Result of FASTA (ccds) for
pF1KE4564
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4564, 702 aa
1>>>pF1KE4564 702 - 702 aa - 702 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7726+/-0.00128; mu= 12.9519+/- 0.077
mean_var=175.1341+/-36.014, 0's: 0 Z-trim(104.9): 169 B-trim: 2 in 1/51
Lambda= 0.096915
statistics sampled from 7967 (8163) to 7967 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.584), E-opt: 0.2 (0.251), width: 16
Scan time: 3.190
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12584.1 CEACAM5 gene_id:1048|Hs108|chr19 ( 702) 4700 670.9 1.8e-192
CCDS77302.1 CEACAM5 gene_id:1048|Hs108|chr19 ( 701) 4683 668.5 9.3e-192
CCDS12609.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 ( 526) 2047 299.8 6.8e-81
CCDS46089.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 ( 464) 2041 298.9 1.1e-80
CCDS12585.1 CEACAM6 gene_id:4680|Hs108|chr19 ( 344) 1834 269.8 4.8e-72
CCDS54272.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 ( 368) 1803 265.5 1e-70
CCDS54273.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 ( 430) 1803 265.6 1.1e-70
CCDS54274.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 ( 461) 1803 265.6 1.2e-70
CCDS12610.1 CEACAM8 gene_id:1088|Hs108|chr19 ( 349) 1612 238.8 1.1e-62
CCDS77314.1 PSG9 gene_id:5678|Hs108|chr19 ( 333) 1192 180.0 4.9e-45
CCDS12614.2 PSG11 gene_id:5680|Hs108|chr19 ( 335) 1170 176.9 4.2e-44
CCDS12583.1 CEACAM7 gene_id:1087|Hs108|chr19 ( 265) 1062 161.7 1.3e-39
CCDS62685.1 CEACAM3 gene_id:1084|Hs108|chr19 ( 212) 813 126.8 3.3e-29
CCDS12586.2 CEACAM3 gene_id:1084|Hs108|chr19 ( 252) 813 126.9 3.7e-29
CCDS74380.1 PSG1 gene_id:5669|Hs108|chr19 ( 428) 785 123.2 7.8e-28
CCDS12611.1 PSG3 gene_id:5671|Hs108|chr19 ( 428) 784 123.1 8.6e-28
CCDS59392.1 PSG1 gene_id:5669|Hs108|chr19 ( 417) 778 122.2 1.5e-27
CCDS12612.1 PSG1 gene_id:5669|Hs108|chr19 ( 426) 777 122.1 1.7e-27
CCDS54275.1 PSG1 gene_id:5669|Hs108|chr19 ( 419) 775 121.8 2e-27
CCDS77310.1 PSG7 gene_id:5676|Hs108|chr19 ( 297) 766 120.4 3.9e-27
CCDS46090.1 PSG8 gene_id:440533|Hs108|chr19 ( 297) 764 120.1 4.7e-27
CCDS46093.1 PSG4 gene_id:5672|Hs108|chr19 ( 419) 766 120.6 4.9e-27
CCDS33037.1 PSG8 gene_id:440533|Hs108|chr19 ( 426) 762 120.0 7.2e-27
CCDS46091.1 PSG8 gene_id:440533|Hs108|chr19 ( 419) 761 119.9 7.9e-27
CCDS12613.1 PSG6 gene_id:5675|Hs108|chr19 ( 435) 757 119.3 1.2e-26
CCDS33038.1 PSG6 gene_id:5675|Hs108|chr19 ( 424) 749 118.2 2.5e-26
CCDS12616.1 PSG2 gene_id:5670|Hs108|chr19 ( 335) 747 117.8 2.6e-26
CCDS12617.1 PSG5 gene_id:5673|Hs108|chr19 ( 335) 743 117.2 3.9e-26
CCDS12618.1 PSG9 gene_id:5678|Hs108|chr19 ( 426) 739 116.8 6.7e-26
CCDS46087.1 CEACAM21 gene_id:90273|Hs108|chr19 ( 292) 736 116.2 7e-26
CCDS46086.1 CEACAM21 gene_id:90273|Hs108|chr19 ( 293) 731 115.5 1.1e-25
CCDS82360.1 PSG1 gene_id:5669|Hs108|chr19 ( 326) 729 115.3 1.5e-25
CCDS77312.1 PSG9 gene_id:5678|Hs108|chr19 ( 333) 717 113.6 4.8e-25
CCDS62695.1 PSG4 gene_id:5672|Hs108|chr19 ( 326) 704 111.8 1.7e-24
CCDS12615.2 PSG11 gene_id:5680|Hs108|chr19 ( 213) 701 111.1 1.7e-24
CCDS33039.1 PSG4 gene_id:5672|Hs108|chr19 ( 326) 697 110.8 3.3e-24
CCDS74392.1 CEACAM20 gene_id:125931|Hs108|chr19 ( 584) 700 111.5 3.6e-24
CCDS74393.1 CEACAM20 gene_id:125931|Hs108|chr19 ( 596) 700 111.5 3.7e-24
CCDS54278.1 CEACAM16 gene_id:388551|Hs108|chr19 ( 425) 629 101.4 2.9e-21
CCDS77311.1 PSG9 gene_id:5678|Hs108|chr19 ( 240) 579 94.1 2.5e-19
