Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0032
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0032, 1050 aa
1>>>pF1KSDA0032 1050 - 1050 aa - 1050 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6032+/-0.00113; mu= 19.6512+/- 0.067
mean_var=67.0216+/-13.806, 0's: 0 Z-trim(101.5): 76 B-trim: 0 in 0/47
Lambda= 0.156663
statistics sampled from 6483 (6559) to 6483 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.544), E-opt: 0.2 (0.201), width: 16
Scan time: 3.320
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS34028.1 HERC3 gene_id:8916|Hs108|chr4 (1050) 7061 1605.9 0
CCDS41533.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10 (1057) 3972 907.7 0
CCDS7274.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10 (1049) 3969 907.0 0
CCDS60541.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10 ( 979) 2729 626.8 7.1e-179
CCDS82939.1 HERC3 gene_id:8916|Hs108|chr4 ( 368) 2466 567.1 2.4e-161
CCDS54777.1 HERC6 gene_id:55008|Hs108|chr4 ( 986) 1024 241.4 7.3e-63
CCDS47098.1 HERC6 gene_id:55008|Hs108|chr4 (1022) 1024 241.4 7.5e-63
CCDS32177.1 UBE3A gene_id:7337|Hs108|chr15 ( 852) 960 226.9 1.4e-58
CCDS45191.1 UBE3A gene_id:7337|Hs108|chr15 ( 872) 960 226.9 1.5e-58
CCDS45192.1 UBE3A gene_id:7337|Hs108|chr15 ( 875) 960 226.9 1.5e-58
CCDS3630.1 HERC5 gene_id:51191|Hs108|chr4 (1024) 808 192.6 3.7e-48
CCDS58769.1 ITCH gene_id:83737|Hs108|chr20 ( 752) 641 154.8 6.5e-37
CCDS13234.1 ITCH gene_id:83737|Hs108|chr20 ( 862) 641 154.8 7.4e-37
CCDS58768.1 ITCH gene_id:83737|Hs108|chr20 ( 903) 641 154.8 7.7e-37
CCDS45876.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 834) 640 154.6 8.4e-37
CCDS77499.1 HECW2 gene_id:57520|Hs108|chr2 (1216) 642 155.1 8.5e-37
CCDS45875.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 854) 640 154.6 8.6e-37
CCDS58632.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 911) 640 154.6 9.1e-37
CCDS59323.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 947) 640 154.6 9.4e-37
CCDS45873.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 955) 640 154.6 9.4e-37
CCDS45874.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 967) 640 154.6 9.5e-37
CCDS45872.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 975) 640 154.6 9.6e-37
CCDS33354.1 HECW2 gene_id:57520|Hs108|chr2 (1572) 642 155.1 1.1e-36
CCDS45265.1 NEDD4 gene_id:4734|Hs108|chr15 ( 900) 620 150.1 2.1e-35
CCDS10156.1 NEDD4 gene_id:4734|Hs108|chr15 (1247) 620 150.1 2.7e-35
CCDS61643.1 NEDD4 gene_id:4734|Hs108|chr15 (1303) 620 150.1 2.8e-35
CCDS61644.1 NEDD4 gene_id:4734|Hs108|chr15 (1319) 620 150.1 2.9e-35
CCDS58477.1 WWP2 gene_id:11060|Hs108|chr16 ( 431) 607 147.0 8.3e-35
CCDS58476.1 WWP2 gene_id:11060|Hs108|chr16 ( 754) 607 147.1 1.3e-34
CCDS10885.1 WWP2 gene_id:11060|Hs108|chr16 ( 870) 607 147.1 1.5e-34
CCDS32707.1 SMURF2 gene_id:64750|Hs108|chr17 ( 748) 599 145.3 4.7e-34
CCDS69286.1 HECW1 gene_id:23072|Hs108|chr7 (1572) 596 144.7 1.4e-33
CCDS5469.2 HECW1 gene_id:23072|Hs108|chr7 (1606) 596 144.7 1.5e-33
CCDS10021.1 HERC2 gene_id:8924|Hs108|chr15 (4834) 593 144.3 6.2e-33
CCDS6242.1 WWP1 gene_id:11059|Hs108|chr8 ( 922) 574 139.7 2.8e-32
CCDS5050.1 HACE1 gene_id:57531|Hs108|chr6 ( 909) 546 133.3 2.2e-30
CCDS14246.1 RPGR gene_id:6103|Hs108|chrX ( 815) 544 132.9 2.8e-30
CCDS35229.1 RPGR gene_id:6103|Hs108|chrX (1152) 544 132.9 3.8e-30
CCDS35301.1 HUWE1 gene_id:10075|Hs108|chrX (4374) 551 134.8 4.1e-30
