Result of FASTA (ccds) for
pF1KE2534
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2534, 344 aa
1>>>pF1KE2534 344 - 344 aa - 344 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5547+/-0.000938; mu= 10.4186+/- 0.057
mean_var=148.7504+/-31.342, 0's: 0 Z-trim(108.9): 179 B-trim: 0 in 0/53
Lambda= 0.105159
statistics sampled from 10316 (10541) to 10316 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.69), E-opt: 0.2 (0.324), width: 16
Scan time: 2.250
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12585.1 CEACAM6 gene_id:4680|Hs108|chr19 ( 344) 2288 359.0 3.2e-99
CCDS54272.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 ( 368) 1867 295.2 5.6e-80
CCDS54273.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 ( 430) 1867 295.3 6.3e-80
CCDS46089.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 ( 464) 1832 290.0 2.6e-78
CCDS12609.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 ( 526) 1832 290.0 2.9e-78
CCDS12584.1 CEACAM5 gene_id:1048|Hs108|chr19 ( 702) 1833 290.3 3.1e-78
CCDS77302.1 CEACAM5 gene_id:1048|Hs108|chr19 ( 701) 1827 289.4 5.9e-78
CCDS54274.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 ( 461) 1820 288.2 9.2e-78
CCDS12610.1 CEACAM8 gene_id:1088|Hs108|chr19 ( 349) 1792 283.8 1.4e-76
CCDS12616.1 PSG2 gene_id:5670|Hs108|chr19 ( 335) 1257 202.6 3.8e-52
CCDS77314.1 PSG9 gene_id:5678|Hs108|chr19 ( 333) 1253 202.0 5.8e-52
CCDS12617.1 PSG5 gene_id:5673|Hs108|chr19 ( 335) 1237 199.6 3.1e-51
CCDS77312.1 PSG9 gene_id:5678|Hs108|chr19 ( 333) 1222 197.3 1.5e-50
CCDS12614.2 PSG11 gene_id:5680|Hs108|chr19 ( 335) 1221 197.2 1.7e-50
CCDS62695.1 PSG4 gene_id:5672|Hs108|chr19 ( 326) 1214 196.1 3.4e-50
CCDS33039.1 PSG4 gene_id:5672|Hs108|chr19 ( 326) 1213 195.9 3.8e-50
CCDS82360.1 PSG1 gene_id:5669|Hs108|chr19 ( 326) 1192 192.7 3.5e-49
CCDS12583.1 CEACAM7 gene_id:1087|Hs108|chr19 ( 265) 1065 173.4 1.9e-43
CCDS62685.1 CEACAM3 gene_id:1084|Hs108|chr19 ( 212) 809 134.4 8e-32
CCDS12586.2 CEACAM3 gene_id:1084|Hs108|chr19 ( 252) 809 134.5 9e-32
CCDS46087.1 CEACAM21 gene_id:90273|Hs108|chr19 ( 292) 760 127.2 1.7e-29
CCDS46086.1 CEACAM21 gene_id:90273|Hs108|chr19 ( 293) 755 126.4 2.9e-29
CCDS33038.1 PSG6 gene_id:5675|Hs108|chr19 ( 424) 730 122.8 5.2e-28
CCDS12611.1 PSG3 gene_id:5671|Hs108|chr19 ( 428) 726 122.2 8e-28
CCDS12613.1 PSG6 gene_id:5675|Hs108|chr19 ( 435) 726 122.2 8.1e-28
CCDS33037.1 PSG8 gene_id:440533|Hs108|chr19 ( 426) 722 121.6 1.2e-27
CCDS12618.1 PSG9 gene_id:5678|Hs108|chr19 ( 426) 717 120.8 2.1e-27
CCDS46090.1 PSG8 gene_id:440533|Hs108|chr19 ( 297) 709 119.4 3.7e-27
CCDS12615.2 PSG11 gene_id:5680|Hs108|chr19 ( 213) 706 118.8 4.1e-27
CCDS46091.1 PSG8 gene_id:440533|Hs108|chr19 ( 419) 709 119.6 4.7e-27
CCDS77310.1 PSG7 gene_id:5676|Hs108|chr19 ( 297) 706 119.0 5.1e-27
CCDS12612.1 PSG1 gene_id:5669|Hs108|chr19 ( 426) 706 119.1 6.6e-27
CCDS46093.1 PSG4 gene_id:5672|Hs108|chr19 ( 419) 699 118.1 1.4e-26
CCDS59392.1 PSG1 gene_id:5669|Hs108|chr19 ( 417) 698 117.9 1.5e-26
CCDS54275.1 PSG1 gene_id:5669|Hs108|chr19 ( 419) 698 117.9 1.5e-26
