGYHSDGDYGEHDYRHDISDERE---
60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KSD DEEEEEKASNIVMLRMLPQAATEDDIRGQLQS-HGVQAREVRLMRNKSSGQSRGFAFVEF
:. .::: :: . ::.::: ...: .: : .::::. :. : :::::::::
CCDS28 --------SKTIMLRGLPITITESDIREMMESFEGPQPADVRLMKRKT-GVSRGFAFVEF
100 110 120 130 140
180 190 200 210 220 230
pF1KSD SHLQDATRWMEANQHSLNILGQKVSMHYSDPKPKINEDWLCNKCGVQNFKRREKCFKCGV
:::::: ::::::..: : :....::::.:.::. :::::::: ..::..: :::.::.
CCDS28 YHLQDATSWMEANQKKLVIQGKHIAMHYSNPRPKF-EDWLCNKCCLNNFRKRLKCFRCGA
150 160 170 180 190 200
240 250 260 270 280 290
pF1KSD PKSEAEQKLPLGTRLDQQTLPLGGRELSQGLLPLPQPYQAQGVLASQALSQGSEPSSENA
: ..::..: :: . :.. .
CCDS28 DKFDSEQEVPPGTTESVQSV-------------------------------------DYY
210 220
300 310 320 330 340 350
pF1KSD NDTIILRNLNPHSTMDSILGALAPYAVLSSSNVRVIKDKQTQLNRGFAFIQLST-IEAAQ
:::::::. ::...:::. ::.::: :. .:.:.::::::: ::::::.:::. ..:.:
CCDS28 CDTIILRNIAPHTVVDSIMTALSPYASLAVNNIRLIKDKQTQQNRGFAFVQLSSAMDASQ
230 240 250 260 270 280
360 370 380 390 400 410
pF1KSD LLQILQALHPPLTIDGKTINVEFAKGSKRDMASNEGSRISAASVASTAIAAAQWAISQAS
::::::.::::: ::::::.:.:::....:.. ..:.:.:: ::::::::::::. .: :
CCDS28 LLQILQSLHPPLKIDGKTIGVDFAKSARKDLVLSDGNRVSAFSVASTAIAAAQWSSTQ-S
290 300 310 320 330 340
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pF1KSD QGGEGTWATSEEPPVDYSYYQQDEGYGNSQGTESSLYAHGYLKGTKGPGITGTKGDPTGA
:.::: ::::: : . : .: .. : . . . : : ..: ..:
CCDS28 QSGEGG-------SVDYSYLQPGQD-GYAQYAQYSQDYQQFYQQQAG----GLESDASSA
350 360 370 380 390
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pF1KSD GPEASLEPGADSVSMQAFSRPQPGAAPGIYQQSAEASSSQGTAANSQSYTIMSPAVLKSE
. : .: ::. .: .:.:. :. : :: .:
CCDS28 SGTAVTTTSAAVVSQ----------SPQLYNQT---SNPPG-----------SP----TE
400 410 420
540 550 560 570 580 590
pF1KSD LQSPTHPSSALPPATSPTAQESYSQYPVPDVSTYQYDETSGYYYDPQTGLYYDPNSQYYY
.:. .:. ::.:::. ..: :::.:::::::.::::::: :::::::::::::
CCDS28 EAQPSTSTSTQAPAASPTGVVPGTKYAVPDTSTYQYDESSGYYYDPTTGLYYDPNSQYYY
430 440 450 460 470 480
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pF1KSD NAQSQQYLYWDGERRTYVPALEQSADGHKETG-APSKEGKEKKEKHKTKTAQQIAKDMER
:. .:::::::::..::::: :.:. :...: :.::::::::: :.::::::::::::
CCDS28 NSLTQQYLYWDGEKETYVPAAESSS--HQQSGLPPAKEGKEKKEKPKSKTAQQIAKDMER
490 500 510 520 530 540
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pF1KSD WARSLNKQKENFKNSFQPISSLRDDERRESATADAGYAILEKKGALAERQHTSMDLPKLA
::.:::::::::::::::..:::..::::::.::::.:..::::::::::. .:.:.
