Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0019
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0019, 828 aa
1>>>pF1KSDA0019 828 - 828 aa - 828 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.3778+/-0.00111; mu= -1.8098+/- 0.066
mean_var=266.7186+/-55.082, 0's: 0 Z-trim(112.5): 74 B-trim: 348 in 1/52
Lambda= 0.078532
statistics sampled from 13213 (13284) to 13213 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.732), E-opt: 0.2 (0.408), width: 16
Scan time: 4.220
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS53492.1 USP6NL gene_id:9712|Hs108|chr10 ( 828) 5642 653.0 5.8e-187
CCDS44357.1 USP6NL gene_id:9712|Hs108|chr10 ( 845) 5630 651.7 1.5e-186
CCDS11069.2 USP6 gene_id:9098|Hs108|chr17 (1406) 918 118.0 1.2e-25
CCDS74042.1 TBC1D3K gene_id:101060351|Hs108|chr17 ( 549) 865 111.7 3.5e-24
CCDS42300.1 TBC1D3B gene_id:414059|Hs108|chr17 ( 549) 863 111.5 4.1e-24
CCDS74045.1 TBC1D3C gene_id:414060|Hs108|chr17 ( 549) 858 110.9 6e-24
CCDS45658.1 TBC1D3 gene_id:729873|Hs108|chr17 ( 549) 858 110.9 6e-24
CCDS74040.1 TBC1D3G gene_id:101060321|Hs108|chr17 ( 549) 856 110.7 7.1e-24
CCDS74039.1 TBC1D3I gene_id:102724862|Hs108|chr17 ( 549) 855 110.6 7.6e-24
CCDS74044.1 LOC101060389 gene_id:101060389|Hs108|c ( 549) 854 110.5 8.3e-24
CCDS77009.1 TBC1D3E gene_id:102723859|Hs108|chr17 ( 549) 853 110.4 8.9e-24
CCDS45653.1 TBC1D3H gene_id:729877|Hs108|chr17 ( 549) 850 110.0 1.1e-23
CCDS74043.1 TBC1D3L gene_id:101060376|Hs108|chr17 ( 549) 843 109.2 2e-23
CCDS42265.1 TBC1D26 gene_id:353149|Hs108|chr17 ( 250) 596 81.0 2.7e-15
CCDS30774.1 EVI5 gene_id:7813|Hs108|chr1 ( 810) 525 73.3 1.9e-12
CCDS76179.1 EVI5 gene_id:7813|Hs108|chr1 ( 821) 525 73.3 1.9e-12
CCDS12188.1 EVI5L gene_id:115704|Hs108|chr19 ( 794) 519 72.6 3e-12
CCDS54209.1 EVI5L gene_id:115704|Hs108|chr19 ( 805) 519 72.6 3e-12
CCDS13874.1 TBC1D10A gene_id:83874|Hs108|chr22 ( 508) 504 70.8 6.7e-12
CCDS56227.1 TBC1D10A gene_id:83874|Hs108|chr22 ( 515) 502 70.6 7.9e-12
CCDS10676.2 TBC1D10B gene_id:26000|Hs108|chr16 ( 808) 503 70.8 1.1e-11
>>CCDS53492.1 USP6NL gene_id:9712|Hs108|chr10 (828 aa)
initn: 5642 init1: 5642 opt: 5642 Z-score: 3470.1 bits: 653.0 E(32554): 5.8e-187
Smith-Waterman score: 5642; 100.0% identity (100.0% similar) in 828 aa overlap (1-828:1-828)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MNSDQDVALKLAQERAEIVAKYDRGREGAEIEPWEDADYLVYKVTDRFGFLHEEELPDHN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 MNSDQDVALKLAQERAEIVAKYDRGREGAEIEPWEDADYLVYKVTDRFGFLHEEELPDHN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD VAVERQKHLEIERTTKWLKMLKGWEKYKNTEKFHRRIYKGIPLQLRGEVWALLLEIPKMK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 