Result of FASTA (ccds) for
pF1KE1013
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1013, 285 aa
1>>>pF1KE1013 285 - 285 aa - 285 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8384+/-0.000607; mu= 13.9997+/- 0.037
mean_var=85.3585+/-17.122, 0's: 0 Z-trim(113.5): 14 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.138820
statistics sampled from 14114 (14127) to 14114 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.78), E-opt: 0.2 (0.434), width: 16
Scan time: 2.840
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS11252.2 CORO6 gene_id:84940|Hs108|chr17 ( 472) 1482 305.9 3.7e-83
CCDS9120.1 CORO1C gene_id:23603|Hs108|chr12 ( 474) 1022 213.8 2e-55
CCDS61236.1 CORO1C gene_id:23603|Hs108|chr12 ( 527) 1022 213.8 2.2e-55
CCDS8164.1 CORO1B gene_id:57175|Hs108|chr11 ( 489) 965 202.3 5.6e-52
CCDS10673.1 CORO1A gene_id:11151|Hs108|chr16 ( 461) 925 194.3 1.4e-49
CCDS6735.1 CORO2A gene_id:7464|Hs108|chr9 ( 525) 585 126.3 4.8e-29
CCDS53952.1 CORO2B gene_id:10391|Hs108|chr15 ( 475) 576 124.4 1.5e-28
CCDS10229.2 CORO2B gene_id:10391|Hs108|chr15 ( 480) 576 124.4 1.5e-28
CCDS55982.1 CORO7 gene_id:79585|Hs108|chr16 ( 840) 299 69.1 1.2e-11
CCDS58417.1 CORO7 gene_id:79585|Hs108|chr16 ( 907) 299 69.1 1.3e-11
CCDS10513.1 CORO7 gene_id:79585|Hs108|chr16 ( 925) 299 69.1 1.3e-11
CCDS58418.1 PAM16 gene_id:100529144|Hs108|chr16 (1048) 299 69.2 1.5e-11
>>CCDS11252.2 CORO6 gene_id:84940|Hs108|chr17 (472 aa)
initn: 1279 init1: 1254 opt: 1482 Z-score: 1606.5 bits: 305.9 E(32554): 3.7e-83
Smith-Waterman score: 1482; 99.5% identity (99.5% similar) in 221 aa overlap (66-285:252-472)
40 50 60 70 80 90
pF1KE1 KARKRKGASGGPEVAREGGAGLVTPPVLGQNNFEEPVALQEMDTSNGVLLPFYDPDSSIV
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CCDS11 PMRAVFTRQGHIFTTGFTRMSQRELGLWDPNNFEEPVALQEMDTSNGVLLPFYDPDSSIV
230 240 250 260 270 280
100 110 120 130 140 150
pF1KE1 YLCGKGDSSIRYFEITDEPPFVHYLNTFSSKEPQRGMGFMPKRGLDVSKCEIARFYKLHE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 YLCGKGDSSIRYFEITDEPPFVHYLNTFSSKEPQRGMGFMPKRGLDVSKCEIARFYKLHE
290 300 310 320 330 340
160 170 180 190 200 210
pF1KE1 RKCEPIIMTVPRKSDLFQDDLYPDTPGPEPALEADEWLSGQDAEPVLISLRDGYVPPKHR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 RKCEPIIMTVPRKSDLFQDDLYPDTPGPEPALEADEWLSGQDAEPVLISLRDGYVPPKHR
350 360 370 380 390 400
220 230 240 250 260 270
pF1KE1 ELRVTKRNILDVRPPSGPRRSQSASDAPLSQ-HTLETLLEEIKALRERVQAQEQRITALE
::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 ELRVTKRNILDVRPPSGPRRSQSASDAPLSQQHTLETLLEEIKALRERVQAQEQRITALE
410 420 430 440 450 460
280
pF1KE1 NMLCELVDGTD
:::::::::::
CCDS11 NMLCELVDGTD
470
>>CCDS9120.1 CORO1C gene_id:23603|Hs108|chr12 (474 aa)
initn: 1030 init1: 958 opt: 1022 Z-score: 1108.6 bits: 213.8 E(32554): 2e-55
Smith-Waterman score: 1022; 64.4% identity (87.8% similar) in 222 aa overlap (67-280:252-472)
40 50 60 70 80 90
pF1KE1 ARKRKGASGGPEVAREGGAGLVTPPVLGQNNFEEPVALQEMDTSNGVLLPFYDPDSSIVY
:..::.::.::::::::::::::::.::.:
CCDS91 MRAIFLADGNVFTTGFSRMSERQLALWNPKNMQEPIALHEMDTSNGVLLPFYDPDTSIIY
230 240 250 260 270 280
100 110 120 130 140 150
pF1KE1 LCGKGDSSIRYFEITDEPPFVHYLNTFSSKEPQRGMGFMPKRGLDVSKCEIARFYKLHER
::::::::::::::::: :.:::::::::::::::::.::::::::.:::::::.:::::
CCDS91 LCGKGDSSIRYFEITDESPYVHYLNTFSSKEPQRGMGYMPKRGLDVNKCEIARFFKLHER
290 300 310 320 330 340
160 170 180 190 200 210
pF1KE1 KCEPIIMTVPRKSDLFQDDLYPDTPGPEPALEADEWLSGQDAEPVLISLRDGYVPPKHRE
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CCDS91 KCEPIIMTVPRKSDLFQDDLYPDTAGPEAALEAEEWFEGKNADPILISLKHGYIPGKNRD
350 360 370 380 390 400
220 230 240 250 260
pF1KE1 LRVTKRNILDVRPPSG--------PRRSQSASDAPLSQHTLETLLEEIKALRERVQAQEQ
:.:.:.:::: .: .. :... ..... .. :. .:.:::.... . :..
