Result of FASTA (ccds) for
pF1KE0483
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0483, 343 aa
1>>>pF1KE0483 343 - 343 aa - 343 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9804+/-0.000849; mu= 13.7522+/- 0.051
mean_var=82.2746+/-15.923, 0's: 0 Z-trim(108.0): 16 B-trim: 5 in 1/50
Lambda= 0.141397
statistics sampled from 9945 (9957) to 9945 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.677), E-opt: 0.2 (0.306), width: 16
Scan time: 2.430
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS13919.1 APOL6 gene_id:80830|Hs108|chr22 ( 343) 2204 459.1 2.5e-129
CCDS13920.1 APOL5 gene_id:80831|Hs108|chr22 ( 433) 626 137.2 2.4e-32
CCDS13922.1 APOL3 gene_id:80833|Hs108|chr22 ( 402) 530 117.6 1.8e-26
CCDS43014.1 APOL2 gene_id:23780|Hs108|chr22 ( 337) 502 111.9 8e-25
CCDS46702.1 APOL1 gene_id:8542|Hs108|chr22 ( 380) 487 108.8 7.4e-24
CCDS13926.1 APOL1 gene_id:8542|Hs108|chr22 ( 398) 487 108.8 7.7e-24
CCDS13925.1 APOL1 gene_id:8542|Hs108|chr22 ( 414) 487 108.8 7.9e-24
CCDS13924.1 APOL3 gene_id:80833|Hs108|chr22 ( 202) 371 85.0 5.7e-17
>>CCDS13919.1 APOL6 gene_id:80830|Hs108|chr22 (343 aa)
initn: 2204 init1: 2204 opt: 2204 Z-score: 2435.4 bits: 459.1 E(32554): 2.5e-129
Smith-Waterman score: 2204; 100.0% identity (100.0% similar) in 343 aa overlap (1-343:1-343)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MDNQAERESEAGVGLQRDEDDAPLCEDVELQDGDLSPEEKIFLREFPRLKEDLKGNIDKL
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CCDS13 MDNQAERESEAGVGLQRDEDDAPLCEDVELQDGDLSPEEKIFLREFPRLKEDLKGNIDKL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 RALADDIDKTHKKFTKANMVATSTAVISGVMSLLGLALAPATGGGSLLLSTAGQGLATAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 RALADDIDKTHKKFTKANMVATSTAVISGVMSLLGLALAPATGGGSLLLSTAGQGLATAA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 GVTSIVSGTLERSKNKEAQARAEDILPTYDQEDREDEEEKADYVTAAGKIIYNLRNTLKY
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CCDS13 GVTSIVSGTLERSKNKEAQARAEDILPTYDQEDREDEEEKADYVTAAGKIIYNLRNTLKY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 AKKNVRAFWKLRANPRLANATKRLLTTGQVSSRSRVQVQKAFAGTTLAMTKNARVLGGVM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 AKKNVRAFWKLRANPRLANATKRLLTTGQVSSRSRVQVQKAFAGTTLAMTKNARVLGGVM
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 SAFSLGYDLATLSKEWKHLKEGARTKFAEELRAKALELERKLTELTQLYKSLQQKVRSRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SAFSLGYDLATLSKEWKHLKEGARTKFAEELRAKALELERKLTELTQLYKSLQQKVRSRA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340
pF1KE0 RGVGKDLTGTCETEAYWKELREHVWMWLWLCVCLCVCVYVQFT
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 RGVGKDLTGTCETEAYWKELREHVWMWLWLCVCLCVCVYVQFT
310 320 330 340
>>CCDS13920.1 APOL5 gene_id:80831|Hs108|chr22 (433 aa)
initn: 621 init1: 385 opt: 626 Z-score: 694.2 bits: 137.2 E(32554): 2.4e-32
Smith-Waterman score: 626; 39.5% identity (72.2% similar) in 281 aa overlap (25-302:85-363)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MDNQAERESEAGVGLQRDEDDAPLCEDVELQDGDLSPEEKIFLREFPRLKEDLK
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CCDS13 QSWKINNLMSTVHSDEAGMLSYFLFEELMRCDKDSMPDGNLSEEEKLFLSYFPLHKFELE
60 70 80 90 100 110
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 GNIDKLRALADDIDKTHKKFTKANMVATSTAVISGVMSLLGLALAPATGGGSLLLSTAGQ
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CCDS13 QNIKELNTLADQVDTTHELLTKTSLVASSSGAVSGVMNILGLALAPVTAGGSLMLSATGT
120 130 140 150 160 170
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 GLATAAGVTSIVSGTLERSKNKEAQARAEDILPTYDQEDREDEEEKADYVTAAGKIIYNL
::..::..:.::...:: .:. :. .: . : ... . .. . ::: . .