VAVERQKHLEIERTTKWLKMLKGWEKYKNTEKFHRRIYKGIPLQLRGEVWALLLEIPKMK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD EETRDLYSKLKHRARGCSPDIRQIDLDVNRTFRDHIMFRDRYGVKQQSLFHVLAAYSIYN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 EETRDLYSKLKHRARGCSPDIRQIDLDVNRTFRDHIMFRDRYGVKQQSLFHVLAAYSIYN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD TEVGYCQGMSQITALLLMYMNEEDAFWALVKLFSGPKHAMHGFFVQGFPKLLRFQEHHEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 TEVGYCQGMSQITALLLMYMNEEDAFWALVKLFSGPKHAMHGFFVQGFPKLLRFQEHHEK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD ILNKFLSKLKQHLDSQEIYTSFYTMKWFFQCFLDRTPFTLNLRIWDIYIFEGERVLTAMS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 ILNKFLSKLKQHLDSQEIYTSFYTMKWFFQCFLDRTPFTLNLRIWDIYIFEGERVLTAMS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD YTILKLHKKHLMKLSMEELVEFFQETLAKDFFFEDDFVIEQLQISMTELKRAKLDLPEPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 YTILKLHKKHLMKLSMEELVEFFQETLAKDFFFEDDFVIEQLQISMTELKRAKLDLPEPG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD KEDEYPKKPLGQLPPELQSWGVHHLSNGQRSVGRPSPLASGRRESGAPHRRHEHSPHPQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 KEDEYPKKPLGQLPPELQSWGVHHLSNGQRSVGRPSPLASGRRESGAPHRRHEHSPHPQS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD RTGTPERAQPPRRKSVEEESKKLKDEADFQRKLPSGPQDSSRQYNHAAANQNSNATSNIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 RTGTPERAQPPRRKSVEEESKKLKDEADFQRKLPSGPQDSSRQYNHAAANQNSNATSNIR
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD KEFVPKWNKPSDVSATERTAKYTMEGKGRAAHPALAVTVPGPAEVRVSNVRPKMKALDAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 KEFVPKWNKPSDVSATERTAKYTMEGKGRAAHPALAVTVPGPAEVRVSNVRPKMKALDAE
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD DGKRGSTASQYDNVPGPELDSGASVEEALERAYSQSPRHALYPPSPRKHAEPSSSPSKVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 DGKRGSTASQYDNVPGPELDSGASVEEALERAYSQSPRHALYPPSPRKHAEPSSSPSKVS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD NKFTFKVQPPSHARYPSQLDGEARGLAHPPSYSNPPVYHGNSPKHFPTANSSFASPQFSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 NKFTFKVQPPSHARYPSQLDGEARGLAHPPSYSNPPVYHGNSPKHFPTANSSFASPQFSP
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD GTQLNPSRRPHGSTLSVSASPEKSYSRPSPLVLPSSRIEVLPVDTGAGGYSGNSGSPKNG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 GTQLNPSRRPHGSTLSVSASPEKSYSRPSPLVLPSSRIEVLPVDTGAGGYSGNSGSPKNG
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD KLIIPPVDYLPDNRTWSEVSYTYRPETQGQSWTRDASRGNLPKYSAFQLAPFQDHGLPAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 KLIIPPVDYLPDNRTWSEVSYTYRPETQGQSWTRDASRGNLPKYSAFQLAPFQDHGLPAV
