Result of FASTA (omim) for
pF1KE2429
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2429, 658 aa
1>>>pF1KE2429 658 - 658 aa - 658 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9202+/-0.000385; mu= 17.5722+/- 0.024
mean_var=87.6870+/-17.401, 0's: 0 Z-trim(113.8): 54 B-trim: 0 in 0/53
Lambda= 0.136964
statistics sampled from 23331 (23385) to 23331 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.625), E-opt: 0.2 (0.274), width: 16
Scan time: 7.790
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_000089 (OMIM: 255110,600649,600650,608836,61421 ( 658) 4405 880.8 0
NP_001317518 (OMIM: 255110,600649,600650,608836,61 ( 635) 3519 705.7 1.3e-202
NP_001333478 (OMIM: 600184) carnitine O-acetyltran ( 586) 744 157.3 1.4e-37
NP_003994 (OMIM: 600184) carnitine O-acetyltransfe ( 605) 744 157.3 1.5e-37
NP_001244292 (OMIM: 600184) carnitine O-acetyltran ( 605) 744 157.3 1.5e-37
NP_000746 (OMIM: 600184) carnitine O-acetyltransfe ( 626) 744 157.4 1.5e-37
NP_001333475 (OMIM: 600184) carnitine O-acetyltran ( 627) 744 157.4 1.5e-37
XP_005251765 (OMIM: 600184) PREDICTED: carnitine O ( 605) 743 157.2 1.7e-37
XP_016869763 (OMIM: 600184) PREDICTED: carnitine O ( 627) 743 157.2 1.7e-37
XP_016869764 (OMIM: 600184) PREDICTED: carnitine O ( 627) 743 157.2 1.7e-37
NP_066265 (OMIM: 118490,254210) choline O-acetyltr ( 630) 641 137.0 2e-31
NP_001136401 (OMIM: 118490,254210) choline O-acety ( 630) 641 137.0 2e-31
NP_066264 (OMIM: 118490,254210) choline O-acetyltr ( 630) 641 137.0 2e-31
NP_066266 (OMIM: 118490,254210) choline O-acetyltr ( 630) 641 137.0 2e-31
NP_001136406 (OMIM: 118490,254210) choline O-acety ( 630) 641 137.0 2e-31
NP_001136405 (OMIM: 118490,254210) choline O-acety ( 666) 641 137.0 2.1e-31
NP_065574 (OMIM: 118490,254210) choline O-acetyltr ( 748) 641 137.1 2.3e-31
NP_001333477 (OMIM: 600184) carnitine O-acetyltran ( 581) 609 130.7 1.5e-29
NP_001333476 (OMIM: 600184) carnitine O-acetyltran ( 602) 609 130.7 1.6e-29
NP_001137407 (OMIM: 606090) peroxisomal carnitine ( 640) 609 130.7 1.6e-29
XP_016867859 (OMIM: 606090) PREDICTED: peroxisomal ( 335) 463 101.7 4.7e-21
NP_001138606 (OMIM: 601987) carnitine O-palmitoylt ( 738) 458 100.9 1.8e-20
NP_689451 (OMIM: 601987) carnitine O-palmitoyltran ( 772) 458 100.9 1.8e-20
NP_001138609 (OMIM: 601987) carnitine O-palmitoylt ( 772) 458 100.9 1.8e-20
NP_689452 (OMIM: 601987) carnitine O-palmitoyltran ( 772) 458 100.9 1.8e-20
NP_001138607 (OMIM: 601987) carnitine O-palmitoylt ( 772) 458 100.9 1.8e-20
NP_004368 (OMIM: 601987) carnitine O-palmitoyltran ( 772) 458 100.9 1.8e-20
NP_001129524 (OMIM: 608846,616282) carnitine O-pal ( 792) 428 95.0 1.1e-18
XP_006723072 (OMIM: 608846,616282) PREDICTED: carn ( 674) 424 94.1 1.7e-18
XP_016881760 (OMIM: 608846,616282) PREDICTED: carn ( 630) 423 93.9 1.9e-18
XP_016881759 (OMIM: 608846,616282) PREDICTED: carn ( 641) 423 93.9 1.9e-18
