Result of FASTA (omim) for
pF1KE2317
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2317, 1051 aa
1>>>pF1KE2317 1051 - 1051 aa - 1051 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7132+/-0.000382; mu= 20.1507+/- 0.024
mean_var=79.8608+/-15.669, 0's: 0 Z-trim(113.7): 96 B-trim: 262 in 2/55
Lambda= 0.143518
statistics sampled from 23071 (23170) to 23071 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.626), E-opt: 0.2 (0.272), width: 16
Scan time: 10.600
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_002195 (OMIM: 605025,614748) integrin alpha-3 p (1051) 7114 1483.4 0
XP_005257365 (OMIM: 605025,614748) PREDICTED: inte ( 916) 4468 935.5 0
NP_001278423 (OMIM: 191830,604063) integrin alpha- (1048) 1113 240.8 3e-62
NP_002198 (OMIM: 603963) integrin alpha-9 precurso (1035) 1010 219.5 7.8e-56
NP_000876 (OMIM: 192975) integrin alpha-4 isoform (1032) 962 209.6 7.6e-53
XP_005268907 (OMIM: 600536,613204) PREDICTED: inte ( 979) 955 208.1 2e-52
XP_005268906 (OMIM: 600536,613204) PREDICTED: inte (1023) 955 208.1 2.1e-52
XP_005268905 (OMIM: 600536,613204) PREDICTED: inte (1023) 955 208.1 2.1e-52
XP_005268903 (OMIM: 600536,613204) PREDICTED: inte (1024) 955 208.1 2.1e-52
XP_016874754 (OMIM: 600536,613204) PREDICTED: inte (1051) 955 208.1 2.1e-52
XP_005268901 (OMIM: 600536,613204) PREDICTED: inte (1068) 955 208.1 2.1e-52
NP_001138469 (OMIM: 600536,613204) integrin alpha- (1044) 953 207.7 2.8e-52
NP_002201 (OMIM: 193210) integrin alpha-V isoform (1048) 947 206.5 6.6e-52
NP_001138471 (OMIM: 193210) integrin alpha-V isofo (1002) 900 196.7 5.4e-49
NP_003629 (OMIM: 191830,604063) integrin alpha-8 I (1063) 863 189.1 1.2e-46
NP_001138472 (OMIM: 193210) integrin alpha-V isofo (1012) 846 185.5 1.3e-45
XP_011523052 (OMIM: 187800,273800,607759) PREDICTE (1000) 722 159.9 6.7e-38
XP_011523051 (OMIM: 187800,273800,607759) PREDICTE (1005) 722 159.9 6.8e-38
NP_000410 (OMIM: 187800,273800,607759) integrin al (1039) 722 159.9 7e-38
XP_011544151 (OMIM: 153370) PREDICTED: integrin al (1074) 679 151.0 3.4e-35
XP_006721107 (OMIM: 153370) PREDICTED: integrin al (1087) 679 151.0 3.5e-35
NP_002200 (OMIM: 153370) integrin alpha-L isoform (1170) 679 151.0 3.7e-35
XP_016858117 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al ( 796) 670 149.0 9.7e-35
XP_011508385 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al (1002) 670 149.1 1.2e-34
NP_001289970 (OMIM: 604042) integrin alpha-10 isof (1024) 670 149.1 1.2e-34
NP_001289969 (OMIM: 604042) integrin alpha-10 isof (1036) 670 149.1 1.2e-34
NP_002196 (OMIM: 135620) integrin alpha-5 precurso (1049) 670 149.1 1.2e-34
XP_016858115 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al (1100) 670 149.1 1.3e-34
XP_005277493 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al (1105) 670 149.1 1.3e-34
XP_016858113 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al (1143) 670 149.1 1.3e-34
XP_016858114 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al (1143) 670 149.1 1.3e-34
NP_003628 (OMIM: 604042) integrin alpha-10 isoform (1167) 670 149.1 1.3e-34
XP_016858111 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al (1181) 670 149.1 1.3e-34
XP_016858112 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al (1180) 665 148.1 2.8e-34
XP_005254285 (OMIM: 604789) PREDICTED: integrin al (1086) 656 146.2 9.4e-34