CCDS74380.1 PSG1 gene_id:5669|Hs108|chr19 ( 428) 698 117.9 1.5e-26
CCDS77311.1 PSG9 gene_id:5678|Hs108|chr19 ( 240) 618 105.5 4.6e-23
CCDS54278.1 CEACAM16 gene_id:388551|Hs108|chr19 ( 425) 601 103.2 4.1e-22
CCDS33033.1 CEACAM4 gene_id:1089|Hs108|chr19 ( 244) 535 92.9 2.9e-19
CCDS74390.1 CEACAM20 gene_id:125931|Hs108|chr19 ( 491) 353 65.6 9.6e-11
CCDS74391.1 CEACAM20 gene_id:125931|Hs108|chr19 ( 503) 353 65.6 9.7e-11
>>CCDS12585.1 CEACAM6 gene_id:4680|Hs108|chr19 (344 aa)
initn: 2288 init1: 2288 opt: 2288 Z-score: 1894.8 bits: 359.0 E(32554): 3.2e-99
Smith-Waterman score: 2288; 100.0% identity (100.0% similar) in 344 aa overlap (1-344:1-344)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGPPSAPPCRLHVPWKEVLLTASLLTFWNPPTTAKLTIESTPFNVAEGKEVLLLAHNLPQ
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CCDS12 MGPPSAPPCRLHVPWKEVLLTASLLTFWNPPTTAKLTIESTPFNVAEGKEVLLLAHNLPQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 NRIGYSWYKGERVDGNSLIVGYVIGTQQATPGPAYSGRETIYPNASLLIQNVTQNDTGFY
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CCDS12 NRIGYSWYKGERVDGNSLIVGYVIGTQQATPGPAYSGRETIYPNASLLIQNVTQNDTGFY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 TLQVIKSDLVNEEATGQFHVYPELPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPEVQNTTYLWWV
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CCDS12 TLQVIKSDLVNEEATGQFHVYPELPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPEVQNTTYLWWV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 NGQSLPVSPRLQLSNGNMTLTLLSVKRNDAGSYECEIQNPASANRSDPVTLNVLYGPDVP
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CCDS12 NGQSLPVSPRLQLSNGNMTLTLLSVKRNDAGSYECEIQNPASANRSDPVTLNVLYGPDVP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 TISPSKANYRPGENLNLSCHAASNPPAQYSWFINGTFQQSTQELFIPNITVNNSGSYMCQ
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CCDS12 TISPSKANYRPGENLNLSCHAASNPPAQYSWFINGTFQQSTQELFIPNITVNNSGSYMCQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340
pF1KE2 AHNSATGLNRTTVTMITVSGSAPVLSAVATVGITIGVLARVALI
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CCDS12 AHNSATGLNRTTVTMITVSGSAPVLSAVATVGITIGVLARVALI
310 320 330 340
>>CCDS54272.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 (368 aa)
initn: 1929 init1: 1825 opt: 1867 Z-score: 1549.3 bits: 295.2 E(32554): 5.6e-80
Smith-Waterman score: 1867; 82.5% identity (90.5% similar) in 348 aa overlap (1-344:1-348)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGPPSAPPCRLHVPWKEVLLTASLLTFWNPPTTAKLTIESTPFNVAEGKEVLLLAHNLPQ
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CCDS54 MGHLSAPLHRVRVPWQGLLLTASLLTFWNPPTTAQLTTESMPFNVAEGKEVLLLVHNLPQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 NRIGYSWYKGERVDGNSLIVGYVIGTQQATPGPAYSGRETIYPNASLLIQNVTQNDTGFY
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CCDS54 QLFGYSWYKGERVDGNRQIVGYAIGTQQATPGPANSGRETIYPNASLLIQNVTQNDTGFY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 TLQVIKSDLVNEEATGQFHVYPELPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPEVQNTTYLWWV
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CCDS54 TLQVIKSDLVNEEATGQFHVYPELPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPETQDTTYLWWI
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190 200 210 220 230 240
pF1KE2 NGQSLPVSPRLQLSNGNMTLTLLSVKRNDAGSYECEIQNPASANRSDPVTLNVLYGPDVP
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CCDS54 NNQSLPVSPRLQLSNGNRTLTLLSVTRNDTGPYECEIQNPVSANRSDPVTLNVTYGPDTP
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pF1KE2 TISPSKANYRPGENLNLSCHAASNPPAQYSWFINGTFQQSTQELFIPNITVNNSGSYMCQ
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CCDS54 TISPSDTYYRPGANLSLSCYAASNPPAQYSWLINGTFQQSTQELFIPNITVNNSGSYTCH
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310 320 330 340
pF1KE2 AHNSATGLNRTTVTMITVSGSA-PV---LSAVATVGITIGVLARVALI
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CCDS54 ANNSVTGCNRTTVKTIIVTDNALPQENGLSPGAIAGIVIGVVALVALIAVALACFLHFGK
310 320 330 340 350 360
CCDS54 TGSSGPLQ
>>CCDS54273.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 (430 aa)
initn: 1929 init1: 1825 opt: 1867 Z-score: 1548.4 bits: 295.3 E(32554): 6.3e-80
Smith-Waterman score: 1867; 82.5% identity (90.5% similar) in 348 aa overlap (1-344:1-348)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGPPSAPPCRLHVPWKEVLLTASLLTFWNPPTTAKLTIESTPFNVAEGKEVLLLAHNLPQ
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CCDS54 MGHLSAPLHRVRVPWQGLLLTASLLTFWNPPTTAQLTTESMPFNVAEGKEVLLLVHNLPQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 NRIGYSWYKGERVDGNSLIVGYVIGTQQATPGPAYSGRETIYPNASLLIQNVTQNDTGFY
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CCDS54 QLFGYSWYKGERVDGNRQIVGYAIGTQQATPGPANSGRETIYPNASLLIQNVTQNDTGFY
70 80 90 100 110 120
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pF1KE2 TLQVIKSDLVNEEATGQFHVYPELPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPEVQNTTYLWWV
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CCDS54 TLQVIKSDLVNEEATGQFHVYPELPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPETQDTTYLWWI
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190 200 210 220 230 240
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CCDS54 NNQSLPVSPRLQLSNGNRTLTLLSVTRNDTGPYECEIQNPVSANRSDPVTLNVTYGPDTP
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CCDS54 TISPSDTYYRPGANLSLSCYAASNPPAQYSWLINGTFQQSTQELFIPNITVNNSGSYTCH
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310 320 330 340
pF1KE2 AHNSATGLNRTTVTMITVSGSA-PV---LSAVATVGITIGVLARVALI
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CCDS54 ANNSVTGCNRTTVKTIIVTDNALPQENGLSPGAIAGIVIGVVALVALIAVALACFLHFGK
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CCDS54 TGRASDQRDLTEHKPSVSNHTQDHSNDPPNKMNEVTYSTLNFEAQQPTQPTSASPSLTAT
370 380 390 400 410 420
>>CCDS46089.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 (464 aa)
initn: 1936 init1: 1832 opt: 1832 Z-score: 1519.3 bits: 290.0 E(32554): 2.6e-78
Smith-Waterman score: 1832; 84.0% identity (92.3% similar) in 326 aa overlap (1-326:1-326)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGPPSAPPCRLHVPWKEVLLTASLLTFWNPPTTAKLTIESTPFNVAEGKEVLLLAHNLPQ
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CCDS46 MGHLSAPLHRVRVPWQGLLLTASLLTFWNPPTTAQLTTESMPFNVAEGKEVLLLVHNLPQ