CCDS13 GLGAAAAITNIVTNVLENRSNSAARDKASRLGPLTTSHEAFGGINWSE-IEAAGFCVNKC
180 190 200 210 220 230
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 RNTLKYAKKNVRAFWKLRANPRLANATKRLLTTGQVSSRSRVQVQKAFAGTTLAMTKNAR
.... . :...:. ..: . .: ... .. . ::.:: :::::::..:
CCDS13 VKAIQ-GIKDLHAYQMAKSNSGFMAMVKNFVAKRHIPFWTARGVQRAFEGTTLAMTNGAW
240 250 260 270 280 290
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 VLGGVMSAFSLGYDLATLSKEWKHLKEGARTKFAEELRAKALELERKLTELTQLYKSLQQ
:.:.. ..: : :.... . ::::..::::. :::::: : .::..: .::: .. : :
CCDS13 VMGAAGAGFLLMKDMSSFLQSWKHLEDGARTETAEELRALAKKLEQELDRLTQHHRHLPQ
300 310 320 330 340 350
300 310 320 330 340
pF1KE0 KVR---SRARGVGKDLTGTCETEAYWKELREHVWMWLWLCVCLCVCVYVQFT
:. : .::
CCDS13 KASQTCSSSRGRAVRGSRVVKPEGSRSPLPWPVVEHQPRLGPGVALRTPKRTVSAPRMLG
360 370 380 390 400 410
>>CCDS13922.1 APOL3 gene_id:80833|Hs108|chr22 (402 aa)
initn: 591 init1: 325 opt: 530 Z-score: 588.8 bits: 117.6 E(32554): 1.8e-26
Smith-Waterman score: 536; 36.8% identity (68.9% similar) in 302 aa overlap (2-292:102-396)
10 20
pF1KE0 MDNQAERESEAGVGLQRDEDDA---------
.:.: .. ... : ::: ::
CCDS13 SFLEKKRFTEEATKYFRERVSPVHLQILLTNNEAWKRFVTAAELPRDEADALYEALKKLR
80 90 100 110 120 130
30 40 50 60 70 80
pF1KE0 --PLCEDVELQDGDLSPEEKIFLREFPRLKEDLKGNIDKLRALADDIDKTHKKFTKANMV
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CCDS13 TYAAIEDEYVQQKDEQFREW-FLKEFPQVKRKIQESIEKLRALANGIEEVHRGCTISNVV
140 150 160 170 180 190
90 100 110 120 130 140
pF1KE0 ATSTAVISGVMSLLGLALAPATGGGSLLLSTAGQGLATAAGVTSIVSGTLERSKNKEAQA
..::.. ::.::: ::.::: :.: :: :..:: ::..:..::.:... .:.: .. :.:
CCDS13 SSSTGAASGIMSLAGLVLAPFTAGTSLALTAAGVGLGAASAVTGITTSIVEHSYTSSAEA
200 210 220 230 240 250
150 160 170 180 190 200
pF1KE0 RAEDILPTYDQEDREDEEEKADYVTAAGKIIYNLRNTLKYAKKNVRAFWKLRANPRLANA
.: . : .. . .: : . ... : .. . ...::. . :: ::
CCDS13 EASRLTATSIDRLKVFKEVMRDITPNLLSLLNNYYEATQTIGSEIRAIRQARARARLP--
260 270 280 290 300
210 220 230 240 250 260
pF1KE0 TKRLLTTGQVSSRSRVQVQKAFAGTTLAMTKNARVLGGVMSAFSLGYDLATLSKEWKHLK
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CCDS13 ----VTTWRISAGSGGQAERTIAGTTRAVSRGARILSATTSGIFLALDVVNLVYESKHLH
310 320 330 340 350 360
270 280 290 300 310 320
pF1KE0 EGARTKFAEELRAKALELERKLTELTQLYKSLQQKVRSRARGVGKDLTGTCETEAYWKEL
:::.. ::::: .: :::..: ::::.:. :
CCDS13 EGAKSASAEELRRQAQELEENLMELTQIYQRLNPCHTH
370 380 390 400
330 340
pF1KE0 REHVWMWLWLCVCLCVCVYVQFT
>>CCDS43014.1 APOL2 gene_id:23780|Hs108|chr22 (337 aa)
initn: 498 init1: 498 opt: 502 Z-score: 559.1 bits: 111.9 E(32554): 8e-25
Smith-Waterman score: 503; 32.5% identity (68.2% similar) in 302 aa overlap (2-293:31-332)
10 20
pF1KE0 MDNQAERESEAGVGLQRDEDDA------PLC
:..: :.. : ::: : :
CCDS43 MNPESSIFIEDYLKYFQDQVSRENLLQLLTDDEAWNGFVAAAELPRDEADELRKALNKLA
10 20 30 40 50 60
30 40 50 60 70 80
pF1KE0 EDVELQDGDLSPEEKI----FLREFPRLKEDLKGNIDKLRALADDIDKTHKKFTKANMVA
. ..: . ... ::.::::::..:. .: ::::::......:. : ::.:.