CCDS91 LKVVKKNILDSKPTANKKCDLISIPKKTTDTASVQ-NEAKLDEILKEIKSIKDTICNQDE
410 420 430 440 450 460
270 280
pF1KE1 RITALENMLCELVDGTD
::. ::... ..
CCDS91 RISKLEQQMAKIAA
470
>>CCDS61236.1 CORO1C gene_id:23603|Hs108|chr12 (527 aa)
initn: 1030 init1: 958 opt: 1022 Z-score: 1107.9 bits: 213.8 E(32554): 2.2e-55
Smith-Waterman score: 1022; 64.4% identity (87.8% similar) in 222 aa overlap (67-280:305-525)
40 50 60 70 80 90
pF1KE1 ARKRKGASGGPEVAREGGAGLVTPPVLGQNNFEEPVALQEMDTSNGVLLPFYDPDSSIVY
:..::.::.::::::::::::::::.::.:
CCDS61 MRAIFLADGNVFTTGFSRMSERQLALWNPKNMQEPIALHEMDTSNGVLLPFYDPDTSIIY
280 290 300 310 320 330
100 110 120 130 140 150
pF1KE1 LCGKGDSSIRYFEITDEPPFVHYLNTFSSKEPQRGMGFMPKRGLDVSKCEIARFYKLHER
::::::::::::::::: :.:::::::::::::::::.::::::::.:::::::.:::::
CCDS61 LCGKGDSSIRYFEITDESPYVHYLNTFSSKEPQRGMGYMPKRGLDVNKCEIARFFKLHER
340 350 360 370 380 390
160 170 180 190 200 210
pF1KE1 KCEPIIMTVPRKSDLFQDDLYPDTPGPEPALEADEWLSGQDAEPVLISLRDGYVPPKHRE
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CCDS61 KCEPIIMTVPRKSDLFQDDLYPDTAGPEAALEAEEWFEGKNADPILISLKHGYIPGKNRD
400 410 420 430 440 450
220 230 240 250 260
pF1KE1 LRVTKRNILDVRPPSG--------PRRSQSASDAPLSQHTLETLLEEIKALRERVQAQEQ
:.:.:.:::: .: .. :... ..... .. :. .:.:::.... . :..
CCDS61 LKVVKKNILDSKPTANKKCDLISIPKKTTDTASVQ-NEAKLDEILKEIKSIKDTICNQDE
460 470 480 490 500 510
270 280
pF1KE1 RITALENMLCELVDGTD
::. ::... ..
CCDS61 RISKLEQQMAKIAA
520
>>CCDS8164.1 CORO1B gene_id:57175|Hs108|chr11 (489 aa)
initn: 1029 init1: 934 opt: 965 Z-score: 1046.7 bits: 202.3 E(32554): 5.6e-52
Smith-Waterman score: 1014; 54.5% identity (74.2% similar) in 299 aa overlap (6-283:208-487)
10 20 30
pF1KE1 MCRGGGAMCAGEEERCAQG----RGLQLWSLEVWG
:.. : :.:. .: :.. : . .:.
