Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0014
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0014, 493 aa
1>>>pF1KSDA0014 493 - 493 aa - 493 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6264+/-0.000794; mu= 16.6557+/- 0.048
mean_var=78.7219+/-15.978, 0's: 0 Z-trim(109.1): 45 B-trim: 112 in 1/51
Lambda= 0.144553
statistics sampled from 10626 (10669) to 10626 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.701), E-opt: 0.2 (0.328), width: 16
Scan time: 3.210
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS6432.1 LRRC14 gene_id:9684|Hs108|chr8 ( 493) 3275 692.6 2.6e-199
CCDS47184.1 LRRC14B gene_id:389257|Hs108|chr5 ( 514) 747 165.4 1.4e-40
CCDS30594.1 PRAMEF6 gene_id:440561|Hs108|chr1 ( 476) 541 122.4 1.1e-27
CCDS72704.1 PRAMEF27 gene_id:101929983|Hs108|chr1 ( 478) 538 121.8 1.7e-27
CCDS76108.1 PRAMEF9 gene_id:343070|Hs108|chr1 ( 478) 537 121.6 2e-27
CCDS72708.1 PRAMEF5 gene_id:343068|Hs108|chr1 ( 476) 532 120.5 4e-27
CCDS30592.1 PRAMEF4 gene_id:400735|Hs108|chr1 ( 478) 523 118.6 1.5e-26
CCDS76106.1 PRAMEF26 gene_id:645359|Hs108|chr1 ( 478) 522 118.4 1.7e-26
CCDS81265.1 PRAMEF25 gene_id:441873|Hs108|chr1 ( 478) 522 118.4 1.7e-26
CCDS44059.1 PRAMEF15 gene_id:653619|Hs108|chr1 ( 478) 520 118.0 2.3e-26
CCDS53268.2 PRAMEF11 gene_id:440560|Hs108|chr1 ( 478) 518 117.6 3e-26
CCDS13801.1 PRAME gene_id:23532|Hs108|chr22 ( 509) 500 113.9 4.3e-25
CCDS41265.1 PRAMEF20 gene_id:645425|Hs108|chr1 ( 475) 481 109.9 6.4e-24
CCDS30593.1 PRAMEF7 gene_id:441871|Hs108|chr1 ( 474) 478 109.3 9.8e-24
CCDS72709.1 PRAMEF8 gene_id:391002|Hs108|chr1 ( 474) 475 108.6 1.5e-23
CCDS41254.1 PRAMEF12 gene_id:390999|Hs108|chr1 ( 483) 472 108.0 2.4e-23
CCDS76109.1 PRAMEF14 gene_id:729528|Hs108|chr1 ( 474) 349 82.4 1.2e-15
CCDS148.1 PRAMEF1 gene_id:65121|Hs108|chr1 ( 474) 347 81.9 1.6e-15
CCDS149.1 PRAMEF2 gene_id:65122|Hs108|chr1 ( 474) 344 81.3 2.5e-15
CCDS41264.1 PRAMEF17 gene_id:391004|Hs108|chr1 ( 474) 311 74.4 3e-13
CCDS41255.1 PRAMEF10 gene_id:343071|Hs108|chr1 ( 474) 286 69.2 1.1e-11
>>CCDS6432.1 LRRC14 gene_id:9684|Hs108|chr8 (493 aa)
initn: 3275 init1: 3275 opt: 3275 Z-score: 3691.8 bits: 692.6 E(32554): 2.6e-199
Smith-Waterman score: 3275; 100.0% identity (100.0% similar) in 493 aa overlap (1-493:1-493)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MHTLVFLSTRQVLQCQPAACQALPLLPRELFPLLFKVAFMDKKTVVLRELVHTWPFPLLS
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CCDS64 MHTLVFLSTRQVLQCQPAACQALPLLPRELFPLLFKVAFMDKKTVVLRELVHTWPFPLLS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD FQQLLQECAHCSRALLQERPSTESMQAVILGLTARLHTSEPGASTQPLCRKHALRVLDMT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 FQQLLQECAHCSRALLQERPSTESMQAVILGLTARLHTSEPGASTQPLCRKHALRVLDMT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD GLLDDGVEQDPGTMSMWDCTAAVARTCIAQQQGGAAEPGPAPIPVEVRVDLRVNRASYAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 GLLDDGVEQDPGTMSMWDCTAAVARTCIAQQQGGAAEPGPAPIPVEVRVDLRVNRASYAF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD LREALRSSVGSPLRLCCRDLRAEDLPMRNTVALLQLLDAGCLRRVDLRFNNLGLRGLSVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 LREALRSSVGSPLRLCCRDLRAEDLPMRNTVALLQLLDAGCLRRVDLRFNNLGLRGLSVI