XP_016881758 (OMIM: 608846,616282) PREDICTED: carn ( 641) 423 93.9 1.9e-18
XP_016881757 (OMIM: 608846,616282) PREDICTED: carn ( 641) 423 93.9 1.9e-18
XP_016881756 (OMIM: 608846,616282) PREDICTED: carn ( 641) 423 93.9 1.9e-18
NP_689572 (OMIM: 608846,616282) carnitine O-palmit ( 803) 423 94.0 2.3e-18
XP_005258562 (OMIM: 608846,616282) PREDICTED: carn ( 803) 423 94.0 2.3e-18
XP_011524741 (OMIM: 608846,616282) PREDICTED: carn ( 803) 423 94.0 2.3e-18
XP_011524740 (OMIM: 608846,616282) PREDICTED: carn ( 803) 423 94.0 2.3e-18
NP_001186682 (OMIM: 608846,616282) carnitine O-pal ( 803) 423 94.0 2.3e-18
NP_001186681 (OMIM: 608846,616282) carnitine O-pal ( 803) 423 94.0 2.3e-18
XP_005258563 (OMIM: 608846,616282) PREDICTED: carn ( 803) 423 94.0 2.3e-18
XP_016881755 (OMIM: 608846,616282) PREDICTED: carn ( 747) 394 88.2 1.1e-16
XP_016881754 (OMIM: 608846,616282) PREDICTED: carn ( 758) 389 87.3 2.3e-16
XP_011524742 (OMIM: 608846,616282) PREDICTED: carn ( 758) 389 87.3 2.3e-16
XP_016881761 (OMIM: 608846,616282) PREDICTED: carn ( 596) 387 86.8 2.5e-16
XP_016881762 (OMIM: 608846,616282) PREDICTED: carn ( 596) 387 86.8 2.5e-16
XP_011514639 (OMIM: 606090) PREDICTED: peroxisomal ( 584) 249 59.5 3.9e-08
NP_066974 (OMIM: 606090) peroxisomal carnitine O-o ( 612) 249 59.5 4.1e-08
NP_001230674 (OMIM: 606090) peroxisomal carnitine ( 87) 222 53.7 3.4e-07
NP_001027017 (OMIM: 255120,600528) carnitine O-pal ( 756) 197 49.3 6e-05
>>NP_000089 (OMIM: 255110,600649,600650,608836,614212) c (658 aa)
initn: 4405 init1: 4405 opt: 4405 Z-score: 4704.4 bits: 880.8 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4405; 100.0% identity (100.0% similar) in 658 aa overlap (1-658:1-658)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MVPRLLLRAWPRGPAVGPGAPSRPLSAGSGPGQYLQRSIVPTMHYQDSLPRLPIPKLEDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MVPRLLLRAWPRGPAVGPGAPSRPLSAGSGPGQYLQRSIVPTMHYQDSLPRLPIPKLEDT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 IRRYLSAQKPLLNDGQFRKTEQFCKSFENGIGKELHEQLVALDKQNKHTSYISGPWFDMY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 IRRYLSAQKPLLNDGQFRKTEQFCKSFENGIGKELHEQLVALDKQNKHTSYISGPWFDMY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 LSARDSVVLNFNPFMAFNPDPKSEYNDQLTRATNMTVSAIRFLKTLRAGLLEPEVFHLNP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 LSARDSVVLNFNPFMAFNPDPKSEYNDQLTRATNMTVSAIRFLKTLRAGLLEPEVFHLNP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 AKSDTITFKRLIRFVPSSLSWYGAYLVNAYPLDMSQYFRLFNSTRLPKPSRDELFTDDKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 AKSDTITFKRLIRFVPSSLSWYGAYLVNAYPLDMSQYFRLFNSTRLPKPSRDELFTDDKA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 RHLLVLRKGNFYIFDVLDQDGNIVSPSEIQAHLKYILSDSSPAPEFPLAYLTSENRDIWA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 RHLLVLRKGNFYIFDVLDQDGNIVSPSEIQAHLKYILSDSSPAPEFPLAYLTSENRDIWA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 ELRQKLMSSGNEESLRKVDSAVFCLCLDDFPIKDLVHLSHNMLHGDGTNRWFDKSFNLII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 ELRQKLMSSGNEESLRKVDSAVFCLCLDDFPIKDLVHLSHNMLHGDGTNRWFDKSFNLII