CCDS81 LIYNVSWNHNGSLFCSACKDKSVRIIDPRRGTLVA-EREKAHEGARPMRAIFLADGKVFT
180 190 200 210 220 230
40 50 60 70 80 90
pF1KE1 IGFGKARKRKGASGGPEVAREGGAGLVTPPVLGQNNFEEPVALQEMDTSNGVLLPFYDPD
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CCDS81 TGFSRMSERQLALWDPE------------------NLEEPMALQELDSSNGALLPFYDPD
240 250 260 270
100 110 120 130 140 150
pF1KE1 SSIVYLCGKGDSSIRYFEITDEPPFVHYLNTFSSKEPQRGMGFMPKRGLDVSKCEIARFY
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CCDS81 TSVVYVCGKGDSSIRYFEITEEPPYIHFLNTFTSKEPQRGMGSMPKRGLEVSKCEIARFY
280 290 300 310 320 330
160 170 180 190 200 210
pF1KE1 KLHERKCEPIIMTVPRKSDLFQDDLYPDTPGPEPALEADEWLSGQDAEPVLISLRDGYVP
::::::::::.:::::::::::::::::: ::: ::::.::.::.::.:.:::::..:::
CCDS81 KLHERKCEPIVMTVPRKSDLFQDDLYPDTAGPEAALEAEEWVSGRDADPILISLREAYVP
340 350 360 370 380 390
220 230 240 250
pF1KE1 PKHRELRVTKRNIL-DVRPPSGPRRSQ--------SASDAPLSQHT--------LETLLE
:.:.:....::.: : :: .: :. .:.:: : :: ...
CCDS81 SKQRDLKISRRNVLSDSRPAMAPGSSHLGAPASTTTAADATPSGSLARAGEAGKLEEVMQ
400 410 420 430 440 450
260 270 280
pF1KE1 EIKALRERVQAQEQRITALENMLCELVDGTD
:..::: :. : .:: ::..: .. .:
CCDS81 ELRALRALVKEQGDRICRLEEQLGRMENGDA
460 470 480
>>CCDS10673.1 CORO1A gene_id:11151|Hs108|chr16 (461 aa)
initn: 955 init1: 877 opt: 925 Z-score: 1003.8 bits: 194.3 E(32554): 1.4e-49
Smith-Waterman score: 925; 65.4% identity (84.1% similar) in 208 aa overlap (67-274:254-455)
40 50 60 70 80 90
pF1KE1 ARKRKGASGGPEVAREGGAGLVTPPVLGQNNFEEPVALQEMDTSNGVLLPFYDPDSSIVY
..:::..:::.:::.::::::.:::..:::
CCDS10 VRAVFVSEGKILTTGFSRMSERQVALWDTKHLEEPLSLQELDTSSGVLLPFFDPDTNIVY
230 240 250 260 270 280
100 110 120 130 140 150
pF1KE1 LCGKGDSSIRYFEITDEPPFVHYLNTFSSKEPQRGMGFMPKRGLDVSKCEIARFYKLHER
:::::::::::::::.: ::.:::. ::::: :::::.::::::.:.:::::::::::::
CCDS10 LCGKGDSSIRYFEITSEAPFLHYLSMFSSKESQRGMGYMPKRGLEVNKCEIARFYKLHER
290 300 310 320 330 340
160 170 180 190 200 210
pF1KE1 KCEPIIMTVPRKSDLFQDDLYPDTPGPEPALEADEWLSGQDAEPVLISLRDGYVPPKHRE
.:::: :::::::::::.:::: : ::.::: :.:::.:.:: :.::::.::::::: ::
CCDS10 RCEPIAMTVPRKSDLFQEDLYPPTAGPDPALTAEEWLGGRDAGPLLISLKDGYVPPKSRE
350 360 370 380 390 400
220 230 240 250 260 270
pF1KE1 LRVTKRNILDVRPPSGPRRSQSASDAPLSQHTLETLLEEIKALRERVQAQEQRITALENM
:::.. :: .: ::. ... :. .. : ::.. :. :: ..:. ::
CCDS10 LRVNRG--LD----TGRRRAAPEASGTPSSDAVSRLEEEMRKLQATVQELQKRLDRLEET
410 420 430 440 450
280
pF1KE1 LCELVDGTD
CCDS10 VQAK
460
>>CCDS6735.1 CORO2A gene_id:7464|Hs108|chr9 (525 aa)
initn: 614 init1: 363 opt: 585 Z-score: 635.0 bits: 126.3 E(32554): 4.8e-29
Smith-Waterman score: 585; 44.2% identity (68.8% similar) in 224 aa overlap (65-285:255-470)
40 50 60 70 80 90
pF1KE1 GKARKRKGASGGPEVAREGGAGLVTPPVLGQNNFEEPVALQEMDTSNGVLLPFYDPDSSI
:.:. :. ...: :.:::.:::: :.:.
