Result of FASTA (omim) for
pF1KE0636
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0636, 378 aa
1>>>pF1KE0636 378 - 378 aa - 378 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.1604+/-0.000765; mu= 8.9643+/- 0.047
mean_var=295.1728+/-60.676, 0's: 0 Z-trim(112.4): 2066 B-trim: 118 in 2/49
Lambda= 0.074651
statistics sampled from 19022 (21362) to 19022 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.588), E-opt: 0.2 (0.25), width: 16
Scan time: 7.050
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001070663 (OMIM: 611703) zinc finger protein 43 ( 470) 1153 138.7 2.6e-32
NP_085137 (OMIM: 611703) zinc finger protein 436 [ ( 470) 1153 138.7 2.6e-32
NP_001305065 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3 ( 453) 1144 137.7 5e-32
XP_006716174 (OMIM: 194510) PREDICTED: zinc finger ( 410) 1135 136.7 9.3e-32
XP_016868071 (OMIM: 194510) PREDICTED: zinc finger ( 410) 1135 136.7 9.3e-32
XP_016868072 (OMIM: 194510) PREDICTED: zinc finger ( 410) 1135 136.7 9.3e-32
NP_001265220 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3 ( 410) 1135 136.7 9.3e-32
NP_001265221 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3 ( 410) 1135 136.7 9.3e-32
NP_001305064 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3 ( 446) 1135 136.8 9.7e-32
NP_001265219 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3 ( 446) 1135 136.8 9.7e-32
NP_116313 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3 iso ( 446) 1135 136.8 9.7e-32
NP_001265216 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3 ( 446) 1135 136.8 9.7e-32
NP_001265213 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3 ( 446) 1135 136.8 9.7e-32
XP_011540503 (OMIM: 611703) PREDICTED: zinc finger ( 452) 1117 134.8 3.8e-31
XP_011533137 (OMIM: 604082) PREDICTED: zinc finger ( 457) 1056 128.3 3.6e-29
NP_003431 (OMIM: 604082) zinc finger protein 140 i ( 457) 1056 128.3 3.6e-29
NP_001269327 (OMIM: 194500) zinc finger protein 2 ( 387) 1053 127.8 4.1e-29
NP_001275690 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 349) 1051 127.6 4.5e-29
XP_016882739 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 1051 127.6 4.5e-29
XP_016882745 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 1051 127.6 4.5e-29
XP_016882744 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 1051 127.6 4.5e-29
XP_016882742 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 1051 127.6 4.5e-29
XP_016882743 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 1051 127.6 4.5e-29
NP_001275691 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 349) 1051 127.6 4.5e-29
XP_016882740 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 1051 127.6 4.5e-29
NP_001275689 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 349) 1051 127.6 4.5e-29
XP_016882741 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 1051 127.6 4.5e-29
XP_016881871 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1051 127.8 5.6e-29
NP_001317411 (OMIM: 613904) zinc finger protein 56 ( 527) 1051 127.8 5.6e-29
XP_016881868 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1051 127.8 5.6e-29
XP_016881869 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1051 127.8 5.6e-29
XP_016881867 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 650) 1051 128.0 6.3e-29
NP_001265438 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 665) 1051 128.0 6.4e-29
NP_001278562 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 665) 1051 128.0 6.4e-29
NP_001265437 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 667) 1051 128.0 6.4e-29
XP_011524841 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1051 128.0 6.5e-29
XP_016881865 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1051 128.0 6.5e-29
NP_689697 (OMIM: 613904) zinc finger protein 569 i ( 686) 1051 128.0 6.5e-29
XP_016881866 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1051 128.0 6.5e-29
NP_001275688 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 691) 1051 128.0 6.5e-29
NP_037388 (OMIM: 606740) zinc finger protein 180 i ( 692) 1051 128.0 6.5e-29
XP_006723109 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1051 128.0 6.6e-29
XP_006723111 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1051 128.0 6.6e-29
XP_011524840 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1051 128.0 6.6e-29
XP_006723110 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1051 128.0 6.6e-29
XP_011525582 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 734) 1051 128.0 6.7e-29
XP_011533135 (OMIM: 604082) PREDICTED: zinc finger ( 458) 1044 127.0 8.8e-29
XP_011533136 (OMIM: 604082) PREDICTED: zinc finger ( 458) 1044 127.0 8.8e-29
XP_005272399 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 542) 1040 126.7 1.3e-28
XP_005272398 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 682) 1040 126.8 1.5e-28
>>NP_001070663 (OMIM: 611703) zinc finger protein 436 [H (470 aa)
initn: 1026 init1: 1026 opt: 1153 Z-score: 701.0 bits: 138.7 E(85289): 2.6e-32
Smith-Waterman score: 1153; 44.0% identity (70.7% similar) in 389 aa overlap (1-378:7-385)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MISFQESVTFQDVAVDFTAEEWQLLDCAERTLYWDVMLENYRNLISVGCPI-TK
: . : :::.:.:. .: :::. :: :.: :: ::: ::: :..:. : ..
