Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA0035
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0035, 709 aa
1>>>pF1KSDA0035 709 - 709 aa - 709 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 18.1305+/-0.000469; mu= -42.3946+/- 0.029
mean_var=650.9643+/-135.027, 0's: 0 Z-trim(124.7): 73 B-trim: 0 in 0/57
Lambda= 0.050268
statistics sampled from 46887 (46980) to 46887 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.787), E-opt: 0.2 (0.551), width: 16
Scan time: 12.590
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001271317 (OMIM: 602394) nucleolar and coiled-b ( 709) 4449 337.7 9.3e-92
XP_005270330 (OMIM: 602394) PREDICTED: nucleolar a ( 710) 4434 336.6 2e-91
NP_004732 (OMIM: 602394) nucleolar and coiled-body ( 699) 3034 235.1 7.1e-61
NP_001271318 (OMIM: 602394) nucleolar and coiled-b ( 700) 3034 235.1 7.1e-61
XP_016855522 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 791) 400 44.1 0.0025
XP_016855515 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 821) 400 44.1 0.0026
XP_016855514 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 821) 400 44.1 0.0026
XP_016855502 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 865) 400 44.1 0.0028
NP_005830 (OMIM: 605975) serine/arginine repetitiv ( 904) 400 44.1 0.0029
XP_016855516 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 820) 394 43.7 0.0035
XP_016855503 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 864) 394 43.7 0.0037
XP_016855517 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 819) 393 43.6 0.0037
XP_016855518 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 819) 393 43.6 0.0037
XP_016855507 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 903) 394 43.7 0.0039
XP_016855504 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 863) 393 43.6 0.0039
XP_016855511 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 872) 393 43.6 0.0039
XP_016855513 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 832) 392 43.5 0.004
XP_005245778 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 902) 393 43.6 0.0041
XP_016855501 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 876) 392 43.5 0.0042
XP_005245777 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 915) 392 43.5 0.0043
XP_016855508 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 901) 390 43.4 0.0047
NP_001121182 (OMIM: 208250,604283) proteoglycan 4 (1270) 396 43.9 0.0048
XP_016855492 (OMIM: 208250,604283) PREDICTED: prot (1270) 396 43.9 0.0048
XP_016855491 (OMIM: 208250,604283) PREDICTED: prot (1311) 396 43.9 0.0049
NP_001121181 (OMIM: 208250,604283) proteoglycan 4 (1311) 396 43.9 0.0049
NP_001290161 (OMIM: 208250,604283) proteoglycan 4 (1361) 396 43.9 0.0051
NP_001121180 (OMIM: 208250,604283) proteoglycan 4 (1363) 396 43.9 0.0051
NP_005798 (OMIM: 208250,604283) proteoglycan 4 iso (1404) 396 43.9 0.0052
XP_016855521 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 803) 383 42.9 0.006
XP_011538784 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 833) 383 42.9 0.0063
NP_001290378 (OMIM: 605975) serine/arginine repeti ( 877) 383 42.9 0.0066
XP_016855510 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 886) 383 42.9 0.0066
NP_001290377 (OMIM: 605975) serine/arginine repeti ( 916) 383 42.9 0.0068
>>NP_001271317 (OMIM: 602394) nucleolar and coiled-body (709 aa)