CCDS28 WAKSLNKQKENFKNSFQPVNSLREEERRESAAADAGFALFEKKGALAERQQL---IPELV
550 560 570 580 590 600
720 730 740 750 760 770
pF1KSD SD-DRPSP-PRGLVAAYSGESDSEEEQERGGPEREEKLTDWQKLACLLCRRQFPSKEALI
. :. .: :::::::::.::.::: . .::::.::.:.::::::::::.:.::.
CCDS28 RNGDEENPLKRGLVAAYSGDSDNEEELVERLESEEEKLADWKKMACLLCRRQFPNKDALV
610 620 630 640 650 660
780 790 800 810 820 830
pF1KSD RHQQLSGLHKQNLEIHRRAHLSENELEALEKNDMEQMKYRDRAAERREKYGIPEPPEPKR
:::::: :::::..:.::..:::.:::::: . : ::::::::::::::::::::::::
CCDS28 RHQQLSDLHKQNMDIYRRSRLSEQELEALELRERE-MKYRDRAAERREKYGIPEPPEPKR
670 680 690 700 710 720
840 850 860 870 880 890
pF1KSD RKYGGISTASVDFEQPTRDGLGSDNIGSRMLQAMGWKEGSGLGRKKQGIVTPIEAQTRVR
.: .....:..::::.::. .:::..:::::::.:::::::: :::..:::::.:..
CCDS28 KKQ--FDAGTVNYEQPTKDGIDHSNIGNKMLQAMGWREGSGLGRKCQGITAPIEAQVRLK
730 740 750 760 770 780
900 910 920
pF1KSD GSGLGARGSSYGVTSTESYKETLHKTMVTRFNEAQ
:.::::.::.::.....:::....:.: .::.: .
CCDS28 GAGLGAKGSAYGLSGADSYKDAVRKAMFARFTEME
790 800 810
>>CCDS54586.1 RBM6 gene_id:10180|Hs108|chr3 (601 aa)
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pF1KSD PTHPSSALPPATSPTAQESYSQYPVPDVSTYQYDETSGYYYDPQTGLYYDPNSQYYYNAQ
: :: ..:::::: .: :::::.: .
CCDS54 KYFRDRRGGGRNSDWSSDTNRQGQQSSSDCYIYDSATGYYYDPLAGTYYDPNTQQEVYVP
240 250 260 270 280 290
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pF1KSD SQQYLYWDGERRTYVPALEQSADGHKETGAPSKEGKEKKEKHKTKTAQQIAKDMERWARS
.. : . : . :. . .....:: . ...:::::.. :. :. :.. . :..
CCDS54 QDPGLPEEEEIKEKKPTSQGKSSSKKEMS--KRDGKEKKDRGVTRF-QENASEGKAPAED
300 310 320 330 340 350
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pF1KSD LNKQKENFKNSFQPISSLRDDERRESATADAGYAILEKKGALAERQHTSMDLPKLASDDR
. ::. . : ... .: . .. : :.: : : . ...
CCDS54 V------FKKPLPP--TVKKEE-----SPPPPKVVNPLIGLLGEYGGDS-DYEEEEEEEQ
360 370 380 390 400
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pF1KSD PSPPRGLVAAYSGESDSEEEQERGGPEREEKLTDWQKLACLLCRRQFPSKEALIRHQQLS
::. ... ...::: . : :.:::::.::::::::::::.::.::.:::::
CCDS54 TPPPQ----PRTAQPQKREEQTKKENE-EDKLTDWNKLACLLCRRQFPNKEVLIKHQQLS
410 420 430 440 450
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pF1KSD GLHKQNLEIHRRAHLSENELEALEKNDMEQMKYRDRAAERREKYGIPEPPEPKRRKYGGI
::::::::::. . ::.:: ::. . : :.. :. .:::: . :: :: ::.