CCDS73571.1 RCBTB2 gene_id:1102|Hs108|chr13 ( 527) 535 130.8 7.8e-30
CCDS9411.1 RCBTB2 gene_id:1102|Hs108|chr13 ( 551) 535 130.8 8.1e-30
CCDS73572.1 RCBTB2 gene_id:1102|Hs108|chr13 ( 556) 535 130.8 8.2e-30
CCDS9418.1 RCBTB1 gene_id:55213|Hs108|chr13 ( 531) 526 128.7 3.2e-29
CCDS34689.1 SMURF1 gene_id:57154|Hs108|chr7 ( 731) 526 128.8 4.3e-29
CCDS34690.1 SMURF1 gene_id:57154|Hs108|chr7 ( 757) 526 128.8 4.4e-29
CCDS34789.1 UBE3C gene_id:9690|Hs108|chr7 (1083) 495 121.8 7.7e-27
CCDS45277.1 HERC1 gene_id:8925|Hs108|chr15 (4861) 499 123.0 1.5e-26
CCDS60591.1 HECTD2 gene_id:143279|Hs108|chr10 ( 780) 442 109.8 2.3e-23
CCDS7414.1 HECTD2 gene_id:143279|Hs108|chr10 ( 776) 439 109.1 3.7e-23
CCDS5577.1 RCC1L gene_id:81554|Hs108|chr7 ( 464) 431 107.2 8.3e-23
>>CCDS34028.1 HERC3 gene_id:8916|Hs108|chr4 (1050 aa)
initn: 7061 init1: 7061 opt: 7061 Z-score: 8615.9 bits: 1605.9 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 7061; 100.0% identity (100.0% similar) in 1050 aa overlap (1-1050:1-1050)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MLCWGYWSLGQPGISTNLQGIVAEPQVCGFISDRSVKEVACGGNHSVFLLEDGEVYTCGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MLCWGYWSLGQPGISTNLQGIVAEPQVCGFISDRSVKEVACGGNHSVFLLEDGEVYTCGL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD NTKGQLGHEREGNKPEQIGALADQHIIHVACGESHSLALSDRGQLFSWGAGSDGQLGLMT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 NTKGQLGHEREGNKPEQIGALADQHIIHVACGESHSLALSDRGQLFSWGAGSDGQLGLMT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD TEDSVAVPRLIQKLNQQTILQVSCGNWHCLALAADGQFFTWGKNSHGQLGLGKEFPSQAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 TEDSVAVPRLIQKLNQQTILQVSCGNWHCLALAADGQFFTWGKNSHGQLGLGKEFPSQAS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD PQRVRSLEGIPLAQVAAGGAHSFALSLSGAVFGWGMNNAGQLGLSDEKDRESPCHVKLLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 PQRVRSLEGIPLAQVAAGGAHSFALSLSGAVFGWGMNNAGQLGLSDEKDRESPCHVKLLR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD TQKVVYISCGEEHTAVLTKSGGVFTFGAGSCGQLGHDSMNDEVNPRRVLELMGSEVTQIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 TQKVVYISCGEEHTAVLTKSGGVFTFGAGSCGQLGHDSMNDEVNPRRVLELMGSEVTQIA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD CGRQHTLAFVPSSGLIYAFGCGARGQLGTGHTCNVKCPSPVKGYWAAHSGQLSARADRFK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 CGRQHTLAFVPSSGLIYAFGCGARGQLGTGHTCNVKCPSPVKGYWAAHSGQLSARADRFK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD YHIVKQIFSGGDQTFVLCSKYENYSPAVDFRTMNQAHYTSLINDETIAVWRQKLSEHNNA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 YHIVKQIFSGGDQTFVLCSKYENYSPAVDFRTMNQAHYTSLINDETIAVWRQKLSEHNNA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD NTINGVVQILSSAACWNGSFLEKKIDEHFKTSPKIPGIDLNSTRVLFEKLMNSQHSMILE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 NTINGVVQILSSAACWNGSFLEKKIDEHFKTSPKIPGIDLNSTRVLFEKLMNSQHSMILE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD QILNSFESCLIPQLSSSPPDVEAMRIYLILPEFPLLQDSKYYITLTIPLAMAILRLDTNP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 QILNSFESCLIPQLSSSPPDVEAMRIYLILPEFPLLQDSKYYITLTIPLAMAILRLDTNP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD SKVLDNWWSQVCPKYFMKLVNLYKGAVLYLLRGRKTFLIPVLFNNYITAALKLLEKLYKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 SKVLDNWWSQVCPKYFMKLVNLYKGAVLYLLRGRKTFLIPVLFNNYITAALKLLEKLYKV