initn: 4449 init1: 4449 opt: 4449 Z-score: 1768.4 bits: 337.7 E(85289): 9.3e-92
Smith-Waterman score: 4449; 99.7% identity (99.7% similar) in 709 aa overlap (1-709:1-709)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MAAAGIRRVVPSDLYPLVLGFLRDNQLSEVANKFAKATGATQQDANASSLLDIYSFWLKS
:: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MADAGIRRVVPSDLYPLVLGFLRDNQLSEVANKFAKATGATQQDANASSLLDIYSFWLKS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD AKVPERKLQANGPVAKKAKKKASSSDSEDSSEEEEEVQGPPAKKAAVPAKRVGLPPGKAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AKVPERKLQANGPVAKKAKKKASSSDSEDSSEEEEEVQGPPAKKAAVPAKRVGLPPGKAA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD AKASESSSSEESSDDDDEEDQKKQPVQKGVKPQAKAAKAPPKKAKSSDSDSDSSSEDEPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AKASESSSSEESSDDDDEEDQKKQPVQKGVKPQAKAAKAPPKKAKSSDSDSDSSSEDEPP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD KNQKPKITPVTVKAQTKAPPKPARAAPKIANGKAASSSSSSSSSSSSDDSEEEKAAATPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KNQKPKITPVTVKAQTKAPPKPARAAPKIANGKAASSSSSSSSSSSSDDSEEEKAAATPK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD KVWTITSVRAETVPKKQVVAKAPVKAATTPTRKSSSSEDSSSDEEEEQKKPMKNKPGPYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KVWTITSVRAETVPKKQVVAKAPVKAATTPTRKSSSSEDSSSDEEEEQKKPMKNKPGPYS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD SVPPPSAPPPKKSLGTQPPKKAVEKQQPVESSEDSSDESDSSSEEEKKPPTKAVVSKATT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SVPPPSAPPPKKSLGTQPPKKAVEKQQPVESSEDSSDESDSSSEEEKKPPTKAVVSKATT
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD KPPPAKKAAESSSDSSDSDSSEDDEAPSKPAGTTKNSSNKPAVTTKSPAVKPAAAPKQPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KPPPAKKAAESSSDSSDSDSSEDDEAPSKPAGTTKNSSNKPAVTTKSPAVKPAAAPKQPV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD GGGQKLLTRKADSSSSEEESSSSEEEKTKKMVATTKPKATAKAALPLPAKQAPQGSRDSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::
NP_001 GGGQKLLTRKADSSSSEEESSSSEEEKTKKMVATTKPKATAKAALSLPAKQAPQGSRDSS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD SDSDSSSSEEEEEKTSKSAVKKKPQKVAGGAAPSKPASAKKGKAESSNSSSSDDSSEEEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SDSDSSSSEEEEEKTSKSAVKKKPQKVAGGAAPSKPASAKKGKAESSNSSSSDDSSEEEE
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD EKLKGKGSPRPQAPKANGTSALTAQNGKAAKNSEEEEEEKKKAAVVVSKSGSLKKRKQNE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EKLKGKGSPRPQAPKANGTSALTAQNGKAAKNSEEEEEEKKKAAVVVSKSGSLKKRKQNE
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD AAKEAETPQAKKIKLQTPNTFPKRKKGEKRASSPFRRVREEEIEVDSRVADNSFDAKRGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AAKEAETPQAKKIKLQTPNTFPKRKKGEKRASSPFRRVREEEIEVDSRVADNSFDAKRGA
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700
pF1KSD AGDWGERANQVLKFTKGKSFRHEKTKKKRGSYRGGSISVQVNSIKFDSE
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AGDWGERANQVLKFTKGKSFRHEKTKKKRGSYRGGSISVQVNSIKFDSE
670 680 690 700
>>XP_005270330 (OMIM: 602394) PREDICTED: nucleolar and c (710 aa)
initn: 4084 init1: 4084 opt: 4434 Z-score: 1762.5 bits: 336.6 E(85289): 2e-91
Smith-Waterman score: 4434; 99.4% identity (99.6% similar) in 710 aa overlap (1-709:1-710)
10 20 30 40 50
pF1KSD MAAAGIRRVVPSDLYPLVLGFLRDNQLSEVANKFAKATGATQQDANASSLLDIYSFWL-K
:: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: .
