Result of FASTA (ccds) for
pF1KE0266
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0266, 450 aa
1>>>pF1KE0266 450 - 450 aa - 450 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1920+/-0.000778; mu= 16.0465+/- 0.048
mean_var=120.8272+/-23.681, 0's: 0 Z-trim(112.8): 78 B-trim: 62 in 1/52
Lambda= 0.116679
statistics sampled from 13409 (13488) to 13409 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.749), E-opt: 0.2 (0.414), width: 16
Scan time: 3.550
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS7745.1 CHRNA10 gene_id:57053|Hs108|chr11 ( 450) 3067 526.9 1.6e-149
CCDS3459.1 CHRNA9 gene_id:55584|Hs108|chr4 ( 479) 1560 273.3 3.8e-73
CCDS10027.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15 ( 502) 1074 191.5 1.7e-48
CCDS53924.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15 ( 531) 1074 191.5 1.7e-48
CCDS2261.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2 ( 457) 1015 181.5 1.5e-45
CCDS53964.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 ( 489) 1014 181.4 1.8e-45
CCDS10305.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 ( 505) 1014 181.4 1.8e-45
CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 ( 494) 997 178.5 1.3e-44
CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 ( 529) 989 177.2 3.5e-44
CCDS6134.1 CHRNB3 gene_id:1142|Hs108|chr8 ( 458) 967 173.4 4.1e-43
CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs108|chr20 ( 627) 968 173.7 4.6e-43
CCDS10306.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15 ( 498) 953 171.1 2.2e-42
CCDS64856.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 ( 514) 909 163.7 3.9e-40
CCDS1070.1 CHRNB2 gene_id:1141|Hs108|chr1 ( 502) 907 163.4 4.8e-40
CCDS10304.1 CHRNA5 gene_id:1138|Hs108|chr15 ( 468) 899 162.0 1.2e-39
CCDS33331.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2 ( 482) 871 157.3 3.1e-38
CCDS56536.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 ( 479) 847 153.3 5.1e-37
CCDS8365.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 484) 776 141.3 2e-33
CCDS53710.1 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 463) 771 140.5 3.5e-33
CCDS32184.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15 ( 412) 750 136.9 3.8e-32
CCDS8366.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 516) 637 117.9 2.4e-26
CCDS58868.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 456) 605 112.5 9e-25
CCDS3251.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 471) 601 111.8 1.5e-24
CCDS42008.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15 ( 321) 557 104.3 1.9e-22
CCDS33400.1 CHRNG gene_id:1146|Hs108|chr2 ( 517) 557 104.5 2.7e-22
CCDS3250.1 HTR3C gene_id:170572|Hs108|chr3 ( 447) 545 102.4 9.8e-22
CCDS58869.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 441) 520 98.2 1.8e-20
CCDS58870.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 456) 520 98.2 1.8e-20
CCDS8364.1 HTR3B gene_id:9177|Hs108|chr11 ( 441) 492 93.5 4.7e-19
