Result of FASTA (ccds) for
pF1KE2443
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2443, 321 aa
1>>>pF1KE2443 321 - 321 aa - 321 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1979+/-0.000878; mu= 12.9085+/- 0.053
mean_var=110.8427+/-22.617, 0's: 0 Z-trim(110.0): 22 B-trim: 51 in 1/50
Lambda= 0.121821
statistics sampled from 11234 (11256) to 11234 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.694), E-opt: 0.2 (0.346), width: 16
Scan time: 2.070
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS10040.1 GJD2 gene_id:57369|Hs108|chr15 ( 321) 2145 387.4 7.8e-108
CCDS58547.1 GJD3 gene_id:125111|Hs108|chr17 ( 294) 433 86.5 2.7e-17
CCDS30834.1 GJA8 gene_id:2703|Hs108|chr1 ( 433) 433 86.7 3.7e-17
CCDS30669.1 GJA4 gene_id:2701|Hs108|chr1 ( 333) 428 85.7 5.6e-17
CCDS9289.1 GJA3 gene_id:2700|Hs108|chr13 ( 435) 422 84.7 1.4e-16
CCDS1569.1 GJC2 gene_id:57165|Hs108|chr1 ( 439) 417 83.9 2.6e-16
CCDS11487.1 GJC1 gene_id:10052|Hs108|chr17 ( 396) 416 83.6 2.7e-16
CCDS929.1 GJA5 gene_id:2702|Hs108|chr1 ( 358) 403 81.3 1.2e-15
CCDS5025.1 GJA10 gene_id:84694|Hs108|chr6 ( 543) 399 80.8 2.7e-15
CCDS432.1 GJA9 gene_id:81025|Hs108|chr1 ( 515) 391 79.3 7e-15
CCDS14408.1 GJB1 gene_id:2705|Hs108|chrX ( 283) 377 76.7 2.5e-14
CCDS9290.1 GJB2 gene_id:2706|Hs108|chr13 ( 226) 358 73.3 2.1e-13
CCDS5123.1 GJA1 gene_id:2697|Hs108|chr6 ( 382) 358 73.4 3.1e-13
CCDS383.1 GJB4 gene_id:127534|Hs108|chr1 ( 266) 355 72.8 3.4e-13
CCDS9291.1 GJB6 gene_id:10804|Hs108|chr13 ( 261) 348 71.6 7.9e-13
CCDS384.1 GJB3 gene_id:2707|Hs108|chr1 ( 270) 338 69.8 2.7e-12
CCDS382.1 GJB5 gene_id:2709|Hs108|chr1 ( 273) 331 68.6 6.5e-12
CCDS5008.1 GJB7 gene_id:375519|Hs108|chr6 ( 223) 320 66.6 2.1e-11
>>CCDS10040.1 GJD2 gene_id:57369|Hs108|chr15 (321 aa)
initn: 2145 init1: 2145 opt: 2145 Z-score: 2049.4 bits: 387.4 E(32554): 7.8e-108
Smith-Waterman score: 2145; 100.0% identity (100.0% similar) in 321 aa overlap (1-321:1-321)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGEWTILERLLEAAVQQHSTMIGRILLTVVVIFRILIVAIVGETVYDDEQTMFVCNTLQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MGEWTILERLLEAAVQQHSTMIGRILLTVVVIFRILIVAIVGETVYDDEQTMFVCNTLQP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 GCNQACYDRAFPISHIRYWVFQIIMVCTPSLCFITYSVHQSAKQRERRYSTVFLALDRDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 GCNQACYDRAFPISHIRYWVFQIIMVCTPSLCFITYSVHQSAKQRERRYSTVFLALDRDP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 PESIGGPGGTGGGGSGGGKREDKKLQNAIVNGVLQNTENTSKETEPDCLEVKELTPHPSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PESIGGPGGTGGGGSGGGKREDKKLQNAIVNGVLQNTENTSKETEPDCLEVKELTPHPSG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 LRTASKSKLRRQEGISRFYIIQVVFRNALEIGFLVGQYFLYGFSVPGLYECNRYPCIKEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LRTASKSKLRRQEGISRFYIIQVVFRNALEIGFLVGQYFLYGFSVPGLYECNRYPCIKEV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 ECYVSRPTEKTVFLVFMFAVSGICVVLNLAELNHLGWRKIKLAVRGAQAKRKSIYEIRNK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 ECYVSRPTEKTVFLVFMFAVSGICVVLNLAELNHLGWRKIKLAVRGAQAKRKSIYEIRNK