NP_001 MAATLLMAGSQAPVTFEDMAMYLTREEWRPLDAAQRDLYRDVMQENYGNVVSLDFEIRSE
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100
pF1KE0 TKVILKVEQGQE-PWMVEGANPHESS---PESDYPLVDEPGKHRESK------DNFLKSV
..: : : ... . . . : :.. :::. . : : . : . .....
NP_001 NEVNPKQEISEDVQFGTTSERPAENAEENPESEEGF--ESGDRSERQWGDLTAEEWVSYP
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE0 LLTFNKILTMERIHHYNMSTSLNPMRKKSYKSFEKCLPPNLDLLKYNRSYTVENAYECSE
: . .:. ...: . .: . . : . :: ......: . :.: :
NP_001 LQPVTDLLVHKEVH--------TGIRYHICSHCGKAFSQISDLNRHQKTHTGDRPYKCYE
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE0 CGKAFKKKFHFIRHEKNHTRKKPFECNDCGKAYSRKAHLATHQKIHNGERPFVCNDCGKA
:::.:... :.:.:...:: ..:..::.:::...:..:: :: ::.::.: ::.:::.
NP_001 CGKGFSRSSHLIQHQRTHTGERPYDCNECGKSFGRSSHLIQHQTIHTGEKPHKCNECGKS
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE0 FMHKAQLVVHQRLHTGEKPYECSQCGKTFTWNSSFNQHVKSHTLEKSFECKECGKTFRYS
: . ..:. ::: :.::::::: .:::.:. .: . :: ..:: :: .::.:::. :
NP_001 FCRLSHLIQHQRTHSGEKPYECEECGKSFSRSSHLAQHQRTHTGEKPYECNECGRGFSER
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE0 SSLYKHSRFHTGEKPYQCIICGKAFGNTSVLVTHQRIHTGEKPYSCIECGKAFIKKSHLL
:.: :: : ::::.::.: ::: :...: :: :.: ::::::: : :::. : . :::.
NP_001 SDLIKHYRVHTGERPYKCDECGKNFSQNSDLVRHRRAHTGEKPYHCNECGENFSRISHLV
300 310 320 330 340 350
350 360 370
pF1KE0 RHQITHTGEKPYECNRCGKAFSQKSNLIVHQKIHT
.:: ::::::::::: :::.::..:.::.::::::
NP_001 QHQRTHTGEKPYECNACGKSFSRSSHLITHQKIHTGEKPYECNECWRSFGERSDLIKHQR
360 370 380 390 400 410
NP_001 THTGEKPYECVQCGKGFTQSSNLITHQRVHTGEKPYECTECEKSFSRSSALIKHKRVHTD
420 430 440 450 460 470
>--
initn: 387 init1: 387 opt: 387 Z-score: 255.2 bits: 56.2 E(85289): 1.8e-07
Smith-Waterman score: 387; 58.3% identity (83.3% similar) in 84 aa overlap (295-378:386-469)
270 280 290 300 310 320
pF1KE0 HTLEKSFECKECGKTFRYSSSLYKHSRFHTGEKPYQCIICGKAFGNTSVLVTHQRIHTGE
:::::.: : ..::. : :. ::: ::::
NP_001 HTGEKPYECNACGKSFSRSSHLITHQKIHTGEKPYECNECWRSFGERSDLIKHQRTHTGE
360 370 380 390 400 410
330 340 350 360 370
pF1KE0 KPYSCIECGKAFIKKSHLLRHQITHTGEKPYECNRCGKAFSQKSNLIVHQKIHT
::: :..:::.: ..:.:. :: .:::::::::..: :.::..: :: :...::
NP_001 KPYECVQCGKGFTQSSNLITHQRVHTGEKPYECTECEKSFSRSSALIKHKRVHTD
420 430 440 450 460 470
>>NP_085137 (OMIM: 611703) zinc finger protein 436 [Homo (470 aa)
initn: 1026 init1: 1026 opt: 1153 Z-score: 701.0 bits: 138.7 E(85289): 2.6e-32
Smith-Waterman score: 1153; 44.0% identity (70.7% similar) in 389 aa overlap (1-378:7-385)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MISFQESVTFQDVAVDFTAEEWQLLDCAERTLYWDVMLENYRNLISVGCPI-TK
: . : :::.:.:. .: :::. :: :.: :: ::: ::: :..:. : ..
