Result of FASTA (ccds) for
pF1KE0307
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0307, 684 aa
1>>>pF1KE0307 684 - 684 aa - 684 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.5698+/-0.00117; mu= -11.2333+/- 0.070
mean_var=436.6215+/-90.336, 0's: 0 Z-trim(114.5): 36 B-trim: 106 in 1/51
Lambda= 0.061379
statistics sampled from 15015 (15037) to 15015 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.762), E-opt: 0.2 (0.462), width: 16
Scan time: 4.660
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS34545.1 TXLNB gene_id:167838|Hs108|chr6 ( 684) 4447 408.3 1.9e-113
CCDS353.1 TXLNA gene_id:200081|Hs108|chr1 ( 546) 1506 147.8 3.9e-35
CCDS14178.1 TXLNG gene_id:55787|Hs108|chrX ( 528) 1372 135.9 1.4e-31
CCDS55373.1 TXLNG gene_id:55787|Hs108|chrX ( 396) 1204 120.9 3.4e-27
>>CCDS34545.1 TXLNB gene_id:167838|Hs108|chr6 (684 aa)
initn: 4447 init1: 4447 opt: 4447 Z-score: 2150.3 bits: 408.3 E(32554): 1.9e-113
Smith-Waterman score: 4447; 100.0% identity (100.0% similar) in 684 aa overlap (1-684:1-684)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MEANHSEQLSAERQSTPPGDSSSLPSHNGLEKEDGQDSPTPVQPPEKEASVHPDISEELN
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CCDS34 MEANHSEQLSAERQSTPPGDSSSLPSHNGLEKEDGQDSPTPVQPPEKEASVHPDISEELN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 RQLEDIINTYGSAASTAGKEGSARASEQPENAESPDNEDGDCEETTEEAGREPVASGEPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 RQLEDIINTYGSAASTAGKEGSARASEQPENAESPDNEDGDCEETTEEAGREPVASGEPP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 TVKEPVSNKEQKLEKKILKGLGKEANLLMQNLNKLQTPEEKFDFLFKKYAELLDEHRTEQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 TVKEPVSNKEQKLEKKILKGLGKEANLLMQNLNKLQTPEEKFDFLFKKYAELLDEHRTEQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 KKLKLLQKKQVQIQKEKDQLQGEHSRAILARSKLESLCRELQRHNKTLKEEALQRAREEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 KKLKLLQKKQVQIQKEKDQLQGEHSRAILARSKLESLCRELQRHNKTLKEEALQRAREEE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 EKRKEITSHFQSTLTDIQGQIEQQSERNMKLCQENTELAEKLKSIIDQYELREEHLDKIF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 EKRKEITSHFQSTLTDIQGQIEQQSERNMKLCQENTELAEKLKSIIDQYELREEHLDKIF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 KHRELQQKLVDAKLEQAQEMMKEAEERHKREKEYLLNQAAEWKLQAKVLKEQETVLQAQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 KHRELQQKLVDAKLEQAQEMMKEAEERHKREKEYLLNQAAEWKLQAKVLKEQETVLQAQL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 TLYSGRFEEFQSTLTKSNEVFATFKQEMDKTTKKMKKLEKDTATWKARFENCNKALLDMI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 TLYSGRFEEFQSTLTKSNEVFATFKQEMDKTTKKMKKLEKDTATWKARFENCNKALLDMI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE0 EEKALRAKEYECFVMKIGRLENLCRALQEERNELHKKIRDAEISEKDDQSQHNSDEEPES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 EEKALRAKEYECFVMKIGRLENLCRALQEERNELHKKIRDAEISEKDDQSQHNSDEEPES
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE0 NVSVDQEIDAEEVNSVQTAVKNLATAFMIIHHPESTPHQSKETQPEIGSSQESADAALKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 NVSVDQEIDAEEVNSVQTAVKNLATAFMIIHHPESTPHQSKETQPEIGSSQESADAALKE