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 AKDGSTAVHFEHSWGDGVAVLRFFNEVFKDSTQTPAVTPQSQPATTDSTVTVQKLNFELT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 AKDGSTAVHFEHSWGDGVAVLRFFNEVFKDSTQTPAVTPQSQPATTDSTVTVQKLNFELT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 DALKTGITAAKEKFDATMKTLTIDCVQFQRGGKEFLKKQKLSPDAVAQLAFQMAFLRQYG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 DALKTGITAAKEKFDATMKTLTIDCVQFQRGGKEFLKKQKLSPDAVAQLAFQMAFLRQYG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 QTVATYESCSTAAFKHGRTETIRPASVYTKRCSEAFVREPSRHSAGELQQMMVECSKYHG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 QTVATYESCSTAAFKHGRTETIRPASVYTKRCSEAFVREPSRHSAGELQQMMVECSKYHG
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 QLTKEAAMGQGFDRHLFALRHLAAAKGIILPELYLDPAYGQINHNVLSTSTLSSPAVNLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 QLTKEAAMGQGFDRHLFALRHLAAAKGIILPELYLDPAYGQINHNVLSTSTLSSPAVNLG
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650
pF1KE2 GFAPVVSDGFGVGYAVHDNWIGCNVSSYPGRNAREFLQCVEKALEDMFDALEGKSIKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 GFAPVVSDGFGVGYAVHDNWIGCNVSSYPGRNAREFLQCVEKALEDMFDALEGKSIKS
610 620 630 640 650
>>NP_001317518 (OMIM: 255110,600649,600650,608836,614212 (635 aa)
initn: 3519 init1: 3519 opt: 3519 Z-score: 3758.5 bits: 705.7 E(85289): 1.3e-202
Smith-Waterman score: 4195; 96.5% identity (96.5% similar) in 658 aa overlap (1-658:1-635)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MVPRLLLRAWPRGPAVGPGAPSRPLSAGSGPGQYLQRSIVPTMHYQDSLPRLPIPKLEDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MVPRLLLRAWPRGPAVGPGAPSRPLSAGSGPGQYLQRSIVPTMHYQDSLPRLPIPKLEDT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 IRRYLSAQKPLLNDGQFRKTEQFCKSFENGIGKELHEQLVALDKQNKHTSYISGPWFDMY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IRRYLSAQKPLLNDGQFRKTEQFCKSFENGIGKELHEQLVALDKQNKHTSYISGPWFDMY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 LSARDSVVLNFNPFMAFNPDPKSEYNDQLTRATNMTVSAIRFLKTLRAGLLEPEVFHLNP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LSARDSVVLNFNPFMAFNPDPKSEYNDQLTRATNMTVSAIRFLKTLRAGLLEPEVFHLNP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 AKSDTITFKRLIRFVPSSLSWYGAYLVNAYPLDMSQYFRLFNSTRLPKPSRDELFTDDKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AKSDTITFKRLIRFVPSSLSWYGAYLVNAYPLDMSQYFRLFNSTRLPKPSRDELFTDDKA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 RHLLVLRKGNFYIFDVLDQDGNIVSPSEIQAHLKYILSDSSPAPEFPLAYLTSENRDIWA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RHLLVLRKGNFYIFDVLDQDGNIVSPSEIQAHLKYILSDSSPAPEFPLAYLTSENRDIWA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 ELRQKLMSSGNEESLRKVDSAVFCLCLDDFPIKDLVHLSHNMLHGDGTNRWFDKSFNLII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ELRQKLMSSGNEESLRKVDSAVFCLCLDDFPIKDLVHLSHNMLHGDGTNRWFDKSFNLII