CCDS43 SHMVMKDKNRHDKDQQHRQWFLKEFPRLKRELEDHIRKLRALAEEVEQVHRGTTIANVVS
70 80 90 100 110 120
90 100 110 120 130 140
pF1KE0 TSTAVISGVMSLLGLALAPATGGGSLLLSTAGQGLATAAGVTSIVSGTLERSKNKEAQAR
.:... ::...::::.::: : : :..: .:.::..::.:..:. ...: .. .:.:.
CCDS43 NSVGTTSGILTLLGLGLAPFTEGISFVLLDTGMGLGAAAAVAGITCSVVELVNKLRARAQ
130 140 150 160 170 180
150 160 170 180 190 200
pF1KE0 AEDILPTYDQEDREDEEEKADYVTAAGKIIYNLRNTLKYAKKNVRAFWKLRANPRLANAT
:... . . . .: . . . .. : .. . .:.::. . ::::.:. .
CCDS43 ARNLDQSGTNVAKVMKEFVGGNTPNVLTLVDNWYQVTQGIGRNIRAIRRARANPQLGAYA
190 200 210 220 230 240
210 220 230 240 250 260
pF1KE0 KRLLTTGQVSSRSRVQVQKAFAGTTLAMTKNARVLGGVMSAFSLGYDLATLSKEWKHLKE
. :..:... ::... : . ::.... ..:.. ... : :...:. : ::: :
CCDS43 PPPHVIGRISAEGGEQVERVVEGPAQAMSRGTMIVGAATGGILLLLDVVSLAYESKHLLE
250 260 270 280 290 300
270 280 290 300 310 320
pF1KE0 GARTKFAEELRAKALELERKLTELTQLYKSLQQKVRSRARGVGKDLTGTCETEAYWKELR
::... ::::. .: ::: ::. ::.... ::
CCDS43 GAKSESAEELKKRAQELEGKLNFLTKIHEMLQPGQDQ
310 320 330
330 340
pF1KE0 EHVWMWLWLCVCLCVCVYVQFT
>>CCDS46702.1 APOL1 gene_id:8542|Hs108|chr22 (380 aa)
initn: 453 init1: 341 opt: 487 Z-score: 541.8 bits: 108.8 E(32554): 7.4e-24
Smith-Waterman score: 488; 35.2% identity (64.8% similar) in 310 aa overlap (2-293:72-375)
10 20
pF1KE0 MDNQAERESEAGVGLQRDEDDA------PLC
::.: :.. : :.: : :
CCDS46 MDPESSIFIEDAIKYFKEKVSTQNLLLLLTDNEAWNGFVAAAELPRNEADELRKALDNLA
50 60 70 80 90 100
30 40 50 60 70 80
pF1KE0 EDVELQDGDLSPE----EKIFLREFPRLKEDLKGNIDKLRALADDIDKTHKKFTKANMVA
... ..: . . .. ::.:::::: .:. :: .:::::: ..:.:: : ::.:.