XP_011519665 (OMIM: 604789) PREDICTED: integrin al (1119) 656 146.2 9.6e-34
NP_001004439 (OMIM: 604789) integrin alpha-11 prec (1188) 656 146.2 1e-33
NP_001107852 (OMIM: 153370) integrin alpha-L isofo (1086) 655 146.0 1.1e-33
XP_005255370 (OMIM: 153370) PREDICTED: integrin al (1169) 655 146.0 1.1e-33
XP_011522127 (OMIM: 604682) PREDICTED: integrin al (1185) 639 142.7 1.2e-32
XP_011522125 (OMIM: 604682) PREDICTED: integrin al (1217) 639 142.7 1.2e-32
XP_011518054 (OMIM: 191830,604063) PREDICTED: inte ( 799) 636 142.0 1.3e-32
XP_016858116 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al ( 835) 630 140.8 3.2e-32
XP_005268898 (OMIM: 600536,613204) PREDICTED: inte (1162) 630 140.9 4.1e-32
XP_005268897 (OMIM: 600536,613204) PREDICTED: inte (1175) 630 140.9 4.2e-32
XP_005268896 (OMIM: 600536,613204) PREDICTED: inte (1181) 630 140.9 4.2e-32
NP_002199 (OMIM: 604682) integrin alpha-E precurso (1179) 621 139.0 1.5e-31
XP_016880075 (OMIM: 604682) PREDICTED: integrin al (1191) 613 137.3 4.8e-31
XP_011522130 (OMIM: 604682) PREDICTED: integrin al (1137) 608 136.3 9.5e-31
XP_011522129 (OMIM: 604682) PREDICTED: integrin al (1163) 608 136.3 9.7e-31
>>NP_002195 (OMIM: 605025,614748) integrin alpha-3 prepr (1051 aa)
initn: 7114 init1: 7114 opt: 7114 Z-score: 7953.8 bits: 1483.4 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 7114; 99.9% identity (100.0% similar) in 1051 aa overlap (1-1051:1-1051)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGPGPSRAPRAPRLMLCALALMVAAGGCVVSAFNLDTRFLVVKEAGNPGSLFGYSVALHR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MGPGPSRAPRAPRLMLCALALMVAAGGCVVSAFNLDTRFLVVKEAGNPGSLFGYSVALHR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 QTERQQRYLLLAGAPRELAVPDGYTNRTGAVYLCPLTAHKDDCERMNITVKNDPGHHIIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 QTERQQRYLLLAGAPRELAVPDGYTNRTGAVYLCPLTAHKDDCERMNITVKNDPGHHIIE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 DMWLGVTVASQGPAGRVLVCAHRYTQVLWSGSEDQRRMVGKCYVRGNDLELDSSDDWQTY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 DMWLGVTVASQGPAGRVLVCAHRYTQVLWSGSEDQRRMVGKCYVRGNDLELDSSDDWQTY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 HNEMCNSNTDYLETGMCQLGTSGGFTQNTVYFGAPGAYNWKGNSYMIQRKEWDLSEYSYK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 HNEMCNSNTDYLETGMCQLGTSGGFTQNTVYFGAPGAYNWKGNSYMIQRKEWDLSEYSYK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 DPEDQGNLYIGYTMQVGSFILHPKNITIVTGAPRHRHMGAVFLLSQEAGGDLRRRQVLEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 DPEDQGNLYIGYTMQVGSFILHPKNITIVTGAPRHRHMGAVFLLSQEAGGDLRRRQVLEG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 SQVGAYFGSAIALADLNNDGWQDLLVGAPYYFERKEEVGGAIYVFMNQAGTSFPAHPSLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 SQVGAYFGSAIALADLNNDGWQDLLVGAPYYFERKEEVGGAIYVFMNQAGTSFPAHPSLL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 LHGPSGSAFGLSVASIGDINQDGFQDIAVGAPFEGLGKVYIYHSSSKGLLRQPQQVIHGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LHGPSGSAFGLSVASIGDINQDGFQDIAVGAPFEGLGKVYIYHSSSKGLLRQPQQVIHGE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 KLGLPGLATFGYSLSGQMDVDENFYPDLLVGSLSDHIVLLRARPVINIVHKTLVPRPAVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 KLGLPGLATFGYSLSGQMDVDENFYPDLLVGSLSDHIVLLRARPVINIVHKTLVPRPAVL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 DPALCTATSCVQVELCFAYNQSAGNPNYRRNITLAYTLEADRDRRPPRLRFAGSESAVFH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 DPALCTATSCVQVELCFAYNQSAGNPNYRRNITLAYTLEADRDRRPPRLRFAGSESAVFH