NP_085 MAATLLMAGSQAPVTFEDMAMYLTREEWRPLDAAQRDLYRDVMQENYGNVVSLDFEIRSE
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100
pF1KE0 TKVILKVEQGQE-PWMVEGANPHESS---PESDYPLVDEPGKHRESK------DNFLKSV
..: : : ... . . . : :.. :::. . : : . : . .....
NP_085 NEVNPKQEISEDVQFGTTSERPAENAEENPESEEGF--ESGDRSERQWGDLTAEEWVSYP
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110 120 130 140 150 160
pF1KE0 LLTFNKILTMERIHHYNMSTSLNPMRKKSYKSFEKCLPPNLDLLKYNRSYTVENAYECSE
: . .:. ...: . .: . . : . :: ......: . :.: :
NP_085 LQPVTDLLVHKEVH--------TGIRYHICSHCGKAFSQISDLNRHQKTHTGDRPYKCYE
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170 180 190 200 210 220
pF1KE0 CGKAFKKKFHFIRHEKNHTRKKPFECNDCGKAYSRKAHLATHQKIHNGERPFVCNDCGKA
:::.:... :.:.:...:: ..:..::.:::...:..:: :: ::.::.: ::.:::.
NP_085 CGKGFSRSSHLIQHQRTHTGERPYDCNECGKSFGRSSHLIQHQTIHTGEKPHKCNECGKS
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230 240 250 260 270 280
pF1KE0 FMHKAQLVVHQRLHTGEKPYECSQCGKTFTWNSSFNQHVKSHTLEKSFECKECGKTFRYS
: . ..:. ::: :.::::::: .:::.:. .: . :: ..:: :: .::.:::. :
NP_085 FCRLSHLIQHQRTHSGEKPYECEECGKSFSRSSHLAQHQRTHTGEKPYECNECGRGFSER
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE0 SSLYKHSRFHTGEKPYQCIICGKAFGNTSVLVTHQRIHTGEKPYSCIECGKAFIKKSHLL
:.: :: : ::::.::.: ::: :...: :: :.: ::::::: : :::. : . :::.
NP_085 SDLIKHYRVHTGERPYKCDECGKNFSQNSDLVRHRRAHTGEKPYHCNECGENFSRISHLV
300 310 320 330 340 350
350 360 370
pF1KE0 RHQITHTGEKPYECNRCGKAFSQKSNLIVHQKIHT
.:: ::::::::::: :::.::..:.::.::::::
NP_085 QHQRTHTGEKPYECNACGKSFSRSSHLITHQKIHTGEKPYECNECWRSFGERSDLIKHQR
360 370 380 390 400 410
NP_085 THTGEKPYECVQCGKGFTQSSNLITHQRVHTGEKPYECTECEKSFSRSSALIKHKRVHTD
420 430 440 450 460 470
>--
initn: 387 init1: 387 opt: 387 Z-score: 255.2 bits: 56.2 E(85289): 1.8e-07
Smith-Waterman score: 387; 58.3% identity (83.3% similar) in 84 aa overlap (295-378:386-469)
270 280 290 300 310 320
pF1KE0 HTLEKSFECKECGKTFRYSSSLYKHSRFHTGEKPYQCIICGKAFGNTSVLVTHQRIHTGE
:::::.: : ..::. : :. ::: ::::
NP_085 HTGEKPYECNACGKSFSRSSHLITHQKIHTGEKPYECNECWRSFGERSDLIKHQRTHTGE
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pF1KE0 KPYSCIECGKAFIKKSHLLRHQITHTGEKPYECNRCGKAFSQKSNLIVHQKIHT
::: :..:::.: ..:.:. :: .:::::::::..: :.::..: :: :...::
NP_085 KPYECVQCGKGFTQSSNLITHQRVHTGEKPYECTECEKSFSRSSALIKHKRVHTD
420 430 440 450 460 470
>>NP_001305065 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3 isof (453 aa)
initn: 998 init1: 998 opt: 1144 Z-score: 696.0 bits: 137.7 E(85289): 5e-32
Smith-Waterman score: 1146; 43.6% identity (70.0% similar) in 390 aa overlap (2-378:52-426)
10 20 30
pF1KE0 MISFQESVTFQDVAVDFTAEEWQLLDCAERT
. ::: :::.:::: : .::. :. :.:
NP_001 PSQMCIFHPILSDFFGAAIHIPHPEIACQHVLFQELVTFEDVAVYFIRKEWKRLEPAQRD
30 40 50 60 70 80
40 50 60 70
pF1KE0 LYWDVMLENYRNLISVGCPITKTK-------------VILKVEQGQEPWMVEGANPHESS
:: ::::::: :..:. :.:. :.: : . .. . .:
NP_001 LYRDVMLENYGNVFSLDRE-TRTENDQEISEDTRSHGVLLGRFQKDISQGLKFKEAYERE
90 100 110 120 130 140
80 90 100 110 120 130
pF1KE0 PESDYPLVDEPGKHRESKDNFLKSVLLTFNKILTMERIHHYNMSTSLNPMRKKSYKSFEK
:: . ::.. . : . :... . :.. . :...:..: .