CCDS46 RQMIMKDKNWHDKGQQYRNWFLKEFPRLKSELEDNIRRLRALADGVQKVHKGTTIANVVS
110 120 130 140 150 160
90 100 110 120 130 140
pF1KE0 TSTAVISGVMSLLGLALAPATGGGSLLLSTAGQGLATAAGVTSIVSGTLERSKNKEAQAR
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CCDS46 GSLSISSGILTLVGMGLAPFTEGGSLVLLEPGMELGITAALTGITSSTMDYGKKWWTQAQ
170 180 190 200 210 220
150 160 170 180 190
pF1KE0 AED-ILPTYDQ--EDRE-DEEEKADYVTAAGKIIYNLRNTLKYAKKNVRAFWKLRAN---
:.: .. . :. : :: :. ..... :: : . . :..::. . :::
CCDS46 AHDLVIKSLDKLKEVREFLGENISNFLSLAG----NTYQLTRGIGKDIRALRRARANLQS
230 240 250 260 270
200 210 220 230 240 250
pF1KE0 -PRLANATKRLLTTGQVSSRSRVQVQKAFAGTTLAMTKNARVLGGVMSAFSLGYDLATLS
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CCDS46 VPHASASRPRV--TEPISAESGEQVERVNEPSILEMSRGVKLTDVAPVSFFLVLDVVYLV
280 290 300 310 320 330
260 270 280 290 300 310
pF1KE0 KEWKHLKEGARTKFAEELRAKALELERKLTELTQLYKSLQQKVRSRARGVGKDLTGTCET
: :::.:::... ::::. : :::.::. :.. :: ::
CCDS46 YESKHLHEGAKSETAEELKKVAQELEEKLNILNNNYKILQADQEL
340 350 360 370 380
320 330 340
pF1KE0 EAYWKELREHVWMWLWLCVCLCVCVYVQFT
>>CCDS13926.1 APOL1 gene_id:8542|Hs108|chr22 (398 aa)
initn: 453 init1: 341 opt: 487 Z-score: 541.5 bits: 108.8 E(32554): 7.7e-24
Smith-Waterman score: 488; 35.2% identity (64.8% similar) in 310 aa overlap (2-293:90-393)
10 20
pF1KE0 MDNQAERESEAGVGLQRDEDDA------PLC
::.: :.. : :.: : :
CCDS13 MDPESSIFIEDAIKYFKEKVSTQNLLLLLTDNEAWNGFVAAAELPRNEADELRKALDNLA
60 70 80 90 100 110
30 40 50 60 70 80
pF1KE0 EDVELQDGDLSPE----EKIFLREFPRLKEDLKGNIDKLRALADDIDKTHKKFTKANMVA
... ..: . . .. ::.:::::: .:. :: .:::::: ..:.:: : ::.:.
CCDS13 RQMIMKDKNWHDKGQQYRNWFLKEFPRLKSELEDNIRRLRALADGVQKVHKGTTIANVVS
120 130 140 150 160 170
90 100 110 120 130 140
pF1KE0 TSTAVISGVMSLLGLALAPATGGGSLLLSTAGQGLATAAGVTSIVSGTLERSKNKEAQAR
: .. ::...:.:..::: : ::::.: :. :. .:..:.:.:.:.. .:. .::.
CCDS13 GSLSISSGILTLVGMGLAPFTEGGSLVLLEPGMELGITAALTGITSSTMDYGKKWWTQAQ
180 190 200 210 220 230
150 160 170 180 190
pF1KE0 AED-ILPTYDQ--EDRE-DEEEKADYVTAAGKIIYNLRNTLKYAKKNVRAFWKLRAN---
:.: .. . :. : :: :. ..... :: : . . :..::. . :::
CCDS13 AHDLVIKSLDKLKEVREFLGENISNFLSLAG----NTYQLTRGIGKDIRALRRARANLQS
240 250 260 270 280 290
200 210 220 230 240 250
pF1KE0 -PRLANATKRLLTTGQVSSRSRVQVQKAFAGTTLAMTKNARVLGGVMSAFSLGYDLATLS
:. . . :. : .:..: ::... . : :...... . .: : :.. :
CCDS13 VPHASASRPRV--TEPISAESGEQVERVNEPSILEMSRGVKLTDVAPVSFFLVLDVVYLV
300 310 320 330 340 350
260 270 280 290 300 310
pF1KE0 KEWKHLKEGARTKFAEELRAKALELERKLTELTQLYKSLQQKVRSRARGVGKDLTGTCET
: :::.:::... ::::. : :::.::. :.. :: ::
CCDS13 YESKHLHEGAKSETAEELKKVAQELEEKLNILNNNYKILQADQEL
360 370 380 390
320 330 340
pF1KE0 EAYWKELREHVWMWLWLCVCLCVCVYVQFT
>>CCDS13925.1 APOL1 gene_id:8542|Hs108|chr22 (414 aa)
initn: 453 init1: 341 opt: 487 Z-score: 541.2 bits: 108.8 E(32554): 7.9e-24
Smith-Waterman score: 488; 35.2% identity (64.8% similar) in 310 aa overlap (2-293:106-409)
10 20
pF1KE0 MDNQAERESEAGVGLQRDEDDA------PLC
::.: :.. : :.: : :
CCDS13 MDPESSIFIEDAIKYFKEKVSTQNLLLLLTDNEAWNGFVAAAELPRNEADELRKALDNLA
80 90 100 110 120 130
30 40 50 60 70 80
pF1KE0 EDVELQDGDLSPE----EKIFLREFPRLKEDLKGNIDKLRALADDIDKTHKKFTKANMVA
... ..: . . .. ::.:::::: .:. :: .:::::: ..:.:: : ::.:.