CCDS11058.1 CHRNE gene_id:1145|Hs108|chr17 ( 493) 451 86.6 6.1e-17
CCDS58871.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 482) 450 86.4 6.7e-17
CCDS2494.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2 ( 517) 444 85.5 1.4e-16
CCDS11106.1 CHRNB1 gene_id:1140|Hs108|chr17 ( 501) 424 82.1 1.4e-15
CCDS76786.1 CHRNA5 gene_id:1138|Hs108|chr15 ( 160) 360 70.8 1.1e-12
>>CCDS7745.1 CHRNA10 gene_id:57053|Hs108|chr11 (450 aa)
initn: 3067 init1: 3067 opt: 3067 Z-score: 2798.0 bits: 526.9 E(32554): 1.6e-149
Smith-Waterman score: 3067; 100.0% identity (100.0% similar) in 450 aa overlap (1-450:1-450)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MGLRSHHLSLGLLLLFLLPAECLGAEGRLALKLFRDLFANYTSALRPVADTDQTLNVTLE
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CCDS77 MGLRSHHLSLGLLLLFLLPAECLGAEGRLALKLFRDLFANYTSALRPVADTDQTLNVTLE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 VTLSQIIDMDERNQVLTLYLWIRQEWTDAYLRWDPNAYGGLDAIRIPSSLVWRPDIVLYN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 VTLSQIIDMDERNQVLTLYLWIRQEWTDAYLRWDPNAYGGLDAIRIPSSLVWRPDIVLYN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 KADAQPPGSASTNVVLRHDGAVRWDAPAITRSSCRVDVAAFPFDAQHCGLTFGSWTHGGH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 KADAQPPGSASTNVVLRHDGAVRWDAPAITRSSCRVDVAAFPFDAQHCGLTFGSWTHGGH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 QLDVRPRGAAASLADFVENVEWRVLGMPARRRVLTYGCCSEPYPDVTFTLLLRRRAAAYV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 QLDVRPRGAAASLADFVENVEWRVLGMPARRRVLTYGCCSEPYPDVTFTLLLRRRAAAYV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 CNLLLPCVLISLLAPLAFHLPADSGEKVSLGVTVLLALTVFQLLLAESMPPAESVPLIGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 CNLLLPCVLISLLAPLAFHLPADSGEKVSLGVTVLLALTVFQLLLAESMPPAESVPLIGK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 YYMATMTMVTFSTALTILIMNLHYCGPSVRPVPAWARALLLGHLARGLCVRERGEPCGQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 YYMATMTMVTFSTALTILIMNLHYCGPSVRPVPAWARALLLGHLARGLCVRERGEPCGQS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 RPPELSPSPQSPEGGAGPPAGPCHEPRCLCRQEALLHHVATIANTFRSHRAAQRCHEDWK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 RPPELSPSPQSPEGGAGPPAGPCHEPRCLCRQEALLHHVATIANTFRSHRAAQRCHEDWK
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KE0 RLARVMDRFFLAIFFSMALVMSLLVLVQAL
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 RLARVMDRFFLAIFFSMALVMSLLVLVQAL
430 440 450
>>CCDS3459.1 CHRNA9 gene_id:55584|Hs108|chr4 (479 aa)
initn: 1707 init1: 1540 opt: 1560 Z-score: 1426.7 bits: 273.3 E(32554): 3.8e-73
Smith-Waterman score: 1668; 55.4% identity (77.5% similar) in 453 aa overlap (25-449:26-478)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MGLRSHHLSLGLLLLFLLPAECLGAEGRLALKLFRDLFANYTSALRPVADTDQTLNVTL
:.:. : ::: ::: .:..::::: :::..:::::
CCDS34 MNWSHSCISFCWIYFAASRLRAAETADGKYAQKLFNDLFEDYSNALRPVEDTDKVLNVTL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 EVTLSQIIDMDERNQVLTLYLWIRQEWTDAYLRWDPNAYGGLDAIRIPSSLVWRPDIVLY
