Result of FASTA (ccds) for
pF1KE0680
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0680, 399 aa
1>>>pF1KE0680 399 - 399 aa - 399 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4058+/-0.000966; mu= 11.8350+/- 0.058
mean_var=97.6055+/-19.780, 0's: 0 Z-trim(107.3): 107 B-trim: 355 in 1/49
Lambda= 0.129819
statistics sampled from 9356 (9466) to 9356 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.662), E-opt: 0.2 (0.291), width: 16
Scan time: 2.000
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12722.1 CYTH2 gene_id:9266|Hs108|chr19 ( 399) 2686 513.6 1.3e-145
CCDS32754.1 CYTH1 gene_id:9267|Hs108|chr17 ( 397) 2275 436.6 2e-122
CCDS42392.2 CYTH1 gene_id:9267|Hs108|chr17 ( 398) 2263 434.3 9.3e-122
CCDS5346.1 CYTH3 gene_id:9265|Hs108|chr7 ( 399) 2224 427.0 1.5e-119
CCDS13946.1 CYTH4 gene_id:27128|Hs108|chr22 ( 394) 1939 373.6 1.7e-103
CCDS6199.1 ARFGEF1 gene_id:10565|Hs108|chr8 (1849) 617 126.4 2.1e-28
CCDS13411.1 ARFGEF2 gene_id:10564|Hs108|chr20 (1785) 588 121.0 8.8e-27
CCDS33703.1 IQSEC1 gene_id:9922|Hs108|chr3 ( 963) 565 116.5 1e-25
CCDS74902.1 IQSEC1 gene_id:9922|Hs108|chr3 (1114) 565 116.6 1.2e-25
CCDS31725.1 IQSEC3 gene_id:440073|Hs108|chr12 ( 759) 539 111.6 2.5e-24
CCDS53728.1 IQSEC3 gene_id:440073|Hs108|chr12 (1182) 539 111.7 3.6e-24
CCDS35298.1 IQSEC2 gene_id:23096|Hs108|chrX ( 949) 517 107.5 5.3e-23
CCDS48130.1 IQSEC2 gene_id:23096|Hs108|chrX (1488) 517 107.6 7.6e-23
CCDS7533.1 GBF1 gene_id:8729|Hs108|chr10 (1859) 482 101.1 8.6e-21
CCDS33276.1 PSD4 gene_id:23550|Hs108|chr2 (1056) 367 79.5 1.6e-14
CCDS34854.1 PSD3 gene_id:23362|Hs108|chr8 ( 513) 358 77.6 2.9e-14
CCDS73187.1 PSD gene_id:5662|Hs108|chr10 ( 645) 358 77.7 3.5e-14
CCDS31272.1 PSD gene_id:5662|Hs108|chr10 (1024) 358 77.8 5.2e-14
CCDS43720.1 PSD3 gene_id:23362|Hs108|chr8 (1047) 358 77.8 5.3e-14
CCDS4216.1 PSD2 gene_id:84249|Hs108|chr5 ( 771) 354 77.0 6.8e-14
CCDS3820.1 FBXO8 gene_id:26269|Hs108|chr4 ( 319) 319 70.2 3.1e-12
>>CCDS12722.1 CYTH2 gene_id:9266|Hs108|chr19 (399 aa)
initn: 2686 init1: 2686 opt: 2686 Z-score: 2727.6 bits: 513.6 E(32554): 1.3e-145
Smith-Waterman score: 2686; 100.0% identity (100.0% similar) in 399 aa overlap (1-399:1-399)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MEDGVYEPPDLTPEERMELENIRRRKQELLVEIQRLREELSEAMSEVEGLEANEGSKTLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 MEDGVYEPPDLTPEERMELENIRRRKQELLVEIQRLREELSEAMSEVEGLEANEGSKTLQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 RNRKMAMGRKKFNMDPKKGIQFLVENELLQNTPEEIARFLYKGEGLNKTAIGDYLGEREE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 RNRKMAMGRKKFNMDPKKGIQFLVENELLQNTPEEIARFLYKGEGLNKTAIGDYLGEREE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 LNLAVLHAFVDLHEFTDLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFAQRYCLCNPGVFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LNLAVLHAFVDLHEFTDLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFAQRYCLCNPGVFQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 STDTCYVLSFAVIMLNTSLHNPNVRDKPGLERFVAMNRGINEGGDLPEELLRNLYDSIRN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 STDTCYVLSFAVIMLNTSLHNPNVRDKPGLERFVAMNRGINEGGDLPEELLRNLYDSIRN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 EPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTTDKEPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 EPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTTDKEPR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 GIIPLENLSIREVDDPRKPNCFELYIPNNKGQLIKACKTEADGRVVEGNHMVYRISAPTQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 GIIPLENLSIREVDDPRKPNCFELYIPNNKGQLIKACKTEADGRVVEGNHMVYRISAPTQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390
pF1KE0 EEKDEWIKSIQAAVSVDPFYEMLAARKKRISVKKKQEQP
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 EEKDEWIKSIQAAVSVDPFYEMLAARKKRISVKKKQEQP
370 380 390
>>CCDS32754.1 CYTH1 gene_id:9267|Hs108|chr17 (397 aa)
initn: 2300 init1: 2275 opt: 2275 Z-score: 2311.6 bits: 436.6 E(32554): 2e-122
Smith-Waterman score: 2275; 83.0% identity (94.4% similar) in 395 aa overlap (2-396:3-397)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MEDGVYEPPDLTPEERMELENIRRRKQELLVEIQRLREELSEAMSEVEGLEANEGSKTL
:: : : ::: :::.:::::::::::::..::::..:..:. .:.:.: ..: :..