XP_005 MADAGIRRVVPSDLYPLVLGFLRDNQLSEVANKFAKATGATQQDANASSLLDIYSFWLNR
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD SAKVPERKLQANGPVAKKAKKKASSSDSEDSSEEEEEVQGPPAKKAAVPAKRVGLPPGKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SAKVPERKLQANGPVAKKAKKKASSSDSEDSSEEEEEVQGPPAKKAAVPAKRVGLPPGKA
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KSD AAKASESSSSEESSDDDDEEDQKKQPVQKGVKPQAKAAKAPPKKAKSSDSDSDSSSEDEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 AAKASESSSSEESSDDDDEEDQKKQPVQKGVKPQAKAAKAPPKKAKSSDSDSDSSSEDEP
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KSD PKNQKPKITPVTVKAQTKAPPKPARAAPKIANGKAASSSSSSSSSSSSDDSEEEKAAATP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 PKNQKPKITPVTVKAQTKAPPKPARAAPKIANGKAASSSSSSSSSSSSDDSEEEKAAATP
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KSD KKVWTITSVRAETVPKKQVVAKAPVKAATTPTRKSSSSEDSSSDEEEEQKKPMKNKPGPY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 KKVWTITSVRAETVPKKQVVAKAPVKAATTPTRKSSSSEDSSSDEEEEQKKPMKNKPGPY
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KSD SSVPPPSAPPPKKSLGTQPPKKAVEKQQPVESSEDSSDESDSSSEEEKKPPTKAVVSKAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SSVPPPSAPPPKKSLGTQPPKKAVEKQQPVESSEDSSDESDSSSEEEKKPPTKAVVSKAT
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KSD TKPPPAKKAAESSSDSSDSDSSEDDEAPSKPAGTTKNSSNKPAVTTKSPAVKPAAAPKQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 TKPPPAKKAAESSSDSSDSDSSEDDEAPSKPAGTTKNSSNKPAVTTKSPAVKPAAAPKQP
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KSD VGGGQKLLTRKADSSSSEEESSSSEEEKTKKMVATTKPKATAKAALPLPAKQAPQGSRDS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::
XP_005 VGGGQKLLTRKADSSSSEEESSSSEEEKTKKMVATTKPKATAKAALSLPAKQAPQGSRDS
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KSD SSDSDSSSSEEEEEKTSKSAVKKKPQKVAGGAAPSKPASAKKGKAESSNSSSSDDSSEEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SSDSDSSSSEEEEEKTSKSAVKKKPQKVAGGAAPSKPASAKKGKAESSNSSSSDDSSEEE
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KSD EEKLKGKGSPRPQAPKANGTSALTAQNGKAAKNSEEEEEEKKKAAVVVSKSGSLKKRKQN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 EEKLKGKGSPRPQAPKANGTSALTAQNGKAAKNSEEEEEEKKKAAVVVSKSGSLKKRKQN
550 560 570 580 590 600
600 610 620 630 640 650
pF1KSD EAAKEAETPQAKKIKLQTPNTFPKRKKGEKRASSPFRRVREEEIEVDSRVADNSFDAKRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 EAAKEAETPQAKKIKLQTPNTFPKRKKGEKRASSPFRRVREEEIEVDSRVADNSFDAKRG
610 620 630 640 650 660
660 670 680 690 700
pF1KSD AAGDWGERANQVLKFTKGKSFRHEKTKKKRGSYRGGSISVQVNSIKFDSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 AAGDWGERANQVLKFTKGKSFRHEKTKKKRGSYRGGSISVQVNSIKFDSE
670 680 690 700 710
>>NP_004732 (OMIM: 602394) nucleolar and coiled-body pho (699 aa)
initn: 2875 init1: 2875 opt: 3034 Z-score: 1213.9 bits: 235.1 E(85289): 7.1e-61
Smith-Waterman score: 4356; 98.3% identity (98.3% similar) in 709 aa overlap (1-709:1-699)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MAAAGIRRVVPSDLYPLVLGFLRDNQLSEVANKFAKATGATQQDANASSLLDIYSFWLKS
:: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 MADAGIRRVVPSDLYPLVLGFLRDNQLSEVANKFAKATGATQQDANASSLLDIYSFWLKS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD AKVPERKLQANGPVAKKAKKKASSSDSEDSSEEEEEVQGPPAKKAAVPAKRVGLPPGKAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 AKVPERKLQANGPVAKKAKKKASSSDSEDSSEEEEEVQGPPAKKAAVPAKRVGLPPGKAA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD AKASESSSSEESSDDDDEEDQKKQPVQKGVKPQAKAAKAPPKKAKSSDSDSDSSSEDEPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 AKASESSSSEESSDDDDEEDQKKQPVQKGVKPQAKAAKAPPKKAKSSDSDSDSSSEDEPP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD KNQKPKITPVTVKAQTKAPPKPARAAPKIANGKAASSSSSSSSSSSSDDSEEEKAAATPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 KNQKPKITPVTVKAQTKAPPKPARAAPKIANGKAASSSSSSSSSSSSDDSEEEKAAATPK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD KVWTITSVRAETVPKKQVVAKAPVKAATTPTRKSSSSEDSSSDEEEEQKKPMKNKPGPYS
: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 K----------TVPKKQVVAKAPVKAATTPTRKSSSSEDSSSDEEEEQKKPMKNKPGPYS
250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KSD SVPPPSAPPPKKSLGTQPPKKAVEKQQPVESSEDSSDESDSSSEEEKKPPTKAVVSKATT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 SVPPPSAPPPKKSLGTQPPKKAVEKQQPVESSEDSSDESDSSSEEEKKPPTKAVVSKATT
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KSD KPPPAKKAAESSSDSSDSDSSEDDEAPSKPAGTTKNSSNKPAVTTKSPAVKPAAAPKQPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 KPPPAKKAAESSSDSSDSDSSEDDEAPSKPAGTTKNSSNKPAVTTKSPAVKPAAAPKQPV
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KSD GGGQKLLTRKADSSSSEEESSSSEEEKTKKMVATTKPKATAKAALPLPAKQAPQGSRDSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::
NP_004 GGGQKLLTRKADSSSSEEESSSSEEEKTKKMVATTKPKATAKAALSLPAKQAPQGSRDSS
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520 530 540
pF1KSD SDSDSSSSEEEEEKTSKSAVKKKPQKVAGGAAPSKPASAKKGKAESSNSSSSDDSSEEEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 SDSDSSSSEEEEEKTSKSAVKKKPQKVAGGAAPSKPASAKKGKAESSNSSSSDDSSEEEE
480 490 500 510 520 530
550 560 570 580 590 600
pF1KSD EKLKGKGSPRPQAPKANGTSALTAQNGKAAKNSEEEEEEKKKAAVVVSKSGSLKKRKQNE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 EKLKGKGSPRPQAPKANGTSALTAQNGKAAKNSEEEEEEKKKAAVVVSKSGSLKKRKQNE
540 550 560 570 580 590
610 620 630 640 650 660
pF1KSD AAKEAETPQAKKIKLQTPNTFPKRKKGEKRASSPFRRVREEEIEVDSRVADNSFDAKRGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 AAKEAETPQAKKIKLQTPNTFPKRKKGEKRASSPFRRVREEEIEVDSRVADNSFDAKRGA
600 610 620 630 640 650
670 680 690 700
pF1KSD AGDWGERANQVLKFTKGKSFRHEKTKKKRGSYRGGSISVQVNSIKFDSE
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 AGDWGERANQVLKFTKGKSFRHEKTKKKRGSYRGGSISVQVNSIKFDSE
660 670 680 690
>>NP_001271318 (OMIM: 602394) nucleolar and coiled-body (700 aa)
initn: 2875 init1: 2875 opt: 3034 Z-score: 1213.9 bits: 235.1 E(85289): 7.1e-61
Smith-Waterman score: 4341; 98.0% identity (98.2% similar) in 710 aa overlap (1-709:1-700)
10 20 30 40 50
pF1KSD MAAAGIRRVVPSDLYPLVLGFLRDNQLSEVANKFAKATGATQQDANASSLLDIYSFWL-K
:: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: .
