Result of FASTA (ccds) for
pF1KE3496
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3496, 1970 aa
1>>>pF1KE3496 1970 - 1970 aa - 1970 aa
Library: human.CCDS.faa
18921897 residues in 33420 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 16.2353+/-0.00174; mu= -21.3961+/- 0.105
mean_var=960.0840+/-202.256, 0's: 0 Z-trim(110.4): 199 B-trim: 0 in 0/55
Lambda= 0.041392
statistics sampled from 11597 (11727) to 11597 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.638), E-opt: 0.2 (0.351), width: 16
Scan time: 3.150
The best scores are: opt bits E(33420)
CCDS7354.1 POLR3A gene_id:11128|Hs109|chr10 (1390) 1364 99.4 1.1e-19
>>CCDS7354.1 POLR3A gene_id:11128|Hs109|chr10 (1390 aa)
initn: 2203 init1: 656 opt: 1364 Z-score: 467.4 bits: 99.4 E(33420): 1.1e-19
Smith-Waterman score: 2501; 34.5% identity (62.0% similar) in 1493 aa overlap (16-1479:13-1368)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MHGGGPPSGDSACPLRTIKRVQFGVLSPDELKRMSVTEGGIK--YPETTEGGRPKLGGLM
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CCDS73 MVKEQFRETDVAKKISHICFGMKSPEEMRQQAHIQVVSKNLYSQDNQHA-PLLYGVL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 DPRQGVIERTGRCQTCAGNMTECPGHFGHIELAKPVFHVGFLVKTMKVLRCVCFFCSKLL
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CCDS73 DHRMGTSEKDRPCETCGKNLADCLGHYGYIDLELPCFHVGYFRAVIGILQMICKTCCHIM
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 VDSNNPK-IKDILAKSKG----QPKKRLTHVYDLCKGKNICEGGEEMDNKFGVEQPEGDE
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CCDS73 LSQEEKKQFLDYL-KRPGLTYLQKRGLKKKISDKCRKKNICHHCGAFN---GTVKKCGLL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KE3 DLTKEKGHGGCGRYQPRIR------RSGLELYAEWKHVNEDSQEKKILLSPERVHEIFKR
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CCDS73 KIIHEKYKTNKKVVDPIVSNFLQSFETAIEHNKEVEPLLGRAQEN---LNPLVVLNLFKR
180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KE3 ISDEECFVLGMEPRYARPEWMIVTVLPVPPLSVRPAVVMQ-GSARNQDDLTHKLADIVKI
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CCDS73 IPAEDVPLLLMNPEAGKPSDLILTRLLVPPLCIRPSVVSDLKSGTNEDDLTMKLTEIIFL
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KE3 NNQLRRNEQNGAAAHVIAEDVKLLQFHVATMVDNELPGLPRAMQKSGRPLKSLKQRLKGK
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CCDS73 NDVIKKHRISGAKTQMIMEDWDFLQLQCALYINSELSGIPLNMAPK-KWTRGFVQRLKGK
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KE3 EGRVRGNLMGKRVDFSARTVITPDPNLSIDQVGVPRSIAANMTFAEIVTPFNIDRLQELV
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CCDS73 QGRFRGNLSGKRVDFSGRTVISPDPNLRIDEVAVPVHVAKILTFPEKVNKANINFLRKLV
350 360 370 380 390 400
410 420 430 440 450 460
pF1KE3 RRGNSQYPGAKYII-RDNGDRIDLRFHPKPS-DLHLQTGYKVERHMCDGDIVIFNRQPTL
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CCDS73 QNGPEVHPGANFIQQRHTQMKRFLKYGNREKMAQELKYGDIVERHLIDGDVVLFNRQPSL
410 420 430 440 450 460
470 480 490 500 510 520
pF1KE3 HKMSMMGHRVRILPWSTFRLNLSVTTPYNADFDGDEMNLHLPQSLETRAEIQELAMVPRM
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CCDS73 HKLSIMAHLARVKPHRTFRFNECVCTPYNADFDGDEMNLHLPQTEEAKAEALVLMGTKAN
470 480 490 500 510 520
530 540 550 560 570
pF1KE3 IVTPQSNRPVMGIVQDTLTAVRKFTKRDVFLERGEVMNLLM-FLSTWDGKV----PQPAI
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CCDS73 LVTPRNGEPLIAAIQDFLTGAYLLTLKDTFFDRAKACQIIASILVGKDEKIKVRLPPPTI
530 540 550 560 570 580
580 590 600 610 620 630
pF1KE3 LKPRPLWTGKQIFSLII-PGHINCIRTHSTHPDDEDSGPYKHISPGDTKVVVENGELIMG
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CCDS73 LKPVTLWTGKQIFSVILRPSDDNPVRANLRTKGKQYCGKGEDLCANDSYVTIQNSELMSG
590 600 610 620 630 640
640 650 660 670 680 690
pF1KE3 ILCKKSLGT-SAGSLVHISYLEMGHDITRLFYSNIQTVINNWLLIEGHTIGIGDSIADSK