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE0 PEQPPLIPSRDSESPLPPLTPQAEAEGGSDAEPPSKASNSPAGLGAETQCEGLPVGAQAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 PEQPPLIPSRDSESPLPPLTPQAEAEGGSDAEPPSKASNSPAGLGAETQCEGLPVGAQAD
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE0 QASWKPEAEASGQAPQAPTEASLQKMEADVPAPACAAEEHVAAMVPACEPSRQPPRAAAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 QASWKPEAEASGQAPQAPTEASLQKMEADVPAPACAAEEHVAAMVPACEPSRQPPRAAAE
610 620 630 640 650 660
670 680
pF1KE0 ELPVGASAGPQPRNVADTNLEGVD
::::::::::::::::::::::::
CCDS34 ELPVGASAGPQPRNVADTNLEGVD
670 680
>>CCDS353.1 TXLNA gene_id:200081|Hs108|chr1 (546 aa)
initn: 1568 init1: 1459 opt: 1506 Z-score: 744.2 bits: 147.8 E(32554): 3.9e-35
Smith-Waterman score: 1594; 52.6% identity (78.2% similar) in 504 aa overlap (4-479:3-506)
10 20 30 40
pF1KE0 MEANHSEQLSAERQSTP---PGDSSSLP---------SHNGLEKEDGQDSPTPVQPPEKE
:.... .: .::.: ::. . : . ..: : .: .: .: .
CCDS35 MKNQDKKNGAAKQSNPKSSPGQPEAGPEGAQERPSQAAPAVEAEGPGSSQAPRKPEGAQ
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90
pF1KE0 ASVHP-----DISEELNRQLEDIINTY--GSAASTAGKEGSARASEQPENAESPDN---E
: . :.::::.::::::..:: . . :..:. .::.::. . .
CCDS35 ARTAQSGALRDVSEELSRQLEDILSTYCVDNNQGGPGEDGAQGEPAEPEDAEKSRTYVAR
60 70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KE0 DGDCEETTEEAGREPVASGEPPTVK----EPVSNKEQK--LEKKILKGLGKEANLLMQNL
.:. : : :.. ..:.: : . . :...... ::: :::::: .::::.:
CCDS35 NGEPEPTPVVNGEKEPSKGDPNTEEIRQSDEVGDRDHRRPQEKKKAKGLGKEITLLMQTL
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KE0 NKLQTPEEKFDFLFKKYAELLDEHRTEQKKLKLLQKKQVQIQKEKDQLQGEHSRAILARS
: :.:::::. : :::::::.:::. ::..::::::: :. .:::.:.::::.:.::::
CCDS35 NTLSTPEEKLAALCKKYAELLEEHRNSQKQMKLLQKKQSQLVQEKDHLRGEHSKAVLARS
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KE0 KLESLCRELQRHNKTLKEEALQRAREEEEKRKEITSHFQSTLTDIQGQIEQQSERNMKLC
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CCDS35 KLESLCRELQRHNRSLKEEGVQRAREEEEKRKEVTSHFQVTLNDIQLQMEQHNERNSKLR
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KE0 QENTELAEKLKSIIDQYELREEHLDKIFKHRELQQKLVDAKLEQAQEMMKEAEERHKREK
::: ::::.::..:.::::::::.::.:::..:::.::::::.:::::.:::::::.:::
CCDS35 QENMELAERLKKLIEQYELREEHIDKVFKHKDLQQQLVDAKLQQAQEMLKEAEERHQREK
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KE0 EYLLNQAAEWKLQAKVLKEQETVLQAQLTLYSGRFEEFQSTLTKSNEVFATFKQEMDKTT
..::..:.: . . ...:.::: :. ::.::. .:::::.::.::.:::.::::::.: :
CCDS35 DFLLKEAVESQRMCELMKQQETHLKQQLALYTEKFEEFQNTLSKSSEVFTTFKQEMEKMT
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440 450
pF1KE0 KKMKKLEKDTATWKARFENCNKALLDMIEEKALRAKEYECFVMKIGRLENLCRALQEERN
::.:::::.:. ...:.:. :::::.: :::..: :: : . .:: :::.:::::: :::
CCDS35 KKIKKLEKETTMYRSRWESSNKALLEMAEEKTVRDKELEGLQVKIQRLEKLCRALQTERN
420 430 440 450 460 470
460 470 480 490 500 510
pF1KE0 ELHKKIRDAEISEKDDQSQHNSDEEPESNVSVDQEIDAEEVNSVQTAVKNLATAFMIIHH
.:.:...: . . . .. . ...::
CCDS35 DLNKRVQDLSAGGQGSLTDSGPERRPEGPGAQAPSSPRVTEAPCYPGAPSTEASGQTGPQ
480 490 500 510 520 530
>>CCDS14178.1 TXLNG gene_id:55787|Hs108|chrX (528 aa)
initn: 1377 init1: 1327 opt: 1372 Z-score: 680.3 bits: 135.9 E(32554): 1.4e-31
Smith-Waterman score: 1372; 53.5% identity (79.7% similar) in 419 aa overlap (60-475:57-471)
30 40 50 60 70 80
pF1KE0 LEKEDGQDSPTPVQPPEKEASVHPDISEELNRQLEDIINTYGSAASTAGKEGSARASEQP
: : .::.. :: . : .. .. :.