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD IPHVARFQHLASLRLHYVHGDSRQPSVDGEDNFRYFLAQMGRFTCLRELSMGSSLLSGRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 IPHVARFQHLASLRLHYVHGDSRQPSVDGEDNFRYFLAQMGRFTCLRELSMGSSLLSGRL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD DQLLSTLQSPLESLELAFCALLPEDLRFLARSPHAAHLKKLDLSGNDLSGSQLAPFQGLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 DQLLSTLQSPLESLELAFCALLPEDLRFLARSPHAAHLKKLDLSGNDLSGSQLAPFQGLL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD QASAATLLHLELTECQLADTQLLATLPILTQCASLRYLGLYGNPLSMAGLKELLRDSVAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 QASAATLLHLELTECQLADTQLLATLPILTQCASLRYLGLYGNPLSMAGLKELLRDSVAQ
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD AELRTVVHPFPVDCYEGLPWPPPASVLLEASINEEKFARVEAELHQLLLASGRAHVLWTT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 AELRTVVHPFPVDCYEGLPWPPPASVLLEASINEEKFARVEAELHQLLLASGRAHVLWTT
430 440 450 460 470 480
490
pF1KSD DIYGRLAADYFSL
:::::::::::::
CCDS64 DIYGRLAADYFSL
490
>>CCDS47184.1 LRRC14B gene_id:389257|Hs108|chr5 (514 aa)
initn: 444 init1: 362 opt: 747 Z-score: 842.3 bits: 165.4 E(32554): 1.4e-40
Smith-Waterman score: 747; 32.9% identity (60.2% similar) in 498 aa overlap (1-489:4-483)
10 20 30 40 50
pF1KSD MHTLVFLSTRQVLQCQPAACQALPLLPRELFPLLFKVAFMDKKTVVLRELVHTWPFP
:..: :.:.. ... .: :.: . ..:.:::::.... ... : : .. ::.
CCDS47 MDTMRSLRFISAEALVSHPQVARQSLDSVAHNLYPLLFKASYLLEQAEVTRAVLGRWPLE
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD LLSFQQLLQECAHCSRALLQERPSTESMQAVILGLTARLHTSEPGASTQPLCRKHALRVL
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CCDS47 EFRLGALLGPGADHPQDL-RDRTCRACLEALVRGLADHV--------LQDRSRRR-LRVA
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD DMTGLLDDGVEQDP-G-TMSMWDCTAAVARTCIAQQQGGAAEPGPAPIPVEVRVDLRVNR
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CCDS47 DLTGIRDVQVQRCPCGRALGRWGRTQLLARTCCELQ----AEPLAAGRPVEVLADLFVTE
120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KSD ASYAFLREALRSSVGSPLRLCCRDLRAEDLPMRNTVALLQLLDAGCLRRVDLRFNNLGLR
... . .::: . .:::. : ..::..: . . .:.: : ::.... .:. :.
CCDS47 GNFEAVVQALRPAGPAPLRVHCPSFRADSLSPSQLLHVLRLAGPGALRKLEV-VHNVRLH
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280
pF1KSD GLSV--IIPHVARFQHLASLRLHYVHGD---SRQPSVDGEDNFRYFLA-QMGRFTCLREL
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CCDS47 AGHVQQLLAQVG-FPRLASLTLPTKAFDAPPTYASTPDGEDPLLASIARELSKMAQLTEL
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KSD SMGSSLLSGRLDQLLSTLQSPLESLELAFCALLPEDLRFLARSPHAAHLKKLDLSGNDLS
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CCDS47 SVAFSTLTGKIPTLLGPLQTPLRVLDLANCALNHTDMAFLADCAHAAHLEVLDLSGHNLV
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KSD GSQLAPFQGLLQASAATLLHLELTECQLADTQLLATLPILTQCASLRYLGLYGNPLSMAG
. . : ::. .. :: : : :: ..:... . :. : :: : . ::::: .
