Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0048
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0048, 606 aa
1>>>pF1KSDA0048 606 - 606 aa - 606 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.1279+/-0.00113; mu= -12.0590+/- 0.067
mean_var=405.9031+/-86.521, 0's: 0 Z-trim(114.4): 709 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.063659
statistics sampled from 14170 (14982) to 14170 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.752), E-opt: 0.2 (0.46), width: 16
Scan time: 3.730
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS11521.2 SP2 gene_id:6668|Hs108|chr17 ( 613) 3975 379.5 7e-105
CCDS44898.1 SP1 gene_id:6667|Hs108|chr12 ( 778) 844 92.0 3.1e-18
CCDS8857.1 SP1 gene_id:6667|Hs108|chr12 ( 785) 844 92.0 3.1e-18
CCDS5373.1 SP4 gene_id:6671|Hs108|chr7 ( 784) 780 86.1 1.8e-16
CCDS46452.1 SP3 gene_id:6670|Hs108|chr2 ( 713) 756 83.9 7.8e-16
CCDS2254.1 SP3 gene_id:6670|Hs108|chr2 ( 781) 756 83.9 8.4e-16
CCDS33322.1 SP5 gene_id:389058|Hs108|chr2 ( 398) 569 66.5 7.4e-11
>>CCDS11521.2 SP2 gene_id:6668|Hs108|chr17 (613 aa)
initn: 3975 init1: 3975 opt: 3975 Z-score: 1996.4 bits: 379.5 E(32554): 7e-105
Smith-Waterman score: 3975; 100.0% identity (100.0% similar) in 606 aa overlap (1-606:8-613)
10 20 30 40 50
pF1KSD MAATAAVSPSDYLQPAASTTQDSQPSPLALLAATCSKIGPPAVEAAVTPPAPP
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CCDS11 MSDPQTSMAATAAVSPSDYLQPAASTTQDSQPSPLALLAATCSKIGPPAVEAAVTPPAPP
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD QPTPRKLVPIKPAPLPLSPGKNSFGILSSKGNILQIQGSQLSASYPGGQLVFAIQNPTMI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 QPTPRKLVPIKPAPLPLSPGKNSFGILSSKGNILQIQGSQLSASYPGGQLVFAIQNPTMI
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KSD NKGTRSNANIQYQAVPQIQASNSQTIQVQPNLTNQIQIIPGTNQAIITPSPSSHKPVPIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 NKGTRSNANIQYQAVPQIQASNSQTIQVQPNLTNQIQIIPGTNQAIITPSPSSHKPVPIK
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KSD PAPIQKSSTTTTPVQSGANVVKLTGGGGNVTLTLPVNNLVNASDTGAPTQLLTESPPTPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 PAPIQKSSTTTTPVQSGANVVKLTGGGGNVTLTLPVNNLVNASDTGAPTQLLTESPPTPL
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KSD SKTNKKARKKSLPASQPPVAVAEQVETVLIETTADNIIQAGNNLLIVQSPGGGQPAVVQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 SKTNKKARKKSLPASQPPVAVAEQVETVLIETTADNIIQAGNNLLIVQSPGGGQPAVVQQ
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KSD VQVVPPKAEQQQVVQIPQQALRVVQAASATLPTVPQKPSQNFQIQAAEPTPTQVYIRTPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 VQVVPPKAEQQQVVQIPQQALRVVQAASATLPTVPQKPSQNFQIQAAEPTPTQVYIRTPS
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KSD GEVQTVLVQDSPPATAAATSNTTCSSPASRAPHLSGTSKKHSAAILRKERPLPKIAPAGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 GEVQTVLVQDSPPATAAATSNTTCSSPASRAPHLSGTSKKHSAAILRKERPLPKIAPAGS
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KSD IISLNAAQLAAAAQAMQTININGVQVQGVPVTITNTGGQQQLTVQNVSGNNLTISGLSPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 IISLNAAQLAAAAQAMQTININGVQVQGVPVTITNTGGQQQLTVQNVSGNNLTISGLSPT
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KSD QIQLQMEQALAGETQPGEKRRRMACTCPNCKDGEKRSGEQGKKKHVCHIPDCGKTFRKTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 QIQLQMEQALAGETQPGEKRRRMACTCPNCKDGEKRSGEQGKKKHVCHIPDCGKTFRKTS
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KSD LLRAHVRLHTGERPFVCNWFFCGKRFTRSDELQRHARTHTGDKRFECAQCQKRFMRSDHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LLRAHVRLHTGERPFVCNWFFCGKRFTRSDELQRHARTHTGDKRFECAQCQKRFMRSDHL
550 560 570 580 590 600
600
pF1KSD TKHYKTHLVTKNL
:::::::::::::
CCDS11 TKHYKTHLVTKNL
610
>>CCDS44898.1 SP1 gene_id:6667|Hs108|chr12 (778 aa)
initn: 758 init1: 493 opt: 844 Z-score: 440.9 bits: 92.0 E(32554): 3.1e-18
Smith-Waterman score: 933; 35.4% identity (58.2% similar) in 632 aa overlap (70-600:93-701)
40 50 60 70 80 90
pF1KSD PPAVEAAVTPPAPPQPTPRKLVPIKPAPLPLSPGKNSFGILSSKGNIL----QIQGSQLS
:: : :.. :.::... . .::. .
