Result of FASTA (omim) for
pF1KE0371
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0371, 562 aa
1>>>pF1KE0371 562 - 562 aa - 562 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0376+/-0.000324; mu= 21.1724+/- 0.020
mean_var=74.5341+/-15.170, 0's: 0 Z-trim(116.3): 18 B-trim: 0 in 0/55
Lambda= 0.148558
statistics sampled from 27344 (27361) to 27344 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.668), E-opt: 0.2 (0.321), width: 16
Scan time: 9.390
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_835454 (OMIM: 607827) otopetrin-2 [Homo sapiens ( 562) 3792 822.1 0
XP_011523781 (OMIM: 607827) PREDICTED: otopetrin-2 ( 562) 3792 822.1 0
NP_819056 (OMIM: 607806) otopetrin-1 [Homo sapiens ( 612) 871 196.1 2.8e-49
XP_011523046 (OMIM: 607828) PREDICTED: otopetrin-3 ( 567) 556 128.5 5.5e-29
NP_001258934 (OMIM: 607828) otopetrin-3 isoform 2 ( 578) 556 128.5 5.6e-29
NP_839947 (OMIM: 607828) otopetrin-3 isoform 1 [Ho ( 596) 556 128.6 5.7e-29
>>NP_835454 (OMIM: 607827) otopetrin-2 [Homo sapiens] (562 aa)
initn: 3792 init1: 3792 opt: 3792 Z-score: 4389.7 bits: 822.1 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 3792; 100.0% identity (100.0% similar) in 562 aa overlap (1-562:1-562)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MSEELAQGPKESPPAPRAGPREVWKKGGRLLSVLLAVNVLLLACTLISGGAFNKVAVYDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_835 MSEELAQGPKESPPAPRAGPREVWKKGGRLLSVLLAVNVLLLACTLISGGAFNKVAVYDT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 DVFALLTAMMLLATLWILFYLLRTVRCPCAVPYRDAHAGPIWLRGGLVLFGICTLIMDVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_835 DVFALLTAMMLLATLWILFYLLRTVRCPCAVPYRDAHAGPIWLRGGLVLFGICTLIMDVF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 KTGYYSSFFECQSAIKILHPLIQAVFVIIQTYFLWVSAKDCVHVHLDLTWCGLMFTLTTN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_835 KTGYYSSFFECQSAIKILHPLIQAVFVIIQTYFLWVSAKDCVHVHLDLTWCGLMFTLTTN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 LAIWMAAVVDESVHQSHSYSSSHSNASHARLISDQHADNPVGGDSCLCSTAVCQIFQQGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_835 LAIWMAAVVDESVHQSHSYSSSHSNASHARLISDQHADNPVGGDSCLCSTAVCQIFQQGY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 FYLYPFNIEYSLFASTMLYVMWKNVGRFLASTPGHSHTPTPVSLFRETFFAGPVLGLLLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_835 FYLYPFNIEYSLFASTMLYVMWKNVGRFLASTPGHSHTPTPVSLFRETFFAGPVLGLLLF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 VVGLAVFIIYEVQVSGDGSRTRQALVIYYSFNIVCLGLTTLVSLSGSIIYRFDRRAMDHH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_835 VVGLAVFIIYEVQVSGDGSRTRQALVIYYSFNIVCLGLTTLVSLSGSIIYRFDRRAMDHH
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 KNPTRTLDVALLMGAALGQYAISYYSIVAVVAGTPQDLLAGLNLTHALLMIAQHTFQNMF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_835 KNPTRTLDVALLMGAALGQYAISYYSIVAVVAGTPQDLLAGLNLTHALLMIAQHTFQNMF