CCDS13 RQMIMKDKNWHDKGQQYRNWFLKEFPRLKSELEDNIRRLRALADGVQKVHKGTTIANVVS
140 150 160 170 180 190
90 100 110 120 130 140
pF1KE0 TSTAVISGVMSLLGLALAPATGGGSLLLSTAGQGLATAAGVTSIVSGTLERSKNKEAQAR
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CCDS13 GSLSISSGILTLVGMGLAPFTEGGSLVLLEPGMELGITAALTGITSSTMDYGKKWWTQAQ
200 210 220 230 240 250
150 160 170 180 190
pF1KE0 AED-ILPTYDQ--EDRE-DEEEKADYVTAAGKIIYNLRNTLKYAKKNVRAFWKLRAN---
:.: .. . :. : :: :. ..... :: : . . :..::. . :::
CCDS13 AHDLVIKSLDKLKEVREFLGENISNFLSLAG----NTYQLTRGIGKDIRALRRARANLQS
260 270 280 290 300 310
200 210 220 230 240 250
pF1KE0 -PRLANATKRLLTTGQVSSRSRVQVQKAFAGTTLAMTKNARVLGGVMSAFSLGYDLATLS
:. . . :. : .:..: ::... . : :...... . .: : :.. :
CCDS13 VPHASASRPRV--TEPISAESGEQVERVNEPSILEMSRGVKLTDVAPVSFFLVLDVVYLV
320 330 340 350 360
260 270 280 290 300 310
pF1KE0 KEWKHLKEGARTKFAEELRAKALELERKLTELTQLYKSLQQKVRSRARGVGKDLTGTCET
: :::.:::... ::::. : :::.::. :.. :: ::
CCDS13 YESKHLHEGAKSETAEELKKVAQELEEKLNILNNNYKILQADQEL
370 380 390 400 410
320 330 340
pF1KE0 EAYWKELREHVWMWLWLCVCLCVCVYVQFT
>>CCDS13924.1 APOL3 gene_id:80833|Hs108|chr22 (202 aa)
initn: 387 init1: 228 opt: 371 Z-score: 418.1 bits: 85.0 E(32554): 5.7e-17
Smith-Waterman score: 371; 37.6% identity (70.3% similar) in 202 aa overlap (91-292:1-196)
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 RALADDIDKTHKKFTKANMVATSTAVISGVMSLLGLALAPATGGGSLLLSTAGQGLATAA
::: ::.::: :.: :: :..:: ::..:.
CCDS13 MSLAGLVLAPFTAGTSLALTAAGVGLGAAS
10 20 30
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 GVTSIVSGTLERSKNKEAQARAEDILPTYDQEDREDEEEKADYVTAAGKIIYNLRNTLKY
.::.:... .:.: .. :.:.: . : .. . .: : . ... : .. .
CCDS13 AVTGITTSIVEHSYTSSAEAEASRLTATSIDRLKVFKEVMRDITPNLLSLLNNYYEATQT
40 50 60 70 80 90
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 AKKNVRAFWKLRANPRLANATKRLLTTGQVSSRSRVQVQKAFAGTTLAMTKNARVLGGVM
...::. . :: :: .:: ..:. : :.....:::: :....::.:...
CCDS13 IGSEIRAIRQARARARLP------VTTWRISAGSGGQAERTIAGTTRAVSRGARILSATT
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