CCDS47 SLYPSTFFRLLSQASRTLRILTLEECGIVDSHVGMLILGLSPCHRLRQLKFLGNPLSARA
350 360 370 380 390 400
410 420 430 440 450 460
pF1KSD LKELLRDSVAQAELRTVVHPFPVDCY-EGLPWPPPASVLLEASINEEKFARVEAELHQLL
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CCDS47 LRRLFTALCELPELRCIEFPVPKDCYPEGAAYPQDE--LAMSKFNQQKYDEIAEELRAVL
410 420 430 440 450 460
470 480 490
pF1KSD LASGRAHVLWTTDIYGRLAADYFSL
: . : . .: ..: . :
CCDS47 LRADREDIQVSTPLFGSFDPDIQETSNELGAFLLQAFKTALENFSRALKQIE
470 480 490 500 510
>>CCDS30594.1 PRAMEF6 gene_id:440561|Hs108|chr1 (476 aa)
initn: 575 init1: 326 opt: 541 Z-score: 610.6 bits: 122.4 E(32554): 1.1e-27
Smith-Waterman score: 646; 31.4% identity (60.5% similar) in 474 aa overlap (4-466:9-440)
10 20 30 40 50
pF1KSD MHTLVFLSTRQVLQCQPAACQALPLLPRELFPLLFKVAFMDKKTVVLRELVHTWP
:. :. :..:. : : ..: :: :::: :: :: .. .:. .:..::
CCDS30 MSIRTPPRLLELAGRSLLRDQALAMSTLEELPTELFPPLFMEAFSRRRCEALKLMVQAWP
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD FPLLSFQQLLQECAHCSRALLQERPSTESMQAVILGLTARLHTSEPGASTQPLCRKHALR
: : .. :.. : :..:::. :: : : ...: :. :.
CCDS30 FRRLPLRPLIKM------------PCLEAFQAVLDGLDALLTQ-----GVHP--RRWKLQ
70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KSD VLDMTGLLDDGVEQDPGTMSMWDCTAAVARTCI--AQQQGGAAEPGP---APIPVEVRVD
:::. . .. .: . :.:: :. :... .. : . :. : :.
CCDS30 VLDLQDVCEN-------FWMVW--SEAMARGCFLNAKRNKTPVQDCPRMRGQQPLTVFVE
110 120 130 140 150
180 190 200 210 220
pF1KSD LRV-NRASYAFLREALR--SSVGSPLRLCCRDLRAEDLPMRNTVALLQLLDAGCLRRVDL
: . ::. .: : .. . :.:::. :. .:.:: ..:.... :...:..
CCDS30 LWLKNRTLDEYLTCLLLWVKQRKDLLHLCCKKLKILGMPFRNIRSILKMVNLDCIQEVEV
160 170 180 190 200 210
230 240 250 260 270 280
pF1KSD RFNNLGLRGLSVIIPHVARFQHLASLRLHYVHGD-SRQPSVDGEDNF-RYFLAQMGRFTC
. . : :. . :.......: .: : : : :: : . . .. : .:. .. :
CCDS30 NCKWV-LPILTQFTPYLGHMRNLQKLVLS--HMDVSRYVSPEQKKEIVTQFTTQFLKLCC
220 230 240 250 260
290 300 310 320 330 340
pF1KSD LRELSMGS-SLLSGRLDQLLSTLQSPLESLELAFCALLPEDLRFLARSPHAAHLKKLDLS
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CCDS30 LQKLSMNSVSFLEGHLDQLLSCLKTSLKVLTITNCVLLESDLKHLSQCPSISQLKTLDLS
270 280 290 300 310 320
350 360 370 380 390 400
pF1KSD GNDLSGSQLAPFQGLLQASAATLLHLELTECQLADTQLLATLPILTQCASLRYLGLYGNP
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CCDS30 GIRLTNYSLVPLQILLEKVAATLEYLDLDDCGIIDSQVNAILPALSRCFELNTFSFCGNP
330 340 350 360 370 380
410 420 430 440 450 460
pF1KSD LSMAGLKELLRDSVAQAELRTVVHPFPVDCYEGLPWPPPASVLLEASINEEKFARVEAEL
.::: :..:: .. .: . ..: : . :.. .... .::...:::
CCDS30 ISMATLENLLSHTIILKNLCVELYPAPRESYDA-----------DGTLCWSRFAQIRAEL
390 400 410 420 430
470 480 490
pF1KSD HQLLLASGRAHVLWTTDIYGRLAADYFSL
.