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 GFFSMPEMRCQKLELLLMDNLRDKLRPIIISMNYSLPLRMPDRPRLGLRSLDAYPILNQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 GFFSMPEMRCQKLELLLMDNLRDKLRPIIISMNYSLPLRMPDRPRLGLRSLDAYPILNQA
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE2 QALENHTEVQFQKECGPDNKCESNLQMRAAFVSEQQQKLSRLQYSRDVRKLLLSINVTNT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 QALENHTEVQFQKECGPDNKCESNLQMRAAFVSEQQQKLSRLQYSRDVRKLLLSINVTNT
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE2 RTSERSGEDAHEALLTLVVPPALLLSSVRPPGACQANETIFCELGNPFKRNQRMELLITF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:
NP_002 RTSERSGEDAHEALLTLVVPPALLLSSVRPPGACQANETIFCELGNPFKRNQRMELLIAF
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE2 EVIGVTLHTRDLQVQLQLSTSSHQDNLWPMILTLLVDYTLQTSLSMVNHRLQSFFGGTVM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 EVIGVTLHTRDLQVQLQLSTSSHQDNLWPMILTLLVDYTLQTSLSMVNHRLQSFFGGTVM
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE2 GESGMKTVEDVGSPLKYEFQVGPMGEGLVGLGTLVLGLEWPYEVSNGKWLLYPTEITVHG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 GESGMKTVEDVGSPLKYEFQVGPMGEGLVGLGTLVLGLEWPYEVSNGKWLLYPTEITVHG
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KE2 NGSWPCRPPGDLINPLNLTLSDPGDRPSSPQRRRRQLDPGGGQGPPPVTLAAAKKAKSET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 NGSWPCRPPGDLINPLNLTLSDPGDRPSSPQRRRRQLDPGGGQGPPPVTLAAAKKAKSET
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KE2 VLTCATGRAHCVWLECPIPDAPVVTNVTVKARVWNSTFIEDYRDFDRVRVNGWATLFLRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 VLTCATGRAHCVWLECPIPDAPVVTNVTVKARVWNSTFIEDYRDFDRVRVNGWATLFLRT
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KE2 SIPTINMENKTTWFSVDIDSELVEELPAEIELWLVLVAVGAGLLLLGLIILLLWKCGFFK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 SIPTINMENKTTWFSVDIDSELVEELPAEIELWLVLVAVGAGLLLLGLIILLLWKCGFFK
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050
pF1KE2 RARTRALYEAKRQKAEMKSQPSETERLTDDY
:::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 RARTRALYEAKRQKAEMKSQPSETERLTDDY
1030 1040 1050
>>XP_005257365 (OMIM: 605025,614748) PREDICTED: integrin (916 aa)
initn: 4462 init1: 4462 opt: 4468 Z-score: 4993.7 bits: 935.5 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5929; 87.1% identity (87.2% similar) in 1051 aa overlap (1-1051:1-916)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGPGPSRAPRAPRLMLCALALMVAAGGCVVSAFNLDTRFLVVKEAGNPGSLFGYSVALHR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MGPGPSRAPRAPRLMLCALALMVAAGGCVVSAFNLDTRFLVVKEAGNPGSLFGYSVALHR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 QTERQQRYLLLAGAPRELAVPDGYTNRTGAVYLCPLTAHKDDCERMNITVKNDPGHHIIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 QTERQQRYLLLAGAPRELAVPDGYTNRTGAVYLCPLTAHKDDCERMNITVKNDPGHHIIE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 DMWLGVTVASQGPAGRVLVCAHRYTQVLWSGSEDQRRMVGKCYVRGNDLELDSSDDWQTY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 DMWLGVTVASQGPAGRVLVCAHRYTQVLWSGSEDQRRMVGKCYVRGNDLELDSSDDWQTY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 HNEMCNSNTDYLETGMCQLGTSGGFTQNTVYFGAPGAYNWKGNSYMIQRKEWDLSEYSYK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 HNEMCNSNTDYLETGMCQLGTSGGFTQNTVYFGAPGAYNWKGNSYMIQRKEWDLSEYSYK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 DPEDQGNLYIGYTMQVGSFILHPKNITIVTGAPRHRHMGAVFLLSQEAGGDLRRRQVLEG