NP_001 MADAGIRRVVPSDLYPLVLGFLRDNQLSEVANKFAKATGATQQDANASSLLDIYSFWLNR
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD SAKVPERKLQANGPVAKKAKKKASSSDSEDSSEEEEEVQGPPAKKAAVPAKRVGLPPGKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SAKVPERKLQANGPVAKKAKKKASSSDSEDSSEEEEEVQGPPAKKAAVPAKRVGLPPGKA
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KSD AAKASESSSSEESSDDDDEEDQKKQPVQKGVKPQAKAAKAPPKKAKSSDSDSDSSSEDEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AAKASESSSSEESSDDDDEEDQKKQPVQKGVKPQAKAAKAPPKKAKSSDSDSDSSSEDEP
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KSD PKNQKPKITPVTVKAQTKAPPKPARAAPKIANGKAASSSSSSSSSSSSDDSEEEKAAATP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PKNQKPKITPVTVKAQTKAPPKPARAAPKIANGKAASSSSSSSSSSSSDDSEEEKAAATP
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KSD KKVWTITSVRAETVPKKQVVAKAPVKAATTPTRKSSSSEDSSSDEEEEQKKPMKNKPGPY
:: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KK----------TVPKKQVVAKAPVKAATTPTRKSSSSEDSSSDEEEEQKKPMKNKPGPY
250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD SSVPPPSAPPPKKSLGTQPPKKAVEKQQPVESSEDSSDESDSSSEEEKKPPTKAVVSKAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SSVPPPSAPPPKKSLGTQPPKKAVEKQQPVESSEDSSDESDSSSEEEKKPPTKAVVSKAT
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TKPPPAKKAAESSSDSSDSDSSEDDEAPSKPAGTTKNSSNKPAVTTKSPAVKPAAAPKQP
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
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NP_001 VGGGQKLLTRKADSSSSEEESSSSEEEKTKKMVATTKPKATAKAALSLPAKQAPQGSRDS
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NP_001 SSDSDSSSSEEEEEKTSKSAVKKKPQKVAGGAAPSKPASAKKGKAESSNSSSSDDSSEEE
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NP_001 EEKLKGKGSPRPQAPKANGTSALTAQNGKAAKNSEEEEEEKKKAAVVVSKSGSLKKRKQN
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NP_001 EAAKEAETPQAKKIKLQTPNTFPKRKKGEKRASSPFRRVREEEIEVDSRVADNSFDAKRG
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NP_001 AAGDWGERANQVLKFTKGKSFRHEKTKKKRGSYRGGSISVQVNSIKFDSE
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pF1KSD FAKATGATQQDANASSLLDIYSFWLKSAKVPERKLQANGPVAKKAKKKAS---SSDSEDS
: :. .. .:: .. ...:: ::.: .:
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pF1KSD SEEEEEVQGPPAKKAAVPAKRVGLPPGKAAAKASESSSSEESSDDDDEEDQKKQPVQKGV
:. . . :: . .. : : : :. . . . : . . .. : :..
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..... .: . . . . . . ... : ::. . .. . . :. : . .
XP_016 TRKSRVSVSPGRTSGKVTKHKGTEKRESPSPAPKPRKVELSESEEDKGGKMAAADSVQQR
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pF1KSD NGKAASSSSSSSSSSSSDDSEEEKAAATPKKVWTITSVRAETVPKKQVVAKAPVKAAT-T
....:::.:.::..::.:. ::. . :. : ... ..: ..:. .
XP_016 RQYRRQNQQSSSDSGSSSSSEDER----PKR----SHVKNGEVGRRR--RHSPSRSASPS
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: .... . . .. . : . . .: : .::: .:::.. . ::..
XP_016 PRKRQKETSPRGRRRRSPSPPPTRRRRSP-SPAPPPRRRRTPTPPPRRRTPSPPPRRRSP
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330 340 350 360 370 380
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. . :.. . : . :: . .:. .::: .....: .. :.
XP_016 SPRRYSPPIQRRYSPSPPPKRRTASPPPPPKR----RASPSPPPKRRVSHSPPPKQRSSP
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..:: . :.:: .. . ..:: . :. :. : ... .:.. :::
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pF1KSD SEEESSSSEEEKTKKMVATT-KPKATAKAALPLPAKQAPQGSRDSSSDSDSSSSEEEEEK
....: : . . :. : .:: ::: : .::. : ::. . :.: :
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:.:: : :: .:.. :.: :.. : .: :. .: :. :
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. . :.: . :.........:: ... :.. :: : :: :
XP_016 RN------SDQEGGGKKKKKKKDKKHKKDKKHKKHKKHKKEKAVAAAAAAAVTPAAIAAA
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pF1KSD -KKIKLQTPNTFPKRKKGEKRASSPFRRVREEEIEVDSRVADNSFDAKRGAAGDWGERAN
. . : . :. ::
XP_016 TTTLAQEEPVAAPEPKKETESEAEDNLDDLEKHLREKALRSMRKAQVSPQS
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: :. .. .:: .. ...:: ::.: .:
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:. . . :: . .. : : : :. . . . : . . .. : :..
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..... .: . . . . . . ... : ::. . .. . . :. : . .
XP_016 TRKSRVSVSPGRTSGKVTKHKGTEKRESPSPAPKPRKVELSESEEDKGGKMAAADSVQQR
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....:::.:.::..::.:. ::. . :. : ... ..: ..:. .