CCDS44 RIESPNENSNNSQGPSQSGGTGELDLTATQLSQGANGWQIISSSSGATPTSKEQSGSSTN
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140
pF1KSD AS----------YPGGQLVFA----IQNPTMINKGTRSNANIQYQAVPQIQASNSQTIQ-
.: ::: : : .:: ... :::::..::.:. ..: .:
CCDS44 GSNGSESSKNRTVSGGQYVVAAAPNLQNQQVLTGLPGVMPNIQYQVIPQFQTVDGQQLQF
130 140 150 160 170 180
150 160 170 180 190
pF1KSD ------VQPNLTNQIQIIPGTNQAIITPSPSSHKPVPIKPAPIQKSSTTTTPVQSGANVV
:: . ..:::::::.:: ::: :. . . : .:.. .:.:. :: :
CCDS44 AATGAQVQQDGSGQIQIIPGANQQIITNRGSGGNIIAAMPNLLQQA----VPLQGLANNV
190 200 210 220 230
200 210 220 230
pF1KSD KLTGG-----------GGNVTLTLPVNNLVNASDTGAPTQLLT-------ESPPTPLSKT
:.: .::.:: ::::. :.:. .: .: :: :.. .
CCDS44 -LSGQTQYVTNVPVALNGNITL-LPVNS-VSAATLTPSSQAVTISSSGSQESGSQPVT-S
240 250 260 270 280 290
240 250 260 270
pF1KSD NKKARKKSLPASQPPVA-VAEQVETVLIETTADNI-------------------------
. . :: .:: . .... ::..:.
CCDS44 GTTISSASLVSSQASSSSFFTNANSYSTTTTTSNMGIMNFTTSGSSGTNSQGQTPQRVSG
300 310 320 330 340 350
280 290 300 310 320
pF1KSD IQAGNNLLIVQ--SPGGGQPAVVQQVQVVPPKAEQQQVVQIPQ-----QALRVVQAA---
.:... : : : . ::. : :. ...:::.. :: :::...:::
CCDS44 LQGSDALNIQQNQTSGGSLQAGQQKEGEQNQQTQQQQILIQPQLVQGGQALQALQAAPLS
360 370 380 390 400 410
330 340 350 360 370
pF1KSD --SATLPTVPQKPSQNFQIQAAEPTPTQVYIRTPS----GEV--QTVLVQDSPPATAAAT
. : .. :. ::.:.::. :. . ::::. :.: ::. .:. . :
CCDS44 GQTFTTQAISQETLQNLQLQAV-PNSGPIIIRTPTVGPNGQVSWQTLQLQNLQVQNPQAQ
420 430 440 450 460 470
380 390 400 410 420 430
pF1KSD SNTTCSSPASRAPHLSGTSKKHSAAILRKERPLPKIA--PAGSIISLNAAQLAAAAQAMQ
. : :: ..:.: .... :. . : :::.. ..:::::.. ..:
CCDS44 TITL-------AP-MQGVSLGQTSSSNTTLTPIASAASIPAGTV-TVNAAQLSSMP-GLQ
480 490 500 510 520
440 450 460 470 480
pF1KSD TININ-----GVQV---QGVPVTITNTGGQQ--QLTVQNVSGNNLTISGLSPTQIQLQME
:::.. :.:: ::.:..:.:. :.. :: .....:... . : . :
CCDS44 TINLSALGTSGIQVHPIQGLPLAIANAPGDHGAQLGLHGAGGDGIH----DDTAGGEEGE