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD NLKVKHVEYDTFYIPEISNLVDIQEDYLMWFLHQAGMKARPSIIQDTVTLCSYPFIFDAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 NLKVKHVEYDTFYIPEISNLVDIQEDYLMWFLHQAGMKARPSIIQDTVTLCSYPFIFDAQ
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD AKTKMLQTDAELQMQVAVNGANLQNVFMLLTLEPLLARSPFLVLHVRRNNLVGDALRELS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 AKTKMLQTDAELQMQVAVNGANLQNVFMLLTLEPLLARSPFLVLHVRRNNLVGDALRELS
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD IHSDIDLKKPLKVIFDGEEAVDAGGVTKEFFLLLLKELLNPIYGMFTYYQDSNLLWFSDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 IHSDIDLKKPLKVIFDGEEAVDAGGVTKEFFLLLLKELLNPIYGMFTYYQDSNLLWFSDT
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD CFVEHNWFHLIGITCGLAIYNSTVVDLHFPLALYKKLLNVKPGLEDLKELSPTEGRSLQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 CFVEHNWFHLIGITCGLAIYNSTVVDLHFPLALYKKLLNVKPGLEDLKELSPTEGRSLQE
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD LLDYPGEDVEETFCLNFTICRESYGVIEQKKLIPGGDNVTVCKDNRQEFVDAYVNYVFQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LLDYPGEDVEETFCLNFTICRESYGVIEQKKLIPGGDNVTVCKDNRQEFVDAYVNYVFQI
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KSD SVHEWYTAFSSGFLKVCGGKVLELFQPSELRAMMVGNSNYNWEELEETAIYKGDYSATHP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 SVHEWYTAFSSGFLKVCGGKVLELFQPSELRAMMVGNSNYNWEELEETAIYKGDYSATHP
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD TVKLFWETFHEFPLEKKKKFLLFLTGSDRIPIYGMASLQIVIQSTASGEEYLPVAHTCYN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 TVKLFWETFHEFPLEKKKKFLLFLTGSDRIPIYGMASLQIVIQSTASGEEYLPVAHTCYN
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050
pF1KSD LLDLPKYSSKEILSARLTQALDNYEGFSLA
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LLDLPKYSSKEILSARLTQALDNYEGFSLA
1030 1040 1050
>>CCDS41533.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10 (1057 aa)
initn: 3818 init1: 2042 opt: 3972 Z-score: 4842.6 bits: 907.7 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3972; 56.0% identity (78.7% similar) in 1057 aa overlap (1-1049:1-1056)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MLCWGYWSLGQPGISTNLQGIVAEPQVCGFISDRSVKEVACGGNHSVFLLEDGEVYTCGL
::::: :.:: :.. . :: ::. :. .. :..:.:: :.::.:.:: :::::
CCDS41 MLCWGNASFGQLGLGGIDEEIVLEPRKSDFFINKRVRDVGCGLRHTVFVLDDGTVYTCGC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD NTKGQLGHEREGNKPEQIGALADQHIIHVACGESHSLALSDRGQLFSWGAGSDGQLGLMT
: ::::::. .::::. :: :.:. :.:::.:.:::.:.::...:: :::::::.
CCDS41 NDLGQLGHEKSRKKPEQVVALDAQNIVAVSCGEAHTLALNDKGQVYAWGLDSDGQLGLVG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD TEDSVAVPRLIQKLNQQTILQVSCGNWHCLALAADGQFFTWGKNSHGQLGLGKEFPSQAS
.:. . ::: :..:.. :.::.:: .: :::. .. : ::.:..:::::: . .:.:
CCDS41 SEECIRVPRNIKSLSDIQIVQVACGYYHSLALSKASEVFCWGQNKYGQLGLGTDCKKQTS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD PQRVRSLEGIPLAQVAAGGAHSFALSLSGAVFGWGMNNAGQLGLSDEKDRESPCHVKLLR
:: ..:: :::. ::::::::::.:.::::.:::: :. :::::.::.:: : .: ::
CCDS41 PQLLKSLLGIPFMQVAAGGAHSFVLTLSGAIFGWGRNKFGQLGLNDENDRYVPNLLKSLR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD TQKVVYISCGEEHTAVLTKSGGVFTFGAGSCGQLGHDSMNDEVNPRRVLELMGSEVTQIA
.::.::: :::.:::.::: :::::::::. :::::.: . :.:::.:.::::: ::.::
CCDS41 SQKIVYICCGEDHTAALTKEGGVFTFGAGGYGQLGHNSTSHEINPRKVFELMGSIVTEIA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD CGRQHTLAFVPSSGLIYAFGCGARGQLGTGHTCNVKCPSPVKGYWAAHSGQLSARADRFK
:::::: ::::::: ::.:: :. :::::: : : : : ::: : ..:: : .
