Result of FASTA (ccds) for
pF1KE0371
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0371, 562 aa
1>>>pF1KE0371 562 - 562 aa - 562 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0679+/-0.000739; mu= 20.9017+/- 0.045
mean_var=72.1499+/-14.483, 0's: 0 Z-trim(109.6): 14 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.150993
statistics sampled from 10980 (10985) to 10980 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.685), E-opt: 0.2 (0.337), width: 16
Scan time: 2.920
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS11708.1 OTOP2 gene_id:92736|Hs108|chr17 ( 562) 3792 835.2 0
CCDS3372.1 OTOP1 gene_id:133060|Hs108|chr4 ( 612) 871 198.9 1.5e-50
CCDS11709.1 OTOP3 gene_id:347741|Hs108|chr17 ( 596) 556 130.3 6.7e-30
>>CCDS11708.1 OTOP2 gene_id:92736|Hs108|chr17 (562 aa)
initn: 3792 init1: 3792 opt: 3792 Z-score: 4460.4 bits: 835.2 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3792; 100.0% identity (100.0% similar) in 562 aa overlap (1-562:1-562)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MSEELAQGPKESPPAPRAGPREVWKKGGRLLSVLLAVNVLLLACTLISGGAFNKVAVYDT
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CCDS11 MSEELAQGPKESPPAPRAGPREVWKKGGRLLSVLLAVNVLLLACTLISGGAFNKVAVYDT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 DVFALLTAMMLLATLWILFYLLRTVRCPCAVPYRDAHAGPIWLRGGLVLFGICTLIMDVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 DVFALLTAMMLLATLWILFYLLRTVRCPCAVPYRDAHAGPIWLRGGLVLFGICTLIMDVF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 KTGYYSSFFECQSAIKILHPLIQAVFVIIQTYFLWVSAKDCVHVHLDLTWCGLMFTLTTN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 KTGYYSSFFECQSAIKILHPLIQAVFVIIQTYFLWVSAKDCVHVHLDLTWCGLMFTLTTN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 LAIWMAAVVDESVHQSHSYSSSHSNASHARLISDQHADNPVGGDSCLCSTAVCQIFQQGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LAIWMAAVVDESVHQSHSYSSSHSNASHARLISDQHADNPVGGDSCLCSTAVCQIFQQGY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 FYLYPFNIEYSLFASTMLYVMWKNVGRFLASTPGHSHTPTPVSLFRETFFAGPVLGLLLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 FYLYPFNIEYSLFASTMLYVMWKNVGRFLASTPGHSHTPTPVSLFRETFFAGPVLGLLLF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 VVGLAVFIIYEVQVSGDGSRTRQALVIYYSFNIVCLGLTTLVSLSGSIIYRFDRRAMDHH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 VVGLAVFIIYEVQVSGDGSRTRQALVIYYSFNIVCLGLTTLVSLSGSIIYRFDRRAMDHH
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 KNPTRTLDVALLMGAALGQYAISYYSIVAVVAGTPQDLLAGLNLTHALLMIAQHTFQNMF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 KNPTRTLDVALLMGAALGQYAISYYSIVAVVAGTPQDLLAGLNLTHALLMIAQHTFQNMF
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE0 IIESLHRGPPGAEPHSTHPKEPCQDLTFTNLDALHTLSACPPNPGLVSPSPSDQREAVAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 IIESLHRGPPGAEPHSTHPKEPCQDLTFTNLDALHTLSACPPNPGLVSPSPSDQREAVAI