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820
pF1KSD SVDSPVRYKASPAAEDASPSGYPYSGPPPPAYHYRNRDGLSIQESVLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 SVDSPVRYKASPAAEDASPSGYPYSGPPPPAYHYRNRDGLSIQESVLL
790 800 810 820
>>CCDS44357.1 USP6NL gene_id:9712|Hs108|chr10 (845 aa)
initn: 5630 init1: 5630 opt: 5630 Z-score: 3462.6 bits: 651.7 E(32554): 1.5e-186
Smith-Waterman score: 5630; 99.9% identity (100.0% similar) in 827 aa overlap (2-828:19-845)
10 20 30 40
pF1KSD MNSDQDVALKLAQERAEIVAKYDRGREGAEIEPWEDADYLVYK
.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 MRTEAVVNSQGQTDYLTKDSDQDVALKLAQERAEIVAKYDRGREGAEIEPWEDADYLVYK
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KSD VTDRFGFLHEEELPDHNVAVERQKHLEIERTTKWLKMLKGWEKYKNTEKFHRRIYKGIPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 VTDRFGFLHEEELPDHNVAVERQKHLEIERTTKWLKMLKGWEKYKNTEKFHRRIYKGIPL
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KSD QLRGEVWALLLEIPKMKEETRDLYSKLKHRARGCSPDIRQIDLDVNRTFRDHIMFRDRYG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 QLRGEVWALLLEIPKMKEETRDLYSKLKHRARGCSPDIRQIDLDVNRTFRDHIMFRDRYG
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KSD VKQQSLFHVLAAYSIYNTEVGYCQGMSQITALLLMYMNEEDAFWALVKLFSGPKHAMHGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 VKQQSLFHVLAAYSIYNTEVGYCQGMSQITALLLMYMNEEDAFWALVKLFSGPKHAMHGF
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KSD FVQGFPKLLRFQEHHEKILNKFLSKLKQHLDSQEIYTSFYTMKWFFQCFLDRTPFTLNLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 FVQGFPKLLRFQEHHEKILNKFLSKLKQHLDSQEIYTSFYTMKWFFQCFLDRTPFTLNLR
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KSD IWDIYIFEGERVLTAMSYTILKLHKKHLMKLSMEELVEFFQETLAKDFFFEDDFVIEQLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 IWDIYIFEGERVLTAMSYTILKLHKKHLMKLSMEELVEFFQETLAKDFFFEDDFVIEQLQ
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KSD ISMTELKRAKLDLPEPGKEDEYPKKPLGQLPPELQSWGVHHLSNGQRSVGRPSPLASGRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 ISMTELKRAKLDLPEPGKEDEYPKKPLGQLPPELQSWGVHHLSNGQRSVGRPSPLASGRR
370 380 390 400 410 420
410 420 430 440 450 460
pF1KSD ESGAPHRRHEHSPHPQSRTGTPERAQPPRRKSVEEESKKLKDEADFQRKLPSGPQDSSRQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 ESGAPHRRHEHSPHPQSRTGTPERAQPPRRKSVEEESKKLKDEADFQRKLPSGPQDSSRQ
430 440 450 460 470 480
470 480 490 500 510 520
pF1KSD YNHAAANQNSNATSNIRKEFVPKWNKPSDVSATERTAKYTMEGKGRAAHPALAVTVPGPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 YNHAAANQNSNATSNIRKEFVPKWNKPSDVSATERTAKYTMEGKGRAAHPALAVTVPGPA
490 500 510 520 530 540
530 540 550 560 570 580
pF1KSD EVRVSNVRPKMKALDAEDGKRGSTASQYDNVPGPELDSGASVEEALERAYSQSPRHALYP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 EVRVSNVRPKMKALDAEDGKRGSTASQYDNVPGPELDSGASVEEALERAYSQSPRHALYP