250 260 270 280 290 300
310 320
pF1KE2 DLPRVSVPNFGRTQSSDSAYV
:::::::::::::::::::::
CCDS10 DLPRVSVPNFGRTQSSDSAYV
310 320
>>CCDS58547.1 GJD3 gene_id:125111|Hs108|chr17 (294 aa)
initn: 692 init1: 396 opt: 433 Z-score: 423.8 bits: 86.5 E(32554): 2.7e-17
Smith-Waterman score: 592; 37.8% identity (60.5% similar) in 304 aa overlap (1-303:1-239)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGEWTILERLLEAAVQQHSTMIGRILLTVVVIFRILIVAIVGETVYDDEQTMFVCNTLQP
::::..: ::.: :: .: ..::. :.:..:::::..: :: .:..::: ::::::::
CCDS58 MGEWAFLGSLLDA-VQLQSPLVGRLWLVVMLIFRILVLATVGGAVFEDEQEEFVCNTLQP
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 GCNQACYDRAFPISHIRYWVFQIIMVCTPSLCFITYSVHQSAKQRERRYSTVFLALDRDP
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CCDS58 GCRQTCYDRAFPVSHYRFWLFHILLLSAPPVLFVVYSMHRAGKE----------------
60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 PESIGGPGGTGGGGSGGGKREDKKLQNAIVNGVLQNTENTSKETEPDCLEVKELTPHPSG
.::. . : : :. : .: : .
CCDS58 -----------AGGA------EAAAQCA--PGL----------PEAQCA--------PCA
110 120
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 LRTASKSKLRRQEGISRFYIIQVVFRNALEIGFLVGQYFLYGFSVPGLYECNRYPCIKEV
::. :: . : :...:..: :. :: :: .:::: : . : :: . :
CCDS58 LRA------RRAR---RCYLLSVALRLLAELTFLGGQALLYGFRVAPHFACAGPPCPHTV
130 140 150 160 170
250 260 270 280 290
pF1KE2 ECYVSRPTEKTVFLVFMFAVSGICVVLNLAELNHLGWR-KIKLAVRGAQAKRKSIYEIRN
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CCDS58 DCFVSRPTEKTVFVLFYFAVGLLSALLSVAELGHLLWKGRPRAGERDNRCNR--AHEEAQ
180 190 200 210 220 230
300 310 320
pF1KE2 KDLPRVSVPNFGRTQSSDSAYV
: ::
CCDS58 KLLPPPPPPPPPPALPSRRPGPEPCAPPAYAHPAPASLRECGSGRGKASPATGRRDLAI
240 250 260 270 280 290
>>CCDS30834.1 GJA8 gene_id:2703|Hs108|chr1 (433 aa)
initn: 712 init1: 381 opt: 433 Z-score: 421.6 bits: 86.7 E(32554): 3.7e-17
Smith-Waterman score: 725; 40.6% identity (67.3% similar) in 315 aa overlap (1-314:1-264)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGEWTILERLLEAAVQQHSTMIGRILLTVVVIFRILIVAIVGETVYDDEQTMFVCNTLQP
::.:..: .:: :..:::.:::. :::. ::::::.. ..: :. :::. ::::: ::
CCDS30 MGDWSFLGNILEE-VNEHSTVIGRVWLTVLFIFRILILGTAAEFVWGDEQSDFVCNTQQP
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 GCNQACYDRAFPISHIRYWVFQIIMVCTPSLCFITYSVHQSAKQRERRYSTVFLALDRDP
::...:::.:::::::: ::.:::.: :::: .. ..:: ....:.: : :.
CCDS30 GCENVCYDEAFPISHIRLWVLQIIFVSTPSLMYVGHAVHY-VRMEEKRKS-------REA
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 PESIGGPGGTGGGGSGGGKREDKKLQNAIVNGVLQNTENTSKETEPDCLEVKELTPHPSG
: .: .::.:: :: ::. ::
CCDS30 -EELGQQAGTNGG--------------------------------PDQGSVKK----SSG
120 130
190 200 210 220 230
pF1KE2 LRTASKSKLRRQEG-ISRFYIIQVVFRNALEIGFLVGQYFLYGFSVPGLYECNRYPCIKE
. ..: .: :: . : :: ...:.. .:.::.::.:::::: . ::.:.:.:: .