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE0 VSTPRSQWRRQCLKDISLFLLLCNVILWIMPAFGARPHFSNTVEVDFYGYSLWAVIVNIC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 VSTPRSQWRRQCLKDISLFLLLCNVILWIMPAFGARPHFSNTVEVDFYGYSLWAVIVNIC
490 500 510 520 530 540
550 560
pF1KE0 LPFGIFYRMHAVSSLLEVYVLS
::::::::::::::::::::::
CCDS11 LPFGIFYRMHAVSSLLEVYVLS
550 560
>>CCDS3372.1 OTOP1 gene_id:133060|Hs108|chr4 (612 aa)
initn: 1148 init1: 362 opt: 871 Z-score: 1021.0 bits: 198.9 E(32554): 1.5e-50
Smith-Waterman score: 1121; 34.2% identity (64.4% similar) in 585 aa overlap (11-559:40-609)
10 20 30
pF1KE0 MSEELAQGPKESPPAPRAGPRE-VWKKGGRLLSVLLAVNV
::: :.: : : .: ...:: .. :
CCDS33 SPRAAASASVAGSSGPAACSPPSSSAPRSPESPAPRRGGVRASVPQKLAEMLSSQYGLIV
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KE0 LLLACTLISGGAFNKVAVYDTDVFALLTAMMLLATLWILFYLLRTVRCPCAVPYRDAHAG
.. . :. . : . ..: .:.. .:::.::: ::.:.:. :. .:.:::
CCDS33 FVAGLLLLLAWAVHAAGVSKSDLLCFLTALMLLQLLWMLWYVGRSSAHRRLFRLKDTHAG
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KE0 PIWLRGGLVLFGICTLIMDVFKTGYYSSFFECQSAIKILHPLIQAVFVIIQTYFLWVSAK
::::...::.. :.:. .: ::. .: :: :: . . :. ..: ...:.:::: ::
CCDS33 AGWLRGSITLFAVITVILGCLKIGYFIGFSECLSATEGVFPVTHSVHTLLQVYFLWGHAK
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KE0 DCVHVHLDLTWCGLMFTLTTNLAIWMAAVVDESVHQ--SHSYSSSHSNASHARLISDQHA
: .. : :.. .. ::: .: .:..:: :: :. . .. . :.:
CCDS33 DIIQSFKTLERFGVIHSVFTNLLLWANGVLNESKHQLNEHKERLITLGFGNITTVLDDH-
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KE0 DNPVGGDSCLCST-AVCQIFQQGYFYLYPFNIEYSLFASTMLYVMWKNVGRFLASTPGHS
.: .: :. ..: ...: .:::::::::...:::::::.:::.:: . : :.
CCDS33 -TP----QCNCTPPTLCTAISHGIYYLYPFNIEYQILASTMLYVLWKNIGRKVDS---HQ
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KE0 HTPTPVSLFRETFFAGPVLGLLLFVVGLAVFIIYEVQVSGDGSRTRQALVIYYSFNIVCL
: ... . ..: :::: .... .:: ..: .... . .....::...: . :. :
CCDS33 HQK--MQFKSDGVMVGAVLGLTVLAATIAVVVVYLIHIGRSKTKSESALIMFYLYAITLL
310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KE0 GLTTLVSLSGSIIYRFDRRAMDHHKNPTRTLDVALLMGAALGQYAISYYSIVAVVAGTPQ
: ..:.: :::.:....:. :::.: :: ::.:.: :.. ::. ::.:.. . .
CCDS33 MLMGAAGLAGIRIYRIDEKSLDESKNPARKLDSDLLVGTASGSWLISWGSILAILCAEGH
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440 450
pF1KE0 DLLAGLNLTHALLMIAQHTFQNMFIIESLHRGPPGAEPHSTHPKEPCQDLTFTNLDALHT
. :: ...: :... .::.::.::.:: : . .. . . .: : ...
CCDS33 PRYTWYNLPYSILAIVEKYIQNLFIFESIHREP----EKLSEDIQTLRVVTVCNGNTMPL
420 430 440 450 460 470
460 470 480
pF1KE0 LSACPPNPGL---VSPSPSD---------------------QREAV-----AIVSTPR--
:.:: . :. :.:. .: :.:. . : ::
CCDS33 ASSCPKSGGVARDVAPQGKDMPPAANGNVCMRESHDKEEEKQEESSWGGSPSPVRLPRFL
480 490 500 510 520 530
490 500 510 520 530 540
pF1KE0 -SQWRRQCLKDISLFLLLCNVILWIMPAFGARPHFSNTVEVDFYGYSLWAVIVNICLPFG
.. .:. :..:. ::.:::. ::: :::: ::...: .: .:. : ..::. .::.