CCDS32 MEEDDSYVPSDLTAEERQELENIRRRKQELLADIQRLKDEIAEVANEIENLGSTEERKNM
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 QRNRKMAMGRKKFNMDPKKGIQFLVENELLQNTPEEIARFLYKGEGLNKTAIGDYLGERE
:::...::::::::::::::::::.::.::.:: :.::.::::::::::::::::::::.
CCDS32 QRNKQVAMGRKKFNMDPKKGIQFLIENDLLKNTCEDIAQFLYKGEGLNKTAIGDYLGERD
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 ELNLAVLHAFVDLHEFTDLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFAQRYCLCNPGVF
:.:. ::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :: :::
CCDS32 EFNIQVLHAFVELHEFTDLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFAQRYCQCNNGVF
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 QSTDTCYVLSFAVIMLNTSLHNPNVRDKPGLERFVAMNRGINEGGDLPEELLRNLYDSIR
::::::::::::.::::::::::::.::: .:::.:::::::.:::::::::::::.::.
CCDS32 QSTDTCYVLSFAIIMLNTSLHNPNVKDKPTVERFIAMNRGINDGGDLPEELLRNLYESIK
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 NEPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTTDKEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 NEPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTTDKEP
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 RGIIPLENLSIREVDDPRKPNCFELYIPNNKGQLIKACKTEADGRVVEGNHMVYRISAPT
::::::::::::::.: .::::::::::.:: :.::::::::::::::::: ::::::::
CCDS32 RGIIPLENLSIREVEDSKKPNCFELYIPDNKDQVIKACKTEADGRVVEGNHTVYRISAPT
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390
pF1KE0 QEEKDEWIKSIQAAVSVDPFYEMLAARKKRISVKKKQEQP
:::.:::: :.::.: ::::::::::::..: :..
CCDS32 PEEKEEWIKCIKAAISRDPFYEMLAARKKKVSSTKRH
370 380 390
>>CCDS42392.2 CYTH1 gene_id:9267|Hs108|chr17 (398 aa)
initn: 2277 init1: 1533 opt: 2263 Z-score: 2299.4 bits: 434.3 E(32554): 9.3e-122
Smith-Waterman score: 2263; 82.8% identity (94.2% similar) in 396 aa overlap (2-396:3-398)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MEDGVYEPPDLTPEERMELENIRRRKQELLVEIQRLREELSEAMSEVEGLEANEGSKTL
:: : : ::: :::.:::::::::::::..::::..:..:. .:.:.: ..: :..
CCDS42 MEEDDSYVPSDLTAEERQELENIRRRKQELLADIQRLKDEIAEVANEIENLGSTEERKNM
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 QRNRKMAMGRKKFNMDPKKGIQFLVENELLQNTPEEIARFLYKGEGLNKTAIGDYLGERE
:::...::::::::::::::::::.::.::.:: :.::.::::::::::::::::::::.
CCDS42 QRNKQVAMGRKKFNMDPKKGIQFLIENDLLKNTCEDIAQFLYKGEGLNKTAIGDYLGERD
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 ELNLAVLHAFVDLHEFTDLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFAQRYCLCNPGVF
:.:. ::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :: :::
CCDS42 EFNIQVLHAFVELHEFTDLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFAQRYCQCNNGVF
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 QSTDTCYVLSFAVIMLNTSLHNPNVRDKPGLERFVAMNRGINEGGDLPEELLRNLYDSIR
::::::::::::.::::::::::::.::: .:::.:::::::.:::::::::::::.::.