CCDS41 CGRQHTSAFVPSSGRIYSFGLGGNGQLGTGSTSNRKSPFTVKGNWYPYNGQCLPDIDSEE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD YHIVKQIFSGGDQTFVLCSKYENYSPAVDFRTMNQAHYTSLINDETIAVWRQKLSEHNNA
: ::.:::::::.: :. .: .: ::: : .. .:. : : . : . .
CCDS41 YFCVKRIFSGGDQSFSHYSSPQNCGPPDDFRCPNPTKQIWTVNEALIQKWLSYPSGRFPV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD NTINGVVQILSSAACWNGSFLEKKIDEHFKTSPKIPGIDLNSTRVLFEKLMNSQHSMILE
. : . .::..: ::::: . :.:..:. .. :.:.:..:.::.::.. .: .: .
CCDS41 EIANEIDGTFSSSGCLNGSFLAVSNDDHYRTGTRFSGVDMNAARLLFHKLIQPDHPQISQ
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD QILNSFESCLIPQLSSSPPDVEAMRIYLILPEFPLLQDSKYYITLTIPLAMAILRLDTNP
:. :.:. :::.:.:: :::::.:.:: ::: ::..::. . :..::.. :.. :. :
CCDS41 QVAASLEKNLIPKLTSSLPDVEALRFYLTLPECPLMSDSNNFTTIAIPFGTALVNLEKAP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590
pF1KSD SKVLDNWWSQVCPKYFMKLVNLYKGAVLYLLRGRKTFLIPV---LFNNYITAALKLLEKL
:::.:::: . : :.:.:.:.: .:..::. : . : .::... .:::.:: :
CCDS41 LKVLENWWSVLEPPLFLKIVELFKEVVVHLLKLYKIGIPPSERRIFNSFLHTALKVLEIL
550 560 570 580 590 600
600 610 620 630 640 650
pF1KSD YKVNLKVKHV-EYDTFYIPEISNLVDIQEDYLMWFLHQA-GMKARPSIIQ--DT-VTLCS
..:: :. .. .:: ::: :...:.::..::. : .:: :: . .. . : ::.:.
CCDS41 HRVNEKMGQIIQYDKFYIHEVQELIDIRNDYINWVQQQAYGMDVNHGLTELADIPVTICT
610 620 630 640 650 660
660 670 680 690 700 710
pF1KSD YPFIFDAQAKTKMLQTDAELQMQVAVNGANLQNVFMLLTLEPLLARSPFLVLHVRRNNLV
:::.::::::: .::::: ::::.:.. :. ::: :. : . . .: :.: :::.:.:
CCDS41 YPFVFDAQAKTTLLQTDAVLQMQMAIDQAHRQNVSSLF-LPVIESVNPCLILVVRRENIV
670 680 690 700 710
720 730 740 750 760 770
pF1KSD GDALRELSIHSDIDLKKPLKVIFDGEEAVDAGGVTKEFFLLLLKELLNPIYGMFTYYQDS
:::.. : ..:: :::::::: ::.::::::: ::::::...:::.: :::: ::.::
CCDS41 GDAMEVLRKTKNIDYKKPLKVIFVGEDAVDAGGVRKEFFLLIMRELLDPKYGMFRYYEDS
720 730 740 750 760 770
780 790 800 810 820 830
pF1KSD NLLWFSDTCFVEHNWFHLIGITCGLAIYNSTVVDLHFPLALYKKLLNVKPGLEDLKELSP
:.:::: : . . :::::. ::::::: :.::::::::::::::. ::.:.::::: :
CCDS41 RLIWFSDKTFEDSDLFHLIGVICGLAIYNCTIVDLHFPLALYKKLLKKKPSLDDLKELMP
780 790 800 810 820 830
840 850 860 870 880 890
pF1KSD TEGRSLQELLDYPGEDVEETFCLNFTICRESYGVIEQKKLIPGGDNVTVCKDNRQEFVDA
:::.:.::::: .:.:::::::::: :..:. : :.:. .: ...: :.::::::::
CCDS41 DVGRSMQQLLDYPEDDIEETFCLNFTITVENFGATEVKELVLNGADTAVNKQNRQEFVDA
840 850 860 870 880 890
900 910 920 930 940 950
pF1KSD YVNYVFQISVHEWYTAFSSGFLKVCGGKVLELFQPSELRAMMVGNSNYNWEELEETAIYK
::.:.:. :: . :: .:: :::::::: ::::.::.::..::.::.:.:::... ::
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CCDS41 GEYWAEHPTIKIFWEVFHELPLEKKKQFLLFLTGSDRIPILGMKSLKLVIQSTGGGEEYL
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CCDS41 PVSHTCFNLLDLPKYTEKETLRSKLIQAIDHNEGFSLI