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: .... . . .. . : . . .: : .::: .:::.. . ::..
XP_016 PRKRQKETSPRGRRRRSPSPPPTRRRRSP-SPAPPPRRRRTPTPPPRRRTPSPPPRRRSP
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. . :.. . : . :: . .:. .::: .....: .. :.
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..:: . :.:: .. . ..:: . :. :. : ... .:.. :::
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pF1KSD SEEESSSSEEEKTKKMVATT-KPKATAKAALPLPAKQAPQGSRDSSSDSDSSSSEEEEEK
....: : . . :. : .:: ::: : .::. : ::. . :.: :
XP_016 PQRRQSPSPSTRPIRRVSRTPEPKKIKKAASP-----SPQSVRRVSSSRSVSGSPEP---
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:.:: : :: .:.. :.: :.. : .: :. .: :. :
XP_016 ----AAKKPP-------APPSPVQ--------SQSPSTNWSPAVPVKKAKSP-TPSPSPP
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pF1KSD KANGTSALTAQNGKAAKNSEEEEEEKKKAAVVVSKSGSLKKRKQNEAAKEAETPQA----
. . :.: . :.........:: ... :.. :: : :: :
XP_016 RN------SDQEGGGKKKKKKKDKKHKKDKKHKKHKKHKKEKAVAAAAAAAVTPAAIAAA
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pF1KSD -KKIKLQTPNTFPKRKKGEKRASSPFRRVREEEIEVDSRVADNSFDAKRGAAGDWGERAN
. . : . :. ::
XP_016 TTTLAQEEPVAAPEPKKETESEAEDNLDDLEKHLREKALRSMRKAQVSPQS
780 790 800 810 820
>>XP_016855514 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/arginine (821 aa)
initn: 204 init1: 98 opt: 400 Z-score: 180.4 bits: 44.1 E(85289): 0.0026
Smith-Waterman score: 409; 21.6% identity (51.3% similar) in 587 aa overlap (64-626:252-787)
40 50 60 70 80 90
pF1KSD FAKATGATQQDANASSLLDIYSFWLKSAKVPERKLQANGPVAKKAKKKAS---SSDSEDS
: :. .. .:: .. ...:: ::.: .:
XP_016 RSRSYSPRRRPSPRRRPSPRRRTPPRRMPPPPRHRRSRSPVRRRRRSSASLSGSSSSSSS
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pF1KSD SEEEEEVQGPPAKKAAVPAKRVGLPPGKAAAKASESSSSEESSDDDDEEDQKKQPVQKGV
:. . . :: . .. : : : :. . . . : . . .. : :..
XP_016 SRSRSPPKKPPKRTSSPPRKTRRLSPSASPPRRRHRPSPPATPPP--KTRHSPTPQQSNR
290 300 310 320 330
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pF1KSD KPQAKAAKAPPKKAKSSDSDSDSSSEDEPPKNQKPKITPVTVKAQTKAPPKPARAAPKIA
..... .: . . . . . . ... : ::. . .. . . :. : . .
XP_016 TRKSRVSVSPGRTSGKVTKHKGTEKRESPSPAPKPRKVELSESEEDKGGKMAAADSVQQR
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pF1KSD NGKAASSSSSSSSSSSSDDSEEEKAAATPKKVWTITSVRAETVPKKQVVAKAPVKAAT-T
....:::.:.::..::.:. ::. . :. : ... ..: ..:. .
XP_016 RQYRRQNQQSSSDSGSSSSSEDER----PKR----SHVKNGEVGRRR--RHSPSRSASPS
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: .... . . .. . : . . .: : .::: .:::.. . ::..
XP_016 PRKRQKETSPRGRRRRSPSPPPTRRRRSP-SPAPPPRRRRTPTPPPRRRTPSPPPRRRSP
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pF1KSD KQQ----PVESSEDSSDESDSSSEEEKKPPTKAVVSKATTKPPPAKKAAESSSDSSDSDS
. . :.. . : . :: . .:. .::: .....: .. :.