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70 80 90 100 110 120
pF1KE2 NRIGYSWYKGERVDGNSLIVGYVIGTQQATPGPAYSGRETIYPNASLLIQNVTQNDTGFY
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CCDS46 QLFGYSWYKGERVDGNRQIVGYAIGTQQATPGPANSGRETIYPNASLLIQNVTQNDTGFY
70 80 90 100 110 120
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pF1KE2 TLQVIKSDLVNEEATGQFHVYPELPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPEVQNTTYLWWV
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CCDS46 TLQVIKSDLVNEEATGQFHVYPELPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPETQDTTYLWWI
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190 200 210 220 230 240
pF1KE2 NGQSLPVSPRLQLSNGNMTLTLLSVKRNDAGSYECEIQNPASANRSDPVTLNVLYGPDVP
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CCDS46 NNQSLPVSPRLQLSNGNRTLTLLSVTRNDTGPYECEIQNPVSANRSDPVTLNVTYGPDTP
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pF1KE2 TISPSKANYRPGENLNLSCHAASNPPAQYSWFINGTFQQSTQELFIPNITVNNSGSYMCQ
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CCDS46 TISPSDTYYRPGANLSLSCYAASNPPAQYSWLINGTFQQSTQELFIPNITVNNSGSYTCH
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340
pF1KE2 AHNSATGLNRTTVTMITVSGSAPVLSAVATVGITIGVLARVALI
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CCDS46 ANNSVTGCNRTTVKTIIVTELSPVVAKPQIKASKTTVTGDKDSVNLTCSTNDTGISIRWF
310 320 330 340 350 360
>>CCDS12609.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 (526 aa)
initn: 1936 init1: 1832 opt: 1832 Z-score: 1518.7 bits: 290.0 E(32554): 2.9e-78
Smith-Waterman score: 1832; 84.0% identity (92.3% similar) in 326 aa overlap (1-326:1-326)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGPPSAPPCRLHVPWKEVLLTASLLTFWNPPTTAKLTIESTPFNVAEGKEVLLLAHNLPQ
:: ::: :..:::. .::::::::::::::::.:: :: :::::::::::::.:::::
CCDS12 MGHLSAPLHRVRVPWQGLLLTASLLTFWNPPTTAQLTTESMPFNVAEGKEVLLLVHNLPQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 NRIGYSWYKGERVDGNSLIVGYVIGTQQATPGPAYSGRETIYPNASLLIQNVTQNDTGFY
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CCDS12 QLFGYSWYKGERVDGNRQIVGYAIGTQQATPGPANSGRETIYPNASLLIQNVTQNDTGFY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 TLQVIKSDLVNEEATGQFHVYPELPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPEVQNTTYLWWV
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CCDS12 TLQVIKSDLVNEEATGQFHVYPELPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPETQDTTYLWWI
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190 200 210 220 230 240
pF1KE2 NGQSLPVSPRLQLSNGNMTLTLLSVKRNDAGSYECEIQNPASANRSDPVTLNVLYGPDVP
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CCDS12 NNQSLPVSPRLQLSNGNRTLTLLSVTRNDTGPYECEIQNPVSANRSDPVTLNVTYGPDTP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 TISPSKANYRPGENLNLSCHAASNPPAQYSWFINGTFQQSTQELFIPNITVNNSGSYMCQ
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CCDS12 TISPSDTYYRPGANLSLSCYAASNPPAQYSWLINGTFQQSTQELFIPNITVNNSGSYTCH
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310 320 330 340
pF1KE2 AHNSATGLNRTTVTMITVSGSAPVLSAVATVGITIGVLARVALI
:.::.:: ::::: : :. .::..
