Result of FASTA (omim) for
pF1KE0516
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0516, 307 aa
1>>>pF1KE0516 307 - 307 aa - 307 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0908+/-0.000394; mu= 16.7827+/- 0.024
mean_var=62.4920+/-12.731, 0's: 0 Z-trim(110.5): 9 B-trim: 0 in 0/54
Lambda= 0.162241
statistics sampled from 18889 (18898) to 18889 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.581), E-opt: 0.2 (0.222), width: 16
Scan time: 5.060
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_011508356 (OMIM: 609824) PREDICTED: HORMA domai ( 371) 903 220.2 5.1e-57
NP_115508 (OMIM: 609824) HORMA domain-containing p ( 394) 903 220.2 5.3e-57
XP_011508355 (OMIM: 609824) PREDICTED: HORMA domai ( 394) 903 220.2 5.3e-57
XP_006711633 (OMIM: 609824) PREDICTED: HORMA domai ( 323) 588 146.4 7.1e-35
XP_011508357 (OMIM: 609824) PREDICTED: HORMA domai ( 313) 564 140.8 3.4e-33
NP_001186758 (OMIM: 609824) HORMA domain-containin ( 387) 502 126.3 9.4e-29
XP_011508358 (OMIM: 609824) PREDICTED: HORMA domai ( 295) 473 119.5 8.3e-27
XP_006711634 (OMIM: 609824) PREDICTED: HORMA domai ( 316) 473 119.5 8.8e-27
>>XP_011508356 (OMIM: 609824) PREDICTED: HORMA domain-co (371 aa)
initn: 930 init1: 546 opt: 903 Z-score: 1144.7 bits: 220.2 E(85289): 5.1e-57
Smith-Waterman score: 903; 48.8% identity (76.4% similar) in 301 aa overlap (1-298:1-292)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MATAQLSHCITIHKASKETVFPSQITNEHESLKMVKKLFATSISCITYLRGLFPESSYGE
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XP_011 MATAQLQR--TPMSA---LVFPNKISTEHQSLVLVKRLLAVSVSCITYLRGIFPECAYGT
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 RHLDDLSLKILREDKKCPGSLHIIRWIQGCFDALEKRYLRMAVLTLYTDPMGSEKVTEMY
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XP_011 RYLDDLCVKILREDKNCPGSTQLVKWMLGCYDALQKKYLRMVVLAVYTNPEDPQTISECY
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 QFKFKYTKEGATMDFDSHSSSTSFESGTNNEDIKKASVLLIRKLYILMQDLEPLPNNVVL
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XP_011 QFKFKYTNNGPLMDFISKNQSN--ESSMLSTDTKKASILLIRKIYILMQNLGPLPNDVCL
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 TMKLHYYNAVTPHDYQPLGFKEGVNSHFLLFDKEPINVQVGFVSTGFHSMKVKVMTEATK
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XP_011 TMKLFYYDEVTPPDYQPPGFKDG-DCEGVIFEGEPMYLNVGEVSTPFHIFKVKVTTERER
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290
pF1KE0 VIDLENNLFRENSTTEIAHQGL-DCDEEEECNDHIQR--MNFVCSQQSSECSRKKRKVSE
. ....... .. .. : : : :.: ..: ... ... .: . . .. :
XP_011 MENIDSTILSPKQIKTPFQKILRDKDVEDE-QEHYTSDDLDIETKMEEQEKNPASSELEE
240 250 260 270 280 290
300
pF1KE0 PVKVFIPNRK
:
XP_011 PSLVCEEDEIMRSKESPDLSISHSQVEQLVNKTSELDMSESKTRSGKVFQNKMANGNQPV
300 310 320 330 340 350
