Result of FASTA (ccds) for
pF1KE1079
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1079, 1072 aa
1>>>pF1KE1079 1072 - 1072 aa - 1072 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.3732+/-0.000986; mu= 12.1123+/- 0.060
mean_var=111.1340+/-21.958, 0's: 0 Z-trim(107.5): 24 B-trim: 51 in 1/51
Lambda= 0.121661
statistics sampled from 9593 (9604) to 9593 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.651), E-opt: 0.2 (0.295), width: 16
Scan time: 4.200
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS43265.1 USP53 gene_id:54532|Hs108|chr4 (1073) 7301 1293.0 0
CCDS7329.2 USP54 gene_id:159195|Hs108|chr10 (1684) 1769 322.1 6.3e-87
>>CCDS43265.1 USP53 gene_id:54532|Hs108|chr4 (1073 aa)
initn: 6010 init1: 6010 opt: 7301 Z-score: 6924.8 bits: 1293.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 7301; 99.9% identity (99.9% similar) in 1073 aa overlap (1-1072:1-1073)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MAWVKFLRKPGGNLGKVYQPGSMLSLAPTKGLLNEPGQNSCFLNSAVQVLWQLDIFRRSL
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CCDS43 MAWVKFLRKPGGNLGKVYQPGSMLSLAPTKGLLNEPGQNSCFLNSAVQVLWQLDIFRRSL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 RVLTGHVCQGDACIFCALKTIFAQFQHSREKALPSDNIRHALAESFKDEQRFQLGLMDDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 RVLTGHVCQGDACIFCALKTIFAQFQHSREKALPSDNIRHALAESFKDEQRFQLGLMDDA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 AECFENMLERIHFHIVPSRDADMCTSKSCITHQKFAMTLYEQCVCRSCGASSDPLPFTEF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 AECFENMLERIHFHIVPSRDADMCTSKSCITHQKFAMTLYEQCVCRSCGASSDPLPFTEF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230
pF1KE1 VRYISTTAL-NEVERMLERHERFKPEMFAELLQAANTTDDYRKCPSNCGQKIKIRRVLMN
::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 VRYISTTALCNEVERMLERHERFKPEMFAELLQAANTTDDYRKCPSNCGQKIKIRRVLMN
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 CPEIVTIGLVWDSEHSDLTEAVVRNLATHLYLPGLFYRVTDENAKNSELNLVGMICYTSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 CPEIVTIGLVWDSEHSDLTEAVVRNLATHLYLPGLFYRVTDENAKNSELNLVGMICYTSQ
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 HYCAFAFHTKSSKWVFFDDANVKEIGTRWKDVVSKCIRCHFQPLLLFYANPDGTAVSTED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 HYCAFAFHTKSSKWVFFDDANVKEIGTRWKDVVSKCIRCHFQPLLLFYANPDGTAVSTED
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KE1 ALRQVISWSHYKSVAENMGCEKPVIHKSDNLKENGFGDQAKQRENQKFPTDNISSSNRSH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 ALRQVISWSHYKSVAENMGCEKPVIHKSDNLKENGFGDQAKQRENQKFPTDNISSSNRSH
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KE1 SHTGVGKGPAKLSHIDQREKIKDISRECALKAIEQKNLLSSQRKDLEKGQRKDLGRHRDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 SHTGVGKGPAKLSHIDQREKIKDISRECALKAIEQKNLLSSQRKDLEKGQRKDLGRHRDL
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KE1 VDEDLSHFQSGSPPAPNGFKQHGNPHLYHSQGKGSYKHDRVVPQSRASAQIISSSKSQIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 VDEDLSHFQSGSPPAPNGFKQHGNPHLYHSQGKGSYKHDRVVPQSRASAQIISSSKSQIL
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KE1 APGEKITGKVKSDNGTGYDTDSSQDSRDRGNSCDSSSKSRNRGWKPMRETLNVDSIFSES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 APGEKITGKVKSDNGTGYDTDSSQDSRDRGNSCDSSSKSRNRGWKPMRETLNVDSIFSES
550 560 570 580 590 600
600 610 620 630 640 650
pF1KE1 EKRQHSPRHKPNISNKPKSSKDPSFSNWPKENPKQKGLMTIYEDEMKQEIGSRSSLESNG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 EKRQHSPRHKPNISNKPKSSKDPSFSNWPKENPKQKGLMTIYEDEMKQEIGSRSSLESNG
610 620 630 640 650 660