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE0 IIESLHRGPPGAEPHSTHPKEPCQDLTFTNLDALHTLSACPPNPGLVSPSPSDQREAVAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_835 IIESLHRGPPGAEPHSTHPKEPCQDLTFTNLDALHTLSACPPNPGLVSPSPSDQREAVAI
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE0 VSTPRSQWRRQCLKDISLFLLLCNVILWIMPAFGARPHFSNTVEVDFYGYSLWAVIVNIC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_835 VSTPRSQWRRQCLKDISLFLLLCNVILWIMPAFGARPHFSNTVEVDFYGYSLWAVIVNIC
490 500 510 520 530 540
550 560
pF1KE0 LPFGIFYRMHAVSSLLEVYVLS
::::::::::::::::::::::
NP_835 LPFGIFYRMHAVSSLLEVYVLS
550 560
>>XP_011523781 (OMIM: 607827) PREDICTED: otopetrin-2 iso (562 aa)
initn: 3792 init1: 3792 opt: 3792 Z-score: 4389.7 bits: 822.1 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 3792; 100.0% identity (100.0% similar) in 562 aa overlap (1-562:1-562)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MSEELAQGPKESPPAPRAGPREVWKKGGRLLSVLLAVNVLLLACTLISGGAFNKVAVYDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MSEELAQGPKESPPAPRAGPREVWKKGGRLLSVLLAVNVLLLACTLISGGAFNKVAVYDT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 DVFALLTAMMLLATLWILFYLLRTVRCPCAVPYRDAHAGPIWLRGGLVLFGICTLIMDVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DVFALLTAMMLLATLWILFYLLRTVRCPCAVPYRDAHAGPIWLRGGLVLFGICTLIMDVF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 KTGYYSSFFECQSAIKILHPLIQAVFVIIQTYFLWVSAKDCVHVHLDLTWCGLMFTLTTN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KTGYYSSFFECQSAIKILHPLIQAVFVIIQTYFLWVSAKDCVHVHLDLTWCGLMFTLTTN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 LAIWMAAVVDESVHQSHSYSSSHSNASHARLISDQHADNPVGGDSCLCSTAVCQIFQQGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LAIWMAAVVDESVHQSHSYSSSHSNASHARLISDQHADNPVGGDSCLCSTAVCQIFQQGY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 FYLYPFNIEYSLFASTMLYVMWKNVGRFLASTPGHSHTPTPVSLFRETFFAGPVLGLLLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FYLYPFNIEYSLFASTMLYVMWKNVGRFLASTPGHSHTPTPVSLFRETFFAGPVLGLLLF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 VVGLAVFIIYEVQVSGDGSRTRQALVIYYSFNIVCLGLTTLVSLSGSIIYRFDRRAMDHH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VVGLAVFIIYEVQVSGDGSRTRQALVIYYSFNIVCLGLTTLVSLSGSIIYRFDRRAMDHH
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 KNPTRTLDVALLMGAALGQYAISYYSIVAVVAGTPQDLLAGLNLTHALLMIAQHTFQNMF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KNPTRTLDVALLMGAALGQYAISYYSIVAVVAGTPQDLLAGLNLTHALLMIAQHTFQNMF
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE0 IIESLHRGPPGAEPHSTHPKEPCQDLTFTNLDALHTLSACPPNPGLVSPSPSDQREAVAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 IIESLHRGPPGAEPHSTHPKEPCQDLTFTNLDALHTLSACPPNPGLVSPSPSDQREAVAI