550 560 570 580 590 600
590 600 610 620 630 640
pF1KSD PSPRKHAEPSSSPSKVSNKFTFKVQPPSHARYPSQLDGEARGLAHPPSYSNPPVYHGNSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 PSPRKHAEPSSSPSKVSNKFTFKVQPPSHARYPSQLDGEARGLAHPPSYSNPPVYHGNSP
610 620 630 640 650 660
650 660 670 680 690 700
pF1KSD KHFPTANSSFASPQFSPGTQLNPSRRPHGSTLSVSASPEKSYSRPSPLVLPSSRIEVLPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 KHFPTANSSFASPQFSPGTQLNPSRRPHGSTLSVSASPEKSYSRPSPLVLPSSRIEVLPV
670 680 690 700 710 720
710 720 730 740 750 760
pF1KSD DTGAGGYSGNSGSPKNGKLIIPPVDYLPDNRTWSEVSYTYRPETQGQSWTRDASRGNLPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 DTGAGGYSGNSGSPKNGKLIIPPVDYLPDNRTWSEVSYTYRPETQGQSWTRDASRGNLPK
730 740 750 760 770 780
770 780 790 800 810 820
pF1KSD YSAFQLAPFQDHGLPAVSVDSPVRYKASPAAEDASPSGYPYSGPPPPAYHYRNRDGLSIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 YSAFQLAPFQDHGLPAVSVDSPVRYKASPAAEDASPSGYPYSGPPPPAYHYRNRDGLSIQ
790 800 810 820 830 840
pF1KSD ESVLL
:::::
CCDS44 ESVLL
>>CCDS11069.2 USP6 gene_id:9098|Hs108|chr17 (1406 aa)
initn: 934 init1: 900 opt: 918 Z-score: 574.1 bits: 118.0 E(32554): 1.2e-25
Smith-Waterman score: 926; 36.1% identity (64.3% similar) in 451 aa overlap (12-462:12-447)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MNSDQDVALKLAQERAEIVAKYDRGREGAEIEPWEDADYLVYKVTDRFGFLHEEELPDHN
:::: .:. :::.:.... : . . ::::.::: ::: .
CCDS11 MDMVENADSLQAQERKDILMKYDKGHRAGLPEDKGPEPVGINSSIDRFGILHETELPPVT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD VAVERQKHLEIERTTKWLKMLKGWEKYKNTEKFHRRIYKGIPLQLRGEVWALLLEIPKMK
. .. . :. ::.::..:: :: ::.. :. :.:::::...:: ::..::.: ..:
CCDS11 AREAKKIRREMTRTSKWMEMLGEWETYKHSSKLIDRVYKGIPMNIRGPVWSVLLNIQEIK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD EETRDLYSKLKHRARGCSPDIRQIDLDVNRTFRDHIMFRDRYGVKQQSLFHVLAAYSIYN
.. :. .:.:.. : :..::::: :.:.:..::::::.::. ::..: ::: ::
CCDS11 LKNPGRYQIMKERGKRSSEHIHHIDLDVRTTLRNHVFFRDRYGAKQRELFYILLAYSEYN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD TEVGYCQGMSQITALLLMYMNEEDAFWALVKLFSGPKHAMHGFFVQGFPKLLRFQEHHEK
:::::. .:.::::.:.:. :::::::::.:... .:.. :: . . .:...:.
CCDS11 PEVGYCRDLSHITALFLLYLPEEDAFWALVQLLASERHSLPGFHSPNGGTVQGLQDQQEH
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD ILNKFLSKLKQHLDSQEIYTSFYTMKWFFQCFLDRTPFTLNLRIWDIYIFEGERVLTAMS
.. : : : :.. . . .. ... ..: . :.::.::.:. :::.:: ..
CCDS11 VVPKSQPKTMWHQDKEGLCGQCASLGCLLRNLIDGISLGLTLRLWDVYLVEGEQVLMPIT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD YTILKLHKKHLMKLSMEELVEFFQETLAKDFFFEDDFVIEQLQISMTELKRAKLDLPEPG
::...:.::: : : ... . . ..:: :...:. : .: : . ::: :.