CCDS12 ANNSVTGCNRTTVKTIIVTELSPVVAKPQIKASKTTVTGDKDSVNLTCSTNDTGISIRWF
310 320 330 340 350 360
>>CCDS12584.1 CEACAM5 gene_id:1048|Hs108|chr19 (702 aa)
initn: 1833 init1: 1833 opt: 1833 Z-score: 1517.9 bits: 290.3 E(32554): 3.1e-78
Smith-Waterman score: 1833; 83.9% identity (92.6% similar) in 323 aa overlap (1-323:1-323)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGPPSAPPCRLHVPWKEVLLTASLLTFWNPPTTAKLTIESTPFNVAEGKEVLLLAHNLPQ
: ::::: : .::...::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::
CCDS12 MESPSAPPHRWCIPWQRLLLTASLLTFWNPPTTAKLTIESTPFNVAEGKEVLLLVHNLPQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 NRIGYSWYKGERVDGNSLIVGYVIGTQQATPGPAYSGRETIYPNASLLIQNVTQNDTGFY
. .::::::::::::: :.::::::::::::::::::: :::::::::::. :::::::
CCDS12 HLFGYSWYKGERVDGNRQIIGYVIGTQQATPGPAYSGREIIYPNASLLIQNIIQNDTGFY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 TLQVIKSDLVNEEATGQFHVYPELPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPEVQNTTYLWWV
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CCDS12 TLHVIKSDLVNEEATGQFRVYPELPKPSISSNNSKPVEDKDAVAFTCEPETQDATYLWWV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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:.::::::::::::::: ::::..: :::..::.:: :::.:: ::: : ::::::::.:
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190 200 210 220 230 240
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:::: ...:: :::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::: ::
CCDS12 TISPLNTSYRSGENLNLSCHAASNPPAQYSWFVNGTFQQSTQELFIPNITVNNSGSYTCQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340
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:::: ::::::::: ::: . :
CCDS12 AHNSDTGLNRTTVTTITVYAEPPKPFITSNNSNPVEDEDAVALTCEPEIQNTTYLWWVNN
310 320 330 340 350 360
>--
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120 130 140 150 160 170
pF1KE2 DTGFYTLQVIKSDLVNEEATGQFHVYPELPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPEVQNTT
:::::::::.:::::::::::::::.::::
CCDS12 SGLYTCQANNSASGHSRTTVKTITVSAELPKPSISSNNSKPVEDKDAVAFTCEPEAQNTT
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:::::::::::::::::::::: ::::..: :::: .: : ::: .::::::::::.:::
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:::.: ::: ..: : :::::::.:::: :::: ::: :: :: ::: .:: ::.:
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CCDS12 TYACFVSNLATGRNNSIVKSITVSASGTSPGLSAGATVGIMIGVLVGVALI
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>--
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CCDS12 GPDDPTISPSYTYYRPGVNLSLSCHAASNPPAQYSWLIDGNIQQHTQELFISNITEKNSG
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pF1KE2 SYMCQAHNSATGLNRTTVTMITVSGSAPVLSAVATVGITIGVLARVALI
: :::.:::.: .:::: ::::. :
CCDS12 LYTCQANNSASGHSRTTVKTITVSAELPKPSISSNNSKPVEDKDAVAFTCEPEAQNTTYL
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. .::::::::::::: :.::::::::::::::::::: :::::::::::. :::::::
CCDS77 HLFGYSWYKGERVDGNRQIIGYVIGTQQATPGPAYSGREIIYPNASLLIQNIIQNDTGFY
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pF1KE2 TLQVIKSDLVNEEATGQFHVYPELPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPEVQNTTYLWWV
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CCDS77 TLHVIKSDLVNEEATGQFRVYPELPKPSISSNNSKPVEDKDAVAFTCEPETQDATYLWWV
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CCDS77 TISPLNTSYRSGENLNLSCHAASNPPAQYSWFVNGTFQQSTQELFIPNITVNNSGSYTCQ
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>--
initn: 904 init1: 840 opt: 916 Z-score: 766.1 bits: 151.2 E(32554): 2.4e-36
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pF1KE2 DTGFYTLQVIKSDLVNEEATGQFHVYPELPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPEVQNTT
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:::.: ::: ..: : :::::::.:::: :::: ::: :: :: ::: .:: ::.:
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CCDS77 TYACFVSNLATGRNNSIVKSITVSASGTSPGLSAGATVGIMIGVLVGVALI
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:::::::::.::::::::::::: : ::::::: :::.: ::: ::: :...:::: ::
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CCDS77 VLYGPDDPTISPSYTYYRPGVNLSLSCHAASNPPAQYSWLIDGNIQQHTQELFISNITEK
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::: : :::.:::.: .:::: ::::. :
CCDS77 NSGLYTCQANNSASGHSRTTVKTITVSAELPKPSISSNNSKPVEDKDAVAFTCEPEAQNT
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CCDS77 TYLWWVNGQSLPVSPRLQLSNGNRTLTLFNVTRNDARAYVCGIQNSVSANRSDPVTLDVL
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CCDS54 QLFGYSWYKGERVDGNRQIVGYAIGTQQATPGPANSGRETIYPNASLLIQNVTQNDTGFY
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CCDS54 TLQVIKSDLVNEEATGQFHVYPELPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPETQDTTYLWWI
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CCDS54 NNQSLPVSPRLQLSNGNRTLTLLSVTRNDTGPYECEIQNPVSANRSDPVTLNVTYGPDTP
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CCDS54 TISPSDTYYRPGANLSLSCYAASNPPAQYSWLINGTFQQSTQELFIPNITVNNSGSYTCH
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CCDS54 ANNSVTGCNRTTVKTIIVTERQNLTMLPRLDSNSWAQAILPSVSQSAEITDNALPQENGL
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>>CCDS12610.1 CEACAM8 gene_id:1088|Hs108|chr19 (349 aa)
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CCDS12 DPRGYNWYKGETVDANRRIIGYVISNQQITPGPAYSNRETIYPNASLLMRNVTRNDTGSY
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CCDS12 TLQVIKLNLMSEEVTGQFSVHPETPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPETQNTTYLWWV
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pF1KE2 NGQSLPVSPRLQLSNGNMTLTLLSVKRNDAGSYECEIQNPASANRSDPVTLNVLYGPDVP
::::::::::::::::: ::::::: :::.: :::::::::::: :::::::::::::.:
CCDS12 NGQSLPVSPRLQLSNGNRTLTLLSVTRNDVGPYECEIQNPASANFSDPVTLNVLYGPDAP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 TISPSKANYRPGENLNLSCHAASNPPAQYSWFINGTFQQSTQELFIPNITVNNSGSYMCQ
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CCDS12 TISPSDTYYHAGVNLNLSCHAASNPPSQYSWSVNGTFQQYTQKLFIPNITTKNSGSYACH
250 260 270 280 290 300
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. ::::: ::::: ::::: ::.: ::: :::.: ::::::::::
CCDS12 TTNSATGRNRTTVRMITVSDALVQGSSPGLSARATVSIMIGVLARVALI
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>>CCDS12616.1 PSG2 gene_id:5670|Hs108|chr19 (335 aa)
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Smith-Waterman score: 1257; 58.9% identity (78.2% similar) in 326 aa overlap (1-324:1-326)
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CCDS12 MGPLSAPPCTEHIKWKGLLVTASLLNFWNLPTTAQVTIEAQPPKVSEGKDVLLLVHNLPQ
10 20 30 40 50 60
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CCDS12 NLTGYIWYKGQIRDLYHYITSYVVDGQIIIYGPAYSGRETAYSNASLLIQNVTREDAGSY
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CCDS12 TLHIIKRGDGTRGVTGYFTFTLYLETPKPSISSSNLNPREAMETVILTCDPETPDTSYQW
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CCDS12 WMNGQSLPMTHRFQLSETNRTLFLFGVTKYTAGPYECEIRNSGSASRSDPVTLNLLHGPD
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CCDS12 LPRIHPSYTNYRSGDNLYLSCFANSNPPAQYSWTINGKFQQSGQNLFIPQITTKHSGLYV
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pF1KE2 CQAHNSATGLNRTTVTMITVSGSAPVLSAVATVGITIGVLARVALI
:...::::: . .: . ::.:. .
CCDS12 CSVRNSATGEESSTSLTVKVSASTRIGLLPLLNPT
310 320 330
344 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Tue Nov 8 03:33:20 2016 done: Tue Nov 8 03:33:21 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]