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE0 VSTPRSQWRRQCLKDISLFLLLCNVILWIMPAFGARPHFSNTVEVDFYGYSLWAVIVNIC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VSTPRSQWRRQCLKDISLFLLLCNVILWIMPAFGARPHFSNTVEVDFYGYSLWAVIVNIC
490 500 510 520 530 540
550 560
pF1KE0 LPFGIFYRMHAVSSLLEVYVLS
::::::::::::::::::::::
XP_011 LPFGIFYRMHAVSSLLEVYVLS
550 560
>>NP_819056 (OMIM: 607806) otopetrin-1 [Homo sapiens] (612 aa)
initn: 1148 init1: 362 opt: 871 Z-score: 1005.8 bits: 196.1 E(85289): 2.8e-49
Smith-Waterman score: 1121; 34.2% identity (64.4% similar) in 585 aa overlap (11-559:40-609)
10 20 30
pF1KE0 MSEELAQGPKESPPAPRAGPRE-VWKKGGRLLSVLLAVNV
::: :.: : : .: ...:: .. :
NP_819 SPRAAASASVAGSSGPAACSPPSSSAPRSPESPAPRRGGVRASVPQKLAEMLSSQYGLIV
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KE0 LLLACTLISGGAFNKVAVYDTDVFALLTAMMLLATLWILFYLLRTVRCPCAVPYRDAHAG
.. . :. . : . ..: .:.. .:::.::: ::.:.:. :. .:.:::
NP_819 FVAGLLLLLAWAVHAAGVSKSDLLCFLTALMLLQLLWMLWYVGRSSAHRRLFRLKDTHAG
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KE0 PIWLRGGLVLFGICTLIMDVFKTGYYSSFFECQSAIKILHPLIQAVFVIIQTYFLWVSAK
::::...::.. :.:. .: ::. .: :: :: . . :. ..: ...:.:::: ::
NP_819 AGWLRGSITLFAVITVILGCLKIGYFIGFSECLSATEGVFPVTHSVHTLLQVYFLWGHAK
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KE0 DCVHVHLDLTWCGLMFTLTTNLAIWMAAVVDESVHQ--SHSYSSSHSNASHARLISDQHA
: .. : :.. .. ::: .: .:..:: :: :. . .. . :.:
NP_819 DIIQSFKTLERFGVIHSVFTNLLLWANGVLNESKHQLNEHKERLITLGFGNITTVLDDH-
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KE0 DNPVGGDSCLCST-AVCQIFQQGYFYLYPFNIEYSLFASTMLYVMWKNVGRFLASTPGHS
.: .: :. ..: ...: .:::::::::...:::::::.:::.:: . : :.
NP_819 -TP----QCNCTPPTLCTAISHGIYYLYPFNIEYQILASTMLYVLWKNIGRKVDS---HQ
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KE0 HTPTPVSLFRETFFAGPVLGLLLFVVGLAVFIIYEVQVSGDGSRTRQALVIYYSFNIVCL
: ... . ..: :::: .... .:: ..: .... . .....::...: . :. :
NP_819 HQK--MQFKSDGVMVGAVLGLTVLAATIAVVVVYLIHIGRSKTKSESALIMFYLYAITLL
310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KE0 GLTTLVSLSGSIIYRFDRRAMDHHKNPTRTLDVALLMGAALGQYAISYYSIVAVVAGTPQ
: ..:.: :::.:....:. :::.: :: ::.:.: :.. ::. ::.:.. . .
NP_819 MLMGAAGLAGIRIYRIDEKSLDESKNPARKLDSDLLVGTASGSWLISWGSILAILCAEGH
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440 450
pF1KE0 DLLAGLNLTHALLMIAQHTFQNMFIIESLHRGPPGAEPHSTHPKEPCQDLTFTNLDALHT
. :: ...: :... .::.::.::.:: : . .. . . .: : ...
NP_819 PRYTWYNLPYSILAIVEKYIQNLFIFESIHREP----EKLSEDIQTLRVVTVCNGNTMPL
420 430 440 450 460 470
460 470 480
pF1KE0 LSACPPNPGL---VSPSPSD---------------------QREAV-----AIVSTPR--
:.:: . :. :.:. .: :.:. . : ::
NP_819 ASSCPKSGGVARDVAPQGKDMPPAANGNVCMRESHDKEEEKQEESSWGGSPSPVRLPRFL
480 490 500 510 520 530
490 500 510 520 530 540
pF1KE0 -SQWRRQCLKDISLFLLLCNVILWIMPAFGARPHFSNTVEVDFYGYSLWAVIVNICLPFG
.. .:. :..:. ::.:::. ::: :::: ::...: .: .:. : ..::. .::.
