FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE2487, 684 aa
  1>>>pF1KE2487 684 - 684 aa - 684 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8550+/-0.000838; mu= 16.9472+/- 0.050
 mean_var=73.1267+/-14.662, 0's: 0 Z-trim(107.4): 14  B-trim: 293 in 1/51
 Lambda= 0.149981
 statistics sampled from 9524 (9533) to 9524 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.667), E-opt: 0.2 (0.293), width:  16
 Scan time:  3.270

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS7506.1 TWNK gene_id:56652|Hs108|chr10          ( 684) 4618 1008.7       0
CCDS53570.1 TWNK gene_id:56652|Hs108|chr10         ( 582) 3925 858.8       0


>>CCDS7506.1 TWNK gene_id:56652|Hs108|chr10               (684 aa)
 initn: 4618 init1: 4618 opt: 4618  Z-score: 5395.3  bits: 1008.7 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 4618; 100.0% identity (100.0% similar) in 684 aa overlap (1-684:1-684)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE2 MWVLLRSGYPLRILLPLRGEWMGRRGLPRNLAPGPPRRRYRKETLQALDMPVLPVTATEI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 MWVLLRSGYPLRILLPLRGEWMGRRGLPRNLAPGPPRRRYRKETLQALDMPVLPVTATEI
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE2 RQYLRGHGIPFQDGHSCLRALSPFAESSQLKGQTGVTTSFSLFIDKTTGHFLCMTSLAEG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 RQYLRGHGIPFQDGHSCLRALSPFAESSQLKGQTGVTTSFSLFIDKTTGHFLCMTSLAEG
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE2 SWEDFQASVEGRGDGAREGFLLSKAPEFEDSEEVRRIWNRAIPLWELPDQEEVQLADTMF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 SWEDFQASVEGRGDGAREGFLLSKAPEFEDSEEVRRIWNRAIPLWELPDQEEVQLADTMF
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE2 GLTKVTDDTLKRFSVRYLRPARSLVFPWFSPGGSGLRGLKLLEAKCQGDGVSYEETTIPR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 GLTKVTDDTLKRFSVRYLRPARSLVFPWFSPGGSGLRGLKLLEAKCQGDGVSYEETTIPR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE2 PSAYHNLFGLPLISRRDAEVVLTSRELDSLALNQSTGLPTLTLPRGTTCLPPALLPYLEQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 PSAYHNLFGLPLISRRDAEVVLTSRELDSLALNQSTGLPTLTLPRGTTCLPPALLPYLEQ
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE2 FRRIVFWLGDDLRSWEAAKLFARKLNPKRCFLVRPGDQQPRPLEALNGGFNLSRILRTAL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 FRRIVFWLGDDLRSWEAAKLFARKLNPKRCFLVRPGDQQPRPLEALNGGFNLSRILRTAL
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE2 PAWHKSIVSFRQLREEVLGELSNVEQAAGLRWSRFPDLNRILKGHRKGELTVFTGPTGSG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 PAWHKSIVSFRQLREEVLGELSNVEQAAGLRWSRFPDLNRILKGHRKGELTVFTGPTGSG
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KE2 KTTFISEYALDLCSQGVNTLWGSFEISNVRLARVMLTQFAEGRLEDQLDKYDHWADRFED
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 KTTFISEYALDLCSQGVNTLWGSFEISNVRLARVMLTQFAEGRLEDQLDKYDHWADRFED
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KE2 LPLYFMTFHGQQSIRTVIDTMQHAVYVYDICHVIIDNLQFMMGHEQLSTDRIAAQDYIIG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 LPLYFMTFHGQQSIRTVIDTMQHAVYVYDICHVIIDNLQFMMGHEQLSTDRIAAQDYIIG
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KE2 VFRKFATDNNCHVTLVIHPRKEDDDKELQTASIFGSAKASQEADNVLILQDRKLVTGPGK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 VFRKFATDNNCHVTLVIHPRKEDDDKELQTASIFGSAKASQEADNVLILQDRKLVTGPGK
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KE2 RYLQVSKNRFDGDVGVFPLEFNKNSLTFSIPPKNKARLKKIKDDTGPVAKKPSSGKKGAT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 RYLQVSKNRFDGDVGVFPLEFNKNSLTFSIPPKNKARLKKIKDDTGPVAKKPSSGKKGAT
              610       620       630       640       650       660