>>NP_115508 (OMIM: 609824) HORMA domain-containing prote (394 aa)
initn: 937 init1: 546 opt: 903 Z-score: 1144.3 bits: 220.2 E(85289): 5.3e-57
Smith-Waterman score: 903; 48.8% identity (76.4% similar) in 301 aa overlap (1-298:1-292)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MATAQLSHCITIHKASKETVFPSQITNEHESLKMVKKLFATSISCITYLRGLFPESSYGE
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NP_115 MATAQLQR--TPMSA---LVFPNKISTEHQSLVLVKRLLAVSVSCITYLRGIFPECAYGT
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 RHLDDLSLKILREDKKCPGSLHIIRWIQGCFDALEKRYLRMAVLTLYTDPMGSEKVTEMY
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NP_115 RYLDDLCVKILREDKNCPGSTQLVKWMLGCYDALQKKYLRMVVLAVYTNPEDPQTISECY
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 QFKFKYTKEGATMDFDSHSSSTSFESGTNNEDIKKASVLLIRKLYILMQDLEPLPNNVVL
:::::::..: ::: :...:. ::. . : ::::.:::::.:::::.: ::::.: :
NP_115 QFKFKYTNNGPLMDFISKNQSN--ESSMLSTDTKKASILLIRKIYILMQNLGPLPNDVCL
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 TMKLHYYNAVTPHDYQPLGFKEGVNSHFLLFDKEPINVQVGFVSTGFHSMKVKVMTEATK
:::: ::. ::: :::: :::.: . . ..:. ::. ..:: ::: :: .:::: :: .
NP_115 TMKLFYYDEVTPPDYQPPGFKDG-DCEGVIFEGEPMYLNVGEVSTPFHIFKVKVTTERER
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290
pF1KE0 VIDLENNLFRENSTTEIAHQGL-DCDEEEECNDHIQR--MNFVCSQQSSECSRKKRKVSE
. ....... .. .. : : : :.: ..: ... ... .: . . .. :
NP_115 MENIDSTILSPKQIKTPFQKILRDKDVEDE-QEHYTSDDLDIETKMEEQEKNPASSELEE
240 250 260 270 280 290
300
pF1KE0 PVKVFIPNRK
:
NP_115 PSLVCEEDEIMRSKESPDLSISHSQVEQLVNKTSELDMSESKTRSGKVFQNKMANGNQPV
300 310 320 330 340 350
>>XP_011508355 (OMIM: 609824) PREDICTED: HORMA domain-co (394 aa)
initn: 937 init1: 546 opt: 903 Z-score: 1144.3 bits: 220.2 E(85289): 5.3e-57
Smith-Waterman score: 903; 48.8% identity (76.4% similar) in 301 aa overlap (1-298:1-292)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MATAQLSHCITIHKASKETVFPSQITNEHESLKMVKKLFATSISCITYLRGLFPESSYGE
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XP_011 MATAQLQR--TPMSA---LVFPNKISTEHQSLVLVKRLLAVSVSCITYLRGIFPECAYGT
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 RHLDDLSLKILREDKKCPGSLHIIRWIQGCFDALEKRYLRMAVLTLYTDPMGSEKVTEMY
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XP_011 RYLDDLCVKILREDKNCPGSTQLVKWMLGCYDALQKKYLRMVVLAVYTNPEDPQTISECY
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 QFKFKYTKEGATMDFDSHSSSTSFESGTNNEDIKKASVLLIRKLYILMQDLEPLPNNVVL
:::::::..: ::: :...:. ::. . : ::::.:::::.:::::.: ::::.: :
XP_011 QFKFKYTNNGPLMDFISKNQSN--ESSMLSTDTKKASILLIRKIYILMQNLGPLPNDVCL
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 TMKLHYYNAVTPHDYQPLGFKEGVNSHFLLFDKEPINVQVGFVSTGFHSMKVKVMTEATK
:::: ::. ::: :::: :::.: . . ..:. ::. ..:: ::: :: .:::: :: .