CCDS30 MKRVRDLRHPKRILFCTDCCPDCGNRSFYDLEADQCCC
440 450 460 470
>>CCDS72704.1 PRAMEF27 gene_id:101929983|Hs108|chr1 (478 aa)
initn: 541 init1: 326 opt: 538 Z-score: 607.2 bits: 121.8 E(32554): 1.7e-27
Smith-Waterman score: 633; 31.4% identity (59.7% similar) in 474 aa overlap (4-464:11-440)
10 20 30 40 50
pF1KSD MHTLVFLSTRQVLQCQPAACQALPLLPRELFPLLFKVAFMDKKTVVLRELVHT
:. :. :..:. : : ..: :: :::: :: :: . .:. .:..
CCDS72 MKMSIRTPPRLLELAGRSLLRDQALAMSTLEELPTELFPPLFMEAFSRRCCEALKLMVQA
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD WPFPLLSFQQLLQECAHCSRALLQERPSTESMQAVILGLTARLHTSEPGASTQPLC-RKH
::: : .. :.. : :..:::. :: : : :: .: :.
CCDS72 WPFRRLPLRPLIKM------------PCLEAFQAVLDGLDALL--------TQGVCPRRW
70 80 90 100
120 130 140 150 160
pF1KSD ALRVLDMTGLLDDGVEQDPGTMSMWDCTAAVARTCIAQQQGGAAEPGP---APIPVEVRV
:.:::. . .. .:. . : . :... .. : . :. : :
CCDS72 KLQVLDLQDVCEN-------FWMVWSEAMARGSFLNAKRNKTPVQDCPRMRGQQPLTVFV
110 120 130 140 150
170 180 190 200 210 220
pF1KSD DLRV-NRA-----SYAFLREALRSSVGSPLRLCCRDLRAEDLPMRNTVALLQLLDAGCLR
.: . ::. .: .: :... :.:::. :. .:.:: ..:.... :..
CCDS72 ELWLKNRTLDEYLTYLLLWVKQRKDL---LHLCCKKLKILGMPFRNIRSILKMVNLDCIQ
160 170 180 190 200 210
230 240 250 260 270 280
pF1KSD RVDLRFNNLGLRGLSVIIPHVARFQHLASLRLHYVHGD-SRQPSVDGEDNF-RYFLAQMG
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CCDS72 EVEVNCKWV-LPILTQFTPYLGHMRNLQKLVLS--HMDVSRYVSPEQKKEIVTQFTTQFL
220 230 240 250 260
290 300 310 320 330 340
pF1KSD RFTCLRELSMGS-SLLSGRLDQLLSTLQSPLESLELAFCALLPEDLRFLARSPHAAHLKK
.. ::..: :.: :.: :.:::::: :.. :. : .. :.:: ::. :.. : ..::
CCDS72 KLHCLQKLYMNSVSFLEGHLDQLLSCLKTSLKVLTITNCVLLESDLKHLSQCPSISQLKT
270 280 290 300 310 320
350 360 370 380 390 400
pF1KSD LDLSGNDLSGSQLAPFQGLLQASAATLLHLELTECQLADTQLLATLPILTQCASLRYLGL
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CCDS72 LDLSGIRLTNYSLVPLQILLEKVAATLEYLDLDDCGIIDSQVNAILPALSRCFELNAFSF
330 340 350 360 370 380
410 420 430 440 450 460
pF1KSD YGNPLSMAGLKELLRDSVAQAELRTVVHPFPVDCYEGLPWPPPASVLLEASINEEKFARV
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CCDS72 CGNPISMATLENLLSHTIILKNLCVEVYPAPRESYGA-----------DGTLCWNRFAQI
390 400 410 420 430
470 480 490
pF1KSD EAELHQLLLASGRAHVLWTTDIYGRLAADYFSL
.:::
CCDS72 RAELMNRVRDLRHPKRIFFCIDNCPDCGNRSFYDLEADQYCC
440 450 460 470
>>CCDS76108.1 PRAMEF9 gene_id:343070|Hs108|chr1 (478 aa)
initn: 547 init1: 326 opt: 537 Z-score: 606.0 bits: 121.6 E(32554): 2e-27
Smith-Waterman score: 638; 32.9% identity (60.2% similar) in 462 aa overlap (4-449:11-439)
10 20 30 40 50
pF1KSD MHTLVFLSTRQVLQCQPAACQALPLLPRELFPLLFKVAFMDKKTVVLRELVHT
:. :. :..:. : : ..: :: :::: :: :: .. .:. .:..