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CCDS60 YVDYIFNKSVASLFDAFHAGFHKVCGGKVLLLFQPNELQAMVIGNTNYDWKELEKNTEYK
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pF1KSD GDYSATHPTVKLFWETFHEFPLEKKKKFLLFLTGSDRIPIYGMASLQIVIQSTASGEEYL
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CCDS60 GEYWAEHPTIKIFWEVFHELPLEKKKQFLLFLTGSDRIPILGMKSLKLVIQSTGGGEEYL
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CCDS60 PVSHTCFNLLDLPKYTEKETLRSKLIQAIDHNEGFSLI
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 NTKGQLGHEREGNKPEQIGALADQHIIHVACGESHSLALSDRGQLFSWGAGSDGQLGLMT
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CCDS82 PQRVRSLEGIPLAQVAAGGAHSFALSLSGAVFGWGMNNAGQLGLSDEKDRESPCHVKLLR
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 TQKVVYISCGEEHTAVLTKSGGVFTFGAGSCGQLGHDSMNDEVNPRRVLELMGSEVTQIA
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: .
CCDS82 CGRQHTLAFVPSSGLIYAFGCGARGQLGTGHTCNVKCPSPVKGYWAAHSGQLSARAGKND
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pF1KSD YHIVKQIFSGGDQTFVLCSKYENYSPAVDFRTMNQAHYTSLINDETIAVWRQKLSEHNNA
CCDS82 CLWNLKVF
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pF1KSD HE--REGNKPEQIGALADQHIIHVACGESHSLALSDRGQLFSWGAGSDGQLGLMTTEDSV
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CCDS54 RRGAQRGELPEPIQALETLIVDLVSCGKEHSLAVCHKGRVFAWGAGSEGQLGIGEFKEIS
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pF1KSD AVPRLIQKLNQQTILQVSCGNWHCLALAADGQFFTWGKNSHGQLGLGKEFPSQASPQRVR
.:. :. ::. :.:::::..: :::. :.: :.:::::::::::::::::::::::::
CCDS54 FTPKKIMTLNDIKIIQVSCGHYHSLALSKDSQVFSWGKNSHGQLGLGKEFPSQASPQRVR
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pF1KSD SLEGIPLAQVAAGGAHSFALSLSGAVFGWGMNNAGQLGLSDEK---DRESPCHVKLLRTQ
:::::::::::::::::::::: :. :::: :.::::.:: .. . ..: : :..
CCDS54 SLEGIPLAQVAAGGAHSFALSLCGTSFGWGSNSAGQLALSGRNVPVQSNKPLSVGALKNL
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pF1KSD KVVYISCGEEHTAVLTKSGGVFTFGAGSCGQLGHDSMNDEVNPRRVLELMGSEVTQIACG
:::::::. ::::::..: ::::: . ::::.. .. .:. ..: . . :.:: ::
CCDS54 GVVYISCGDAHTAVLTQDGKVFTFGDNRSGQLGYSPTPEKRGPQ-LVERIDGLVSQIDCG
240 250 260 270 280 290
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pF1KSD RQHTLAFVPSSGLIYAFGCGARGQLGTGHTCNVKCPSPVKGYWAAHSGQLSARADRFKYH
::::.: ..: . .:: : ... :. .. . . :. :
CCDS54 SYHTLAYVHTTGQVVSFGHGPS---------DTSKPTHPEALTENFDISCLISAEDFVDV
300 310 320 330 340
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pF1KSD IVKQIFSGGDQTFVLCSKYENYSPAVDFRTMNQAHYTSL-INDETIAVWRQKLSEHNNAN
::.::.: .:: .. .. : . .:. . : . .. ::: :.. .::. :.
CCDS54 QVKHIFAGTYANFVT-THQDTSSTRAPGKTLPEISRISQSMAEKWIAVKRRS-TEHEMAK
350 360 370 380 390 400
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