XP_011 TMKLFYYDEVTPPDYQPPGFKDG-DCEGVIFEGEPMYLNVGEVSTPFHIFKVKVTTERER
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290
pF1KE0 VIDLENNLFRENSTTEIAHQGL-DCDEEEECNDHIQR--MNFVCSQQSSECSRKKRKVSE
. ....... .. .. : : : :.: ..: ... ... .: . . .. :
XP_011 MENIDSTILSPKQIKTPFQKILRDKDVEDE-QEHYTSDDLDIETKMEEQEKNPASSELEE
240 250 260 270 280 290
300
pF1KE0 PVKVFIPNRK
:
XP_011 PSLVCEEDEIMRSKESPDLSISHSQVEQLVNKTSELDMSESKTRSGKVFQNKMANGNQPV
300 310 320 330 340 350
>>XP_006711633 (OMIM: 609824) PREDICTED: HORMA domain-co (323 aa)
initn: 609 init1: 277 opt: 588 Z-score: 747.1 bits: 146.4 E(85289): 7.1e-35
Smith-Waterman score: 588; 45.2% identity (73.1% similar) in 219 aa overlap (83-298:7-221)
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 FPESSYGERHLDDLSLKILREDKKCPGSLHIIRWIQGCFDALEKRYLRMAVLTLYTDPMG
: ::. ::.:::.:.::::.::..::.:
XP_006 MRLWNKISRWMLGCYDALQKKYLRMVVLAVYTNPED
10 20 30
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 SEKVTEMYQFKFKYTKEGATMDFDSHSSSTSFESGTNNEDIKKASVLLIRKLYILMQDLE
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XP_006 PQTISECYQFKFKYTNNGPLMDFISKNQSN--ESSMLSTDTKKASILLIRKIYILMQNLG
40 50 60 70 80 90
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 PLPNNVVLTMKLHYYNAVTPHDYQPLGFKEGVNSHFLLFDKEPINVQVGFVSTGFHSMKV
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XP_006 PLPNDVCLTMKLFYYDEVTPPDYQPPGFKDG-DCEGVIFEGEPMYLNVGEVSTPFHIFKV
100 110 120 130 140 150
240 250 260 270 280
pF1KE0 KVMTEATKVIDLENNLFRENSTTEIAHQGL-DCDEEEECNDHIQR--MNFVCSQQSSECS
:: :: .. ....... .. .. : : : :.: ..: ... ... .: .
XP_006 KVTTERERMENIDSTILSPKQIKTPFQKILRDKDVEDE-QEHYTSDDLDIETKMEEQEKN
160 170 180 190 200 210
290 300
pF1KE0 RKKRKVSEPVKVFIPNRK
. .. ::
XP_006 PASSELEEPSLVCEEDEIMRSKESPDLSISHSQVEQLVNKTSELDMSESKTRSGKVFQNK
220 230 240 250 260 270
>>XP_011508357 (OMIM: 609824) PREDICTED: HORMA domain-co (313 aa)
initn: 587 init1: 277 opt: 564 Z-score: 717.0 bits: 140.8 E(85289): 3.4e-33
Smith-Waterman score: 564; 45.1% identity (73.2% similar) in 213 aa overlap (89-298:3-211)
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 GERHLDDLSLKILREDKKCPGSLHIIRWIQGCFDALEKRYLRMAVLTLYTDPMGSEKVTE
::.:::.:.::::.::..::.: . ..:
XP_011 MLGCYDALQKKYLRMVVLAVYTNPEDPQTISE
10 20 30
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 MYQFKFKYTKEGATMDFDSHSSSTSFESGTNNEDIKKASVLLIRKLYILMQDLEPLPNNV
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XP_011 CYQFKFKYTNNGPLMDFISKNQSN--ESSMLSTDTKKASILLIRKIYILMQNLGPLPNDV
40 50 60 70 80 90
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 VLTMKLHYYNAVTPHDYQPLGFKEGVNSHFLLFDKEPINVQVGFVSTGFHSMKVKVMTEA
::::: ::. ::: :::: :::.: . . ..:. ::. ..:: ::: :: .:::: ::
XP_011 CLTMKLFYYDEVTPPDYQPPGFKDG-DCEGVIFEGEPMYLNVGEVSTPFHIFKVKVTTER
100 110 120 130 140
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 TKVIDLENNLFRENSTTEIAHQGL-DCDEEEECNDHIQR--MNFVCSQQSSECSRKKRKV
.. ....... .. .. : : : :.: ..: ... ... .: . . ..