XP_016 SPRRYSPPIQRRYSPSPPPKRRTASPPPPPKR----RASPSPPPKRRVSHSPPPKQRSSP
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pF1KSD SEDDEAPSKPAGTTKNSS-NKPAVTTKSPAVK----PAAAPKQPVGGGQKLLTRKADSSS
..:: . :.:: .. . ..:: . :. :. : ... .:.. :::
XP_016 VTKRRSPSLSSKHRKGSSPSRSTREARSPQPNKRHSPSPRPRAPQTSSSPPPVRRGASSS
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pF1KSD SEEESSSSEEEKTKKMVATT-KPKATAKAALPLPAKQAPQGSRDSSSDSDSSSSEEEEEK
....: : . . :. : .:: ::: : .::. : ::. . :.: :
XP_016 PQRRQSPSPSTRPIRRVSRTPEPKKIKKAASP-----SPQSVRRVSSSRSVSGSPEP---
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pF1KSD TSKSAVKKKPQKVAGGAAPSKPASAKKGKAESSNSSSSDDSSEEEEEKLKGKGSPRPQAP
:.:: : :: .:.. :.: :.. : .: :. .: :. :
XP_016 ----AAKKPP-------APPSPVQ--------SQSPSTNWSPAVPVKKAKSP-TPSPSPP
680 690 700 710
560 570 580 590 600 610
pF1KSD KANGTSALTAQNGKAAKNSEEEEEEKKKAAVVVSKSGSLKKRKQNEAAKEAETPQA----
. . :.: . :.........:: ... :.. :: : :: :
XP_016 RN------SDQEGGGKKKKKKKDKKHKKDKKHKKHKKHKKEKAVAAAAAAAVTPAAIAAA
720 730 740 750 760 770
620 630 640 650 660
pF1KSD -KKIKLQTPNTFPKRKKGEKRASSPFRRVREEEIEVDSRVADNSFDAKRGAAGDWGERAN
. . : . :. ::
XP_016 TTTLAQEEPVAAPEPKKETESEAEDNLDDLEKHLREKALRSMRKAQVSPQS
780 790 800 810 820
>>XP_016855502 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/arginine (865 aa)
initn: 204 init1: 98 opt: 400 Z-score: 180.0 bits: 44.1 E(85289): 0.0028
Smith-Waterman score: 409; 21.6% identity (51.3% similar) in 587 aa overlap (64-626:296-831)
40 50 60 70 80 90
pF1KSD FAKATGATQQDANASSLLDIYSFWLKSAKVPERKLQANGPVAKKAKKKAS---SSDSEDS
: :. .. .:: .. ...:: ::.: .:
XP_016 RSRSYSPRRRPSPRRRPSPRRRTPPRRMPPPPRHRRSRSPVRRRRRSSASLSGSSSSSSS
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pF1KSD SEEEEEVQGPPAKKAAVPAKRVGLPPGKAAAKASESSSSEESSDDDDEEDQKKQPVQKGV
:. . . :: . .. : : : :. . . . : . . .. : :..
XP_016 SRSRSPPKKPPKRTSSPPRKTRRLSPSASPPRRRHRPSPPATPPP--KTRHSPTPQQSNR
330 340 350 360 370 380
160 170 180 190 200 210
pF1KSD KPQAKAAKAPPKKAKSSDSDSDSSSEDEPPKNQKPKITPVTVKAQTKAPPKPARAAPKIA
..... .: . . . . . . ... : ::. . .. . . :. : . .
XP_016 TRKSRVSVSPGRTSGKVTKHKGTEKRESPSPAPKPRKVELSESEEDKGGKMAAADSVQQR
390 400 410 420 430 440
220 230 240 250 260
pF1KSD NGKAASSSSSSSSSSSSDDSEEEKAAATPKKVWTITSVRAETVPKKQVVAKAPVKAAT-T
....:::.:.::..::.:. ::. . :. : ... ..: ..:. .
XP_016 RQYRRQNQQSSSDSGSSSSSEDER----PKR----SHVKNGEVGRRR--RHSPSRSASPS
450 460 470 480 490
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pF1KSD PTRKSSSSEDSSSDEEEEQKKPMKNKPGPYSSVPPPS-----APPPKKSLGTQPPKKAVE
: .... . . .. . : . . .: : .::: .:::.. . ::..
XP_016 PRKRQKETSPRGRRRRSPSPPPTRRRRSP-SPAPPPRRRRTPTPPPRRRTPSPPPRRRSP
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pF1KSD KQQ----PVESSEDSSDESDSSSEEEKKPPTKAVVSKATTKPPPAKKAAESSSDSSDSDS
. . :.. . : . :: . .:. .::: .....: .. :.