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 AKDGSTAVHFEHSWGDGVAVLRFFNEVFKDSTQTPAVTPQSQPATTDSTVTVQKLNFELT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AKDGSTAVHFEHSWGDGVAVLRFFNEVFKDSTQTPAVTPQSQPATTDSTVTVQKLNFELT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 DALKTGITAAKEKFDATMKTLTIDCVQFQRGGKEFLKKQKLSPDAVAQLAFQMAFLRQYG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DALKTGITAAKEKFDATMKTLTIDCVQFQRGGKEFLKKQKLSPDAVAQLAFQMAFLRQYG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 QTVATYESCSTAAFKHGRTETIRPASVYTKRCSEAFVREPSRHSAGELQQMMVECSKYHG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QTVATYESCSTAAFKHGRTETIRPASVYTKRCSEAFVREPSRHSAG--------------
490 500 510 520
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 QLTKEAAMGQGFDRHLFALRHLAAAKGIILPELYLDPAYGQINHNVLSTSTLSSPAVNLG
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ---------QGFDRHLFALRHLAAAKGIILPELYLDPAYGQINHNVLSTSTLSSPAVNLG
530 540 550 560 570
610 620 630 640 650
pF1KE2 GFAPVVSDGFGVGYAVHDNWIGCNVSSYPGRNAREFLQCVEKALEDMFDALEGKSIKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GFAPVVSDGFGVGYAVHDNWIGCNVSSYPGRNAREFLQCVEKALEDMFDALEGKSIKS
580 590 600 610 620 630
>>NP_001333478 (OMIM: 600184) carnitine O-acetyltransfer (586 aa)
initn: 719 init1: 270 opt: 744 Z-score: 795.6 bits: 157.3 E(85289): 1.4e-37
Smith-Waterman score: 827; 30.0% identity (57.9% similar) in 623 aa overlap (45-647:31-574)
20 30 40 50 60 70
pF1KE2 AVGPGAPSRPLSAGSGPGQYLQRSIVPTMHYQDSLPRLPIPKLEDTIRRYLSAQKPLLND
.::.:::::.: :.... .::.: .:.:
NP_001 MLAFAARTVVKPLGFLKPFSLMKASSRFKAHQDALPRLPVPPLQQSLDHYLKALQPIL--
10 20 30 40 50
80 90 100 110 120 130
pF1KE2 GQFRKTEQFCKSFENGIGKELHEQLVALDKQNKHTSYISGPWFDMYLSARDSVVLNFNPF
.: . :. ::. :. ::. .:
NP_001 -----SEWWLKT--------------------------------AYLQYRQPVVIYSSPG
60 70 80
140 150 160 170 180 190
pF1KE2 MAFNPDPKSEYNDQLTRATNMTVSAIRFLKTLRAGLLEPEVFHLNPAKSDTITFKRLIRF
. . ::... : . .:: : :.:. :: .:
NP_001 VML---PKQDFVD--------LQGQLRFAAKLIEGVLD---------------FKVMIDN
90 100 110
200 210 220 230 240 250
pF1KE2 VPSSLSWYGAYLVNAYPLDMSQYFRLFNSTRLPKPSRDEL--FTDDKA--RHLLVLRKGN
. . :. :: :.::.....: :.: :..: . :. : :. :... .
NP_001 ETLPVEYLGGK-----PLCMNQYYQILSSCRVPGPKQDTVSNFSKTKKPPTHITVVHNYQ
120 130 140 150 160 170
260 270 280 290 300 310
pF1KE2 FYIFDVLDQDGNIVSPSEIQAHLKYILSDSSPAPEFPLAYLTSENRDIWAELRQKLMSSG
:. .:: .::. .. ..: ..:. : ..: . . :.. :::..:. ::. . :...
NP_001 FFELDVYHSDGTPLTADQIFVQLEKIWNSSLQTNKEPVGILTSNHRNSWAKAYNTLIKDK
180 190 200 210 220 230
320 330 340 350
pF1KE2 -NEESLRKVDSAVFCLCLD-DFP-IKDLVHLSH---NMLHGDGT-----NRWFDKSFNLI
:..:.:......: .::: .: ... :. :: .:::: :. ::::::....:
NP_001 VNRDSVRSIQKSIFTVCLDATMPRVSEDVYRSHVAGQMLHGGGSRLNSGNRWFDKTLQFI
240 250 260 270 280 290
360 370 380 390 400 410
pF1KE2 IAKDGSTAVHFEHSWGDGVAVLRFFNEVFKDSTQTPAVTPQSQPATTDSTVTVQKLNFEL
.:.::: .. .::. ..: .. ... :.. . . : : .:: :..