XP_011 ERMENIDSTILSPKQIKTPFQKILRDKDVEDE-QEHYTSDDLDIETKMEEQEKNPASSEL
150 160 170 180 190 200
300
pF1KE0 SEPVKVFIPNRK
::
XP_011 EEPSLVCEEDEIMRSKESPDLSISHSQVEQLVNKTSELDMSESKTRSGKVFQNKMANGNQ
210 220 230 240 250 260
>>NP_001186758 (OMIM: 609824) HORMA domain-containing pr (387 aa)
initn: 894 init1: 393 opt: 502 Z-score: 637.2 bits: 126.3 E(85289): 9.4e-29
Smith-Waterman score: 850; 47.2% identity (74.1% similar) in 301 aa overlap (1-298:1-285)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MATAQLSHCITIHKASKETVFPSQITNEHESLKMVKKLFATSISCITYLRGLFPESSYGE
::::::.. : .: :::..:..::.:: .::.:.:.:.::::::::.::: .::
NP_001 MATAQLQR--TPMSA---LVFPNKISTEHQSLVLVKRLLAVSVSCITYLRGIFPECAYGT
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 RHLDDLSLKILREDKKCPGSLHIIRWIQGCFDALEKRYLRMAVLTLYTDPMGSEKVTEMY
:.:::: .:::::::.:::: ....:. ::.:::.:.:. ::.: . ..: :
NP_001 RYLDDLCVKILREDKNCPGSTQLVKWMLGCYDALQKKYV-------YTNPEDPQTISECY
60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 QFKFKYTKEGATMDFDSHSSSTSFESGTNNEDIKKASVLLIRKLYILMQDLEPLPNNVVL
:::::::..: ::: :...:. ::. . : ::::.:::::.:::::.: ::::.: :
NP_001 QFKFKYTNNGPLMDFISKNQSN--ESSMLSTDTKKASILLIRKIYILMQNLGPLPNDVCL
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 TMKLHYYNAVTPHDYQPLGFKEGVNSHFLLFDKEPINVQVGFVSTGFHSMKVKVMTEATK
:::: ::. ::: :::: :::.: . . ..:. ::. ..:: ::: :: .:::: :: .
NP_001 TMKLFYYDEVTPPDYQPPGFKDG-DCEGVIFEGEPMYLNVGEVSTPFHIFKVKVTTERER
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290
pF1KE0 VIDLENNLFRENSTTEIAHQGL-DCDEEEECNDHIQR--MNFVCSQQSSECSRKKRKVSE
. ....... .. .. : : : :.: ..: ... ... .: . . .. :
NP_001 MENIDSTILSPKQIKTPFQKILRDKDVEDE-QEHYTSDDLDIETKMEEQEKNPASSELEE
230 240 250 260 270 280
300
pF1KE0 PVKVFIPNRK
:
NP_001 PSLVCEEDEIMRSKESPDLSISHSQVEQLVNKTSELDMSESKTRSGKVFQNKMANGNQPV
290 300 310 320 330 340
>>XP_011508358 (OMIM: 609824) PREDICTED: HORMA domain-co (295 aa)
initn: 495 init1: 277 opt: 473 Z-score: 602.2 bits: 119.5 E(85289): 8.3e-27
Smith-Waterman score: 473; 42.9% identity (70.9% similar) in 196 aa overlap (106-298:2-193)
80 90 100 110 120 130
pF1KE0 KCPGSLHIIRWIQGCFDALEKRYLRMAVLTLYTDPMGSEKVTEMYQFKFKYTKEGATMDF
.::.: . ..: ::::::::..: :::
XP_011 MVYTNPEDPQTISECYQFKFKYTNNGPLMDF
10 20 30
140 150 160 170 180 190
pF1KE0 DSHSSSTSFESGTNNEDIKKASVLLIRKLYILMQDLEPLPNNVVLTMKLHYYNAVTPHDY
:...:. ::. . : ::::.:::::.:::::.: ::::.: ::::: ::. ::: ::
XP_011 ISKNQSN--ESSMLSTDTKKASILLIRKIYILMQNLGPLPNDVCLTMKLFYYDEVTPPDY
40 50 60 70 80
200 210 220 230 240 250
pF1KE0 QPLGFKEGVNSHFLLFDKEPINVQVGFVSTGFHSMKVKVMTEATKVIDLENNLFRENSTT
:: :::.: . . ..:. ::. ..:: ::: :: .:::: :: .. ....... ..