530 540 550 560 570
490 500 510 520 530
pF1KSD QALAGETQPGEKRRRMACTCPNCKDGEKR-SGEQGKKK-HVCHIPDCGKTFRKTSLLRAH
.. .. : :.. :: ::::: :::.: : ::. :::: :.::: :::.. ::: ::::
CCDS44 NSPDAQPQAGRRTRREACTCPYCKDSEGRGSGDPGKKKQHICHIQGCGKVYGKTSHLRAH
580 590 600 610 620 630
540 550 560 570 580 590
pF1KSD VRLHTGERPFVCNWFFCGKRFTRSDELQRHARTHTGDKRFECAQCQKRFMRSDHLTKHYK
.: :::::::.:.: .:::::::::::::: :::::.:.: : .: :::::::::.:: :
CCDS44 LRWHTGERPFMCTWSYCGKRFTRSDELQRHKRTHTGEKKFACPECPKRFMRSDHLSKHIK
640 650 660 670 680 690
600
pF1KSD THLVTKNL
::
CCDS44 THQNKKGGPGVALSVGTLPLDSGAGSEGSGTATPSALITTNMVAMEAICPEGIARLANSG
700 710 720 730 740 750
>>CCDS8857.1 SP1 gene_id:6667|Hs108|chr12 (785 aa)
initn: 758 init1: 493 opt: 844 Z-score: 440.8 bits: 92.0 E(32554): 3.1e-18
Smith-Waterman score: 933; 35.4% identity (58.2% similar) in 632 aa overlap (70-600:100-708)
40 50 60 70 80 90
pF1KSD PPAVEAAVTPPAPPQPTPRKLVPIKPAPLPLSPGKNSFGILSSKGNIL----QIQGSQLS
:: : :.. :.::... . .::. .
CCDS88 RIESPNENSNNSQGPSQSGGTGELDLTATQLSQGANGWQIISSSSGATPTSKEQSGSSTN
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140
pF1KSD AS----------YPGGQLVFA----IQNPTMINKGTRSNANIQYQAVPQIQASNSQTIQ-
.: ::: : : .:: ... :::::..::.:. ..: .:
CCDS88 GSNGSESSKNRTVSGGQYVVAAAPNLQNQQVLTGLPGVMPNIQYQVIPQFQTVDGQQLQF
130 140 150 160 170 180
150 160 170 180 190
pF1KSD ------VQPNLTNQIQIIPGTNQAIITPSPSSHKPVPIKPAPIQKSSTTTTPVQSGANVV
:: . ..:::::::.:: ::: :. . . : .:.. .:.:. :: :
CCDS88 AATGAQVQQDGSGQIQIIPGANQQIITNRGSGGNIIAAMPNLLQQA----VPLQGLANNV
190 200 210 220 230 240
200 210 220 230
pF1KSD KLTGG-----------GGNVTLTLPVNNLVNASDTGAPTQLLT-------ESPPTPLSKT
:.: .::.:: ::::. :.:. .: .: :: :.. .
CCDS88 -LSGQTQYVTNVPVALNGNITL-LPVNS-VSAATLTPSSQAVTISSSGSQESGSQPVT-S
250 260 270 280 290 300
240 250 260 270
pF1KSD NKKARKKSLPASQPPVA-VAEQVETVLIETTADNI-------------------------
. . :: .:: . .... ::..:.