CCDS74391.1 CEACAM20 gene_id:125931|Hs108|chr19 ( 503) 549 90.3 7.5e-18
CCDS74390.1 CEACAM20 gene_id:125931|Hs108|chr19 ( 491) 530 87.6 4.6e-17
CCDS33033.1 CEACAM4 gene_id:1089|Hs108|chr19 ( 244) 479 80.2 4.1e-15
CCDS54248.1 CD22 gene_id:933|Hs108|chr19 ( 759) 391 68.4 4.4e-11
>>CCDS12584.1 CEACAM5 gene_id:1048|Hs108|chr19 (702 aa)
initn: 4700 init1: 4700 opt: 4700 Z-score: 3569.0 bits: 670.9 E(32554): 1.8e-192
Smith-Waterman score: 4700; 99.9% identity (100.0% similar) in 702 aa overlap (1-702:1-702)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MESPSAPPHRWCIPWQRLLLTASLLTFWNPPTTAKLTIESTPFNVAEGKEVLLLVHNLPQ
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CCDS12 MESPSAPPHRWCIPWQRLLLTASLLTFWNPPTTAKLTIESTPFNVAEGKEVLLLVHNLPQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 HLFGYSWYKGERVDGNRQIIGYVIGTQQATPGPAYSGREIIYPNASLLIQNIIQNDTGFY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 HLFGYSWYKGERVDGNRQIIGYVIGTQQATPGPAYSGREIIYPNASLLIQNIIQNDTGFY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 TLHVIKSDLVNEEATGQFRVYPELPKPSISSNNSKPVEDKDAVAFTCEPETQDATYLWWV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 TLHVIKSDLVNEEATGQFRVYPELPKPSISSNNSKPVEDKDAVAFTCEPETQDATYLWWV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 NNQSLPVSPRLQLSNGNRTLTLFNVTRNDSASYKCETQNPVSARRSDSVILNVLYGPDAP
:::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 NNQSLPVSPRLQLSNGNRTLTLFNVTRNDTASYKCETQNPVSARRSDSVILNVLYGPDAP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 TISPLNTSYRSGENLNLSCHAASNPPAQYSWFVNGTFQQSTQELFIPNITVNNSGSYTCQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 TISPLNTSYRSGENLNLSCHAASNPPAQYSWFVNGTFQQSTQELFIPNITVNNSGSYTCQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 AHNSDTGLNRTTVTTITVYAEPPKPFITSNNSNPVEDEDAVALTCEPEIQNTTYLWWVNN
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CCDS12 AHNSDTGLNRTTVTTITVYAEPPKPFITSNNSNPVEDEDAVALTCEPEIQNTTYLWWVNN
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 QSLPVSPRLQLSNDNRTLTLLSVTRNDVGPYECGIQNELSVDHSDPVILNVLYGPDDPTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 QSLPVSPRLQLSNDNRTLTLLSVTRNDVGPYECGIQNELSVDHSDPVILNVLYGPDDPTI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 SPSYTYYRPGVNLSLSCHAASNPPAQYSWLIDGNIQQHTQELFISNITEKNSGLYTCQAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 SPSYTYYRPGVNLSLSCHAASNPPAQYSWLIDGNIQQHTQELFISNITEKNSGLYTCQAN
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE4 NSASGHSRTTVKTITVSAELPKPSISSNNSKPVEDKDAVAFTCEPEAQNTTYLWWVNGQS
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CCDS12 NSASGHSRTTVKTITVSAELPKPSISSNNSKPVEDKDAVAFTCEPEAQNTTYLWWVNGQS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE4 LPVSPRLQLSNGNRTLTLFNVTRNDARAYVCGIQNSVSANRSDPVTLDVLYGPDTPIISP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LPVSPRLQLSNGNRTLTLFNVTRNDARAYVCGIQNSVSANRSDPVTLDVLYGPDTPIISP
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE4 PDSSYLSGANLNLSCHSASNPSPQYSWRINGIPQQHTQVLFIAKITPNNNGTYACFVSNL
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CCDS12 PDSSYLSGANLNLSCHSASNPSPQYSWRINGIPQQHTQVLFIAKITPNNNGTYACFVSNL
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670 680 690 700
pF1KE4 ATGRNNSIVKSITVSASGTSPGLSAGATVGIMIGVLVGVALI
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CCDS12 ATGRNNSIVKSITVSASGTSPGLSAGATVGIMIGVLVGVALI
670 680 690 700
>>CCDS77302.1 CEACAM5 gene_id:1048|Hs108|chr19 (701 aa)
initn: 2547 init1: 2547 opt: 4683 Z-score: 3556.1 bits: 668.5 E(32554): 9.3e-192