CCDS54 DLHKQNLEIHRKIKQSEQELAYLERREREG-KFKGRGNDRREKLQSFDSPERKRIKYS--
460 470 480 490 500 510
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pF1KSD STASVDFEQPTRDGLGSDNIGSRMLQAMGWKEGSGLGRKKQGIVTPIEAQTRVRGSGLGA
.. : . .. . ... :. . :: ::..:.::: . :... ::. :.:: ..::
CCDS54 RETDSDRKLVDKEDIDTSSKGGCVQQATGWRKGTGLGYGHPGLASSEEAEGRMRGPSVGA
520 530 540 550 560 570
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pF1KSD RGSSYGVTSTESYKETLHKTMVTRFNEAQ
: . :.:.:.......: .:..:
CCDS54 SGRTSKRQSNETYRDAVRRVMFARYKELD
580 590 600
>>CCDS2809.1 RBM6 gene_id:10180|Hs108|chr3 (1123 aa)
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10 20 30 40
pF1KSD MEYERRGGRGDRTGRYGATDRSQDDGGENRSRDHDYRDMDYRSYPREYG
:.:: .: :..: : .: :
CCDS28 ETREGETQGVAFEHESPADFQNSQSPVQDQDKSQLSGREEQSSDAGLF--------KEEG
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pF1KSD SQE--GKHDYDDSSEEQSAEDSYEASPGSETQRRRRRRHRHSPTGPPGFPRDGDYRDQDY
. . :..: : : : .: . ::: : . . : : . . : .::::
CCDS28 GLDFLGRQDTDYRSMEY--RDVDHRLPGS--QMFGYGQSKSFPEGKTARDAQRDLQDQDY
390 400 410 420 430 440
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pF1KSD RTEQGEEEEEEEDEEEEEKASNIVMLRMLPQAATEDDIRGQLQS-HGVQAREVRLMRNKS
:: : :: : : .. : .:. ::...: . ... :. .....: .. .
CCDS28 RT--GPSEE---------KPSRLIRLSGVPEDATKEEILNAFRTPDGMPVKNLQL-KEYN
450 460 470 480 490
170 180 190 200 210 220
pF1KSD SGQSRGFAFVEFSHLQDATRWMEANQHSLNILGQKVSMHYSDPKPKINEDWLCNKCGVQN
.: . :.. :::: :.:: ::::: .: : ..:...: . . : :..: ..
CCDS28 TGYDYGYVCVEFSLLEDAIGCMEANQGTLMIQDKEVTLEYVSSL----DFWYCKRCKANI
500 510 520 530 540
230 240 250 260 270 280
pF1KSD FKRREKCFKCGVPK--SEAEQKLPLGTRLDQQTLPLG-GRELSQGLLPL---PQPYQAQG
.: .: : :. .::.:.: . .. ..: .. .: : : :.: . .
CCDS28 GGHRSSCSFCKNPREVTEAKQELITYPQPQKTSIPAPLEKQPNQPLRPADKEPEPRKREE
550 560 570 580 590 600
290 300 310
pF1KSD VLASQALSQGSE------PS-----------------SENAND----TIILRNLNPHSTM
:. : : :: .:. .: ::.:. . .
CCDS28 GQESRLGHQKREAERYLPPSRREGPTFRRDRERESWSGETRQDGESKTIMLKRIYRSTPP
610 620 630 640 650 660
320 330 340 350 360 370
pF1KSD DSILGALAPYAVLSSSNVRVIKDKQTQLNRGFAFIQL-STIEAAQLLQILQALHPPLTID
. :. .: ::. :...:::.::.. ... ..::.: : :: ....::: : ::..::
CCDS28 EVIVEVLEPYVRLTTANVRIIKNRTGPMGHTYGFIDLDSHAEALRVVKILQNLDPPFSID
670 680 690 700 710 720
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pF1KSD GKTINVEFAKGSKRDMASNEGSRISAASVASTAIAAAQWAISQASQGGEGTWATSEEPPV
:: . :..: :..:. ..:. .