XP_016 SPRRYSPPIQRRYSPSPPPKRRTASPPPPPKR----RASPSPPPKRRVSHSPPPKQRSSP
560 570 580 590 600
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pF1KSD SEDDEAPSKPAGTTKNSS-NKPAVTTKSPAVK----PAAAPKQPVGGGQKLLTRKADSSS
..:: . :.:: .. . ..:: . :. :. : ... .:.. :::
XP_016 VTKRRSPSLSSKHRKGSSPSRSTREARSPQPNKRHSPSPRPRAPQTSSSPPPVRRGASSS
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pF1KSD SEEESSSSEEEKTKKMVATT-KPKATAKAALPLPAKQAPQGSRDSSSDSDSSSSEEEEEK
....: : . . :. : .:: ::: : .::. : ::. . :.: :
XP_016 PQRRQSPSPSTRPIRRVSRTPEPKKIKKAASP-----SPQSVRRVSSSRSVSGSPEP---
670 680 690 700 710 720
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pF1KSD TSKSAVKKKPQKVAGGAAPSKPASAKKGKAESSNSSSSDDSSEEEEEKLKGKGSPRPQAP
:.:: : :: .:.. :.: :.. : .: :. .: :. :
XP_016 ----AAKKPP-------APPSPVQ--------SQSPSTNWSPAVPVKKAKSP-TPSPSPP
730 740 750 760
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pF1KSD KANGTSALTAQNGKAAKNSEEEEEEKKKAAVVVSKSGSLKKRKQNEAAKEAETPQA----
. . :.: . :.........:: ... :.. :: : :: :
XP_016 RN------SDQEGGGKKKKKKKDKKHKKDKKHKKHKKHKKEKAVAAAAAAAVTPAAIAAA
770 780 790 800 810
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pF1KSD -KKIKLQTPNTFPKRKKGEKRASSPFRRVREEEIEVDSRVADNSFDAKRGAAGDWGERAN
. . : . :. ::
XP_016 TTTLAQEEPVAAPEPKKETESEAEDNLDDLEKHLREKALRSMRKAQVSPQS
820 830 840 850 860
>>NP_005830 (OMIM: 605975) serine/arginine repetitive ma (904 aa)
initn: 204 init1: 98 opt: 400 Z-score: 179.7 bits: 44.1 E(85289): 0.0029
Smith-Waterman score: 409; 21.6% identity (51.3% similar) in 587 aa overlap (64-626:335-870)
40 50 60 70 80 90
pF1KSD FAKATGATQQDANASSLLDIYSFWLKSAKVPERKLQANGPVAKKAKKKAS---SSDSEDS
: :. .. .:: .. ...:: ::.: .:
NP_005 RSRSYSPRRRPSPRRRPSPRRRTPPRRMPPPPRHRRSRSPVRRRRRSSASLSGSSSSSSS
310 320 330 340 350 360
100 110 120 130 140 150
pF1KSD SEEEEEVQGPPAKKAAVPAKRVGLPPGKAAAKASESSSSEESSDDDDEEDQKKQPVQKGV
:. . . :: . .. : : : :. . . . : . . .. : :..
NP_005 SRSRSPPKKPPKRTSSPPRKTRRLSPSASPPRRRHRPSPPATPPP--KTRHSPTPQQSNR
370 380 390 400 410 420
160 170 180 190 200 210
pF1KSD KPQAKAAKAPPKKAKSSDSDSDSSSEDEPPKNQKPKITPVTVKAQTKAPPKPARAAPKIA
..... .: . . . . . . ... : ::. . .. . . :. : . .
NP_005 TRKSRVSVSPGRTSGKVTKHKGTEKRESPSPAPKPRKVELSESEEDKGGKMAAADSVQQR
430 440 450 460 470 480
220 230 240 250 260
pF1KSD NGKAASSSSSSSSSSSSDDSEEEKAAATPKKVWTITSVRAETVPKKQVVAKAPVKAAT-T
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NP_005 RQYRRQNQQSSSDSGSSSSSEDER----PKR----SHVKNGEVGRRR--RHSPSRSASPS
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]