CCDS88 GTTISSASLVSSQASSSSFFTNANSYSTTTTTSNMGIMNFTTSGSSGTNSQGQTPQRVSG
310 320 330 340 350 360
280 290 300 310 320
pF1KSD IQAGNNLLIVQ--SPGGGQPAVVQQVQVVPPKAEQQQVVQIPQ-----QALRVVQAA---
.:... : : : . ::. : :. ...:::.. :: :::...:::
CCDS88 LQGSDALNIQQNQTSGGSLQAGQQKEGEQNQQTQQQQILIQPQLVQGGQALQALQAAPLS
370 380 390 400 410 420
330 340 350 360 370
pF1KSD --SATLPTVPQKPSQNFQIQAAEPTPTQVYIRTPS----GEV--QTVLVQDSPPATAAAT
. : .. :. ::.:.::. :. . ::::. :.: ::. .:. . :
CCDS88 GQTFTTQAISQETLQNLQLQAV-PNSGPIIIRTPTVGPNGQVSWQTLQLQNLQVQNPQAQ
430 440 450 460 470 480
380 390 400 410 420 430
pF1KSD SNTTCSSPASRAPHLSGTSKKHSAAILRKERPLPKIA--PAGSIISLNAAQLAAAAQAMQ
. : :: ..:.: .... :. . : :::.. ..:::::.. ..:
CCDS88 TITL-------AP-MQGVSLGQTSSSNTTLTPIASAASIPAGTV-TVNAAQLSSMP-GLQ
490 500 510 520 530
440 450 460 470 480
pF1KSD TININ-----GVQV---QGVPVTITNTGGQQ--QLTVQNVSGNNLTISGLSPTQIQLQME
:::.. :.:: ::.:..:.:. :.. :: .....:... . : . :
CCDS88 TINLSALGTSGIQVHPIQGLPLAIANAPGDHGAQLGLHGAGGDGIH----DDTAGGEEGE
540 550 560 570 580
490 500 510 520 530
pF1KSD QALAGETQPGEKRRRMACTCPNCKDGEKR-SGEQGKKK-HVCHIPDCGKTFRKTSLLRAH
.. .. : :.. :: ::::: :::.: : ::. :::: :.::: :::.. ::: ::::
CCDS88 NSPDAQPQAGRRTRREACTCPYCKDSEGRGSGDPGKKKQHICHIQGCGKVYGKTSHLRAH
590 600 610 620 630 640
540 550 560 570 580 590
pF1KSD VRLHTGERPFVCNWFFCGKRFTRSDELQRHARTHTGDKRFECAQCQKRFMRSDHLTKHYK
.: :::::::.:.: .:::::::::::::: :::::.:.: : .: :::::::::.:: :
CCDS88 LRWHTGERPFMCTWSYCGKRFTRSDELQRHKRTHTGEKKFACPECPKRFMRSDHLSKHIK
650 660 670 680 690 700
600
pF1KSD THLVTKNL
::
CCDS88 THQNKKGGPGVALSVGTLPLDSGAGSEGSGTATPSALITTNMVAMEAICPEGIARLANSG
710 720 730 740 750 760
>>CCDS5373.1 SP4 gene_id:6671|Hs108|chr7 (784 aa)
initn: 922 init1: 521 opt: 780 Z-score: 409.1 bits: 86.1 E(32554): 1.8e-16
Smith-Waterman score: 1102; 37.6% identity (60.3% similar) in 663 aa overlap (46-600:106-729)
20 30 40 50 60 70
pF1KSD AASTTQDSQPSPLALLAATCSKIGPPAVEAAVTPPAPPQPTPRKLVPIKPAPLPLSPGKN
: :::: . . . : : ...
CCDS53 PSQGLVQLQNQPQQLELVTTQLAGNAWQLVASTPPASKENNVSQ---------PASSSSS
80 90 100 110 120
80 90 100 110 120 130
pF1KSD SFGILSSKGNILQIQGSQLSASYPGGQLVFAIQNPTMINKGTRSNANIQYQAVPQIQASN
: . :..:. . .. ..: :: :. .:::. ...:::..::.:. .
CCDS53 SSS--SNNGSASPTKTKSGNSSTPGQFQVIQVQNPS---------GSVQYQVIPQLQTVE
130 140 150 160 170
140 150 160 170
pF1KSD SQTIQVQP-------NLTNQIQIIP-GTNQAIITPSPSSHK-------------PVPIKP
.: ::..: .: .:::.: :.::::.: . . . :: :.:
CCDS53 GQQIQINPTSSSSLQDLQGQIQLISAGNNQAILTAANRTASGNILAQNLANQTVPVQIRP
180 190 200 210 220 230
180 190 200
pF1KSD A---PIQKSS--------TTTTPVQSGANVVKL-------TGGG----------------
. :.: .. .:: :.. :. .. : .:::
CCDS53 GVSIPLQLQTLPGTQAQVVTTLPINIGGVTLALPVINNVAAGGGTGQVGQPAATADSGTS
240 250 260 270 280 290
210 220 230 240
pF1KSD -GNVTLTLPVNNLVNASD------------TGAPTQL-----LTESPPT-PLSKTNKKAR
:: .. :.:. ..:: : : :.: :. : : ..:. ..