CCDS42 QSTDTCYVLSFAIIMLNTSLHNPNVKDKPTVERFIAMNRGINDGGDLPEELLRNLYESIK
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 NEPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGG-RVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTTDKE
:::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 NEPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTTDKE
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 PRGIIPLENLSIREVDDPRKPNCFELYIPNNKGQLIKACKTEADGRVVEGNHMVYRISAP
:::::::::::::::.: .::::::::::.:: :.::::::::::::::::: :::::::
CCDS42 PRGIIPLENLSIREVEDSKKPNCFELYIPDNKDQVIKACKTEADGRVVEGNHTVYRISAP
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390
pF1KE0 TQEEKDEWIKSIQAAVSVDPFYEMLAARKKRISVKKKQEQP
: :::.:::: :.::.: ::::::::::::..: :..
CCDS42 TPEEKEEWIKCIKAAISRDPFYEMLAARKKKVSSTKRH
370 380 390
>>CCDS5346.1 CYTH3 gene_id:9265|Hs108|chr7 (399 aa)
initn: 2221 init1: 2221 opt: 2224 Z-score: 2259.9 bits: 427.0 E(32554): 1.5e-119
Smith-Waterman score: 2224; 80.9% identity (94.0% similar) in 397 aa overlap (2-394:3-399)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MEDGVYE----PPDLTPEERMELENIRRRKQELLVEIQRLREELSEAMSEVEGLEANEG
::: : : ::. ::: :: .:::::.::. .:.::. :..:.:.:...: . :
CCDS53 MDEDGGGEGGGVPEDLSLEEREELLDIRRRKKELIDDIERLKYEIAEVMTEIDNLTSVEE
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 SKTLQRNRKMAMGRKKFNMDPKKGIQFLVENELLQNTPEEIARFLYKGEGLNKTAIGDYL
::: :::...::::::::::::::::::.::.:::..::..:.:::::::::::.:::::
CCDS53 SKTTQRNKQIAMGRKKFNMDPKKGIQFLIENDLLQSSPEDVAQFLYKGEGLNKTVIGDYL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 GEREELNLAVLHAFVDLHEFTDLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFAQRYCLCN
:::.:.:. ::.:::.::::.::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::
CCDS53 GERDEFNIKVLQAFVELHEFADLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFASRYCLCN
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 PGVFQSTDTCYVLSFAVIMLNTSLHNPNVRDKPGLERFVAMNRGINEGGDLPEELLRNLY
::::::::::::::::.::::::::: :::::: :::.:::::::::::::::::::::
CCDS53 PGVFQSTDTCYVLSFAIIMLNTSLHNHNVRDKPTAERFIAMNRGINEGGDLPEELLRNLY
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 DSIRNEPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTT
.::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 ESIKNEPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTT
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 DKEPRGIIPLENLSIREVDDPRKPNCFELYIPNNKGQLIKACKTEADGRVVEGNHMVYRI
::::::::::::::::::.::::::::::: :..:::.:::::::::::::::::.::::
CCDS53 DKEPRGIIPLENLSIREVEDPRKPNCFELYNPSHKGQVIKACKTEADGRVVEGNHVVYRI
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390
pF1KE0 SAPTQEEKDEWIKSIQAAVSVDPFYEMLAARKKRISVKKKQEQP
:::. :::.::.:::.:..: ::::.:::.::.::. ::
CCDS53 SAPSPEEKEEWMKSIKASISRDPFYDMLATRKRRIANKK
370 380 390
>>CCDS13946.1 CYTH4 gene_id:27128|Hs108|chr22 (394 aa)
initn: 1939 init1: 1939 opt: 1939 Z-score: 1971.5 bits: 373.6 E(32554): 1.7e-103
Smith-Waterman score: 1939; 69.6% identity (90.5% similar) in 388 aa overlap (7-394:7-394)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MEDGVYEPPDLTPEERMELENIRRRKQELLVEIQRLREELSEAMSEVEGLEANEGSKTLQ
:: .:. : ::. :. ....:: .::.:..:......... .:. : :. :
CCDS13 MDLCHPEPAELSSGETEELQRIKWHRKQLLEDIQKLKDEIADVFAQIDCFESAEESRMAQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 RNRKMAMGRKKFNMDPKKGIQFLVENELLQNTPEEIARFLYKGEGLNKTAIGDYLGEREE
..... .::::::::: ::::...:..:: ..::::::::::::::::: :::::.
CCDS13 KEKELCIGRKKFNMDPAKGIQYFIEHKLLTPDVQDIARFLYKGEGLNKTAIGTYLGERDP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 LNLAVLHAFVDLHEFTDLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFAQRYCLCNPGVFQ
.:: ::.:::: :::..::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::
CCDS13 INLQVLQAFVDCHEFANLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFATRYCLCNPGVFQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 STDTCYVLSFAVIMLNTSLHNPNVRDKPGLERFVAMNRGINEGGDLPEELLRNLYDSIRN
::::::::::..::::::::::::::.: .::::.::::::.:.::::. ::::.:::..