Smith-Waterman score: 4683; 99.7% identity (99.9% similar) in 702 aa overlap (1-702:1-701)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MESPSAPPHRWCIPWQRLLLTASLLTFWNPPTTAKLTIESTPFNVAEGKEVLLLVHNLPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 MESPSAPPHRWCIPWQRLLLTASLLTFWNPPTTAKLTIESTPFNVAEGKEVLLLVHNLPQ
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pF1KE4 HLFGYSWYKGERVDGNRQIIGYVIGTQQATPGPAYSGREIIYPNASLLIQNIIQNDTGFY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 HLFGYSWYKGERVDGNRQIIGYVIGTQQATPGPAYSGREIIYPNASLLIQNIIQNDTGFY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 TLHVIKSDLVNEEATGQFRVYPELPKPSISSNNSKPVEDKDAVAFTCEPETQDATYLWWV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 TLHVIKSDLVNEEATGQFRVYPELPKPSISSNNSKPVEDKDAVAFTCEPETQDATYLWWV
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190 200 210 220 230 240
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CCDS77 NNQSLPVSPRLQLSNGNRTLTLFNVTRNDTASYKCETQNPVSARRSDSVILNVLYGPDAP
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250 260 270 280 290 300
pF1KE4 TISPLNTSYRSGENLNLSCHAASNPPAQYSWFVNGTFQQSTQELFIPNITVNNSGSYTCQ
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CCDS77 TISPLNTSYRSGENLNLSCHAASNPPAQYSWFVNGTFQQSTQELFIPNITVNNSGSYTCQ
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310 320 330 340 350 360
pF1KE4 AHNSDTGLNRTTVTTITVYAEPPKPFITSNNSNPVEDEDAVALTCEPEIQNTTYLWWVNN
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pF1KE4 QSLPVSPRLQLSNDNRTLTLLSVTRNDVGPYECGIQNELSVDHSDPVILNVLYGPDDPTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KE4 SPSYTYYRPGVNLSLSCHAASNPPAQYSWLIDGNIQQHTQELFISNITEKNSGLYTCQAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 NSASGHSRTTVKTITVSAELPKPSISSNNSKPVEDKDAVAFTCEPEAQNTTYLWWVNGQS
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pF1KE4 LPVSPRLQLSNGNRTLTLFNVTRNDARAYVCGIQNSVSANRSDPVTLDVLYGPDTPIISP
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CCDS77 LPVSPRLQLSNGNRTLTLFNVTRNDARAYVCGIQNSVSANRSDPVTLDVLYGPDTPIISP
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pF1KE4 PDSSYLSGANLNLSCHSASNPSPQYSWRINGIPQQHTQVLFIAKITPNNNGTYACFVSNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 PDSSYLSGANLNLSCHSASNPSPQYSWRINGIPQQHTQVLFIAKITPNNNGTYACFVSNL
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pF1KE4 ATGRNNSIVKSITVSASGTSPGLSAGATVGIMIGVLVGVALI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 ATGRNNSIVKSITVSASGTSPGLSAGATVGIMIGVLVGVALI
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>>CCDS12609.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 (526 aa)
initn: 2363 init1: 1806 opt: 2047 Z-score: 1565.7 bits: 299.8 E(32554): 6.8e-81
Smith-Waterman score: 2047; 62.8% identity (79.3% similar) in 511 aa overlap (5-510:5-512)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MESPSAPPHRWCIPWQRLLLTASLLTFWNPPTTAKLTIESTPFNVAEGKEVLLLVHNLPQ
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CCDS12 MGHLSAPLHRVRVPWQGLLLTASLLTFWNPPTTAQLTTESMPFNVAEGKEVLLLVHNLPQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 HLFGYSWYKGERVDGNRQIIGYVIGTQQATPGPAYSGREIIYPNASLLIQNIIQNDTGFY
.::::::::::::::::::.::.::::::::::: :::: :::::::::::. :::::::
CCDS12 QLFGYSWYKGERVDGNRQIVGYAIGTQQATPGPANSGRETIYPNASLLIQNVTQNDTGFY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 TLHVIKSDLVNEEATGQFRVYPELPKPSISSNNSKPVEDKDAVAFTCEPETQDATYLWWV
::.:::::::::::::::.:::::::::::::::.::::::::::::::::::.:::::.