CCDS53 NGNQLVSTPTNTTTSASTMPESPSSSTTCTTTASTSLTSSDTLVSSADTGQYASTSASSS
300 310 320 330 340 350
250 260 270 280 290
pF1KSD KKSLPASQPPVAVAEQVETV--LIETTADNIIQAGNNLLIVQSPGGGQPAVVQQVQVVPP
.... :: :.:. .... : . .: . .:.: :: : :: ..::.:. :
CCDS53 ERTIEESQTPAATESEAQSSSQLQPNGMQNAQDQSNSLQQVQIVG--QP-ILQQIQIQQP
360 370 380 390 400 410
300 310 320 330 340 350
pF1KSD KAEQQQVVQ-IPQQALRVVQAASATLPTVPQKPSQNFQIQAAEPTPTQVYIR----TPSG
:::..: :: :.... .. :. :. :.: :: :.::..:: :: :: ::::
CCDS53 ---QQQIIQAIPPQSFQL--QSGQTIQTIQQQPLQNVQLQAVNPT--QVLIRAPTLTPSG
420 430 440 450 460
360 370 380 390 400 410
pF1KSD EV--QTVLVQDSPPATAAATSNTTCSSPASRAPHLSGTSKKHSAAILRKERPLPKIAPAG
.. ::: ::. . ..:. :. . .: .:... : : : .: ::
CCDS53 QISWQTVQVQNIQSLSNLQVQNAGLSQQLTITP-VSSSGGTTLAQIA----P---VAVAG
470 480 490 500 510
420 430 440 450
pF1KSD SIISLNAAQLAAAAQAMQTININ-----GVQVQGVPVTITNTGGQQQ----LTVQN----
. :.::.::::.. . .::... ::::::::::::...:::: . ::.
CCDS53 APITLNTAQLASVPN-LQTVSVANLGAAGVQVQGVPVTITSVAGQQQGQDGVKVQQATIA
520 530 540 550 560 570
460 470 480 490 500
pF1KSD -----VSG-NNLTISGLSP---TQIQLQMEQALAG-ETQPGEKRRRMACTCPNCKDGEKR
:.: : ::...:: ::..::. : . :.:::.. ::.::.::::..:: :
CCDS53 PVTVAVGGIANATIGAVSPDQLTQVHLQQGQQTSDQEVQPGKRLRRVACSCPNCREGEGR
580 590 600 610 620 630
510 520 530 540 550 560
pF1KSD -SGEQGKKK-HVCHIPDCGKTFRKTSLLRAHVRLHTGERPFVCNWFFCGKRFTRSDELQR
:.: :::: :.::: :::.. ::: ::::.: :::::::.:::.::::::::::::::
CCDS53 GSNEPGKKKQHICHIEGCGKVYGKTSHLRAHLRWHTGERPFICNWMFCGKRFTRSDELQR
640 650 660 670 680 690
570 580 590 600
pF1KSD HARTHTGDKRFECAQCQKRFMRSDHLTKHYKTHLVTKNL
: :::::.::::: .:.:::::::::.:: :::
CCDS53 HRRTHTGEKRFECPECSKRFMRSDHLSKHVKTHQNKKGGGTALAIVTSGELDSSVTEVLG
700 710 720 730 740 750
CCDS53 SPRIVTVAAISQDSNPATPNVSTNMEEF
760 770 780
>>CCDS46452.1 SP3 gene_id:6670|Hs108|chr2 (713 aa)
initn: 711 init1: 511 opt: 756 Z-score: 397.7 bits: 83.9 E(32554): 7.8e-16
Smith-Waterman score: 840; 31.3% identity (55.5% similar) in 670 aa overlap (25-606:4-641)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MAATAAVSPSDYLQPAASTTQDSQPSPLALLAATCSKIGPPAVEAAVTPPAPPQPTPRKL
::: . . : ::. .:. : :
CCDS46 MGPPSPGDDEEEAAAAAGAPAAAGATGDLASAQLGG---
10 20 30
70 80 90 100 110
pF1KSD VPIKPAPLPLSPGKNSFGILSSKGNILQIQGSQLSASYPGGQLVFAIQNPTM-----INK
.: . : .: : . ::..:: ::. .:: :. .:: .
CCDS46 APNRWEVLSATPTT----IKDEAGNLVQIP----SAATSSGQYVLPLQNLQNQQIFSVAP
40 50 60 70 80
120 130 140 150 160
pF1KSD GTRSN----ANIQYQAVPQIQASNSQTIQV-----QPN-----LTNQIQIIPGTNQAII-
:. :. ...:::..::::....: .:. . : ..:::::::.::...
CCDS46 GSDSSNGTVSSVQYQVIPQIQSADGQQVQIGFTGSSDNGGINQESSQIQIIPGSNQTLLA
90 100 110 120 130 140
170 180 190
pF1KSD --TPSPSSHKPVP------IKPAPIQKSS------------------TTTTPVQSGANVV
::: . .. .: .. . : :: : .:..: ...
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