FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2407, 1524 aa 1>>>pF1KE2407 1524 - 1524 aa - 1524 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.8065+/-0.000601; mu= -5.5355+/- 0.037 mean_var=464.3293+/-96.482, 0's: 0 Z-trim(118.7): 114 B-trim: 1730 in 2/54 Lambda= 0.059520 statistics sampled from 31856 (32013) to 31856 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.685), E-opt: 0.2 (0.375), width: 16 Scan time: 17.570 The best scores are: opt bits E(85289) NP_872589 (OMIM: 605680) bromodomain adjacent to z (1524) 10047 879.2 0 XP_016876431 (OMIM: 605680) PREDICTED: bromodomain (1047) 6854 604.8 1.2e-171 XP_011534676 (OMIM: 605680) PREDICTED: bromodomain (1463) 6791 599.6 6.2e-170 NP_038476 (OMIM: 605680) bromodomain adjacent to z (1556) 6791 599.6 6.5e-170 XP_011534678 (OMIM: 605680) PREDICTED: bromodomain (1079) 6733 594.4 1.6e-168 NP_115784 (OMIM: 605681) tyrosine-protein kinase B (1483) 399 50.7 0.00011 XP_016868262 (OMIM: 605681) PREDICTED: tyrosine-pr (1483) 399 50.7 0.00011 XP_016859426 (OMIM: 605683) PREDICTED: bromodomain (1317) 384 49.3 0.00024 XP_011509358 (OMIM: 605683) PREDICTED: bromodomain (1426) 384 49.4 0.00025 XP_016859425 (OMIM: 605683) PREDICTED: bromodomain (2015) 384 49.5 0.00032 XP_016859424 (OMIM: 605683) PREDICTED: bromodomain (2047) 384 49.5 0.00033 XP_016859423 (OMIM: 605683) PREDICTED: bromodomain (2079) 384 49.5 0.00033 XP_016859422 (OMIM: 605683) PREDICTED: bromodomain (2081) 384 49.5 0.00033 XP_011509354 (OMIM: 605683) PREDICTED: bromodomain (2110) 384 49.6 0.00033 XP_016859421 (OMIM: 605683) PREDICTED: bromodomain (2113) 384 49.6 0.00033 XP_016859420 (OMIM: 605683) PREDICTED: bromodomain (2140) 384 49.6 0.00034 XP_011509352 (OMIM: 605683) PREDICTED: bromodomain (2142) 384 49.6 0.00034 XP_016859419 (OMIM: 605683) PREDICTED: bromodomain (2142) 384 49.6 0.00034 XP_016859417 (OMIM: 605683) 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(2240) 384 49.6 0.00035 XP_011509340 (OMIM: 605683) PREDICTED: bromodomain (2240) 384 49.6 0.00035 XP_016859410 (OMIM: 605683) PREDICTED: bromodomain (2240) 384 49.6 0.00035 XP_005246546 (OMIM: 605683) PREDICTED: bromodomain (2242) 384 49.6 0.00035 XP_016859408 (OMIM: 605683) PREDICTED: bromodomain (2242) 384 49.6 0.00035 XP_016859409 (OMIM: 605683) PREDICTED: bromodomain (2242) 384 49.6 0.00035 XP_016859407 (OMIM: 605683) PREDICTED: bromodomain (2242) 384 49.6 0.00035 XP_006712524 (OMIM: 605683) PREDICTED: bromodomain (2242) 384 49.6 0.00035 XP_005246545 (OMIM: 605683) PREDICTED: bromodomain (2242) 384 49.6 0.00035 NP_001276904 (OMIM: 605683) bromodomain adjacent t (2132) 371 48.4 0.00073 XP_011509353 (OMIM: 605683) PREDICTED: bromodomain (2141) 371 48.4 0.00073 NP_001316787 (OMIM: 605683) bromodomain adjacent t (2143) 371 48.4 0.00073 NP_038478 (OMIM: 605683) bromodomain adjacent to z (2168) 371 48.4 0.00073 XP_011509344 (OMIM: 605683) PREDICTED: bromodomain (2207) 371 48.5 0.00074 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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_872 RYPSRSQQSTPKTTVSSKTGRSLRKINSAPPTETKSLRIASRSTRHSHGPLQADVFVELL 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 pF1KE2 SPRRKRRGRKSANNTPENSPNFPNFRVIATKSSEQSRSVNIASKLSLQESESKRRCRKRQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_872 SPRRKRRGRKSANNTPENSPNFPNFRVIATKSSEQSRSVNIASKLSLQESESKRRCRKRQ 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 pF1KE2 SPEPSPVTLGRRSSGRQGGVHELSAFEQLVVELVRHDDSWPFLKLVSKIQVPDYYDIIKK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_872 SPEPSPVTLGRRSSGRQGGVHELSAFEQLVVELVRHDDSWPFLKLVSKIQVPDYYDIIKK 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 pF1KE2 PIALNIIREKVNKCEYKLASEFIDDIELMFSNCFEYNPRNTSEAKAGTRLQAFFHIQAQK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_872 PIALNIIREKVNKCEYKLASEFIDDIELMFSNCFEYNPRNTSEAKAGTRLQAFFHIQAQK 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 pF1KE2 LGLHVTPSNVDQVSTPPAAKKSRI :::::::::::::::::::::::: NP_872 LGLHVTPSNVDQVSTPPAAKKSRI 1510 1520 >>XP_016876431 (OMIM: 605680) PREDICTED: bromodomain adj (1047 aa) initn: 6854 init1: 6854 opt: 6854 Z-score: 3202.9 bits: 604.8 E(85289): 1.2e-171 Smith-Waterman score: 6854; 100.0% identity (100.0% similar) in 1042 aa overlap (483-1524:6-1047) 460 470 480 490 500 510 pF1KE2 TLEVLEEALVGNDSEGPLCELLFFFLTAIFQAIAEEEEEVAKEQLTDADTKGCSLKSLDL :::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 MGVCRQAIAEEEEEVAKEQLTDADTKGCSLKSLDL 10 20 30 520 530 540 550 560 570 pF1KE2 DSCTLSEILRLHILASGADVTSANAKYRYQKRGGFDATDDACMELRLSNPSLVKKLSSTS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 DSCTLSEILRLHILASGADVTSANAKYRYQKRGGFDATDDACMELRLSNPSLVKKLSSTS 40 50 60 70 80 90 580 590 600 610 620 630 pF1KE2 VYDLTPGEKMKILHALCGKLLTLVSTRDFIEDYVDILRQAKQEFRELKAEQHRKEREEAA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 VYDLTPGEKMKILHALCGKLLTLVSTRDFIEDYVDILRQAKQEFRELKAEQHRKEREEAA 100 110 120 130 140 150 640 650 660 670 680 690 pF1KE2 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NP_115 RKPSKKSKTDNSSLSSPLNPKLWCHVHLKKSLSGSPLKVKNSKNSKSPEEHLEEMMKMMS 320 330 340 350 360 370 190 200 210 220 230 pF1KE2 IDPLLFKYKVQ----PTKKE-LHESAIVKATQISRRKHLFSRDKLKLFLKQHCEPQDGV- . : .... :.:: : . .:: .: : ... .: :. :. :. NP_115 PNKLHTNFHIPKKGPPAKKPGKHSDKPLKAK--GRSKGILNGQKSTGNSKS---PKKGLK 380 390 400 410 420 240 250 260 270 280 290 pF1KE2 ---IKIKASSLSTYKIAEQDFSYFFPDDPPTFIFSPANRRRGRPPKRIH-ISQEDNVANK :.: .: . . : .. : . . .. .. :: .: :. . .. NP_115 TPKTKMKQMTLLDMAKGTQKMTRA-PRNSGGTPRTSSKPHKHLPPAALHLIAYYKENKDR 430 440 450 460 470 480 300 310 320 330 340 350 pF1KE2 QTLASYRSKATKERDKLLKQEEMKSLAFEKAKLKREKADALEAKKK-EKEDKEKKREELK . : : . .. .::..:. : : .: ... . :: ::. . ..:...: :: NP_115 EDKRSALSCVISKTARLLSSEDRARLPEELRSLVQKRYELLEHKKRWASMSEEQRKEYLK 490 500 510 520 530 540 360 370 380 390 400 410 pF1KE2 KIVEEERLKKKEEKERLKVEREKEREKLREEKRKYVEYLKQWSKPREDMECDDLKELPEP : ..:.:::: ::. : .:::: . :....: ::.: :.:: NP_115 K--KREELKKKL-KEKAKERREKEMLERLEKQKRY-----------EDQELTG-KNLPAF 550 560 570 580 590 420 430 440 450 460 470 pF1KE2 TPVKTR--LPPEIFGDALMVLEFLNAFGELFDLQDEFPDGVTLEVLEEALVGNDSEGPLC : : :: .:::. ::.:::. .. :. . ..: .: : ::: . :. : : NP_115 RLVDTPEGLPNTLFGDVAMVVEFLSCYSGLLLPDAQYP--ITAVSLMEAL-SADKGGFL- 600 610 620 630 640 480 490 500 510 520 530 pF1KE2 ELLFFFLTAIFQAIAEEEEEVAKEQLTDADTKGCSLKSLDLDSCTLSEILRLHILASGAD : :. ..:.. ..: .:. : : .:. . : ..::..:: . : .. NP_115 -YLNRVLVILLQTLLQDE--IAE----DYGELGMKLSEIPLTLHSVSELVRLCLRRSDVQ 650 660 670 680 690 700 540 550 560 570 580 590 pF1KE2 VTSANAKYRYQKRGGFDATDDACMELRLSNPSLVKKLSSTSVYDLTPGEKMKILHALCGK : .. : :.: .: . ...:: .. ..:: ::..:: ::: . NP_115 EESEGSDTD-------DNKDSAAFEDNEVQDEFLEKLETSEFFELTSEEKLQILTALCHR 710 720 730 740 750 600 610 620 630 640 650 pF1KE2 LLTLVSTRDFIEDYVDILRQAKQEFRELKAEQHRKEREEAAARIRKRKEEKLKEQEQKMK .: :..: .: :: ...:: ::: . :....: . ..:: : NP_115 ILMTYSVQDHMET-----RQ------QMSAELW-KERLA----VLKEENDKKRAEKQKRK 760 770 780 790 660 670 680 690 700 710 pF1KE2 EKQEKLKEDEQRNSTADISIGEEEREDFDTSIESK-DTEQKELDQDMVTEDEDDPGSHKR : . : :: :. .. ..:. .:. ...: . ::: .::. : . 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NP_115 --IALQASVI-KKFLQGFM--APKQKRRKLQSEDSAKTE---------EVDE--EKKMVE 1100 1110 1120 1130 1140 1070 1080 1090 1100 1110 1120 pF1KE2 APLDASDSGRSYKTVLDRWRESLLSSASLSQVFLHLSTLDRSVIWSKSILNARCKICRKK :: .:..:. .. . ..:.. . :. :: . :. : :::::.:::: NP_115 EAKVAS--------ALEKWKTAIREAQTFSRMHVLLGMLDACIKWDMSAENARCKVCRKK 1150 1160 1170 1180 1190 1130 1140 1150 1160 1170 1180 pF1KE2 GDAENMVLCDGCDRGHHTYCVRPKLKTVPEGDWFCPECRPKQRSRRLSSRQRPSLESDED :. ....::: :... : .:.:: : ::.:.: :: :.: . : .:: : : . . NP_115 GEDDKLILCDECNKAFHLFCLRPALYEVPDGEWQCPACQPA--TARRNSRGRNYTEESAS 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1190 1200 1210 1220 1230 1240 pF1KE2 VEDSMGGEDDEVDGDEEEGQSEEEEYEVEQDEDDSQEEEEVSLPKRGRPQVRLPVKTRGK ::: :::: : .::: . :::: :. ::. : ::. . ::: NP_115 -EDS---EDDESDEEEEEEEEEEEE-----------EDYEVA-GLRLRPRKTI----RGK 1260 1270 1280 1290 1250 1260 1270 1280 1290 1300 pF1KE2 LSSSFSSRGQQQEPGRYPSRSQQSTPKTTVSSKTGRSLRKINSAPPTETKSLRIASRSTR : . . ..::. : ...: :: :::.. NP_115 HSVIPPAARSGRRPGKKPHSTRRSQPK----------------APPVD------------ 1300 1310 1320 1310 1320 1330 1340 1350 1360 pF1KE2 HSHGPLQADVFVELLSPRRKRRGRKSANNTPENSPNFPNFRVIATKSSEQSRSVNIASKL :. :. : :. :: NP_115 --------DAEVDEL--------------------------VLQTK-------------- 1330 1370 1380 1390 1400 1410 1420 pF1KE2 SLQESESKRRCRKRQSPEPSPVTLGRRSSGRQGGVHELSAFEQLVVELVRHDDSWPFLKL ::: ::. ::. :... ..:.. :::: . NP_115 --------------------------RSSRRQS--LELQKCEEILHKIVKYRFSWPFREP 1340 1350 1360 1430 1440 1450 1460 1470 1480 pF1KE2 VSKIQVPDYYDIIKKPIALNIIREKVNKCEYKLASEFIDDIELMFSNCFEYNPRNTSEAK :.. .. ::::.: .:. .. ...: . :. ..::. :.. .:.: :: :.. 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