CCDS67 ASKVLFLGNLKKLMSTGTSRWNNRQVALWDQDNLSVPLMEEDLDGSSGVLFPFYDADTSM
230 240 250 260 270 280
100 110 120 130 140 150
pF1KE1 VYLCGKGDSSIRYFEITDEPPFVHYLNTFSSKEPQRGMGFMPKRGLDVSKCEIARFYKLH
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CCDS67 LYVVGKGDGNIRYYEVSADKPHLSYLTEYRSYNPQKGIGVMPKRGLDVSSCEIFRFYKLI
290 300 310 320 330 340
160 170 180 190 200 210
pF1KE1 ERKC--EPIIMTVPRKSDLFQDDLYPDTPGPEPALEADEWLSGQDAEPVLISLRDGYVPP
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CCDS67 TTKSLIEPISMIVPRRSESYQEDIYPPTAGAQPSLTAQEWLSGMNRDPILVSLRPGSELL
350 360 370 380 390 400
220 230 240 250 260 270
pF1KE1 KHRELRVTKRNILDVRPPSGPRR-SQSASDAPLSQHTLETLLEEIKALRERVQAQEQRIT
. . : . .: :.. :..:: .:. . : . .:::: : : : :.:
CCDS67 RPHPLPA-ERPIFNSMAPASPRLLNQTEKLAAEDGWRSSSLLEE-KMPR---WAAEHR--
410 420 430 440 450
280
pF1KE1 ALENMLCELVDGTD
::. :..: :
CCDS67 -LEEKKTWLTNGFDVFECPPPKTENELLQMFYRQQEEIRRLRELLTQREVQAKQLELEIK
460 470 480 490 500 510
>>CCDS53952.1 CORO2B gene_id:10391|Hs108|chr15 (475 aa)
initn: 546 init1: 324 opt: 576 Z-score: 625.9 bits: 124.4 E(32554): 1.5e-28
Smith-Waterman score: 581; 42.7% identity (65.2% similar) in 227 aa overlap (65-280:250-468)
40 50 60 70 80 90
pF1KE1 GKARKRKGASGGPEVAREGGAGLVTPPVLGQNNFEEPVALQEMDTSNGVLLPFYDPDSSI
:... :. .:.: .:.:.:::: :. .
CCDS53 VNRVVFLGNMKRLLTTGVSRWNTRQIALWDQEDLSMPLIEEEIDGLSGLLFPFYDADTHM
220 230 240 250 260 270
100 110 120 130 140 150
pF1KE1 VYLCGKGDSSIRYFEITDEPPFVHYLNTFSSKEPQRGMGFMPKRGLDVSKCEIARFYKLH
.:: ::::..:::.::. : :.. :: : : ::.:.: :::.::::: ::. :::::
CCDS53 LYLAGKGDGNIRYYEISTEKPYLSYLMEFRSPAPQKGLGVMPKHGLDVSACEVFRFYKLV
280 290 300 310 320 330
160 170 180 190 200
pF1KE1 ERK--CEPIIMTVPRKSDLFQDDLYPDTPGPEPALEADEWLSGQDAEPVLISLRDGY---
: ::: : :::.:: .:.:.:: ::: :::: ::::.: . .:::.::..::
CCDS53 TLKGLIEPISMIVPRRSDSYQEDIYPMTPGTEPALTPDEWLGGINRDPVLMSLKEGYKKS
340 350 360 370 380 390
210 220 230 240 250 260
pF1KE1 ------VPPKHRELRVTKRNILDVRPPSGPRRSQSASDAPLSQHTLETLLEEIKALRERV
.: :... :. : .:. :: . . :. .::. :.:..
CCDS53 SKMVFKAPIKEKKSVVV--NGIDLLENVPPRTENELLRMFFRQQ------DEIRRLKEEL
400 410 420 430 440 450
270 280
pF1KE1 QAQEQRITALENMLCELVDGTD
.. :: :. : .:
CCDS53 AQKDIRIRQLQLELKNLRNSPKNC
460 470
>>CCDS10229.2 CORO2B gene_id:10391|Hs108|chr15 (480 aa)
initn: 546 init1: 324 opt: 576 Z-score: 625.8 bits: 124.4 E(32554): 1.5e-28
Smith-Waterman score: 581; 42.7% identity (65.2% similar) in 227 aa overlap (65-280:255-473)
40 50 60 70 80 90
pF1KE1 GKARKRKGASGGPEVAREGGAGLVTPPVLGQNNFEEPVALQEMDTSNGVLLPFYDPDSSI
:... :. .:.: .:.:.:::: :. .