XP_011 QPPGFKDG-DCEGVIFEGEPMYLNVGEVSTPFHIFKVKVTTERERMENIDSTILSPKQIK
90 100 110 120 130 140
260 270 280 290 300
pF1KE0 EIAHQGL-DCDEEEECNDHIQR--MNFVCSQQSSECSRKKRKVSEPVKVFIPNRK
.. : : : :.: ..: ... ... .: . . .. ::
XP_011 TPFQKILRDKDVEDE-QEHYTSDDLDIETKMEEQEKNPASSELEEPSLVCEEDEIMRSKE
150 160 170 180 190 200
XP_011 SPDLSISHSQVEQLVNKTSELDMSESKTRSGKVFQNKMANGNQPVKSSKENRKRSQHESG
210 220 230 240 250 260
>>XP_006711634 (OMIM: 609824) PREDICTED: HORMA domain-co (316 aa)
initn: 568 init1: 277 opt: 473 Z-score: 601.8 bits: 119.5 E(85289): 8.8e-27
Smith-Waterman score: 535; 42.9% identity (69.9% similar) in 219 aa overlap (83-298:7-214)
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 FPESSYGERHLDDLSLKILREDKKCPGSLHIIRWIQGCFDALEKRYLRMAVLTLYTDPMG
: ::. ::.:::.:.:. ::.:
XP_006 MRLWNKISRWMLGCYDALQKKYV-------YTNPED
10 20
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 SEKVTEMYQFKFKYTKEGATMDFDSHSSSTSFESGTNNEDIKKASVLLIRKLYILMQDLE
. ..: ::::::::..: ::: :...:. ::. . : ::::.:::::.:::::.:
XP_006 PQTISECYQFKFKYTNNGPLMDFISKNQSN--ESSMLSTDTKKASILLIRKIYILMQNLG
30 40 50 60 70 80
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 PLPNNVVLTMKLHYYNAVTPHDYQPLGFKEGVNSHFLLFDKEPINVQVGFVSTGFHSMKV
::::.: ::::: ::. ::: :::: :::.: . . ..:. ::. ..:: ::: :: .::
XP_006 PLPNDVCLTMKLFYYDEVTPPDYQPPGFKDG-DCEGVIFEGEPMYLNVGEVSTPFHIFKV
90 100 110 120 130 140
240 250 260 270 280
pF1KE0 KVMTEATKVIDLENNLFRENSTTEIAHQGL-DCDEEEECNDHIQR--MNFVCSQQSSECS
:: :: .. ....... .. .. : : : :.: ..: ... ... .: .
XP_006 KVTTERERMENIDSTILSPKQIKTPFQKILRDKDVEDE-QEHYTSDDLDIETKMEEQEKN
150 160 170 180 190 200
290 300
pF1KE0 RKKRKVSEPVKVFIPNRK
. .. ::
XP_006 PASSELEEPSLVCEEDEIMRSKESPDLSISHSQVEQLVNKTSELDMSESKTRSGKVFQNK
210 220 230 240 250 260
307 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 02:34:22 2016 done: Thu Nov 3 02:34:23 2016
Total Scan time: 5.060 Total Display time: -0.010
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]