NP_819 QGNAKRKVLRNIAAFLFLCNISLWIPPAFGCRPEYDNGLEEIVFGFEPWIIVVNLAMPFS
540 550 560 570 580 590
550 560
pF1KE0 IFYRMHAVSSLLEVYVLS
:::::::..::.:::
NP_819 IFYRMHAAASLFEVYCKI
600 610
>>XP_011523046 (OMIM: 607828) PREDICTED: otopetrin-3 iso (567 aa)
initn: 1445 init1: 556 opt: 556 Z-score: 641.4 bits: 128.5 E(85289): 5.5e-29
Smith-Waterman score: 1455; 43.0% identity (71.9% similar) in 540 aa overlap (25-560:55-565)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MSEELAQGPKESPPAPRAGPREVWKKGGRLLSVLLAVNVLLLACTLISGGAFNK
.:.:.:.: :::.::..:. ..: . :::
XP_011 AEERAAATRPRQKSWLVRHFSLLLRRDRQAQKAGQLFSGLLALNVVFLGGAFICSMIFNK
30 40 50 60 70 80
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 VAVYDTDVFALLTAMMLLATLWILFYLLRTVRCPCAVPYRDAHAGPIWLRGGLVLFGICT
::: ::. ::... .:. ::.:.:. :.: : :: :.: ::::.:.::.::::: ::
XP_011 VAVTLGDVWILLATLKVLSLLWLLYYVASTTRRPHAVLYQDPHAGPLWVRGSLVLFGSCT
90 100 110 120 130 140
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 LIMDVFKTGYYSSFFECQSAIKILHPLIQAVFVIIQTYFLWVSAKDCVHVHLDLTWCGLM
. ...:..:: : ..:.: . .. .:. ::. .::. :: ::::.:. ..: ::::
XP_011 FCLNIFRVGYDVSHIRCKSQLDLVFSVIEMVFIGVQTWVLWKHCKDCVRVQTNFTRCGLM
150 160 170 180 190 200
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 FTLTTNLAIWMAAVVDESVHQSHSYSSSHSNASHARLISDQHADNPVGGDSCLCSTAV-C
.::.::: .:. ::...:.:. .. .. .. . : . ..::: .:. :
XP_011 LTLATNLLLWVLAVTNDSMHRE--------IEAELGILMEKSTGNET--NTCLCLNATAC
210 220 230 240 250
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 QIFQQGYFYLYPFNIEYSLFASTMLYVMWKNVGRFLASTPGHSHTPTPVSLFRETFFAGP
. :..:...::::. :: :. ..:.:::::::: .: : . .: : : ::
XP_011 EAFRRGFLMLYPFSTEYCLICCAVLFVMWKNVGRHVAPHMGAHPATAPFHLHGAIF--GP
260 270 280 290 300 310
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 VLGLLLFVVGLAVFIIYEVQVSGDGSRTRQALVIYYSFNIVCLGLTTLVSLSGSIIYRFD
.::::....:. ::.......:: . : ...::.: .. : .:. :.:. :. ..
XP_011 LLGLLVLLAGVCVFVLFQIEASGPAIAC-QYFTLYYAFYVAVLPTMSLACLAGTAIHGLE
320 330 340 350 360 370
360 370 380 390 400 410
pF1KE0 RRAMDHHKNPTRTLDVALLMGAALGQYAISYYSIVAVVAGTPQDLLAGLNLTHALLMIAQ
.: .: :::::.:::.:::::::::..:.:.::::.:: :..:: : :...::.: :
XP_011 ERELDTVKNPTRSLDVVLLMGAALGQMGIAYFSIVAIVAKRPHELLNRLILAYSLLLILQ
380 390 400 410 420 430
420 430 440 450 460 470
pF1KE0 HTFQNMFIIESLHRGPPGAE-PHSTHPKEPCQDLTFTNLDALHTLSACPPNPG-LVSPSP
: ::.::::.::: : :.. :. : :: : :. .
XP_011 HIAQNLFIIEGLHRRPLWETVPEGLAGKQE----------------AEPPRRGSLLELGQ
440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KE0 SDQREAVAIV-STPRSQWRRQCLKDISLFLLLCNVILWIMPAFGARPHFSNTVEVDFYGY
. :: ..: . : . .:.:. ::.:::::.:::. ::.::::: .:.: : .: :::::
XP_011 GLQRASLAYIHSYSHLNWKRRALKEISLFLILCNITLWMMPAFGIHPEFENGLEKDFYGY
480 490 500 510 520 530
540 550 560
pF1KE0 SLWAVIVNICLPFGIFYRMHAVSSLLEVYVLS
..: .:::. ::.:.:::::.:..:.:::.