CCDS28 GKMVAVNLATGKRRN------------------------------DSGDHS---------
730 740 750
440 450 460 470 480 490
pF1KSD DYSYYQQDEGYGNSQGTESSLYAHGYLKGTKGPGITGTKGDPTGAGPEASLEPGADSVSM
:. .: : :.. :.. .: :
CCDS28 DHMHYYQ----GKK-----------YFRDRRGGG--------------------------
760
500 510 520 530 540 550
pF1KSD QAFSRPQPGAAPGIYQQSAEASSSQGTAANSQSYTIMSPAVLKSELQSPTHPSSALPPAT
.:. .. .: :.
CCDS28 --------------------RNSDWSSDTNRQG---------------------------
770 780
560 570 580 590 600 610
pF1KSD SPTAQESYSQYPVPDVSTYQYDETSGYYYDPQTGLYYDPNSQYYYNAQSQQYLYWDGERR
:.: :. : :: ..:::::: .: :::::.: . .. : . : .
CCDS28 ----QQSSSD-------CYIYDSATGYYYDPLAGTYYDPNTQQEVYVPQDPGLPEEEEIK
790 800 810 820 830
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pF1KSD TYVPALEQSADGHKETGAPSKEGKEKKEKHKTKTAQQIAKDMERWARSLNKQKENFKNSF
:. . .....:: . ...:::::.. :. :. :.. . :... ::. .
CCDS28 EKKPTSQGKSSSKKEMS--KRDGKEKKDRGVTRF-QENASEGKAPAEDV------FKKPL
840 850 860 870 880
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pF1KSD QPISSLRDDERRESATADAGYAILEKKGALAERQHTSMDLPKLASDDRPSPPRGLVAAYS
: ... .: . .. : :.: : : . ... ::. .:
CCDS28 PP--TVKKEE-----SPPPPKVVNPLIGLLGEYGGDS-DYEEEEEEEQTPPPQPRTA---
890 900 910 920 930
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pF1KSD GESDSEEEQERGGPEREEKLTDWQKLACLLCRRQFPSKEALIRHQQLSGLHKQNLEIHRR
. ...::: . : :.:::::.::::::::::::.::.::.::::: ::::::::::.
CCDS28 -QPQKREEQTKKENE-EDKLTDWNKLACLLCRRQFPNKEVLIKHQQLSDLHKQNLEIHRK
940 950 960 970 980
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pF1KSD AHLSENELEALEKNDMEQMKYRDRAAERREKYGIPEPPEPKRRKYGGISTASVDFEQPTR
. ::.:: ::. . : :.. :. .:::: . :: :: ::. .. : . .
CCDS28 IKQSEQELAYLERREREG-KFKGRGNDRREKLQSFDSPERKRIKYS--RETDSDRKLVDK
990 1000 1010 1020 1030 1040
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pF1KSD DGLGSDNIGSRMLQAMGWKEGSGLGRKKQGIVTPIEAQTRVRGSGLGARGSSYGVTSTES
. . ... :. . :: ::..:.::: . :... ::. :.:: ..:: : . :.:.
CCDS28 EDIDTSSKGGCVQQATGWRKGTGLGYGHPGLASSEEAEGRMRGPSVGASGRTSKRQSNET
1050 1060 1070 1080 1090 1100
920
pF1KSD YKETLHKTMVTRFNEAQ
:.......: .:..:
CCDS28 YRDAVRRVMFARYKELD
1110 1120
929 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 00:06:16 2016 done: Thu Nov 3 00:06:16 2016
Total Scan time: 3.390 Total Display time: 0.120
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]