CCDS10 VNRVVFLGNMKRLLTTGVSRWNTRQIALWDQEDLSMPLIEEEIDGLSGLLFPFYDADTHM
230 240 250 260 270 280
100 110 120 130 140 150
pF1KE1 VYLCGKGDSSIRYFEITDEPPFVHYLNTFSSKEPQRGMGFMPKRGLDVSKCEIARFYKLH
.:: ::::..:::.::. : :.. :: : : ::.:.: :::.::::: ::. :::::
CCDS10 LYLAGKGDGNIRYYEISTEKPYLSYLMEFRSPAPQKGLGVMPKHGLDVSACEVFRFYKLV
290 300 310 320 330 340
160 170 180 190 200
pF1KE1 ERK--CEPIIMTVPRKSDLFQDDLYPDTPGPEPALEADEWLSGQDAEPVLISLRDGY---
: ::: : :::.:: .:.:.:: ::: :::: ::::.: . .:::.::..::
CCDS10 TLKGLIEPISMIVPRRSDSYQEDIYPMTPGTEPALTPDEWLGGINRDPVLMSLKEGYKKS
350 360 370 380 390 400
210 220 230 240 250 260
pF1KE1 ------VPPKHRELRVTKRNILDVRPPSGPRRSQSASDAPLSQHTLETLLEEIKALRERV
.: :... :. : .:. :: . . :. .::. :.:..
CCDS10 SKMVFKAPIKEKKSVVV--NGIDLLENVPPRTENELLRMFFRQQ------DEIRRLKEEL
410 420 430 440 450
270 280
pF1KE1 QAQEQRITALENMLCELVDGTD
.. :: :. : .:
CCDS10 AQKDIRIRQLQLELKNLRNSPKNC
460 470 480
>>CCDS55982.1 CORO7 gene_id:79585|Hs108|chr16 (840 aa)
initn: 327 init1: 294 opt: 299 Z-score: 322.4 bits: 69.1 E(32554): 1.2e-11
Smith-Waterman score: 410; 33.5% identity (65.4% similar) in 188 aa overlap (71-256:636-819)
50 60 70 80 90 100
pF1KE1 KGASGGPEVAREGGAGLVTPPVLGQNNFEEPVALQEMDTSNGVLLPFYDPDSSIVYLCGK
:.:. .:.. ..::: ::::...: : ::
CCDS55 CDGRCLLVSGFDSQSERQLLLYEAEALAGGPLAVLGLDVAPSTLLPSYDPDTGLVLLTGK
610 620 630 640 650 660
110 120 130 140 150 160
pF1KE1 GDSSIRYFEITDEPPFVHYLNTFSSKEPQRGMGFMPKRGLDVSKCEIARFYKLHERKCEP
::. . .:. : :: :.:.: .:..:. ..:: :: . :. : .:.. . ::
CCDS55 GDTRVFLYELLPESPFFLECNSFTSPDPHKGLVLLPKTECDVREVELMRCLRLRQSSLEP
670 680 690 700 710 720
170 180 190 200 210
pF1KE1 IIMTVPR-KSDLFQDDLYPDTPGP-EPALEADEWLSGQDAEPVLISLRDGYVPPKHRELR
. . .:: ....::::..::: ::.: :. ::.: ...: :.::. :: .
CCDS55 VAFRLPRVRKEFFQDDVFPDTAVIWEPVLSAEAWLQGANGQPWLLSLQ----PPDMSPVS
730 740 750 760 770 780
220 230 240 250 260 270
pF1KE1 VTKRNILDVRPPSGPRRSQSASDAPLSQHTLETLLEEIKALRERVQAQEQRITALENMLC
. :. : ::. . . :: ... :.... ..
CCDS55 QAPREAPARRAPSSAQYLEEKSDQQKKEELLNAMVAKLGNREDPLPQDSFEGVDEDEWD
790 800 810 820 830 840
280
pF1KE1 ELVDGTD
>--
initn: 327 init1: 294 opt: 299 Z-score: 322.4 bits: 69.1 E(32554): 1.2e-11
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