CCDS30 SKGTKKFRL---EGTLLRTYICHIIFKTLFEVGFIVGHYFLYGFRILPLYRCSRWPCPNV
140 150 160 170 180 190
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 VECYVSRPTEKTVFLVFMFAVSGICVVLNLAELNHLGWRKIKLAVRGAQAKRKSIYEIRN
:.:.::::::::.:..::..:... . ::. ::.::: . :. :.. . .. . :: .
CCDS30 VDCFVSRPTEKTIFILFMLSVASVSLFLNVMELGHLGLKGIRSALK--RPVEQPLGEIPE
200 210 220 230 240
300 310 320
pF1KE2 KDLPRVSVPNFGRTQSSDSAYV
:.: ..: .. ...
CCDS30 KSLHSIAVSSIQKAKGYQLLEEEKIVSHYFPLTEVGMVETSPLPAKPFNQFEEKISTGPL
250 260 270 280 290 300
>>CCDS30669.1 GJA4 gene_id:2701|Hs108|chr1 (333 aa)
initn: 694 init1: 381 opt: 428 Z-score: 418.4 bits: 85.7 E(32554): 5.6e-17
Smith-Waterman score: 624; 38.3% identity (65.5% similar) in 290 aa overlap (1-290:1-246)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGEWTILERLLEAAVQQHSTMIGRILLTVVVIFRILIVAIVGETVYDDEQTMFVCNTLQP
::.: .::.::. ::.:::..:.: :::. ::::::....::.:. :::. : ::: ::
CCDS30 MGDWGFLEKLLDQ-VQEHSTVVGKIWLTVLFIFRILILGLAGESVWGDEQSDFECNTAQP
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 GCNQACYDRAFPISHIRYWVFQIIMVCTPSLCFITYSVHQSAKQRERRYSTVFLALDRDP
::...:::.:::::::::::.:...: ::.: .. . .. : .::.: : .
CCDS30 GCTNVCYDQAFPISHIRYWVLQFLFVSTPTLVYLGHVIYLS--RREER-------LRQKE
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 PESIGGPGGTGGGGSGGGKREDKKLQNAIVNGVLQNTENTSKETEPDCLEVKELTPHPSG
: . :. .: ... :.. : ..
CCDS30 GELRALPA------------KDPQVERALAAVERQMAK----------------------
120 130
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 LRTASKSKLRRQEGISRFYIIQVVFRNALEIGFLVGQYFLYGFSVPGLYECNRYPCIKEV
. .: ..:: . .. :. .:. ...:: ::: ::. :::... .. :.: :: :
CCDS30 ISVAEDGRLRIRGALMGTYVASVLCKSVLEAGFLYGQWRLYGWTMEPVFVCQRAPCPYLV
140 150 160 170 180 190
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 ECYVSRPTEKTVFLVFMFAVSGICVVLNLAELNHLGWRKIKLAVRGAQAKRKSIYEIRNK
.:.::::::::.:..::..:. : .:::: :: :: : .. ..:. :..
CCDS30 DCFVSRPTEKTIFIIFMLVVGLISLVLNLLELVHLLCRCLSRGMRARQGQDAPPTQGTSS
200 210 220 230 240 250
310 320
pF1KE2 DLPRVSVPNFGRTQSSDSAYV
CCDS30 DPYTDQVFFYLPVGQGPSSPPCPTYNGLSSSEQNWANLTTEERLASSRPPLFLDPPPQNG
260 270 280 290 300 310
>>CCDS9289.1 GJA3 gene_id:2700|Hs108|chr13 (435 aa)
initn: 679 init1: 371 opt: 422 Z-score: 411.1 bits: 84.7 E(32554): 1.4e-16
Smith-Waterman score: 712; 38.3% identity (65.3% similar) in 311 aa overlap (1-308:1-261)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGEWTILERLLEAAVQQHSTMIGRILLTVVVIFRILIVAIVGETVYDDEQTMFVCNTLQP
::.:..: :::: : :.:::.::.. :::. :::::... ..: :. :::. :.::: ::
CCDS92 MGDWSFLGRLLENA-QEHSTVIGKVWLTVLFIFRILVLGAAAEDVWGDEQSDFTCNTQQP
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 GCNQACYDRAFPISHIRYWVFQIIMVCTPSLCFITYSVHQSAKQRERRYSTVFLALDRDP
::...::::::::::::.:..:::.: ::.: .. . .: ....:.. .:.