CCDS76 MKMSIRTPPRLLELAGRSLLRDQALAMSTLEELPTELFPPLFMEAFSRRRCEALKLMVQA
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD WPFPLLSFQQLLQECAHCSRALLQERPSTESMQAVILGLTARLHTSEPGASTQPLC-RKH
::: : .. :.. : :..:::. :: : : :: .: :.
CCDS76 WPFRRLPLRPLIKM------------PCLEAFQAVLDGLDALL--------TQGVCPRRW
70 80 90 100
120 130 140 150 160
pF1KSD ALRVLDMTGLLDDGVEQDPGTMSMWDCTAAVARTCIAQQQGGAAEPGP---APIPVEVRV
:.::: :.: : . .:. . : . :... .. : . :. : :
CCDS76 KLQVLD----LQDVCE---NFWMVWSEAMARGSFLNAKRNKTPVQDCPRMRGQQPLTVFV
110 120 130 140 150
170 180 190 200 210 220
pF1KSD DLRV-NRA-----SYAFLREALRSSVGSPLRLCCRDLRAEDLPMRNTVALLQLLDAGCLR
.: . ::. .: .: :... :.:::. :. .:.:: ..:.... :..
CCDS76 ELWLKNRTLDEYLTYLLLWVKQRKDL---LHLCCKKLKILGMPFRNIRSILKMVNLDCIQ
160 170 180 190 200 210
230 240 250 260 270 280
pF1KSD RVDLRFNNLGLRGLSVIIPHVARFQHLASLRLHYVHGD-SRQPSVDGEDNF-RYFLAQMG
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CCDS76 EVEVNCKWV-LPILTQFTPYLGHMRNLQKLVLS--HMDVSRYVSPEQKKEIVTQFTTQFL
220 230 240 250 260
290 300 310 320 330 340
pF1KSD RFTCLRELSMGS-SLLSGRLDQLLSTLQSPLESLELAFCALLPEDLRFLARSPHAAHLKK
.. ::..: :.: :.: :.:::::: :.. :. : .. :.:: ::. :.. : ..::
CCDS76 KLHCLQKLYMNSVSFLEGHLDQLLSCLKTSLKVLTITNCVLLESDLKHLSQCPSISQLKT
270 280 290 300 310 320
350 360 370 380 390 400
pF1KSD LDLSGNDLSGSQLAPFQGLLQASAATLLHLELTECQLADTQLLATLPILTQCASLRYLGL
::::: :.. .:.:.: ::. :::: .:.: .: . :.:. : :: :..: : ...
CCDS76 LDLSGIRLTNYSLVPLQILLEKVAATLEYLDLDDCGIIDSQVNAILPALSRCFELNAFSF
330 340 350 360 370 380
410 420 430 440 450
pF1KSD YGNPLSMAGLKELLRDSVAQAELRTVVHPFPVDCY--EG-LPWPPPASVLLEASINEEKF
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CCDS76 CGNPISMATLENLLSHTIILKNLCVEVYPAPRESYGADGTLCWSRFAQIRAELMNRVRDL
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CCDS44 MKMSIRTPPRLLELAGRSLLRDQALAMSTLEELPTELFPPLFMEAFSRRRCEALKLMVQA
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CCDS44 WPFRRLPLRPLIKM------------PCLEAFQAVLDGLDALLTQG-----VRP--RRWK
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CCDS44 LQVLD----LQDVCE---NFWMVW--SEAMAHGCFLNAKRNKKPVQDCPRMRGRQPLTVF
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CCDS44 VELWLK-NRTLDEYLTYLLLWVKQRKDL---LHLCCKKLKILGMPFRNIRSILKMVNLDC
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CCDS44 IQEVEVNCKWV-LPILTQFTPYLGHMRNLQKLVLS--HMDVSRYVSPEQKKEIVTQFTTQ
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CCDS44 FLKLRCLQKLYMNSVSFLEGHLDQLLSCLKTSLKVLTITNCVLLESDLKHLSQCPSISQL
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CCDS44 KTLDLSGIRLTNYSLVPLQILLEKVAATLEYLDLDDCGIIDSQVNAILPALSRCFELNTF
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CCDS44 SFCGNPICMATLENLLSHTIILKNLCVELYPAPRESYGADGTLCWSRFAQIRAELMNRVR
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CCDS44 DLRHPKRILFCTDYCPDCGNRSFYDLEADQYCC
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493 residues in 1 query sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]