CCDS14 RRRSPRQKFEIGTMEEAGICGLGVKADMLCNSQSNDILQHQGS---NCGGTSNKHSLEED
30 40 50 60 70 80
90 100 110 120 130 140
pF1KE0 ENAES-PDNEDGDCEETTEEAGREPVASGEPPTVKEPVSNKEQKLEKKILKGLGKEANLL
:... .:.. . .:: . .:: : : ...... ... : ::::. ::
CCDS14 EGSDFITENRNLVSPAYCTQESREEIPGGEART-DPPDGQQDSECNRNKEKTLGKEVLLL
90 100 110 120 130 140
150 160 170 180 190 200
pF1KE0 MQNLNKLQTPEEKFDFLFKKYAELLDEHRTEQKKLKLLQKKQVQIQKEKDQLQGEHSRAI
:: :: :.:::::. : ::::.::.: :. ::..:.:::::.:: ::: .::.:::.::
CCDS14 MQALNTLSTPEEKLAALCKKYADLLEESRSVQKQMKILQKKQAQIVKEKVHLQSEHSKAI
150 160 170 180 190 200
210 220 230 240 250 260
pF1KE0 LARSKLESLCRELQRHNKTLKEEALQRAREEEEKRKEITSHFQSTLTDIQGQIEQQSERN
::::::::::::::::::::::: .:.::::::.::: :.::: ::..::.:.::.. .:
CCDS14 LARSKLESLCRELQRHNKTLKEENMQQAREEEERRKEATAHFQITLNEIQAQLEQHDIHN
210 220 230 240 250 260
270 280 290 300 310 320
pF1KE0 MKLCQENTELAEKLKSIIDQYELREEHLDKIFKHRELQQKLVDAKLEQAQEMMKEAEERH
:: ::: ::.::::..:.:: :::::.::.:::.::::.::::::.:. ...:::.:.:
CCDS14 AKLRQENIELGEKLKKLIEQYALREEHIDKVFKHKELQQQLVDAKLQQTTQLIKEADEKH
270 280 290 300 310 320
330 340 350 360 370 380
pF1KE0 KREKEYLLNQAAEWKLQAKVLKEQETVLQAQLTLYSGRFEEFQSTLTKSNEVFATFKQEM
.::.:.::..:.: . . . .:.::. :. ::.:: .:::::.:..::::.:.::.:::
CCDS14 QREREFLLKEATESRHKYEQMKQQEVQLKQQLSLYMDKFEEFQTTMAKSNELFTTFRQEM
330 340 350 360 370 380
390 400 410 420 430 440
pF1KE0 DKTTKKMKKLEKDTATWKARFENCNKALLDMIEEKALRAKEYECFVMKIGRLENLCRALQ
.: :::.:::::.: :....:: :::::.: :::..: :::. . .:. :::.::::::
CCDS14 EKMTKKIKKLEKETIIWRTKWENNNKALLQMAEEKTVRDKEYKALQIKLERLEKLCRALQ
390 400 410 420 430 440
450 460 470 480 490 500
pF1KE0 EERNELHKKIR--DAEISEKDDQSQHNSDEEPESNVSVDQEIDAEEVNSVQTAVKNLATA
:::::..:.. ..: : . : :
CCDS14 TERNELNEKVEVLKEQVSIKAAIKAANRDLATPVMQPCTALDSHKELNTSSKRALGAHLE
450 460 470 480 490 500
>>CCDS55373.1 TXLNG gene_id:55787|Hs108|chrX (396 aa)
initn: 1235 init1: 1185 opt: 1204 Z-score: 601.6 bits: 120.9 E(32554): 3.4e-27
Smith-Waterman score: 1204; 60.7% identity (86.2% similar) in 305 aa overlap (173-475:35-339)
150 160 170 180 190 200
pF1KE0 KEANLLMQNLNKLQTPEEKFDFLFKKYAELLDEHRTEQKKLKLLQKKQVQIQKEKDQLQG
:.: :. ::..:.:::::.:: ::: .::.