..::::: :::::::.:: :::::: : :::: :: . : :::.:::::.::::::::::
CCDS34 QITLSQIKDMDERNQILTAYLWIRQIWHDAYLTWDRDQYDGLDSIRIPSDLVWRPDIVLY
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 NKADAQPPGSASTNVVLRHDGAVRWDAPAITRSSCRVDVAAFPFDAQHCGLTFGSWTHGG
:::: . ..::::::.:: . :::::::.::: :::. :::: :.:.:::::::..:
CCDS34 NKADDESSEPVNTNVVLRYDGLITWDAPAITKSSCVVDVTYFPFDNQQCNLTFGSWTYNG
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 HQLDVRPRGAAASLADFVENVEWRVLGMPARRRVLTYGCCSEPYPDVTFTLLLRRRAAAY
.:.:. ...:.::.:.:::.: :::: . :..:::::::::::::::::.::.. :
CCDS34 NQVDIFNALDSGDLSDFIEDVEWEVHGMPAVKNVISYGCCSEPYPDVTFTLLLKRRSSFY
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 VCNLLLPCVLISLLAPLAFHLPADSGEKVSLGVTVLLALTVFQLLLAESMPPAESVPLIG
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CCDS34 IVNLLIPCVLISFLAPLSFYLPAASGEKVSLGVTILLAMTVFQLMVAEIMPASENVPLIG
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 KYYMATMTMVTFSTALTILIMNLHYCGPSVRPVPAWARALLLGHLARGLCVRERGEPC--
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CCDS34 KYYIATMALITASTALTIMVMNIHFCGAEARPVPHWARVVILKYMSRVLFVYDVGESCLS
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390
pF1KE0 -GQSRPPE-----LSPSPQSPEGGA-------------------GPPAGPCHEPRCLCRQ
.:: . : :.: .: : . .: . : :
CCDS34 PHHSRERDHLTKVYSKLPESNLKAARNKDLSRKKDMNKRLKNDLGCQGKNPQEAESYCAQ
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440 450
pF1KE0 -EALLHHVATIANTFRSHRAAQRCHEDWKRLARVMDRFFLAIFFSMALVMSLLVLVQAL
..: ... ::. ...:.:.. .::..:.:.::::. ::: :..::..:....:
CCDS34 YKVLTRNIEYIAKCLKDHKATNSKGSEWKKVAKVIDRFFMWIFFIMVFVMTILIIARAD
430 440 450 460 470
>>CCDS10027.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15 (502 aa)
initn: 758 init1: 536 opt: 1074 Z-score: 984.3 bits: 191.5 E(32554): 1.7e-48
Smith-Waterman score: 1079; 40.6% identity (65.1% similar) in 456 aa overlap (26-434:22-475)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MGLRSHHLSLGLLLLFLLPAECLGAEGRLALKLFRDLFANYTSALRPVADTDQTLNVTLE
.:.. ::...: ::. ::::. .: :.: .
CCDS10 MRCSPGGVWLALAASLLHVSLQGEFQRKLYKELVKNYNPLERPVANDSQPLTVYFS
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 VTLSQIIDMDERNQVLTLYLWIRQEWTDAYLRWDPNAYGGLDAIRIPSSLVWRPDIVLYN
..: ::.:.::.::::: .:... ::: ::.:. . : :. ..:.:.. .:.:::.:::
CCDS10 LSLLQIMDVDEKNQVLTTNIWLQMSWTDHYLQWNVSEYPGVKTVRFPDGQIWKPDILLYN
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 KADAQPPGSASTNVVLRHDGAVRWDAPAITRSSCRVDVAAFPFDAQHCGLTFGSWTHGGH
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CCDS10 SADERFDATFHTNVLVNSSGHCQYLPPGIFKSSCYIDVRWFPFDVQHCKLKFGSWSYGGW
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 QLDVRPRGAAASLADFVENVEWRVLGMPARRRVLTYGCCSEPYPDVTFTLLLRRRAAAYV
.::.. . :... .. : :: ..:.:..: : ::.:::::::::. .:::. :
CCDS10 SLDLQMQ--EADISGYIPNGEWDLVGIPGKRSERFYECCKEPYPDVTFTVTMRRRTLYYG
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290
pF1KE0 CNLLLPCVLISLLAPLAFHLPADSGEKVSLGVTVLLALTVFQLLLAESMPP-AESVPLIG
:::.:::::: :: :.: ::::::::.:::.::::.::::.::.:: :: ..:::::.