CCDS11 SIALKVQQKRLMKTSRCGLWARLRNQFFDTWAMNDDTVLKHLRASTKKLTRKQGDLPPPA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD KEDEYPKKPLGQLPPELQSWGVHHLSNGQRSVGRPSPLASGRRESGAPHRRHEHSPHPQS
:... : : : : . : .: :.. :.: :. .: . :: :
CCDS11 KREQGSLAPR----PVPASRGGKTLCKGYRQAP-PGPPAQFQRPICSA------SPPWAS
370 380 390 400
430 440 450 460 470 480
pF1KSD RTGTPERAQPPRRKSVEEESKKLKDEADFQRKLPSGPQDSSRQYNHAAANQNSNATSNIR
: .:: . :. . .. . . : : .::: : :
CCDS11 RFSTPCPGGAVREDTYPVGTQGVPSLALAQ----GGPQGSWRFLEWKSMPRLPTDLDIGG
410 420 430 440 450 460
490 500 510 520 530 540
pF1KSD KEFVPKWNKPSDVSATERTAKYTMEGKGRAAHPALAVTVPGPAEVRVSNVRPKMKALDAE
CCDS11 PWFPHYDFEWSCWVRAISQEDQLATCWQAEHCGEVHNKDMSWPEEMSFTANSSKIDRQKV
470 480 490 500 510 520
>>CCDS74042.1 TBC1D3K gene_id:101060351|Hs108|chr17 (549 aa)
initn: 825 init1: 778 opt: 865 Z-score: 547.7 bits: 111.7 E(32554): 3.5e-24
Smith-Waterman score: 869; 34.8% identity (63.9% similar) in 463 aa overlap (12-465:12-453)
10 20 30 40 50
pF1KSD MNSDQDVALKLAQERAEIVAKYDRGREGAEIEPWEDADYLVYKVT-DRFGFLHEEELPDH
:::: .:. ::..:.... : . :. . :..:..:: :::
CCDS74 MDVVEVAGSWWAQEREDIIMKYEKGHRAGLPEDKGPKPFRSYNNNVDHLGIVHETELPPL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD NVAVERQKHLEIERTTKWLKMLKGWEKYKNTEKFHRRIYKGIPLQLRGEVWALLLEIPKM
.. .: . :: : .::. :: :::::...:. : :::.:...:: .:..::.: .:
CCDS74 TAREAKQIRREISRKSKWVDMLGDWEKYKSSRKLIDRAYKGMPMNIRGPMWSVLLNIEEM
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KSD KEETRDLYSKLKHRARGCSPDIRQIDLDVNRTFRDHIMFRDRYGVKQQSLFHVLAAYSIY
: .. :. .:.... : :..:: ::. :.: ::.::::::.::. :.:.: :: :
CCDS74 KLKNPGRYQIMKEKGKKSSEHIQRIDRDVSGTLRKHIFFRDRYGTKQRELLHILLAYEEY
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KSD NTEVGYCQGMSQITALLLMYMNEEDAFWALVKLFSGPKHAMHGFFVQGFPKLLRFQEHHE
: :::::. .:.:.::.:.:. :::::::::.:... .:...:: . . .:...:
CCDS74 NPEVGYCRDLSHIAALFLLYLPEEDAFWALVQLLASERHSLQGFHSPNGGTVQGLQDQQE
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KSD KILNKFLSKLKQHLDSQEIYTSFYTMKWFFQCFLDRTPFTLNLRIWDIYIFEGERVLTAM
... : : :.... . . ... ..: . :.::.::.:. :::..: .
CCDS74 HVVATSQPKTMGHQDKKDLCGQCSPLGCLIRILIDGISLGLTLRLWDVYLVEGEQALMPI
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KSD SYTILKLHKKHLMKLS----MEELVEFFQETLAKDFFFEDDFVIEQLQISMTELKRAKLD
. .:...:.: : : .. . : .: :.: .: :...:. :: .: : : :
CCDS74 TRIAFKVQQKRLTKTSRCGPWARFCNRFVDTWARD----EDTVLKHLRASMKKLTRKKGD
310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
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