CCDS92 GCENVCYDRAFPISHIRFWALQIIFVSTPTLIYLGHVLHI-VRMEEKKK-------EREE
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 PESIGGPGGTGGGGSGGGKREDKKLQNAIVNGVLQNTENTSKETEPDCLEVKELTPHPSG
:.. :::. . :: : .::.
CCDS92 EEQL--------------KRESP----------------SPKEPPQD---------NPSS
120 130
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 LRTASKSKLRRQEGISRFYIIQVVFRNALEIGFLVGQYFLYGFSVPGLYECNRYPCIKEV
.....: .. : :.....:.. .:.::..:::::::: . ::.:.:.:: . :
CCDS92 --RDDRGRVRMAGALLRTYVFNIIFKTLFEVGFIAGQYFLYGFELKPLYRCDRWPCPNTV
140 150 160 170 180 190
250 260 270 280 290
pF1KE2 ECYVSRPTEKTVFLVFMFAVSGICVVLNLAELNHLGWRKIKLAVR---GAQAKRKSIYEI
.:..:::::::.:..::.::. ..::. :. ::::.:.: .: : .:.. .
CCDS92 DCFISRPTEKTIFIIFMLAVACASLLLNMLEIYHLGWKKLKQGVTSRLGPDASEAPLGTA
200 210 220 230 240 250
300 310 320
pF1KE2 RNKDLPRVSVPNFGRTQSSDSAYV
:: : :
CCDS92 DPPPLPPSSRPPAVAIGFPPYYAHTAAPLGQARAVGYPGAPPPAADFKLLALTEARGKGQ
260 270 280 290 300 310
>>CCDS1569.1 GJC2 gene_id:57165|Hs108|chr1 (439 aa)
initn: 753 init1: 379 opt: 417 Z-score: 406.3 bits: 83.9 E(32554): 2.6e-16
Smith-Waterman score: 772; 41.5% identity (69.8% similar) in 301 aa overlap (4-286:6-300)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MGEWTILERLLEAAVQQHSTMIGRILLTVVVIFRILIVAIVGETVYDDEQTMFVCNTL
:..: :::: ...:::..:.. :::.:.:::...:. ::..:.:::. :.:::
CCDS15 MTNMSWSFLTRLLEE-IHNHSTFVGKVWLTVLVVFRIVLTAVGGEAIYSDEQAKFTCNTR
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 QPGCNQACYDRAFPISHIRYWVFQIIMVCTPSLCFITYSVHQSAK--QRERRYSTVFLAL
::::...::: :.::.:.:::::... :::. .. :.::. :. ..::: .
CCDS15 QPGCDNVCYDAFAPLSHVRFWVFQIVVISTPSVMYLGYAVHRLARASEQERRRALRRRPG
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160
pF1KE2 DRD------PPESIGGPGGTGGGGS----GGGKREDKKLQNAIVNGVLQNTENTSKETEP
: :: : : . : : :..:... .: ..:. ...:... :
CCDS15 PRRAPRAHLPPPHAGWPEPADLGEEEPMLGLGEEEEEEETGA-AEGAGEEAEEAGAEEA-
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE2 DCLEV------KELTPHPSGLRTASKSKLRRQEGISRFYIIQVVFRNALEIGFLVGQYFL
: .. :: :.: . . . ...: ::. : :. :.: : :.:..::::::.:
CCDS15 -CTKAVGADGKAAGTPGPTGQHDG-RRRIQR-EGLMRVYVAQLVARAAFEVAFLVGQYLL
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE2 YGFSVPGLYECNRYPCIKEVECYVSRPTEKTVFLVFMFAVSGICVVLNLAELNHLGWRKI
::: : .. :.: :: . :.:.:::::::::::. :..:: .:..::: :. ::: .