CCDS12 TLQVIKSDLVNEEATGQFHVYPELPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPETQDTTYLWWI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 NNQSLPVSPRLQLSNGNRTLTLFNVTRNDSASYKCETQNPVSARRSDSVILNVLYGPDAP
::::::::::::::::::::::..:::::.. :.:: :::::: ::: : ::: ::::.:
CCDS12 NNQSLPVSPRLQLSNGNRTLTLLSVTRNDTGPYECEIQNPVSANRSDPVTLNVTYGPDTP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 TISPLNTSYRSGENLNLSCHAASNPPAQYSWFVNGTFQQSTQELFIPNITVNNSGSYTCQ
:::: .: :: : ::.:::.:::::::::::..::::::::::::::::::::::::::.
CCDS12 TISPSDTYYRPGANLSLSCYAASNPPAQYSWLINGTFQQSTQELFIPNITVNNSGSYTCH
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KE4 AHNSDTGLNRTTVTTITVYAEPP---KPFITSNNSNPVEDEDAVALTCEPEIQNTTYLWW
:.:: :: ::::: :: : : :: : ..... . :.:.: ::: . . . :.
CCDS12 ANNSVTGCNRTTVKTIIVTELSPVVAKPQIKASKTTVTGDKDSVNLTCSTNDTGISIRWF
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 VNNQSLPVSPRLQLSNDNRTLTLLSVTRNDVGPYECGIQNELSVDHSDPVILNVLYG--P
.::::: : :..::. : ::.. : :.:.: : : . : .: ..:::..::: :. :
CCDS12 FKNQSLPSSERMKLSQGNTTLSINPVKREDAGTYWCEVFNPISKNQSDPIMLNVNYNALP
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KE4 DDPTISPSYTYYRPGVNLSLSCHAASNPPAQYSWLIDGNIQQHTQELFISNITEKNSGLY
.. .::. :. ... .: : .: :. . ... ... . :.
CCDS12 QENGLSPGAI---AGIVIGVVALVALIAVALACFLHFGKTGRASDQRDLTEHKPSVSNHT
430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KE4 TCQANNSASGHSRTTVKTITVSAELPKPSISSNNSKPVEDKDAVAFTCEPEAQNTTYLWW
..:. . ...: .:.. :. : :.. :
CCDS12 QDHSNDPPNKMNEVTYSTLNFEAQQPTQPTSASPSLTATEIIYSEVKKQ
480 490 500 510 520
540 550 560 570 580 590
pF1KE4 VNGQSLPVSPRLQLSNGNRTLTLFNVTRNDARAYVCGIQNSVSANRSDPVTLDVLYGPDT
>>CCDS46089.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 (464 aa)
initn: 2363 init1: 1806 opt: 2041 Z-score: 1561.8 bits: 298.9 E(32554): 1.1e-80
Smith-Waterman score: 2041; 72.8% identity (85.6% similar) in 423 aa overlap (5-422:5-427)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MESPSAPPHRWCIPWQRLLLTASLLTFWNPPTTAKLTIESTPFNVAEGKEVLLLVHNLPQ
::: :: .::: :::::::::::::::::.:: :: :::::::::::::::::::
CCDS46 MGHLSAPLHRVRVPWQGLLLTASLLTFWNPPTTAQLTTESMPFNVAEGKEVLLLVHNLPQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 HLFGYSWYKGERVDGNRQIIGYVIGTQQATPGPAYSGREIIYPNASLLIQNIIQNDTGFY
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CCDS46 QLFGYSWYKGERVDGNRQIVGYAIGTQQATPGPANSGRETIYPNASLLIQNVTQNDTGFY
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CCDS77 CSVHNSATGKEISKSMTVKVSGPCHGDLTESQS
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]