CCDS10 LNLLIPCVLISALALLVFLLPADSGEKISLGITVLLSLTVFMLLVAEIMPATSDSVPLIA
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 KYYMATMTMVTFSTALTILIMNLHYCGPSVRPVPAWARALLLGHLARGLCVRERGE----
.:. .:: .: .:...:..... :. :. .: :.:..::. : : ... ::
CCDS10 QYFASTMIIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGGKMPKWTRVILLNWCAWFLRMKRPGEDKVR
300 310 320 330 340 350
360 370 380
pF1KE0 PCGQSRPP-------ELS---PSPQSP--------EGGAG------PPAGP-CHEPRCL-
: : . :.: : : : .: : : .: : . :
CCDS10 PACQHKQRRCSLASVEMSAVAPPPASNGNLLYIGFRGLDGVHCVPTPDSGVVCGRMACSP
360 370 380 390 400 410
390 400 410 420 430
pF1KE0 CRQEALLH----------------HVATIANTFRSHRAAQRCHEDWKRLARVMDRFFLAI
..: ::: .: ::: :: . .. .:: : :.::. :
CCDS10 THDEHLLHGGQPPEGDPDLAKILEEVRYIANRFRCQDESEAVCSEWKFAACVVDRLCLMA
420 430 440 450 460 470
440 450
pF1KE0 FFSMALVMSLLVLVQAL
:
CCDS10 FSVFTIICTIGILMSAPNFVEAVSKDFA
480 490 500
>>CCDS53924.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15 (531 aa)
initn: 758 init1: 536 opt: 1074 Z-score: 984.0 bits: 191.5 E(32554): 1.7e-48
Smith-Waterman score: 1079; 40.6% identity (65.1% similar) in 456 aa overlap (26-434:51-504)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MGLRSHHLSLGLLLLFLLPAECLGAEGRLALKLFRDLFANYTSALRPVADTDQTL
.:.. ::...: ::. ::::. .: :
CCDS53 ATASPPSTPPWDPGHIPGASVRPAPGPVSLQGEFQRKLYKELVKNYNPLERPVANDSQPL
30 40 50 60 70 80
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 NVTLEVTLSQIIDMDERNQVLTLYLWIRQEWTDAYLRWDPNAYGGLDAIRIPSSLVWRPD
.: . ..: ::.:.::.::::: .:... ::: ::.:. . : :. ..:.:.. .:.::
CCDS53 TVYFSLSLLQIMDVDEKNQVLTTNIWLQMSWTDHYLQWNVSEYPGVKTVRFPDGQIWKPD
90 100 110 120 130 140
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 IVLYNKADAQPPGSASTNVVLRHDGAVRWDAPAITRSSCRVDVAAFPFDAQHCGLTFGSW
:.:::.:: . .. :::.. .: .. :.: .::: .:: ::::.::: : ::::
CCDS53 ILLYNSADERFDATFHTNVLVNSSGHCQYLPPGIFKSSCYIDVRWFPFDVQHCKLKFGSW
150 160 170 180 190 200
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 THGGHQLDVRPRGAAASLADFVENVEWRVLGMPARRRVLTYGCCSEPYPDVTFTLLLRRR
..:: .::.. . :... .. : :: ..:.:..: : ::.:::::::::. .:::
CCDS53 SYGGWSLDLQMQ--EADISGYIPNGEWDLVGIPGKRSERFYECCKEPYPDVTFTVTMRRR
210 220 230 240 250
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 AAAYVCNLLLPCVLISLLAPLAFHLPADSGEKVSLGVTVLLALTVFQLLLAESMPP-AES
. : :::.:::::: :: :.: ::::::::.:::.::::.::::.::.:: :: ..:
CCDS53 TLYYGLNLLIPCVLISALALLVFLLPADSGEKISLGITVLLSLTVFMLLVAEIMPATSDS
260 270 280 290 300 310
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 VPLIGKYYMATMTMVTFSTALTILIMNLHYCGPSVRPVPAWARALLLGHLARGLCVRERG
::::..:. .:: .: .:...:..... :. :. .: :.:..::. : : ... :
CCDS53 VPLIAQYFASTMIIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGGKMPKWTRVILLNWCAWFLRMKRPG
320 330 340 350 360 370
360 370 380
pF1KE0 E----PCGQSRPP-------ELS---PSPQSP--------EGGAG------PPAGP-CHE
: : : . :.: : : : .: : : .: : .