CCDS15 YGFEVRPFFPCSRQPCPHVVDCFVSRPTEKTVFLLVMYVVSCLCLLLNLCEMAHLGLGSA
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320
pF1KE2 KLAVRGAQAKRKSIYEIRNKDLPRVSVPNFGRTQSSDSAYV
. ::::
CCDS15 QDAVRGRRGPPASAPAPAPRPPPCAFPAAAAGLACPPDYSLVVRAAERARAHDQNLANLA
300 310 320 330 340 350
>>CCDS11487.1 GJC1 gene_id:10052|Hs108|chr17 (396 aa)
initn: 680 init1: 385 opt: 416 Z-score: 405.9 bits: 83.6 E(32554): 2.7e-16
Smith-Waterman score: 737; 36.7% identity (70.3% similar) in 300 aa overlap (4-303:3-278)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGEWTILERLLEAAVQQHSTMIGRILLTVVVIFRILIVAIVGETVYDDEQTMFVCNTLQP
:..: :::: ...:::..:.: :::...:::...:. ::..: :::. ::::: ::
CCDS11 MSWSFLTRLLEE-IHNHSTFVGKIWLTVLIVFRIVLTAVGGESIYYDEQSKFVCNTEQP
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 GCNQACYDRAFPISHIRYWVFQIIMVCTPSLCFITYSVHQSAKQRERRYSTVFLALDRDP
::...::: :.::.:.::::::.: :::. .. :..:. ::... . . :.
CCDS11 GCENVCYDAFAPLSHVRFWVFQIILVATPSVMYLGYAIHKIAKMEHGEADK---KAARSK
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 PESIGGPGGTGGGGSGGGKREDKKLQNAIVNGVLQNTENTSKETEPDCLEVKELTPHPSG
: .. . . ..:: . . :.. ........: :. .:
CCDS11 PYAMRWKQHRALEETEEDNEEDPMMYPEME---LESDKENKEQSQPK--------PKHDG
120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 LRTASKSKLRRQEGISRFYIIQVVFRNALEIGFLVGQYFLYGFSVPGLYECNRYPCIKEV
: :..:. ..:..:.. :...:.:::.::::::::.: .: :.: :: ...
CCDS11 RRRI------REDGLMKIYVLQLLARTVFEVGFLIGQYFLYGFQVHPFYVCSRLPCPHKI
170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 ECYVSRPTEKTVFLVFMFAVSGICVVLNLAELNHLGWRKIKLAVRGAQAKRKSIYEIRNK
.:..:::::::.::..:..:.:.:..::. :. :::. :. .. ..::. . .
CCDS11 DCFISRPTEKTIFLLIMYGVTGLCLLLNIWEMLHLGFGTIRDSL---NSKRRELEDPGAY
220 230 240 250 260 270
310 320
pF1KE2 DLPRVSVPNFGRTQSSDSAYV
. :
CCDS11 NYPFTWNTPSAPPGYNIAVKPDQIQYTELSNAKIAYKQNKANTAQEQQYGSHEENLPADL
280 290 300 310 320 330
>>CCDS929.1 GJA5 gene_id:2702|Hs108|chr1 (358 aa)
initn: 643 init1: 350 opt: 403 Z-score: 394.2 bits: 81.3 E(32554): 1.2e-15
Smith-Waterman score: 657; 38.1% identity (66.5% similar) in 281 aa overlap (1-281:1-235)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGEWTILERLLEAAVQQHSTMIGRILLTVVVIFRILIVAIVGETVYDDEQTMFVCNTLQP
::.:..: .:: :..:::..:.. :::. :::.:... ..:. . :::. : :.:.::
CCDS92 MGDWSFLGNFLEE-VHKHSTVVGKVWLTVLFIFRMLVLGTAAESSWGDEQADFRCDTIQP
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 GCNQACYDRAFPISHIRYWVFQIIMVCTPSLCFITYSVHQSAKQRERRYSTVFLALDRDP
::...:::.:::::::::::.:::.: :::: .. ...: :..:.
CCDS92 GCQNVCYDQAFPISHIRYWVLQIIFVSTPSLVYMGHAMHTVRMQEKRKL-----------
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..... : . :. ....:...:.::.:::::.::. . :. : : :: . :
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]