NP_001 VAEDGSCGLVYEHAAAEGPPIVTLLDYVIEYTKKPELVRSPMVPLPMP-----KKLRFNI
300 310 320 330 340
420 430 440 450 460 470
pF1KE2 TDALKTGITAAKEKFDATMKTLTIDCVQFQRGGKEFLKKQKLSPDAVAQLAFQMAFLRQY
: .:. : ::.... .. : : . :.. ::.: :..:::::: :.:.:.:. : :
NP_001 TPEIKSDIEKAKQNLSIMIQDLDITVMVFHHFGKDFPKSEKLSPDAFIQMALQLAYYRIY
350 360 370 380 390 400
480 490 500 510 520 530
pF1KE2 GQTVATYESCSTAAFKHGRTETIRPASVYTKRCSEAFVREPSRHSAGELQQ--MMVECSK
::. ::::: : :. :::.::: ::. : .::. . :. : :. .. . .
NP_001 GQACATYESASLRMFHLGRTDTIRSASMD----SLTFVKAMDDSSVTEHQKVELLRKAVQ
410 420 430 440 450 460
540 550 560 570 580 590
pF1KE2 YHGQLTKEAAMGQGFDRHLFALRHLAAAKGIILPELYLDPAYGQINHNVLSTSTLSSPAV
: : .: :..:::::..:. : . .:....: .:. : :::: . . .
NP_001 AHRGYTDRAIRGEAFDRHLLGLKLQAIEDLVSMPDIFMDTSYAIAMHFHLSTSQVPAKTD
470 480 490 500 510 520
600 610 620 630 640 650
pF1KE2 NLGGFAPVVSDGFGVGYAVHDNWIGCNVSSYPG---RNAREFLQCVEKALEDMFDALEGK
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pF1KE2 LEGKSIKS
NP_001 LQSHPRAKL
600
>>NP_000746 (OMIM: 600184) carnitine O-acetyltransferase (626 aa)
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NP_000 LQSHPRAKL
620
>>NP_001333475 (OMIM: 600184) carnitine O-acetyltransfer (627 aa)
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NP_001 KAVQAHRGYTDRAIRGEAFDRHLLGLKLQAIEDLVSMPDIFMDTSYAIAMHFHLSTSQVP
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pF1KE2 SPAVNLGGFAPVVSDGFGVGYAVHDNWIGCNVSSYPG---RNAREFLQCVEKALEDMFDA
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NP_001 AKTDCVMFFGPVVPDGYGVCYNPMEAHINFSLSAYNSCAETNAARLAHYLEKALLDMRAL
560 570 580 590 600 610
pF1KE2 LEGKSIKS
NP_001 LQSHPRAKL
620
>>XP_005251765 (OMIM: 600184) PREDICTED: carnitine O-ace (605 aa)
initn: 734 init1: 270 opt: 743 Z-score: 794.3 bits: 157.2 E(85289): 1.7e-37
Smith-Waterman score: 938; 30.9% identity (62.2% similar) in 627 aa overlap (45-647:10-593)
20 30 40 50 60 70
pF1KE2 AVGPGAPSRPLSAGSGPGQYLQRSIVPTMHYQDSLPRLPIPKLEDTIRRYLSAQKPLLND
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XP_005 MKASSRFKAHQDALPRLPVPPLQQSLDHYLKALQPIVSE
10 20 30
80 90 100 110 120 130
pF1KE2 GQFRKTEQFCKSFE--NGIGKELHEQLVALDKQNKHT-SYISGPWFDM-YLSARDSVVLN
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XP_005 EEWAHTKQLVDEFQASGGVGERLQK---GLERRARKTENWLSEWWLKTAYLQYRQPVVIY
40 50 60 70 80 90
140 150 160 170 180 190
pF1KE2 FNPFMAFNPDPKSEYNDQLTRATNMTVSAIRFLKTLRAGLLEPEVFHLNPAKSDTITFKR
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XP_005 SSPGVML---PKQDFVD--------LQGQLRFAAKLIEGVLD---------------FKV
100 110 120 130
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pF1KE2 LIRFVPSSLSWYGAYLVNAYPLDMSQYFRLFNSTRLPKPSRDEL--FTDDKA--RHLLVL
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XP_005 HNYQFFELDVYHSDGTPLTADQIFVQLEKIWNSSLQTNKEPVGILTSNHRNSWAKAYNTL
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pF1KE2 MSSG-NEESLRKVDSAVFCLCLD-DFP-IKDLVHLSH---NMLHGDGT-----NRWFDKS
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]