660 670 680 690 700 710
pF1KE1 KGAEKNKGLVEGKVHGDNWQMQRTESGYESSDHISNGSTNLDSPVIDGNGTVMDISGVKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 KGAEKNKGLVEGKVHGDNWQMQRTESGYESSDHISNGSTNLDSPVIDGNGTVMDISGVKE
670 680 690 700 710 720
720 730 740 750 760 770
pF1KE1 TVCFSDQITTSNLNKERGDCTSLQSQHHLEGFRKELRNLEAGYKSHEFHPESHLQIKNHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 TVCFSDQITTSNLNKERGDCTSLQSQHHLEGFRKELRNLEAGYKSHEFHPESHLQIKNHL
730 740 750 760 770 780
780 790 800 810 820 830
pF1KE1 IKRSHVHEDNGKLFPSSSLQIPKDHNAREHIHQSDEQKLEKPNECKFSEWLNIENSERTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 IKRSHVHEDNGKLFPSSSLQIPKDHNAREHIHQSDEQKLEKPNECKFSEWLNIENSERTG
790 800 810 820 830 840
840 850 860 870 880 890
pF1KE1 LPFHVDNSASGKRVNSNEPSSLWSSHLRTVGLKPETAPLIQQQNIMDQCYFENSLSTECI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 LPFHVDNSASGKRVNSNEPSSLWSSHLRTVGLKPETAPLIQQQNIMDQCYFENSLSTECI
850 860 870 880 890 900
900 910 920 930 940 950
pF1KE1 IRSASRSDGCQMPKLFCQNLPPPLPPKKYAITSVPQSEKSESTPDVKLTEVFKATSHLPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 IRSASRSDGCQMPKLFCQNLPPPLPPKKYAITSVPQSEKSESTPDVKLTEVFKATSHLPK
910 920 930 940 950 960
960 970 980 990 1000 1010
pF1KE1 HSLSTASEPSLEVSTHMNDERHKETFQVRECFGNTPNCPSSSSTNDFQANSGAIDAFCQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 HSLSTASEPSLEVSTHMNDERHKETFQVRECFGNTPNCPSSSSTNDFQANSGAIDAFCQP
970 980 990 1000 1010 1020
1020 1030 1040 1050 1060 1070
pF1KE1 ELDSISTCPNETVSLTTYFSVDSCMTDTYRLKYHQRPKLSFPESSGFCNNSLS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 ELDSISTCPNETVSLTTYFSVDSCMTDTYRLKYHQRPKLSFPESSGFCNNSLS
1030 1040 1050 1060 1070
>>CCDS7329.2 USP54 gene_id:159195|Hs108|chr10 (1684 aa)
initn: 1802 init1: 891 opt: 1769 Z-score: 1674.1 bits: 322.1 E(32554): 6.3e-87
Smith-Waterman score: 1804; 37.3% identity (63.1% similar) in 994 aa overlap (1-966:1-940)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MAWVKFLRKPG-GNLGKVYQPGSMLSLAPTKGLLNEPGQNSCFLNSAVQVLWQLDIFRRS
:.: . . : :.. .. : : :.::.::: :::::::::::::.::::.:::::::
CCDS73 MSWKRNYFSGGRGSVQGMFAPRSSTSIAPSKGLSNEPGQNSCFLNSALQVLWHLDIFRRS
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 LRVLTGHVCQGDACIFCALKTIFAQFQHSREKALPSDNIRHALAESFKDEQRFQLGLMDD
.: :: : :.::.::::::: :: ::: : ::.::::..: :::..:.::::::::.:::
CCDS73 FRQLTTHKCMGDSCIFCALKGIFNQFQCSSEKVLPSDTLRSALAKTFQDEQRFQLGIMDD
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 AAECFENMLERIHFHIVPSRDADMCTSKSCITHQKFAMTLYEQCVCRSCGASSDPLPFTE
:::::::.: ::::::. :.::.. ::.::::::::.::::: ::::.:::::: .
CCDS73 AAECFENLLMRIHFHIADETKEDICTAQHCISHQKFAMTLFEQCVCTSCGATSDPLPFIQ
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 FVRYISTTAL-NEVERMLERHERFKPEMFAELLQAANTTDDYRKCPSNCGQKIKIRRVLM
.:.:::::.: :.. ::::.:. .: ::.:::: :.: : :.::::::..:.::::::
CCDS73 MVHYISTTSLCNQAICMLERREKPSPSMFGELLQNASTMGDLRNCPSNCGERIRIRRVLM
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 NCPEIVTIGLVWDSEHSDLTEAVVRNLATHLYLPGLFYRVTDENAKNSELNLVGMICYTS
: :.:.::::::::.::::.: :...:.: : : ::.::::. ::.::: ::::::: .
CCDS73 NAPQIITIGLVWDSDHSDLAEDVIHSLGTCLKLGDLFFRVTDDRAKQSELYLVGMICYYG
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 QHYCAFAFHTKSSKWVFFDDANVKEIGTRWKDVVSKCIRCHFQPLLLFYANPDGTAVSTE
.:: .: :.:: ::..::::.::::: .:::::.:::. :.:::::.::.:.:: :::.
CCDS73 KHYSTFFFQTKIRKWMYFDDAHVKEIGPKWKDVVTKCIKGHYQPLLLLYADPQGTPVSTQ
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KE1 DALRQVISWSHYKSV--AENMGCEKPVIHKSDNLKENGFGDQAKQRENQKFPTDNISSSN
: :. :. .. .:. : : : : .::. ... . .. ... ....::..