NP_001 VSLKRPLGNSPGERLNRK-------MPDFGQVTVEEKLTPRGE-------RSEKYNDFGN
150 160 170 180
140 150 160 170 180 190
pF1KE0 CLPPNLDLLKYNRSYTVENAYECSECGKAFKKKFHFIRHEKNHTRKKPFECNDCGKAYSR
. : .:....: . . ..:.::.:.:.. .:.:.. :: .::.:::.::::.:.
NP_001 SFTVNSNLISHQRLPVGDRPHKCDECSKSFNRTSDLIQHQRIHTGEKPYECNECGKAFSQ
190 200 210 220 230 240
200 210 220 230 240 250
pF1KE0 KAHLATHQKIHNGERPFVCNDCGKAFMHKAQLVVHQRLHTGEKPYECSQCGKTFTWNSSF
..:: ::.::.::.:. :.::::.: .. :..:.:.:::::::::..:::::.:.:..
NP_001 SSHLIQHQRIHTGEKPYECSDCGKTFSCSSALILHRRIHTGEKPYECNECGKTFSWSSTL
250 260 270 280 290 300
260 270 280 290 300 310
pF1KE0 NQHVKSHTLEKSFECKECGKTFRYSSSLYKHSRFHTGEKPYQCIICGKAFGNTSVLVTHQ
..: . :: :: . :.::::.: ::.: .:.:.:::::::.: :::::...: : ::
NP_001 THHQRIHTGEKPYACNECGKAFSRSSTLIHHQRIHTGEKPYECNECGKAFSQSSHLYQHQ
310 320 330 340 350 360
320 330 340 350 360 370
pF1KE0 RIHTGEKPYSCIECGKAFIKKSHLLRHQITHTGEKPYECNRCGKAFSQKSNLIVHQKIHT
::::::::: :.::: : .: :..:: ::::.::::..::::: .: :. ::.:::
NP_001 RIHTGEKPYECMECGGKFTYSSGLIQHQRIHTGENPYECSECGKAFRYSSALVRHQRIHT
370 380 390 400 410 420
NP_001 GEKPLNGIGMSKSSLRVTTELNIREST
430 440 450
>>XP_006716174 (OMIM: 194510) PREDICTED: zinc finger pro (410 aa)
initn: 1367 init1: 998 opt: 1135 Z-score: 691.1 bits: 136.7 E(85289): 9.3e-32
Smith-Waterman score: 1137; 43.7% identity (70.0% similar) in 387 aa overlap (5-378:12-383)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MISFQESVTFQDVAVDFTAEEWQLLDCAERTLYWDVMLENYRNLISVGCPITK
:: :::.:::: : .::. :. :.: :: ::::::: :..:. :.
XP_006 MLAAALLKAKSQELVTFEDVAVYFIRKEWKRLEPAQRDLYRDVMLENYGNVFSLDRE-TR
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KE0 TK-------------VILKVEQGQEPWMVEGANPHESSPESDYPLVDEPGKHRESKDNFL
:. :.: : . .. . .: :: . ::.. . :
XP_006 TENDQEISEDTRSHGVLLGRFQKDISQGLKFKEAYEREVSLKRPLGNSPGERLNRK----
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE0 KSVLLTFNKILTMERIHHYNMSTSLNPMRKKSYKSFEKCLPPNLDLLKYNRSYTVENAYE
. :... . :.. . :...:..: . . : .:....: . . ..
XP_006 ---MPDFGQVTVEEKLTPRGE-------RSEKYNDFGNSFTVNSNLISHQRLPVGDRPHK
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378 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]