XP_011 QIWFAIVNFGLPLGVFYRMHSVGGLVEVYLGA
540 550 560
>>NP_001258934 (OMIM: 607828) otopetrin-3 isoform 2 [Hom (578 aa)
initn: 1445 init1: 556 opt: 556 Z-score: 641.2 bits: 128.5 E(85289): 5.6e-29
Smith-Waterman score: 1455; 43.0% identity (71.9% similar) in 540 aa overlap (25-560:66-576)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MSEELAQGPKESPPAPRAGPREVWKKGGRLLSVLLAVNVLLLACTLISGGAFNK
.:.:.:.: :::.::..:. ..: . :::
NP_001 AEERAAATRPRQKSWLVRHFSLLLRRDRQAQKAGQLFSGLLALNVVFLGGAFICSMIFNK
40 50 60 70 80 90
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 VAVYDTDVFALLTAMMLLATLWILFYLLRTVRCPCAVPYRDAHAGPIWLRGGLVLFGICT
::: ::. ::... .:. ::.:.:. :.: : :: :.: ::::.:.::.::::: ::
NP_001 VAVTLGDVWILLATLKVLSLLWLLYYVASTTRRPHAVLYQDPHAGPLWVRGSLVLFGSCT
100 110 120 130 140 150
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 LIMDVFKTGYYSSFFECQSAIKILHPLIQAVFVIIQTYFLWVSAKDCVHVHLDLTWCGLM
. ...:..:: : ..:.: . .. .:. ::. .::. :: ::::.:. ..: ::::
NP_001 FCLNIFRVGYDVSHIRCKSQLDLVFSVIEMVFIGVQTWVLWKHCKDCVRVQTNFTRCGLM
160 170 180 190 200 210
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 FTLTTNLAIWMAAVVDESVHQSHSYSSSHSNASHARLISDQHADNPVGGDSCLCSTAV-C
.::.::: .:. ::...:.:. .. .. .. . : . ..::: .:. :
NP_001 LTLATNLLLWVLAVTNDSMHRE--------IEAELGILMEKSTGNET--NTCLCLNATAC
220 230 240 250 260
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 QIFQQGYFYLYPFNIEYSLFASTMLYVMWKNVGRFLASTPGHSHTPTPVSLFRETFFAGP
. :..:...::::. :: :. ..:.:::::::: .: : . .: : : ::
NP_001 EAFRRGFLMLYPFSTEYCLICCAVLFVMWKNVGRHVAPHMGAHPATAPFHLHGAIF--GP
270 280 290 300 310 320
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 VLGLLLFVVGLAVFIIYEVQVSGDGSRTRQALVIYYSFNIVCLGLTTLVSLSGSIIYRFD
.::::....:. ::.......:: . : ...::.: .. : .:. :.:. :. ..
NP_001 LLGLLVLLAGVCVFVLFQIEASGPAIAC-QYFTLYYAFYVAVLPTMSLACLAGTAIHGLE
330 340 350 360 370 380
360 370 380 390 400 410
pF1KE0 RRAMDHHKNPTRTLDVALLMGAALGQYAISYYSIVAVVAGTPQDLLAGLNLTHALLMIAQ
.: .: :::::.:::.:::::::::..:.:.::::.:: :..:: : :...::.: :
NP_001 ERELDTVKNPTRSLDVVLLMGAALGQMGIAYFSIVAIVAKRPHELLNRLILAYSLLLILQ
390 400 410 420 430 440
420 430 440 450 460 470
pF1KE0 HTFQNMFIIESLHRGPPGAE-PHSTHPKEPCQDLTFTNLDALHTLSACPPNPG-LVSPSP
: ::.::::.::: : :.. :. : :: : :. .
NP_001 HIAQNLFIIEGLHRRPLWETVPEGLAGKQE----------------AEPPRRGSLLELGQ
450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KE0 SDQREAVAIV-STPRSQWRRQCLKDISLFLLLCNVILWIMPAFGARPHFSNTVEVDFYGY
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