CCDS13 STDTCYVLSFSIIMLNTSLHNPNVRDRPPFERFVSMNRGINNGSDLPEDQLRNLFDSIKS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 EPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTTDKEPR
:::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::
CCDS13 EPFSIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEFTTDKEPR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 GIIPLENLSIREVDDPRKPNCFELYIPNNKGQLIKACKTEADGRVVEGNHMVYRISAPTQ
:::::::::...::::.:: :.::: :. .:: ::::::..:::::::.: ::::: .
CCDS13 GIIPLENLSVQKVDDPKKPFCLELYNPSCRGQKIKACKTDGDGRVVEGKHESYRISATSA
310 320 330 340 350 360
370 380 390
pF1KE0 EEKDEWIKSIQAAVSVDPFYEMLAARKKRISVKKKQEQP
::.:.::.::.:... :::.....:::.:. :.
CCDS13 EERDQWIESIRASITRVPFYDLVSTRKKKIASKQ
370 380 390
>>CCDS6199.1 ARFGEF1 gene_id:10565|Hs108|chr8 (1849 aa)
initn: 591 init1: 396 opt: 617 Z-score: 623.4 bits: 126.4 E(32554): 2.1e-28
Smith-Waterman score: 617; 45.1% identity (77.2% similar) in 206 aa overlap (45-247:681-886)
20 30 40 50 60 70
pF1KE0 ERMELENIRRRKQELLVEIQRLREELSEAMSEVEGLEANEGSKTLQRNRKMA-MGRKKFN
... : . : ..:...... .: ::
CCDS61 SEIKHPETINRYGSLNSLESTSSSGIGSYSTQMSGTDNPEQFEVLKQQKEIIEQGIDLFN
660 670 680 690 700 710
80 90 100 110 120 130
pF1KE0 MDPKKGIQFLVENELLQNTPEEIARFLYKGEGLNKTAIGDYLGEREELNLAVLHAFVDLH
::.:::.: :. .: .:::.::.::.. : :..: .:..::. ...: :..:.:: :
CCDS61 KKPKRGIQYLQEQGMLGTTPEDIAQFLHQEERLDSTQVGEFLGDNDKFNKEVMYAYVDQH
720 730 740 750 760 770
140 150 160 170 180 190
pF1KE0 EFTDLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFAQRYCLCNPG--VFQSTDTCYVLSFA
.:. ..:.:::.:: .::::::::::::.:: :: :: :: : .: :.:: :::...
CCDS61 DFSGKDFVSALRMFLEGFRLPGEAQKIDRLMEKFAARYLECNQGQTLFASADTAYVLAYS
780 790 800 810 820 830
200 210 220 230 240 250
pF1KE0 VIMLNTSLHNPNVRDKPGLERFVAMNRGINEGGDLPEELLRNLYDSIRNEPFKIPEDDGN
.:::.:.::.:.:..: :... ::::::.. ::::: : .:. : .. ... :
CCDS61 IIMLTTDLHSPQVKNKMTKEQYIKMNRGINDSKDLPEEYLSAIYNEIAGKKISMKETKEL
840 850 860 870 880 890
260 270 280 290 300 310
pF1KE0 DLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTTDKEPRGIIPLENLSIR
CCDS61 TIPTKSSKQNVASEKQRRLLYNLEMEQMAKTAKALMEAVSHVQAPFTSATHLEHVRPMFK
900 910 920 930 940 950
>>CCDS13411.1 ARFGEF2 gene_id:10564|Hs108|chr20 (1785 aa)
initn: 568 init1: 370 opt: 588 Z-score: 594.3 bits: 121.0 E(32554): 8.8e-27
Smith-Waterman score: 588; 47.4% identity (76.8% similar) in 190 aa overlap (60-247:642-831)
30 40 50 60 70 80
pF1KE0 LVEIQRLREELSEAMSEVEGLEANEGSKTLQRNRKMAMGRKKFNMDPKKGIQFLVENELL
:... . : . :: ::.::::: :. .:
CCDS13 RCSVTSMESTVSSGTQTTVQDDPEQFEVIKQQKEIIEHGIELFNKKPKRGIQFLQEQGML
620 630 640 650 660 670
90 100 110 120 130 140
pF1KE0 QNTPEEIARFLYKGEGLNKTAIGDYLGEREELNLAVLHAFVDLHEFTDLNLVQALRQFLW
.. :.::.::.. : :..: .::.::. ..: :..:.:: .: . ..:.::: ::
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]