CCDS33 QGNAKRKVLRNIAAFLFLCNISLWIPPAFGCRPEYDNGLEEIVFGFEPWIIVVNLAMPFS
540 550 560 570 580 590
550 560
pF1KE0 IFYRMHAVSSLLEVYVLS
:::::::..::.:::
CCDS33 IFYRMHAAASLFEVYCKI
600 610
>>CCDS11709.1 OTOP3 gene_id:347741|Hs108|chr17 (596 aa)
initn: 1445 init1: 556 opt: 556 Z-score: 650.3 bits: 130.3 E(32554): 6.7e-30
Smith-Waterman score: 1455; 43.0% identity (71.9% similar) in 540 aa overlap (25-560:84-594)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MSEELAQGPKESPPAPRAGPREVWKKGGRLLSVLLAVNVLLLACTLISGGAFNK
.:.:.:.: :::.::..:. ..: . :::
CCDS11 AEERAAATRPRQKSWLVRHFSLLLRRDRQAQKAGQLFSGLLALNVVFLGGAFICSMIFNK
60 70 80 90 100 110
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 VAVYDTDVFALLTAMMLLATLWILFYLLRTVRCPCAVPYRDAHAGPIWLRGGLVLFGICT
::: ::. ::... .:. ::.:.:. :.: : :: :.: ::::.:.::.::::: ::
CCDS11 VAVTLGDVWILLATLKVLSLLWLLYYVASTTRRPHAVLYQDPHAGPLWVRGSLVLFGSCT
120 130 140 150 160 170
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 LIMDVFKTGYYSSFFECQSAIKILHPLIQAVFVIIQTYFLWVSAKDCVHVHLDLTWCGLM
. ...:..:: : ..:.: . .. .:. ::. .::. :: ::::.:. ..: ::::
CCDS11 FCLNIFRVGYDVSHIRCKSQLDLVFSVIEMVFIGVQTWVLWKHCKDCVRVQTNFTRCGLM
180 190 200 210 220 230
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 FTLTTNLAIWMAAVVDESVHQSHSYSSSHSNASHARLISDQHADNPVGGDSCLCSTAV-C
.::.::: .:. ::...:.:. .. .. .. . : . ..::: .:. :
CCDS11 LTLATNLLLWVLAVTNDSMHRE--------IEAELGILMEKSTGNET--NTCLCLNATAC
240 250 260 270 280
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 QIFQQGYFYLYPFNIEYSLFASTMLYVMWKNVGRFLASTPGHSHTPTPVSLFRETFFAGP
. :..:...::::. :: :. ..:.:::::::: .: : . .: : : ::
CCDS11 EAFRRGFLMLYPFSTEYCLICCAVLFVMWKNVGRHVAPHMGAHPATAPFHLHGAIF--GP
290 300 310 320 330 340
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 VLGLLLFVVGLAVFIIYEVQVSGDGSRTRQALVIYYSFNIVCLGLTTLVSLSGSIIYRFD
.::::....:. ::.......:: . : ...::.: .. : .:. :.:. :. ..
CCDS11 LLGLLVLLAGVCVFVLFQIEASGPAIAC-QYFTLYYAFYVAVLPTMSLACLAGTAIHGLE
350 360 370 380 390 400
360 370 380 390 400 410
pF1KE0 RRAMDHHKNPTRTLDVALLMGAALGQYAISYYSIVAVVAGTPQDLLAGLNLTHALLMIAQ
.: .: :::::.:::.:::::::::..:.:.::::.:: :..:: : :...::.: :
CCDS11 ERELDTVKNPTRSLDVVLLMGAALGQMGIAYFSIVAIVAKRPHELLNRLILAYSLLLILQ
410 420 430 440 450 460
420 430 440 450 460 470
pF1KE0 HTFQNMFIIESLHRGPPGAE-PHSTHPKEPCQDLTFTNLDALHTLSACPPNPG-LVSPSP
: ::.::::.::: : :.. :. : :: : :. .
CCDS11 HIAQNLFIIEGLHRRPLWETVPEGLAGKQE----------------AEPPRRGSLLELGQ
470 480 490 500
480 490 500 510 520 530
pF1KE0 SDQREAVAIV-STPRSQWRRQCLKDISLFLLLCNVILWIMPAFGARPHFSNTVEVDFYGY
. :: ..: . : . .:.:. ::.:::::.:::. ::.::::: .:.: : .: :::::
CCDS11 GLQRASLAYIHSYSHLNWKRRALKEISLFLILCNITLWMMPAFGIHPEFENGLEKDFYGY
510 520 530 540 550 560
540 550 560
pF1KE0 SLWAVIVNICLPFGIFYRMHAVSSLLEVYVLS
..: .:::. ::.:.:::::.:..:.:::.
CCDS11 QIWFAIVNFGLPLGVFYRMHSVGGLVEVYLGA
570 580 590
562 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 13:39:14 2016 done: Thu Nov 3 13:39:14 2016
Total Scan time: 2.920 Total Display time: 0.020
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]