              670       680    
pF1KE2 TQNSEICSGQAPTPDQPDTSKRSK
       ::::::::::::::::::::::::
CCDS75 TQNSEICSGQAPTPDQPDTSKRSK
              670       680    

>>CCDS53570.1 TWNK gene_id:56652|Hs108|chr10              (582 aa)
 initn: 3925 init1: 3925 opt: 3925  Z-score: 4586.1  bits: 858.8 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 3925; 99.8% identity (100.0% similar) in 580 aa overlap (1-580:1-580)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE2 MWVLLRSGYPLRILLPLRGEWMGRRGLPRNLAPGPPRRRYRKETLQALDMPVLPVTATEI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 MWVLLRSGYPLRILLPLRGEWMGRRGLPRNLAPGPPRRRYRKETLQALDMPVLPVTATEI
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE2 RQYLRGHGIPFQDGHSCLRALSPFAESSQLKGQTGVTTSFSLFIDKTTGHFLCMTSLAEG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 RQYLRGHGIPFQDGHSCLRALSPFAESSQLKGQTGVTTSFSLFIDKTTGHFLCMTSLAEG
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE2 SWEDFQASVEGRGDGAREGFLLSKAPEFEDSEEVRRIWNRAIPLWELPDQEEVQLADTMF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 SWEDFQASVEGRGDGAREGFLLSKAPEFEDSEEVRRIWNRAIPLWELPDQEEVQLADTMF
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE2 GLTKVTDDTLKRFSVRYLRPARSLVFPWFSPGGSGLRGLKLLEAKCQGDGVSYEETTIPR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 GLTKVTDDTLKRFSVRYLRPARSLVFPWFSPGGSGLRGLKLLEAKCQGDGVSYEETTIPR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE2 PSAYHNLFGLPLISRRDAEVVLTSRELDSLALNQSTGLPTLTLPRGTTCLPPALLPYLEQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 PSAYHNLFGLPLISRRDAEVVLTSRELDSLALNQSTGLPTLTLPRGTTCLPPALLPYLEQ
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE2 FRRIVFWLGDDLRSWEAAKLFARKLNPKRCFLVRPGDQQPRPLEALNGGFNLSRILRTAL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 FRRIVFWLGDDLRSWEAAKLFARKLNPKRCFLVRPGDQQPRPLEALNGGFNLSRILRTAL
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE2 PAWHKSIVSFRQLREEVLGELSNVEQAAGLRWSRFPDLNRILKGHRKGELTVFTGPTGSG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 PAWHKSIVSFRQLREEVLGELSNVEQAAGLRWSRFPDLNRILKGHRKGELTVFTGPTGSG
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KE2 KTTFISEYALDLCSQGVNTLWGSFEISNVRLARVMLTQFAEGRLEDQLDKYDHWADRFED
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 KTTFISEYALDLCSQGVNTLWGSFEISNVRLARVMLTQFAEGRLEDQLDKYDHWADRFED
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KE2 LPLYFMTFHGQQSIRTVIDTMQHAVYVYDICHVIIDNLQFMMGHEQLSTDRIAAQDYIIG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 LPLYFMTFHGQQSIRTVIDTMQHAVYVYDICHVIIDNLQFMMGHEQLSTDRIAAQDYIIG
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KE2 VFRKFATDNNCHVTLVIHPRKEDDDKELQTASIFGSAKASQEADNVLILQDRKLVTGPGK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:                    
CCDS53 VFRKFATDNNCHVTLVIHPRKEDDDKELQTASIFGSAKVSGL                  
              550       560       570       580                    

              610       620       630       640       650       660
pF1KE2 RYLQVSKNRFDGDVGVFPLEFNKNSLTFSIPPKNKARLKKIKDDTGPVAKKPSSGKKGAT




684 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]