CCDS73 DLPPQAEFQSYSRTCYDSEDSGRE-PSI-SSDTRTDSSTESYPYKHSHHESVVSHFSSDS
370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE1 RSHSHTGVGKGPAKLSHIDQREKIKDISRECALKAIEQKNLLSSQRKDLEKGQRKDLGRH
.. .: . . : .:. . . :: : .:. : .:. ... ::
CCDS73 QGTVIYNVENDSMSQS---SRDTGHLTDSECNQKHTSKKGSL------IER--KRSSGRV
420 430 440 450 460
480 490 500 510 520 530
pF1KE1 RDLVDEDLSHFQSGSPPAPNGFKQHGNPHLYHSQGKGSYKHDRVVPQSRASAQIISSSKS
: :: . :: . .:.. :. . .: : . .:. ... ...: . :
CCDS73 RRKGDEPQA---SGYHSEGETLKEKQAPR---NASKPSSSTNRLRDFKETVSNMIHNRPS
470 480 490 500 510 520
540 550 560 570 580
pF1KE1 QILAPGEKITGKVKSDNGTGYDTDSSQD----SRD-----RGNSCDSSSKSRNRG-WKPM
:: .. .. .. .: : . ::: .. :::.:. : :.:
CCDS73 --LASQTNVGSHCRGRGGDQPDKKPPRTLPLHSRDWEIESTSSESKSSSSSKYRPTWRPK
530 540 550 560 570
590 600 610 620 630 640
pF1KE1 RETLNVDSIFSESEKRQHSPRHKPNISNKPKSSKDPSFSNWPKENPKQKGLMTIYEDEMK
::.::.:::::. .::.: . .: ..: . . :.. :. ..:
CCDS73 RESLNIDSIFSK-DKRKHCGYTQ--LSPFSEDSAKEFIPDEPSKPPSY---------DIK
580 590 600 610 620
650 660 670 680 690 700
pF1KE1 QEIGSRSSLESNGKGAEKNKGLVEGKVHGDNWQMQRTESGYESSDHISNGSTNLDSPVID
.:. : . :. .. :.: . . .:: :::::::.. :.. ..::. . .
CCDS73 --FGGPSPQYKRWGPARPGSHLLEQHPR----LIQRMESGYESSERNSSSPVSLDAALPE
630 640 650 660 670 680
710 720 730 740 750 760
pF1KE1 GNGTVMDISGVKETVCFSDQITTSNLNKERGDCTSL---QSQHHLEGFRKE--LRNLEAG
.... : :. . : .. : . .. .:. .: . :. : . . : .
CCDS73 SSNVYRDPSAKR-----SAGLVPSWRHIPKSHSSSILEVDSTASMGGWTKSQPFSGEEIS
690 700 710 720 730
770 780 790 800 810
pF1KE1 YKSH--EFHPESHLQIKNHLIKRSHVHE-DNGKLF-PSSSLQIPKDHNAREHIHQSDEQK
::. :.. : . ... ..:.. .: . .: : : : . :. . .. :..
CCDS73 SKSELDELQEEVARRAQEQELRRKREKELEAAKGFNPHPSRFMDLDELQNQGRSDGFERS
740 750 760 770 780 790
820 830 840 850 860 870
pF1KE1 LEKPNECKFSEWLNIENSERTGLPFHVDNSASGK-RVNSNEPSSLWSSHLRTVGLKPETA
:.. : : : :..:.. . . . : : .: :. . : :.: :.. :
CCDS73 LQEA-ESVFEESLHLEQKGDCAAALALCNEAISKLRLALHGASC--STHSRALVDKKLQI
800 810 820 830 840 850
880 890 900 910 920 930
pF1KE1 PLIQQQNIMDQCYFENSLSTECIIRSASRSDGCQMPKLFCQNLPPPLPPKKYAITSVPQS
. . ....:. ..: .. :. ..: . . : : . . :
CCDS73 SIRKARSLQDRMQQQQS------PQQPSQPSACLPTQAGTLSQPTSEQPIPLQVL-LSQE
860 870 880 890 900
940 950 960 970 980 990
pF1KE1 EKSESTPDVKL--TEVFK--ATSHLPKHSLSTASEPSLEVSTHMNDERHKETFQVRECFG
. :: :... . :. :. : . ::: :
CCDS73 AQLESGMDTEFGASSFFHSPASCHESHSSLSPESSAPQHSSPSRSALKLLTSVEVDNIEP
910 920 930 940 950 960
1000 1010 1020 1030 1040 1050
pF1KE1 NTPNCPSSSSTNDFQANSGAIDAFCQPELDSISTCPNETVSLTTYFSVDSCMTDTYRLKY
CCDS73 SAFHRQGLPKAPGWTEKNSHHSWEPLDAPEGKLQGSRCDNSSCSKLPPQEGRGIAQEQLF
970 980 990 1000 1010 1020
1072 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 02:15:12 2016 done: Sat Nov 5 02:15:13 2016
Total Scan time: 4.200 Total Display time: 0.050
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]