CCDS55 VEEAARGRGGGAEEATEAGRGGRRRSPRQKLEESRSVQKQMKILQKKQAQIVKEKVHLQS
10 20 30 40 50 60
210 220 230 240 250 260
pF1KE0 EHSRAILARSKLESLCRELQRHNKTLKEEALQRAREEEEKRKEITSHFQSTLTDIQGQIE
:::.::::::::::::::::::::::::: .:.::::::.::: :.::: ::..::.:.:
CCDS55 EHSKAILARSKLESLCRELQRHNKTLKEENMQQAREEEERRKEATAHFQITLNEIQAQLE
70 80 90 100 110 120
270 280 290 300 310 320
pF1KE0 QQSERNMKLCQENTELAEKLKSIIDQYELREEHLDKIFKHRELQQKLVDAKLEQAQEMMK
:.. .: :: ::: ::.::::..:.:: :::::.::.:::.::::.::::::.:. ...:
CCDS55 QHDIHNAKLRQENIELGEKLKKLIEQYALREEHIDKVFKHKELQQQLVDAKLQQTTQLIK
130 140 150 160 170 180
330 340 350 360 370 380
pF1KE0 EAEERHKREKEYLLNQAAEWKLQAKVLKEQETVLQAQLTLYSGRFEEFQSTLTKSNEVFA
::.:.:.::.:.::..:.: . . . .:.::. :. ::.:: .:::::.:..::::.:.
CCDS55 EADEKHQREREFLLKEATESRHKYEQMKQQEVQLKQQLSLYMDKFEEFQTTMAKSNELFT
190 200 210 220 230 240
390 400 410 420 430 440
pF1KE0 TFKQEMDKTTKKMKKLEKDTATWKARFENCNKALLDMIEEKALRAKEYECFVMKIGRLEN
::.:::.: :::.:::::.: :....:: :::::.: :::..: :::. . .:. :::.
CCDS55 TFRQEMEKMTKKIKKLEKETIIWRTKWENNNKALLQMAEEKTVRDKEYKALQIKLERLEK
250 260 270 280 290 300
450 460 470 480 490 500
pF1KE0 LCRALQEERNELHKKIR--DAEISEKDDQSQHNSDEEPESNVSVDQEIDAEEVNSVQTAV
:::::: :::::..:.. ..: : . : :
CCDS55 LCRALQTERNELNEKVEVLKEQVSIKAAIKAANRDLATPVMQPCTALDSHKELNTSSKRA
310 320 330 340 350 360
510 520 530 540 550 560
pF1KE0 KNLATAFMIIHHPESTPHQSKETQPEIGSSQESADAALKEPEQPPLIPSRDSESPLPPLT
CCDS55 LGAHLEAEPKSQRSAVQKPPSTGSAPAIESVD
370 380 390
684 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 16:27:22 2016 done: Thu Nov 3 16:27:22 2016
Total Scan time: 4.660 Total Display time: 0.010
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]