::::::::::
XP_005 DPEDQGNLYI--------------------------------------------------
250
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 SQVGAYFGSAIALADLNNDGWQDLLVGAPYYFERKEEVGGAIYVFMNQAGTSFPAHPSLL
XP_005 ------------------------------------------------------------
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 LHGPSGSAFGLSVASIGDINQDGFQDIAVGAPFEGLGKVYIYHSSSKGLLRQPQQVIHGE
:::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 -------------------------DIAVGAPFEGLGKVYIYHSSSKGLLRQPQQVIHGE
260 270 280
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 KLGLPGLATFGYSLSGQMDVDENFYPDLLVGSLSDHIVLLRARPVINIVHKTLVPRPAVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 KLGLPGLATFGYSLSGQMDVDENFYPDLLVGSLSDHIVLLRARPVINIVHKTLVPRPAVL
290 300 310 320 330 340
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 DPALCTATSCVQVELCFAYNQSAGNPNYRRNITLAYTLEADRDRRPPRLRFAGSESAVFH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 DPALCTATSCVQVELCFAYNQSAGNPNYRRNITLAYTLEADRDRRPPRLRFAGSESAVFH
350 360 370 380 390 400
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 GFFSMPEMRCQKLELLLMDNLRDKLRPIIISMNYSLPLRMPDRPRLGLRSLDAYPILNQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 GFFSMPEMRCQKLELLLMDNLRDKLRPIIISMNYSLPLRMPDRPRLGLRSLDAYPILNQA
410 420 430 440 450 460
610 620 630 640 650 660
pF1KE2 QALENHTEVQFQKECGPDNKCESNLQMRAAFVSEQQQKLSRLQYSRDVRKLLLSINVTNT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 QALENHTEVQFQKECGPDNKCESNLQMRAAFVSEQQQKLSRLQYSRDVRKLLLSINVTNT
470 480 490 500 510 520
670 680 690 700 710 720
pF1KE2 RTSERSGEDAHEALLTLVVPPALLLSSVRPPGACQANETIFCELGNPFKRNQRMELLITF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:
XP_005 RTSERSGEDAHEALLTLVVPPALLLSSVRPPGACQANETIFCELGNPFKRNQRMELLIAF
530 540 550 560 570 580
730 740 750 760 770 780
pF1KE2 EVIGVTLHTRDLQVQLQLSTSSHQDNLWPMILTLLVDYTLQTSLSMVNHRLQSFFGGTVM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 EVIGVTLHTRDLQVQLQLSTSSHQDNLWPMILTLLVDYTLQTSLSMVNHRLQSFFGGTVM
590 600 610 620 630 640
790 800 810 820 830 840
pF1KE2 GESGMKTVEDVGSPLKYEFQVGPMGEGLVGLGTLVLGLEWPYEVSNGKWLLYPTEITVHG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 GESGMKTVEDVGSPLKYEFQVGPMGEGLVGLGTLVLGLEWPYEVSNGKWLLYPTEITVHG
650 660 670 680 690 700
850 860 870 880 890 900
pF1KE2 NGSWPCRPPGDLINPLNLTLSDPGDRPSSPQRRRRQLDPGGGQGPPPVTLAAAKKAKSET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 NGSWPCRPPGDLINPLNLTLSDPGDRPSSPQRRRRQLDPGGGQGPPPVTLAAAKKAKSET
710 720 730 740 750 760
910 920 930 940 950 960
pF1KE2 VLTCATGRAHCVWLECPIPDAPVVTNVTVKARVWNSTFIEDYRDFDRVRVNGWATLFLRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 VLTCATGRAHCVWLECPIPDAPVVTNVTVKARVWNSTFIEDYRDFDRVRVNGWATLFLRT
770 780 790 800 810 820
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KE2 SIPTINMENKTTWFSVDIDSELVEELPAEIELWLVLVAVGAGLLLLGLIILLLWKCGFFK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SIPTINMENKTTWFSVDIDSELVEELPAEIELWLVLVAVGAGLLLLGLIILLLWKCGFFK
830 840 850 860 870 880
1030 1040 1050
pF1KE2 RARTRALYEAKRQKAEMKSQPSETERLTDDY
:::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 RARTRALYEAKRQKAEMKSQPSETERLTDDY
890 900 910
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]