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CCDS73 SMDKGTLGSGSKNNIFYILLRDWGQNEAADAMSRLARLAPVYLSNRGFSIGIGDVTPGQG
650 660 670 680 690 700
700 710 720 730 740 750
pF1KE3 TYQDIQNTIKKAKQDVIEVIEKAHNNELEPTPGNTLRQTFENQVNRILNDARDKTGSSAQ
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CCDS73 LLKAKYELLNAGYKKCDEYIEALNTGKLQQQPGCTAEETLEALILKELSVIRDHAGSACL
710 720 730 740 750 760
760 770 780 790 800 810
pF1KE3 KSLSEYNNFKSMVVSGAKGSKINISQVIAVVGQQNVEGKRIPFGFKHRTLPHFIKDDYGP
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CCDS73 RELDKSNSPLTMALCGSKGSFINISQMIACVGQQAISGSRVPDGFENRSLPHFEKHSKLP
770 780 790 800 810 820
820 830 840 850 860 870
pF1KE3 ESRGFVENSYLAGLTPTEFFFHAMGGREGLIDTAVKTAETGYIQRRLIKSMESVMVKYDA
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CCDS73 AAKGFVANSFYSGLTPTEFFFHTMAGREGLVDTAVKTAETGYMQRRLVKSLEDLCSQYDL
830 840 850 860 870 880
880 890 900 910 920 930
pF1KE3 TVRNSINQVVQLRYGEDGLAGESVEFQNLATLKPSNKAFEKKFRFDYTNERALRRTLQED
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CCDS73 TVRSSTGDIIQFIYGGDGL-------------DPA--AMEGK---------------DEP
890 900 910
940 950 960 970 980 990
pF1KE3 LVKDVLSNAHIQNELEREFERMREDREVLRVIFPTGDSKVVLPCNLLRMIWNAQKIFHIN
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CCDS73 L----------------EFKRVLDN---IKAVFPC-PSEPALSKN--ELILTTESIMKKS
920 930 940 950
1000 1010 1020 1030 1040 1050
pF1KE3 PRL---PSDLHPIK-VVEGVKELSKKLVIVNGDDPLSRQAQENATLLFNIHLRSTLCSRR
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CCDS73 EFLCCQDSFLQEIKKFIKGVSEKIKK----------TRDK-------YGINDNGTTEPRV
960 970 980 990
1060 1070 1080 1090 1100 1110
pF1KE3 MAEEFRLSGEAFDWLLGEIESKFNQAIAHPGEMVGALAAQSLGEPATQMTLNTFHYAGVS
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CCDS73 LYQLDRITPTQVEKFLETCRDKYMRAQMEPGSAVGALCAQSIGEPGTQMTLKTFHFAGVA
1000 1010 1020 1030 1040 1050
1120 1130 1140 1150 1160 1170
pF1KE3 AKNVTLGVPRLKELINISKKPKTPSLTVFLLGQSARDAERAKDILCRLEHTTLRKVTANT
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CCDS73 SMNITLGVPRIKEIINASKAISTPIITAQL--DKDDDADYARLVKGRIEKTLLGEIS---
1060 1070 1080 1090 1100 1110
1180 1190 1200 1210 1220 1230
pF1KE3 AIYYDPNPQSTVVAEDQEWVNVYYEMPD--FDVARISPWLLRVELDRKHMTDRKLTMEQI
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CCDS73 -----------------EYIEEVF-LPDDCFILVKLS--LERIRLLRLEVNAETVRYSIC
1120 1130 1140 1150
1240 1250 1260 1270 1280 1290
pF1KE3 AEKINAGFGDDLNCIFNDDNAEKLVLRIRIMNSDENKMQEEEEVVDKMDDDVFLRCIESN
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CCDS73 TSKLRVKPGDVAV------HGEAVVC----VTPRENSKSSMYYVLQFLKED---------
1160 1170 1180 1190
1300 1310 1320 1330 1340 1350
pF1KE3 MLTDMTLQGIEQISKVYMHLPQTDNKKKIIITEDGEFKALQEWILETDGVSLMRVLSEKD
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CCDS73 -LPKVVVQGIPEVSRAVIHIDEQSGKEK--------YKLLVE------GDNLRAVMATHG
1200 1210 1220 1230 1240
1360 1370 1380 1390 1400 1410
pF1KE3 VDPVRTTSNDIVEIFTVLGIEAVRKALERELYHVISFDGSYVNYRHLALLCDTMTCRGHL
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CCDS73 VKGTRTTSNNTYEVEKTLGIEAARTTIINEIQYTMVNHGMSIDRRHVMLLSDLMTYKGEV
1250 1260 1270 1280 1290 1300
1420 1430 1440 1450 1460 1470
pF1KE3 MAITRHGVNRQDTGPLMKCSFEETVDVLMEAAAHGESDPMKGVSENIMLGQLAPAGTGCF
..::: :. .. . :: :::.:.: :..:: :..: . :::: :..: ::: :
CCDS73 LGITRFGLAKMKESVLMLASFEKTADHLFDAAYFGQKDSVCGVSECIIMGIPMNIGTGLF
1310 1320 1330 1340 1350 1360
1480 1490 1500 1510 1520 1530
pF1KE3 DLLLDAEKCKYGMEIPTNIPGLGAAGPTGMFFGSAPSPMGGISPAMTPWNQGATPAYGAW
:: :..
CCDS73 KLLHKADRDPNPPKRPLIFDTNEFHIPLVT
1370 1380 1390
1970 residues in 1 query sequences
18921897 residues in 33420 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Tue Jul 16 16:08:01 2019 done: Tue Jul 16 16:08:02 2019
Total Scan time: 3.150 Total Display time: 0.050
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]