CCDS53 EDKVRPACQHKQRRCSLASVEMSAVAPPPASNGNLLYIGFRGLDGVHCVPTPDSGVVCGR
380 390 400 410 420 430
390 400 410 420
pF1KE0 PRCL-CRQEALLH----------------HVATIANTFRSHRAAQRCHEDWKRLARVMDR
: ..: ::: .: ::: :: . .. .:: : :.::
CCDS53 MACSPTHDEHLLHGGQPPEGDPDLAKILEEVRYIANRFRCQDESEAVCSEWKFAACVVDR
440 450 460 470 480 490
430 440 450
pF1KE0 FFLAIFFSMALVMSLLVLVQAL
. : :
CCDS53 LCLMAFSVFTIICTIGILMSAPNFVEAVSKDFA
500 510 520 530
>>CCDS2261.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2 (457 aa)
initn: 1005 init1: 569 opt: 1015 Z-score: 931.2 bits: 181.5 E(32554): 1.5e-45
Smith-Waterman score: 1015; 35.5% identity (68.1% similar) in 451 aa overlap (12-450:6-450)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MGLRSHHLSLGLLLLFLLPAE--CLGAEG--RLALKLFRDLFANYTSALRPVADTDQTLN
::::: : . ::.: ::. :::.: :.:..::: : :...
CCDS22 MEPWPLLLLFSLCSAGLVLGSEHETRLVAKLFKD----YSSVVRPVEDHRQVVE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 VTLEVTLSQIIDMDERNQVLTLYLWIRQEWTDAYLRWDPNAYGGLDAIRIPSSLVWRPDI
::. . : :.:..:: ::..: . ..:.:.: :.:.:. :::. :.::: .::::.
CCDS22 VTVGLQLIQLINVDEVNQIVTTNVRLKQQWVDYNLKWNPDDYGGVKKIHIPSEKIWRPDL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 VLYNKADAQPPGSASTNVVLRHDGAVRWDAPAITRSSCRVDVAAFPFDAQHCGLTFGSWT
::::.::.. :.:.:.. : . : ::: .: :.. :. :::: :.:.. .:.::
CCDS22 VLYNNADGDFAIVKFTKVLLQYTGHITWTPPAIFKSYCEIIVTHFPFDEQNCSMKLGTWT
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 HGGHQLDVRPRGAAASLADFVENVEWRVLGMPARRRVLTYGCCSE-PYPDVTFTLLLRRR
. : . . :.. .:..:.:. :: . . .. .::.:: . :: :.:. ....:
CCDS22 YDGSVVAINPESDQPDLSNFMESGEWVIKESRGWKHSVTYSCCPDTPYLDITYHFVMQRL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
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CCDS10 RIFLWVFTLVCILGTAGLFLQPLMAREDA
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CCDS60 PPPPVELCHPLRLKLSPSYHWLESNVDAEEREVVVEEEDRWACAGHVAPSVGTLCSHGHL
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.:: .:
CCDS60 IFLWLFIIVCFLGTIGLFLPPFLAGMI
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CCDS61 DLILINENVDRKDFFDNGEWEILNAKGMKGNRRDGVYS-----YPFITYSFVLRRLPLFY
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CCDS61 TLFLIIPCLGLSFLTVLVFYLPSDEGEKLSLSTSVLVSLTVFLLVIEEIIPSSSKVIPLI
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CCDS61 GEYLLFIMIFVTLSIIVTVFVINVHHRSSSTYHPMAPWVKRLFLQKLPKLLCMKDHVD--
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CCDS61 -RYSSPEKEESQPVVKGKVLEK----KKQKQLSDGEKVLVAFLEKAADSIRYISRHVKKE
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pF1KE0 H------EDWKRLARVMDRFFLAIFFSMALVMSLLVLVQAL
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CCDS61 HFISQVVQDWKFVAQVLDRIFLWLFLIVSVTGSVLIFTPALKMWLHSYH
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450 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 18:19:43 2016 done: Thu Nov 3 18:19:44 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]